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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  81               and memory efficiency (~30x faster)
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  85               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  86               and other calculations
  87               <ul>
  88                 <li>
  89                   <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  90                   files within the Jalview codebase
  91                 <li>
  92                   <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
  93                   Similarity may have different topology due to
  94                   increased precision
  95                 </li>
  96               </ul>
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 100               a calculation dialog box
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 104               model for alignments and groups
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 108               scripts
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views
 112               via Overview or sequence motif search operations
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 116               with alignment and overview windows
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 120               omitted in Overview
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 124               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 128               extension when importing structure files without embedded
 129               names or PDB accessions
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 133               opened by double clicking gaps within sequence feature
 134               extent
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 138               included in the example feature file
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 142               ungapped positions in each column of the alignment.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2533 -->File extension pruned from Sequence ID
 146               for sequences derived from structure files without
 147               embedded database accession
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 151               aligned positions were available to create a 3D structure
 152               superposition.
 153             </li>
 154           </ul>
 155           <em>Application</em>
 156           <ul>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 159               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 160               the application.
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 164               there are not enough columns to superimpose structures in
 165               Chimera
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 169               file-based command exchange
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 173               cross-references provided by identifiers.org and the
 174               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 181               format sequence substitution matrices
 182             </li>
 183             <li>
 184             <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows Cached Structures rather than querying the PDBe if structures are already available for sequences
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 188               the Jalview project rather than downloaded again when the
 189               project is reopened.
 190             </li>
 191
 192           </ul>
 193           <em>Experimental features</em>
 194           <ul>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 197               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 198               features, and vice-versa.
 199             </li>
 200           </ul>
 201           <em>Applet</em>
 202           <ul>
 203             <li>
 204               <!--  -->
 205             </li>
 206           </ul>
 207           <em>Test Suite</em>
 208           <ul>
 209             <li>
 210               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 214               during tests
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 218               Uniprot REST Free Text Search Client
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!--  --> <em>Scripting</em>
 222               <ul>
 223                 <li>
 224                   <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing
 225                   and identifying file formats (instead of String
 226                   constants)
 227                 </li>
 228                 <li>
 229                   <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for efficiency when counting all displayed features (not backwards compatible with 2.10.1)
 230                 </li>
 231                 <li>
 232
 233                 </li>
 234
 235
 236               </ul>
 237           </ul>
 238         </div></td>
 239       <td><div align="left">
 240           <em>General</em>
 241           <ul>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 244               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 245               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 249               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 250               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 251               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 252               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 253               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 254               Jalview's PCAs were different to those produced by
 255               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 256               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 257               behaviour<br />
 258               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 259               2.10.1 mode<br />
 260               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 261               restore 2.10.2 mode
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected scaling
 265               of branch lengths for trees computed using Sequence
 266               Feature Similarity.
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 270               doesn't reselect a specific sequence's associated
 271               annotation after it was used for colouring a view
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 275               coloured in linked structure views
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 279               opened on a region of alignment without groups
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 283               of an alignment with overlapping groups
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 287               name and description match
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 291               hidden regions results in incorrect hidden regions
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 295               generating output report when working with highly
 296               redundant alignments
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 300               lightGray or darkGray via features file
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 304               erratically when hidden rows or columns are present
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 308               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 309               sequence colouring
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 313               colour and group colour menu for protein alignments
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 317               changing colour does not apply Conservation slider value
 318               to all groups
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 322               reflect currently selected view or group's shading
 323               thresholds
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 327               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 331               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 335               gaps before start of features
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 339               load
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 343               restored to UI when feature colour is edited
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 347               when rendered on overview and structures when opacity at
 348               100%
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 352               as graduate feature colour settings are modified via the
 353               dialog box
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 357               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 361               when a group defined on the alignment is resized
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 365               wrapped view result in positional status updates
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 369               amino acid and nucleotide symbols
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 373               alignment included gapped columns
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 377               overview when features overlaid on alignment
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so widgets don't permanently disappear
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL- -->
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL- -->
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL- -->
 390             </li>
 391           </ul>
 392           <strong>Documentation</strong>
 393           <ul>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 396               with the built-in Java help viewer
 397             </li>
 398           </ul>
 399           <em>Application</em>
 400           <ul>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 403               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 404               new documentation and tooltips added)
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 408               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 412               new features are added to alignment
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 416               selection menu changes colours of alignment views
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 420               appear enabled in Preferences->Connections
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 424               from alignment calculation workers after alignment has
 425               been closed
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 429               groups now 'Create Group'
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 433               Create/Undefine group doesn't always work
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 437               shown again after pressing 'Cancel'
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 441               removed from console output
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 445               when alignment view imported from project
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between structure
 449               and sequences extracted from structure files imported via
 450               URL and viewed in Jmol
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 454               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 455               the project is loaded and the structure viewed
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 459               adjusts start position in wrap mode
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 463               ambiguous amino acids
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 467               gaps in selection, current sequence and only within
 468               selected columns
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 472               Ensembl by Peptide ID
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 476               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 477               proteins
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2482 -->SIFTs mappings not created for some structures
 481             </li>
 482
 483
 484           </ul>
 485           <em>Applet</em>
 486           <ul>
 487             <li>
 488               <!-- JAL- -->
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 492               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 496               overview or linked structure view
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 500               work (since 2.8)
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 504               user-defined colourscheme doesn't restore original
 505               colourscheme
 506             </li>
 507           </ul>
 508           <em>New Known Issues</em>
 509           <ul>
 510             <li>
 511               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 512               phase after a sequence motif find operation
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 516               containing just upper and lower case letters are
 517               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 521               ortholog database
 522             </li>
 523           </ul>
 524           <em>Test Suite</em>
 525           <ul>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 528               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 532               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 533               problems with deep array comparison equality asserts in
 534               successive versions of TestNG
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 538               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 539             </li>
 540
 541           </ul>
 542         </div>
 543     <tr>
 544       <td width="60" nowrap>
 545         <div align="center">
 546           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 547         </div>
 548       </td>
 549       <td><div align="left">
 550           <em>General</em>
 551           <ul>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 554               for all consensus calculations
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 558               3rd Oct 2016)
 559             </li>
 560             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 561               for 2016-2017</li>
 562           </ul>
 563           <em>Application</em>
 564           <ul>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 567               set of database cross-references, sorted alphabetically
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 571               from database cross references. Users with custom links
 572               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 573                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 577               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 578               Chimera session
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 582               the Chimera it is connected to is shut down
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 586               columns menu item to mark columns containing highlighted
 587               regions (e.g. from structure selections or results of a
 588               Find operation)
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 592               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 593               MSAviewer
 594             </li>
 595           </ul>
 596         </div></td>
 597       <td>
 598         <div align="left">
 599           <em>General</em>
 600           <ul>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 603               are not coloured or thresholded according to percent
 604               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 608               hydrophobic
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 612               threshold, amino acid properties)
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 616               reported as mapped to residues in a structure file in the
 617               View Mapping report
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 621               could be added multiple times to a sequence
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 625               bond features shown as two highlighted residues rather
 626               than a range in linked structure views, and treated
 627               correctly when selecting and computing trees from features
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 631               cross-references are matched to database name regardless
 632               of case
 633             </li>
 634
 635           </ul>
 636           <em>Application</em>
 637           <ul>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 640               names without regular expressions also offer links from
 641               Sequence ID
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 645               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 646               update Jalview configuration
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 650               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 654               files with similarly named sequences if dropped onto the
 655               alignment
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 659               entries where more chains exist in the PDB accession than
 660               are reported in the SIFTS file
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 664               the structure view when displayed with Chimera
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 668               panel's View->Show Chains submenu
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 672               work for wrapped alignment views
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 676               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 680               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 681               first annotation row
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 685               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 689               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 690             </li>
 691             <!-- JAL-2319 -->
 692             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 693             coordindate data
 694             </li>
 695           </ul>
 696           <!--           <em>New Known Issues</em>
 697           <ul>
 698             <li></li>
 699           </ul> -->
 700         </div>
 701       </td>
 702     </tr>
 703     <td width="60" nowrap>
 704       <div align="center">
 705         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 706           <em>25/10/2016</em></strong>
 707       </div>
 708     </td>
 709     <td><em>Application</em>
 710       <ul>
 711         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 712           view if structures already loaded</li>
 713         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 714           structure views</li>
 715       </ul></td>
 716     <td>
 717       <div align="left">
 718         <em>General</em>
 719         <ul>
 720           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 721             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 722           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 723             example sequences/projects/trees</li>
 724         </ul>
 725         <em>Application</em>
 726         <ul>
 727           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 728             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 729           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 730             without timeout for structures with multiple models or
 731             multiple sequences in alignment</li>
 732           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 733             PDB ID HEADER line</li>
 734           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 735             is performed</li>
 736           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 737             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 738           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 739           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 740             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 741             option</li>
 742           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 743             is created on the alignment</li>
 744           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 745             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 746             pop-up menu</li>
 747         </ul>
 748         <em>Build and deployment</em>
 749         <ul>
 750           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 751             tags</li>
 752         </ul>
 753         <em>New Known Issues</em>
 754         <ul>
 755           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 756             on Windows</li>
 757         </ul>
 758       </div>
 759     </td>
 760     </tr>
 761     <tr>
 762       <td width="60" nowrap>
 763         <div align="center">
 764           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 765         </div>
 766       </td>
 767       <td><em>General</em>
 768         <ul>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 774             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 775             better PDB parsing.
