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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>TBA</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
  82               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
  83               white)
  84             </li>
  85             <li><!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop Preferences</li>
  86           </ul>
  87         </div></td>
  88       <td><div align="left">
  89           <em></em>
  90           <ul>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
  93               column region row by row
  94             </li>
  95             <li>
  96               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
  97               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
  98             </li>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 101               format setting is unticked
 102             </li>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 105               if group has show boxes format setting unticked
 106             </li>
 107             <li>
 108               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when autoscrolling whilst
 109               dragging current selection group to include sequences and
 110               columns not currently displayed
 111             </li>
 112           </ul>
 113         </div></td>
 114
 115     <tr>
 116       <td width="60" nowrap>
 117         <div align="center">
 118           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 119         </div>
 120       </td>
 121       <td><div align="left">
 122           <em>Calculations</em>
 123           <ul>
 124
 125             <li>
 126               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 127               ungapped positions in each column of the alignment.
 128             </li>
 129             <li>
 130               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 131               a calculation dialog box
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 135               and memory efficiency (~30x faster)
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 139               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 140               and other calculations
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 144               files within the Jalview codebase
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 148               Similarity may have different topology due to increased
 149               precision
 150             </li>
 151           </ul>
 152           <em>Rendering</em>
 153           <ul>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 156               model for alignments and groups
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 160               scripts
 161             </li>
 162           </ul>
 163           <em>Overview</em>
 164           <ul>
 165             <li>
 166               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 167               with alignment and overview windows
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 171               overview
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 175               omitted in Overview
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 179               adjustment of visible position
 180             </li>
 181           </ul>
 182
 183           <em>Data import/export</em>
 184           <ul>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 187               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 191               annotation input/output via stockholm flatfile
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 195               extension when importing structure files without embedded
 196               names or PDB accessions
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 200               format sequence substitution matrices
 201             </li>
 202           </ul>
 203           <em>User Interface</em>
 204           <ul>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 207               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 208               the application.
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 212               via Overview or sequence motif search operations
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 216               opened by double clicking gaps within sequence feature
 217               extent
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 221               aligned positions were available to create a 3D structure
 222               superposition.
 223             </li>
 224           </ul>
 225           <em>3D Structure</em>
 226           <ul>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 229               coloured in linked structure views
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 233               file-based command exchange
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 237               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 238               structures are already available for sequences
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 242               the Jalview project rather than downloaded again when the
 243               project is reopened.
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 247               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 248               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 249                 Feature</strong>)
 250             </li>
 251           </ul>
 252           <em>Web Services</em>
 253           <ul>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 259               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 260               Analysis services
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 264               cross-references provided by identifiers.org and the
 265               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 266             </li>
 267           </ul>
 268
 269           <em>Scripting</em>
 270           <ul>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 273               identifying file formats (instead of String constants)
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 277               efficiency when counting all displayed features (not
 278               backwards compatible with 2.10.1)
 279             </li>
 280           </ul>
 281           <em>Example files</em>
 282           <ul>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 285               included in the example feature file
 286             </li>
 287           </ul>
 288           <em>Documentation</em>
 289           <ul>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 292               with the built-in Java help viewer
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 296               sequence description' option
 297             </li>
 298           </ul>
 299           <em>Test Suite</em>
 300           <ul>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 303               Uniprot REST Free Text Search Client
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 310               during tests
 311             </li>
 312           </ul>
 313         </div></td>
 314       <td><div align="left">
 315           <em>Calculations</em>
 316           <ul>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 319               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 320               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 321             </li>
 322             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 323               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 324               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 325               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 326               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 327               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 328               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 329               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 330               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 331               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 332               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 333               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 334               // for 2.10.1 mode <br />
 335               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 336               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 337                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 338                 calculations (not recommended)</em></li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 341               scaling of branch lengths for trees computed using
 342               Sequence Feature Similarity.
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 346               generating output report when working with highly
 347               redundant alignments
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 351               right of selected region when gaps present on right-hand
 352               boundary
 353             </li>
 354           </ul>
 355           <em>User Interface</em>
 356           <ul>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 359               doesn't reselect a specific sequence's associated
 360               annotation after it was used for colouring a view
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 364               opened on a region of alignment without groups
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 368               of an alignment with overlapping groups
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 372               name and description match
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 376               hidden regions results in incorrect hidden regions
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 380               changing colour does not apply Conservation slider value
 381               to all groups
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 385               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 389               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 393               gaps before start of features
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 397               restored to UI when feature colour is edited
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 401               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 405               as graduate feature colour settings are modified via the
 406               dialog box
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 410               when a group defined on the alignment is resized
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 414               wrapped view result in positional status updates
 415             </li>
 416
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 419               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 423               alignment included gapped columns
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 427               widgets don't permanently disappear
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 431               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 432               T-Coffee column reliability scores)
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 436               sequence feature on gaps only
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 440               button from a Find inherit previously defined feature type
 441               rather than the Find query string
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 445               exporting tree calculated in Jalview
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 449               and then revealing them reorders sequences on the
 450               alignment
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 454               doesn't update to reflect available set of groups after
 455               interactively adding or modifying features
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 459               Linux
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 463               only excluded gaps in current sequence and ignored
 464               selection.
 465             </li>
 466           </ul>
 467           <em>Rendering</em>
 468           <ul>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 471               erratically when hidden rows or columns are present
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 475               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 476               sequence colouring
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 480               colour and group colour menu for protein alignments
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 484               reflect currently selected view or group's shading
 485               thresholds
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 489               when rendered on overview and structures when opacity at
 490               100%
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 494               overview when features overlaid on alignment
 495             </li>
 496           </ul>
 497           <em>Data import/export</em>
 498           <ul>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 501               load
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 505               added after a sequence was imported are not written to
 506               Stockholm File
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 510               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 514               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 518               with lightGray or darkGray via features file (but can
 519               specify lightgray)
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 523               when alignment view imported from project
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 527               structure and sequences extracted from structure files
 528               imported via URL and viewed in Jmol
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 532               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 533               the project is loaded and the structure viewed
 534             </li>
 535           </ul>
 536           <em>Web Services</em>
 537           <ul>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 540               release of Ensembl v.88
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 544               appear enabled in Preferences->Connections
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 548               removed from console output
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 552               Ensembl by Peptide ID
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 556               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 557               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 558               due to 'null' string rather than empty string used for
 559               residues with no corresponding PDB mapping).
 560             </li>
 561           </ul>
 562           <em>Application UI</em>
 563           <ul>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 566               menu
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 570               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 571               new documentation and tooltips added)
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 575               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 579               new features are added to alignment
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 583               changes to feature colours via the Amend features dialog
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 587               edit graduated feature colour via amend features dialog
 588               box
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 592               selection menu changes colours of alignment views
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 596               from alignment calculation workers after alignment has
 597               been closed
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 601               groups now 'Create Group'
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 605               Create/Undefine group doesn't always work
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 609               shown again after pressing 'Cancel'
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 613               adjusts start position in wrap mode
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 617               ambiguous amino acids
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 621               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 622               proteins
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 626               Defined' don't appear in Colours menu
 627             </li>
 628           </ul>
 629           <em>Applet</em>
 630           <ul>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 633               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 637               overview or linked structure view
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 641               work (since 2.8)
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 645               user-defined colourscheme doesn't restore original
 646               colourscheme
 647             </li>
 648           </ul>
 649           <em>Test Suite</em>
 650           <ul>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 653               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 657               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 658               problems with deep array comparison equality asserts in
 659               successive versions of TestNG
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 663               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 664             </li>
 665           </ul>
 666           <em>New Known Issues</em>
 667           <ul>
 668             <li>
 669               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 670               phase after a sequence motif find operation
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 674               containing just upper and lower case letters are
 675               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 679               reliably from eggnog Ortholog database
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 683               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 684               to mark columns containing highlighted regions.
