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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
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  31 }
  32
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  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96           </ul>
  97           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  98           <em>Testing and Deployment</em>
  99           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 100           </div>
 101       </td>
 102       <td><div align="left">
 103           <em>General</em>
 104           <ul>
 105             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 106             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 107             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 108           </ul>
 109           <em>Desktop</em>
 110           <ul>
 111             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 112             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 113             </li>
 114             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 115             </li>
 116             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 117             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 118             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 119             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 120             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 121             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 122             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 123             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 124             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 125             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 126             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 127             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 128            </ul>
 129           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 130            <ul>
 131             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 132           </ul>
 133           </div>
 134       </td>
 135     </tr>
 136     <tr>
 137       <td width="60" nowrap>
 138         <div align="center">
 139           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 140             <em>2/10/2017</em></strong>
 141         </div>
 142       </td>
 143       <td><div align="left">
 144           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 145           <ul>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 148             </li>
 149             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 150             </li>
 151           </ul>
 152         </div></td>
 153       <td><div align="left">
 154         </div></td>
 155     </tr>
 156     <tr>
 157       <td width="60" nowrap>
 158         <div align="center">
 159           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 160             <em>7/9/2017</em></strong>
 161         </div>
 162       </td>
 163       <td><div align="left">
 164           <em></em>
 165           <ul>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 168               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 169               white)
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 173               Preferences
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 177               in size and progress bar shown as higher resolution
 178               overview is recalculated
 179             </li>
 180
 181           </ul>
 182         </div></td>
 183       <td><div align="left">
 184           <em></em>
 185           <ul>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 188               column region row by row
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 192               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 196               format setting is unticked
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 200               if group has show boxes format setting unticked
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 204               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 205               include sequences and columns not currently displayed
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 209               assemblies are imported via CIF file
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 213               displayed when threshold or conservation colouring is also
 214               enabled.
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 218               server version
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 222               dragging a selected region off the visible region of the
 223               alignment
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 227               colourscheme to all groups in a view
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 231               initially after font size change using the Font chooser or
 232               middle-mouse zoom
 233             </li>
 234           </ul>
 235         </div></td>
 236     </tr>
 237     <tr>
 238       <td width="60" nowrap>
 239         <div align="center">
 240           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 241         </div>
 242       </td>
 243       <td><div align="left">
 244           <em>Calculations</em>
 245           <ul>
 246
 247             <li>
 248               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 249               ungapped positions in each column of the alignment.
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 253               a calculation dialog box
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 257               and memory efficiency (~30x faster)
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 261               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 262               and other calculations
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 266               files within the Jalview codebase
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 270               Similarity may have different topology due to increased
 271               precision
 272             </li>
 273           </ul>
 274           <em>Rendering</em>
 275           <ul>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 278               model for alignments and groups
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 282               scripts
 283             </li>
 284           </ul>
 285           <em>Overview</em>
 286           <ul>
 287             <li>
 288               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 289               with alignment and overview windows
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 293               overview
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 297               omitted in Overview
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 301               adjustment of visible position
 302             </li>
 303           </ul>
 304
 305           <em>Data import/export</em>
 306           <ul>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 309               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 313               annotation input/output via stockholm flatfile
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 317               extension when importing structure files without embedded
 318               names or PDB accessions
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 322               format sequence substitution matrices
 323             </li>
 324           </ul>
 325           <em>User Interface</em>
 326           <ul>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 329               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 330               the application.
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 334               via Overview or sequence motif search operations
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 338               opened by double clicking gaps within sequence feature
 339               extent
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 343               aligned positions were available to create a 3D structure
 344               superposition.
 345             </li>
 346           </ul>
 347           <em>3D Structure</em>
 348           <ul>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 351               coloured in linked structure views
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 355               file-based command exchange
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 359               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 360               structures are already available for sequences
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 364               the Jalview project rather than downloaded again when the
 365               project is reopened.
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 369               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 370               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 371                 Feature</strong>)
 372             </li>
 373           </ul>
 374           <em>Web Services</em>
 375           <ul>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 381               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 382               Analysis services
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 386               cross-references provided by identifiers.org and the
 387               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 388             </li>
 389           </ul>
 390
 391           <em>Scripting</em>
 392           <ul>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 395               identifying file formats (instead of String constants)
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 399               efficiency when counting all displayed features (not
 400               backwards compatible with 2.10.1)
 401             </li>
 402           </ul>
 403           <em>Example files</em>
 404           <ul>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 407               included in the example feature file
 408             </li>
 409           </ul>
 410           <em>Documentation</em>
 411           <ul>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 414               with the built-in Java help viewer
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 418               sequence description' option
 419             </li>
 420           </ul>
 421           <em>Test Suite</em>
 422           <ul>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 425               Uniprot REST Free Text Search Client
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 432               during tests
 433             </li>
 434           </ul>
 435         </div></td>
 436       <td><div align="left">
 437           <em>Calculations</em>
 438           <ul>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 441               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 442               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 443             </li>
 444             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 445               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 446               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 447               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 448               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 449               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 450               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 451               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 452               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 453               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 454               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 455               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 456               // for 2.10.1 mode <br />
 457               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 458               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 459                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 460                 calculations (not recommended)</em></li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 463               scaling of branch lengths for trees computed using
 464               Sequence Feature Similarity.
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 468               generating output report when working with highly
 469               redundant alignments
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 473               right of selected region when gaps present on right-hand
 474               boundary
 475             </li>
 476           </ul>
 477           <em>User Interface</em>
 478           <ul>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 481               doesn't reselect a specific sequence's associated
 482               annotation after it was used for colouring a view
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 486               opened on a region of alignment without groups
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 490               of an alignment with overlapping groups
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 494               name and description match
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 498               hidden regions results in incorrect hidden regions
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 502               changing colour does not apply Conservation slider value
 503               to all groups
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 507               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 511               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 515               gaps before start of features
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 519               restored to UI when feature colour is edited
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 523               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 527               as graduate feature colour settings are modified via the
 528               dialog box
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 532               when a group defined on the alignment is resized
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 536               wrapped view result in positional status updates
 537             </li>
 538
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 541               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 545               alignment included gapped columns
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 549               widgets don't permanently disappear
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 553               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 554               T-Coffee column reliability scores)
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 558               sequence feature on gaps only
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 562               button from a Find inherit previously defined feature type
 563               rather than the Find query string
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 567               exporting tree calculated in Jalview
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 571               and then revealing them reorders sequences on the
 572               alignment
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 576               doesn't update to reflect available set of groups after
 577               interactively adding or modifying features
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 581               Linux
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 585               only excluded gaps in current sequence and ignored
 586               selection.
 587             </li>
 588           </ul>
 589           <em>Rendering</em>
 590           <ul>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 593               erratically when hidden rows or columns are present
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 597               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 598               sequence colouring
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 602               colour and group colour menu for protein alignments
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 606               reflect currently selected view or group's shading
 607               thresholds
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 611               when rendered on overview and structures when opacity at
 612               100%
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 616               overview when features overlaid on alignment
 617             </li>
 618           </ul>
 619           <em>Data import/export</em>
 620           <ul>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 623               load
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 627               added after a sequence was imported are not written to
 628               Stockholm File
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 632               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 636               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 640               with lightGray or darkGray via features file (but can
 641               specify lightgray)
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 645               when alignment view imported from project
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 649               structure and sequences extracted from structure files
 650               imported via URL and viewed in Jmol
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 654               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 655               the project is loaded and the structure viewed
 656             </li>
 657           </ul>
 658           <em>Web Services</em>
 659           <ul>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 662               release of Ensembl v.88
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 666               appear enabled in Preferences->Connections
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 670               removed from console output
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 674               Ensembl by Peptide ID
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 678               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 679               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 680               due to 'null' string rather than empty string used for
 681               residues with no corresponding PDB mapping).
