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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.1">2.9.1</a><br /> <em>1/6/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55           <li></li>
  56         </ul> <em>Application</em>
  57         <ul>
  58           <li></li>
  59         </ul> <em>Applet</em>
  60         <ul>
  61           <li></li>
  62         </ul></td>
  63       <td>
  64         <div align="left">
  65           <em>General</em>
  66           <ul>
  67             <li></li>
  68           </ul>
  69           <em>Application</em>
  70           <ul>
  71             <li></li>
  72           </ul>
  73           <em>Applet</em>
  74           <ul>
  75             <li></li>
  76           </ul>
  77         </div>
  78       </td>
  79     </tr>
  80     <tr>
  81       <td width="60" nowrap>
  82         <div align="center">
  83           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
  84             <em>16/10/2015</em></strong>
  85         </div>
  86       </td>
  87       <td><em>General</em>
  88         <ul>
  89           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
  90             jars</li>
  91         </ul></td>
  92       <td>
  93         <div align="left">
  94           <em>Application</em>
  95           <ul>
  96             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
  97               shown when tree is partitioned</li>
  98             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
  99               multiple cDNA/Protein split views</li>
 100           </ul>
 101         </div>
 102       </td>
 103     </tr>
 104     <tr>
 105       <td width="60" nowrap>
 106         <div align="center">
 107           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 108             <em>8/10/2015</em></strong>
 109         </div>
 110       </td>
 111       <td>
 112       <em>General</em>
 113       <ul>
 114             <li>Updated Spanish translations of localized text for 2.9</li>
 115       </ul>
 116       <em>Application</em><ul>
 117       <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 118       <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 119       <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li></ul>
 120         <em>Applet</em>
 121         <ul><li>Split frame example added to applet examples page</li>
 122             </ul>
 123       </td>
 124       <td>
 125         <div align="left">
 126         <em>General</em>
 127           <ul>
 128             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames incorrect when sequence start > 1</li>
 129             <li>Broken images in filter column by annotation dialog documentation</li>
 130             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 131             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when loading a features file containing HTML tags in feature description</li>
 132
 133           </ul>
 134       <em>Application</em><ul>
 135             <li>Annotations corrupted after BioJS export and reimport</li>
 136             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References with 'trim retrieved sequences'</li>
 137             <li>Incorrect warning about deleting all data when deleting selected columns</li>
 138             <li>Patch to build system for shipping properly signed JNLP templates for webstart launch</li>
 139             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer unreleased structures for download or viewing</li>
 140             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 141             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 142             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not recovered from jalview project</li>
 143             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to alignment view</li>
 144             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee color schemes from BioJSON</li>
 145             </ul>
 146       <em>Applet</em><ul>
 147             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split frame</li>
 148             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 149             </ul>
 150         </div>
 151       </td>
 152     </tr>
 153     <tr>
 154       <td><div align="center">
 155           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 156         </div></td>
 157       <td><em>General</em>
 158         <ul>
 159           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 160             alignments:
 161             <ul>
 162               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 163                 and DNA alignment views</li>
 164               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 165                 cDNA alignment views</li>
 166               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 167                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 168               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 169                 protein sequences</li>
 170             </ul>
 171           </li>
 172           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 173           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 174             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 175           <li>New alignment annotation file statements for
 176             reference sequences and marking hidden columns</li>
 177           <li>Reference sequence based alignment shading to
 178             highlight variation</li>
 179           <li>Select or hide columns according to alignment
 180             annotation</li>
 181           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 182           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 183             acid conservation row</li>
 184           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 185         </ul> <em>Application</em>
 186         <ul>
 187           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 188             <ul>
 189               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 190                 view with cDNA/Protein</li>
 191               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 192                 sequences are placed in the same alignment</li>
 193               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 194                 projects</li>
 195             </ul>
 196           </li>
 197
 198           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 199           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 200             Jalview windows</li>
 201
 202           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 203           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 204           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 205             be shown in VARNA</li>
 206
 207           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 208             as the active selected region</li>
 209
 210           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 211             similarity</li>
 212           <li>New Export options
 213             <ul>
 214               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 215                 region export in flat file generation</li>
 216
 217               <li>Export alignment views for display with the <a
 218                 href="http://biojs.io/d/msa">BioJS MSAViewer</a></li>
 219
 220               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 221               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 222                 alignment figures to HTML</li>
 223           </li>
 224           <li>3D structure retrieval and display
 225             <ul>
 226               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 227                 Search API</li>
 228               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 229                 PDB structures for a sequence set</li>
 230             </ul>
 231           </li>
 232
 233           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 234             predictions</li>
 235           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 236             for one or a group of sequences</li>
 237           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 238             from the JPred4 web server</li>
 239           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 240             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 241             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 242           </li>
 243           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 244             VARNA 2D Structure'</li>
 245           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 246             Structure ..."</li>
 247
 248         </ul> <em>Applet</em>
 249         <ul>
 250           <li>New layout for applet example pages</li>
 251           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 252             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 253           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 254             Protein alignments</li>
 255         </ul> <em>Development and deployment</em>
 256         <ul>
 257           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 258           <li>Include installation type and git revision in build
 259             properties and console log output</li>
 260           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 261             storing BioJsMSA Templates</li>
 262           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 263         </ul></td>
 264       <td>
 265         <!-- <em>General</em>
 266         <ul>
 267         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 268         <ul>
 269           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 270           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 271           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 272             predictions are not highlighted in amber</li>
 273           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 274             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 275           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 276             associated structure views</li>
 277           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 278             width checkbox not enabled</li>
 279           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 280             creating user defined colours</li>
 281           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 282             mappings for just that viewer's sequences</li>
 283           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 284             multiple models in Chimera</li>
 285           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 286             over Jmol structure</li>
 287           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 288             output to text box</li>
 289           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 290             have incorrect sequence start/end</li>
 291           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 292             Jalview fails</li>
 293           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 294             work for nucleotide</li>
 295           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 296             to a grey/invisible alignment window</li>
 297           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 298             imports to different position</li>
 299           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 300             on some platforms</li>
 301           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 302             populated</li>
 303           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 304             console if Chimera has been opened</li>
 305           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 306           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 307             retrieved</li>
 308           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 309           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 310             either sequence shows on first structure</li>