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 688               doesn't always add secondary structure annotation.
 689             </li>
 690           </ul>
 691         </div>
 692     <tr>
 693       <td width="60" nowrap>
 694         <div align="center">
 695           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 696         </div>
 697       </td>
 698       <td><div align="left">
 699           <em>General</em>
 700           <ul>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 703               for all consensus calculations
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 707               3rd Oct 2016)
 708             </li>
 709             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 710               for 2016-2017</li>
 711           </ul>
 712           <em>Application</em>
 713           <ul>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 716               set of database cross-references, sorted alphabetically
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 720               from database cross references. Users with custom links
 721               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 722                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 726               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 727               Chimera session
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 731               the Chimera it is connected to is shut down
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 735               columns menu item to mark columns containing highlighted
 736               regions (e.g. from structure selections or results of a
 737               Find operation)
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 741               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 742               MSAviewer
 743             </li>
 744           </ul>
 745         </div></td>
 746       <td>
 747         <div align="left">
 748           <em>General</em>
 749           <ul>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 752               are not coloured or thresholded according to percent
 753               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 757               hydrophobic
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 761               threshold, amino acid properties)
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 765               reported as mapped to residues in a structure file in the
 766               View Mapping report
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 770               could be added multiple times to a sequence
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 774               bond features shown as two highlighted residues rather
 775               than a range in linked structure views, and treated
 776               correctly when selecting and computing trees from features
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 780               cross-references are matched to database name regardless
 781               of case
 782             </li>
 783
 784           </ul>
 785           <em>Application</em>
 786           <ul>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 789               names without regular expressions also offer links from
 790               Sequence ID
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 794               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 795               update Jalview configuration
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 799               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 803               files with similarly named sequences if dropped onto the
 804               alignment
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 808               entries where more chains exist in the PDB accession than
 809               are reported in the SIFTS file
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 813               the structure view when displayed with Chimera
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 817               panel's View->Show Chains submenu
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 821               work for wrapped alignment views
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 825               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 829               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 830               first annotation row
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 834               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 838               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 839             </li>
 840             <!-- JAL-2319 -->
 841             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 842             coordindate data
 843             </li>
 844           </ul>
 845           <!--           <em>New Known Issues</em>
 846           <ul>
 847             <li></li>
 848           </ul> -->
 849         </div>
 850       </td>
 851     </tr>
 852     <td width="60" nowrap>
 853       <div align="center">
 854         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 855           <em>25/10/2016</em></strong>
 856       </div>
 857     </td>
 858     <td><em>Application</em>
 859       <ul>
 860         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 861           view if structures already loaded</li>
 862         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 863           structure views</li>
 864       </ul></td>
 865     <td>
 866       <div align="left">
 867         <em>General</em>
 868         <ul>
 869           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 870             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 871           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 872             example sequences/projects/trees</li>
 873         </ul>
 874         <em>Application</em>
 875         <ul>
 876           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 877             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 878           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 879             without timeout for structures with multiple models or
 880             multiple sequences in alignment</li>
 881           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 882             PDB ID HEADER line</li>
 883           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 884             is performed</li>
 885           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 886             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 887           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 888           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 889             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 890             option</li>
 891           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 892             is created on the alignment</li>
 893           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 894             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 895             pop-up menu</li>
 896         </ul>
 897         <em>Build and deployment</em>
 898         <ul>
 899           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 900             tags</li>
 901         </ul>
 902         <em>New Known Issues</em>
 903         <ul>
 904           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 905             on Windows</li>
 906         </ul>
 907       </div>
 908     </td>
 909     </tr>
 910     <tr>
 911       <td width="60" nowrap>
 912         <div align="center">
 913           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 914         </div>
 915       </td>
 916       <td><em>General</em>
 917         <ul>
 918           <li>
 919             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 923             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 924             better PDB parsing.
 925           </li>
 926           <li>
 927             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 928             reference sequence
 929           </li>
 930           <li>
 931             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 932             mousing over sequence associated annotation
 933           </li>
 934           <li>
 935             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 936             for manual entry
 937           </li>
 938           <li>
 939             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 940             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 941             for each column
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 945             showing or hiding columns containing a feature
 946           </li>
 947           <li>
 948             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 949             group and sequence associated annotation labels
 950           </li>
 951           <li>
 952             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 953             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 954             dialogs
 955           </li>
 956
 957         </ul> <em>Application</em>
 958         <ul>
 959           <li>
 960             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 961             gene/transcript view
 962           </li>
 963           <li>
 964             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 965             dialog
 966           </li>
 967           <li>
 968             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 969             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 970           </li>
 971           <li>
 972             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 973             Pfam sources to xfam.org
 974           </li>
 975           <li>
 976             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 977           </li>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 980             over sequences in Jalview
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 984             regions in ENA and EMBL
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 988             for record retrieval via ENA rest API
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 992             complement operator
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 996             groovy script execution
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1000             alignment window's Calculate menu
1001           </li>
1002           <li>
1003             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1004             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1005           </li>
1006           <li>
1007             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1008             calculation workers from groovy scripts
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1012             Jalview projects
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1016             associations are now saved/restored from project
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1020             before sequence fetcher is opened
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1024             database chooser opens a sequence fetcher
1025           </li>
1026           <li>
1027             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1028             the UniProt REST API
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1032             the news reader opening
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1036             querying stored in preferences
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1040             search results
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1047             menu for nucleotide sequences
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1051             and feature counts preserves alignment ordering (and
1052             debugged for complex feature sets).
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1056             viewing structures with Jalview 2.10
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1060             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1061             Ensembl Genomes REST API
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1065             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1066             (Ensembl)
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1070             sequences
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1074             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1075             data from external database records.
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1079             efficient recovery of sequence coding and alignment
1080             annotation relationships.
1081           </li>
1082         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1083         <ul>
1084           <li>
1085             -- JAL---
1086           </li>
1087         </ul> --></td>
1088       <td>
1089         <div align="left">
1090           <em>General</em>
1091           <ul>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1094               menu on OSX
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1098               includes graduated colourschemes
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1102               working with big alignments and lots of hidden columns
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1106               at right of alignment window
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1110               contents
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1114               for DNA alignments
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1118               based tree calculation
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1122               unconserved enabled for group on alignment
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1126               set as reference
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1130               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1131               annotation
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1135               hidden columns present
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1139               user created annotation added to alignment
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1143               '()' base pair annotation
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1147               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1148               Consensus
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1152               feature not working
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1156               beginning of sequence
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1160               entry 3a6s
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1164               from a tree when t-coffee scores are shown
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1168               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1172               some structures
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1176               to Clustal, PIR and PileUp output
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1180               not visible causes alignment window to repaint
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1184               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1185               scores associated with features and annotation rows
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1189               calculation should be case independent
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1193               columns
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1197               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1198               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1202               problems when reference sequence defined and 'show
1203               non-conserved' enabled
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1207               load even when Consensus calculation is disabled
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1211               alignment does nothing
1212             </li>
1213           </ul>
1214           <em>Application</em>
1215           <ul>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1218               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1219               yet fixed for El Capitan)
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1223               output when running on non-gb/us i18n platforms
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1227               hidden sequences as flat-file alignment
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1231               launching Chimera
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1235               (also hotfix for 2.9.0b2)
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1239               reference sequence defined
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1243               alignments and views when revealing hidden columns
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1247               view in a cDNA/Protein splitframe
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1251               sequence from project when only one sequence is
1252               represented
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1256               in Structure Chooser
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1260               structure consensus didn't refresh annotation panel
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1264               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1268               dialogs format columns correctly, don't display array
1269               data, sort columns according to type
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1273               file chooser is cancelled during an image export
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1277               sequence name containing special characters
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1281               case insensitive
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1285               formatting don't wrap
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1289               truncated so L looks like I in consensus annotation
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1293               currently displayed features for the current selection or
1294               view
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1298               after fetching cross-references, and restoring from
1299               project
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1303               followed in the structure viewer
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1307               splitframe not restored from project
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1311               trailing end of protein alignment in transcript/product
1312               splitview when pad-gaps not enabled by default
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1316               is case dependent
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1320               article has been read (reopened issue due to
1321               internationalisation problems)
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1325               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1326               cross-references
1327             </li>
1328
1329             <li>
1330               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1331               alignment as HTML
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1335               multiple structures are shown for one or more sequences.