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 779             reference sequence
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 783             mousing over sequence associated annotation
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 787             for manual entry
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 791             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 792             for each column
 793           </li>
 794           <li>
 795             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 796             showing or hiding columns containing a feature
 797           </li>
 798           <li>
 799             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 800             group and sequence associated annotation labels
 801           </li>
 802           <li>
 803             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 804             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 805             dialogs
 806           </li>
 807
 808         </ul> <em>Application</em>
 809         <ul>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 812             gene/transcript view
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 816             dialog
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 820             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 824             Pfam sources to xfam.org
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 831             over sequences in Jalview
 832           </li>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 835             regions in ENA and EMBL
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 839             for record retrieval via ENA rest API
 840           </li>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 843             complement operator
 844           </li>
 845           <li>
 846             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 847             groovy script execution
 848           </li>
 849           <li>
 850             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 851             alignment window's Calculate menu
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 855             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 856           </li>
 857           <li>
 858             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 859             calculation workers from groovy scripts
 860           </li>
 861           <li>
 862             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 863             Jalview projects
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 867             associations are now saved/restored from project
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 871             before sequence fetcher is opened
 872           </li>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 875             database chooser opens a sequence fetcher
 876           </li>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 879             the UniProt REST API
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 883             the news reader opening
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 887             querying stored in preferences
 888           </li>
 889           <li>
 890             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 891             search results
 892           </li>
 893           <li>
 894             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 895           </li>
 896           <li>
 897             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 898             menu for nucleotide sequences
 899           </li>
 900           <li>
 901             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 902             and feature counts preserves alignment ordering (and
 903             debugged for complex feature sets).
 904           </li>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 907             viewing structures with Jalview 2.10
 908           </li>
 909           <li>
 910             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 911             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 912             Ensembl Genomes REST API
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 916             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 917             (Ensembl)
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 921             sequences
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 925             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 926             data from external database records.
 927           </li>
 928           <li>
 929             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 930             efficient recovery of sequence coding and alignment
 931             annotation relationships.
 932           </li>
 933         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 934         <ul>
 935           <li>
 936             -- JAL---
 937           </li>
 938         </ul> --></td>
 939       <td>
 940         <div align="left">
 941           <em>General</em>
 942           <ul>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 945               menu on OSX
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 949               includes graduated colourschemes
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 953               working with big alignments and lots of hidden columns
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 957               at right of alignment window
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 961               contents
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 965               for DNA alignments
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 969               based tree calculation
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 973               unconserved enabled for group on alignment
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 977               set as reference
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 981               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 982               annotation
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 986               hidden columns present
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 990               user created annotation added to alignment
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 994               '()' base pair annotation
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 998               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 999               Consensus
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1003               feature not working
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1007               beginning of sequence
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1011               entry 3a6s
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1015               from a tree when t-coffee scores are shown
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1019               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1023               some structures
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1027               to Clustal, PIR and PileUp output
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1031               not visible causes alignment window to repaint
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1035               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1036               scores associated with features and annotation rows
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1040               calculation should be case independent
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1044               columns
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1048               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1049               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1053               problems when reference sequence defined and 'show
1054               non-conserved' enabled
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1058               load even when Consensus calculation is disabled
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1062               alignment does nothing
1063             </li>
1064           </ul>
1065           <em>Application</em>
1066           <ul>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1069               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1070               yet fixed for El Capitan)
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1074               output when running on non-gb/us i18n platforms
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1078               hidden sequences as flat-file alignment
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1082               launching Chimera
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1086               (also hotfix for 2.9.0b2)
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1090               reference sequence defined
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1094               alignments and views when revealing hidden columns
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1098               view in a cDNA/Protein splitframe
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1102               sequence from project when only one sequence is
1103               represented
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1107               in Structure Chooser
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1111               structure consensus didn't refresh annotation panel
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1115               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1119               dialogs format columns correctly, don't display array
1120               data, sort columns according to type
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1124               file chooser is cancelled during an image export
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1128               sequence name containing special characters
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1132               case insensitive
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1136               formatting don't wrap
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1140               truncated so L looks like I in consensus annotation
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1144               currently displayed features for the current selection or
1145               view
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1149               after fetching cross-references, and restoring from
1150               project
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1154               followed in the structure viewer
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1158               splitframe not restored from project
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1162               trailing end of protein alignment in transcript/product
1163               splitview when pad-gaps not enabled by default
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1167               is case dependent
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1171               article has been read (reopened issue due to
1172               internationalisation problems)
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1176               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1177               cross-references
1178             </li>
1179
1180             <li>
1181               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1182               alignment as HTML
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1186               multiple structures are shown for one or more sequences.
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1190               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1191               is enabled.
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1195               specific PDB id for sequence
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1199               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1200               columns' is disabled.
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1204               selects lowest rather than highest resolution structures
1205               for each sequence
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1209               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1213               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1217               after clicking on it to create new annotation for a
1218               column.
1219             </li>
1220             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1221             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1222           </ul>
1223           <em>Applet</em>
1224           <ul>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1227               hidden columns present before start of sequence
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1231               (JSON jars)
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1235               sequences are hidden in applet
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1239               deployment on examples pages.
