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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>27/9/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55             <li><!-- JAL-2164,JAL-1919,-->Jmol now primary parser for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and better PDB parsing.</li>
  56             <li><!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to reference sequence</li>
  57             <li><!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when mousing over sequence associated annotation</li>
  58             <li><!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket' for manual entry</li>
  59             <li><!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations for each column</li>
  60             <li><!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for showing or hiding columns containing a feature</li>
  61             <li><!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on group and sequence associated annotation labels</li>
  62         </ul> <em>Application</em>
  63         <ul>
  64             <li><!-- JAL---></li>
  65             <li><!-- JAL---></li>
  66             <li><!-- JAL---></li>
  67             <li><!-- JAL---></li>
  68             <li><!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and Pfam sources to xfam.org</li>
  69             <li><!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher</li>
  70             <li><!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing over sequences in Jalview</li>
  71             <li><!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding regions in ENA and EMBL</li>
  72             <li><!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2 for ENA record retrieval</li>
  73             <li><!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse complement operator</li>
  74             <li><!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an alignment window's Calculate menu</li>
  75             <li><!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode</li>
  76             <li><!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment calculation workers from groovy scripts</li>
  77             <li><!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in Jalview projects</li>
  78             <li><!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB associations are now saved/restored from project</li>
  79             <li><!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's database chooser opens a sequence fetcher</li>
  80             <li><!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using the UniProt REST API</li>
  81             <li><!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent the news reader opening</li>
  82
  83
  84         </ul> <em>Applet</em>
  85         <ul>
  86             <li><!-- JAL---></li>
  87         </ul></td>
  88       <td>
  89         <div align="left">
  90           <em>General</em>
  91           <ul>
  92             <li><!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up menu on OSX</li>
  93             <li><!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again) includes graduated colourschemes</li>
  94             <li><!-- JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when working with big alignments and lots of hidden columns</li>
  95             <li><!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered at right of alignment window</li>
  96             <li><!-- JAL-2067, JAL-  -->Tidied up links in help file table of contents</li>
  97             <li><!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown for DNA alignments</li>
  98             <li><!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature based tree calculation</li>
  99             <li><!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show unconserved enabled for group on alignment</li>
 100             <li><!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when set as reference</li>
 101             <li><!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over annotation</li>
 102             <li><!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when hidden columns present</li>
 103             <li><!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when user created annotation added to alignment</li>
 104             <li><!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for '()' base pair annotation</li>
 105             <li><!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results in zero scores for all base pairs in RNA Structure Consensus</li>
 106             <li><!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing feature not working</li>
 107             <li><!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at beginning of sequence</li>
 108
 109
 110           </ul>
 111           <em>Application</em>
 112           <ul>
 113             <li><!-- JAL-1944 not yet fixed Error thrown when exporting a view with hidden sequences as flat-file alignment--></li>
 114             <li><!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML output when running on non-gb/us i18n platforms</li>
 115             <li><!-- JAL-1552-->URLs and links can imported by drag'n'drop on OSX webstart</li>
 116             <li><!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when launching Chimera</li>
 117             <li><!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart (also hotfix for 2.9.0b2)</li>
 118             <li><!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a reference sequence defined</li>
 119             <li><!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other alignments and views when revealing hidden columns</li>
 120             <li><!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement view in a cDNA/Protein splitframe</li>
 121             <li><!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative sequence from project when only one sequence is represented</li>
 122             <li><!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option in Structure Chooser</li>
 123             <li><!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or structure consensus didn't refresh annotation panel</li>
 124             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 125           </ul>
 126           <em>Applet</em>
 127           <ul>
 128             <li><!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when hidden columns present before start of sequence</li>
 129           </ul>
 130         </div>
 131       </td>
 132     </tr>
 133     <tr>
 134       <td width="60" nowrap>
 135         <div align="center">
 136           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 137             <em>16/10/2015</em></strong>
 138         </div>
 139       </td>
 140       <td><em>General</em>
 141         <ul>
 142           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 143             jars</li>
 144         </ul></td>
 145       <td>
 146         <div align="left">
 147           <em>Application</em>
 148           <ul>
 149             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 150               shown when tree is partitioned</li>
 151             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 152               multiple cDNA/Protein split views</li>
 153           </ul>
 154         </div>
 155       </td>
 156     </tr>
 157     <tr>
 158       <td width="60" nowrap>
 159         <div align="center">
 160           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 161             <em>8/10/2015</em></strong>
 162         </div>
 163       </td>
 164       <td><em>General</em>
 165         <ul>
 166           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 167             2.9</li>
 168         </ul> <em>Application</em>
 169       <ul>
 170           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 171           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 172           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 173         </ul> <em>Applet</em>
 174         <ul>
 175           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 176         </ul></td>
 177       <td>
 178         <div align="left">
 179           <em>General</em>
 180           <ul>
 181             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 182               incorrect when sequence start > 1</li>
 183             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 184               documentation</li>
 185             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 186             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 187               loading a features file containing HTML tags in feature
 188               description</li>
 189
 190           </ul>
 191           <em>Application</em>
 192           <ul>
 193             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 194               reimport</li>
 195             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 196               with 'trim retrieved sequences'</li>
 197             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 198               deleting selected columns</li>
 199             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 200               JNLP templates for webstart launch</li>
 201             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 202               unreleased structures for download or viewing</li>
 203             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 204               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 205             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 206               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 207             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 208               recovered from jalview project</li>
 209             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 210               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 211               alignment view</li>
 212             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 213               color schemes from BioJSON</li>
 214           </ul>
 215           <em>Applet</em>
 216           <ul>
 217             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 218               frame</li>
 219             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 220           </ul>
 221         </div>
 222       </td>
 223     </tr>
 224     <tr>
 225       <td><div align="center">
 226           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 227         </div></td>
 228       <td><em>General</em>
 229         <ul>
 230           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 231             alignments:
 232             <ul>
 233               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 234                 and DNA alignment views</li>
 235               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 236                 cDNA alignment views</li>
 237               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 238                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 239               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 240                 protein sequences</li>
 241             </ul>
 242           </li>
 243           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 244           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 245             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 246           <li>New alignment annotation file statements for
 247             reference sequences and marking hidden columns</li>
 248           <li>Reference sequence based alignment shading to
 249             highlight variation</li>
 250           <li>Select or hide columns according to alignment
 251             annotation</li>
 252           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 253           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 254             acid conservation row</li>
 255           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 256         </ul> <em>Application</em>
 257         <ul>
 258           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 259             <ul>
 260               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 261                 view with cDNA/Protein</li>
 262               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 263                 sequences are placed in the same alignment</li>