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1339               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1340               is enabled.
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1344               specific PDB id for sequence
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1348               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1349               columns' is disabled.
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1353               selects lowest rather than highest resolution structures
1354               for each sequence
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1358               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1362               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1366               after clicking on it to create new annotation for a
1367               column.
1368             </li>
1369             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1370             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1371           </ul>
1372           <em>Applet</em>
1373           <ul>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1376               hidden columns present before start of sequence
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1380               (JSON jars)
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1384               sequences are hidden in applet
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1388               deployment on examples pages.
1389             </li>
1390           </ul>
1391         </div>
1392       </td>
1393     </tr>
1394     <tr>
1395       <td width="60" nowrap>
1396         <div align="center">
1397           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1398             <em>16/10/2015</em></strong>
1399         </div>
1400       </td>
1401       <td><em>General</em>
1402         <ul>
1403           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1404             jars</li>
1405         </ul></td>
1406       <td>
1407         <div align="left">
1408           <em>Application</em>
1409           <ul>
1410             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1411               shown when tree is partitioned</li>
1412             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1413               multiple cDNA/Protein split views</li>
1414           </ul>
1415         </div>
1416       </td>
1417     </tr>
1418     <tr>
1419       <td width="60" nowrap>
1420         <div align="center">
1421           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1422             <em>8/10/2015</em></strong>
1423         </div>
1424       </td>
1425       <td><em>General</em>
1426         <ul>
1427           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1428             2.9</li>
1429         </ul> <em>Application</em>
1430         <ul>
1431           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1432           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1433           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1434         </ul> <em>Applet</em>
1435         <ul>
1436           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1437         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1438         <ul>
1439           <li>
1440             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1441             suite
1442           </li>
1443         </ul></td>
1444       <td>
1445         <div align="left">
1446           <em>General</em>
1447           <ul>
1448             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1449               incorrect when sequence start > 1</li>
1450             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1451               documentation</li>
1452             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1453             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1454               loading a features file containing HTML tags in feature
1455               description</li>
1456
1457           </ul>
1458           <em>Application</em>
1459           <ul>
1460             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1461               reimport</li>
1462             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1463               with 'trim retrieved sequences'</li>
1464             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1465               deleting selected columns</li>
1466             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1467               JNLP templates for webstart launch</li>
1468             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1469               unreleased structures for download or viewing</li>
1470             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1471               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1472             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1473               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1474             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1475               recovered from jalview project</li>
1476             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1477               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1478               alignment view</li>
1479             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1480               color schemes from BioJSON</li>
1481           </ul>
1482           <em>Applet</em>
1483           <ul>
1484             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1485               frame</li>
1486             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1487           </ul>
1488         </div>
1489       </td>
1490     </tr>
1491     <tr>
1492       <td><div align="center">
1493           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1494         </div></td>
1495       <td><em>General</em>
1496         <ul>
1497           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1498             alignments:
1499             <ul>
1500               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1501                 and DNA alignment views</li>
1502               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1503                 cDNA alignment views</li>
1504               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1505                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1506               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1507                 protein sequences</li>
1508             </ul>
1509           </li>
1510           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1511           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1512             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1513           <li>New alignment annotation file statements for
1514             reference sequences and marking hidden columns</li>
1515           <li>Reference sequence based alignment shading to
1516             highlight variation</li>
1517           <li>Select or hide columns according to alignment
1518             annotation</li>
1519           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1520           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1521             acid conservation row</li>
1522           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1523         </ul> <em>Application</em>
1524         <ul>
1525           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1526             <ul>
1527               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1528                 view with cDNA/Protein</li>
1529               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1530                 sequences are placed in the same alignment</li>
1531               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1532                 projects</li>
1533             </ul>
1534           </li>
1535
1536           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1537           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1538             Jalview windows</li>
1539
1540           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1541           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1542           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1543             be shown in VARNA</li>
1544
1545           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1546             as the active selected region</li>
1547
1548           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1549             similarity</li>
1550           <li>New Export options
1551             <ul>
1552               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1553                 region export in flat file generation</li>
1554
1555               <li>Export alignment views for display with the <a
1556                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1557
1558               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1559               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1560                 alignment figures to HTML</li>
1561           </li>
1562           <li>3D structure retrieval and display
1563             <ul>
1564               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1565                 Search API</li>
1566               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1567                 PDB structures for a sequence set</li>
1568             </ul>
1569           </li>
1570
1571           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1572             predictions</li>
1573           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1574             for one or a group of sequences</li>
1575           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1576             from the JPred4 web server</li>
1577           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1578             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1579             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1580           </li>
1581           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1582             VARNA 2D Structure'</li>
1583           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1584             Structure ..."</li>
1585
1586         </ul> <em>Applet</em>
1587         <ul>
1588           <li>New layout for applet example pages</li>
1589           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1590             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1591           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1592             Protein alignments</li>
1593         </ul> <em>Development and deployment</em>
1594         <ul>
1595           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1596           <li>Include installation type and git revision in build
1597             properties and console log output</li>
1598           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1599             storing BioJsMSA Templates</li>
1600           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1601         </ul></td>
1602       <td>
1603         <!-- <em>General</em>
1604         <ul>
1605         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1606         <ul>
1607           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1608           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1609           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1610             predictions are not highlighted in amber</li>
1611           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1612             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1613           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1614             associated structure views</li>
1615           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1616             width checkbox not enabled</li>
1617           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1618             creating user defined colours</li>
1619           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1620             mappings for just that viewer's sequences</li>
1621           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1622             multiple models in Chimera</li>
1623           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1624             over Jmol structure</li>
1625           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1626             output to text box</li>
1627           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1628             have incorrect sequence start/end</li>
1629           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1630             Jalview fails</li>
1631           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1632             work for nucleotide</li>
1633           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1634             to a grey/invisible alignment window</li>
1635           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1636             imports to different position</li>
1637           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1638             on some platforms</li>
1639           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1640             populated</li>
1641           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1642             console if Chimera has been opened</li>
1643           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1644           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1645             retrieved</li>
1646           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1647           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1648             either sequence shows on first structure</li>
1649           <li>'Show annotations' options should not make
1650             non-positional annotations visible</li>
1651           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1652             in right place after 'view flanking regions'</li>
1653           <li>File Save As type unset when current file format is
1654             unknown</li>
1655           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1656             projects</li>
1657           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1658             responsive</li>
1659           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1660             several views on same alignment</li>
1661           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1662           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1663             spaces</li>
1664         </ul> <em>Applet</em>
1665         <ul>
1666           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1667           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1668             descriptions containing angle brackets</li>
1669         </ul> <em>General</em>
1670         <ul>
1671           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1672             via jalview annotation file</li>
1673           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1674             with RNA secondary structure</li>
1675           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1676             translation doesn't work.</li>
1677           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1678           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1679             positions</li>
1680           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1681             choosing 1pt font</li>
1682           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1683             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1684             'h'</li>
1685           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1686             new feature</li>
1687           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1688             order dependent</li>
1689           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1690             sequences</li>
1691           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1692         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1693         <ul>
1694           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1695             www.jalview.org</li>
1696         </ul> <em>Application Known issues</em>
1697         <ul>
1698           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1699           <li>Misleading message appears after trying to delete
