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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>27/9/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55             <li><!-- JAL-2164,JAL-1919,-->Jmol now primary parser for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and better PDB parsing.</li>
  56             <li><!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to reference sequence</li>
  57             <li><!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when mousing over sequence associated annotation</li>
  58             <li><!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket' for manual entry</li>
  59             <li><!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations for each column</li>
  60             <li><!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for showing or hiding columns containing a feature</li>
  61             <li><!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on group and sequence associated annotation labels</li>
  62         </ul> <em>Application</em>
  63         <ul>
  64             <li><!-- JAL---></li>
  65             <li><!-- JAL---></li>
  66             <li><!-- JAL---></li>
  67             <li><!-- JAL---></li>
  68             <li><!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and Pfam sources to xfam.org</li>
  69             <li><!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher</li>
  70             <li><!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing over sequences in Jalview</li>
  71             <li><!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding regions in ENA and EMBL</li>
  72             <li><!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2 for ENA record retrieval</li>
  73             <li><!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse complement operator</li>
  74             <li><!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an alignment window's Calculate menu</li>
  75             <li><!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode</li>
  76             <li><!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment calculation workers from groovy scripts</li>
  77             <li><!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in Jalview projects</li>
  78             <li><!-- JAL-1803-->Chain codes for a sequence's PDB associations are now saved/restored from project</li>
  79             <li><!-- JAL-2183-->Double click on an entry in Jalview's database chooser opens a sequence fetcher</li>
  80             <li><!-- JAL-1563-->Free-text search client for UniProt using the UniProt REST API</li>
  81
  82
  83         </ul> <em>Applet</em>
  84         <ul>
  85             <li><!-- JAL---></li>
  86         </ul></td>
  87       <td>
  88         <div align="left">
  89           <em>General</em>
  90           <ul>
  91             <li><!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up menu on OSX</li>
  92             <li><!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again) includes graduated colourschemes</li>
  93             <li><!-- JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when working with big alignments and lots of hidden columns</li>
  94             <li><!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered at right of alignment window</li>
  95             <li><!-- JAL-2067, JAL-  -->Tidied up links in help file table of contents</li>
  96             <li><!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown for DNA alignments</li>
  97             <li><!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature based tree calculation</li>
  98             <li><!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show unconserved enabled for group on alignment</li>
  99             <li><!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when set as reference</li>
 100             <li><!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over annotation</li>
 101             <li><!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when hidden columns present</li>
 102             <li><!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when user created annotation added to alignment</li>
 103             <li><!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for '()' base pair annotation</li>
 104             <li><!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results in zero scores for all base pairs in RNA Structure Consensus</li>
 105             <li><!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing feature not working</li>
 106
 107
 108           </ul>
 109           <em>Application</em>
 110           <ul>
 111             <li><!-- JAL-1944 not yet fixed Error thrown when exporting a view with hidden sequences as flat-file alignment--></li>
 112             <li><!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML output when running on non-gb/us i18n platforms</li>
 113             <li><!-- JAL-1552-->URLs and links can imported by drag'n'drop on OSX webstart</li>
 114             <li><!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when launching Chimera</li>
 115             <li><!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart (also hotfix for 2.9.0b2)</li>
 116             <li><!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a reference sequence defined</li>
 117             <li><!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other alignments and views when revealing hidden columns</li>
 118             <li><!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement view in a cDNA/Protein splitframe</li>
 119             <li><!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative sequence from project when only one sequence is represented</li>
 120             <li><!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option in Structure Chooser</li>
 121             <li><!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or structure consensus didn't refresh annotation panel</li>
 122             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 123           </ul>
 124           <em>Applet</em>
 125           <ul>
 126             <li><!--  --></li>
 127           </ul>
 128         </div>
 129       </td>
 130     </tr>
 131     <tr>
 132       <td width="60" nowrap>
 133         <div align="center">
 134           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 135             <em>16/10/2015</em></strong>
 136         </div>
 137       </td>
 138       <td><em>General</em>
 139         <ul>
 140           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 141             jars</li>
 142         </ul></td>
 143       <td>
 144         <div align="left">
 145           <em>Application</em>
 146           <ul>
 147             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 148               shown when tree is partitioned</li>
 149             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 150               multiple cDNA/Protein split views</li>
 151           </ul>
 152         </div>
 153       </td>
 154     </tr>
 155     <tr>
 156       <td width="60" nowrap>
 157         <div align="center">
 158           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 159             <em>8/10/2015</em></strong>
 160         </div>
 161       </td>
 162       <td><em>General</em>
 163         <ul>
 164           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 165             2.9</li>
 166         </ul> <em>Application</em>
 167       <ul>
 168           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 169           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 170           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 171         </ul> <em>Applet</em>
 172         <ul>
 173           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 174         </ul></td>
 175       <td>
 176         <div align="left">
 177           <em>General</em>
 178           <ul>
 179             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 180               incorrect when sequence start > 1</li>
 181             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 182               documentation</li>
 183             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 184             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 185               loading a features file containing HTML tags in feature
 186               description</li>
 187
 188           </ul>
 189           <em>Application</em>
 190           <ul>
 191             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 192               reimport</li>
 193             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 194               with 'trim retrieved sequences'</li>
 195             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 196               deleting selected columns</li>
 197             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 198               JNLP templates for webstart launch</li>
 199             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 200               unreleased structures for download or viewing</li>
 201             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 202               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 203             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 204               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 205             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 206               recovered from jalview project</li>
 207             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 208               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 209               alignment view</li>
 210             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 211               color schemes from BioJSON</li>
 212           </ul>
 213           <em>Applet</em>
 214           <ul>
 215             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 216               frame</li>
 217             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 218           </ul>
 219         </div>
 220       </td>
 221     </tr>
 222     <tr>
 223       <td><div align="center">
 224           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 225         </div></td>
 226       <td><em>General</em>
 227         <ul>
 228           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 229             alignments:
 230             <ul>
 231               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 232                 and DNA alignment views</li>
 233               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 234                 cDNA alignment views</li>
 235               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 236                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 237               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 238                 protein sequences</li>
 239             </ul>
 240           </li>
 241           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 242           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 243             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 244           <li>New alignment annotation file statements for
 245             reference sequences and marking hidden columns</li>
 246           <li>Reference sequence based alignment shading to
 247             highlight variation</li>
 248           <li>Select or hide columns according to alignment
 249             annotation</li>
 250           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 251           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 252             acid conservation row</li>
 253           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 254         </ul> <em>Application</em>
 255         <ul>
 256           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 257             <ul>
 258               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 259                 view with cDNA/Protein</li>
 260               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 261                 sequences are placed in the same alignment</li>
 262               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 263                 projects</li>
 264             </ul>