 264               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 265                 projects</li>
 266             </ul>
 267           </li>
 268
 269           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 270           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 271             Jalview windows</li>
 272
 273           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 274           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 275           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 276             be shown in VARNA</li>
 277
 278           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 279             as the active selected region</li>
 280
 281           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 282             similarity</li>
 283           <li>New Export options
 284             <ul>
 285               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 286                 region export in flat file generation</li>
 287
 288               <li>Export alignment views for display with the <a
 289                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 290
 291               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 292               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 293                 alignment figures to HTML</li>
 294           </li>
 295           <li>3D structure retrieval and display
 296             <ul>
 297               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 298                 Search API</li>
 299               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 300                 PDB structures for a sequence set</li>
 301             </ul>
 302           </li>
 303
 304           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 305             predictions</li>
 306           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 307             for one or a group of sequences</li>
 308           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 309             from the JPred4 web server</li>
 310           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 311             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 312             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 313           </li>
 314           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 315             VARNA 2D Structure'</li>
 316           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 317             Structure ..."</li>
 318
 319         </ul> <em>Applet</em>
 320         <ul>
 321           <li>New layout for applet example pages</li>
 322           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 323             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 324           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 325             Protein alignments</li>
 326         </ul> <em>Development and deployment</em>
 327         <ul>
 328           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 329           <li>Include installation type and git revision in build
 330             properties and console log output</li>
 331           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 332             storing BioJsMSA Templates</li>
 333           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 334         </ul></td>
 335       <td>
 336         <!-- <em>General</em>
 337         <ul>
 338         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 339         <ul>
 340           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 341           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 342           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 343             predictions are not highlighted in amber</li>
 344           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 345             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 346           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 347             associated structure views</li>
 348           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 349             width checkbox not enabled</li>
 350           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 351             creating user defined colours</li>
 352           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 353             mappings for just that viewer's sequences</li>
 354           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 355             multiple models in Chimera</li>
 356           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 357             over Jmol structure</li>
 358           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 359             output to text box</li>
 360           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 361             have incorrect sequence start/end</li>
 362           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 363             Jalview fails</li>
 364           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 365             work for nucleotide</li>
 366           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 367             to a grey/invisible alignment window</li>
 368           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 369             imports to different position</li>
 370           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 371             on some platforms</li>
 372           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 373             populated</li>
 374           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 375             console if Chimera has been opened</li>
 376           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 377           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 378             retrieved</li>
 379           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 380           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 381             either sequence shows on first structure</li>
 382           <li>'Show annotations' options should not make
 383             non-positional annotations visible</li>
 384           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 385             in right place after 'view flanking regions'</li>
 386           <li>File Save As type unset when current file format is
 387             unknown</li>
 388           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 389             projects</li>
 390           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 391             responsive</li>
 392           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 393             several views on same alignment</li>
 394           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 395           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 396             spaces</li>
 397         </ul> <em>Applet</em>
 398         <ul>
 399           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 400           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 401             descriptions containing angle brackets</li>
 402         </ul> <em>General</em>
 403         <ul>
 404           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 405             via jalview annotation file</li>
 406           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 407             with RNA secondary structure</li>
 408           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 409             translation doesn't work.</li>
 410           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 411           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 412             positions</li>
 413           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 414             choosing 1pt font</li>
 415           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 416             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 417             'h'</li>
 418           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 419             new feature</li>
 420           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 421             order dependent</li>
 422           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 423             sequences</li>
 424           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 425         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 426         <ul>
 427           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 428             www.jalview.org</li>
 429         </ul> <em>Application Known issues</em>
 430         <ul>
 431           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 432           <li>Misleading message appears after trying to delete
 433             solid column.</li>
 434           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 435             version launches</li>
 436           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 437             fails with a sequence mismatch</li>
 438           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 439             scrolling alignment to right</li>
 440           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 441             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 442           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 443             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 444           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 445             ultra-high resolution</li>
 446           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 447             quality and conservation</li>
 448           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 449             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 450         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 451         <ul>
 452           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 453           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 454             window is being resized</li>
 455
 456         </ul>
 457       </td>
 458     </tr>
 459     <tr>
 460       <td><div align="center">
 461           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 462         </div></td>
 463       <td><em>General</em>
 464         <ul>
 465           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 466             Certum.PL.</li>
 467           <li>Features and annotation preserved when performing
 468             pairwise alignment</li>
 469           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 470             imported/exported/displayed</li>
 471           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 472             protein secondary structure</li>
 473           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 474               post-hoc with 2.9 release</em>)
 475           </li>
 476
 477         </ul> <em>Application</em>
 478         <ul>
 479           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 480             with 3D structures</li>
 481           <li>Support for parsing RNAML</li>
 482           <li>Annotations menu for layout
 483             <ul>
 484               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 485               <li>place sequence annotation above/below alignment
 486                 annotation</li>
 487             </ul>
 488           <li>Output in Stockholm format</li>
 489           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 490             translation</li>
 491           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 492           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 493             shared between alignments</li>
 494           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 495             Jalview</li>
 496           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 497             all or current selection</li>
 498           <li>disorder and secondary structure predictions
 499             available as dataset annotation</li>
 500           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 501
 502
 503           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 504             alignments from Rfam</li>
 505           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 506
 507           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 508             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 509           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 510           <li>include installation type in build properties and