 311           <li>'Show annotations' options should not make
 312             non-positional annotations visible</li>
 313           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 314             in right place after 'view flanking regions'</li>
 315           <li>File Save As type unset when current file format is
 316             unknown</li>
 317           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 318             projects</li>
 319           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 320             responsive</li>
 321           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 322             several views on same alignment</li>
 323           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 324           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 325             spaces</li>
 326         </ul> <em>Applet</em>
 327         <ul>
 328           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 329           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 330             descriptions containing angle brackets</li>
 331         </ul> <em>General</em>
 332         <ul>
 333           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 334             via jalview annotation file</li>
 335           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 336             with RNA secondary structure</li>
 337           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 338             translation doesn't work.</li>
 339           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 340           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 341             positions</li>
 342           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 343             choosing 1pt font</li>
 344           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 345             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 346             'h'</li>
 347           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 348             new feature</li>
 349           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 350             order dependent</li>
 351           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 352             sequences</li>
 353           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 354         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 355         <ul>
 356           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 357             www.jalview.org</li>
 358         </ul> <em>Application Known issues</em>
 359         <ul>
 360           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 361           <li>Misleading message appears after trying to delete
 362             solid column.</li>
 363           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 364             version launches</li>
 365           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 366             fails with a sequence mismatch</li>
 367           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 368             scrolling alignment to right</li>
 369           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 370             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 371           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 372             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 373           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 374             ultra-high resolution</li>
 375           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 376             quality and conservation</li>
 377           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 378             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 379         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 380         <ul>
 381           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 382           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 383             window is being resized</li>
 384
 385         </ul>
 386       </td>
 387     </tr>
 388     <tr>
 389       <td><div align="center">
 390           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 391         </div></td>
 392       <td><em>General</em>
 393         <ul>
 394           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 395             Certum.PL.</li>
 396           <li>Features and annotation preserved when performing
 397             pairwise alignment</li>
 398           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 399             imported/exported/displayed</li>
 400           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 401             protein secondary structure</li>
 402           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 403               post-hoc with 2.9 release</em>)
 404           </li>
 405
 406         </ul> <em>Application</em>
 407         <ul>
 408           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 409             with 3D structures</li>
 410           <li>Support for parsing RNAML</li>
 411           <li>Annotations menu for layout
 412             <ul>
 413               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 414               <li>place sequence annotation above/below alignment
 415                 annotation</li>
 416             </ul>
 417           <li>Output in Stockholm format</li>
 418           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 419             translation</li>
 420           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 421           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 422             shared between alignments</li>
 423           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 424             Jalview</li>
 425           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 426             all or current selection</li>
 427           <li>disorder and secondary structure predictions
 428             available as dataset annotation</li>
 429           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 430
 431
 432           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 433             alignments from Rfam</li>
 434           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 435
 436           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 437             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 438           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 439           <li>include installation type in build properties and
 440             console log output</li>
 441           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 442             annotation</li>
 443         </ul></td>
 444       <td>
 445         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 446         <ul>
 447           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 448             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 449           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 450             alignment</li>
 451           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 452           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 453           <li>Double click on sequence associated annotation
 454             selects only first column</li>
 455           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 456             leaves shown in tree</li>
 457           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 458             properly</li>
 459           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 460           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 461             screen and buttons not visible</li>
 462           <li>author list isn't updated if already written to
 463             Jalview properties</li>
 464           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 465             from database</li>
 466           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 467           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 468             browser search window</li>
 469           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 470             in feature settings dialog</li>
 471           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 472             desktop</li>
 473           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 474             pass validation</li>
 475           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 476             fit on screen</li>
 477           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 478             tooltip</li>
 479           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 480             defined user preset</li>
 481           <li>MSA web services warns user if they were launched
 482             with invalid input</li>
 483           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 484             Java 8</li>
 485           <li>
 486             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 487             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 488             created
 489           </li>
 490
 491         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 492                                 <ul>
 493                                 </ul> <em>General</em>
 494                                 <ul>
 495                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 496         <ul>
 497           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 498             memory allocation</li>
 499           <li>launchApp service doesn't automatically open
 500             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 501           <li>
 502             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 503             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 504             1.7_055 is available
 505           </li>
 506         </ul> <em>Application Known issues</em>
 507         <ul>
 508           <li>
 509             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 510             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 511             alignment to right
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 515             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 516             with large number of ID
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 520             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 521             start/end
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 525             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 526             structure tracks are rearranged
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 530             invalid rna structure positional highlighting does not
 531             highlight position of invalid base pairs
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 535             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 536             project from alignment window file menu
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 540             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 541             structures
 542           </li>
 543           <li>
 544             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 545             colour by RNA Helices not enabled when user created
 546             annotation added to alignment
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 550             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 551           </li>
 552         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 553         <ul>
 554           <li>
 555             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 556             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 560             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 561           </li>
 562
 563           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 564             when selected</li>
 565         </ul>
 566       </td>
 567     </tr>
 568     <tr>
 569       <td><div align="center">
 570           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 571         </div></td>
 572       <td>
 573         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 574         <em>General</em>
 575         <ul>