1240             </li>
1241           </ul>
1242         </div>
1243       </td>
1244     </tr>
1245     <tr>
1246       <td width="60" nowrap>
1247         <div align="center">
1248           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1249             <em>16/10/2015</em></strong>
1250         </div>
1251       </td>
1252       <td><em>General</em>
1253         <ul>
1254           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1255             jars</li>
1256         </ul></td>
1257       <td>
1258         <div align="left">
1259           <em>Application</em>
1260           <ul>
1261             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1262               shown when tree is partitioned</li>
1263             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1264               multiple cDNA/Protein split views</li>
1265           </ul>
1266         </div>
1267       </td>
1268     </tr>
1269     <tr>
1270       <td width="60" nowrap>
1271         <div align="center">
1272           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1273             <em>8/10/2015</em></strong>
1274         </div>
1275       </td>
1276       <td><em>General</em>
1277         <ul>
1278           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1279             2.9</li>
1280         </ul> <em>Application</em>
1281         <ul>
1282           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1283           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1284           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1285         </ul> <em>Applet</em>
1286         <ul>
1287           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1288         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1289         <ul>
1290           <li>
1291             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1292             suite
1293           </li>
1294         </ul></td>
1295       <td>
1296         <div align="left">
1297           <em>General</em>
1298           <ul>
1299             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1300               incorrect when sequence start > 1</li>
1301             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1302               documentation</li>
1303             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1304             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1305               loading a features file containing HTML tags in feature
1306               description</li>
1307
1308           </ul>
1309           <em>Application</em>
1310           <ul>
1311             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1312               reimport</li>
1313             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1314               with 'trim retrieved sequences'</li>
1315             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1316               deleting selected columns</li>
1317             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1318               JNLP templates for webstart launch</li>
1319             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1320               unreleased structures for download or viewing</li>
1321             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1322               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1323             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1324               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1325             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1326               recovered from jalview project</li>
1327             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1328               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1329               alignment view</li>
1330             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1331               color schemes from BioJSON</li>
1332           </ul>
1333           <em>Applet</em>
1334           <ul>
1335             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1336               frame</li>
1337             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1338           </ul>
1339         </div>
1340       </td>
1341     </tr>
1342     <tr>
1343       <td><div align="center">
1344           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1345         </div></td>
1346       <td><em>General</em>
1347         <ul>
1348           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1349             alignments:
1350             <ul>
1351               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1352                 and DNA alignment views</li>
1353               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1354                 cDNA alignment views</li>
1355               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1356                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1357               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1358                 protein sequences</li>
1359             </ul>
1360           </li>
1361           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1362           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1363             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1364           <li>New alignment annotation file statements for
1365             reference sequences and marking hidden columns</li>
1366           <li>Reference sequence based alignment shading to
1367             highlight variation</li>
1368           <li>Select or hide columns according to alignment
1369             annotation</li>
1370           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1371           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1372             acid conservation row</li>
1373           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1374         </ul> <em>Application</em>
1375         <ul>
1376           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1377             <ul>
1378               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1379                 view with cDNA/Protein</li>
1380               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1381                 sequences are placed in the same alignment</li>
1382               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1383                 projects</li>
1384             </ul>
1385           </li>
1386
1387           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1388           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1389             Jalview windows</li>
1390
1391           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1392           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1393           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1394             be shown in VARNA</li>
1395
1396           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1397             as the active selected region</li>
1398
1399           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1400             similarity</li>
1401           <li>New Export options
1402             <ul>
1403               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1404                 region export in flat file generation</li>
1405
1406               <li>Export alignment views for display with the <a
1407                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1408
1409               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1410               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1411                 alignment figures to HTML</li>
1412           </li>
1413           <li>3D structure retrieval and display
1414             <ul>
1415               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1416                 Search API</li>
1417               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1418                 PDB structures for a sequence set</li>
1419             </ul>
1420           </li>
1421
1422           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1423             predictions</li>
1424           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1425             for one or a group of sequences</li>
1426           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1427             from the JPred4 web server</li>
1428           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1429             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1430             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1431           </li>
1432           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1433             VARNA 2D Structure'</li>
1434           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1435             Structure ..."</li>
1436
1437         </ul> <em>Applet</em>
1438         <ul>
1439           <li>New layout for applet example pages</li>
1440           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1441             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1442           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1443             Protein alignments</li>
1444         </ul> <em>Development and deployment</em>
1445         <ul>
1446           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1447           <li>Include installation type and git revision in build
1448             properties and console log output</li>
1449           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1450             storing BioJsMSA Templates</li>
1451           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1452         </ul></td>
1453       <td>
1454         <!-- <em>General</em>
1455         <ul>
1456         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1457         <ul>
1458           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1459           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1460           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1461             predictions are not highlighted in amber</li>
1462           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1463             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1464           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1465             associated structure views</li>
1466           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1467             width checkbox not enabled</li>
1468           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1469             creating user defined colours</li>
1470           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1471             mappings for just that viewer's sequences</li>
1472           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1473             multiple models in Chimera</li>
1474           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1475             over Jmol structure</li>
1476           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1477             output to text box</li>
1478           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1479             have incorrect sequence start/end</li>
1480           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1481             Jalview fails</li>
1482           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1483             work for nucleotide</li>
1484           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1485             to a grey/invisible alignment window</li>
1486           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1487             imports to different position</li>
1488           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1489             on some platforms</li>
1490           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1491             populated</li>
1492           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1493             console if Chimera has been opened</li>
1494           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1495           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1496             retrieved</li>
1497           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1498           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1499             either sequence shows on first structure</li>
1500           <li>'Show annotations' options should not make
1501             non-positional annotations visible</li>
1502           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1503             in right place after 'view flanking regions'</li>
1504           <li>File Save As type unset when current file format is
1505             unknown</li>
1506           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1507             projects</li>
1508           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1509             responsive</li>
1510           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1511             several views on same alignment</li>
1512           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1513           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1514             spaces</li>
1515         </ul> <em>Applet</em>
1516         <ul>
1517           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1518           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1519             descriptions containing angle brackets</li>
1520         </ul> <em>General</em>
1521         <ul>
1522           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1523             via jalview annotation file</li>
1524           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1525             with RNA secondary structure</li>
1526           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1527             translation doesn't work.</li>
1528           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1529           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1530             positions</li>
1531           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1532             choosing 1pt font</li>
1533           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1534             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1535             'h'</li>
1536           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1537             new feature</li>
1538           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1539             order dependent</li>
1540           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1541             sequences</li>
1542           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1543         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1544         <ul>
1545           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1546             www.jalview.org</li>
1547         </ul> <em>Application Known issues</em>
1548         <ul>
1549           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1550           <li>Misleading message appears after trying to delete
1551             solid column.</li>
1552           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1553             version launches</li>
1554           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1555             fails with a sequence mismatch</li>
1556           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1557             scrolling alignment to right</li>
1558           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1559             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1560           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1561             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1562           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1563             ultra-high resolution</li>