 682             </li>
 683           </ul>
 684           <em>Application UI</em>
 685           <ul>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 688               menu
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 692               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 693               new documentation and tooltips added)
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 697               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 701               new features are added to alignment
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 705               changes to feature colours via the Amend features dialog
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 709               edit graduated feature colour via amend features dialog
 710               box
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 714               selection menu changes colours of alignment views
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 718               from alignment calculation workers after alignment has
 719               been closed
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 723               groups now 'Create Group'
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 727               Create/Undefine group doesn't always work
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 731               shown again after pressing 'Cancel'
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 735               adjusts start position in wrap mode
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 739               ambiguous amino acids
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 743               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 744               proteins
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 748               Defined' don't appear in Colours menu
 749             </li>
 750           </ul>
 751           <em>Applet</em>
 752           <ul>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 755               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 759               overview or linked structure view
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 763               work (since 2.8)
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 767               user-defined colourscheme doesn't restore original
 768               colourscheme
 769             </li>
 770           </ul>
 771           <em>Test Suite</em>
 772           <ul>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 775               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 779               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 780               problems with deep array comparison equality asserts in
 781               successive versions of TestNG
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 785               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 786             </li>
 787           </ul>
 788           <em>New Known Issues</em>
 789           <ul>
 790             <li>
 791               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 792               phase after a sequence motif find operation
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 796               containing just upper and lower case letters are
 797               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 801               reliably from eggnog Ortholog database
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 805               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 806               to mark columns containing highlighted regions.
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 810               doesn't always add secondary structure annotation.
 811             </li>
 812           </ul>
 813         </div>
 814     <tr>
 815       <td width="60" nowrap>
 816         <div align="center">
 817           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 818         </div>
 819       </td>
 820       <td><div align="left">
 821           <em>General</em>
 822           <ul>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 825               for all consensus calculations
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 829               3rd Oct 2016)
 830             </li>
 831             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 832               for 2016-2017</li>
 833           </ul>
 834           <em>Application</em>
 835           <ul>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 838               set of database cross-references, sorted alphabetically
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 842               from database cross references. Users with custom links
 843               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 844                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 848               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 849               Chimera session
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 853               the Chimera it is connected to is shut down
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 857               columns menu item to mark columns containing highlighted
 858               regions (e.g. from structure selections or results of a
 859               Find operation)
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 863               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 864               MSAviewer
 865             </li>
 866           </ul>
 867         </div></td>
 868       <td>
 869         <div align="left">
 870           <em>General</em>
 871           <ul>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 874               are not coloured or thresholded according to percent
 875               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 879               hydrophobic
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 883               threshold, amino acid properties)
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 887               reported as mapped to residues in a structure file in the
 888               View Mapping report
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 892               could be added multiple times to a sequence
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 896               bond features shown as two highlighted residues rather
 897               than a range in linked structure views, and treated
 898               correctly when selecting and computing trees from features
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 902               cross-references are matched to database name regardless
 903               of case
 904             </li>
 905
 906           </ul>
 907           <em>Application</em>
 908           <ul>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 911               names without regular expressions also offer links from
 912               Sequence ID
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 916               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 917               update Jalview configuration
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 921               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 925               files with similarly named sequences if dropped onto the
 926               alignment
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 930               entries where more chains exist in the PDB accession than
 931               are reported in the SIFTS file
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 935               the structure view when displayed with Chimera
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 939               panel's View->Show Chains submenu
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 943               work for wrapped alignment views
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 947               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 951               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 952               first annotation row
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 956               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 960               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 961             </li>
 962             <!-- JAL-2319 -->
 963             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 964             coordindate data
 965             </li>
 966           </ul>
 967           <!--           <em>New Known Issues</em>
 968           <ul>
 969             <li></li>
 970           </ul> -->
 971         </div>
 972       </td>
 973     </tr>
 974     <td width="60" nowrap>
 975       <div align="center">
 976         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 977           <em>25/10/2016</em></strong>
 978       </div>
 979     </td>
 980     <td><em>Application</em>
 981       <ul>
 982         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 983           view if structures already loaded</li>
 984         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 985           structure views</li>
 986       </ul></td>
 987     <td>
 988       <div align="left">
 989         <em>General</em>
 990         <ul>
 991           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 992             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 993           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 994             example sequences/projects/trees</li>
 995         </ul>
 996         <em>Application</em>
 997         <ul>
 998           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 999             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1000           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1001             without timeout for structures with multiple models or
1002             multiple sequences in alignment</li>
1003           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1004             PDB ID HEADER line</li>
1005           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1006             is performed</li>
1007           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1008             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1009           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1010           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1011             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1012             option</li>
1013           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1014             is created on the alignment</li>
1015           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1016             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1017             pop-up menu</li>
1018         </ul>
1019         <em>Build and deployment</em>
1020         <ul>
1021           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1022             tags</li>
1023         </ul>
1024         <em>New Known Issues</em>
1025         <ul>
1026           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1027             on Windows</li>
1028         </ul>
1029       </div>
1030     </td>
1031     </tr>
1032     <tr>
1033       <td width="60" nowrap>
1034         <div align="center">
1035           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1036         </div>
1037       </td>
1038       <td><em>General</em>
1039         <ul>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1042           </li>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1045             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1046             better PDB parsing.
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1050             reference sequence
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1054             mousing over sequence associated annotation
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1058             for manual entry
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1062             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1063             for each column
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1067             showing or hiding columns containing a feature
1068           </li>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1071             group and sequence associated annotation labels
1072           </li>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1075             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1076             dialogs
1077           </li>
1078
1079         </ul> <em>Application</em>
1080         <ul>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1083             gene/transcript view
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1087             dialog
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1091             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1092           </li>
1093           <li>
1094             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1095             Pfam sources to xfam.org
1096           </li>
1097           <li>
1098             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1102             over sequences in Jalview
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1106             regions in ENA and EMBL
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1110             for record retrieval via ENA rest API
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1114             complement operator
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1118             groovy script execution
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1122             alignment window's Calculate menu
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1126             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1130             calculation workers from groovy scripts
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1134             Jalview projects
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1138             associations are now saved/restored from project
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1142             before sequence fetcher is opened
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1146             database chooser opens a sequence fetcher
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1150             the UniProt REST API
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1154             the news reader opening
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1158             querying stored in preferences
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1162             search results
1163           </li>
1164           <li>
1165             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1169             menu for nucleotide sequences
1170           </li>
1171           <li>
1172             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1173             and feature counts preserves alignment ordering (and
1174             debugged for complex feature sets).
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1178             viewing structures with Jalview 2.10
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1182             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1183             Ensembl Genomes REST API
1184           </li>
1185           <li>
1186             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1187             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1188             (Ensembl)
1189           </li>
1190           <li>
1191             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1192             sequences
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1196             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1197             data from external database records.
1198           </li>
1199           <li>
1200             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1201             efficient recovery of sequence coding and alignment
1202             annotation relationships.