 511             console log output</li>
 512           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 513             annotation</li>
 514         </ul></td>
 515       <td>
 516         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 517         <ul>
 518           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 519             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 520           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 521             alignment</li>
 522           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 523           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 524           <li>Double click on sequence associated annotation
 525             selects only first column</li>
 526           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 527             leaves shown in tree</li>
 528           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 529             properly</li>
 530           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 531           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 532             screen and buttons not visible</li>
 533           <li>author list isn't updated if already written to
 534             Jalview properties</li>
 535           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 536             from database</li>
 537           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 538           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 539             browser search window</li>
 540           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 541             in feature settings dialog</li>
 542           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 543             desktop</li>
 544           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 545             pass validation</li>
 546           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 547             fit on screen</li>
 548           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 549             tooltip</li>
 550           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 551             defined user preset</li>
 552           <li>MSA web services warns user if they were launched
 553             with invalid input</li>
 554           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 555             Java 8</li>
 556           <li>
 557             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 558             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 559             created
 560           </li>
 561
 562         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 563                                 <ul>
 564                                 </ul> <em>General</em>
 565                                 <ul>
 566                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 567         <ul>
 568           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 569             memory allocation</li>
 570           <li>launchApp service doesn't automatically open
 571             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 572           <li>
 573             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 574             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 575             1.7_055 is available
 576           </li>
 577         </ul> <em>Application Known issues</em>
 578         <ul>
 579           <li>
 580             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 581             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 582             alignment to right
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 586             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 587             with large number of ID
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 591             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 592             start/end
 593           </li>
 594           <li>
 595             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 596             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 597             structure tracks are rearranged
 598           </li>
 599           <li>
 600             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 601             invalid rna structure positional highlighting does not
 602             highlight position of invalid base pairs
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 606             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 607             project from alignment window file menu
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 611             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 612             structures
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 616             colour by RNA Helices not enabled when user created
 617             annotation added to alignment
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 621             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 622           </li>
 623         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 624         <ul>
 625           <li>
 626             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 627             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 628           </li>
 629           <li>
 630             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 631             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 632           </li>
 633
 634           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 635             when selected</li>
 636         </ul>
 637       </td>
 638     </tr>
 639     <tr>
 640       <td><div align="center">
 641           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 642         </div></td>
 643       <td>
 644         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 645         <em>General</em>
 646         <ul>
 647           <li>Internationalisation of user interface (usually
 648             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 649           <li>Define/Undefine group on current selection with
 650             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 651           <li>Improved group creation/removal options in
 652             alignment/sequence Popup menu</li>
 653           <li>Sensible precision for symbol distribution
 654             percentages shown in logo tooltip.</li>
 655           <li>Annotation panel height set according to amount of
 656             annotation when alignment first opened</li>
 657         </ul> <em>Application</em>
 658         <ul>
 659           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 660             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 661           <li>Select columns containing particular features from
 662             Feature Settings dialog</li>
 663           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 664             sequences</li>
 665           <li>Update Jalview project format:
 666             <ul>
 667               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 668               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 669                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 670               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 671                 colouring</li>
 672             </ul>
 673           </li>
 674           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 675             (PAM250)</li>
 676           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 677             flanking regions for an alignment</li>
 678         </ul>
 679       </td>
 680       <td>
 681         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 682         <ul>
 683           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 684             running after job is cancelled</li>
 685           <li>cannot export features from alignments imported from
 686             Jalview/VAMSAS projects</li>
 687           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 688             float values</li>
 689           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 690             have 'display all symbols' flag set</li>
 691           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 692             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 693           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 694             Jalview</li>
 695           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 696             Lion/Webstart</li>
 697           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 698           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 699           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 700             alignment onto desktop</li>
 701           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 702             'extract scores' function</li>
 703           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 704             alignment window</li>
 705           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 706             performing IUPred disorder prediction</li>
 707           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 708             changing 'normalise logo' display setting</li>
 709           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 710             nothing matches query</li>
 711           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 712             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 713           </li>
 714           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 715             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 716           </li>
 717           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 718             Jalview's menu</li>
 719           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 720             'invalid literal/length code'</li>
 721           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 722             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 723           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 724             colourscheme</li>
 725
 726         </ul> <em>Applet</em>
 727         <ul>
 728           <li>Remove group option is shown even when selection is
 729             not a group</li>
 730           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 731             don't affect groups</li>
 732           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 733             colourscheme name</li>
 734           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 735             Annotation panel is not displayed</li>
 736           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 737             embedded windows</li>
 738         </ul> <em>Other</em>
 739         <ul>
 740           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 741             single sequence were not calculated</li>
 742           <li>annotation files that contain only groups imported as
 743             annotation and junk sequences</li>
 744           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 745             recognised as PFAM or BLC</li>
 746           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 747             doesn't affect background (2.8.0b1)
 748           <li></li>
 749           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 750           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 751             trailing gaps</li>
 752           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 753             registered correctly on import</li>
 754           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 755             certain alignments</li>
 756           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 757             existing annotation based 'use original colours'
 758             colourscheme loses original colours setting</li>
 759         </ul>
 760       </td>
 761     </tr>
 762     <tr>
 763       <td><div align="center">
 764           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 765             <em>30/1/2014</em></strong>
 766         </div></td>
 767       <td>
 768         <ul>
 769           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 770             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 771             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 772             open source project).