1564           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1565             quality and conservation</li>
1566           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1567             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1568         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1569         <ul>
1570           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1571           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1572             window is being resized</li>
1573
1574         </ul>
1575       </td>
1576     </tr>
1577     <tr>
1578       <td><div align="center">
1579           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1580         </div></td>
1581       <td><em>General</em>
1582         <ul>
1583           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1584             Certum.PL.</li>
1585           <li>Features and annotation preserved when performing
1586             pairwise alignment</li>
1587           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1588             imported/exported/displayed</li>
1589           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1590             protein secondary structure</li>
1591           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1592               post-hoc with 2.9 release</em>)
1593           </li>
1594
1595         </ul> <em>Application</em>
1596         <ul>
1597           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1598             with 3D structures</li>
1599           <li>Support for parsing RNAML</li>
1600           <li>Annotations menu for layout
1601             <ul>
1602               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1603               <li>place sequence annotation above/below alignment
1604                 annotation</li>
1605             </ul>
1606           <li>Output in Stockholm format</li>
1607           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1608             translation</li>
1609           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1610           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1611             shared between alignments</li>
1612           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1613             Jalview</li>
1614           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1615             all or current selection</li>
1616           <li>disorder and secondary structure predictions
1617             available as dataset annotation</li>
1618           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1619
1620
1621           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1622             alignments from Rfam</li>
1623           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1624
1625           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1626             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1627           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1628           <li>include installation type in build properties and
1629             console log output</li>
1630           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1631             annotation</li>
1632         </ul></td>
1633       <td>
1634         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1635         <ul>
1636           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1637             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1638           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1639             alignment</li>
1640           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1641           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1642           <li>Double click on sequence associated annotation
1643             selects only first column</li>
1644           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1645             leaves shown in tree</li>
1646           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1647             properly</li>
1648           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1649           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1650             screen and buttons not visible</li>
1651           <li>author list isn't updated if already written to
1652             Jalview properties</li>
1653           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1654             from database</li>
1655           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1656           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1657             browser search window</li>
1658           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1659             in feature settings dialog</li>
1660           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1661             desktop</li>
1662           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1663             pass validation</li>
1664           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1665             fit on screen</li>
1666           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1667             tooltip</li>
1668           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1669             defined user preset</li>
1670           <li>MSA web services warns user if they were launched
1671             with invalid input</li>
1672           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1673             Java 8</li>
1674           <li>
1675             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1676             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1677             created
1678           </li>
1679
1680         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1681         <ul>
1682         </ul> <em>General</em>
1683         <ul>
1684         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1685         <ul>
1686           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1687             memory allocation</li>
1688           <li>launchApp service doesn't automatically open
1689             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1690           <li>
1691             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1692             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1693             1.7_055 is available
1694           </li>
1695         </ul> <em>Application Known issues</em>
1696         <ul>
1697           <li>
1698             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1699             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1700             alignment to right
1701           </li>
1702           <li>
1703             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1704             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1705             with large number of ID
1706           </li>
1707           <li>
1708             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1709             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1710             start/end
1711           </li>
1712           <li>
1713             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1714             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1715             structure tracks are rearranged
1716           </li>
1717           <li>
1718             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1719             invalid rna structure positional highlighting does not
1720             highlight position of invalid base pairs
1721           </li>
1722           <li>
1723             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1724             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1725             project from alignment window file menu
1726           </li>
1727           <li>
1728             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1729             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1730             structures
1731           </li>
1732           <li>
1733             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1734             colour by RNA Helices not enabled when user created
1735             annotation added to alignment
1736           </li>
1737           <li>
1738             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1739             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1740           </li>
1741         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1742         <ul>
1743           <li>
1744             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1745             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1746           </li>
1747           <li>
1748             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1749             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1750           </li>
1751
1752           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1753             when selected</li>
1754         </ul>
1755       </td>
1756     </tr>
1757     <tr>
1758       <td><div align="center">
1759           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1760         </div></td>
1761       <td>
1762         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1763         <em>General</em>
1764         <ul>
1765           <li>Internationalisation of user interface (usually
1766             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1767           <li>Define/Undefine group on current selection with
1768             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1769           <li>Improved group creation/removal options in
1770             alignment/sequence Popup menu</li>
1771           <li>Sensible precision for symbol distribution
1772             percentages shown in logo tooltip.</li>
1773           <li>Annotation panel height set according to amount of
1774             annotation when alignment first opened</li>
1775         </ul> <em>Application</em>
1776         <ul>
1777           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1778             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1779           <li>Select columns containing particular features from
1780             Feature Settings dialog</li>
1781           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1782             sequences</li>
1783           <li>Update Jalview project format:
1784             <ul>
1785               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1786               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1787                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1788               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1789                 colouring</li>
1790             </ul>
1791           </li>
1792           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1793             (PAM250)</li>
1794           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1795             flanking regions for an alignment</li>
1796         </ul>
1797       </td>
1798       <td>
1799         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1800         <ul>
1801           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1802             running after job is cancelled</li>
1803           <li>cannot export features from alignments imported from
1804             Jalview/VAMSAS projects</li>
1805           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1806             float values</li>
1807           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1808             have 'display all symbols' flag set</li>
1809           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1810             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1811           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1812             Jalview</li>
1813           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1814             Lion/Webstart</li>
1815           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1816           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1817           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1818             alignment onto desktop</li>
1819           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1820             'extract scores' function</li>
1821           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1822             alignment window</li>
1823           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1824             performing IUPred disorder prediction</li>
1825           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1826             changing 'normalise logo' display setting</li>
1827           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1828             nothing matches query</li>
1829           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1830             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1831           </li>
1832           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1833             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1834           </li>
1835           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1836             Jalview's menu</li>
1837           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1838             'invalid literal/length code'</li>
1839           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1840             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1841           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1842             colourscheme</li>
1843
1844         </ul> <em>Applet</em>
1845         <ul>
1846           <li>Remove group option is shown even when selection is
1847             not a group</li>
1848           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1849             don't affect groups</li>
1850           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1851             colourscheme name</li>
1852           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1853             Annotation panel is not displayed</li>
1854           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1855             embedded windows</li>
1856         </ul> <em>Other</em>
1857         <ul>
1858           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1859             single sequence were not calculated</li>
1860           <li>annotation files that contain only groups imported as
1861             annotation and junk sequences</li>
1862           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1863             recognised as PFAM or BLC</li>
1864           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1865             doesn't affect background (2.8.0b1)
1866           <li></li>
1867           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1868           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1869             trailing gaps</li>
1870           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1871             registered correctly on import</li>
1872           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1873             certain alignments</li>
1874           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1875             existing annotation based 'use original colours'
1876             colourscheme loses original colours setting</li>
1877         </ul>
1878       </td>
1879     </tr>
1880     <tr>
1881       <td><div align="center">
1882           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1883             <em>30/1/2014</em></strong>
1884         </div></td>
1885       <td>
1886         <ul>
1887           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1888             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1889             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1890             open source project).