1203           </li>
1204         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1205         <ul>
1206           <li>
1207             -- JAL---
1208           </li>
1209         </ul> --></td>
1210       <td>
1211         <div align="left">
1212           <em>General</em>
1213           <ul>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1216               menu on OSX
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1220               includes graduated colourschemes
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1224               working with big alignments and lots of hidden columns
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1228               at right of alignment window
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1232               contents
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1236               for DNA alignments
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1240               based tree calculation
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1244               unconserved enabled for group on alignment
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1248               set as reference
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1252               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1253               annotation
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1257               hidden columns present
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1261               user created annotation added to alignment
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1265               '()' base pair annotation
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1269               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1270               Consensus
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1274               feature not working
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1278               beginning of sequence
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1282               entry 3a6s
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1286               from a tree when t-coffee scores are shown
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1290               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1294               some structures
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1298               to Clustal, PIR and PileUp output
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1302               not visible causes alignment window to repaint
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1306               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1307               scores associated with features and annotation rows
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1311               calculation should be case independent
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1315               columns
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1319               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1320               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1324               problems when reference sequence defined and 'show
1325               non-conserved' enabled
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1329               load even when Consensus calculation is disabled
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1333               alignment does nothing
1334             </li>
1335           </ul>
1336           <em>Application</em>
1337           <ul>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1340               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1341               yet fixed for El Capitan)
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1345               output when running on non-gb/us i18n platforms
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1349               hidden sequences as flat-file alignment
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1353               launching Chimera
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1357               (also hotfix for 2.9.0b2)
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1361               reference sequence defined
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1365               alignments and views when revealing hidden columns
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1369               view in a cDNA/Protein splitframe
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1373               sequence from project when only one sequence is
1374               represented
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1378               in Structure Chooser
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1382               structure consensus didn't refresh annotation panel
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1386               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1390               dialogs format columns correctly, don't display array
1391               data, sort columns according to type
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1395               file chooser is cancelled during an image export
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1399               sequence name containing special characters
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1403               case insensitive
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1407               formatting don't wrap
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1411               truncated so L looks like I in consensus annotation
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1415               currently displayed features for the current selection or
1416               view
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1420               after fetching cross-references, and restoring from
1421               project
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1425               followed in the structure viewer
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1429               splitframe not restored from project
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1433               trailing end of protein alignment in transcript/product
1434               splitview when pad-gaps not enabled by default
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1438               is case dependent
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1442               article has been read (reopened issue due to
1443               internationalisation problems)
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1447               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1448               cross-references
1449             </li>
1450
1451             <li>
1452               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1453               alignment as HTML
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1457               multiple structures are shown for one or more sequences.
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1461               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1462               is enabled.
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1466               specific PDB id for sequence
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1470               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1471               columns' is disabled.
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1475               selects lowest rather than highest resolution structures
1476               for each sequence
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1480               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1484               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1488               after clicking on it to create new annotation for a
1489               column.
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1493               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1494             </li>
1495             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1496             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1497           </ul>
1498           <em>Applet</em>
1499           <ul>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1502               hidden columns present before start of sequence
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1506               (JSON jars)
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1510               sequences are hidden in applet
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1514               deployment on examples pages.
1515             </li>
1516           </ul>
1517         </div>
1518       </td>
1519     </tr>
1520     <tr>
1521       <td width="60" nowrap>
1522         <div align="center">
1523           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1524             <em>16/10/2015</em></strong>
1525         </div>
1526       </td>
1527       <td><em>General</em>
1528         <ul>
1529           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1530             jars</li>
1531         </ul></td>
1532       <td>
1533         <div align="left">
1534           <em>Application</em>
1535           <ul>
1536             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1537               shown when tree is partitioned</li>
1538             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1539               multiple cDNA/Protein split views</li>
1540           </ul>
1541         </div>
1542       </td>
1543     </tr>
1544     <tr>
1545       <td width="60" nowrap>
1546         <div align="center">
1547           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1548             <em>8/10/2015</em></strong>
1549         </div>
1550       </td>
1551       <td><em>General</em>
1552         <ul>
1553           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1554             2.9</li>
1555         </ul> <em>Application</em>
1556         <ul>
1557           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1558           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1559           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1560         </ul> <em>Applet</em>
1561         <ul>
1562           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1563         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1564         <ul>
1565           <li>
1566             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1567             suite
1568           </li>
1569         </ul></td>
1570       <td>
1571         <div align="left">
1572           <em>General</em>
1573           <ul>
1574             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1575               incorrect when sequence start > 1</li>
1576             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1577               documentation</li>
1578             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1579             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1580               loading a features file containing HTML tags in feature
1581               description</li>
1582
1583           </ul>
1584           <em>Application</em>
1585           <ul>
1586             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1587               reimport</li>
1588             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1589               with 'trim retrieved sequences'</li>
1590             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1591               deleting selected columns</li>
1592             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1593               JNLP templates for webstart launch</li>
1594             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1595               unreleased structures for download or viewing</li>
1596             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1597               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1598             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1599               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1600             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1601               recovered from jalview project</li>
1602             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1603               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1604               alignment view</li>
1605             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1606               color schemes from BioJSON</li>
1607           </ul>
1608           <em>Applet</em>
1609           <ul>
1610             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1611               frame</li>
1612             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1613           </ul>
1614         </div>
1615       </td>
1616     </tr>
1617     <tr>
1618       <td><div align="center">
1619           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1620         </div></td>
1621       <td><em>General</em>
1622         <ul>
1623           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1624             alignments:
1625             <ul>
1626               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1627                 and DNA alignment views</li>
1628               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1629                 cDNA alignment views</li>
1630               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1631                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1632               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1633                 protein sequences</li>
1634             </ul>
1635           </li>
1636           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1637           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1638             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1639           <li>New alignment annotation file statements for
1640             reference sequences and marking hidden columns</li>
1641           <li>Reference sequence based alignment shading to
1642             highlight variation</li>
1643           <li>Select or hide columns according to alignment
1644             annotation</li>
1645           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1646           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1647             acid conservation row</li>
1648           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1649         </ul> <em>Application</em>
1650         <ul>
1651           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1652             <ul>
1653               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1654                 view with cDNA/Protein</li>
1655               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1656                 sequences are placed in the same alignment</li>
1657               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1658                 projects</li>
1659             </ul>
1660           </li>
1661
1662           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1663           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1664             Jalview windows</li>
1665
1666           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1667           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1668           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1669             be shown in VARNA</li>
1670
1671           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1672             as the active selected region</li>
1673
1674           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1675             similarity</li>
1676           <li>New Export options
1677             <ul>
1678               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1679                 region export in flat file generation</li>
1680
1681               <li>Export alignment views for display with the <a
1682                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1683
1684               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1685               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1686                 alignment figures to HTML</li>
1687           </li>
1688           <li>3D structure retrieval and display
1689             <ul>
1690               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1691                 Search API</li>
1692               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1693                 PDB structures for a sequence set</li>
1694             </ul>
1695           </li>
1696
1697           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1698             predictions</li>
1699           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1700             for one or a group of sequences</li>
1701           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1702             from the JPred4 web server</li>
1703           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1704             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1705             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1706           </li>
1707           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1708             VARNA 2D Structure'</li>
1709           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1710             Structure ..."</li>
1711
1712         </ul> <em>Applet</em>
1713         <ul>
1714           <li>New layout for applet example pages</li>
1715           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1716             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1717           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1718             Protein alignments</li>
1719         </ul> <em>Development and deployment</em>
1720         <ul>
1721           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1722           <li>Include installation type and git revision in build
1723             properties and console log output</li>
1724           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1725             storing BioJsMSA Templates</li>
1726           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1727         </ul></td>
1728       <td>
1729         <!-- <em>General</em>
1730         <ul>
1731         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1732         <ul>
1733           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1734           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1735           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1736             predictions are not highlighted in amber</li>
1737           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1738             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1739           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1740             associated structure views</li>
1741           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1742             width checkbox not enabled</li>
1743           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1744             creating user defined colours</li>
1745           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1746             mappings for just that viewer's sequences</li>
1747           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1748             multiple models in Chimera</li>
1749           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1750             over Jmol structure</li>
1751           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1752             output to text box</li>
1753           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1754             have incorrect sequence start/end</li>
1755           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1756             Jalview fails</li>
1757           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1758             work for nucleotide</li>
