help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  74             <em>29/11/2016</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
  82               for all consensus calculations
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
  86             </li>
  87             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
  88               for 2016-2017</li>
  89           </ul>
  90           <em>Application</em>
  91           <ul>
  92             <li>
  93               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
  94               set of database cross-references, sorted alphabetically
  95             </li>
  96             <li>
  97               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
  98               from database cross references. Users with custom links
  99               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 100                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 104               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 105               Chimera session
 106             </li>
 107             <li>
 108               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 109               the Chimera it is connected to is shut down
 110             </li>
 111             <li>
 112               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 113               columns menu item to mark columns containing
 114               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 115               of a Find operation)
 116             </li>
 117             <li>
 118               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 119               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 120               MSAviewer
 121             </li>
 122           </ul>
 123         </div></td>
 124       <td>
 125         <div align="left">
 126           <em>General</em>
 127           <ul>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 130               are not coloured or thresholded according to percent
 131               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 135               hydrophobic
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 139               threshold, amino acid properties)
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 143               reported as mapped to residues in a structure file in the
 144               View Mapping report
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 148               could be added multiple times to a sequence
 149             </li>
 150             <li>
 151               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 152               bond features shown as two highlighted residues rather
 153               than a range in linked structure views, and treated
 154               correctly when selecting and computing trees from features
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 158               cross-references are matched to database name regardless
 159               of case
 160             </li>
 161
 162           </ul>
 163           <em>Application</em>
 164           <ul>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 167               names without regular expressions also offer links from
 168               Sequence ID
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 172               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 173               update Jalview configuration
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 177               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 181               files with similarly named sequences if dropped onto the
 182               alignment
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 186               entries where more chains exist in the PDB accession than
 187               are reported in the SIFTS file
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 191               the structure view when displayed with Chimera
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 195               panel's View->Show Chains submenu
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 199               work for wrapped alignment views
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 203               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 207               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 208               first annotation row
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 212               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 213             </li>
 214           </ul>
 215 <!--           <em>New Known Issues</em>
 216           <ul>
 217             <li></li>
 218           </ul> -->
 219         </div>
 220       </td>
 221     </tr>
 222       <td width="60" nowrap>
 223         <div align="center">
 224           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 225             <em>25/10/2016</em></strong>
 226         </div>
 227       </td>
 228       <td><em>Application</em>
 229         <ul>
 230           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 231             view if structures already loaded</li>
 232           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 233             structure views</li>
 234         </ul></td>
 235       <td>
 236         <div align="left">
 237           <em>General</em>
 238           <ul>
 239             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 240               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 241             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 242               example sequences/projects/trees</li>
 243           </ul>
 244           <em>Application</em>
 245           <ul>
 246             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 247               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 248             <li>Multiple structure views can be opened and
 249               superposed without timeout for structures with multiple
 250               models or multiple sequences in alignment</li>
 251             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 252               a PDB ID HEADER line</li>
 253             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 254               superposition is performed</li>
 255             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 256               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 257             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 258             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 259               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 260               Refs UI option</li>
 261             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 262               view is created on the alignment</li>
 263             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 264               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 265               to open group pop-up menu</li>
 266           </ul>
 267           <em>Build and deployment</em>
 268           <ul>
 269             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 270               tags</li>
 271           </ul>
 272           <em>New Known Issues</em>
 273           <ul>
 274             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 275               work on Windows</li>
 276           </ul>
 277         </div>
 278       </td>
 279     </tr>
 280     <tr>
 281       <td width="60" nowrap>
 282         <div align="center">
 283           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 284         </div>
 285       </td>
 286       <td><em>General</em>
 287         <ul>
 288           <li>
 289           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 293             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 294             better PDB parsing.
 295           </li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 298             reference sequence
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 302             mousing over sequence associated annotation
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 306             for manual entry
 307           </li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 310             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 311             for each column
 312           </li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 315             showing or hiding columns containing a feature
 316           </li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 319             group and sequence associated annotation labels
 320           </li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 323             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 324             dialogs
 325           </li>
 326
 327         </ul> <em>Application</em>
 328         <ul>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 331             gene/transcript view
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 335             dialog
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 339             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 340           </li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 343             Pfam sources to xfam.org
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 347           </li>
 348           <li>
 349             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 350             over sequences in Jalview
 351           </li>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 354             regions in ENA and EMBL
 355           </li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 358             for record retrieval via ENA rest API
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 362             complement operator
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 366             groovy script execution
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 370             alignment window's Calculate menu
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 374             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 378             calculation workers from groovy scripts
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 382             Jalview projects
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 386             associations are now saved/restored from project
 387           </li>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 390             before sequence fetcher is opened
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 394             database chooser opens a sequence fetcher
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 398             the UniProt REST API
 399           </li>
 400           <li>
 401             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 402             the news reader opening
 403           </li>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 406             querying stored in preferences
 407           </li>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 410             search results
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 417             menu for nucleotide sequences
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 421             and feature counts preserves alignment ordering (and
 422             debugged for complex feature sets).
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 426             viewing structures with Jalview 2.10
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 430             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 431             Ensembl Genomes REST API
 432           </li>
 433           <li>
 434             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 435             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 436             (Ensembl)
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 440             sequences
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 444             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 445             data from external database records.
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 449             efficient recovery of sequence coding and alignment
 450             annotation relationships.
 451           </li>
 452         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 453         <ul>
 454           <li>
 455             -- JAL---
 456           </li>
 457         </ul> --></td>
 458       <td>
 459         <div align="left">
 460           <em>General</em>
 461           <ul>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 464               menu on OSX
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 468               includes graduated colourschemes
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 472               working with big alignments and lots of hidden columns
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 476               at right of alignment window
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 480               contents
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 484               for DNA alignments
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 488               based tree calculation
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 492               unconserved enabled for group on alignment
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 496               set as reference
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 500               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 501               annotation
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 505               hidden columns present
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 509               user created annotation added to alignment
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 513               '()' base pair annotation
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 517               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 518               Consensus
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 522               feature not working
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 526               beginning of sequence
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 530               entry 3a6s
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 534               from a tree when t-coffee scores are shown
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 538               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 542               some structures
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 546               to Clustal, PIR and PileUp output
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 550               not visible causes alignment window to repaint
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 554               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 555               scores associated with features and annotation rows
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 559               calculation should be case independent
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 563               columns
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 567               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 568               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 572               problems when reference sequence defined and 'show
 573               non-conserved' enabled
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 577               load even when Consensus calculation is disabled
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 581               alignment does nothing
 582             </li>
 583           </ul>
 584           <em>Application</em>
 585           <ul>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 588               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 589               yet fixed for El Capitan)
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 593               output when running on non-gb/us i18n platforms
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 597               hidden sequences as flat-file alignment
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 601               launching Chimera
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 605               (also hotfix for 2.9.0b2)
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 609               reference sequence defined
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 613               alignments and views when revealing hidden columns
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 617               view in a cDNA/Protein splitframe
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 621               sequence from project when only one sequence is
 622               represented
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 626               in Structure Chooser
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 630               structure consensus didn't refresh annotation panel
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 634               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 638               dialogs format columns correctly, don't display array
 639               data, sort columns according to type
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 643               file chooser is cancelled during an image export
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 647               sequence name containing special characters
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 651               case insensitive
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 655               formatting don't wrap
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 659               truncated so L looks like I in consensus annotation
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 663               currently displayed features for the current selection or
 664               view
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 668               after fetching cross-references, and restoring from project
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 672               followed in the structure viewer
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 676               splitframe not restored from project
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 680               trailing end of protein alignment in transcript/product
 681               splitview when pad-gaps not enabled by default
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 685               is case dependent
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 689               article has been read (reopened issue due to
 690               internationalisation problems)
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 694               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 695               cross-references
 696             </li>
 697
 698             <li>
 699               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 700               alignment as HTML
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 704               multiple structures are shown for one or more sequences.