1891           </li>
1892           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1893           <li>Output in Stockholm format</li>
1894           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1895           <li>Export/import group and sequence associated line
1896             graph thresholds</li>
1897           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1898             ambiguity codes</li>
1899           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1900             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1901             works</li>
1902           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1903         </ul> <em>Other improvements</em>
1904         <ul>
1905           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1906           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1907             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1908           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1909             files</li>
1910           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1911           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1912             link but no description</li>
1913           <li>Select primary source when selecting authority in
1914             database fetcher GUI</li>
1915           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1916             Jalview</li>
1917           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1918         </ul>
1919       </td>
1920       <td>
1921         <ul>
1922           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1923             displayed</li>
1924           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1925             secondary structure annotation line</li>
1926           <li>Sequence database accessions not imported when
1927             fetching alignments from Rfam</li>
1928           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1929             identical IDs</li>
1930           <li>View all structures does not always superpose
1931             structures</li>
1932           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1933             reflect user or preset settings</li>
1934           <li>Null pointer exceptions for some services without
1935             presets or adjustable parameters</li>
1936           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1937             discover PDB xRefs</li>
1938           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1939             features with DAS</li>
1940           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1941             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1942           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1943             residue follows a gap</li>
1944           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1945             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1946           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1947             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1948           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1949             annotation already exists on alignment</li>
1950           <li>oninit javascript function should be called after
1951             initialisation completes</li>
1952           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1953             alignment window display</li>
1954           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1955           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1956             to annotation file</li>
1957           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1958             groups created</li>
1959           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1960             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1961           <li>Pressing return several times causes Number Format
1962             exceptions in keyboard mode</li>
1963           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1964             correct partitions for input data</li>
1965           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1966           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1967           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1968           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1969             mode</li>
1970           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1971             changes one row&#39;s threshold</li>
1972           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1973             doesn&#39;t open</li>
1974           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1975             quality histograms</li>
1976         </ul>
1977       </td>
1978     </tr>
1979     <tr>
1980       <td><div align="center">
1981           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1982         </div></td>
1983       <td><em>Application</em>
1984         <ul>
1985           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1986             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1987           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1988             preferences</li>
1989           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1990             in Jalview alignment window</li>
1991           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1992             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1993           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1994             RNA and ambiguity codes</li>
1995
1996           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1997           <li>Support fetching and database reference look up
1998             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1999             refs')</li>
2000           <li>Jalview project improvements
2001             <ul>
2002               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2003                 flag for annotation</li>
2004               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2005                 alignment</li>
2006               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2007                 Jalview project</li>
2008
2009             </ul>
2010           </li>
2011           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2012           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2013             running</li>
2014           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2015           <li>visual indication that web service results are still
2016             being retrieved from server</li>
2017           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2018             starts up for first time</li>
2019           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2020             services</li>
2021           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2022             client library</li>
2023           <li>Examples directory and Groovy library included in
2024             InstallAnywhere distribution</li>
2025         </ul> <em>Applet</em>
2026         <ul>
2027           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2028             visualization applet example</li>
2029         </ul> <em>General</em>
2030         <ul>
2031           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2032           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2033             defaults</li>
2034           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2035             calculation</li>
2036           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2037             matrices
2038           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2039             in HTML</li>
2040           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2041             structure contacts</li>
2042           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2043           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2044           <li>Parse sequence associated secondary structure
2045             information in Stockholm files</li>
2046           <li>HTML Export database accessions and annotation
2047             information presented in tooltip for sequences</li>
2048           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2049             style RNA alignment files</li>
2050           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2051             alignment</li>
2052           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2053             shade each sequence according to its associated alignment
2054             annotation</li>
2055           <li>New Jalview Logo</li>
2056         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2057         <ul>
2058           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2059           <li>New Website!</li>
2060         </ul></td>
2061       <td><em>Application</em>
2062         <ul>
2063           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2064             wsdbfetch REST service</li>
2065           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2066           <li>Filetype associations not installed for webstart
2067             launch</li>
2068           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2069             job execution in full once it is complete</li>
2070           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2071             uploaded via ali_file parameter</li>
2072           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2073           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2074           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2075             submitted for prediction</li>
2076           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2077             desktop window</li>
2078           <li>Putting fractional value into integer text box in
2079             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2080           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2081             windows 7</li>
2082           <li>View all structures fails with exception shown in
2083             structure view</li>
2084           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2085             escaped in a platform independent way</li>
2086           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2087             using proxy</li>
2088           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2089             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2090           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2091             failure when java web start temporary file caching is
2092             disabled</li>
2093           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2094             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2095           <li>Errors during processing of command line arguments
2096             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2097           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2098             DAS sources in sequence fetcher</li>
2099           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2100             dialog is shown</li>
2101           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2102           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2103           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2104           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2105             on OSX Mountain Lion</li>
2106           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2107             sequences with alignment annotation are pasted into the
2108             alignment</li>
2109           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2110             when loaded from Jalview project</li>
2111           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2112           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2113             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2114           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2115             associated with all views</li>
2116           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2117             annotation rows to new window</li>
2118         </ul> <em>Applet</em>
2119         <ul>
2120           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2121             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2122           <li>loading features via javascript API automatically
2123             enables feature display</li>
2124           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2125             work</li>
2126         </ul> <em>General</em>
2127         <ul>
2128           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2129           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2130             and then deselected</li>
2131           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2132           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2133             coloured with clustalx</li>
2134           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2135             exceptions and redraw errors</li>
2136           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2137             reconfigured view</li>
2138           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2139             colour</li>
2140           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2141             for lots of labels</li>
2142         </ul>
2143     </tr>
2144     <tr>
2145       <td>
2146         <div align="center">
2147           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2148         </div>
2149       </td>
2150       <td><em>Application</em>
2151         <ul>
2152           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2153           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2154           <li>View/alignment association menu to enable user to
2155             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2156             its colours/correspondences from</li>
2157           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2158           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2159             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2160           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2161           <li>Annotation row column label formatting attributes
2162             stored in project file</li>
2163           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2164             rows preserved in Jalview project file</li>
2165           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2166             saved using Desktop window menu</li>
2167           <li>Visual indication that command line arguments are
2168             still being processed</li>
2169           <li>Groovy script execution from URL</li>
2170           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2171             preferences</li>
2172           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2173             alignment with sequences that have high similarity and
2174             matching IDs</li>
2175           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2176           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2177             structures in same window</li>
2178           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2179           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2180             analysis function in its own submenu</li>
2181         </ul> <em>Applet</em>
2182         <ul>
2183           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2184             groups</li>
2185           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2186           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2187           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2188           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2189           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2190             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2191           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2192           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2193             parameters are treated as such</li>
2194           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2195             <ul>
2196               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2197               <li>Javascript callbacks for
2198                 <ul>
2199                   <li>Applet initialisation</li>
2200                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2201                 </ul>
2202               </li>