 265           </li>
 266
 267           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 268           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 269             Jalview windows</li>
 270
 271           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 272           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 273           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 274             be shown in VARNA</li>
 275
 276           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 277             as the active selected region</li>
 278
 279           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 280             similarity</li>
 281           <li>New Export options
 282             <ul>
 283               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 284                 region export in flat file generation</li>
 285
 286               <li>Export alignment views for display with the <a
 287                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 288
 289               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 290               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 291                 alignment figures to HTML</li>
 292           </li>
 293           <li>3D structure retrieval and display
 294             <ul>
 295               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 296                 Search API</li>
 297               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 298                 PDB structures for a sequence set</li>
 299             </ul>
 300           </li>
 301
 302           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 303             predictions</li>
 304           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 305             for one or a group of sequences</li>
 306           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 307             from the JPred4 web server</li>
 308           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 309             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 310             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 311           </li>
 312           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 313             VARNA 2D Structure'</li>
 314           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 315             Structure ..."</li>
 316
 317         </ul> <em>Applet</em>
 318         <ul>
 319           <li>New layout for applet example pages</li>
 320           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 321             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 322           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 323             Protein alignments</li>
 324         </ul> <em>Development and deployment</em>
 325         <ul>
 326           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 327           <li>Include installation type and git revision in build
 328             properties and console log output</li>
 329           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 330             storing BioJsMSA Templates</li>
 331           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 332         </ul></td>
 333       <td>
 334         <!-- <em>General</em>
 335         <ul>
 336         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 337         <ul>
 338           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 339           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 340           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 341             predictions are not highlighted in amber</li>
 342           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 343             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 344           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 345             associated structure views</li>
 346           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 347             width checkbox not enabled</li>
 348           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 349             creating user defined colours</li>
 350           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 351             mappings for just that viewer's sequences</li>
 352           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 353             multiple models in Chimera</li>
 354           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 355             over Jmol structure</li>
 356           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 357             output to text box</li>
 358           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 359             have incorrect sequence start/end</li>
 360           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 361             Jalview fails</li>
 362           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 363             work for nucleotide</li>
 364           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 365             to a grey/invisible alignment window</li>
 366           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 367             imports to different position</li>
 368           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 369             on some platforms</li>
 370           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 371             populated</li>
 372           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 373             console if Chimera has been opened</li>
 374           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 375           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 376             retrieved</li>
 377           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 378           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 379             either sequence shows on first structure</li>
 380           <li>'Show annotations' options should not make
 381             non-positional annotations visible</li>
 382           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 383             in right place after 'view flanking regions'</li>
 384           <li>File Save As type unset when current file format is
 385             unknown</li>
 386           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 387             projects</li>
 388           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 389             responsive</li>
 390           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 391             several views on same alignment</li>
 392           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 393           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 394             spaces</li>
 395         </ul> <em>Applet</em>
 396         <ul>
 397           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 398           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 399             descriptions containing angle brackets</li>
 400         </ul> <em>General</em>
 401         <ul>
 402           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 403             via jalview annotation file</li>
 404           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 405             with RNA secondary structure</li>
 406           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 407             translation doesn't work.</li>
 408           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 409           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 410             positions</li>
 411           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 412             choosing 1pt font</li>
 413           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 414             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 415             'h'</li>
 416           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 417             new feature</li>
 418           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 419             order dependent</li>
 420           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 421             sequences</li>
 422           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 423         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 424         <ul>
 425           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 426             www.jalview.org</li>
 427         </ul> <em>Application Known issues</em>
 428         <ul>
 429           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 430           <li>Misleading message appears after trying to delete
 431             solid column.</li>
 432           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 433             version launches</li>
 434           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 435             fails with a sequence mismatch</li>
 436           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 437             scrolling alignment to right</li>
 438           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 439             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 440           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 441             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 442           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 443             ultra-high resolution</li>
 444           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 445             quality and conservation</li>
 446           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 447             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 448         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 449         <ul>
 450           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 451           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 452             window is being resized</li>
 453
 454         </ul>
 455       </td>
 456     </tr>
 457     <tr>
 458       <td><div align="center">
 459           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 460         </div></td>
 461       <td><em>General</em>
 462         <ul>
 463           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 464             Certum.PL.</li>
 465           <li>Features and annotation preserved when performing
 466             pairwise alignment</li>
 467           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 468             imported/exported/displayed</li>
 469           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 470             protein secondary structure</li>
 471           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 472               post-hoc with 2.9 release</em>)
 473           </li>
 474
 475         </ul> <em>Application</em>
 476         <ul>
 477           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 478             with 3D structures</li>
 479           <li>Support for parsing RNAML</li>
 480           <li>Annotations menu for layout
 481             <ul>
 482               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 483               <li>place sequence annotation above/below alignment
 484                 annotation</li>
 485             </ul>
 486           <li>Output in Stockholm format</li>
 487           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 488             translation</li>
 489           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 490           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 491             shared between alignments</li>
 492           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 493             Jalview</li>
 494           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 495             all or current selection</li>
 496           <li>disorder and secondary structure predictions
 497             available as dataset annotation</li>
 498           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 499
 500
 501           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 502             alignments from Rfam</li>
 503           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 504
 505           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 506             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 507           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 508           <li>include installation type in build properties and