1700             solid column.</li>
1701           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1702             version launches</li>
1703           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1704             fails with a sequence mismatch</li>
1705           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1706             scrolling alignment to right</li>
1707           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1708             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1709           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1710             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1711           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1712             ultra-high resolution</li>
1713           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1714             quality and conservation</li>
1715           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1716             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1717         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1718         <ul>
1719           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1720           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1721             window is being resized</li>
1722
1723         </ul>
1724       </td>
1725     </tr>
1726     <tr>
1727       <td><div align="center">
1728           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1729         </div></td>
1730       <td><em>General</em>
1731         <ul>
1732           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1733             Certum.PL.</li>
1734           <li>Features and annotation preserved when performing
1735             pairwise alignment</li>
1736           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1737             imported/exported/displayed</li>
1738           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1739             protein secondary structure</li>
1740           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1741               post-hoc with 2.9 release</em>)
1742           </li>
1743
1744         </ul> <em>Application</em>
1745         <ul>
1746           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1747             with 3D structures</li>
1748           <li>Support for parsing RNAML</li>
1749           <li>Annotations menu for layout
1750             <ul>
1751               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1752               <li>place sequence annotation above/below alignment
1753                 annotation</li>
1754             </ul>
1755           <li>Output in Stockholm format</li>
1756           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1757             translation</li>
1758           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1759           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1760             shared between alignments</li>
1761           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1762             Jalview</li>
1763           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1764             all or current selection</li>
1765           <li>disorder and secondary structure predictions
1766             available as dataset annotation</li>
1767           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1768
1769
1770           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1771             alignments from Rfam</li>
1772           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1773
1774           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1775             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1776           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1777           <li>include installation type in build properties and
1778             console log output</li>
1779           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1780             annotation</li>
1781         </ul></td>
1782       <td>
1783         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1784         <ul>
1785           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1786             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1787           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1788             alignment</li>
1789           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1790           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1791           <li>Double click on sequence associated annotation
1792             selects only first column</li>
1793           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1794             leaves shown in tree</li>
1795           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1796             properly</li>
1797           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1798           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1799             screen and buttons not visible</li>
1800           <li>author list isn't updated if already written to
1801             Jalview properties</li>
1802           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1803             from database</li>
1804           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1805           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1806             browser search window</li>
1807           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1808             in feature settings dialog</li>
1809           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1810             desktop</li>
1811           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1812             pass validation</li>
1813           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1814             fit on screen</li>
1815           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1816             tooltip</li>
1817           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1818             defined user preset</li>
1819           <li>MSA web services warns user if they were launched
1820             with invalid input</li>
1821           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1822             Java 8</li>
1823           <li>
1824             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1825             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1826             created
1827           </li>
1828
1829         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1830         <ul>
1831         </ul> <em>General</em>
1832         <ul>
1833         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1834         <ul>
1835           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1836             memory allocation</li>
1837           <li>launchApp service doesn't automatically open
1838             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1839           <li>
1840             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1841             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1842             1.7_055 is available
1843           </li>
1844         </ul> <em>Application Known issues</em>
1845         <ul>
1846           <li>
1847             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1848             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1849             alignment to right
1850           </li>
1851           <li>
1852             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1853             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1854             with large number of ID
1855           </li>
1856           <li>
1857             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1858             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1859             start/end
1860           </li>
1861           <li>
1862             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1863             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1864             structure tracks are rearranged
1865           </li>
1866           <li>
1867             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1868             invalid rna structure positional highlighting does not
1869             highlight position of invalid base pairs
1870           </li>
1871           <li>
1872             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1873             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1874             project from alignment window file menu
1875           </li>
1876           <li>
1877             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1878             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1879             structures
1880           </li>
1881           <li>
1882             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1883             colour by RNA Helices not enabled when user created
1884             annotation added to alignment
1885           </li>
1886           <li>
1887             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1888             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1889           </li>
1890         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1891         <ul>
1892           <li>
1893             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1894             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1895           </li>
1896           <li>
1897             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1898             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1899           </li>
1900
1901           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1902             when selected</li>
1903         </ul>
1904       </td>
1905     </tr>
1906     <tr>
1907       <td><div align="center">
1908           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1909         </div></td>
1910       <td>
1911         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1912         <em>General</em>
1913         <ul>
1914           <li>Internationalisation of user interface (usually
1915             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1916           <li>Define/Undefine group on current selection with
1917             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1918           <li>Improved group creation/removal options in
1919             alignment/sequence Popup menu</li>
1920           <li>Sensible precision for symbol distribution
1921             percentages shown in logo tooltip.</li>
1922           <li>Annotation panel height set according to amount of
1923             annotation when alignment first opened</li>
1924         </ul> <em>Application</em>
1925         <ul>
1926           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1927             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1928           <li>Select columns containing particular features from
1929             Feature Settings dialog</li>
1930           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1931             sequences</li>
1932           <li>Update Jalview project format:
1933             <ul>
1934               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1935               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1936                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1937               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1938                 colouring</li>
1939             </ul>
1940           </li>
1941           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1942             (PAM250)</li>
1943           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1944             flanking regions for an alignment</li>
1945         </ul>
1946       </td>
1947       <td>
1948         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1949         <ul>
1950           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1951             running after job is cancelled</li>
1952           <li>cannot export features from alignments imported from
1953             Jalview/VAMSAS projects</li>
1954           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1955             float values</li>
1956           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1957             have 'display all symbols' flag set</li>
1958           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1959             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1960           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1961             Jalview</li>
1962           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1963             Lion/Webstart</li>
1964           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1965           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1966           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1967             alignment onto desktop</li>
1968           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1969             'extract scores' function</li>
1970           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1971             alignment window</li>
1972           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1973             performing IUPred disorder prediction</li>
1974           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1975             changing 'normalise logo' display setting</li>
1976           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1977             nothing matches query</li>
1978           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1979             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1980           </li>
1981           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1982             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1983           </li>
1984           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1985             Jalview's menu</li>
1986           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1987             'invalid literal/length code'</li>
1988           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1989             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1990           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1991             colourscheme</li>
1992
1993         </ul> <em>Applet</em>
1994         <ul>
1995           <li>Remove group option is shown even when selection is
1996             not a group</li>
1997           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1998             don't affect groups</li>
1999           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2000             colourscheme name</li>
2001           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2002             Annotation panel is not displayed</li>
2003           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2004             embedded windows</li>
2005         </ul> <em>Other</em>
2006         <ul>
2007           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2008             single sequence were not calculated</li>
2009           <li>annotation files that contain only groups imported as
2010             annotation and junk sequences</li>
2011           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2012             recognised as PFAM or BLC</li>
2013           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2014             doesn't affect background (2.8.0b1)
2015           <li></li>
2016           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2017           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2018             trailing gaps</li>
2019           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2020             registered correctly on import</li>
2021           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2022             certain alignments</li>
2023           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2024             existing annotation based 'use original colours'
2025             colourscheme loses original colours setting</li>
2026         </ul>
2027       </td>
2028     </tr>
2029     <tr>
2030       <td><div align="center">
2031           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2032             <em>30/1/2014</em></strong>
2033         </div></td>
2034       <td>
2035         <ul>
2036           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2037             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2038             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2039             open source project).