1759           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1760             to a grey/invisible alignment window</li>
1761           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1762             imports to different position</li>
1763           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1764             on some platforms</li>
1765           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1766             populated</li>
1767           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1768             console if Chimera has been opened</li>
1769           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1770           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1771             retrieved</li>
1772           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1773           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1774             either sequence shows on first structure</li>
1775           <li>'Show annotations' options should not make
1776             non-positional annotations visible</li>
1777           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1778             in right place after 'view flanking regions'</li>
1779           <li>File Save As type unset when current file format is
1780             unknown</li>
1781           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1782             projects</li>
1783           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1784             responsive</li>
1785           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1786             several views on same alignment</li>
1787           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1788           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1789             spaces</li>
1790         </ul> <em>Applet</em>
1791         <ul>
1792           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1793           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1794             descriptions containing angle brackets</li>
1795         </ul> <em>General</em>
1796         <ul>
1797           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1798             via jalview annotation file</li>
1799           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1800             with RNA secondary structure</li>
1801           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1802             translation doesn't work.</li>
1803           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1804           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1805             positions</li>
1806           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1807             choosing 1pt font</li>
1808           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1809             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1810             'h'</li>
1811           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1812             new feature</li>
1813           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1814             order dependent</li>
1815           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1816             sequences</li>
1817           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1818         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1819         <ul>
1820           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1821             www.jalview.org</li>
1822         </ul> <em>Application Known issues</em>
1823         <ul>
1824           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1825           <li>Misleading message appears after trying to delete
1826             solid column.</li>
1827           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1828             version launches</li>
1829           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1830             fails with a sequence mismatch</li>
1831           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1832             scrolling alignment to right</li>
1833           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1834             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1835           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1836             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1837           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1838             ultra-high resolution</li>
1839           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1840             quality and conservation</li>
1841           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1842             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1843         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1844         <ul>
1845           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1846           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1847             window is being resized</li>
1848
1849         </ul>
1850       </td>
1851     </tr>
1852     <tr>
1853       <td><div align="center">
1854           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1855         </div></td>
1856       <td><em>General</em>
1857         <ul>
1858           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1859             Certum.PL.</li>
1860           <li>Features and annotation preserved when performing
1861             pairwise alignment</li>
1862           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1863             imported/exported/displayed</li>
1864           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1865             protein secondary structure</li>
1866           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1867               post-hoc with 2.9 release</em>)
1868           </li>
1869
1870         </ul> <em>Application</em>
1871         <ul>
1872           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1873             with 3D structures</li>
1874           <li>Support for parsing RNAML</li>
1875           <li>Annotations menu for layout
1876             <ul>
1877               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1878               <li>place sequence annotation above/below alignment
1879                 annotation</li>
1880             </ul>
1881           <li>Output in Stockholm format</li>
1882           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1883             translation</li>
1884           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1885           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1886             shared between alignments</li>
1887           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1888             Jalview</li>
1889           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1890             all or current selection</li>
1891           <li>disorder and secondary structure predictions
1892             available as dataset annotation</li>
1893           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1894
1895
1896           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1897             alignments from Rfam</li>
1898           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1899
1900           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1901             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1902           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1903           <li>include installation type in build properties and
1904             console log output</li>
1905           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1906             annotation</li>
1907         </ul></td>
1908       <td>
1909         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1910         <ul>
1911           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1912             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1913           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1914             alignment</li>
1915           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1916           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1917           <li>Double click on sequence associated annotation
1918             selects only first column</li>
1919           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1920             leaves shown in tree</li>
1921           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1922             properly</li>
1923           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1924           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1925             screen and buttons not visible</li>
1926           <li>author list isn't updated if already written to
1927             Jalview properties</li>
1928           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1929             from database</li>
1930           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1931           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1932             browser search window</li>
1933           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1934             in feature settings dialog</li>
1935           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1936             desktop</li>
1937           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1938             pass validation</li>
1939           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1940             fit on screen</li>
1941           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1942             tooltip</li>
1943           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1944             defined user preset</li>
1945           <li>MSA web services warns user if they were launched
1946             with invalid input</li>
1947           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1948             Java 8</li>
1949           <li>
1950             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1951             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1952             created
1953           </li>
1954
1955         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1956         <ul>
1957         </ul> <em>General</em>
1958         <ul>
1959         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1960         <ul>
1961           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1962             memory allocation</li>
1963           <li>launchApp service doesn't automatically open
1964             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1965           <li>
1966             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1967             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1968             1.7_055 is available
1969           </li>
1970         </ul> <em>Application Known issues</em>
1971         <ul>
1972           <li>
1973             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1974             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1975             alignment to right
1976           </li>
1977           <li>
1978             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1979             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1980             with large number of ID
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1984             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1985             start/end
1986           </li>
1987           <li>
1988             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1989             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1990             structure tracks are rearranged
1991           </li>
1992           <li>
1993             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1994             invalid rna structure positional highlighting does not
1995             highlight position of invalid base pairs
1996           </li>
1997           <li>
1998             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1999             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2000             project from alignment window file menu
2001           </li>
2002           <li>
2003             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2004             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2005             structures
2006           </li>
2007           <li>
2008             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2009             colour by RNA Helices not enabled when user created
2010             annotation added to alignment
2011           </li>
2012           <li>
2013             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2014             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2015           </li>
2016         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2017         <ul>
2018           <li>
2019             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2020             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2021           </li>
2022           <li>
2023             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2024             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2025           </li>
2026
2027           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2028             when selected</li>
2029         </ul>
2030       </td>
2031     </tr>
2032     <tr>
2033       <td><div align="center">
2034           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2035         </div></td>
2036       <td>
2037         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2038         <em>General</em>
2039         <ul>
2040           <li>Internationalisation of user interface (usually
2041             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2042           <li>Define/Undefine group on current selection with
2043             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2044           <li>Improved group creation/removal options in
2045             alignment/sequence Popup menu</li>
2046           <li>Sensible precision for symbol distribution
2047             percentages shown in logo tooltip.</li>
2048           <li>Annotation panel height set according to amount of
2049             annotation when alignment first opened</li>
2050         </ul> <em>Application</em>
2051         <ul>
2052           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2053             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2054           <li>Select columns containing particular features from
2055             Feature Settings dialog</li>
2056           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2057             sequences</li>
2058           <li>Update Jalview project format:
2059             <ul>
2060               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2061               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2062                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2063               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2064                 colouring</li>
2065             </ul>
2066           </li>
2067           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2068             (PAM250)</li>
2069           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2070             flanking regions for an alignment</li>
2071         </ul>
2072       </td>
2073       <td>
2074         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2075         <ul>
2076           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2077             running after job is cancelled</li>
2078           <li>cannot export features from alignments imported from
2079             Jalview/VAMSAS projects</li>
2080           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2081             float values</li>
2082           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2083             have 'display all symbols' flag set</li>
2084           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2085             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2086           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2087             Jalview</li>
2088           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2089             Lion/Webstart</li>
2090           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2091           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2092           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2093             alignment onto desktop</li>
2094           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2095             'extract scores' function</li>
2096           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2097             alignment window</li>
2098           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2099             performing IUPred disorder prediction</li>
2100           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2101             changing 'normalise logo' display setting</li>
2102           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2103             nothing matches query</li>
2104           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2105             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2106           </li>
2107           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2108             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2109           </li>
2110           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2111             Jalview's menu</li>
2112           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2113             'invalid literal/length code'</li>
2114           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2115             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2116           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2117             colourscheme</li>
2118
2119         </ul> <em>Applet</em>
2120         <ul>
2121           <li>Remove group option is shown even when selection is
2122             not a group</li>
2123           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2124             don't affect groups</li>
2125           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2126             colourscheme name</li>
2127           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2128             Annotation panel is not displayed</li>
2129           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2130             embedded windows</li>
2131         </ul> <em>Other</em>
2132         <ul>
2133           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2134             single sequence were not calculated</li>
2135           <li>annotation files that contain only groups imported as
2136             annotation and junk sequences</li>
2137           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2138             recognised as PFAM or BLC</li>
2139           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2140             doesn't affect background (2.8.0b1)
2141           <li></li>
2142           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2143           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2144             trailing gaps</li>
2145           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2146             registered correctly on import</li>
2147           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2148             certain alignments</li>
2149           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2150             existing annotation based 'use original colours'
2151             colourscheme loses original colours setting</li>
2152         </ul>
2153       </td>
2154     </tr>
2155     <tr>
2156       <td><div align="center">
2157           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2158             <em>30/1/2014</em></strong>
2159         </div></td>
2160       <td>
2161         <ul>
2162           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2163             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2164             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2165             open source project).