 509             console log output</li>
 510           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 511             annotation</li>
 512         </ul></td>
 513       <td>
 514         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 515         <ul>
 516           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 517             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 518           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 519             alignment</li>
 520           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 521           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 522           <li>Double click on sequence associated annotation
 523             selects only first column</li>
 524           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 525             leaves shown in tree</li>
 526           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 527             properly</li>
 528           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 529           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 530             screen and buttons not visible</li>
 531           <li>author list isn't updated if already written to
 532             Jalview properties</li>
 533           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 534             from database</li>
 535           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 536           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 537             browser search window</li>
 538           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 539             in feature settings dialog</li>
 540           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 541             desktop</li>
 542           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 543             pass validation</li>
 544           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 545             fit on screen</li>
 546           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 547             tooltip</li>
 548           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 549             defined user preset</li>
 550           <li>MSA web services warns user if they were launched
 551             with invalid input</li>
 552           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 553             Java 8</li>
 554           <li>
 555             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 556             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 557             created
 558           </li>
 559
 560         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 561                                 <ul>
 562                                 </ul> <em>General</em>
 563                                 <ul>
 564                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 565         <ul>
 566           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 567             memory allocation</li>
 568           <li>launchApp service doesn't automatically open
 569             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 570           <li>
 571             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 572             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 573             1.7_055 is available
 574           </li>
 575         </ul> <em>Application Known issues</em>
 576         <ul>
 577           <li>
 578             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 579             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 580             alignment to right
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 584             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 585             with large number of ID
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 589             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 590             start/end
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 594             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 595             structure tracks are rearranged
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 599             invalid rna structure positional highlighting does not
 600             highlight position of invalid base pairs
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 604             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 605             project from alignment window file menu
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 609             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 610             structures
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 614             colour by RNA Helices not enabled when user created
 615             annotation added to alignment
 616           </li>
 617           <li>
 618             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 619             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 620           </li>
 621         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 622         <ul>
 623           <li>
 624             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 625             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 629             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 630           </li>
 631
 632           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 633             when selected</li>
 634         </ul>
 635       </td>
 636     </tr>
 637     <tr>
 638       <td><div align="center">
 639           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 640         </div></td>
 641       <td>
 642         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 643         <em>General</em>
 644         <ul>
 645           <li>Internationalisation of user interface (usually
 646             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 647           <li>Define/Undefine group on current selection with
 648             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 649           <li>Improved group creation/removal options in
 650             alignment/sequence Popup menu</li>
 651           <li>Sensible precision for symbol distribution
 652             percentages shown in logo tooltip.</li>
 653           <li>Annotation panel height set according to amount of
 654             annotation when alignment first opened</li>
 655         </ul> <em>Application</em>
 656         <ul>
 657           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 658             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 659           <li>Select columns containing particular features from
 660             Feature Settings dialog</li>
 661           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 662             sequences</li>
 663           <li>Update Jalview project format:
 664             <ul>
 665               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 666               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 667                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 668               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 669                 colouring</li>
 670             </ul>
 671           </li>
 672           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 673             (PAM250)</li>
 674           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 675             flanking regions for an alignment</li>
 676         </ul>
 677       </td>
 678       <td>
 679         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 680         <ul>
 681           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 682             running after job is cancelled</li>
 683           <li>cannot export features from alignments imported from
 684             Jalview/VAMSAS projects</li>
 685           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 686             float values</li>
 687           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 688             have 'display all symbols' flag set</li>
 689           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 690             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 691           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 692             Jalview</li>
 693           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 694             Lion/Webstart</li>
 695           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 696           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 697           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 698             alignment onto desktop</li>
 699           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 700             'extract scores' function</li>
 701           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 702             alignment window</li>
 703           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 704             performing IUPred disorder prediction</li>
 705           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 706             changing 'normalise logo' display setting</li>
 707           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 708             nothing matches query</li>
 709           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 710             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 711           </li>
 712           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 713             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 714           </li>
 715           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 716             Jalview's menu</li>
 717           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 718             'invalid literal/length code'</li>
 719           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 720             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 721           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 722             colourscheme</li>
 723
 724         </ul> <em>Applet</em>
 725         <ul>
 726           <li>Remove group option is shown even when selection is
 727             not a group</li>
 728           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 729             don't affect groups</li>
 730           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 731             colourscheme name</li>
 732           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 733             Annotation panel is not displayed</li>
 734           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 735             embedded windows</li>
 736         </ul> <em>Other</em>
 737         <ul>
 738           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 739             single sequence were not calculated</li>
 740           <li>annotation files that contain only groups imported as
 741             annotation and junk sequences</li>
 742           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 743             recognised as PFAM or BLC</li>
 744           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 745             doesn't affect background (2.8.0b1)
 746           <li></li>
 747           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 748           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 749             trailing gaps</li>
 750           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 751             registered correctly on import</li>
 752           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 753             certain alignments</li>
 754           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 755             existing annotation based 'use original colours'
 756             colourscheme loses original colours setting</li>
 757         </ul>
 758       </td>
 759     </tr>
 760     <tr>
 761       <td><div align="center">
 762           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 763             <em>30/1/2014</em></strong>
 764         </div></td>
 765       <td>
 766         <ul>
 767           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 768             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 769             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 770             open source project).