 576           <li>Internationalisation of user interface (usually
 577             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 578           <li>Define/Undefine group on current selection with
 579             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 580           <li>Improved group creation/removal options in
 581             alignment/sequence Popup menu</li>
 582           <li>Sensible precision for symbol distribution
 583             percentages shown in logo tooltip.</li>
 584           <li>Annotation panel height set according to amount of
 585             annotation when alignment first opened</li>
 586         </ul> <em>Application</em>
 587         <ul>
 588           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 589             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 590           <li>Select columns containing particular features from
 591             Feature Settings dialog</li>
 592           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 593             sequences</li>
 594           <li>Update Jalview project format:
 595             <ul>
 596               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 597               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 598                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 599               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 600                 colouring</li>
 601             </ul>
 602           </li>
 603           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 604             (PAM250)</li>
 605           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 606             flanking regions for an alignment</li>
 607         </ul>
 608       </td>
 609       <td>
 610         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 611         <ul>
 612           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 613             running after job is cancelled</li>
 614           <li>cannot export features from alignments imported from
 615             Jalview/VAMSAS projects</li>
 616           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 617             float values</li>
 618           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 619             have 'display all symbols' flag set</li>
 620           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 621             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 622           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 623             Jalview</li>
 624           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 625             Lion/Webstart</li>
 626           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 627           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 628           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 629             alignment onto desktop</li>
 630           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 631             'extract scores' function</li>
 632           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 633             alignment window</li>
 634           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 635             performing IUPred disorder prediction</li>
 636           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 637             changing 'normalise logo' display setting</li>
 638           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 639             nothing matches query</li>
 640           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 641             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 642           </li>
 643           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 644             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 645           </li>
 646           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 647             Jalview's menu</li>
 648           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 649             'invalid literal/length code'</li>
 650           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 651             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 652           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 653             colourscheme</li>
 654
 655         </ul> <em>Applet</em>
 656         <ul>
 657           <li>Remove group option is shown even when selection is
 658             not a group</li>
 659           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 660             don't affect groups</li>
 661           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 662             colourscheme name</li>
 663           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 664             Annotation panel is not displayed</li>
 665           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 666             embedded windows</li>
 667         </ul> <em>Other</em>
 668         <ul>
 669           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 670             single sequence were not calculated</li>
 671           <li>annotation files that contain only groups imported as
 672             annotation and junk sequences</li>
 673           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 674             recognised as PFAM or BLC</li>
 675           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 676             doesn't affect background (2.8.0b1)
 677           <li></li>
 678           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 679           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 680             trailing gaps</li>
 681           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 682             registered correctly on import</li>
 683           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 684             certain alignments</li>
 685           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 686             existing annotation based 'use original colours'
 687             colourscheme loses original colours setting</li>
 688         </ul>
 689       </td>
 690     </tr>
 691     <tr>
 692       <td><div align="center">
 693           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 694           <em>30/1/2014</em></strong>
 695         </div></td>
 696       <td>
 697         <ul>
 698           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 699             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 700             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 701             open source project).
 702           </li>
 703           <li>Jalview SRS links replaced by Uniprot and EBI-search
 704           </li>
 705           <li>Output in Stockholm format</li>
 706           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 707           <li>Export/import group and sequence associated line
 708             graph thresholds</li>
 709           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 710             ambiguity codes</li>
 711           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 712             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 713             works</li>
 714           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 715         </ul> <em>Other improvements</em>
 716         <ul>
 717           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 718           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 719             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 720           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 721             files</li>
 722           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 723           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 724             link but no description</li>
 725           <li>Select primary source when selecting authority in
 726             database fetcher GUI</li>
 727           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 728             Jalview</li>
 729           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 730         </ul>
 731       </td>
 732       <td>
 733         <ul>
 734           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 735             displayed</li>
 736           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 737             secondary structure annotation line</li>
 738           <li>Sequence database accessions not imported when
 739             fetching alignments from Rfam</li>
 740           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 741             identical IDs</li>
 742           <li>View all structures does not always superpose
 743             structures</li>
 744           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 745             reflect user or preset settings</li>
 746           <li>Null pointer exceptions for some services without
 747             presets or adjustable parameters</li>
 748           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 749             discover PDB xRefs</li>
 750           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 751             features with DAS</li>
 752           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 753             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 754           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 755             residue follows a gap</li>
 756           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 757             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 758           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 759             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 760           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 761             annotation already exists on alignment</li>
 762           <li>oninit javascript function should be called after
 763             initialisation completes</li>
 764           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 765             alignment window display</li>
 766           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 767           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 768             to annotation file</li>
 769           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 770             groups created</li>
 771           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 772             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 773           <li>Pressing return several times causes Number Format
 774             exceptions in keyboard mode</li>
 775           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 776             correct partitions for input data</li>
 777           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 778           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 779           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 780           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 781             mode</li>
 782           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 783             changes one row&#39;s threshold</li>
 784           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 785             doesn&#39;t open</li>
 786           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 787             quality histograms</li>
 788         </ul>
 789       </td>
 790     </tr>
 791     <tr>
 792       <td><div align="center">
 793           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 794         </div></td>
 795       <td><em>Application</em>
 796         <ul>
 797           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 798             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 799           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 800             preferences</li>
 801           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 802             in Jalview alignment window</li>
 803           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 804             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 805           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 806             RNA and ambiguity codes</li>
 807
 808           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 809           <li>Support fetching and database reference look up