2166           </li>
2167           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2168           <li>Output in Stockholm format</li>
2169           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2170           <li>Export/import group and sequence associated line
2171             graph thresholds</li>
2172           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2173             ambiguity codes</li>
2174           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2175             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2176             works</li>
2177           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2178         </ul> <em>Other improvements</em>
2179         <ul>
2180           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2181           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2182             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2183           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2184             files</li>
2185           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2186           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2187             link but no description</li>
2188           <li>Select primary source when selecting authority in
2189             database fetcher GUI</li>
2190           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2191             Jalview</li>
2192           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2193         </ul>
2194       </td>
2195       <td>
2196         <ul>
2197           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2198             displayed</li>
2199           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2200             secondary structure annotation line</li>
2201           <li>Sequence database accessions not imported when
2202             fetching alignments from Rfam</li>
2203           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2204             identical IDs</li>
2205           <li>View all structures does not always superpose
2206             structures</li>
2207           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2208             reflect user or preset settings</li>
2209           <li>Null pointer exceptions for some services without
2210             presets or adjustable parameters</li>
2211           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2212             discover PDB xRefs</li>
2213           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2214             features with DAS</li>
2215           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2216             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2217           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2218             residue follows a gap</li>
2219           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2220             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2221           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2222             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2223           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2224             annotation already exists on alignment</li>
2225           <li>oninit javascript function should be called after
2226             initialisation completes</li>
2227           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2228             alignment window display</li>
2229           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2230           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2231             to annotation file</li>
2232           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2233             groups created</li>
2234           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2235             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2236           <li>Pressing return several times causes Number Format
2237             exceptions in keyboard mode</li>
2238           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2239             correct partitions for input data</li>
2240           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2241           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2242           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2243           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2244             mode</li>
2245           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2246             changes one row&#39;s threshold</li>
2247           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2248             doesn&#39;t open</li>
2249           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2250             quality histograms</li>
2251         </ul>
2252       </td>
2253     </tr>
2254     <tr>
2255       <td><div align="center">
2256           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2257         </div></td>
2258       <td><em>Application</em>
2259         <ul>
2260           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2261             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2262           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2263             preferences</li>
2264           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2265             in Jalview alignment window</li>
2266           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2267             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2268           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2269             RNA and ambiguity codes</li>
2270
2271           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2272           <li>Support fetching and database reference look up
2273             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2274             refs')</li>
2275           <li>Jalview project improvements
2276             <ul>
2277               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2278                 flag for annotation</li>
2279               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2280                 alignment</li>
2281               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2282                 Jalview project</li>
2283
2284             </ul>
2285           </li>
2286           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2287           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2288             running</li>
2289           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2290           <li>visual indication that web service results are still
2291             being retrieved from server</li>
2292           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2293             starts up for first time</li>
2294           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2295             services</li>
2296           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2297             client library</li>
2298           <li>Examples directory and Groovy library included in
2299             InstallAnywhere distribution</li>
2300         </ul> <em>Applet</em>
2301         <ul>
2302           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2303             visualization applet example</li>
2304         </ul> <em>General</em>
2305         <ul>
2306           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2307           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2308             defaults</li>
2309           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2310             calculation</li>
2311           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2312             matrices
2313           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2314             in HTML</li>
2315           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2316             structure contacts</li>
2317           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2318           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2319           <li>Parse sequence associated secondary structure
2320             information in Stockholm files</li>
2321           <li>HTML Export database accessions and annotation
2322             information presented in tooltip for sequences</li>
2323           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2324             style RNA alignment files</li>
2325           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2326             alignment</li>
2327           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2328             shade each sequence according to its associated alignment
2329             annotation</li>
2330           <li>New Jalview Logo</li>
2331         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2332         <ul>
2333           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2334           <li>New Website!</li>
2335         </ul></td>
2336       <td><em>Application</em>
2337         <ul>
2338           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2339             wsdbfetch REST service</li>
2340           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2341           <li>Filetype associations not installed for webstart
2342             launch</li>
2343           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2344             job execution in full once it is complete</li>
2345           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2346             uploaded via ali_file parameter</li>
2347           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2348           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2349           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2350             submitted for prediction</li>
2351           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2352             desktop window</li>
2353           <li>Putting fractional value into integer text box in
2354             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2355           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2356             windows 7</li>
2357           <li>View all structures fails with exception shown in
2358             structure view</li>
2359           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2360             escaped in a platform independent way</li>
2361           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2362             using proxy</li>
2363           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2364             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2365           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2366             failure when java web start temporary file caching is
2367             disabled</li>
2368           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2369             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2370           <li>Errors during processing of command line arguments
2371             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2372           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2373             DAS sources in sequence fetcher</li>
2374           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2375             dialog is shown</li>
2376           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2377           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2378           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2379           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2380             on OSX Mountain Lion</li>
2381           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2382             sequences with alignment annotation are pasted into the
2383             alignment</li>
2384           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2385             when loaded from Jalview project</li>
2386           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2387           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2388             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2389           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2390             associated with all views</li>
2391           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2392             annotation rows to new window</li>
2393         </ul> <em>Applet</em>
2394         <ul>
2395           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2396             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2397           <li>loading features via javascript API automatically
2398             enables feature display</li>
2399           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2400             work</li>
2401         </ul> <em>General</em>
2402         <ul>
2403           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2404           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2405             and then deselected</li>
2406           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2407           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2408             coloured with clustalx</li>
2409           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2410             exceptions and redraw errors</li>
2411           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2412             reconfigured view</li>
2413           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2414             colour</li>
2415           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2416             for lots of labels</li>
2417         </ul>
2418     </tr>
2419     <tr>
2420       <td>
2421         <div align="center">
2422           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2423         </div>
2424       </td>
2425       <td><em>Application</em>
2426         <ul>
2427           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2428           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2429           <li>View/alignment association menu to enable user to
2430             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2431             its colours/correspondences from</li>
2432           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2433           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2434             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2435           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2436           <li>Annotation row column label formatting attributes
2437             stored in project file</li>
2438           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2439             rows preserved in Jalview project file</li>
2440           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2441             saved using Desktop window menu</li>
2442           <li>Visual indication that command line arguments are
2443             still being processed</li>
2444           <li>Groovy script execution from URL</li>
2445           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2446             preferences</li>
2447           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2448             alignment with sequences that have high similarity and
2449             matching IDs</li>
2450           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2451           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2452             structures in same window</li>
2453           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2454           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2455             analysis function in its own submenu</li>
2456         </ul> <em>Applet</em>
2457         <ul>
2458           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2459             groups</li>
2460           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2461           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2462           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2463           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2464           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2465             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2466           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2467           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2468             parameters are treated as such</li>
2469           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2470             <ul>
2471               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2472               <li>Javascript callbacks for
2473                 <ul>
2474                   <li>Applet initialisation</li>
2475                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2476                 </ul>
2477               </li>