 771           </li>
 772           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
 773           </li>
 774           <li>Output in Stockholm format</li>
 775           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 776           <li>Export/import group and sequence associated line
 777             graph thresholds</li>
 778           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 779             ambiguity codes</li>
 780           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 781             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 782             works</li>
 783           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 784         </ul> <em>Other improvements</em>
 785         <ul>
 786           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 787           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 788             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 789           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 790             files</li>
 791           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 792           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 793             link but no description</li>
 794           <li>Select primary source when selecting authority in
 795             database fetcher GUI</li>
 796           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 797             Jalview</li>
 798           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 799         </ul>
 800       </td>
 801       <td>
 802         <ul>
 803           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 804             displayed</li>
 805           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 806             secondary structure annotation line</li>
 807           <li>Sequence database accessions not imported when
 808             fetching alignments from Rfam</li>
 809           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 810             identical IDs</li>
 811           <li>View all structures does not always superpose
 812             structures</li>
 813           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 814             reflect user or preset settings</li>
 815           <li>Null pointer exceptions for some services without
 816             presets or adjustable parameters</li>
 817           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 818             discover PDB xRefs</li>
 819           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 820             features with DAS</li>
 821           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 822             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 823           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 824             residue follows a gap</li>
 825           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 826             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 827           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 828             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 829           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 830             annotation already exists on alignment</li>
 831           <li>oninit javascript function should be called after
 832             initialisation completes</li>
 833           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 834             alignment window display</li>
 835           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 836           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 837             to annotation file</li>
 838           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 839             groups created</li>
 840           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 841             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 842           <li>Pressing return several times causes Number Format
 843             exceptions in keyboard mode</li>
 844           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 845             correct partitions for input data</li>
 846           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 847           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 848           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 849           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 850             mode</li>
 851           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 852             changes one row&#39;s threshold</li>
 853           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 854             doesn&#39;t open</li>
 855           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 856             quality histograms</li>
 857         </ul>
 858       </td>
 859     </tr>
 860     <tr>
 861       <td><div align="center">
 862           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 863         </div></td>
 864       <td><em>Application</em>
 865         <ul>
 866           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 867             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 868           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 869             preferences</li>
 870           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 871             in Jalview alignment window</li>
 872           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 873             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 874           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 875             RNA and ambiguity codes</li>
 876
 877           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 878           <li>Support fetching and database reference look up
 879             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 880             refs')</li>
 881           <li>Jalview project improvements
 882             <ul>
 883               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 884                 flag for annotation</li>
 885               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 886                 alignment</li>
 887               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 888                 Jalview project</li>
 889
 890             </ul>
 891           </li>
 892           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 893           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 894             running</li>
 895           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 896           <li>visual indication that web service results are still
 897             being retrieved from server</li>
 898           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 899             starts up for first time</li>
 900           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 901             services</li>
 902           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 903             client library</li>
 904           <li>Examples directory and Groovy library included in
 905             InstallAnywhere distribution</li>
 906         </ul> <em>Applet</em>
 907         <ul>
 908           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 909             visualization applet example</li>
 910         </ul> <em>General</em>
 911         <ul>
 912           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 913           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 914             defaults</li>
 915           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 916             calculation</li>
 917           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 918             matrices
 919           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 920             in HTML</li>
 921           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 922             structure contacts</li>
 923           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 924           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 925           <li>Parse sequence associated secondary structure
 926             information in Stockholm files</li>
 927           <li>HTML Export database accessions and annotation
 928             information presented in tooltip for sequences</li>
 929           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 930             style RNA alignment files</li>
 931           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 932             alignment</li>
 933           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 934             shade each sequence according to its associated alignment
 935             annotation</li>
 936           <li>New Jalview Logo</li>
 937         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 938         <ul>
 939           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 940           <li>New Website!</li>
 941         </ul></td>
 942       <td><em>Application</em>
 943         <ul>
 944           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 945             wsdbfetch REST service</li>
 946           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 947           <li>Filetype associations not installed for webstart
 948             launch</li>
 949           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 950             job execution in full once it is complete</li>
 951           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 952             uploaded via ali_file parameter</li>
 953           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 954           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 955           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 956             submitted for prediction</li>
 957           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 958             desktop window</li>
 959           <li>Putting fractional value into integer text box in
 960             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 961           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 962             windows 7</li>
 963           <li>View all structures fails with exception shown in
 964             structure view</li>
 965           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 966             escaped in a platform independent way</li>
 967           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 968             using proxy</li>
 969           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 970             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 971           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 972             failure when java web start temporary file caching is
 973             disabled</li>
 974           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 975             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 976           <li>Errors during processing of command line arguments
 977             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 978           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 979             DAS sources in sequence fetcher</li>
 980           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 981             dialog is shown</li>
 982           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 983           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 984           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 985           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 986             on OSX Mountain Lion</li>
 987           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 988             sequences with alignment annotation are pasted into the
 989             alignment</li>
 990           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 991             when loaded from Jalview project</li>
 992           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 993           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 994             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 995           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
 996             associated with all views</li>
 997           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
 998             annotation rows to new window</li>
 999         </ul> <em>Applet</em>
1000         <ul>
1001           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1002             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1003           <li>loading features via javascript API automatically
1004             enables feature display</li>
1005           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1006             work</li>
1007         </ul> <em>General</em>
1008         <ul>
1009           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1010           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1011             and then deselected</li>
1012           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1013           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1014             coloured with clustalx</li>
1015           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1016             exceptions and redraw errors</li>
1017           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1018             reconfigured view</li>
1019           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1020             colour</li>