 810             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 811             refs')</li>
 812           <li>Jalview project improvements
 813             <ul>
 814               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 815                 flag for annotation</li>
 816               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 817                 alignment</li>
 818               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 819                 Jalview project</li>
 820
 821             </ul>
 822           </li>
 823           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 824           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 825             running</li>
 826           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 827           <li>visual indication that web service results are still
 828             being retrieved from server</li>
 829           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 830             starts up for first time</li>
 831           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 832             services</li>
 833           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 834             client library</li>
 835           <li>Examples directory and Groovy library included in
 836             InstallAnywhere distribution</li>
 837         </ul> <em>Applet</em>
 838         <ul>
 839           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 840             visualization applet example</li>
 841         </ul> <em>General</em>
 842         <ul>
 843           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 844           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 845             defaults</li>
 846           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 847             calculation</li>
 848           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 849             matrices
 850           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 851             in HTML</li>
 852           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 853             structure contacts</li>
 854           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 855           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 856           <li>Parse sequence associated secondary structure
 857             information in Stockholm files</li>
 858           <li>HTML Export database accessions and annotation
 859             information presented in tooltip for sequences</li>
 860           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 861             style RNA alignment files</li>
 862           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 863             alignment</li>
 864           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 865             shade each sequence according to its associated alignment
 866             annotation</li>
 867           <li>New Jalview Logo</li>
 868         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 869         <ul>
 870           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 871           <li>New Website!</li>
 872         </ul></td>
 873       <td><em>Application</em>
 874         <ul>
 875           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 876             wsdbfetch REST service</li>
 877           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 878           <li>Filetype associations not installed for webstart
 879             launch</li>
 880           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 881             job execution in full once it is complete</li>
 882           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 883             uploaded via ali_file parameter</li>
 884           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 885           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 886           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 887             submitted for prediction</li>
 888           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 889             desktop window</li>
 890           <li>Putting fractional value into integer text box in
 891             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 892           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 893             windows 7</li>
 894           <li>View all structures fails with exception shown in
 895             structure view</li>
 896           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 897             escaped in a platform independent way</li>
 898           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 899             using proxy</li>
 900           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 901             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 902           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 903             failure when java web start temporary file caching is
 904             disabled</li>
 905           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 906             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 907           <li>Errors during processing of command line arguments
 908             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 909           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 910             DAS sources in sequence fetcher</li>
 911           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 912             dialog is shown</li>
 913           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 914           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 915           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 916           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 917             on OSX Mountain Lion</li>
 918           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 919             sequences with alignment annotation are pasted into the
 920             alignment</li>
 921           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 922             when loaded from Jalview project</li>
 923           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 924           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 925             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 926           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
 927             associated with all views</li>
 928           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
 929             annotation rows to new window</li>
 930         </ul> <em>Applet</em>
 931         <ul>
 932           <li>Sequence features are momentarily displayed before
 933             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
 934           <li>loading features via javascript API automatically
 935             enables feature display</li>
 936           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
 937             work</li>
 938         </ul> <em>General</em>
 939         <ul>
 940           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
 941           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
 942             and then deselected</li>
 943           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
 944           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
 945             coloured with clustalx</li>
 946           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
 947             exceptions and redraw errors</li>
 948           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
 949             reconfigured view</li>
 950           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
 951             colour</li>
 952           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
 953             for lots of labels</li>
 954         </ul>
 955     </tr>
 956     <tr>
 957       <td>
 958         <div align="center">
 959           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
 960         </div>
 961       </td>
 962       <td><em>Application</em>
 963         <ul>
 964           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
 965           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
 966           <li>View/alignment association menu to enable user to
 967             easily specify which alignment a multi-structure view takes
 968             its colours/correspondences from</li>
 969           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
 970           <li>Extend Jalview project to preserve associations
 971             between many alignment views and a single Jmol display</li>
 972           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
 973           <li>Annotation row column label formatting attributes
 974             stored in project file</li>
 975           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
 976             rows preserved in Jalview project file</li>
 977           <li>Visual progress indication when Jalview state is
 978             saved using Desktop window menu</li>
 979           <li>Visual indication that command line arguments are
 980             still being processed</li>
 981           <li>Groovy script execution from URL</li>
 982           <li>Colour by annotation default min and max colours in
 983             preferences</li>
 984           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
 985             alignment with sequences that have high similarity and
 986             matching IDs</li>
 987           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
 988           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
 989             structures in same window</li>
 990           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
 991           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
 992             analysis function in its own submenu</li>
 993         </ul> <em>Applet</em>
 994         <ul>
 995           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
 996             groups</li>
 997           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
 998           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
 999           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1000           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1001           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1002             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1003           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1004           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1005             parameters are treated as such</li>
1006           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1007             <ul>
1008               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1009               <li>Javascript callbacks for
1010                 <ul>
1011                   <li>Applet initialisation</li>
1012                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1013                 </ul>
1014               </li>
1015               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1016                 functions</li>
1017               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1018               <li>javascript structure viewer harness to pass
1019                 messages between Jmol and Jalview when running as
1020                 distinct applets</li>
1021               <li>sortBy method</li>
1022               <li>Set of applet and application examples shipped
1023                 with documentation</li>
1024               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1025                 javascript message exchange</li>
1026             </ul>
1027         </ul> <em>General</em>
1028         <ul>
1029           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1030             multiple alignments</li>
1031           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1032           <li>User configurable link to enable redirects to a
1033             www.Jalview.org mirror</li>
1034           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1035           <li>Configurable newline string when writing alignment
1036             and other flat files</li>
1037           <li>Allow alignment annotation description lines to