2478               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2479                 functions</li>
2480               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2481               <li>javascript structure viewer harness to pass
2482                 messages between Jmol and Jalview when running as
2483                 distinct applets</li>
2484               <li>sortBy method</li>
2485               <li>Set of applet and application examples shipped
2486                 with documentation</li>
2487               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2488                 javascript message exchange</li>
2489             </ul>
2490         </ul> <em>General</em>
2491         <ul>
2492           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2493             multiple alignments</li>
2494           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2495           <li>User configurable link to enable redirects to a
2496             www.Jalview.org mirror</li>
2497           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2498           <li>Configurable newline string when writing alignment
2499             and other flat files</li>
2500           <li>Allow alignment annotation description lines to
2501             contain html tags</li>
2502         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2503         <ul>
2504           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2505             examples</li>
2506           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2507             using a web service before displaying the result in the
2508             Jalview desktop</li>
2509           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2510           <li>Ant target to publish example html files with applet
2511             archive</li>
2512           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2513           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2514         </ul></td>
2515       <td><em>Application</em>
2516         <ul>
2517           <li>User defined colourscheme throws exception when
2518             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2519           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2520             dialog for valid filename/format</li>
2521           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2522           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2523             P37173</li>
2524           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2525             which sequence is to be associated with the file</li>
2526           <li>Find All raises null pointer exception when query
2527             only matches sequence IDs</li>
2528           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2529           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2530             2.4 cannot be loaded</li>
2531           <li>Filetype associations not installed for webstart
2532             launch</li>
2533           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2534             with sequences in different alignments do not get coloured
2535             by their associated sequence</li>
2536           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2537             not preserved when project is loaded</li>
2538           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2539             stored in Jalview project</li>
2540           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2541             Jalview project</li>
2542           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2543           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2544             by conservation</li>
2545           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2546             created on new view</li>
2547           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2548             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2549           <li>Alignment quality not updated after alignment
2550             annotation row is hidden then shown</li>
2551           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2552             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2553           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2554             properly</li>
2555           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2556             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2557           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2558           <li>Structures imported from file and saved in project
2559             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2560           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2561             job execution in full once it is complete</li>
2562         </ul> <em>Applet</em>
2563         <ul>
2564           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2565             annotation rows are displayed</li>
2566           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2567             codebase</li>
2568           <li>View follows highlighting does not work for positions
2569             in sequences</li>
2570           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2571           <li>Export features raises exception when no features
2572             exist</li>
2573           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2574             for javascript api is modified when separator string
2575             provided as parameter</li>
2576           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2577             alignment with no existing selection</li>
2578           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2579             to applet&#39;s codebase</li>
2580           <li>Status bar not updated after finished searching and
2581             search wraps around to first result</li>
2582           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2583             several Jalview applets causes race conditions and memory
2584             leaks</li>
2585           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2586             not sent from Jmol in applet</li>
2587           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2588             applet API fatally hang browser</li>
2589         </ul> <em>General</em>
2590         <ul>
2591           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2592             position with wrapped view and hidden regions</li>
2593           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2594             with/without hidden columns</li>
2595           <li>Sequence length given in alignment properties window
2596             is off by 1</li>
2597           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2598             import PDB like structure files</li>
2599           <li>Positional search results are only highlighted
2600             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2601           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2602           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2603             given sequence position</li>
2604           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2605             output</li>
2606           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2607             from nucleotide chains correctly</li>
2608           <li>Structure colours not updated when tree partition
2609             changed in alignment</li>
2610           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2611             parsed in interleaved stockholm</li>
2612           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2613             state</li>
2614           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2615             properly</li>
2616           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2617             properly associated with their pdb files</li>
2618         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2619         <ul>
2620           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2621             ApplyCopyright tool</li>
2622         </ul></td>
2623     </tr>
2624     <tr>
2625       <td>
2626         <div align="center">
2627           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2628         </div>
2629       </td>
2630       <td><em>Application</em>
2631         <ul>
2632           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2633             contact web services</li>
2634           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2635             service job window</li>
2636           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2637         </ul></td>
2638       <td>
2639         <ul>
2640           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2641             pir file emitted by Jalview</li>
2642           <li>Existing feature settings transferred to new
2643             alignment view created from cut'n'paste</li>
2644           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2645             parsing PDB files</li>
2646           <li>Consensus and conservation annotation rows
2647             occasionally become blank for all new windows</li>
2648           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2649             in wrapped view mode</li>
2650         </ul> <em>Application</em>
2651         <ul>
2652           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2653             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2654           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2655             parameter names</li>
2656           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2657             is down</li>
2658         </ul>
2659       </td>
2660     </tr>
2661     <tr>
2662       <td>
2663         <div align="center">
2664           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2665         </div>
2666       </td>
2667       <td><em>Application</em>
2668         <ul>
2669           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2670             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2671             (JABAWS)
2672           </li>
2673           <li>Web Services preference tab</li>
2674           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2675             preferences</li>
2676           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2677           <li>Superpose structures using associated sequence
2678             alignment</li>
2679           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2680             viewer</li>
2681         </ul> <em>Applet</em>
2682         <ul>
2683           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2684             link out mechanism</li>
2685         </ul> <em>Other</em>
2686         <ul>
2687           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2688             series 12</li>
2689           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2690             require Java 1.5</li>
2691           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2692             sequence annotation files</li>
2693           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2694             type colour specification</li>
2695           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2696             script to check if it being run in an interactive session or
2697             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2698         </ul></td>
2699       <td>
2700         <ul>
2701           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2702             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2703         </ul> <em>Application</em>
2704         <ul>
2705           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2706             selected Regions menu item</li>
2707           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2708             part of a valid accession ID</li>
2709           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2710             runs out of memory</li>
2711           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2712             analysis results</li>
2713           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2714             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2715           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2716         </ul> <em>Applet</em>
2717         <ul>
2718           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2719             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2720             defined.</li>
2721         </ul>
2722       </td>
2723     </tr>
2724     <tr>
2725       <td>
2726         <div align="center">
2727           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2728         </div>
2729       </td>
2730       <td></td>
2731       <td>
2732         <ul>
2733           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2734             sequence IDs</li>
2735           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2736             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2737           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2738             import correctly</li>
2739           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2740             number of columns are hidden</li>
2741           <li>annotation label popup menu not providing correct
2742             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2743             present</li>
2744           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2745             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2746           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2747             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2748
2749         </ul> <em>Applet</em>
2750         <ul>
2751           <li>annotation panel disappears when annotation is
2752             hidden/removed</li>
2753         </ul> <em>Application</em>
2754         <ul>
2755           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2756             alignment opened where annotation panel is visible but no
2757             annotations are present on alignment</li>
2758           <li>pasted region containing hidden columns is
2759             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2760           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2761             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2762           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2763             selected Rregions menu item.</li>
2764           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2765             'Un' or 'Non'conserved</li>
2766           <li>Sequence feature settings are being shared by
2767             multiple distinct alignments</li>
2768           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2769             changed</li>
2770           <li>double click on group annotation to select sequences
2771             does not propagate to associated trees</li>
2772           <li>Mac OSX specific issues:
2773             <ul>
2774               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2775                 window background</li>
2776               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2777                 name set correctly</li>
2778               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2779                 save feature colourscheme button</li>
2780             </ul>
2781           </li>
2782         </ul>
2783       </td>
2784     </tr>
2785     <tr>
2786
2787       <td>
2788         <div align="center">
2789           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2790         </div>
2791       </td>
2792       <td><em>New Capabilities</em>
2793         <ul>
2794           <li>URL links generated from description line for
2795             regular-expression based URL links (applet and application)
2796
2797           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2798             menu</li>
2799           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2800             structures</li>
2801           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2802             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2803           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2804             average score or total feature count for each sequence.</li>
2805           <li>Shading features by score or associated description</li>
2806           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2807             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2808           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2809             hide everything but the currently selected region.</li>