2203               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2204                 functions</li>
2205               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2206               <li>javascript structure viewer harness to pass
2207                 messages between Jmol and Jalview when running as
2208                 distinct applets</li>
2209               <li>sortBy method</li>
2210               <li>Set of applet and application examples shipped
2211                 with documentation</li>
2212               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2213                 javascript message exchange</li>
2214             </ul>
2215         </ul> <em>General</em>
2216         <ul>
2217           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2218             multiple alignments</li>
2219           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2220           <li>User configurable link to enable redirects to a
2221             www.Jalview.org mirror</li>
2222           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2223           <li>Configurable newline string when writing alignment
2224             and other flat files</li>
2225           <li>Allow alignment annotation description lines to
2226             contain html tags</li>
2227         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2228         <ul>
2229           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2230             examples</li>
2231           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2232             using a web service before displaying the result in the
2233             Jalview desktop</li>
2234           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2235           <li>Ant target to publish example html files with applet
2236             archive</li>
2237           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2238           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2239         </ul></td>
2240       <td><em>Application</em>
2241         <ul>
2242           <li>User defined colourscheme throws exception when
2243             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2244           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2245             dialog for valid filename/format</li>
2246           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2247           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2248             P37173</li>
2249           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2250             which sequence is to be associated with the file</li>
2251           <li>Find All raises null pointer exception when query
2252             only matches sequence IDs</li>
2253           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2254           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2255             2.4 cannot be loaded</li>
2256           <li>Filetype associations not installed for webstart
2257             launch</li>
2258           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2259             with sequences in different alignments do not get coloured
2260             by their associated sequence</li>
2261           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2262             not preserved when project is loaded</li>
2263           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2264             stored in Jalview project</li>
2265           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2266             Jalview project</li>
2267           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2268           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2269             by conservation</li>
2270           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2271             created on new view</li>
2272           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2273             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2274           <li>Alignment quality not updated after alignment
2275             annotation row is hidden then shown</li>
2276           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2277             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2278           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2279             properly</li>
2280           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2281             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2282           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2283           <li>Structures imported from file and saved in project
2284             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2285           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2286             job execution in full once it is complete</li>
2287         </ul> <em>Applet</em>
2288         <ul>
2289           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2290             annotation rows are displayed</li>
2291           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2292             codebase</li>
2293           <li>View follows highlighting does not work for positions
2294             in sequences</li>
2295           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2296           <li>Export features raises exception when no features
2297             exist</li>
2298           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2299             for javascript api is modified when separator string
2300             provided as parameter</li>
2301           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2302             alignment with no existing selection</li>
2303           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2304             to applet&#39;s codebase</li>
2305           <li>Status bar not updated after finished searching and
2306             search wraps around to first result</li>
2307           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2308             several Jalview applets causes race conditions and memory
2309             leaks</li>
2310           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2311             not sent from Jmol in applet</li>
2312           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2313             applet API fatally hang browser</li>
2314         </ul> <em>General</em>
2315         <ul>
2316           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2317             position with wrapped view and hidden regions</li>
2318           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2319             with/without hidden columns</li>
2320           <li>Sequence length given in alignment properties window
2321             is off by 1</li>
2322           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2323             import PDB like structure files</li>
2324           <li>Positional search results are only highlighted
2325             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2326           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2327           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2328             given sequence position</li>
2329           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2330             output</li>
2331           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2332             from nucleotide chains correctly</li>
2333           <li>Structure colours not updated when tree partition
2334             changed in alignment</li>
2335           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2336             parsed in interleaved stockholm</li>
2337           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2338             state</li>
2339           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2340             properly</li>
2341           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2342             properly associated with their pdb files</li>
2343         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2344         <ul>
2345           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2346             ApplyCopyright tool</li>
2347         </ul></td>
2348     </tr>
2349     <tr>
2350       <td>
2351         <div align="center">
2352           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2353         </div>
2354       </td>
2355       <td><em>Application</em>
2356         <ul>
2357           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2358             contact web services</li>
2359           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2360             service job window</li>
2361           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2362         </ul></td>
2363       <td>
2364         <ul>
2365           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2366             pir file emitted by Jalview</li>
2367           <li>Existing feature settings transferred to new
2368             alignment view created from cut'n'paste</li>
2369           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2370             parsing PDB files</li>
2371           <li>Consensus and conservation annotation rows
2372             occasionally become blank for all new windows</li>
2373           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2374             in wrapped view mode</li>
2375         </ul> <em>Application</em>
2376         <ul>
2377           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2378             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2379           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2380             parameter names</li>
2381           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2382             is down</li>
2383         </ul>
2384       </td>
2385     </tr>
2386     <tr>
2387       <td>
2388         <div align="center">
2389           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2390         </div>
2391       </td>
2392       <td><em>Application</em>
2393         <ul>
2394           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2395             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2396             (JABAWS)
2397           </li>
2398           <li>Web Services preference tab</li>
2399           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2400             preferences</li>
2401           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2402           <li>Superpose structures using associated sequence
2403             alignment</li>
2404           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2405             viewer</li>
2406         </ul> <em>Applet</em>
2407         <ul>
2408           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2409             link out mechanism</li>
2410         </ul> <em>Other</em>
2411         <ul>
2412           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2413             series 12</li>
2414           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2415             require Java 1.5</li>
2416           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2417             sequence annotation files</li>
2418           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2419             type colour specification</li>
2420           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2421             script to check if it being run in an interactive session or
2422             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2423         </ul></td>
2424       <td>
2425         <ul>
2426           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2427             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2428         </ul> <em>Application</em>
2429         <ul>
2430           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2431             selected Regions menu item</li>
2432           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2433             part of a valid accession ID</li>
2434           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2435             runs out of memory</li>
2436           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2437             analysis results</li>
2438           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2439             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2440           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2441         </ul> <em>Applet</em>
2442         <ul>
2443           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2444             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2445             defined.</li>
2446         </ul>
2447       </td>
2448     </tr>
2449     <tr>
2450       <td>
2451         <div align="center">
2452           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2453         </div>
2454       </td>
2455       <td></td>
2456       <td>
2457         <ul>
2458           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2459             sequence IDs</li>
2460           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2461             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2462           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2463             import correctly</li>
2464           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2465             number of columns are hidden</li>
2466           <li>annotation label popup menu not providing correct
2467             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2468             present</li>
2469           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2470             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2471           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2472             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2473
2474         </ul> <em>Applet</em>
2475         <ul>
2476           <li>annotation panel disappears when annotation is
2477             hidden/removed</li>
2478         </ul> <em>Application</em>
2479         <ul>
2480           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2481             alignment opened where annotation panel is visible but no
2482             annotations are present on alignment</li>
2483           <li>pasted region containing hidden columns is
2484             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2485           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2486             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2487           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2488             selected Rregions menu item.</li>
2489           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2490             'Un' or 'Non'conserved</li>
2491           <li>Sequence feature settings are being shared by
2492             multiple distinct alignments</li>
2493           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2494             changed</li>
2495           <li>double click on group annotation to select sequences
2496             does not propagate to associated trees</li>
2497           <li>Mac OSX specific issues:
2498             <ul>
2499               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2500                 window background</li>
2501               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2502                 name set correctly</li>
2503               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2504                 save feature colourscheme button</li>
2505             </ul>
2506           </li>
2507         </ul>
2508       </td>
2509     </tr>
2510     <tr>
2511
2512       <td>
2513         <div align="center">
2514           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2515         </div>
2516       </td>
2517       <td><em>New Capabilities</em>
2518         <ul>
2519           <li>URL links generated from description line for
2520             regular-expression based URL links (applet and application)
2521
2522           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2523             menu</li>
2524           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2525             structures</li>
2526           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2527             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2528           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2529             average score or total feature count for each sequence.</li>
2530           <li>Shading features by score or associated description</li>
2531           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2532             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2533           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2534             hide everything but the currently selected region.</li>