1021           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1022             for lots of labels</li>
1023         </ul>
1024     </tr>
1025     <tr>
1026       <td>
1027         <div align="center">
1028           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1029         </div>
1030       </td>
1031       <td><em>Application</em>
1032         <ul>
1033           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1034           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1035           <li>View/alignment association menu to enable user to
1036             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1037             its colours/correspondences from</li>
1038           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1039           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1040             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1041           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1042           <li>Annotation row column label formatting attributes
1043             stored in project file</li>
1044           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1045             rows preserved in Jalview project file</li>
1046           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1047             saved using Desktop window menu</li>
1048           <li>Visual indication that command line arguments are
1049             still being processed</li>
1050           <li>Groovy script execution from URL</li>
1051           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1052             preferences</li>
1053           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1054             alignment with sequences that have high similarity and
1055             matching IDs</li>
1056           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1057           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1058             structures in same window</li>
1059           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1060           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1061             analysis function in its own submenu</li>
1062         </ul> <em>Applet</em>
1063         <ul>
1064           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1065             groups</li>
1066           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1067           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1068           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1069           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1070           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1071             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1072           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1073           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1074             parameters are treated as such</li>
1075           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1076             <ul>
1077               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1078               <li>Javascript callbacks for
1079                 <ul>
1080                   <li>Applet initialisation</li>
1081                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1082                 </ul>
1083               </li>
1084               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1085                 functions</li>
1086               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1087               <li>javascript structure viewer harness to pass
1088                 messages between Jmol and Jalview when running as
1089                 distinct applets</li>
1090               <li>sortBy method</li>
1091               <li>Set of applet and application examples shipped
1092                 with documentation</li>
1093               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1094                 javascript message exchange</li>
1095             </ul>
1096         </ul> <em>General</em>
1097         <ul>
1098           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1099             multiple alignments</li>
1100           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1101           <li>User configurable link to enable redirects to a
1102             www.Jalview.org mirror</li>
1103           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1104           <li>Configurable newline string when writing alignment
1105             and other flat files</li>
1106           <li>Allow alignment annotation description lines to
1107             contain html tags</li>
1108         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1109         <ul>
1110           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1111             examples</li>
1112           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1113             using a web service before displaying the result in the
1114             Jalview desktop</li>
1115           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1116           <li>Ant target to publish example html files with applet
1117             archive</li>
1118           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1119           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1120         </ul></td>
1121       <td><em>Application</em>
1122         <ul>
1123           <li>User defined colourscheme throws exception when
1124             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1125           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1126             dialog for valid filename/format</li>
1127           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1128           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1129             P37173</li>
1130           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1131             which sequence is to be associated with the file</li>
1132           <li>Find All raises null pointer exception when query
1133             only matches sequence IDs</li>
1134           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1135           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1136             2.4 cannot be loaded</li>
1137           <li>Filetype associations not installed for webstart
1138             launch</li>
1139           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1140             with sequences in different alignments do not get coloured
1141             by their associated sequence</li>
1142           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1143             not preserved when project is loaded</li>
1144           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1145             stored in Jalview project</li>
1146           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1147             Jalview project</li>
1148           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1149           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1150             by conservation</li>
1151           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1152             created on new view</li>
1153           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1154             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1155           <li>Alignment quality not updated after alignment
1156             annotation row is hidden then shown</li>
1157           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1158             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1159           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1160             properly</li>
1161           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1162             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1163           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1164           <li>Structures imported from file and saved in project
1165             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1166           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1167             job execution in full once it is complete</li>
1168         </ul> <em>Applet</em>
1169         <ul>
1170           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1171             annotation rows are displayed</li>
1172           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1173             codebase</li>
1174           <li>View follows highlighting does not work for positions
1175             in sequences</li>
1176           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1177           <li>Export features raises exception when no features
1178             exist</li>
1179           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1180             for javascript api is modified when separator string
1181             provided as parameter</li>
1182           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1183             alignment with no existing selection</li>
1184           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1185             to applet&#39;s codebase</li>
1186           <li>Status bar not updated after finished searching and
1187             search wraps around to first result</li>
1188           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1189             several Jalview applets causes race conditions and memory
1190             leaks</li>
1191           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1192             not sent from Jmol in applet</li>
1193           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1194             applet API fatally hang browser</li>
1195         </ul> <em>General</em>
1196         <ul>
1197           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1198             position with wrapped view and hidden regions</li>
1199           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1200             with/without hidden columns</li>
1201           <li>Sequence length given in alignment properties window
1202             is off by 1</li>
1203           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1204             import PDB like structure files</li>
1205           <li>Positional search results are only highlighted
1206             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1207           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1208           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1209             given sequence position</li>
1210           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1211             output</li>
1212           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1213             from nucleotide chains correctly</li>
1214           <li>Structure colours not updated when tree partition
1215             changed in alignment</li>
1216           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1217             parsed in interleaved stockholm</li>
1218           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1219             state</li>
1220           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1221             properly</li>
1222           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1223             properly associated with their pdb files</li>
1224         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1225         <ul>
1226           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1227             ApplyCopyright tool</li>
1228         </ul></td>
1229     </tr>
1230     <tr>
1231       <td>
1232         <div align="center">
1233           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1234         </div>
1235       </td>
1236       <td><em>Application</em>
1237         <ul>
1238           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1239             contact web services</li>
1240           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1241             service job window</li>
1242           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1243         </ul></td>
1244       <td>
1245         <ul>
1246           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1247             pir file emitted by Jalview</li>
1248           <li>Existing feature settings transferred to new
1249             alignment view created from cut'n'paste</li>
1250           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1251             parsing PDB files</li>
1252           <li>Consensus and conservation annotation rows
1253             occasionally become blank for all new windows</li>
1254           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1255             in wrapped view mode</li>
1256         </ul> <em>Application</em>
1257         <ul>
1258           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1259             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1260           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1261             parameter names</li>
1262           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1263             is down</li>
1264         </ul>
1265       </td>
1266     </tr>
1267     <tr>
1268       <td>
1269         <div align="center">
1270           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1271         </div>
1272       </td>
1273       <td><em>Application</em>
1274         <ul>
1275           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1276             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1277             (JABAWS)