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 708               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 709               is enabled.
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 713               specific PDB id for sequence
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 717               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 718               columns' is disabled.
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 722               selects lowest rather than highest resolution structures
 723               for each sequence
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 727               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 731               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 732             </li>
 733             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 734               after clicking on it to create new annotation for a
 735               column.
 736             </li>
 737             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 738             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 739           </ul>
 740           <em>Applet</em>
 741           <ul>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 744               hidden columns present before start of sequence
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 748               (JSON jars)
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 752               sequences are hidden in applet
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 756               deployment on examples pages.
 757             </li>
 758           </ul>
 759         </div>
 760       </td>
 761     </tr>
 762     <tr>
 763       <td width="60" nowrap>
 764         <div align="center">
 765           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 766             <em>16/10/2015</em></strong>
 767         </div>
 768       </td>
 769       <td><em>General</em>
 770         <ul>
 771           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 772             jars</li>
 773         </ul></td>
 774       <td>
 775         <div align="left">
 776           <em>Application</em>
 777           <ul>
 778             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 779               shown when tree is partitioned</li>
 780             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 781               multiple cDNA/Protein split views</li>
 782           </ul>
 783         </div>
 784       </td>
 785     </tr>
 786     <tr>
 787       <td width="60" nowrap>
 788         <div align="center">
 789           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 790             <em>8/10/2015</em></strong>
 791         </div>
 792       </td>
 793       <td><em>General</em>
 794         <ul>
 795           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 796             2.9</li>
 797         </ul> <em>Application</em>
 798         <ul>
 799           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 800           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 801           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 802         </ul> <em>Applet</em>
 803         <ul>
 804           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 805         </ul><em>Build and Deployment</em>
 806         <ul>
 807           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 808         </ul></td>
 809       <td>
 810         <div align="left">
 811           <em>General</em>
 812           <ul>
 813             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 814               incorrect when sequence start > 1</li>
 815             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 816               documentation</li>
 817             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 818             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 819               loading a features file containing HTML tags in feature
 820               description</li>
 821
 822           </ul>
 823           <em>Application</em>
 824           <ul>
 825             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 826               reimport</li>
 827             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 828               with 'trim retrieved sequences'</li>
 829             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 830               deleting selected columns</li>
 831             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 832               JNLP templates for webstart launch</li>
 833             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 834               unreleased structures for download or viewing</li>
 835             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 836               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 837             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 838               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 839             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 840               recovered from jalview project</li>
 841             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 842               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 843               alignment view</li>
 844             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 845               color schemes from BioJSON</li>
 846           </ul>
 847           <em>Applet</em>
 848           <ul>
 849             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 850               frame</li>
 851             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 852           </ul>
 853         </div>
 854       </td>
 855     </tr>
 856     <tr>
 857       <td><div align="center">
 858           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 859         </div></td>
 860       <td><em>General</em>
 861         <ul>
 862           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 863             alignments:
 864             <ul>
 865               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 866                 and DNA alignment views</li>
 867               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 868                 cDNA alignment views</li>
 869               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 870                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 871               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 872                 protein sequences</li>
 873             </ul>
 874           </li>
 875           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 876           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 877             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 878           <li>New alignment annotation file statements for
 879             reference sequences and marking hidden columns</li>
 880           <li>Reference sequence based alignment shading to
 881             highlight variation</li>
 882           <li>Select or hide columns according to alignment
 883             annotation</li>
 884           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 885           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 886             acid conservation row</li>
 887           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 888         </ul> <em>Application</em>
 889         <ul>
 890           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 891             <ul>
 892               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 893                 view with cDNA/Protein</li>
 894               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 895                 sequences are placed in the same alignment</li>
 896               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 897                 projects</li>
 898             </ul>
 899           </li>
 900
 901           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 902           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 903             Jalview windows</li>
 904
 905           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 906           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 907           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 908             be shown in VARNA</li>
 909
 910           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 911             as the active selected region</li>
 912
 913           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 914             similarity</li>
 915           <li>New Export options
 916             <ul>
 917               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 918                 region export in flat file generation</li>
 919
 920               <li>Export alignment views for display with the <a
 921                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 922
 923               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 924               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 925                 alignment figures to HTML</li>
 926           </li>
 927           <li>3D structure retrieval and display
 928             <ul>
 929               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 930                 Search API</li>
 931               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 932                 PDB structures for a sequence set</li>
 933             </ul>
 934           </li>
 935
 936           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 937             predictions</li>
 938           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 939             for one or a group of sequences</li>
 940           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 941             from the JPred4 web server</li>
 942           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 943             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 944             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 945           </li>
 946           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 947             VARNA 2D Structure'</li>
 948           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 949             Structure ..."</li>
 950
 951         </ul> <em>Applet</em>
 952         <ul>
 953           <li>New layout for applet example pages</li>
 954           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 955             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 956           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 957             Protein alignments</li>
 958         </ul> <em>Development and deployment</em>
 959         <ul>
 960           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 961           <li>Include installation type and git revision in build
 962             properties and console log output</li>
 963           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 964             storing BioJsMSA Templates</li>
 965           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 966         </ul></td>
 967       <td>
 968         <!-- <em>General</em>
 969         <ul>
 970         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 971         <ul>
 972           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 973           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 974           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 975             predictions are not highlighted in amber</li>
 976           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 977             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 978           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 979             associated structure views</li>
 980           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 981             width checkbox not enabled</li>
 982           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 983             creating user defined colours</li>
 984           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 985             mappings for just that viewer's sequences</li>
 986           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 987             multiple models in Chimera</li>
 988           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 989             over Jmol structure</li>
 990           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 991             output to text box</li>
 992           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 993             have incorrect sequence start/end</li>
 994           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 995             Jalview fails</li>
 996           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 997             work for nucleotide</li>
 998           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 999             to a grey/invisible alignment window</li>
1000           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1001             imports to different position</li>
1002           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1003             on some platforms</li>
1004           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1005             populated</li>
1006           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1007             console if Chimera has been opened</li>
1008           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1009           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1010             retrieved</li>
1011           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1012           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1013             either sequence shows on first structure</li>
1014           <li>'Show annotations' options should not make
1015             non-positional annotations visible</li>
1016           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1017             in right place after 'view flanking regions'</li>
1018           <li>File Save As type unset when current file format is
1019             unknown</li>
1020           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1021             projects</li>
1022           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1023             responsive</li>