2040           </li>
2041           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2042           <li>Output in Stockholm format</li>
2043           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2044           <li>Export/import group and sequence associated line
2045             graph thresholds</li>
2046           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2047             ambiguity codes</li>
2048           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2049             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2050             works</li>
2051           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2052         </ul> <em>Other improvements</em>
2053         <ul>
2054           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2055           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2056             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2057           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2058             files</li>
2059           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2060           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2061             link but no description</li>
2062           <li>Select primary source when selecting authority in
2063             database fetcher GUI</li>
2064           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2065             Jalview</li>
2066           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2067         </ul>
2068       </td>
2069       <td>
2070         <ul>
2071           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2072             displayed</li>
2073           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2074             secondary structure annotation line</li>
2075           <li>Sequence database accessions not imported when
2076             fetching alignments from Rfam</li>
2077           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2078             identical IDs</li>
2079           <li>View all structures does not always superpose
2080             structures</li>
2081           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2082             reflect user or preset settings</li>
2083           <li>Null pointer exceptions for some services without
2084             presets or adjustable parameters</li>
2085           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2086             discover PDB xRefs</li>
2087           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2088             features with DAS</li>
2089           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2090             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2091           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2092             residue follows a gap</li>
2093           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2094             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2095           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2096             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2097           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2098             annotation already exists on alignment</li>
2099           <li>oninit javascript function should be called after
2100             initialisation completes</li>
2101           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2102             alignment window display</li>
2103           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2104           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2105             to annotation file</li>
2106           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2107             groups created</li>
2108           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2109             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2110           <li>Pressing return several times causes Number Format
2111             exceptions in keyboard mode</li>
2112           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2113             correct partitions for input data</li>
2114           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2115           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2116           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2117           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2118             mode</li>
2119           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2120             changes one row&#39;s threshold</li>
2121           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2122             doesn&#39;t open</li>
2123           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2124             quality histograms</li>
2125         </ul>
2126       </td>
2127     </tr>
2128     <tr>
2129       <td><div align="center">
2130           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2131         </div></td>
2132       <td><em>Application</em>
2133         <ul>
2134           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2135             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2136           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2137             preferences</li>
2138           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2139             in Jalview alignment window</li>
2140           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2141             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2142           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2143             RNA and ambiguity codes</li>
2144
2145           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2146           <li>Support fetching and database reference look up
2147             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2148             refs')</li>
2149           <li>Jalview project improvements
2150             <ul>
2151               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2152                 flag for annotation</li>
2153               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2154                 alignment</li>
2155               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2156                 Jalview project</li>
2157
2158             </ul>
2159           </li>
2160           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2161           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2162             running</li>
2163           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2164           <li>visual indication that web service results are still
2165             being retrieved from server</li>
2166           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2167             starts up for first time</li>
2168           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2169             services</li>
2170           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2171             client library</li>
2172           <li>Examples directory and Groovy library included in
2173             InstallAnywhere distribution</li>
2174         </ul> <em>Applet</em>
2175         <ul>
2176           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2177             visualization applet example</li>
2178         </ul> <em>General</em>
2179         <ul>
2180           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2181           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2182             defaults</li>
2183           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2184             calculation</li>
2185           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2186             matrices
2187           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2188             in HTML</li>
2189           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2190             structure contacts</li>
2191           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2192           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2193           <li>Parse sequence associated secondary structure
2194             information in Stockholm files</li>
2195           <li>HTML Export database accessions and annotation
2196             information presented in tooltip for sequences</li>
2197           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2198             style RNA alignment files</li>
2199           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2200             alignment</li>
2201           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2202             shade each sequence according to its associated alignment
2203             annotation</li>
2204           <li>New Jalview Logo</li>
2205         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2206         <ul>
2207           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2208           <li>New Website!</li>
2209         </ul></td>
2210       <td><em>Application</em>
2211         <ul>
2212           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2213             wsdbfetch REST service</li>
2214           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2215           <li>Filetype associations not installed for webstart
2216             launch</li>
2217           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2218             job execution in full once it is complete</li>
2219           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2220             uploaded via ali_file parameter</li>
2221           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2222           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2223           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2224             submitted for prediction</li>
2225           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2226             desktop window</li>
2227           <li>Putting fractional value into integer text box in
2228             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2229           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2230             windows 7</li>
2231           <li>View all structures fails with exception shown in
2232             structure view</li>
2233           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2234             escaped in a platform independent way</li>
2235           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2236             using proxy</li>
2237           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2238             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2239           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2240             failure when java web start temporary file caching is
2241             disabled</li>
2242           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2243             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2244           <li>Errors during processing of command line arguments
2245             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2246           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2247             DAS sources in sequence fetcher</li>
2248           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2249             dialog is shown</li>
2250           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2251           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2252           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2253           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2254             on OSX Mountain Lion</li>
2255           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2256             sequences with alignment annotation are pasted into the
2257             alignment</li>
2258           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2259             when loaded from Jalview project</li>
2260           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2261           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2262             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2263           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2264             associated with all views</li>
2265           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2266             annotation rows to new window</li>
2267         </ul> <em>Applet</em>
2268         <ul>
2269           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2270             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2271           <li>loading features via javascript API automatically
2272             enables feature display</li>
2273           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2274             work</li>
2275         </ul> <em>General</em>
2276         <ul>
2277           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2278           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2279             and then deselected</li>
2280           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2281           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2282             coloured with clustalx</li>
2283           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2284             exceptions and redraw errors</li>
2285           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2286             reconfigured view</li>
2287           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2288             colour</li>
2289           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2290             for lots of labels</li>
2291         </ul>
2292     </tr>
2293     <tr>
2294       <td>
2295         <div align="center">
2296           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2297         </div>
2298       </td>
2299       <td><em>Application</em>
2300         <ul>
2301           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2302           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2303           <li>View/alignment association menu to enable user to
2304             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2305             its colours/correspondences from</li>
2306           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2307           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2308             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2309           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2310           <li>Annotation row column label formatting attributes
2311             stored in project file</li>
2312           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2313             rows preserved in Jalview project file</li>
2314           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2315             saved using Desktop window menu</li>
2316           <li>Visual indication that command line arguments are
2317             still being processed</li>
2318           <li>Groovy script execution from URL</li>
2319           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2320             preferences</li>
2321           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2322             alignment with sequences that have high similarity and
2323             matching IDs</li>
2324           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2325           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2326             structures in same window</li>
2327           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2328           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2329             analysis function in its own submenu</li>
2330         </ul> <em>Applet</em>
2331         <ul>
2332           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2333             groups</li>
2334           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2335           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2336           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2337           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2338           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2339             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2340           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2341           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2342             parameters are treated as such</li>
2343           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2344             <ul>
2345               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2346               <li>Javascript callbacks for
2347                 <ul>
2348                   <li>Applet initialisation</li>
2349                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2350                 </ul>