1278           </li>
1279           <li>Web Services preference tab</li>
1280           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1281             preferences</li>
1282           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1283           <li>Superpose structures using associated sequence
1284             alignment</li>
1285           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1286             viewer</li>
1287         </ul> <em>Applet</em>
1288         <ul>
1289           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1290             link out mechanism</li>
1291         </ul> <em>Other</em>
1292         <ul>
1293           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1294             series 12</li>
1295           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1296             require Java 1.5</li>
1297           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1298             sequence annotation files</li>
1299           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1300             type colour specification</li>
1301           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1302             script to check if it being run in an interactive session or
1303             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1304         </ul></td>
1305       <td>
1306         <ul>
1307           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1308             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1309         </ul> <em>Application</em>
1310         <ul>
1311           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1312             selected Regions menu item</li>
1313           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1314             part of a valid accession ID</li>
1315           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1316             runs out of memory</li>
1317           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1318             analysis results</li>
1319           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1320             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1321           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1322         </ul> <em>Applet</em>
1323         <ul>
1324           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1325             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1326             defined.</li>
1327         </ul>
1328       </td>
1329     </tr>
1330     <tr>
1331       <td>
1332         <div align="center">
1333           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1334         </div>
1335       </td>
1336       <td></td>
1337       <td>
1338         <ul>
1339           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1340             sequence IDs</li>
1341           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1342             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1343           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1344             import correctly</li>
1345           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1346             number of columns are hidden</li>
1347           <li>annotation label popup menu not providing correct
1348             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1349             present</li>
1350           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1351             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1352           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1353             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1354
1355         </ul> <em>Applet</em>
1356         <ul>
1357           <li>annotation panel disappears when annotation is
1358             hidden/removed</li>
1359         </ul> <em>Application</em>
1360         <ul>
1361           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1362             alignment opened where annotation panel is visible but no
1363             annotations are present on alignment</li>
1364           <li>pasted region containing hidden columns is
1365             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1366           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1367             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1368           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1369             selected Rregions menu item.</li>
1370           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1371             'Un' or 'Non'conserved</li>
1372           <li>Sequence feature settings are being shared by
1373             multiple distinct alignments</li>
1374           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1375             changed</li>
1376           <li>double click on group annotation to select sequences
1377             does not propagate to associated trees</li>
1378           <li>Mac OSX specific issues:
1379             <ul>
1380               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1381                 window background</li>
1382               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1383                 name set correctly</li>
1384               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1385                 save feature colourscheme button</li>
1386             </ul>
1387           </li>
1388         </ul>
1389       </td>
1390     </tr>
1391     <tr>
1392
1393       <td>
1394         <div align="center">
1395           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1396         </div>
1397       </td>
1398       <td><em>New Capabilities</em>
1399         <ul>
1400           <li>URL links generated from description line for
1401             regular-expression based URL links (applet and application)
1402
1403
1404           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1405             menu</li>
1406           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1407             structures</li>
1408           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1409             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1410           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1411             average score or total feature count for each sequence.</li>
1412           <li>Shading features by score or associated description</li>
1413           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1414             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1415           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1416             hide everything but the currently selected region.</li>
1417           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1418         </ul> <em>Application</em>
1419         <ul>
1420           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1421             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1422           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1423             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1424           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1425             database references and protein_name is parsed as
1426             description line (BioSapiens terms).</li>
1427           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1428             references in sequence ID tooltip from View menu in
1429             application.</li>
1430           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1431                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1432           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1433             conservation plots</li>
1434           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1435             and visualized as sequence logos</li>
1436           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1437             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1438           </li>
1439           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1440             when a new tree is opened.</li>
1441           <li>Jalview Java Console</li>
1442           <li>Better placement of desktop window when moving
1443             between different screens.</li>
1444           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1445             consensus annotation</li>
1446           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2 Workflows</li>
1447           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1448             <ul>
1449               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1450                 used to preserve views, structures, and tree display
1451                 settings)</li>
1452               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1453                 command line</li>
1454               <li>Sharing of selected regions between views and
1455                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1456               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1457             </ul></li>
1458         </ul> <em>Applet</em>
1459         <ul>
1460           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1461           <li>New Parameters
1462             <ul>
1463               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1464                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1465                 opened.</li>
1466               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1467                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1468               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1469                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1470               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1471                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1472                 view</li>
1473               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1474                 increase the height or width of a cell in the alignment
1475                 grid relative to the current font size.</li>
1476             </ul>
1477           </li>
1478           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1479             tooltip</li>
1480         </ul> <em>Other</em>
1481         <ul>
1482           <li>Features format: graduated colour definitions and
1483             specification of feature scores</li>
1484           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1485             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1486             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1487           <li>XML formats extended to support graduated feature
1488             colourschemes, group associated annotation, and profile
1489             visualization settings.</li></td>
1490       <td>
1491         <ul>
1492           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1493             rather than description</li>
1494           <li>Non-positional features are now included in sequence
1495             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1496             visibility in tooltip).</li>
1497           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1498           <li>Added URL embedding instructions to features file
1499             documentation.</li>
1500           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1501             'X' in peptide product</li>
1502           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1503             sequence ID and sequence string and query strings do not
1504             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1505           <li>AMSA files only contain first column of
1506             multi-character column annotation labels</li>
1507           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1508             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1509             exported and re-imported)</li>
1510           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1511             name</li>
1512           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1513             as subsequence matches, and correctly reports total number
1514             of both.</li>
1515           <li>Application:
1516             <ul>
1517               <li>Better handling of exceptions during sequence
1518                 retrieval</li>
1519               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1520                 link text excludes the start_end suffix</li>
1521               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1522                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1523               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1524               <li>Sequence description lines properly shared via
1525                 VAMSAS</li>
1526               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1527                 data sources</li>
1528               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1529                 completes before alignment figures are generated.</li>
1530               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1531                 first time.</li>
1532               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1533                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1534               <li>User defined group colours properly recovered