1038             contain html tags</li>
1039         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1040         <ul>
1041           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1042             examples</li>
1043           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1044             using a web service before displaying the result in the
1045             Jalview desktop</li>
1046           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1047           <li>Ant target to publish example html files with applet
1048             archive</li>
1049           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1050           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1051         </ul></td>
1052       <td><em>Application</em>
1053         <ul>
1054           <li>User defined colourscheme throws exception when
1055             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1056           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1057             dialog for valid filename/format</li>
1058           <li>Cannot view associated structure for Uniprot sequence</li>
1059           <li>PDB file association breaks for Uniprot sequence
1060             P37173</li>
1061           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1062             which sequence is to be associated with the file</li>
1063           <li>Find All raises null pointer exception when query
1064             only matches sequence IDs</li>
1065           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1066           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1067             2.4 cannot be loaded</li>
1068           <li>Filetype associations not installed for webstart
1069             launch</li>
1070           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1071             with sequences in different alignments do not get coloured
1072             by their associated sequence</li>
1073           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1074             not preserved when project is loaded</li>
1075           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1076             stored in Jalview project</li>
1077           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1078             Jalview project</li>
1079           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1080           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1081             by conservation</li>
1082           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1083             created on new view</li>
1084           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1085             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1086           <li>Alignment quality not updated after alignment
1087             annotation row is hidden then shown</li>
1088           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1089             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1090           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1091             properly</li>
1092           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1093             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1094           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1095           <li>Structures imported from file and saved in project
1096             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1097           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1098             job execution in full once it is complete</li>
1099         </ul> <em>Applet</em>
1100         <ul>
1101           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1102             annotation rows are displayed</li>
1103           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1104             codebase</li>
1105           <li>View follows highlighting does not work for positions
1106             in sequences</li>
1107           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1108           <li>Export features raises exception when no features
1109             exist</li>
1110           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1111             for javascript api is modified when separator string
1112             provided as parameter</li>
1113           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1114             alignment with no existing selection</li>
1115           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1116             to applet&#39;s codebase</li>
1117           <li>Status bar not updated after finished searching and
1118             search wraps around to first result</li>
1119           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1120             several Jalview applets causes race conditions and memory
1121             leaks</li>
1122           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1123             not sent from Jmol in applet</li>
1124           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1125             applet API fatally hang browser</li>
1126         </ul> <em>General</em>
1127         <ul>
1128           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1129             position with wrapped view and hidden regions</li>
1130           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1131             with/without hidden columns</li>
1132           <li>Sequence length given in alignment properties window
1133             is off by 1</li>
1134           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1135             import PDB like structure files</li>
1136           <li>Positional search results are only highlighted
1137             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1138           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1139           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1140             given sequence position</li>
1141           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1142             output</li>
1143           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1144             from nucleotide chains correctly</li>
1145           <li>Structure colours not updated when tree partition
1146             changed in alignment</li>
1147           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1148             parsed in interleaved stockholm</li>
1149           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1150             state</li>
1151           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1152             properly</li>
1153           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1154             properly associated with their pdb files</li>
1155         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1156         <ul>
1157           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1158             ApplyCopyright tool</li>
1159         </ul></td>
1160     </tr>
1161     <tr>
1162       <td>
1163         <div align="center">
1164           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1165         </div>
1166       </td>
1167       <td><em>Application</em>
1168         <ul>
1169           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1170             contact web services</li>
1171           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1172             service job window</li>
1173           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1174         </ul></td>
1175       <td>
1176         <ul>
1177           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1178             pir file emitted by Jalview</li>
1179           <li>Existing feature settings transferred to new
1180             alignment view created from cut'n'paste</li>
1181           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1182             parsing PDB files</li>
1183           <li>Consensus and conservation annotation rows
1184             occasionally become blank for all new windows</li>
1185           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1186             in wrapped view mode</li>
1187         </ul> <em>Application</em>
1188         <ul>
1189           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1190             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1191           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1192             parameter names</li>
1193           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1194             is down</li>
1195         </ul>
1196       </td>
1197     </tr>
1198     <tr>
1199       <td>
1200         <div align="center">
1201           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1202         </div>
1203       </td>
1204       <td><em>Application</em>
1205         <ul>
1206           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1207             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1208             (JABAWS)
1209           </li>
1210           <li>Web Services preference tab</li>
1211           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1212             preferences</li>
1213           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1214           <li>Superpose structures using associated sequence
1215             alignment</li>
1216           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1217             viewer</li>
1218         </ul> <em>Applet</em>
1219         <ul>
1220           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1221             link out mechanism</li>
1222         </ul> <em>Other</em>
1223         <ul>
1224           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1225             series 12</li>
1226           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1227             require Java 1.5</li>
1228           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1229             sequence annotation files</li>
1230           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1231             type colour specification</li>
1232           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1233             script to check if it being run in an interactive session or
1234             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1235         </ul></td>
1236       <td>
1237         <ul>
1238           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1239             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1240         </ul> <em>Application</em>
1241         <ul>
1242           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1243             selected Regions menu item</li>
1244           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1245             part of a valid accession ID</li>
1246           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1247             runs out of memory</li>
1248           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1249             analysis results</li>
1250           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1251             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1252           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1253         </ul> <em>Applet</em>
1254         <ul>
1255           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1256             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1257             defined.</li>
1258         </ul>
1259       </td>
1260     </tr>
1261     <tr>
1262       <td>
1263         <div align="center">
1264           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1265         </div>
1266       </td>
1267       <td></td>
1268       <td>
1269         <ul>
1270           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1271             sequence IDs</li>
1272           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1273             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1274           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1275             import correctly</li>
1276           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1277             number of columns are hidden</li>
1278           <li>annotation label popup menu not providing correct
1279             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1280             present</li>