2351               </li>
2352               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2353                 functions</li>
2354               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2355               <li>javascript structure viewer harness to pass
2356                 messages between Jmol and Jalview when running as
2357                 distinct applets</li>
2358               <li>sortBy method</li>
2359               <li>Set of applet and application examples shipped
2360                 with documentation</li>
2361               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2362                 javascript message exchange</li>
2363             </ul>
2364         </ul> <em>General</em>
2365         <ul>
2366           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2367             multiple alignments</li>
2368           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2369           <li>User configurable link to enable redirects to a
2370             www.Jalview.org mirror</li>
2371           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2372           <li>Configurable newline string when writing alignment
2373             and other flat files</li>
2374           <li>Allow alignment annotation description lines to
2375             contain html tags</li>
2376         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2377         <ul>
2378           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2379             examples</li>
2380           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2381             using a web service before displaying the result in the
2382             Jalview desktop</li>
2383           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2384           <li>Ant target to publish example html files with applet
2385             archive</li>
2386           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2387           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2388         </ul></td>
2389       <td><em>Application</em>
2390         <ul>
2391           <li>User defined colourscheme throws exception when
2392             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2393           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2394             dialog for valid filename/format</li>
2395           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2396           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2397             P37173</li>
2398           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2399             which sequence is to be associated with the file</li>
2400           <li>Find All raises null pointer exception when query
2401             only matches sequence IDs</li>
2402           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2403           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2404             2.4 cannot be loaded</li>
2405           <li>Filetype associations not installed for webstart
2406             launch</li>
2407           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2408             with sequences in different alignments do not get coloured
2409             by their associated sequence</li>
2410           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2411             not preserved when project is loaded</li>
2412           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2413             stored in Jalview project</li>
2414           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2415             Jalview project</li>
2416           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2417           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2418             by conservation</li>
2419           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2420             created on new view</li>
2421           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2422             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2423           <li>Alignment quality not updated after alignment
2424             annotation row is hidden then shown</li>
2425           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2426             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2427           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2428             properly</li>
2429           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2430             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2431           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2432           <li>Structures imported from file and saved in project
2433             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2434           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2435             job execution in full once it is complete</li>
2436         </ul> <em>Applet</em>
2437         <ul>
2438           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2439             annotation rows are displayed</li>
2440           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2441             codebase</li>
2442           <li>View follows highlighting does not work for positions
2443             in sequences</li>
2444           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2445           <li>Export features raises exception when no features
2446             exist</li>
2447           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2448             for javascript api is modified when separator string
2449             provided as parameter</li>
2450           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2451             alignment with no existing selection</li>
2452           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2453             to applet&#39;s codebase</li>
2454           <li>Status bar not updated after finished searching and
2455             search wraps around to first result</li>
2456           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2457             several Jalview applets causes race conditions and memory
2458             leaks</li>
2459           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2460             not sent from Jmol in applet</li>
2461           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2462             applet API fatally hang browser</li>
2463         </ul> <em>General</em>
2464         <ul>
2465           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2466             position with wrapped view and hidden regions</li>
2467           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2468             with/without hidden columns</li>
2469           <li>Sequence length given in alignment properties window
2470             is off by 1</li>
2471           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2472             import PDB like structure files</li>
2473           <li>Positional search results are only highlighted
2474             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2475           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2476           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2477             given sequence position</li>
2478           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2479             output</li>
2480           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2481             from nucleotide chains correctly</li>
2482           <li>Structure colours not updated when tree partition
2483             changed in alignment</li>
2484           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2485             parsed in interleaved stockholm</li>
2486           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2487             state</li>
2488           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2489             properly</li>
2490           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2491             properly associated with their pdb files</li>
2492         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2493         <ul>
2494           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2495             ApplyCopyright tool</li>
2496         </ul></td>
2497     </tr>
2498     <tr>
2499       <td>
2500         <div align="center">
2501           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2502         </div>
2503       </td>
2504       <td><em>Application</em>
2505         <ul>
2506           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2507             contact web services</li>
2508           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2509             service job window</li>
2510           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2511         </ul></td>
2512       <td>
2513         <ul>
2514           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2515             pir file emitted by Jalview</li>
2516           <li>Existing feature settings transferred to new
2517             alignment view created from cut'n'paste</li>
2518           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2519             parsing PDB files</li>
2520           <li>Consensus and conservation annotation rows
2521             occasionally become blank for all new windows</li>
2522           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2523             in wrapped view mode</li>
2524         </ul> <em>Application</em>
2525         <ul>
2526           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2527             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2528           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2529             parameter names</li>
2530           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2531             is down</li>
2532         </ul>
2533       </td>
2534     </tr>
2535     <tr>
2536       <td>
2537         <div align="center">
2538           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2539         </div>
2540       </td>
2541       <td><em>Application</em>
2542         <ul>
2543           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2544             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2545             (JABAWS)
2546           </li>
2547           <li>Web Services preference tab</li>
2548           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2549             preferences</li>
2550           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2551           <li>Superpose structures using associated sequence
2552             alignment</li>
2553           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2554             viewer</li>
2555         </ul> <em>Applet</em>
2556         <ul>
2557           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2558             link out mechanism</li>
2559         </ul> <em>Other</em>
2560         <ul>
2561           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2562             series 12</li>
2563           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2564             require Java 1.5</li>
2565           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2566             sequence annotation files</li>
2567           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2568             type colour specification</li>
2569           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2570             script to check if it being run in an interactive session or
2571             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2572         </ul></td>
2573       <td>
2574         <ul>
2575           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2576             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2577         </ul> <em>Application</em>
2578         <ul>
2579           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2580             selected Regions menu item</li>
2581           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2582             part of a valid accession ID</li>
2583           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2584             runs out of memory</li>
2585           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2586             analysis results</li>
2587           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2588             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2589           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2590         </ul> <em>Applet</em>
2591         <ul>
2592           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2593             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2594             defined.</li>
2595         </ul>
2596       </td>
2597     </tr>
2598     <tr>
2599       <td>
2600         <div align="center">
2601           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2602         </div>
2603       </td>
2604       <td></td>
2605       <td>
2606         <ul>
2607           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2608             sequence IDs</li>
2609           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2610             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2611           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2612             import correctly</li>
2613           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2614             number of columns are hidden</li>
2615           <li>annotation label popup menu not providing correct
2616             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2617             present</li>
2618           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2619             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2620           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2621             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2622
2623         </ul> <em>Applet</em>
2624         <ul>
2625           <li>annotation panel disappears when annotation is
2626             hidden/removed</li>
2627         </ul> <em>Application</em>
2628         <ul>
2629           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2630             alignment opened where annotation panel is visible but no
2631             annotations are present on alignment</li>
2632           <li>pasted region containing hidden columns is
2633             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2634           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2635             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2636           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2637             selected Rregions menu item.</li>
2638           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2639             'Un' or 'Non'conserved</li>
2640           <li>Sequence feature settings are being shared by
2641             multiple distinct alignments</li>
2642           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2643             changed</li>
2644           <li>double click on group annotation to select sequences
2645             does not propagate to associated trees</li>
2646           <li>Mac OSX specific issues:
2647             <ul>
2648               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2649                 window background</li>
2650               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2651                 name set correctly</li>
2652               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2653                 save feature colourscheme button</li>
2654             </ul>
2655           </li>
2656         </ul>
2657       </td>
2658     </tr>
2659     <tr>
2660
2661       <td>
2662         <div align="center">
2663           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2664         </div>
2665       </td>
2666       <td><em>New Capabilities</em>
2667         <ul>
2668           <li>URL links generated from description line for
2669             regular-expression based URL links (applet and application)
2670
2671           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2672             menu</li>
2673           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2674             structures</li>
2675           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2676             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2677           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2678             average score or total feature count for each sequence.</li>
2679           <li>Shading features by score or associated description</li>
2680           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2681             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2682           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2683             hide everything but the currently selected region.</li>