2535           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2536         </ul> <em>Application</em>
2537         <ul>
2538           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2539             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2540           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2541             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2542           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2543             database references and protein_name is parsed as
2544             description line (BioSapiens terms).</li>
2545           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2546             references in sequence ID tooltip from View menu in
2547             application.</li>
2548           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2549       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2550           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2551             conservation plots</li>
2552           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2553             and visualized as sequence logos</li>
2554           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2555             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2556           </li>
2557           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2558             when a new tree is opened.</li>
2559           <li>Jalview Java Console</li>
2560           <li>Better placement of desktop window when moving
2561             between different screens.</li>
2562           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2563             consensus annotation</li>
2564           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2565             Workflows</li>
2566           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2567             <ul>
2568               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2569                 used to preserve views, structures, and tree display
2570                 settings)</li>
2571               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2572                 command line</li>
2573               <li>Sharing of selected regions between views and
2574                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2575               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2576             </ul></li>
2577         </ul> <em>Applet</em>
2578         <ul>
2579           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2580           <li>New Parameters
2581             <ul>
2582               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2583                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2584                 opened.</li>
2585               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2586                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2587               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2588                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2589               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2590                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2591                 view</li>
2592               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2593                 increase the height or width of a cell in the alignment
2594                 grid relative to the current font size.</li>
2595             </ul>
2596           </li>
2597           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2598             tooltip</li>
2599         </ul> <em>Other</em>
2600         <ul>
2601           <li>Features format: graduated colour definitions and
2602             specification of feature scores</li>
2603           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2604             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2605             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2606           <li>XML formats extended to support graduated feature
2607             colourschemes, group associated annotation, and profile
2608             visualization settings.</li></td>
2609       <td>
2610         <ul>
2611           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2612             rather than description</li>
2613           <li>Non-positional features are now included in sequence
2614             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2615             visibility in tooltip).</li>
2616           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2617           <li>Added URL embedding instructions to features file
2618             documentation.</li>
2619           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2620             'X' in peptide product</li>
2621           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2622             sequence ID and sequence string and query strings do not
2623             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2624           <li>AMSA files only contain first column of
2625             multi-character column annotation labels</li>
2626           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2627             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2628             exported and re-imported)</li>
2629           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2630             name</li>
2631           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2632             as subsequence matches, and correctly reports total number
2633             of both.</li>
2634           <li>Application:
2635             <ul>
2636               <li>Better handling of exceptions during sequence
2637                 retrieval</li>
2638               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2639                 link text excludes the start_end suffix</li>
2640               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2641                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2642               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2643               <li>Sequence description lines properly shared via
2644                 VAMSAS</li>
2645               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2646                 data sources</li>
2647               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2648                 completes before alignment figures are generated.</li>
2649               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2650                 first time.</li>
2651               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2652                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2653               <li>User defined group colours properly recovered
2654                 from Jalview projects.</li>
2655             </ul>
2656           </li>
2657         </ul>
2658       </td>
2659
2660     </tr>
2661     <tr>
2662       <td>
2663         <div align="center">
2664           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2665         </div>
2666       </td>
2667       <td>
2668         <ul>
2669           <li>Experimental support for google analytics usage
2670             tracking.</li>
2671           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2672         </ul>
2673       </td>
2674       <td>
2675         <ul>
2676           <li>Race condition in applet preventing startup in
2677             jre1.6.0u12+.</li>
2678           <li>Exception when feature created from selection beyond
2679             length of sequence.</li>
2680           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2681           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2682             all sequences with a given id</li>
2683           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2684             ID string searches</li>
2685           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2686             alignment to fail with exception</li>
2687         </ul> <em>Application Issues</em>
2688         <ul>
2689           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2690           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2691             data sources</li>
2692         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2693         <ul>
2694           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2695             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2696           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2697             version (java class versioning error fixed)</li>
2698         </ul>
2699       </td>
2700     </tr>
2701     <tr>
2702       <td>
2703
2704         <div align="center">
2705           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2706         </div>
2707       </td>
2708       <td><em>User Interface</em>
2709         <ul>
2710           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2711             translation and protein products</li>
2712           <li>Linked highlighting of structure associated with
2713             residue mapping to codon position</li>
2714           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2715             and 'clear' button</li>
2716           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2717             Tools menu</li>
2718           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2719             numeric data in description line</li>
2720           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2721           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2722             of sequence</li>
2723         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2724         <ul>
2725           <li>JPred3 web service</li>
2726           <li>Prototype sequence search client (no public services
2727             available yet)</li>
2728           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2729             PFAM</li>
2730           <li>URL Links created for matching database cross
2731             references as well as sequence ID</li>
2732           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2733         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2734         <ul>
2735           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2736             databases</li>
2737           <li>Generalised database reference retrieval and
2738             validation to all fetchable databases</li>
2739           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2740             sequence command</li>
2741         </ul> <em>Import and Export</em>
2742         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2743         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2744           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2745         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2746           File</li>
2747         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2748           triplet as name of colourscheme</li>
2749         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2750         <ul>
2751           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2752           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2753             alignments (experimental)</li>
2754           <li>Create new or select existing session to join</li>
2755           <li>load and save of vamsas documents</li>
2756         </ul> <em>Application command line</em>
2757         <ul>
2758           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2759             from applet)</li>
2760           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2761             of DAS servers to query for alignment features</li>
2762           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2763             that are also automatically queried for features</li>
2764           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2765             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2766         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2767         <ul>
2768           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2769             application (when using &quot;View in full
2770             application&quot;)</li>
2771         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2772         <ul>
2773           <li>feature group display control parameter</li>
2774           <li>debug parameter</li>
2775           <li>showbutton parameter</li>
2776         </ul> <em>Applet API methods</em>
2777         <ul>
2778           <li>newView public method</li>
2779           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2780           <li>Feature display control methods</li>
2781           <li>get list of currently selected sequences</li>
2782         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2783         <ul>
2784           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2785           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2786             Jalview release.</li>
2787           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2788             property controls execution of obfuscator</li>
2789           <li>Build target for generating source distribution</li>
2790           <li>Debug flag for javacc</li>
2791           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2792             jalview.bin.Cache</li>
2793           <li>Continuous Build Integration for stable and
2794             development version of Application, Applet and source
2795             distribution</li>
2796         </ul></td>
2797       <td>
2798         <ul>
2799           <li>selected region output includes visible annotations
2800             (for certain formats)</li>
2801           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2802             for editing</li>
2803           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2804           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2805           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2806           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2807             comments</li>
2808           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2809             filenames containing a ':'</li>
2810           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2811             global sequence features</li>
2812           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2813             references from alignment sequences goes to zero</li>
2814           <li>Close of tree branch colour box without colour
2815             selection causes cascading exceptions</li>
2816           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2817           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2818             file parsing fails.</li>
2819           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2820           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2821             not a valid output format</li>
2822           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2823             vamsas</li>
2824           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2825           <li>error messages passed up and output when data read
2826             fails</li>
2827           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2828             sequence is edited</li>
2829           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2830             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2831           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2832             filetype</li>
2833           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2834             import fixed for PFAM records</li>
2835           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2836             window list</li>
2837           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2838             can be read and written correctly to annotation file</li>
2839           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2840             correctly</li>
2841           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2842             non-italic font for representatives in Applet</li>
2843           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2844             Macs.</li>
2845           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2846             Applet)</li>
2847           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2848             due to null pointer exceptions</li>
2849           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2850             first column of alignment</li>
2851           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2852             July 2008</li>
2853           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2854             file is case-insensitive</li>