2810           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2811         </ul> <em>Application</em>
2812         <ul>
2813           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2814             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2815           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2816             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2817           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2818             database references and protein_name is parsed as
2819             description line (BioSapiens terms).</li>
2820           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2821             references in sequence ID tooltip from View menu in
2822             application.</li>
2823           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2824       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2825           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2826             conservation plots</li>
2827           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2828             and visualized as sequence logos</li>
2829           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2830             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2831           </li>
2832           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2833             when a new tree is opened.</li>
2834           <li>Jalview Java Console</li>
2835           <li>Better placement of desktop window when moving
2836             between different screens.</li>
2837           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2838             consensus annotation</li>
2839           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2840             Workflows</li>
2841           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2842             <ul>
2843               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2844                 used to preserve views, structures, and tree display
2845                 settings)</li>
2846               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2847                 command line</li>
2848               <li>Sharing of selected regions between views and
2849                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2850               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2851             </ul></li>
2852         </ul> <em>Applet</em>
2853         <ul>
2854           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2855           <li>New Parameters
2856             <ul>
2857               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2858                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2859                 opened.</li>
2860               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2861                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2862               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2863                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2864               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2865                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2866                 view</li>
2867               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2868                 increase the height or width of a cell in the alignment
2869                 grid relative to the current font size.</li>
2870             </ul>
2871           </li>
2872           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2873             tooltip</li>
2874         </ul> <em>Other</em>
2875         <ul>
2876           <li>Features format: graduated colour definitions and
2877             specification of feature scores</li>
2878           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2879             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2880             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2881           <li>XML formats extended to support graduated feature
2882             colourschemes, group associated annotation, and profile
2883             visualization settings.</li></td>
2884       <td>
2885         <ul>
2886           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2887             rather than description</li>
2888           <li>Non-positional features are now included in sequence
2889             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2890             visibility in tooltip).</li>
2891           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2892           <li>Added URL embedding instructions to features file
2893             documentation.</li>
2894           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2895             'X' in peptide product</li>
2896           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2897             sequence ID and sequence string and query strings do not
2898             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2899           <li>AMSA files only contain first column of
2900             multi-character column annotation labels</li>
2901           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2902             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2903             exported and re-imported)</li>
2904           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2905             name</li>
2906           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2907             as subsequence matches, and correctly reports total number
2908             of both.</li>
2909           <li>Application:
2910             <ul>
2911               <li>Better handling of exceptions during sequence
2912                 retrieval</li>
2913               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2914                 link text excludes the start_end suffix</li>
2915               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2916                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2917               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2918               <li>Sequence description lines properly shared via
2919                 VAMSAS</li>
2920               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2921                 data sources</li>
2922               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2923                 completes before alignment figures are generated.</li>
2924               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2925                 first time.</li>
2926               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2927                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2928               <li>User defined group colours properly recovered
2929                 from Jalview projects.</li>
2930             </ul>
2931           </li>
2932         </ul>
2933       </td>
2934
2935     </tr>
2936     <tr>
2937       <td>
2938         <div align="center">
2939           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2940         </div>
2941       </td>
2942       <td>
2943         <ul>
2944           <li>Experimental support for google analytics usage
2945             tracking.</li>
2946           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2947         </ul>
2948       </td>
2949       <td>
2950         <ul>
2951           <li>Race condition in applet preventing startup in
2952             jre1.6.0u12+.</li>
2953           <li>Exception when feature created from selection beyond
2954             length of sequence.</li>
2955           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2956           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2957             all sequences with a given id</li>
2958           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2959             ID string searches</li>
2960           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2961             alignment to fail with exception</li>
2962         </ul> <em>Application Issues</em>
2963         <ul>
2964           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2965           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2966             data sources</li>
2967         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2968         <ul>
2969           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2970             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2971           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2972             version (java class versioning error fixed)</li>
2973         </ul>
2974       </td>
2975     </tr>
2976     <tr>
2977       <td>
2978
2979         <div align="center">
2980           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2981         </div>
2982       </td>
2983       <td><em>User Interface</em>
2984         <ul>
2985           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2986             translation and protein products</li>
2987           <li>Linked highlighting of structure associated with
2988             residue mapping to codon position</li>
2989           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2990             and 'clear' button</li>
2991           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2992             Tools menu</li>
2993           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2994             numeric data in description line</li>
2995           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2996           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2997             of sequence</li>
2998         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2999         <ul>
3000           <li>JPred3 web service</li>
3001           <li>Prototype sequence search client (no public services
3002             available yet)</li>
3003           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3004             PFAM</li>
3005           <li>URL Links created for matching database cross
3006             references as well as sequence ID</li>
3007           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3008         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3009         <ul>
3010           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3011             databases</li>
3012           <li>Generalised database reference retrieval and
3013             validation to all fetchable databases</li>
3014           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3015             sequence command</li>
3016         </ul> <em>Import and Export</em>
3017         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3018         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3019           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3020         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3021           File</li>
3022         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3023           triplet as name of colourscheme</li>
3024         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3025         <ul>
3026           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3027           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3028             alignments (experimental)</li>
3029           <li>Create new or select existing session to join</li>
3030           <li>load and save of vamsas documents</li>
3031         </ul> <em>Application command line</em>
3032         <ul>
3033           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3034             from applet)</li>
3035           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3036             of DAS servers to query for alignment features</li>
3037           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3038             that are also automatically queried for features</li>
3039           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3040             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3041         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3042         <ul>
3043           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3044             application (when using &quot;View in full
3045             application&quot;)</li>
3046         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3047         <ul>
3048           <li>feature group display control parameter</li>
3049           <li>debug parameter</li>
3050           <li>showbutton parameter</li>
3051         </ul> <em>Applet API methods</em>
3052         <ul>
3053           <li>newView public method</li>
3054           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3055           <li>Feature display control methods</li>
3056           <li>get list of currently selected sequences</li>
3057         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3058         <ul>
3059           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3060           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3061             Jalview release.</li>
3062           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3063             property controls execution of obfuscator</li>
3064           <li>Build target for generating source distribution</li>
3065           <li>Debug flag for javacc</li>
3066           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3067             jalview.bin.Cache</li>
3068           <li>Continuous Build Integration for stable and
3069             development version of Application, Applet and source
3070             distribution</li>
3071         </ul></td>
3072       <td>
3073         <ul>
3074           <li>selected region output includes visible annotations
3075             (for certain formats)</li>
3076           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3077             for editing</li>
3078           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3079           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3080           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3081           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3082             comments</li>
3083           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3084             filenames containing a ':'</li>
3085           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3086             global sequence features</li>
3087           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3088             references from alignment sequences goes to zero</li>
3089           <li>Close of tree branch colour box without colour
3090             selection causes cascading exceptions</li>
3091           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3092           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3093             file parsing fails.</li>
3094           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3095           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3096             not a valid output format</li>
3097           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3098             vamsas</li>
3099           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3100           <li>error messages passed up and output when data read
3101             fails</li>
3102           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3103             sequence is edited</li>
3104           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3105             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3106           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3107             filetype</li>
3108           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3109             import fixed for PFAM records</li>
3110           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3111             window list</li>
3112           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3113             can be read and written correctly to annotation file</li>
3114           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3115             correctly</li>
3116           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3117             non-italic font for representatives in Applet</li>
3118           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3119             Macs.</li>
3120           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3121             Applet)</li>
3122           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3123             due to null pointer exceptions</li>
3124           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3125             first column of alignment</li>
3126           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3127             July 2008</li>