1024           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1025             several views on same alignment</li>
1026           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1027           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1028             spaces</li>
1029         </ul> <em>Applet</em>
1030         <ul>
1031           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1032           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1033             descriptions containing angle brackets</li>
1034         </ul> <em>General</em>
1035         <ul>
1036           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1037             via jalview annotation file</li>
1038           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1039             with RNA secondary structure</li>
1040           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1041             translation doesn't work.</li>
1042           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1043           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1044             positions</li>
1045           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1046             choosing 1pt font</li>
1047           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1048             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1049             'h'</li>
1050           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1051             new feature</li>
1052           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1053             order dependent</li>
1054           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1055             sequences</li>
1056           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1057         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1058         <ul>
1059           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1060             www.jalview.org</li>
1061         </ul> <em>Application Known issues</em>
1062         <ul>
1063           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1064           <li>Misleading message appears after trying to delete
1065             solid column.</li>
1066           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1067             version launches</li>
1068           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1069             fails with a sequence mismatch</li>
1070           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1071             scrolling alignment to right</li>
1072           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1073             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1074           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1075             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1076           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1077             ultra-high resolution</li>
1078           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1079             quality and conservation</li>
1080           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1081             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1082         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1083         <ul>
1084           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1085           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1086             window is being resized</li>
1087
1088         </ul>
1089       </td>
1090     </tr>
1091     <tr>
1092       <td><div align="center">
1093           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1094         </div></td>
1095       <td><em>General</em>
1096         <ul>
1097           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1098             Certum.PL.</li>
1099           <li>Features and annotation preserved when performing
1100             pairwise alignment</li>
1101           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1102             imported/exported/displayed</li>
1103           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1104             protein secondary structure</li>
1105           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1106               post-hoc with 2.9 release</em>)
1107           </li>
1108
1109         </ul> <em>Application</em>
1110         <ul>
1111           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1112             with 3D structures</li>
1113           <li>Support for parsing RNAML</li>
1114           <li>Annotations menu for layout
1115             <ul>
1116               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1117               <li>place sequence annotation above/below alignment
1118                 annotation</li>
1119             </ul>
1120           <li>Output in Stockholm format</li>
1121           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1122             translation</li>
1123           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1124           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1125             shared between alignments</li>
1126           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1127             Jalview</li>
1128           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1129             all or current selection</li>
1130           <li>disorder and secondary structure predictions
1131             available as dataset annotation</li>
1132           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1133
1134
1135           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1136             alignments from Rfam</li>
1137           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1138
1139           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1140             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1141           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1142           <li>include installation type in build properties and
1143             console log output</li>
1144           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1145             annotation</li>
1146         </ul></td>
1147       <td>
1148         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1149         <ul>
1150           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1151             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1152           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1153             alignment</li>
1154           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1155           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1156           <li>Double click on sequence associated annotation
1157             selects only first column</li>
1158           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1159             leaves shown in tree</li>
1160           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1161             properly</li>
1162           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1163           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1164             screen and buttons not visible</li>
1165           <li>author list isn't updated if already written to
1166             Jalview properties</li>
1167           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1168             from database</li>
1169           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1170           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1171             browser search window</li>
1172           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1173             in feature settings dialog</li>
1174           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1175             desktop</li>
1176           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1177             pass validation</li>
1178           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1179             fit on screen</li>
1180           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1181             tooltip</li>
1182           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1183             defined user preset</li>
1184           <li>MSA web services warns user if they were launched
1185             with invalid input</li>
1186           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1187             Java 8</li>
1188           <li>
1189             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1190             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1191             created
1192           </li>
1193
1194         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1195                                 <ul>
1196                                 </ul> <em>General</em>
1197                                 <ul>
1198                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1199         <ul>
1200           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1201             memory allocation</li>
1202           <li>launchApp service doesn't automatically open
1203             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1204           <li>
1205             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1206             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1207             1.7_055 is available
1208           </li>
1209         </ul> <em>Application Known issues</em>
1210         <ul>
1211           <li>
1212             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1213             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1214             alignment to right
1215           </li>
1216           <li>
1217             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1218             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1219             with large number of ID
1220           </li>
1221           <li>
1222             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1223             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1224             start/end
1225           </li>
1226           <li>
1227             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1228             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1229             structure tracks are rearranged
1230           </li>
1231           <li>
1232             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1233             invalid rna structure positional highlighting does not
1234             highlight position of invalid base pairs
1235           </li>
1236           <li>
1237             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1238             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1239             project from alignment window file menu
1240           </li>
1241           <li>
1242             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1243             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1244             structures
1245           </li>
1246           <li>
1247             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1248             colour by RNA Helices not enabled when user created
1249             annotation added to alignment
1250           </li>
1251           <li>
1252             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1253             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1254           </li>
1255         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1256         <ul>
1257           <li>
1258             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1259             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1260           </li>
1261           <li>
1262             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1263             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1264           </li>
1265
1266           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1267             when selected</li>
1268         </ul>
1269       </td>
1270     </tr>
1271     <tr>
1272       <td><div align="center">
1273           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1274         </div></td>
1275       <td>
1276         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1277         <em>General</em>
1278         <ul>
1279           <li>Internationalisation of user interface (usually
1280             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1281           <li>Define/Undefine group on current selection with
1282             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1283           <li>Improved group creation/removal options in
1284             alignment/sequence Popup menu</li>
1285           <li>Sensible precision for symbol distribution
1286             percentages shown in logo tooltip.</li>
1287           <li>Annotation panel height set according to amount of
1288             annotation when alignment first opened</li>
1289         </ul> <em>Application</em>
1290         <ul>
1291           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1292             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1293           <li>Select columns containing particular features from
1294             Feature Settings dialog</li>
1295           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1296             sequences</li>
1297           <li>Update Jalview project format:
1298             <ul>
1299               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1300               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1301                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1302               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1303                 colouring</li>
1304             </ul>
1305           </li>
1306           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1307             (PAM250)</li>
1308           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1309             flanking regions for an alignment</li>
1310         </ul>
1311       </td>
1312       <td>
1313         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1314         <ul>
1315           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1316             running after job is cancelled</li>
1317           <li>cannot export features from alignments imported from
1318             Jalview/VAMSAS projects</li>