 773           </li>
 774           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
 775           </li>
 776           <li>Output in Stockholm format</li>
 777           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 778           <li>Export/import group and sequence associated line
 779             graph thresholds</li>
 780           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 781             ambiguity codes</li>
 782           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 783             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 784             works</li>
 785           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 786         </ul> <em>Other improvements</em>
 787         <ul>
 788           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 789           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 790             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 791           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 792             files</li>
 793           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 794           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 795             link but no description</li>
 796           <li>Select primary source when selecting authority in
 797             database fetcher GUI</li>
 798           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 799             Jalview</li>
 800           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 801         </ul>
 802       </td>
 803       <td>
 804         <ul>
 805           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 806             displayed</li>
 807           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 808             secondary structure annotation line</li>
 809           <li>Sequence database accessions not imported when
 810             fetching alignments from Rfam</li>
 811           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 812             identical IDs</li>
 813           <li>View all structures does not always superpose
 814             structures</li>
 815           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 816             reflect user or preset settings</li>
 817           <li>Null pointer exceptions for some services without
 818             presets or adjustable parameters</li>
 819           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 820             discover PDB xRefs</li>
 821           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 822             features with DAS</li>
 823           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 824             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 825           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 826             residue follows a gap</li>
 827           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 828             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 829           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 830             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 831           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 832             annotation already exists on alignment</li>
 833           <li>oninit javascript function should be called after
 834             initialisation completes</li>
 835           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 836             alignment window display</li>
 837           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 838           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 839             to annotation file</li>
 840           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 841             groups created</li>
 842           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 843             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 844           <li>Pressing return several times causes Number Format
 845             exceptions in keyboard mode</li>
 846           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 847             correct partitions for input data</li>
 848           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 849           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 850           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 851           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 852             mode</li>
 853           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 854             changes one row&#39;s threshold</li>
 855           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 856             doesn&#39;t open</li>
 857           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 858             quality histograms</li>
 859         </ul>
 860       </td>
 861     </tr>
 862     <tr>
 863       <td><div align="center">
 864           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 865         </div></td>
 866       <td><em>Application</em>
 867         <ul>
 868           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 869             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 870           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 871             preferences</li>
 872           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 873             in Jalview alignment window</li>
 874           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 875             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 876           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 877             RNA and ambiguity codes</li>
 878
 879           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 880           <li>Support fetching and database reference look up
 881             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 882             refs')</li>
 883           <li>Jalview project improvements
 884             <ul>
 885               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 886                 flag for annotation</li>
 887               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 888                 alignment</li>
 889               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 890                 Jalview project</li>
 891
 892             </ul>
 893           </li>
 894           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 895           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 896             running</li>
 897           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 898           <li>visual indication that web service results are still
 899             being retrieved from server</li>
 900           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 901             starts up for first time</li>
 902           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 903             services</li>
 904           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 905             client library</li>
 906           <li>Examples directory and Groovy library included in
 907             InstallAnywhere distribution</li>
 908         </ul> <em>Applet</em>
 909         <ul>
 910           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 911             visualization applet example</li>
 912         </ul> <em>General</em>
 913         <ul>
 914           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 915           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 916             defaults</li>
 917           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 918             calculation</li>
 919           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 920             matrices
 921           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 922             in HTML</li>
 923           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 924             structure contacts</li>
 925           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 926           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 927           <li>Parse sequence associated secondary structure
 928             information in Stockholm files</li>
 929           <li>HTML Export database accessions and annotation
 930             information presented in tooltip for sequences</li>
 931           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 932             style RNA alignment files</li>
 933           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 934             alignment</li>
 935           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 936             shade each sequence according to its associated alignment
 937             annotation</li>
 938           <li>New Jalview Logo</li>
 939         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 940         <ul>
 941           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 942           <li>New Website!</li>
 943         </ul></td>
 944       <td><em>Application</em>
 945         <ul>
 946           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 947             wsdbfetch REST service</li>
 948           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 949           <li>Filetype associations not installed for webstart
 950             launch</li>
 951           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 952             job execution in full once it is complete</li>
 953           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 954             uploaded via ali_file parameter</li>
 955           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 956           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 957           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 958             submitted for prediction</li>
 959           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 960             desktop window</li>
 961           <li>Putting fractional value into integer text box in
 962             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 963           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 964             windows 7</li>
 965           <li>View all structures fails with exception shown in
 966             structure view</li>
 967           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 968             escaped in a platform independent way</li>
 969           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 970             using proxy</li>
 971           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 972             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 973           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 974             failure when java web start temporary file caching is
 975             disabled</li>
 976           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 977             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 978           <li>Errors during processing of command line arguments
 979             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 980           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 981             DAS sources in sequence fetcher</li>
 982           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 983             dialog is shown</li>
 984           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 985           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 986           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 987           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 988             on OSX Mountain Lion</li>
 989           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 990             sequences with alignment annotation are pasted into the
 991             alignment</li>
 992           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 993             when loaded from Jalview project</li>
 994           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 995           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 996             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 997           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
 998             associated with all views</li>
 999           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1000             annotation rows to new window</li>
1001         </ul> <em>Applet</em>
1002         <ul>
1003           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1004             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1005           <li>loading features via javascript API automatically
1006             enables feature display</li>
1007           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1008             work</li>
1009         </ul> <em>General</em>
1010         <ul>
1011           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1012           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1013             and then deselected</li>
1014           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1015           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1016             coloured with clustalx</li>
1017           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1018             exceptions and redraw errors</li>
1019           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1020             reconfigured view</li>
1021           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1022             colour</li>