2684           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2685         </ul> <em>Application</em>
2686         <ul>
2687           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2688             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2689           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2690             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2691           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2692             database references and protein_name is parsed as
2693             description line (BioSapiens terms).</li>
2694           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2695             references in sequence ID tooltip from View menu in
2696             application.</li>
2697           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2698       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2699           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2700             conservation plots</li>
2701           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2702             and visualized as sequence logos</li>
2703           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2704             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2705           </li>
2706           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2707             when a new tree is opened.</li>
2708           <li>Jalview Java Console</li>
2709           <li>Better placement of desktop window when moving
2710             between different screens.</li>
2711           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2712             consensus annotation</li>
2713           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2714             Workflows</li>
2715           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2716             <ul>
2717               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2718                 used to preserve views, structures, and tree display
2719                 settings)</li>
2720               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2721                 command line</li>
2722               <li>Sharing of selected regions between views and
2723                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2724               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2725             </ul></li>
2726         </ul> <em>Applet</em>
2727         <ul>
2728           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2729           <li>New Parameters
2730             <ul>
2731               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2732                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2733                 opened.</li>
2734               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2735                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2736               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2737                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2738               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2739                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2740                 view</li>
2741               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2742                 increase the height or width of a cell in the alignment
2743                 grid relative to the current font size.</li>
2744             </ul>
2745           </li>
2746           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2747             tooltip</li>
2748         </ul> <em>Other</em>
2749         <ul>
2750           <li>Features format: graduated colour definitions and
2751             specification of feature scores</li>
2752           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2753             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2754             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2755           <li>XML formats extended to support graduated feature
2756             colourschemes, group associated annotation, and profile
2757             visualization settings.</li></td>
2758       <td>
2759         <ul>
2760           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2761             rather than description</li>
2762           <li>Non-positional features are now included in sequence
2763             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2764             visibility in tooltip).</li>
2765           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2766           <li>Added URL embedding instructions to features file
2767             documentation.</li>
2768           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2769             'X' in peptide product</li>
2770           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2771             sequence ID and sequence string and query strings do not
2772             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2773           <li>AMSA files only contain first column of
2774             multi-character column annotation labels</li>
2775           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2776             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2777             exported and re-imported)</li>
2778           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2779             name</li>
2780           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2781             as subsequence matches, and correctly reports total number
2782             of both.</li>
2783           <li>Application:
2784             <ul>
2785               <li>Better handling of exceptions during sequence
2786                 retrieval</li>
2787               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2788                 link text excludes the start_end suffix</li>
2789               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2790                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2791               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2792               <li>Sequence description lines properly shared via
2793                 VAMSAS</li>
2794               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2795                 data sources</li>
2796               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2797                 completes before alignment figures are generated.</li>
2798               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2799                 first time.</li>
2800               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2801                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2802               <li>User defined group colours properly recovered
2803                 from Jalview projects.</li>
2804             </ul>
2805           </li>
2806         </ul>
2807       </td>
2808
2809     </tr>
2810     <tr>
2811       <td>
2812         <div align="center">
2813           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2814         </div>
2815       </td>
2816       <td>
2817         <ul>
2818           <li>Experimental support for google analytics usage
2819             tracking.</li>
2820           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2821         </ul>
2822       </td>
2823       <td>
2824         <ul>
2825           <li>Race condition in applet preventing startup in
2826             jre1.6.0u12+.</li>
2827           <li>Exception when feature created from selection beyond
2828             length of sequence.</li>
2829           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2830           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2831             all sequences with a given id</li>
2832           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2833             ID string searches</li>
2834           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2835             alignment to fail with exception</li>
2836         </ul> <em>Application Issues</em>
2837         <ul>
2838           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2839           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2840             data sources</li>
2841         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2842         <ul>
2843           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2844             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2845           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2846             version (java class versioning error fixed)</li>
2847         </ul>
2848       </td>
2849     </tr>
2850     <tr>
2851       <td>
2852
2853         <div align="center">
2854           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2855         </div>
2856       </td>
2857       <td><em>User Interface</em>
2858         <ul>
2859           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2860             translation and protein products</li>
2861           <li>Linked highlighting of structure associated with
2862             residue mapping to codon position</li>
2863           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2864             and 'clear' button</li>
2865           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2866             Tools menu</li>
2867           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2868             numeric data in description line</li>
2869           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2870           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2871             of sequence</li>
2872         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2873         <ul>
2874           <li>JPred3 web service</li>
2875           <li>Prototype sequence search client (no public services
2876             available yet)</li>
2877           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2878             PFAM</li>
2879           <li>URL Links created for matching database cross
2880             references as well as sequence ID</li>
2881           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2882         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2883         <ul>
2884           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2885             databases</li>
2886           <li>Generalised database reference retrieval and
2887             validation to all fetchable databases</li>
2888           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2889             sequence command</li>
2890         </ul> <em>Import and Export</em>
2891         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2892         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2893           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2894         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2895           File</li>
2896         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2897           triplet as name of colourscheme</li>
2898         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2899         <ul>
2900           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2901           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2902             alignments (experimental)</li>
2903           <li>Create new or select existing session to join</li>
2904           <li>load and save of vamsas documents</li>
2905         </ul> <em>Application command line</em>
2906         <ul>
2907           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2908             from applet)</li>
2909           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2910             of DAS servers to query for alignment features</li>
2911           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2912             that are also automatically queried for features</li>
2913           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2914             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2915         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2916         <ul>
2917           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2918             application (when using &quot;View in full
2919             application&quot;)</li>
2920         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2921         <ul>
2922           <li>feature group display control parameter</li>
2923           <li>debug parameter</li>
2924           <li>showbutton parameter</li>
2925         </ul> <em>Applet API methods</em>
2926         <ul>
2927           <li>newView public method</li>
2928           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2929           <li>Feature display control methods</li>
2930           <li>get list of currently selected sequences</li>
2931         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2932         <ul>
2933           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2934           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2935             Jalview release.</li>
2936           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2937             property controls execution of obfuscator</li>
2938           <li>Build target for generating source distribution</li>
2939           <li>Debug flag for javacc</li>
2940           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2941             jalview.bin.Cache</li>
2942           <li>Continuous Build Integration for stable and
2943             development version of Application, Applet and source
2944             distribution</li>
2945         </ul></td>
2946       <td>
2947         <ul>
2948           <li>selected region output includes visible annotations
2949             (for certain formats)</li>
2950           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2951             for editing</li>
2952           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2953           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2954           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2955           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2956             comments</li>
2957           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2958             filenames containing a ':'</li>
2959           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2960             global sequence features</li>
2961           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2962             references from alignment sequences goes to zero</li>
2963           <li>Close of tree branch colour box without colour
2964             selection causes cascading exceptions</li>
2965           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2966           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2967             file parsing fails.</li>
2968           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2969           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2970             not a valid output format</li>
2971           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2972             vamsas</li>
2973           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2974           <li>error messages passed up and output when data read
2975             fails</li>
2976           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2977             sequence is edited</li>
2978           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2979             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2980           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2981             filetype</li>
2982           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2983             import fixed for PFAM records</li>
2984           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2985             window list</li>
2986           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2987             can be read and written correctly to annotation file</li>
2988           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2989             correctly</li>
2990           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2991             non-italic font for representatives in Applet</li>
2992           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2993             Macs.</li>
2994           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2995             Applet)</li>
2996           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2997             due to null pointer exceptions</li>
2998           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2999             first column of alignment</li>