1319           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1320             float values</li>
1321           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1322             have 'display all symbols' flag set</li>
1323           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1324             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1325           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1326             Jalview</li>
1327           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1328             Lion/Webstart</li>
1329           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1330           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1331           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1332             alignment onto desktop</li>
1333           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1334             'extract scores' function</li>
1335           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1336             alignment window</li>
1337           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1338             performing IUPred disorder prediction</li>
1339           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1340             changing 'normalise logo' display setting</li>
1341           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1342             nothing matches query</li>
1343           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1344             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1345           </li>
1346           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1347             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1348           </li>
1349           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1350             Jalview's menu</li>
1351           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1352             'invalid literal/length code'</li>
1353           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1354             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1355           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1356             colourscheme</li>
1357
1358         </ul> <em>Applet</em>
1359         <ul>
1360           <li>Remove group option is shown even when selection is
1361             not a group</li>
1362           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1363             don't affect groups</li>
1364           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1365             colourscheme name</li>
1366           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1367             Annotation panel is not displayed</li>
1368           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1369             embedded windows</li>
1370         </ul> <em>Other</em>
1371         <ul>
1372           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1373             single sequence were not calculated</li>
1374           <li>annotation files that contain only groups imported as
1375             annotation and junk sequences</li>
1376           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1377             recognised as PFAM or BLC</li>
1378           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1379             doesn't affect background (2.8.0b1)
1380           <li></li>
1381           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1382           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1383             trailing gaps</li>
1384           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1385             registered correctly on import</li>
1386           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1387             certain alignments</li>
1388           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1389             existing annotation based 'use original colours'
1390             colourscheme loses original colours setting</li>
1391         </ul>
1392       </td>
1393     </tr>
1394     <tr>
1395       <td><div align="center">
1396           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1397             <em>30/1/2014</em></strong>
1398         </div></td>
1399       <td>
1400         <ul>
1401           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1402             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1403             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1404             open source project).
1405           </li>
1406           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1407           </li>
1408           <li>Output in Stockholm format</li>
1409           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1410           <li>Export/import group and sequence associated line
1411             graph thresholds</li>
1412           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1413             ambiguity codes</li>
1414           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1415             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1416             works</li>
1417           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1418         </ul> <em>Other improvements</em>
1419         <ul>
1420           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1421           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1422             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1423           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1424             files</li>
1425           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1426           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1427             link but no description</li>
1428           <li>Select primary source when selecting authority in
1429             database fetcher GUI</li>
1430           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1431             Jalview</li>
1432           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1433         </ul>
1434       </td>
1435       <td>
1436         <ul>
1437           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1438             displayed</li>
1439           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1440             secondary structure annotation line</li>
1441           <li>Sequence database accessions not imported when
1442             fetching alignments from Rfam</li>
1443           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1444             identical IDs</li>
1445           <li>View all structures does not always superpose
1446             structures</li>
1447           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1448             reflect user or preset settings</li>
1449           <li>Null pointer exceptions for some services without
1450             presets or adjustable parameters</li>
1451           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1452             discover PDB xRefs</li>
1453           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1454             features with DAS</li>
1455           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1456             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1457           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1458             residue follows a gap</li>
1459           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1460             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1461           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1462             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1463           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1464             annotation already exists on alignment</li>
1465           <li>oninit javascript function should be called after
1466             initialisation completes</li>
1467           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1468             alignment window display</li>
1469           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1470           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1471             to annotation file</li>
1472           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1473             groups created</li>
1474           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1475             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1476           <li>Pressing return several times causes Number Format
1477             exceptions in keyboard mode</li>
1478           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1479             correct partitions for input data</li>
1480           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1481           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1482           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1483           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1484             mode</li>
1485           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1486             changes one row&#39;s threshold</li>
1487           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1488             doesn&#39;t open</li>
1489           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1490             quality histograms</li>
1491         </ul>
1492       </td>
1493     </tr>
1494     <tr>
1495       <td><div align="center">
1496           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1497         </div></td>
1498       <td><em>Application</em>
1499         <ul>
1500           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1501             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1502           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1503             preferences</li>
1504           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1505             in Jalview alignment window</li>
1506           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1507             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1508           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1509             RNA and ambiguity codes</li>
1510
1511           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1512           <li>Support fetching and database reference look up
1513             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1514             refs')</li>
1515           <li>Jalview project improvements
1516             <ul>
1517               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1518                 flag for annotation</li>
1519               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1520                 alignment</li>
1521               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1522                 Jalview project</li>
1523
1524             </ul>
1525           </li>
1526           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1527           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1528             running</li>
1529           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1530           <li>visual indication that web service results are still
1531             being retrieved from server</li>
1532           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1533             starts up for first time</li>
1534           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1535             services</li>
1536           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1537             client library</li>
1538           <li>Examples directory and Groovy library included in
1539             InstallAnywhere distribution</li>
1540         </ul> <em>Applet</em>
1541         <ul>
1542           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1543             visualization applet example</li>
1544         </ul> <em>General</em>
1545         <ul>
1546           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1547           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1548             defaults</li>
1549           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1550             calculation</li>
1551           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1552             matrices
1553           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1554             in HTML</li>
1555           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1556             structure contacts</li>
1557           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1558           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1559           <li>Parse sequence associated secondary structure
1560             information in Stockholm files</li>
1561           <li>HTML Export database accessions and annotation
1562             information presented in tooltip for sequences</li>
1563           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1564             style RNA alignment files</li>
1565           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1566             alignment</li>
1567           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1568             shade each sequence according to its associated alignment
1569             annotation</li>
1570           <li>New Jalview Logo</li>
1571         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1572         <ul>
1573           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1574           <li>New Website!</li>
1575         </ul></td>
1576       <td><em>Application</em>
1577         <ul>
1578           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1579             wsdbfetch REST service</li>
1580           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1581           <li>Filetype associations not installed for webstart
1582             launch</li>
1583           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1584             job execution in full once it is complete</li>
1585           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1586             uploaded via ali_file parameter</li>
1587           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1588           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1589           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1590             submitted for prediction</li>
1591           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1592             desktop window</li>