1281           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1282             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1283           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1284             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1285
1286         </ul> <em>Applet</em>
1287         <ul>
1288           <li>annotation panel disappears when annotation is
1289             hidden/removed</li>
1290         </ul> <em>Application</em>
1291         <ul>
1292           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1293             alignment opened where annotation panel is visible but no
1294             annotations are present on alignment</li>
1295           <li>pasted region containing hidden columns is
1296             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1297           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1298             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1299           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1300             selected Rregions menu item.</li>
1301           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1302             'Un' or 'Non'conserved</li>
1303           <li>Sequence feature settings are being shared by
1304             multiple distinct alignments</li>
1305           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1306             changed</li>
1307           <li>double click on group annotation to select sequences
1308             does not propagate to associated trees</li>
1309           <li>Mac OSX specific issues:
1310             <ul>
1311               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1312                 window background</li>
1313               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1314                 name set correctly</li>
1315               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1316                 save feature colourscheme button</li>
1317             </ul>
1318           </li>
1319         </ul>
1320       </td>
1321     </tr>
1322     <tr>
1323
1324       <td>
1325         <div align="center">
1326           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1327         </div>
1328       </td>
1329       <td><em>New Capabilities</em>
1330         <ul>
1331           <li>URL links generated from description line for
1332             regular-expression based URL links (applet and application)
1333
1334           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1335             menu</li>
1336           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1337             structures</li>
1338           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1339             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1340           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1341             average score or total feature count for each sequence.</li>
1342           <li>Shading features by score or associated description</li>
1343           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1344             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1345           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1346             hide everything but the currently selected region.</li>
1347           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1348         </ul> <em>Application</em>
1349         <ul>
1350           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1351             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1352           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1353             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1354           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1355             database references and protein_name is parsed as
1356             description line (BioSapiens terms).</li>
1357           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1358             references in sequence ID tooltip from View menu in
1359             application.</li>
1360           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1361                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1362           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1363             conservation plots</li>
1364           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1365             and visualized as sequence logos</li>
1366           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1367             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1368           </li>
1369           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1370             when a new tree is opened.</li>
1371           <li>Jalview Java Console</li>
1372           <li>Better placement of desktop window when moving
1373             between different screens.</li>
1374           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1375             consensus annotation</li>
1376           <li>Client to submit sequences and IDs to <a
1377             href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a>
1378             Workflows
1379           </li>
1380           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1381             <ul>
1382               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1383                 used to preserve views, structures, and tree display
1384                 settings)</li>
1385               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1386                 command line</li>
1387               <li>Sharing of selected regions between views and
1388                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1389               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1390             </ul></li>
1391         </ul> <em>Applet</em>
1392         <ul>
1393           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1394           <li>New Parameters
1395             <ul>
1396               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1397                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1398                 opened.</li>
1399               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1400                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1401               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1402                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1403               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1404                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1405                 view</li>
1406               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1407                 increase the height or width of a cell in the alignment
1408                 grid relative to the current font size.</li>
1409             </ul>
1410           </li>
1411           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1412             tooltip</li>
1413         </ul> <em>Other</em>
1414         <ul>
1415           <li>Features format: graduated colour definitions and
1416             specification of feature scores</li>
1417           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1418             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1419             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1420           <li>XML formats extended to support graduated feature
1421             colourschemes, group associated annotation, and profile
1422             visualization settings.</li></td>
1423       <td>
1424         <ul>
1425           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1426             rather than description</li>
1427           <li>Non-positional features are now included in sequence
1428             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1429             visibility in tooltip).</li>
1430           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1431           <li>Added URL embedding instructions to features file
1432             documentation.</li>
1433           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1434             'X' in peptide product</li>
1435           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1436             sequence ID and sequence string and query strings do not
1437             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1438           <li>AMSA files only contain first column of
1439             multi-character column annotation labels</li>
1440           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1441             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1442             exported and re-imported)</li>
1443           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1444             name</li>
1445           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1446             as subsequence matches, and correctly reports total number
1447             of both.</li>
1448           <li>Application:
1449             <ul>
1450               <li>Better handling of exceptions during sequence
1451                 retrieval</li>
1452               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1453                 link text excludes the start_end suffix</li>
1454               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1455                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1456               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1457               <li>Sequence description lines properly shared via
1458                 VAMSAS</li>
1459               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1460                 data sources</li>
1461               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1462                 completes before alignment figures are generated.</li>
1463               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1464                 first time.</li>
1465               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1466                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1467               <li>User defined group colours properly recovered
1468                 from Jalview projects.</li>
1469             </ul>
1470           </li>
1471         </ul>
1472       </td>
1473
1474     </tr>
1475     <tr>
1476       <td>
1477         <div align="center">
1478           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1479         </div>
1480       </td>
1481       <td>
1482         <ul>
1483           <li>Experimental support for google analytics usage
1484             tracking.</li>
1485           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1486         </ul>
1487       </td>
1488       <td>
1489         <ul>
1490           <li>Race condition in applet preventing startup in
1491             jre1.6.0u12+.</li>
1492           <li>Exception when feature created from selection beyond
1493             length of sequence.</li>
1494           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1495           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1496             all sequences with a given id</li>
1497           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1498             ID string searches</li>
1499           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1500             alignment to fail with exception</li>
1501         </ul> <em>Application Issues</em>
1502         <ul>
1503           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1504           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1505             data sources</li>
1506         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1507         <ul>
1508           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1509             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1510           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1511             version (java class versioning error fixed)</li>
1512         </ul>
1513       </td>
1514     </tr>
1515     <tr>
1516       <td>
1517
1518         <div align="center">
1519           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1520         </div>
1521       </td>
1522       <td><em>User Interface</em>
1523         <ul>
1524           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1525             translation and protein products</li>