1535                 from Jalview projects.</li>
1536             </ul>
1537           </li>
1538         </ul>
1539       </td>
1540
1541     </tr>
1542     <tr>
1543       <td>
1544         <div align="center">
1545           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1546         </div>
1547       </td>
1548       <td>
1549         <ul>
1550           <li>Experimental support for google analytics usage
1551             tracking.</li>
1552           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1553         </ul>
1554       </td>
1555       <td>
1556         <ul>
1557           <li>Race condition in applet preventing startup in
1558             jre1.6.0u12+.</li>
1559           <li>Exception when feature created from selection beyond
1560             length of sequence.</li>
1561           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1562           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1563             all sequences with a given id</li>
1564           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1565             ID string searches</li>
1566           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1567             alignment to fail with exception</li>
1568         </ul> <em>Application Issues</em>
1569         <ul>
1570           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1571           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1572             data sources</li>
1573         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1574         <ul>
1575           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1576             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1577           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1578             version (java class versioning error fixed)</li>
1579         </ul>
1580       </td>
1581     </tr>
1582     <tr>
1583       <td>
1584
1585         <div align="center">
1586           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1587         </div>
1588       </td>
1589       <td><em>User Interface</em>
1590         <ul>
1591           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1592             translation and protein products</li>
1593           <li>Linked highlighting of structure associated with
1594             residue mapping to codon position</li>
1595           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1596             and 'clear' button</li>
1597           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1598             Tools menu</li>
1599           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1600             numeric data in description line</li>
1601           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1602           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1603             of sequence</li>
1604         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1605         <ul>
1606           <li>JPred3 web service</li>
1607           <li>Prototype sequence search client (no public services
1608             available yet)</li>
1609           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1610             PFAM</li>
1611           <li>URL Links created for matching database cross
1612             references as well as sequence ID</li>
1613           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1614         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1615         <ul>
1616           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1617             databases</li>
1618           <li>Generalised database reference retrieval and
1619             validation to all fetchable databases</li>
1620           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1621             sequence command</li>
1622         </ul> <em>Import and Export</em>
1623         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1624         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1625           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1626         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1627           File</li>
1628         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1629           triplet as name of colourscheme</li>
1630         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1631         <ul>
1632           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1633           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1634             alignments (experimental)</li>
1635           <li>Create new or select existing session to join</li>
1636           <li>load and save of vamsas documents</li>
1637         </ul> <em>Application command line</em>
1638         <ul>
1639           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1640             from applet)</li>
1641           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1642             of DAS servers to query for alignment features</li>
1643           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1644             that are also automatically queried for features</li>
1645           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1646             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1647         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1648         <ul>
1649           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1650             application (when using &quot;View in full
1651             application&quot;)</li>
1652         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1653         <ul>
1654           <li>feature group display control parameter</li>
1655           <li>debug parameter</li>
1656           <li>showbutton parameter</li>
1657         </ul> <em>Applet API methods</em>
1658         <ul>
1659           <li>newView public method</li>
1660           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1661           <li>Feature display control methods</li>
1662           <li>get list of currently selected sequences</li>
1663         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1664         <ul>
1665           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1666           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1667             Jalview release.</li>
1668           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1669             property controls execution of obfuscator</li>
1670           <li>Build target for generating source distribution</li>
1671           <li>Debug flag for javacc</li>
1672           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1673             jalview.bin.Cache</li>
1674           <li>Continuous Build Integration for stable and
1675             development version of Application, Applet and source
1676             distribution</li>
1677         </ul></td>
1678       <td>
1679         <ul>
1680           <li>selected region output includes visible annotations
1681             (for certain formats)</li>
1682           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1683             for editing</li>
1684           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1685           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1686           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1687           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1688             comments</li>
1689           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1690             filenames containing a ':'</li>
1691           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1692             global sequence features</li>
1693           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1694             references from alignment sequences goes to zero</li>
1695           <li>Close of tree branch colour box without colour
1696             selection causes cascading exceptions</li>
1697           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1698           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1699             file parsing fails.</li>
1700           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1701           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1702             not a valid output format</li>
1703           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
1704             vamsas</li>
1705           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1706           <li>error messages passed up and output when data read
1707             fails</li>
1708           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1709             sequence is edited</li>
1710           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1711             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1712           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1713             filetype</li>
1714           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1715             import fixed for PFAM records</li>
1716           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1717             window list</li>
1718           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1719             can be read and written correctly to annotation file</li>
1720           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1721             correctly</li>
1722           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1723             non-italic font for representatives in Applet</li>
1724           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1725             Macs.</li>
1726           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1727             Applet)</li>
1728           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1729             due to null pointer exceptions</li>
1730           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1731             first column of alignment</li>
1732           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
1733             July 2008</li>
1734           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1735             file is case-insensitive</li>
1736           <li>Sequence features read from Features file appended to
1737             all sequences with matching IDs</li>
1738           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1739             containing a sub-sequence</li>
1740           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1741           <li>feature and annotation file applet parameters
1742             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1743           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1744           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1745             splash-screen version check to complete</li>
1746           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1747             when passing them to the launchApp service</li>
1748           <li>display name and local features preserved in results
1749             retrieved from web service</li>
1750           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1751             sequence fetcher initialisation</li>
1752           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1753             dasobert DAS client</li>
1754           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1755             association</li>
1756           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1757             sequences
1758           </li>
1759         </ul>
1760       </td>
1761     </tr>
1762     <tr>
1763       <td>
1764         <div align="center">
1765           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1766         </div>
1767       </td>
1768       <td>
1769         <ul>
1770           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1771           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1772           <li>Slide sequences</li>
1773           <li>Edit sequence in place</li>
1774           <li>EMBL CDS features</li>
1775           <li>DAS Feature mapping</li>
1776           <li>Feature ordering</li>
1777           <li>Alignment Properties</li>
1778           <li>Annotation Scores</li>
1779           <li>Sort by scores</li>
1780           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1781         </ul>
1782       </td>
1783       <td>
1784         <ul>
1785           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1786           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1787           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1788           <li>Feature group display state in XML</li>
1789           <li>Feature ordering in XML</li>
1790           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1791           <li>Stockholm alignment properties</li>
1792           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1793           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1794           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1795           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1796         </ul>
1797       </td>
1798
1799     </tr>
1800     <tr>
1801       <td>
1802         <div align="center">
1803           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1804         </div>
1805       </td>
1806       <td>
1807         <ul>
1808           <li>Non standard characters can be read and displayed
1809           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1810             applet via textbox