1593           <li>Putting fractional value into integer text box in
1594             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1595           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1596             windows 7</li>
1597           <li>View all structures fails with exception shown in
1598             structure view</li>
1599           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1600             escaped in a platform independent way</li>
1601           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1602             using proxy</li>
1603           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1604             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1605           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1606             failure when java web start temporary file caching is
1607             disabled</li>
1608           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1609             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1610           <li>Errors during processing of command line arguments
1611             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1612           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1613             DAS sources in sequence fetcher</li>
1614           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1615             dialog is shown</li>
1616           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1617           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1618           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1619           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1620             on OSX Mountain Lion</li>
1621           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1622             sequences with alignment annotation are pasted into the
1623             alignment</li>
1624           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1625             when loaded from Jalview project</li>
1626           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1627           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1628             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1629           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1630             associated with all views</li>
1631           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1632             annotation rows to new window</li>
1633         </ul> <em>Applet</em>
1634         <ul>
1635           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1636             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1637           <li>loading features via javascript API automatically
1638             enables feature display</li>
1639           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1640             work</li>
1641         </ul> <em>General</em>
1642         <ul>
1643           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1644           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1645             and then deselected</li>
1646           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1647           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1648             coloured with clustalx</li>
1649           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1650             exceptions and redraw errors</li>
1651           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1652             reconfigured view</li>
1653           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1654             colour</li>
1655           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1656             for lots of labels</li>
1657         </ul>
1658     </tr>
1659     <tr>
1660       <td>
1661         <div align="center">
1662           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1663         </div>
1664       </td>
1665       <td><em>Application</em>
1666         <ul>
1667           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1668           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1669           <li>View/alignment association menu to enable user to
1670             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1671             its colours/correspondences from</li>
1672           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1673           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1674             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1675           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1676           <li>Annotation row column label formatting attributes
1677             stored in project file</li>
1678           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1679             rows preserved in Jalview project file</li>
1680           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1681             saved using Desktop window menu</li>
1682           <li>Visual indication that command line arguments are
1683             still being processed</li>
1684           <li>Groovy script execution from URL</li>
1685           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1686             preferences</li>
1687           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1688             alignment with sequences that have high similarity and
1689             matching IDs</li>
1690           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1691           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1692             structures in same window</li>
1693           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1694           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1695             analysis function in its own submenu</li>
1696         </ul> <em>Applet</em>
1697         <ul>
1698           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1699             groups</li>
1700           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1701           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1702           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1703           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1704           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1705             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1706           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1707           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1708             parameters are treated as such</li>
1709           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1710             <ul>
1711               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1712               <li>Javascript callbacks for
1713                 <ul>
1714                   <li>Applet initialisation</li>
1715                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1716                 </ul>
1717               </li>
1718               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1719                 functions</li>
1720               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1721               <li>javascript structure viewer harness to pass
1722                 messages between Jmol and Jalview when running as
1723                 distinct applets</li>
1724               <li>sortBy method</li>
1725               <li>Set of applet and application examples shipped
1726                 with documentation</li>
1727               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1728                 javascript message exchange</li>
1729             </ul>
1730         </ul> <em>General</em>
1731         <ul>
1732           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1733             multiple alignments</li>
1734           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1735           <li>User configurable link to enable redirects to a
1736             www.Jalview.org mirror</li>
1737           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1738           <li>Configurable newline string when writing alignment
1739             and other flat files</li>
1740           <li>Allow alignment annotation description lines to
1741             contain html tags</li>
1742         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1743         <ul>
1744           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1745             examples</li>
1746           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1747             using a web service before displaying the result in the
1748             Jalview desktop</li>
1749           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1750           <li>Ant target to publish example html files with applet
1751             archive</li>
1752           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1753           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1754         </ul></td>
1755       <td><em>Application</em>
1756         <ul>
1757           <li>User defined colourscheme throws exception when
1758             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1759           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1760             dialog for valid filename/format</li>
1761           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1762           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1763             P37173</li>
1764           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1765             which sequence is to be associated with the file</li>
1766           <li>Find All raises null pointer exception when query
1767             only matches sequence IDs</li>
1768           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1769           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1770             2.4 cannot be loaded</li>
1771           <li>Filetype associations not installed for webstart
1772             launch</li>
1773           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1774             with sequences in different alignments do not get coloured
1775             by their associated sequence</li>
1776           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1777             not preserved when project is loaded</li>
1778           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1779             stored in Jalview project</li>
1780           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1781             Jalview project</li>
1782           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1783           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1784             by conservation</li>
1785           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1786             created on new view</li>
1787           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1788             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1789           <li>Alignment quality not updated after alignment
1790             annotation row is hidden then shown</li>
1791           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1792             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1793           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1794             properly</li>
1795           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1796             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1797           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1798           <li>Structures imported from file and saved in project
1799             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1800           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1801             job execution in full once it is complete</li>
1802         </ul> <em>Applet</em>
1803         <ul>
1804           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1805             annotation rows are displayed</li>
1806           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1807             codebase</li>
1808           <li>View follows highlighting does not work for positions
1809             in sequences</li>
1810           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1811           <li>Export features raises exception when no features
1812             exist</li>
1813           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1814             for javascript api is modified when separator string
1815             provided as parameter</li>
1816           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1817             alignment with no existing selection</li>
1818           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1819             to applet&#39;s codebase</li>
1820           <li>Status bar not updated after finished searching and
1821             search wraps around to first result</li>
1822           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1823             several Jalview applets causes race conditions and memory
1824             leaks</li>
1825           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1826             not sent from Jmol in applet</li>
1827           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1828             applet API fatally hang browser</li>
1829         </ul> <em>General</em>
1830         <ul>
1831           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1832             position with wrapped view and hidden regions</li>
1833           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1834             with/without hidden columns</li>
1835           <li>Sequence length given in alignment properties window
1836             is off by 1</li>
1837           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1838             import PDB like structure files</li>
1839           <li>Positional search results are only highlighted
1840             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1841           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1842           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1843             given sequence position</li>
1844           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1845             output</li>
1846           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1847             from nucleotide chains correctly</li>
1848           <li>Structure colours not updated when tree partition