1526           <li>Linked highlighting of structure associated with
1527             residue mapping to codon position</li>
1528           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1529             and 'clear' button</li>
1530           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1531             Tools menu</li>
1532           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1533             numeric data in description line</li>
1534           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1535           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1536             of sequence</li>
1537         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1538         <ul>
1539           <li>JPred3 web service</li>
1540           <li>Prototype sequence search client (no public services
1541             available yet)</li>
1542           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1543             PFAM</li>
1544           <li>URL Links created for matching database cross
1545             references as well as sequence ID</li>
1546           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1547         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1548         <ul>
1549           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1550             databases</li>
1551           <li>Generalised database reference retrieval and
1552             validation to all fetchable databases</li>
1553           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1554             sequence command</li>
1555         </ul> <em>Import and Export</em>
1556         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1557         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1558           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1559         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1560           File</li>
1561         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1562           triplet as name of colourscheme</li>
1563         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1564         <ul>
1565           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1566           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1567             alignments (experimental)</li>
1568           <li>Create new or select existing session to join</li>
1569           <li>load and save of vamsas documents</li>
1570         </ul> <em>Application command line</em>
1571         <ul>
1572           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1573             from applet)</li>
1574           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1575             of DAS servers to query for alignment features</li>
1576           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1577             that are also automatically queried for features</li>
1578           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1579             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1580         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1581         <ul>
1582           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1583             application (when using &quot;View in full
1584             application&quot;)</li>
1585         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1586         <ul>
1587           <li>feature group display control parameter</li>
1588           <li>debug parameter</li>
1589           <li>showbutton parameter</li>
1590         </ul> <em>Applet API methods</em>
1591         <ul>
1592           <li>newView public method</li>
1593           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1594           <li>Feature display control methods</li>
1595           <li>get list of currently selected sequences</li>
1596         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1597         <ul>
1598           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1599           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1600             Jalview release.</li>
1601           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1602             property controls execution of obfuscator</li>
1603           <li>Build target for generating source distribution</li>
1604           <li>Debug flag for javacc</li>
1605           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1606             jalview.bin.Cache</li>
1607           <li>Continuous Build Integration for stable and
1608             development version of Application, Applet and source
1609             distribution</li>
1610         </ul></td>
1611       <td>
1612         <ul>
1613           <li>selected region output includes visible annotations
1614             (for certain formats)</li>
1615           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1616             for editing</li>
1617           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1618           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1619           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1620           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1621             comments</li>
1622           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1623             filenames containing a ':'</li>
1624           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1625             global sequence features</li>
1626           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1627             references from alignment sequences goes to zero</li>
1628           <li>Close of tree branch colour box without colour
1629             selection causes cascading exceptions</li>
1630           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1631           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1632             file parsing fails.</li>
1633           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1634           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1635             not a valid output format</li>
1636           <li>Uniprot canonical names introduced for both das and
1637             vamsas</li>
1638           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1639           <li>error messages passed up and output when data read
1640             fails</li>
1641           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1642             sequence is edited</li>
1643           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1644             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1645           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1646             filetype</li>
1647           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1648             import fixed for PFAM records</li>
1649           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1650             window list</li>
1651           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1652             can be read and written correctly to annotation file</li>
1653           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1654             correctly</li>
1655           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1656             non-italic font for representatives in Applet</li>
1657           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1658             Macs.</li>
1659           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1660             Applet)</li>
1661           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1662             due to null pointer exceptions</li>
1663           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1664             first column of alignment</li>
1665           <li>Uniprot XML import updated for new schema release in
1666             July 2008</li>
1667           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1668             file is case-insensitive</li>
1669           <li>Sequence features read from Features file appended to
1670             all sequences with matching IDs</li>
1671           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1672             containing a sub-sequence</li>
1673           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1674           <li>feature and annotation file applet parameters
1675             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1676           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1677           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1678             splash-screen version check to complete</li>
1679           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1680             when passing them to the launchApp service</li>
1681           <li>display name and local features preserved in results
1682             retrieved from web service</li>
1683           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1684             sequence fetcher initialisation</li>
1685           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1686             dasobert DAS client</li>
1687           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1688             association</li>
1689           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1690             sequences
1691           </li>
1692         </ul>
1693       </td>
1694     </tr>
1695     <tr>
1696       <td>
1697         <div align="center">
1698           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1699         </div>
1700       </td>
1701       <td>
1702         <ul>
1703           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1704           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1705           <li>Slide sequences</li>
1706           <li>Edit sequence in place</li>
1707           <li>EMBL CDS features</li>
1708           <li>DAS Feature mapping</li>
1709           <li>Feature ordering</li>
1710           <li>Alignment Properties</li>
1711           <li>Annotation Scores</li>
1712           <li>Sort by scores</li>
1713           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1714         </ul>
1715       </td>
1716       <td>
1717         <ul>
1718           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1719           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1720           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1721           <li>Feature group display state in XML</li>
1722           <li>Feature ordering in XML</li>
1723           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1724           <li>Stockholm alignment properties</li>
1725           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1726           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1727           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1728           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1729         </ul>
1730       </td>
1731
1732     </tr>
1733     <tr>
1734       <td>
1735         <div align="center">
1736           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1737         </div>
1738       </td>
1739       <td>
1740         <ul>
1741           <li>Non standard characters can be read and displayed
1742           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1743             applet via textbox
1744           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1745             name &amp; description
1746           <li>Preference setting to display sequence name in
1747             italics
1748           <li>Annotation file format extended to allow
1749             Sequence_groups to be defined
1750           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1751             specified in preferences
1752           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1753             sequences
1754         </ul>
1755       </td>
1756       <td>
1757         <ul>
1758           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1759             installed
1760           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1761           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1762         </ul>
1763       </td>
1764     </tr>
1765     <tr>
1766       <td>
1767         <div align="center">
1768           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1769         </div>
1770       </td>
1771       <td>
1772         <ul>
1773           <li>Multiple views on alignment