1023           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1024             for lots of labels</li>
1025         </ul>
1026     </tr>
1027     <tr>
1028       <td>
1029         <div align="center">
1030           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1031         </div>
1032       </td>
1033       <td><em>Application</em>
1034         <ul>
1035           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1036           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1037           <li>View/alignment association menu to enable user to
1038             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1039             its colours/correspondences from</li>
1040           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1041           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1042             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1043           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1044           <li>Annotation row column label formatting attributes
1045             stored in project file</li>
1046           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1047             rows preserved in Jalview project file</li>
1048           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1049             saved using Desktop window menu</li>
1050           <li>Visual indication that command line arguments are
1051             still being processed</li>
1052           <li>Groovy script execution from URL</li>
1053           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1054             preferences</li>
1055           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1056             alignment with sequences that have high similarity and
1057             matching IDs</li>
1058           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1059           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1060             structures in same window</li>
1061           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1062           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1063             analysis function in its own submenu</li>
1064         </ul> <em>Applet</em>
1065         <ul>
1066           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1067             groups</li>
1068           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1069           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1070           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1071           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1072           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1073             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1074           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1075           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1076             parameters are treated as such</li>
1077           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1078             <ul>
1079               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1080               <li>Javascript callbacks for
1081                 <ul>
1082                   <li>Applet initialisation</li>
1083                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1084                 </ul>
1085               </li>
1086               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1087                 functions</li>
1088               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1089               <li>javascript structure viewer harness to pass
1090                 messages between Jmol and Jalview when running as
1091                 distinct applets</li>
1092               <li>sortBy method</li>
1093               <li>Set of applet and application examples shipped
1094                 with documentation</li>
1095               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1096                 javascript message exchange</li>
1097             </ul>
1098         </ul> <em>General</em>
1099         <ul>
1100           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1101             multiple alignments</li>
1102           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1103           <li>User configurable link to enable redirects to a
1104             www.Jalview.org mirror</li>
1105           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1106           <li>Configurable newline string when writing alignment
1107             and other flat files</li>
1108           <li>Allow alignment annotation description lines to
1109             contain html tags</li>
1110         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1111         <ul>
1112           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1113             examples</li>
1114           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1115             using a web service before displaying the result in the
1116             Jalview desktop</li>
1117           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1118           <li>Ant target to publish example html files with applet
1119             archive</li>
1120           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1121           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1122         </ul></td>
1123       <td><em>Application</em>
1124         <ul>
1125           <li>User defined colourscheme throws exception when
1126             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1127           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1128             dialog for valid filename/format</li>
1129           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1130           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1131             P37173</li>
1132           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1133             which sequence is to be associated with the file</li>
1134           <li>Find All raises null pointer exception when query
1135             only matches sequence IDs</li>
1136           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1137           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1138             2.4 cannot be loaded</li>
1139           <li>Filetype associations not installed for webstart
1140             launch</li>
1141           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1142             with sequences in different alignments do not get coloured
1143             by their associated sequence</li>
1144           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1145             not preserved when project is loaded</li>
1146           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1147             stored in Jalview project</li>
1148           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1149             Jalview project</li>
1150           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1151           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1152             by conservation</li>
1153           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1154             created on new view</li>
1155           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1156             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1157           <li>Alignment quality not updated after alignment
1158             annotation row is hidden then shown</li>
1159           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1160             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1161           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1162             properly</li>
1163           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1164             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1165           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1166           <li>Structures imported from file and saved in project
1167             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1168           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1169             job execution in full once it is complete</li>
1170         </ul> <em>Applet</em>
1171         <ul>
1172           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1173             annotation rows are displayed</li>
1174           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1175             codebase</li>
1176           <li>View follows highlighting does not work for positions
1177             in sequences</li>
1178           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1179           <li>Export features raises exception when no features
1180             exist</li>
1181           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1182             for javascript api is modified when separator string
1183             provided as parameter</li>
1184           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1185             alignment with no existing selection</li>
1186           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1187             to applet&#39;s codebase</li>
1188           <li>Status bar not updated after finished searching and
1189             search wraps around to first result</li>
1190           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1191             several Jalview applets causes race conditions and memory
1192             leaks</li>
1193           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1194             not sent from Jmol in applet</li>
1195           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1196             applet API fatally hang browser</li>
1197         </ul> <em>General</em>
1198         <ul>
1199           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1200             position with wrapped view and hidden regions</li>
1201           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1202             with/without hidden columns</li>
1203           <li>Sequence length given in alignment properties window
1204             is off by 1</li>
1205           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1206             import PDB like structure files</li>
1207           <li>Positional search results are only highlighted
1208             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1209           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1210           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1211             given sequence position</li>
1212           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1213             output</li>
1214           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1215             from nucleotide chains correctly</li>
1216           <li>Structure colours not updated when tree partition
1217             changed in alignment</li>
1218           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1219             parsed in interleaved stockholm</li>
1220           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1221             state</li>
1222           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1223             properly</li>
1224           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1225             properly associated with their pdb files</li>
1226         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1227         <ul>
1228           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1229             ApplyCopyright tool</li>
1230         </ul></td>
1231     </tr>
1232     <tr>
1233       <td>
1234         <div align="center">
1235           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1236         </div>
1237       </td>
1238       <td><em>Application</em>
1239         <ul>
1240           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1241             contact web services</li>
1242           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1243             service job window</li>
1244           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1245         </ul></td>
1246       <td>
1247         <ul>
1248           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1249             pir file emitted by Jalview</li>
1250           <li>Existing feature settings transferred to new
1251             alignment view created from cut'n'paste</li>
1252           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1253             parsing PDB files</li>
1254           <li>Consensus and conservation annotation rows
1255             occasionally become blank for all new windows</li>
1256           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1257             in wrapped view mode</li>
1258         </ul> <em>Application</em>
1259         <ul>
1260           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1261             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1262           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1263             parameter names</li>
1264           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1265             is down</li>
1266         </ul>
1267       </td>
1268     </tr>
1269     <tr>
1270       <td>
1271         <div align="center">
1272           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1273         </div>
1274       </td>
1275       <td><em>Application</em>
1276         <ul>
1277           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1278             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1279             (JABAWS)