1849             changed in alignment</li>
1850           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1851             parsed in interleaved stockholm</li>
1852           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1853             state</li>
1854           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1855             properly</li>
1856           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1857             properly associated with their pdb files</li>
1858         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1859         <ul>
1860           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1861             ApplyCopyright tool</li>
1862         </ul></td>
1863     </tr>
1864     <tr>
1865       <td>
1866         <div align="center">
1867           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1868         </div>
1869       </td>
1870       <td><em>Application</em>
1871         <ul>
1872           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1873             contact web services</li>
1874           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1875             service job window</li>
1876           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1877         </ul></td>
1878       <td>
1879         <ul>
1880           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1881             pir file emitted by Jalview</li>
1882           <li>Existing feature settings transferred to new
1883             alignment view created from cut'n'paste</li>
1884           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1885             parsing PDB files</li>
1886           <li>Consensus and conservation annotation rows
1887             occasionally become blank for all new windows</li>
1888           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1889             in wrapped view mode</li>
1890         </ul> <em>Application</em>
1891         <ul>
1892           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1893             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1894           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1895             parameter names</li>
1896           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1897             is down</li>
1898         </ul>
1899       </td>
1900     </tr>
1901     <tr>
1902       <td>
1903         <div align="center">
1904           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1905         </div>
1906       </td>
1907       <td><em>Application</em>
1908         <ul>
1909           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1910             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1911             (JABAWS)
1912           </li>
1913           <li>Web Services preference tab</li>
1914           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1915             preferences</li>
1916           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1917           <li>Superpose structures using associated sequence
1918             alignment</li>
1919           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1920             viewer</li>
1921         </ul> <em>Applet</em>
1922         <ul>
1923           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1924             link out mechanism</li>
1925         </ul> <em>Other</em>
1926         <ul>
1927           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1928             series 12</li>
1929           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1930             require Java 1.5</li>
1931           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1932             sequence annotation files</li>
1933           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1934             type colour specification</li>
1935           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1936             script to check if it being run in an interactive session or
1937             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1938         </ul></td>
1939       <td>
1940         <ul>
1941           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1942             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1943         </ul> <em>Application</em>
1944         <ul>
1945           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1946             selected Regions menu item</li>
1947           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1948             part of a valid accession ID</li>
1949           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1950             runs out of memory</li>
1951           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1952             analysis results</li>
1953           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1954             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1955           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1956         </ul> <em>Applet</em>
1957         <ul>
1958           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1959             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1960             defined.</li>
1961         </ul>
1962       </td>
1963     </tr>
1964     <tr>
1965       <td>
1966         <div align="center">
1967           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1968         </div>
1969       </td>
1970       <td></td>
1971       <td>
1972         <ul>
1973           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1974             sequence IDs</li>
1975           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1976             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1977           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1978             import correctly</li>
1979           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1980             number of columns are hidden</li>
1981           <li>annotation label popup menu not providing correct
1982             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1983             present</li>
1984           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1985             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1986           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1987             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1988
1989         </ul> <em>Applet</em>
1990         <ul>
1991           <li>annotation panel disappears when annotation is
1992             hidden/removed</li>
1993         </ul> <em>Application</em>
1994         <ul>
1995           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1996             alignment opened where annotation panel is visible but no
1997             annotations are present on alignment</li>
1998           <li>pasted region containing hidden columns is
1999             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2000           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2001             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2002           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2003             selected Rregions menu item.</li>
2004           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2005             'Un' or 'Non'conserved</li>
2006           <li>Sequence feature settings are being shared by
2007             multiple distinct alignments</li>
2008           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2009             changed</li>
2010           <li>double click on group annotation to select sequences
2011             does not propagate to associated trees</li>
2012           <li>Mac OSX specific issues:
2013             <ul>
2014               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2015                 window background</li>
2016               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2017                 name set correctly</li>
2018               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2019                 save feature colourscheme button</li>
2020             </ul>
2021           </li>
2022         </ul>
2023       </td>
2024     </tr>
2025     <tr>
2026
2027       <td>
2028         <div align="center">
2029           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2030         </div>
2031       </td>
2032       <td><em>New Capabilities</em>
2033         <ul>
2034           <li>URL links generated from description line for
2035             regular-expression based URL links (applet and application)
2036
2037
2038
2039
2040
2041
2042           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2043             menu</li>
2044           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2045             structures</li>
2046           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2047             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2048           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2049             average score or total feature count for each sequence.</li>
2050           <li>Shading features by score or associated description</li>
2051           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2052             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2053           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2054             hide everything but the currently selected region.</li>
2055           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2056         </ul> <em>Application</em>
2057         <ul>
2058           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2059             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2060           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2061             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2062           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2063             database references and protein_name is parsed as
2064             description line (BioSapiens terms).</li>
2065           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2066             references in sequence ID tooltip from View menu in
2067             application.</li>
2068           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2069                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2070           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2071             conservation plots</li>
2072           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2073             and visualized as sequence logos</li>
2074           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2075             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2076           </li>
2077           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2078             when a new tree is opened.</li>
2079           <li>Jalview Java Console</li>
2080           <li>Better placement of desktop window when moving
2081             between different screens.</li>
2082           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2083             consensus annotation</li>
2084           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2085             Workflows</li>
2086           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2087             <ul>
2088               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2089                 used to preserve views, structures, and tree display
2090                 settings)</li>
2091               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2092                 command line</li>
2093               <li>Sharing of selected regions between views and
2094                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2095               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2096             </ul></li>
2097         </ul> <em>Applet</em>
2098         <ul>
2099           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2100           <li>New Parameters
2101             <ul>
2102               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2103                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2104                 opened.</li>
2105               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2106                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2107               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2108                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2109               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2110                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2111                 view</li>
2112               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2113                 increase the height or width of a cell in the alignment
2114                 grid relative to the current font size.</li>
2115             </ul>
2116           </li>
2117           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2118             tooltip</li>
2119         </ul> <em>Other</em>
2120         <ul>
2121           <li>Features format: graduated colour definitions and
2122             specification of feature scores</li>
2123           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2124             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2125             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2126           <li>XML formats extended to support graduated feature
2127             colourschemes, group associated annotation, and profile
2128             visualization settings.</li></td>
2129       <td>
2130         <ul>
2131           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2132             rather than description</li>
2133           <li>Non-positional features are now included in sequence
2134             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2135             visibility in tooltip).</li>
2136           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2137           <li>Added URL embedding instructions to features file
2138             documentation.</li>
2139           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2140             'X' in peptide product</li>
2141           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2142             sequence ID and sequence string and query strings do not