2855           <li>Sequence features read from Features file appended to
2856             all sequences with matching IDs</li>
2857           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2858             containing a sub-sequence</li>
2859           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2860           <li>feature and annotation file applet parameters
2861             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2862           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2863           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2864             splash-screen version check to complete</li>
2865           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2866             when passing them to the launchApp service</li>
2867           <li>display name and local features preserved in results
2868             retrieved from web service</li>
2869           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2870             sequence fetcher initialisation</li>
2871           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2872             dasobert DAS client</li>
2873           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2874             association</li>
2875           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2876             sequences
2877           </li>
2878         </ul>
2879       </td>
2880     </tr>
2881     <tr>
2882       <td>
2883         <div align="center">
2884           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2885         </div>
2886       </td>
2887       <td>
2888         <ul>
2889           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2890           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2891           <li>Slide sequences</li>
2892           <li>Edit sequence in place</li>
2893           <li>EMBL CDS features</li>
2894           <li>DAS Feature mapping</li>
2895           <li>Feature ordering</li>
2896           <li>Alignment Properties</li>
2897           <li>Annotation Scores</li>
2898           <li>Sort by scores</li>
2899           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2900         </ul>
2901       </td>
2902       <td>
2903         <ul>
2904           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2905           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2906           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2907           <li>Feature group display state in XML</li>
2908           <li>Feature ordering in XML</li>
2909           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2910           <li>Stockholm alignment properties</li>
2911           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2912           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2913           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2914           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2915         </ul>
2916       </td>
2917
2918     </tr>
2919     <tr>
2920       <td>
2921         <div align="center">
2922           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2923         </div>
2924       </td>
2925       <td>
2926         <ul>
2927           <li>Non standard characters can be read and displayed
2928           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2929             applet via textbox
2930           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2931             name &amp; description
2932           <li>Preference setting to display sequence name in
2933             italics
2934           <li>Annotation file format extended to allow
2935             Sequence_groups to be defined
2936           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2937             specified in preferences
2938           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2939             sequences
2940         </ul>
2941       </td>
2942       <td>
2943         <ul>
2944           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2945             installed
2946           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2947           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2948         </ul>
2949       </td>
2950     </tr>
2951     <tr>
2952       <td>
2953         <div align="center">
2954           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2955         </div>
2956       </td>
2957       <td>
2958         <ul>
2959           <li>Multiple views on alignment
2960           <li>Sequence feature editing
2961           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2962           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2963           <li>Background dependent text colour
2964           <li>Right align sequence ids
2965           <li>User-defined lower case residue colours
2966           <li>Format Menu
2967           <li>Select Menu
2968           <li>Menu item accelerator keys
2969           <li>Control-V pastes to current alignment
2970           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2971           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2972           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2973
2974           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2975         </ul>
2976       </td>
2977       <td>
2978         <ul>
2979           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2980           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2981             calculations
2982           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2983             edits
2984           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2985             of alignment)
2986           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2987
2988           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2989             display correctly
2990           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2991           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2992             analysis results
2993           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2994             &#8739;
2995           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2996           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2997           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2998
2999         </ul>
3000       </td>
3001     </tr>
3002     <tr>
3003       <td>
3004         <div align="center">
3005           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3006         </div>
3007       </td>
3008       <td>
3009         <ul>
3010           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3011         </ul>
3012       </td>
3013       <td>
3014         <ul>
3015           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3016             sequence id panel has been resized</li>
3017           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3018             rendered</li>
3019           <li>Annotation files with sequence references - all
3020             elements in file are relative to sequence position</li>
3021           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3022         </ul>
3023       </td>
3024     </tr>
3025     <tr>
3026       <td>
3027         <div align="center">
3028           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3029         </div>
3030       </td>
3031       <td>
3032         <ul>
3033           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3034           <li>DAS Feature fetching</li>
3035           <li>Hide sequences and columns</li>
3036           <li>Export Annotations and Features</li>
3037           <li>GFF file reading / writing</li>
3038           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3039             files</li>
3040           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3041           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3042           <li>Applet can launch the full application</li>
3043           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3044             required)</li>
3045           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3046           <li>Applet can load sequences from parameter
3047             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3048           </li>
3049         </ul>
3050       </td>
3051       <td>
3052         <ul>
3053           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3054           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3055           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3056         </ul>
3057       </td>
3058     </tr>
3059     <tr>
3060       <td>
3061         <div align="center">
3062           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3063         </div>
3064       </td>
3065       <td>
3066         <ul>
3067           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3068           <li>Choose to match case when searching</li>
3069           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3070             expand the visible width and height of the alignment</li>
3071         </ul>
3072       </td>
3073       <td>
3074         <ul>
3075           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3076         </ul>
3077       </td>
3078     </tr>
3079     <tr>
3080       <td>
3081         <div align="center">
3082           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3083         </div>
3084       </td>
3085       <td>&nbsp;</td>
3086       <td>
3087         <ul>
3088           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3089           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3090             value</li>
3091         </ul>
3092       </td>
3093     </tr>
3094     <tr>
3095       <td>
3096         <div align="center">
3097           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3098         </div>
3099       </td>
3100       <td>
3101         <ul>
3102           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3103           <li>Keyboard editing</li>
3104           <li>Create sequence features from searches</li>
3105           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3106             alignments</li>
3107           <li>Features file allows grouping of features</li>
3108           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3109           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3110           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3111         </ul>
3112       </td>
3113       <td>
3114         <ul>
3115           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3116           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3117             descriptions saved.</li>
3118         </ul>
3119       </td>
3120     </tr>
3121     <tr>
3122       <td>
3123         <div align="center">
3124           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3125         </div>
3126       </td>
3127       <td>
3128         <ul>
3129           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3130           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3131           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3132             name for file output</li>
3133           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3134           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3135             used for HTML form input</li>
3136         </ul>
3137       </td>
3138       <td>
3139         <ul>
3140           <li>HTML output writes groups and features</li>
3141           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3142           <li>File IO bugs</li>
3143         </ul>
3144       </td>
3145     </tr>
3146     <tr>
3147       <td>
3148         <div align="center">
3149           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3150         </div>
3151       </td>
3152       <td>
3153         <ul>
3154           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3155           <li>More options for PCA viewer</li>
3156         </ul>
3157       </td>
3158       <td>
3159         <ul>
3160           <li>GUI bugs resolved</li>
3161           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3162         </ul>
3163       </td>
3164     </tr>
3165     <tr>
3166       <td height="63">
3167         <div align="center">
3168           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3169         </div>
3170       </td>
3171       <td>
3172         <ul>
3173           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3174           <li>Jar files are executable</li>
3175           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3176         </ul>
3177       </td>
3178       <td>
3179         <ul>
3180           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3181           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3182           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3183         </ul>
3184       </td>
3185     </tr>
3186     <tr>
3187       <td>
3188         <div align="center">
3189           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3190         </div>
3191       </td>
3192       <td>
3193         <ul>
3194           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3195         </ul>
3196       </td>
3197       <td>
3198         <ul>
3199           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3200         </ul>
3201       </td>
3202     </tr>
3203     <tr>
3204       <td>
3205         <div align="center">
3206           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3207         </div>
3208       </td>
3209       <td>
3210         <ul>
3211           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3212             size</li>
3213         </ul>
3214       </td>
3215       <td>
3216         <ul>
3217           <li>Improved JPred client reliability</li>
3218           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3219         </ul>
3220       </td>
3221     </tr>
3222     <tr>
3223       <td>
3224         <div align="center">
3225           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3226         </div>
3227       </td>
3228       <td>
3229         <ul>
3230           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3231           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3232           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3233             to Colour Menu</li>
3234           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3235           <li>Unix users can set default web browser</li>
3236           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3237           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3238         </ul>
3239       </td>
3240       <td>
3241         <ul>
3242           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3243         </ul>
3244       </td>
3245     </tr>
3246     <tr>
3247       <td>
3248         <div align="center">
3249           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3250         </div>
3251       </td>
3252       <td>&nbsp;</td>
3253       <td>
3254         <ul>
3255           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3256             alignment order.</li>
3257         </ul>
3258       </td>
3259     </tr>
3260     <tr>
3261       <td>
3262         <div align="center">
3263           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3264         </div>
3265       </td>
3266       <td>
3267         <ul>
3268           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3269           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3270           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3271             annotations.</li>
3272           <li>Version and build date written to build properties
3273             file.</li>
3274           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3275             at launch of Jalview.</li>
3276         </ul>
3277       </td>
3278       <td>
3279         <ul>
3280           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3281           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3282           <li>Can remove groups one by one.</li>
3283           <li>Filechooser icons installed.</li>
3284           <li>Finder ignores return character when searching.
3285             Return key will initiate a search.<br>
3286           </li>
3287         </ul>
3288       </td>
3289     </tr>
3290     <tr>
3291       <td>
3292         <div align="center">
3293           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3294         </div>
3295       </td>
3296       <td>
3297         <ul>
3298           <li>New codebase</li>
3299         </ul>
3300       </td>
3301       <td>&nbsp;</td>
3302     </tr>
3303   </table>
3304   <p>&nbsp;</p>
3305 </body>
3306 </html>