1280           </li>
1281           <li>Web Services preference tab</li>
1282           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1283             preferences</li>
1284           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1285           <li>Superpose structures using associated sequence
1286             alignment</li>
1287           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1288             viewer</li>
1289         </ul> <em>Applet</em>
1290         <ul>
1291           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1292             link out mechanism</li>
1293         </ul> <em>Other</em>
1294         <ul>
1295           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1296             series 12</li>
1297           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1298             require Java 1.5</li>
1299           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1300             sequence annotation files</li>
1301           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1302             type colour specification</li>
1303           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1304             script to check if it being run in an interactive session or
1305             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1306         </ul></td>
1307       <td>
1308         <ul>
1309           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1310             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1311         </ul> <em>Application</em>
1312         <ul>
1313           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1314             selected Regions menu item</li>
1315           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1316             part of a valid accession ID</li>
1317           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1318             runs out of memory</li>
1319           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1320             analysis results</li>
1321           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1322             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1323           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1324         </ul> <em>Applet</em>
1325         <ul>
1326           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1327             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1328             defined.</li>
1329         </ul>
1330       </td>
1331     </tr>
1332     <tr>
1333       <td>
1334         <div align="center">
1335           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1336         </div>
1337       </td>
1338       <td></td>
1339       <td>
1340         <ul>
1341           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1342             sequence IDs</li>
1343           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1344             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1345           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1346             import correctly</li>
1347           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1348             number of columns are hidden</li>
1349           <li>annotation label popup menu not providing correct
1350             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1351             present</li>
1352           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1353             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1354           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1355             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1356
1357         </ul> <em>Applet</em>
1358         <ul>
1359           <li>annotation panel disappears when annotation is
1360             hidden/removed</li>
1361         </ul> <em>Application</em>
1362         <ul>
1363           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1364             alignment opened where annotation panel is visible but no
1365             annotations are present on alignment</li>
1366           <li>pasted region containing hidden columns is
1367             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1368           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1369             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1370           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1371             selected Rregions menu item.</li>
1372           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1373             'Un' or 'Non'conserved</li>
1374           <li>Sequence feature settings are being shared by
1375             multiple distinct alignments</li>
1376           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1377             changed</li>
1378           <li>double click on group annotation to select sequences
1379             does not propagate to associated trees</li>
1380           <li>Mac OSX specific issues:
1381             <ul>
1382               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1383                 window background</li>
1384               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1385                 name set correctly</li>
1386               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1387                 save feature colourscheme button</li>
1388             </ul>
1389           </li>
1390         </ul>
1391       </td>
1392     </tr>
1393     <tr>
1394
1395       <td>
1396         <div align="center">
1397           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1398         </div>
1399       </td>
1400       <td><em>New Capabilities</em>
1401         <ul>
1402           <li>URL links generated from description line for
1403             regular-expression based URL links (applet and application)
1404
1405
1406           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1407             menu</li>
1408           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1409             structures</li>
1410           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1411             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1412           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1413             average score or total feature count for each sequence.</li>
1414           <li>Shading features by score or associated description</li>
1415           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1416             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1417           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1418             hide everything but the currently selected region.</li>
1419           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1420         </ul> <em>Application</em>
1421         <ul>
1422           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1423             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1424           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1425             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1426           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1427             database references and protein_name is parsed as
1428             description line (BioSapiens terms).</li>
1429           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1430             references in sequence ID tooltip from View menu in
1431             application.</li>
1432           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1433                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1434           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1435             conservation plots</li>
1436           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1437             and visualized as sequence logos</li>
1438           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1439             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1440           </li>
1441           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1442             when a new tree is opened.</li>
1443           <li>Jalview Java Console</li>
1444           <li>Better placement of desktop window when moving
1445             between different screens.</li>
1446           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1447             consensus annotation</li>
1448           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2 Workflows</li>
1449           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1450             <ul>
1451               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1452                 used to preserve views, structures, and tree display
1453                 settings)</li>
1454               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1455                 command line</li>
1456               <li>Sharing of selected regions between views and
1457                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1458               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1459             </ul></li>
1460         </ul> <em>Applet</em>
1461         <ul>
1462           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1463           <li>New Parameters
1464             <ul>
1465               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1466                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1467                 opened.</li>
1468               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1469                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1470               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1471                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1472               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1473                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1474                 view</li>
1475               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1476                 increase the height or width of a cell in the alignment
1477                 grid relative to the current font size.</li>
1478             </ul>
1479           </li>
1480           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1481             tooltip</li>
1482         </ul> <em>Other</em>
1483         <ul>
1484           <li>Features format: graduated colour definitions and
1485             specification of feature scores</li>
1486           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1487             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1488             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1489           <li>XML formats extended to support graduated feature
1490             colourschemes, group associated annotation, and profile
1491             visualization settings.</li></td>
1492       <td>
1493         <ul>
1494           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1495             rather than description</li>
1496           <li>Non-positional features are now included in sequence
1497             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1498             visibility in tooltip).</li>
1499           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1500           <li>Added URL embedding instructions to features file
1501             documentation.</li>
1502           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1503             'X' in peptide product</li>
1504           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1505             sequence ID and sequence string and query strings do not
1506             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1507           <li>AMSA files only contain first column of
1508             multi-character column annotation labels</li>
1509           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1510             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1511             exported and re-imported)</li>
1512           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1513             name</li>
1514           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1515             as subsequence matches, and correctly reports total number
1516             of both.</li>
1517           <li>Application:
1518             <ul>
1519               <li>Better handling of exceptions during sequence
1520                 retrieval</li>
1521               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1522                 link text excludes the start_end suffix</li>
1523               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1524                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1525               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1526               <li>Sequence description lines properly shared via
1527                 VAMSAS</li>
1528               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1529                 data sources</li>
1530               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1531                 completes before alignment figures are generated.</li>
1532               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1533                 first time.</li>
1534               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1535                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1536               <li>User defined group colours properly recovered