3000           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3001             July 2008</li>
3002           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3003             file is case-insensitive</li>
3004           <li>Sequence features read from Features file appended to
3005             all sequences with matching IDs</li>
3006           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3007             containing a sub-sequence</li>
3008           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3009           <li>feature and annotation file applet parameters
3010             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3011           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3012           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3013             splash-screen version check to complete</li>
3014           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3015             when passing them to the launchApp service</li>
3016           <li>display name and local features preserved in results
3017             retrieved from web service</li>
3018           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3019             sequence fetcher initialisation</li>
3020           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3021             dasobert DAS client</li>
3022           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3023             association</li>
3024           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3025             sequences
3026           </li>
3027         </ul>
3028       </td>
3029     </tr>
3030     <tr>
3031       <td>
3032         <div align="center">
3033           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3034         </div>
3035       </td>
3036       <td>
3037         <ul>
3038           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3039           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3040           <li>Slide sequences</li>
3041           <li>Edit sequence in place</li>
3042           <li>EMBL CDS features</li>
3043           <li>DAS Feature mapping</li>
3044           <li>Feature ordering</li>
3045           <li>Alignment Properties</li>
3046           <li>Annotation Scores</li>
3047           <li>Sort by scores</li>
3048           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3049         </ul>
3050       </td>
3051       <td>
3052         <ul>
3053           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3054           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3055           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3056           <li>Feature group display state in XML</li>
3057           <li>Feature ordering in XML</li>
3058           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3059           <li>Stockholm alignment properties</li>
3060           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3061           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3062           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3063           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3064         </ul>
3065       </td>
3066
3067     </tr>
3068     <tr>
3069       <td>
3070         <div align="center">
3071           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3072         </div>
3073       </td>
3074       <td>
3075         <ul>
3076           <li>Non standard characters can be read and displayed
3077           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3078             applet via textbox
3079           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3080             name &amp; description
3081           <li>Preference setting to display sequence name in
3082             italics
3083           <li>Annotation file format extended to allow
3084             Sequence_groups to be defined
3085           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3086             specified in preferences
3087           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3088             sequences
3089         </ul>
3090       </td>
3091       <td>
3092         <ul>
3093           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3094             installed
3095           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3096           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3097         </ul>
3098       </td>
3099     </tr>
3100     <tr>
3101       <td>
3102         <div align="center">
3103           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3104         </div>
3105       </td>
3106       <td>
3107         <ul>
3108           <li>Multiple views on alignment
3109           <li>Sequence feature editing
3110           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3111           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3112           <li>Background dependent text colour
3113           <li>Right align sequence ids
3114           <li>User-defined lower case residue colours
3115           <li>Format Menu
3116           <li>Select Menu
3117           <li>Menu item accelerator keys
3118           <li>Control-V pastes to current alignment
3119           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3120           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3121           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3122
3123           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3124         </ul>
3125       </td>
3126       <td>
3127         <ul>
3128           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3129           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3130             calculations
3131           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3132             edits
3133           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3134             of alignment)
3135           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3136
3137           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3138             display correctly
3139           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3140           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3141             analysis results
3142           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3143             &#8739;
3144           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3145           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3146           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3147
3148         </ul>
3149       </td>
3150     </tr>
3151     <tr>
3152       <td>
3153         <div align="center">
3154           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3155         </div>
3156       </td>
3157       <td>
3158         <ul>
3159           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3160         </ul>
3161       </td>
3162       <td>
3163         <ul>
3164           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3165             sequence id panel has been resized</li>
3166           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3167             rendered</li>
3168           <li>Annotation files with sequence references - all
3169             elements in file are relative to sequence position</li>
3170           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3171         </ul>
3172       </td>
3173     </tr>
3174     <tr>
3175       <td>
3176         <div align="center">
3177           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3178         </div>
3179       </td>
3180       <td>
3181         <ul>
3182           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3183           <li>DAS Feature fetching</li>
3184           <li>Hide sequences and columns</li>
3185           <li>Export Annotations and Features</li>
3186           <li>GFF file reading / writing</li>
3187           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3188             files</li>
3189           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3190           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3191           <li>Applet can launch the full application</li>
3192           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3193             required)</li>
3194           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3195           <li>Applet can load sequences from parameter
3196             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3197           </li>
3198         </ul>
3199       </td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3203           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3204           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3205         </ul>
3206       </td>
3207     </tr>
3208     <tr>
3209       <td>
3210         <div align="center">
3211           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3212         </div>
3213       </td>
3214       <td>
3215         <ul>
3216           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3217           <li>Choose to match case when searching</li>
3218           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3219             expand the visible width and height of the alignment</li>
3220         </ul>
3221       </td>
3222       <td>
3223         <ul>
3224           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3225         </ul>
3226       </td>
3227     </tr>
3228     <tr>
3229       <td>
3230         <div align="center">
3231           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3232         </div>
3233       </td>
3234       <td>&nbsp;</td>
3235       <td>
3236         <ul>
3237           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3238           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3239             value</li>
3240         </ul>
3241       </td>
3242     </tr>
3243     <tr>
3244       <td>
3245         <div align="center">
3246           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3247         </div>
3248       </td>
3249       <td>
3250         <ul>
3251           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3252           <li>Keyboard editing</li>
3253           <li>Create sequence features from searches</li>
3254           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3255             alignments</li>
3256           <li>Features file allows grouping of features</li>
3257           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3258           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3259           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3260         </ul>
3261       </td>
3262       <td>
3263         <ul>
3264           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3265           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3266             descriptions saved.</li>
3267         </ul>
3268       </td>
3269     </tr>
3270     <tr>
3271       <td>
3272         <div align="center">
3273           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3274         </div>
3275       </td>
3276       <td>
3277         <ul>
3278           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3279           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3280           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3281             name for file output</li>
3282           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3283           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3284             used for HTML form input</li>
3285         </ul>
3286       </td>
3287       <td>
3288         <ul>
3289           <li>HTML output writes groups and features</li>
3290           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3291           <li>File IO bugs</li>
3292         </ul>
3293       </td>
3294     </tr>
3295     <tr>
3296       <td>
3297         <div align="center">
3298           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3299         </div>
3300       </td>
3301       <td>
3302         <ul>
3303           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3304           <li>More options for PCA viewer</li>
3305         </ul>
3306       </td>
3307       <td>
3308         <ul>
3309           <li>GUI bugs resolved</li>
3310           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313     </tr>
3314     <tr>
3315       <td height="63">
3316         <div align="center">
3317           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3318         </div>
3319       </td>
3320       <td>
3321         <ul>
3322           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3323           <li>Jar files are executable</li>
3324           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3325         </ul>
3326       </td>
3327       <td>
3328         <ul>
3329           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3330           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3331           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3332         </ul>
3333       </td>
3334     </tr>
3335     <tr>
3336       <td>
3337         <div align="center">
3338           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3339         </div>
3340       </td>
3341       <td>
3342         <ul>
3343           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3344         </ul>
3345       </td>
3346       <td>
3347         <ul>
3348           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3349         </ul>
3350       </td>
3351     </tr>
3352     <tr>
3353       <td>
3354         <div align="center">
3355           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3356         </div>
3357       </td>
3358       <td>
3359         <ul>
3360           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3361             size</li>
3362         </ul>
3363       </td>
3364       <td>
3365         <ul>
3366           <li>Improved JPred client reliability</li>
3367           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3368         </ul>
3369       </td>
3370     </tr>
3371     <tr>
3372       <td>
3373         <div align="center">
3374           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3375         </div>
3376       </td>
3377       <td>
3378         <ul>
3379           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3380           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3381           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3382             to Colour Menu</li>
3383           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3384           <li>Unix users can set default web browser</li>
3385           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3386           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3392         </ul>
3393       </td>
3394     </tr>
3395     <tr>
3396       <td>
3397         <div align="center">
3398           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3399         </div>
3400       </td>
3401       <td>&nbsp;</td>
3402       <td>
3403         <ul>
3404           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3405             alignment order.</li>
3406         </ul>
3407       </td>
3408     </tr>
3409     <tr>
3410       <td>
3411         <div align="center">
3412           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3413         </div>
3414       </td>
3415       <td>
3416         <ul>
3417           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3418           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3419           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3420             annotations.</li>
3421           <li>Version and build date written to build properties
3422             file.</li>
3423           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3424             at launch of Jalview.</li>
3425         </ul>
3426       </td>
3427       <td>
3428         <ul>
3429           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3430           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3431           <li>Can remove groups one by one.</li>
3432           <li>Filechooser icons installed.</li>
3433           <li>Finder ignores return character when searching.
3434             Return key will initiate a search.<br>
3435           </li>
3436         </ul>
3437       </td>
3438     </tr>
3439     <tr>
3440       <td>
3441         <div align="center">
3442           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3443         </div>
3444       </td>
3445       <td>
3446         <ul>
3447           <li>New codebase</li>
3448         </ul>
3449       </td>
3450       <td>&nbsp;</td>
3451     </tr>
3452   </table>
3453   <p>&nbsp;</p>
3454 </body>
3455 </html>