2143             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2144           <li>AMSA files only contain first column of
2145             multi-character column annotation labels</li>
2146           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2147             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2148             exported and re-imported)</li>
2149           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2150             name</li>
2151           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2152             as subsequence matches, and correctly reports total number
2153             of both.</li>
2154           <li>Application:
2155             <ul>
2156               <li>Better handling of exceptions during sequence
2157                 retrieval</li>
2158               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2159                 link text excludes the start_end suffix</li>
2160               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2161                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2162               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2163               <li>Sequence description lines properly shared via
2164                 VAMSAS</li>
2165               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2166                 data sources</li>
2167               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2168                 completes before alignment figures are generated.</li>
2169               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2170                 first time.</li>
2171               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2172                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2173               <li>User defined group colours properly recovered
2174                 from Jalview projects.</li>
2175             </ul>
2176           </li>
2177         </ul>
2178       </td>
2179
2180     </tr>
2181     <tr>
2182       <td>
2183         <div align="center">
2184           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2185         </div>
2186       </td>
2187       <td>
2188         <ul>
2189           <li>Experimental support for google analytics usage
2190             tracking.</li>
2191           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2192         </ul>
2193       </td>
2194       <td>
2195         <ul>
2196           <li>Race condition in applet preventing startup in
2197             jre1.6.0u12+.</li>
2198           <li>Exception when feature created from selection beyond
2199             length of sequence.</li>
2200           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2201           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2202             all sequences with a given id</li>
2203           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2204             ID string searches</li>
2205           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2206             alignment to fail with exception</li>
2207         </ul> <em>Application Issues</em>
2208         <ul>
2209           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2210           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2211             data sources</li>
2212         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2213         <ul>
2214           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2215             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2216           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2217             version (java class versioning error fixed)</li>
2218         </ul>
2219       </td>
2220     </tr>
2221     <tr>
2222       <td>
2223
2224         <div align="center">
2225           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2226         </div>
2227       </td>
2228       <td><em>User Interface</em>
2229         <ul>
2230           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2231             translation and protein products</li>
2232           <li>Linked highlighting of structure associated with
2233             residue mapping to codon position</li>
2234           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2235             and 'clear' button</li>
2236           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2237             Tools menu</li>
2238           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2239             numeric data in description line</li>
2240           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2241           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2242             of sequence</li>
2243         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2244         <ul>
2245           <li>JPred3 web service</li>
2246           <li>Prototype sequence search client (no public services
2247             available yet)</li>
2248           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2249             PFAM</li>
2250           <li>URL Links created for matching database cross
2251             references as well as sequence ID</li>
2252           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2253         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2254         <ul>
2255           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2256             databases</li>
2257           <li>Generalised database reference retrieval and
2258             validation to all fetchable databases</li>
2259           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2260             sequence command</li>
2261         </ul> <em>Import and Export</em>
2262         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2263         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2264           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2265         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2266           File</li>
2267         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2268           triplet as name of colourscheme</li>
2269         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2270         <ul>
2271           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2272           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2273             alignments (experimental)</li>
2274           <li>Create new or select existing session to join</li>
2275           <li>load and save of vamsas documents</li>
2276         </ul> <em>Application command line</em>
2277         <ul>
2278           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2279             from applet)</li>
2280           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2281             of DAS servers to query for alignment features</li>
2282           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2283             that are also automatically queried for features</li>
2284           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2285             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2286         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2287         <ul>
2288           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2289             application (when using &quot;View in full
2290             application&quot;)</li>
2291         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2292         <ul>
2293           <li>feature group display control parameter</li>
2294           <li>debug parameter</li>
2295           <li>showbutton parameter</li>
2296         </ul> <em>Applet API methods</em>
2297         <ul>
2298           <li>newView public method</li>
2299           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2300           <li>Feature display control methods</li>
2301           <li>get list of currently selected sequences</li>
2302         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2303         <ul>
2304           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2305           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2306             Jalview release.</li>
2307           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2308             property controls execution of obfuscator</li>
2309           <li>Build target for generating source distribution</li>
2310           <li>Debug flag for javacc</li>
2311           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2312             jalview.bin.Cache</li>
2313           <li>Continuous Build Integration for stable and
2314             development version of Application, Applet and source
2315             distribution</li>
2316         </ul></td>
2317       <td>
2318         <ul>
2319           <li>selected region output includes visible annotations
2320             (for certain formats)</li>
2321           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2322             for editing</li>
2323           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2324           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2325           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2326           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2327             comments</li>
2328           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2329             filenames containing a ':'</li>
2330           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2331             global sequence features</li>
2332           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2333             references from alignment sequences goes to zero</li>
2334           <li>Close of tree branch colour box without colour
2335             selection causes cascading exceptions</li>
2336           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2337           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2338             file parsing fails.</li>
2339           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2340           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2341             not a valid output format</li>
2342           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2343             vamsas</li>
2344           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2345           <li>error messages passed up and output when data read
2346             fails</li>
2347           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2348             sequence is edited</li>
2349           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2350             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2351           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2352             filetype</li>
2353           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2354             import fixed for PFAM records</li>
2355           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2356             window list</li>
2357           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2358             can be read and written correctly to annotation file</li>
2359           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2360             correctly</li>
2361           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2362             non-italic font for representatives in Applet</li>
2363           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2364             Macs.</li>
2365           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2366             Applet)</li>
2367           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2368             due to null pointer exceptions</li>
2369           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2370             first column of alignment</li>
2371           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2372             July 2008</li>
2373           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2374             file is case-insensitive</li>
2375           <li>Sequence features read from Features file appended to
2376             all sequences with matching IDs</li>
2377           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2378             containing a sub-sequence</li>
2379           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2380           <li>feature and annotation file applet parameters
2381             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2382           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2383           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2384             splash-screen version check to complete</li>
2385           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2386             when passing them to the launchApp service</li>
2387           <li>display name and local features preserved in results
2388             retrieved from web service</li>
2389           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2390             sequence fetcher initialisation</li>
2391           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2392             dasobert DAS client</li>
2393           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2394             association</li>
2395           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2396             sequences
2397           </li>
2398         </ul>
2399       </td>
2400     </tr>
2401     <tr>
2402       <td>
2403         <div align="center">
2404           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2405         </div>
2406       </td>
2407       <td>
2408         <ul>
2409           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2410           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2411           <li>Slide sequences</li>
2412           <li>Edit sequence in place</li>
2413           <li>EMBL CDS features</li>
2414           <li>DAS Feature mapping</li>
2415           <li>Feature ordering</li>
2416           <li>Alignment Properties</li>
2417           <li>Annotation Scores</li>
2418           <li>Sort by scores</li>
2419           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2420         </ul>
2421       </td>
2422       <td>
2423         <ul>
2424           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2425           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2426           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2427           <li>Feature group display state in XML</li>