1537                 from Jalview projects.</li>
1538             </ul>
1539           </li>
1540         </ul>
1541       </td>
1542
1543     </tr>
1544     <tr>
1545       <td>
1546         <div align="center">
1547           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1548         </div>
1549       </td>
1550       <td>
1551         <ul>
1552           <li>Experimental support for google analytics usage
1553             tracking.</li>
1554           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1555         </ul>
1556       </td>
1557       <td>
1558         <ul>
1559           <li>Race condition in applet preventing startup in
1560             jre1.6.0u12+.</li>
1561           <li>Exception when feature created from selection beyond
1562             length of sequence.</li>
1563           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1564           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1565             all sequences with a given id</li>
1566           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1567             ID string searches</li>
1568           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1569             alignment to fail with exception</li>
1570         </ul> <em>Application Issues</em>
1571         <ul>
1572           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1573           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1574             data sources</li>
1575         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1576         <ul>
1577           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1578             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1579           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1580             version (java class versioning error fixed)</li>
1581         </ul>
1582       </td>
1583     </tr>
1584     <tr>
1585       <td>
1586
1587         <div align="center">
1588           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1589         </div>
1590       </td>
1591       <td><em>User Interface</em>
1592         <ul>
1593           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1594             translation and protein products</li>
1595           <li>Linked highlighting of structure associated with
1596             residue mapping to codon position</li>
1597           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1598             and 'clear' button</li>
1599           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1600             Tools menu</li>
1601           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1602             numeric data in description line</li>
1603           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1604           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1605             of sequence</li>
1606         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1607         <ul>
1608           <li>JPred3 web service</li>
1609           <li>Prototype sequence search client (no public services
1610             available yet)</li>
1611           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1612             PFAM</li>
1613           <li>URL Links created for matching database cross
1614             references as well as sequence ID</li>
1615           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1616         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1617         <ul>
1618           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1619             databases</li>
1620           <li>Generalised database reference retrieval and
1621             validation to all fetchable databases</li>
1622           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1623             sequence command</li>
1624         </ul> <em>Import and Export</em>
1625         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1626         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1627           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1628         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1629           File</li>
1630         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1631           triplet as name of colourscheme</li>
1632         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1633         <ul>
1634           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1635           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1636             alignments (experimental)</li>
1637           <li>Create new or select existing session to join</li>
1638           <li>load and save of vamsas documents</li>
1639         </ul> <em>Application command line</em>
1640         <ul>
1641           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1642             from applet)</li>
1643           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1644             of DAS servers to query for alignment features</li>
1645           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1646             that are also automatically queried for features</li>
1647           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1648             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1649         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1650         <ul>
1651           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1652             application (when using &quot;View in full
1653             application&quot;)</li>
1654         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1655         <ul>
1656           <li>feature group display control parameter</li>
1657           <li>debug parameter</li>
1658           <li>showbutton parameter</li>
1659         </ul> <em>Applet API methods</em>
1660         <ul>
1661           <li>newView public method</li>
1662           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1663           <li>Feature display control methods</li>
1664           <li>get list of currently selected sequences</li>
1665         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1666         <ul>
1667           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1668           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1669             Jalview release.</li>
1670           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1671             property controls execution of obfuscator</li>
1672           <li>Build target for generating source distribution</li>
1673           <li>Debug flag for javacc</li>
1674           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1675             jalview.bin.Cache</li>
1676           <li>Continuous Build Integration for stable and
1677             development version of Application, Applet and source
1678             distribution</li>
1679         </ul></td>
1680       <td>
1681         <ul>
1682           <li>selected region output includes visible annotations
1683             (for certain formats)</li>
1684           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1685             for editing</li>
1686           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1687           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1688           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1689           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1690             comments</li>
1691           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1692             filenames containing a ':'</li>
1693           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1694             global sequence features</li>
1695           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1696             references from alignment sequences goes to zero</li>
1697           <li>Close of tree branch colour box without colour
1698             selection causes cascading exceptions</li>
1699           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1700           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1701             file parsing fails.</li>
1702           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1703           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1704             not a valid output format</li>
1705           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
1706             vamsas</li>
1707           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1708           <li>error messages passed up and output when data read
1709             fails</li>
1710           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1711             sequence is edited</li>
1712           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1713             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1714           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1715             filetype</li>
1716           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1717             import fixed for PFAM records</li>
1718           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1719             window list</li>
1720           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1721             can be read and written correctly to annotation file</li>
1722           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1723             correctly</li>
1724           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1725             non-italic font for representatives in Applet</li>
1726           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1727             Macs.</li>
1728           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1729             Applet)</li>
1730           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1731             due to null pointer exceptions</li>
1732           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1733             first column of alignment</li>
1734           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
1735             July 2008</li>
1736           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1737             file is case-insensitive</li>
1738           <li>Sequence features read from Features file appended to
1739             all sequences with matching IDs</li>
1740           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1741             containing a sub-sequence</li>
1742           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1743           <li>feature and annotation file applet parameters
1744             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1745           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1746           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1747             splash-screen version check to complete</li>
1748           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1749             when passing them to the launchApp service</li>
1750           <li>display name and local features preserved in results
1751             retrieved from web service</li>
1752           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1753             sequence fetcher initialisation</li>
1754           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1755             dasobert DAS client</li>
1756           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1757             association</li>
1758           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1759             sequences
1760           </li>
1761         </ul>
1762       </td>
1763     </tr>
1764     <tr>
1765       <td>
1766         <div align="center">
1767           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1768         </div>
1769       </td>
1770       <td>
1771         <ul>
1772           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1773           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1774           <li>Slide sequences</li>
1775           <li>Edit sequence in place</li>
1776           <li>EMBL CDS features</li>
1777           <li>DAS Feature mapping</li>
1778           <li>Feature ordering</li>
1779           <li>Alignment Properties</li>
1780           <li>Annotation Scores</li>
1781           <li>Sort by scores</li>
1782           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1783         </ul>
1784       </td>
1785       <td>
1786         <ul>
1787           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1788           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1789           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1790           <li>Feature group display state in XML</li>
1791           <li>Feature ordering in XML</li>
1792           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1793           <li>Stockholm alignment properties</li>
1794           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1795           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1796           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1797           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1798         </ul>
1799       </td>
1800
1801     </tr>
1802     <tr>
1803       <td>
1804         <div align="center">
1805           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1806         </div>
1807       </td>
1808       <td>
1809         <ul>
1810           <li>Non standard characters can be read and displayed
1811           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1812             applet via textbox