1774           <li>Sequence feature editing
1775           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1776           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1777           <li>Background dependent text colour
1778           <li>Right align sequence ids
1779           <li>User-defined lower case residue colours
1780           <li>Format Menu
1781           <li>Select Menu
1782           <li>Menu item accelerator keys
1783           <li>Control-V pastes to current alignment
1784           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1785           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1786           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1787
1788           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1789         </ul>
1790       </td>
1791       <td>
1792         <ul>
1793           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1794           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1795             calculations
1796           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1797             edits
1798           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1799             of alignment)
1800           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1801
1802           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1803             display correctly
1804           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1805           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1806             analysis results
1807           <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by
1808             &#8739;
1809           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1810           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1811           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1812
1813         </ul>
1814       </td>
1815     </tr>
1816     <tr>
1817       <td>
1818         <div align="center">
1819           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1820         </div>
1821       </td>
1822       <td>
1823         <ul>
1824           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1825         </ul>
1826       </td>
1827       <td>
1828         <ul>
1829           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1830             sequence id panel has been resized</li>
1831           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1832             rendered</li>
1833           <li>Annotation files with sequence references - all
1834             elements in file are relative to sequence position</li>
1835           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1836         </ul>
1837       </td>
1838     </tr>
1839     <tr>
1840       <td>
1841         <div align="center">
1842           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1843         </div>
1844       </td>
1845       <td>
1846         <ul>
1847           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1848           <li>DAS Feature fetching</li>
1849           <li>Hide sequences and columns</li>
1850           <li>Export Annotations and Features</li>
1851           <li>GFF file reading / writing</li>
1852           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1853             files</li>
1854           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1855           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1856           <li>Applet can launch the full application</li>
1857           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1858             required)</li>
1859           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1860           <li>Applet can load sequences from parameter
1861             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1862           </li>
1863         </ul>
1864       </td>
1865       <td>
1866         <ul>
1867           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1868           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1869           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1870         </ul>
1871       </td>
1872     </tr>
1873     <tr>
1874       <td>
1875         <div align="center">
1876           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1877         </div>
1878       </td>
1879       <td>
1880         <ul>
1881           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1882           <li>Choose to match case when searching</li>
1883           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1884             expand the visible width and height of the alignment</li>
1885         </ul>
1886       </td>
1887       <td>
1888         <ul>
1889           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1890         </ul>
1891       </td>
1892     </tr>
1893     <tr>
1894       <td>
1895         <div align="center">
1896           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1897         </div>
1898       </td>
1899       <td>&nbsp;</td>
1900       <td>
1901         <ul>
1902           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1903           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1904             value</li>
1905         </ul>
1906       </td>
1907     </tr>
1908     <tr>
1909       <td>
1910         <div align="center">
1911           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1912         </div>
1913       </td>
1914       <td>
1915         <ul>
1916           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1917           <li>Keyboard editing</li>
1918           <li>Create sequence features from searches</li>
1919           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1920             alignments</li>
1921           <li>Features file allows grouping of features</li>
1922           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1923           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1924           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1925         </ul>
1926       </td>
1927       <td>
1928         <ul>
1929           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
1930           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
1931             descriptions saved.</li>
1932         </ul>
1933       </td>
1934     </tr>
1935     <tr>
1936       <td>
1937         <div align="center">
1938           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
1939         </div>
1940       </td>
1941       <td>
1942         <ul>
1943           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
1944           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
1945           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
1946             name for file output</li>
1947           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
1948           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
1949             used for HTML form input</li>
1950         </ul>
1951       </td>
1952       <td>
1953         <ul>
1954           <li>HTML output writes groups and features</li>
1955           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
1956           <li>File IO bugs</li>
1957         </ul>
1958       </td>
1959     </tr>
1960     <tr>
1961       <td>
1962         <div align="center">
1963           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
1964         </div>
1965       </td>
1966       <td>
1967         <ul>
1968           <li>View annotations in wrapped mode</li>
1969           <li>More options for PCA viewer</li>
1970         </ul>
1971       </td>
1972       <td>
1973         <ul>
1974           <li>GUI bugs resolved</li>
1975           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
1976         </ul>
1977       </td>
1978     </tr>
1979     <tr>
1980       <td height="63">
1981         <div align="center">
1982           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
1983         </div>
1984       </td>
1985       <td>
1986         <ul>
1987           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
1988           <li>Jar files are executable</li>
1989           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
1990         </ul>
1991       </td>
1992       <td>
1993         <ul>
1994           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
1995           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
1996           <li>Several GUI bugs resolved</li>
1997         </ul>
1998       </td>
1999     </tr>
2000     <tr>
2001       <td>
2002         <div align="center">
2003           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2004         </div>
2005       </td>
2006       <td>
2007         <ul>
2008           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2009         </ul>
2010       </td>
2011       <td>
2012         <ul>
2013           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2014         </ul>
2015       </td>
2016     </tr>
2017     <tr>
2018       <td>
2019         <div align="center">
2020           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2021         </div>
2022       </td>
2023       <td>
2024         <ul>
2025           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2026             size</li>
2027         </ul>
2028       </td>
2029       <td>
2030         <ul>
2031           <li>Improved JPred client reliability</li>
2032           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2033         </ul>
2034       </td>
2035     </tr>
2036     <tr>
2037       <td>
2038         <div align="center">
2039           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2040         </div>
2041       </td>
2042       <td>
2043         <ul>
2044           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2045           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2046           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2047             to Colour Menu</li>
2048           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2049           <li>Unix users can set default web browser</li>
2050           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2051           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2052         </ul>
2053       </td>
2054       <td>
2055         <ul>
2056           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2057         </ul>
2058       </td>
2059     </tr>
2060     <tr>
2061       <td>
2062         <div align="center">
2063           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2064         </div>
2065       </td>
2066       <td>&nbsp;</td>
2067       <td>
2068         <ul>
2069           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2070             alignment order.</li>
2071         </ul>
2072       </td>
2073     </tr>
2074     <tr>
2075       <td>
2076         <div align="center">
2077           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2078         </div>
2079       </td>
2080       <td>
2081         <ul>
2082           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2083           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2084           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2085             annotations.</li>
2086           <li>Version and build date written to build properties
2087             file.</li>
2088           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2089             at launch of Jalview.</li>
2090         </ul>
2091       </td>
2092       <td>
2093         <ul>
2094           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2095           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2096           <li>Can remove groups one by one.</li>
2097           <li>Filechooser icons installed.</li>
2098           <li>Finder ignores return character when searching.
2099             Return key will initiate a search.<br>
2100           </li>
2101         </ul>
2102       </td>
2103     </tr>
2104     <tr>
2105       <td>
2106         <div align="center">
2107           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2108         </div>
2109       </td>
2110       <td>
2111         <ul>
2112           <li>New codebase</li>
2113         </ul>
2114       </td>
2115       <td>&nbsp;</td>
2116     </tr>
2117   </table>
2118   <p>&nbsp;</p>
2119 </body>
2120 </html>