1811           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1812             name &amp; description
1813           <li>Preference setting to display sequence name in
1814             italics
1815           <li>Annotation file format extended to allow
1816             Sequence_groups to be defined
1817           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1818             specified in preferences
1819           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1820             sequences
1821         </ul>
1822       </td>
1823       <td>
1824         <ul>
1825           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1826             installed
1827           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1828           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1829         </ul>
1830       </td>
1831     </tr>
1832     <tr>
1833       <td>
1834         <div align="center">
1835           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1836         </div>
1837       </td>
1838       <td>
1839         <ul>
1840           <li>Multiple views on alignment
1841           <li>Sequence feature editing
1842           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1843           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1844           <li>Background dependent text colour
1845           <li>Right align sequence ids
1846           <li>User-defined lower case residue colours
1847           <li>Format Menu
1848           <li>Select Menu
1849           <li>Menu item accelerator keys
1850           <li>Control-V pastes to current alignment
1851           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1852           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1853           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1854
1855
1856           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1857         </ul>
1858       </td>
1859       <td>
1860         <ul>
1861           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1862           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1863             calculations
1864           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1865             edits
1866           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1867             of alignment)
1868           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1869
1870
1871           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1872             display correctly
1873           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1874           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1875             analysis results
1876           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
1877             &#8739;
1878           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1879           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1880           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1881
1882
1883         </ul>
1884       </td>
1885     </tr>
1886     <tr>
1887       <td>
1888         <div align="center">
1889           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1890         </div>
1891       </td>
1892       <td>
1893         <ul>
1894           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1895         </ul>
1896       </td>
1897       <td>
1898         <ul>
1899           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1900             sequence id panel has been resized</li>
1901           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1902             rendered</li>
1903           <li>Annotation files with sequence references - all
1904             elements in file are relative to sequence position</li>
1905           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1906         </ul>
1907       </td>
1908     </tr>
1909     <tr>
1910       <td>
1911         <div align="center">
1912           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1913         </div>
1914       </td>
1915       <td>
1916         <ul>
1917           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1918           <li>DAS Feature fetching</li>
1919           <li>Hide sequences and columns</li>
1920           <li>Export Annotations and Features</li>
1921           <li>GFF file reading / writing</li>
1922           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1923             files</li>
1924           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1925           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1926           <li>Applet can launch the full application</li>
1927           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1928             required)</li>
1929           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1930           <li>Applet can load sequences from parameter
1931             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1932           </li>
1933         </ul>
1934       </td>
1935       <td>
1936         <ul>
1937           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1938           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1939           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1940         </ul>
1941       </td>
1942     </tr>
1943     <tr>
1944       <td>
1945         <div align="center">
1946           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1947         </div>
1948       </td>
1949       <td>
1950         <ul>
1951           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1952           <li>Choose to match case when searching</li>
1953           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1954             expand the visible width and height of the alignment</li>
1955         </ul>
1956       </td>
1957       <td>
1958         <ul>
1959           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1960         </ul>
1961       </td>
1962     </tr>
1963     <tr>
1964       <td>
1965         <div align="center">
1966           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1967         </div>
1968       </td>
1969       <td>&nbsp;</td>
1970       <td>
1971         <ul>
1972           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1973           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1974             value</li>
1975         </ul>
1976       </td>
1977     </tr>
1978     <tr>
1979       <td>
1980         <div align="center">
1981           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1982         </div>
1983       </td>
1984       <td>
1985         <ul>
1986           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1987           <li>Keyboard editing</li>
1988           <li>Create sequence features from searches</li>
1989           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1990             alignments</li>
1991           <li>Features file allows grouping of features</li>
1992           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1993           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1994           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1995         </ul>
1996       </td>
1997       <td>
1998         <ul>
1999           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2000           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2001             descriptions saved.</li>
2002         </ul>
2003       </td>
2004     </tr>
2005     <tr>
2006       <td>
2007         <div align="center">
2008           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2009         </div>
2010       </td>
2011       <td>
2012         <ul>
2013           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2014           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2015           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2016             name for file output</li>
2017           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2018           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2019             used for HTML form input</li>
2020         </ul>
2021       </td>
2022       <td>
2023         <ul>
2024           <li>HTML output writes groups and features</li>
2025           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2026           <li>File IO bugs</li>
2027         </ul>
2028       </td>
2029     </tr>
2030     <tr>
2031       <td>
2032         <div align="center">
2033           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2034         </div>
2035       </td>
2036       <td>
2037         <ul>
2038           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2039           <li>More options for PCA viewer</li>
2040         </ul>
2041       </td>
2042       <td>
2043         <ul>
2044           <li>GUI bugs resolved</li>
2045           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2046         </ul>
2047       </td>
2048     </tr>
2049     <tr>
2050       <td height="63">
2051         <div align="center">
2052           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2053         </div>
2054       </td>
2055       <td>
2056         <ul>
2057           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2058           <li>Jar files are executable</li>
2059           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2060         </ul>
2061       </td>
2062       <td>
2063         <ul>
2064           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2065           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2066           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2067         </ul>
2068       </td>
2069     </tr>
2070     <tr>
2071       <td>
2072         <div align="center">
2073           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2074         </div>
2075       </td>
2076       <td>
2077         <ul>
2078           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2079         </ul>
2080       </td>
2081       <td>
2082         <ul>
2083           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2084         </ul>
2085       </td>
2086     </tr>
2087     <tr>
2088       <td>
2089         <div align="center">
2090           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2091         </div>
2092       </td>
2093       <td>
2094         <ul>
2095           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2096             size</li>
2097         </ul>
2098       </td>
2099       <td>
2100         <ul>
2101           <li>Improved JPred client reliability</li>
2102           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2103         </ul>
2104       </td>
2105     </tr>
2106     <tr>
2107       <td>
2108         <div align="center">
2109           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2110         </div>
2111       </td>
2112       <td>
2113         <ul>
2114           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2115           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2116           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2117             to Colour Menu</li>
2118           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2119           <li>Unix users can set default web browser</li>
2120           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2121           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2122         </ul>
2123       </td>
2124       <td>
2125         <ul>
2126           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2127         </ul>
2128       </td>
2129     </tr>
2130     <tr>
2131       <td>
2132         <div align="center">
2133           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2134         </div>
2135       </td>
2136       <td>&nbsp;</td>
2137       <td>
2138         <ul>
2139           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2140             alignment order.</li>
2141         </ul>
2142       </td>
2143     </tr>
2144     <tr>
2145       <td>
2146         <div align="center">
2147           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2148         </div>
2149       </td>
2150       <td>
2151         <ul>
2152           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2153           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2154           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2155             annotations.</li>
2156           <li>Version and build date written to build properties
2157             file.</li>
2158           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2159             at launch of Jalview.</li>
2160         </ul>
2161       </td>
2162       <td>
2163         <ul>
2164           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2165           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2166           <li>Can remove groups one by one.</li>
2167           <li>Filechooser icons installed.</li>
2168           <li>Finder ignores return character when searching.
2169             Return key will initiate a search.<br>
2170           </li>
2171         </ul>
2172       </td>
2173     </tr>
2174     <tr>
2175       <td>
2176         <div align="center">
2177           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2178         </div>
2179       </td>
2180       <td>
2181         <ul>
2182           <li>New codebase</li>
2183         </ul>
2184       </td>
2185       <td>&nbsp;</td>
2186     </tr>
2187   </table>
2188   <p>&nbsp;</p>
2189 </body>
2190 </html>