2428           <li>Feature ordering in XML</li>
2429           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2430           <li>Stockholm alignment properties</li>
2431           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2432           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2433           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2434           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2435         </ul>
2436       </td>
2437
2438     </tr>
2439     <tr>
2440       <td>
2441         <div align="center">
2442           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2443         </div>
2444       </td>
2445       <td>
2446         <ul>
2447           <li>Non standard characters can be read and displayed
2448           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2449             applet via textbox
2450           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2451             name &amp; description
2452           <li>Preference setting to display sequence name in
2453             italics
2454           <li>Annotation file format extended to allow
2455             Sequence_groups to be defined
2456           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2457             specified in preferences
2458           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2459             sequences
2460         </ul>
2461       </td>
2462       <td>
2463         <ul>
2464           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2465             installed
2466           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2467           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2468         </ul>
2469       </td>
2470     </tr>
2471     <tr>
2472       <td>
2473         <div align="center">
2474           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2475         </div>
2476       </td>
2477       <td>
2478         <ul>
2479           <li>Multiple views on alignment
2480           <li>Sequence feature editing
2481           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2482           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2483           <li>Background dependent text colour
2484           <li>Right align sequence ids
2485           <li>User-defined lower case residue colours
2486           <li>Format Menu
2487           <li>Select Menu
2488           <li>Menu item accelerator keys
2489           <li>Control-V pastes to current alignment
2490           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2491           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2492           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2493
2494
2495
2496
2497
2498
2499           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2500         </ul>
2501       </td>
2502       <td>
2503         <ul>
2504           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2505           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2506             calculations
2507           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2508             edits
2509           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2510             of alignment)
2511           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2512
2513
2514
2515
2516
2517
2518           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2519             display correctly
2520           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2521           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2522             analysis results
2523           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2524             &#8739;
2525           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2526           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2527           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2528
2529
2530
2531
2532
2533
2534         </ul>
2535       </td>
2536     </tr>
2537     <tr>
2538       <td>
2539         <div align="center">
2540           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2541         </div>
2542       </td>
2543       <td>
2544         <ul>
2545           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2546         </ul>
2547       </td>
2548       <td>
2549         <ul>
2550           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2551             sequence id panel has been resized</li>
2552           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2553             rendered</li>
2554           <li>Annotation files with sequence references - all
2555             elements in file are relative to sequence position</li>
2556           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2557         </ul>
2558       </td>
2559     </tr>
2560     <tr>
2561       <td>
2562         <div align="center">
2563           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2564         </div>
2565       </td>
2566       <td>
2567         <ul>
2568           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2569           <li>DAS Feature fetching</li>
2570           <li>Hide sequences and columns</li>
2571           <li>Export Annotations and Features</li>
2572           <li>GFF file reading / writing</li>
2573           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2574             files</li>
2575           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2576           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2577           <li>Applet can launch the full application</li>
2578           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2579             required)</li>
2580           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2581           <li>Applet can load sequences from parameter
2582             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2583           </li>
2584         </ul>
2585       </td>
2586       <td>
2587         <ul>
2588           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2589           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2590           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2591         </ul>
2592       </td>
2593     </tr>
2594     <tr>
2595       <td>
2596         <div align="center">
2597           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2598         </div>
2599       </td>
2600       <td>
2601         <ul>
2602           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2603           <li>Choose to match case when searching</li>
2604           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2605             expand the visible width and height of the alignment</li>
2606         </ul>
2607       </td>
2608       <td>
2609         <ul>
2610           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2611         </ul>
2612       </td>
2613     </tr>
2614     <tr>
2615       <td>
2616         <div align="center">
2617           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2618         </div>
2619       </td>
2620       <td>&nbsp;</td>
2621       <td>
2622         <ul>
2623           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2624           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2625             value</li>
2626         </ul>
2627       </td>
2628     </tr>
2629     <tr>
2630       <td>
2631         <div align="center">
2632           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2633         </div>
2634       </td>
2635       <td>
2636         <ul>
2637           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2638           <li>Keyboard editing</li>
2639           <li>Create sequence features from searches</li>
2640           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2641             alignments</li>
2642           <li>Features file allows grouping of features</li>
2643           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2644           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2645           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2646         </ul>
2647       </td>
2648       <td>
2649         <ul>
2650           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2651           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2652             descriptions saved.</li>
2653         </ul>
2654       </td>
2655     </tr>
2656     <tr>
2657       <td>
2658         <div align="center">
2659           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2660         </div>
2661       </td>
2662       <td>
2663         <ul>
2664           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2665           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2666           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2667             name for file output</li>
2668           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2669           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2670             used for HTML form input</li>
2671         </ul>
2672       </td>
2673       <td>
2674         <ul>
2675           <li>HTML output writes groups and features</li>
2676           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2677           <li>File IO bugs</li>
2678         </ul>
2679       </td>
2680     </tr>
2681     <tr>
2682       <td>
2683         <div align="center">
2684           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2685         </div>
2686       </td>
2687       <td>
2688         <ul>
2689           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2690           <li>More options for PCA viewer</li>
2691         </ul>
2692       </td>
2693       <td>
2694         <ul>
2695           <li>GUI bugs resolved</li>
2696           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2697         </ul>
2698       </td>
2699     </tr>
2700     <tr>
2701       <td height="63">
2702         <div align="center">
2703           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2704         </div>
2705       </td>
2706       <td>
2707         <ul>
2708           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2709           <li>Jar files are executable</li>
2710           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2711         </ul>
2712       </td>
2713       <td>
2714         <ul>
2715           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2716           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2717           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2718         </ul>
2719       </td>
2720     </tr>
2721     <tr>
2722       <td>
2723         <div align="center">
2724           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2725         </div>
2726       </td>
2727       <td>
2728         <ul>
2729           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2730         </ul>
2731       </td>
2732       <td>
2733         <ul>
2734           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2735         </ul>
2736       </td>
2737     </tr>
2738     <tr>
2739       <td>
2740         <div align="center">
2741           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2742         </div>
2743       </td>
2744       <td>
2745         <ul>
2746           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2747             size</li>
2748         </ul>
2749       </td>
2750       <td>
2751         <ul>
2752           <li>Improved JPred client reliability</li>
2753           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2754         </ul>
2755       </td>
2756     </tr>
2757     <tr>
2758       <td>
2759         <div align="center">
2760           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2761         </div>
2762       </td>
2763       <td>
2764         <ul>
2765           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2766           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2767           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2768             to Colour Menu</li>
2769           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2770           <li>Unix users can set default web browser</li>
2771           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2772           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2773         </ul>
2774       </td>
2775       <td>
2776         <ul>
2777           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2778         </ul>
2779       </td>
2780     </tr>
2781     <tr>
2782       <td>
2783         <div align="center">
2784           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2785         </div>
2786       </td>
2787       <td>&nbsp;</td>
2788       <td>
2789         <ul>
2790           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2791             alignment order.</li>
2792         </ul>
2793       </td>
2794     </tr>
2795     <tr>
2796       <td>
2797         <div align="center">
2798           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2799         </div>
2800       </td>
2801       <td>
2802         <ul>
2803           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2804           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2805           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2806             annotations.</li>
2807           <li>Version and build date written to build properties
2808             file.</li>
2809           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2810             at launch of Jalview.</li>
2811         </ul>
2812       </td>
2813       <td>
2814         <ul>
2815           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2816           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2817           <li>Can remove groups one by one.</li>
2818           <li>Filechooser icons installed.</li>
2819           <li>Finder ignores return character when searching.
2820             Return key will initiate a search.<br>
2821           </li>
2822         </ul>
2823       </td>
2824     </tr>
2825     <tr>
2826       <td>
2827         <div align="center">
2828           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2829         </div>
2830       </td>
2831       <td>
2832         <ul>
2833           <li>New codebase</li>
2834         </ul>
2835       </td>
2836       <td>&nbsp;</td>
2837     </tr>
2838   </table>
2839   <p>&nbsp;</p>
2840 </body>
2841 </html>