1813           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1814             name &amp; description
1815           <li>Preference setting to display sequence name in
1816             italics
1817           <li>Annotation file format extended to allow
1818             Sequence_groups to be defined
1819           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1820             specified in preferences
1821           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1822             sequences
1823         </ul>
1824       </td>
1825       <td>
1826         <ul>
1827           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1828             installed
1829           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1830           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1831         </ul>
1832       </td>
1833     </tr>
1834     <tr>
1835       <td>
1836         <div align="center">
1837           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1838         </div>
1839       </td>
1840       <td>
1841         <ul>
1842           <li>Multiple views on alignment
1843           <li>Sequence feature editing
1844           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1845           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1846           <li>Background dependent text colour
1847           <li>Right align sequence ids
1848           <li>User-defined lower case residue colours
1849           <li>Format Menu
1850           <li>Select Menu
1851           <li>Menu item accelerator keys
1852           <li>Control-V pastes to current alignment
1853           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1854           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1855           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1856
1857
1858           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1859         </ul>
1860       </td>
1861       <td>
1862         <ul>
1863           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1864           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1865             calculations
1866           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1867             edits
1868           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1869             of alignment)
1870           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1871
1872
1873           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1874             display correctly
1875           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1876           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1877             analysis results
1878           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
1879             &#8739;
1880           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1881           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1882           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1883
1884
1885         </ul>
1886       </td>
1887     </tr>
1888     <tr>
1889       <td>
1890         <div align="center">
1891           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1892         </div>
1893       </td>
1894       <td>
1895         <ul>
1896           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1897         </ul>
1898       </td>
1899       <td>
1900         <ul>
1901           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1902             sequence id panel has been resized</li>
1903           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1904             rendered</li>
1905           <li>Annotation files with sequence references - all
1906             elements in file are relative to sequence position</li>
1907           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1908         </ul>
1909       </td>
1910     </tr>
1911     <tr>
1912       <td>
1913         <div align="center">
1914           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1915         </div>
1916       </td>
1917       <td>
1918         <ul>
1919           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1920           <li>DAS Feature fetching</li>
1921           <li>Hide sequences and columns</li>
1922           <li>Export Annotations and Features</li>
1923           <li>GFF file reading / writing</li>
1924           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1925             files</li>
1926           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1927           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1928           <li>Applet can launch the full application</li>
1929           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1930             required)</li>
1931           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1932           <li>Applet can load sequences from parameter
1933             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1934           </li>
1935         </ul>
1936       </td>
1937       <td>
1938         <ul>
1939           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1940           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1941           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1942         </ul>
1943       </td>
1944     </tr>
1945     <tr>
1946       <td>
1947         <div align="center">
1948           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1949         </div>
1950       </td>
1951       <td>
1952         <ul>
1953           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1954           <li>Choose to match case when searching</li>
1955           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1956             expand the visible width and height of the alignment</li>
1957         </ul>
1958       </td>
1959       <td>
1960         <ul>
1961           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1962         </ul>
1963       </td>
1964     </tr>
1965     <tr>
1966       <td>
1967         <div align="center">
1968           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1969         </div>
1970       </td>
1971       <td>&nbsp;</td>
1972       <td>
1973         <ul>
1974           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1975           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1976             value</li>
1977         </ul>
1978       </td>
1979     </tr>
1980     <tr>
1981       <td>
1982         <div align="center">
1983           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1984         </div>
1985       </td>
1986       <td>
1987         <ul>
1988           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1989           <li>Keyboard editing</li>
1990           <li>Create sequence features from searches</li>
1991           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1992             alignments</li>
1993           <li>Features file allows grouping of features</li>
1994           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1995           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1996           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1997         </ul>
1998       </td>
1999       <td>
2000         <ul>
2001           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2002           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2003             descriptions saved.</li>
2004         </ul>
2005       </td>
2006     </tr>
2007     <tr>
2008       <td>
2009         <div align="center">
2010           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2011         </div>
2012       </td>
2013       <td>
2014         <ul>
2015           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2016           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2017           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2018             name for file output</li>
2019           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2020           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2021             used for HTML form input</li>
2022         </ul>
2023       </td>
2024       <td>
2025         <ul>
2026           <li>HTML output writes groups and features</li>
2027           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2028           <li>File IO bugs</li>
2029         </ul>
2030       </td>
2031     </tr>
2032     <tr>
2033       <td>
2034         <div align="center">
2035           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2036         </div>
2037       </td>
2038       <td>
2039         <ul>
2040           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2041           <li>More options for PCA viewer</li>
2042         </ul>
2043       </td>
2044       <td>
2045         <ul>
2046           <li>GUI bugs resolved</li>
2047           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2048         </ul>
2049       </td>
2050     </tr>
2051     <tr>
2052       <td height="63">
2053         <div align="center">
2054           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2055         </div>
2056       </td>
2057       <td>
2058         <ul>
2059           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2060           <li>Jar files are executable</li>
2061           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2062         </ul>
2063       </td>
2064       <td>
2065         <ul>
2066           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2067           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2068           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2069         </ul>
2070       </td>
2071     </tr>
2072     <tr>
2073       <td>
2074         <div align="center">
2075           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2076         </div>
2077       </td>
2078       <td>
2079         <ul>
2080           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2081         </ul>
2082       </td>
2083       <td>
2084         <ul>
2085           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2086         </ul>
2087       </td>
2088     </tr>
2089     <tr>
2090       <td>
2091         <div align="center">
2092           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2093         </div>
2094       </td>
2095       <td>
2096         <ul>
2097           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2098             size</li>
2099         </ul>
2100       </td>
2101       <td>
2102         <ul>
2103           <li>Improved JPred client reliability</li>
2104           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2105         </ul>
2106       </td>
2107     </tr>
2108     <tr>
2109       <td>
2110         <div align="center">
2111           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2112         </div>
2113       </td>
2114       <td>
2115         <ul>
2116           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2117           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2118           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2119             to Colour Menu</li>
2120           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2121           <li>Unix users can set default web browser</li>
2122           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2123           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2124         </ul>
2125       </td>
2126       <td>
2127         <ul>
2128           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2129         </ul>
2130       </td>
2131     </tr>
2132     <tr>
2133       <td>
2134         <div align="center">
2135           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2136         </div>
2137       </td>
2138       <td>&nbsp;</td>
2139       <td>
2140         <ul>
2141           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2142             alignment order.</li>
2143         </ul>
2144       </td>
2145     </tr>
2146     <tr>
2147       <td>
2148         <div align="center">
2149           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2150         </div>
2151       </td>
2152       <td>
2153         <ul>
2154           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2155           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2156           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2157             annotations.</li>
2158           <li>Version and build date written to build properties
2159             file.</li>
2160           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2161             at launch of Jalview.</li>
2162         </ul>
2163       </td>
2164       <td>
2165         <ul>
2166           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2167           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2168           <li>Can remove groups one by one.</li>
2169           <li>Filechooser icons installed.</li>
2170           <li>Finder ignores return character when searching.
2171             Return key will initiate a search.<br>
2172           </li>
2173         </ul>
2174       </td>
2175     </tr>
2176     <tr>
2177       <td>
2178         <div align="center">
2179           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2180         </div>
2181       </td>
2182       <td>
2183         <ul>
2184           <li>New codebase</li>
2185         </ul>
2186       </td>
2187       <td>&nbsp;</td>
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