3128           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3129             file is case-insensitive</li>
3130           <li>Sequence features read from Features file appended to
3131             all sequences with matching IDs</li>
3132           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3133             containing a sub-sequence</li>
3134           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3135           <li>feature and annotation file applet parameters
3136             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3137           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3138           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3139             splash-screen version check to complete</li>
3140           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3141             when passing them to the launchApp service</li>
3142           <li>display name and local features preserved in results
3143             retrieved from web service</li>
3144           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3145             sequence fetcher initialisation</li>
3146           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3147             dasobert DAS client</li>
3148           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3149             association</li>
3150           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3151             sequences
3152           </li>
3153         </ul>
3154       </td>
3155     </tr>
3156     <tr>
3157       <td>
3158         <div align="center">
3159           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3160         </div>
3161       </td>
3162       <td>
3163         <ul>
3164           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3165           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3166           <li>Slide sequences</li>
3167           <li>Edit sequence in place</li>
3168           <li>EMBL CDS features</li>
3169           <li>DAS Feature mapping</li>
3170           <li>Feature ordering</li>
3171           <li>Alignment Properties</li>
3172           <li>Annotation Scores</li>
3173           <li>Sort by scores</li>
3174           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3175         </ul>
3176       </td>
3177       <td>
3178         <ul>
3179           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3180           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3181           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3182           <li>Feature group display state in XML</li>
3183           <li>Feature ordering in XML</li>
3184           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3185           <li>Stockholm alignment properties</li>
3186           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3187           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3188           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3189           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3190         </ul>
3191       </td>
3192
3193     </tr>
3194     <tr>
3195       <td>
3196         <div align="center">
3197           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3198         </div>
3199       </td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>Non standard characters can be read and displayed
3203           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3204             applet via textbox
3205           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3206             name &amp; description
3207           <li>Preference setting to display sequence name in
3208             italics
3209           <li>Annotation file format extended to allow
3210             Sequence_groups to be defined
3211           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3212             specified in preferences
3213           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3214             sequences
3215         </ul>
3216       </td>
3217       <td>
3218         <ul>
3219           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3220             installed
3221           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3222           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3223         </ul>
3224       </td>
3225     </tr>
3226     <tr>
3227       <td>
3228         <div align="center">
3229           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3230         </div>
3231       </td>
3232       <td>
3233         <ul>
3234           <li>Multiple views on alignment
3235           <li>Sequence feature editing
3236           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3237           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3238           <li>Background dependent text colour
3239           <li>Right align sequence ids
3240           <li>User-defined lower case residue colours
3241           <li>Format Menu
3242           <li>Select Menu
3243           <li>Menu item accelerator keys
3244           <li>Control-V pastes to current alignment
3245           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3246           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3247           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3248
3249           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3250         </ul>
3251       </td>
3252       <td>
3253         <ul>
3254           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3255           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3256             calculations
3257           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3258             edits
3259           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3260             of alignment)
3261           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3262
3263           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3264             display correctly
3265           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3266           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3267             analysis results
3268           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3269             &#8739;
3270           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3271           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3272           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3273
3274         </ul>
3275       </td>
3276     </tr>
3277     <tr>
3278       <td>
3279         <div align="center">
3280           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3281         </div>
3282       </td>
3283       <td>
3284         <ul>
3285           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3286         </ul>
3287       </td>
3288       <td>
3289         <ul>
3290           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3291             sequence id panel has been resized</li>
3292           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3293             rendered</li>
3294           <li>Annotation files with sequence references - all
3295             elements in file are relative to sequence position</li>
3296           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3297         </ul>
3298       </td>
3299     </tr>
3300     <tr>
3301       <td>
3302         <div align="center">
3303           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3304         </div>
3305       </td>
3306       <td>
3307         <ul>
3308           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3309           <li>DAS Feature fetching</li>
3310           <li>Hide sequences and columns</li>
3311           <li>Export Annotations and Features</li>
3312           <li>GFF file reading / writing</li>
3313           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3314             files</li>
3315           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3316           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3317           <li>Applet can launch the full application</li>
3318           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3319             required)</li>
3320           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3321           <li>Applet can load sequences from parameter
3322             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3323           </li>
3324         </ul>
3325       </td>
3326       <td>
3327         <ul>
3328           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3329           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3330           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3331         </ul>
3332       </td>
3333     </tr>
3334     <tr>
3335       <td>
3336         <div align="center">
3337           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3338         </div>
3339       </td>
3340       <td>
3341         <ul>
3342           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3343           <li>Choose to match case when searching</li>
3344           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3345             expand the visible width and height of the alignment</li>
3346         </ul>
3347       </td>
3348       <td>
3349         <ul>
3350           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3351         </ul>
3352       </td>
3353     </tr>
3354     <tr>
3355       <td>
3356         <div align="center">
3357           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3358         </div>
3359       </td>
3360       <td>&nbsp;</td>
3361       <td>
3362         <ul>
3363           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3364           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3365             value</li>
3366         </ul>
3367       </td>
3368     </tr>
3369     <tr>
3370       <td>
3371         <div align="center">
3372           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3373         </div>
3374       </td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3378           <li>Keyboard editing</li>
3379           <li>Create sequence features from searches</li>
3380           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3381             alignments</li>
3382           <li>Features file allows grouping of features</li>
3383           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3384           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3385           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3386         </ul>
3387       </td>
3388       <td>
3389         <ul>
3390           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3391           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3392             descriptions saved.</li>
3393         </ul>
3394       </td>
3395     </tr>
3396     <tr>
3397       <td>
3398         <div align="center">
3399           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3400         </div>
3401       </td>
3402       <td>
3403         <ul>
3404           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3405           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3406           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3407             name for file output</li>
3408           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3409           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3410             used for HTML form input</li>
3411         </ul>
3412       </td>
3413       <td>
3414         <ul>
3415           <li>HTML output writes groups and features</li>
3416           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3417           <li>File IO bugs</li>
3418         </ul>
3419       </td>
3420     </tr>
3421     <tr>
3422       <td>
3423         <div align="center">
3424           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3425         </div>
3426       </td>
3427       <td>
3428         <ul>
3429           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3430           <li>More options for PCA viewer</li>
3431         </ul>
3432       </td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>GUI bugs resolved</li>
3436           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3437         </ul>
3438       </td>
3439     </tr>
3440     <tr>
3441       <td height="63">
3442         <div align="center">
3443           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3444         </div>
3445       </td>
3446       <td>
3447         <ul>
3448           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3449           <li>Jar files are executable</li>
3450           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3451         </ul>
3452       </td>
3453       <td>
3454         <ul>
3455           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3456           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3457           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3458         </ul>
3459       </td>
3460     </tr>
3461     <tr>
3462       <td>
3463         <div align="center">
3464           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3465         </div>
3466       </td>
3467       <td>
3468         <ul>
3469           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3470         </ul>
3471       </td>
3472       <td>
3473         <ul>
3474           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3475         </ul>
3476       </td>
3477     </tr>
3478     <tr>
3479       <td>
3480         <div align="center">
3481           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3482         </div>
3483       </td>
3484       <td>
3485         <ul>
3486           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3487             size</li>
3488         </ul>
3489       </td>
3490       <td>
3491         <ul>
3492           <li>Improved JPred client reliability</li>
3493           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3494         </ul>
3495       </td>
3496     </tr>
3497     <tr>
3498       <td>
3499         <div align="center">
3500           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3501         </div>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3506           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3507           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3508             to Colour Menu</li>
3509           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3510           <li>Unix users can set default web browser</li>
3511           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3512           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3513         </ul>
3514       </td>
3515       <td>
3516         <ul>
3517           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3518         </ul>
3519       </td>
3520     </tr>
3521     <tr>
3522       <td>
3523         <div align="center">
3524           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3525         </div>
3526       </td>
3527       <td>&nbsp;</td>
3528       <td>
3529         <ul>
3530           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3531             alignment order.</li>
3532         </ul>
3533       </td>
3534     </tr>
3535     <tr>
3536       <td>
3537         <div align="center">
3538           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3539         </div>
3540       </td>
3541       <td>
3542         <ul>
3543           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3544           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3545           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3546             annotations.</li>
3547           <li>Version and build date written to build properties
3548             file.</li>
3549           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3550             at launch of Jalview.</li>
3551         </ul>
3552       </td>
3553       <td>
3554         <ul>
3555           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3556           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3557           <li>Can remove groups one by one.</li>
3558           <li>Filechooser icons installed.</li>
3559           <li>Finder ignores return character when searching.
3560             Return key will initiate a search.<br>
3561           </li>
3562         </ul>
3563       </td>
3564     </tr>
3565     <tr>
3566       <td>
3567         <div align="center">
3568           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3569         </div>
3570       </td>
3571       <td>
3572         <ul>
3573           <li>New codebase</li>
3574         </ul>
3575       </td>
3576       <td>&nbsp;</td>
3577     </tr>
3578   </table>
3579   <p>&nbsp;</p>
3580 </body>
3581 </html>