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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  74             <em>8/09/2018</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!--  -->
  82             </li>
  83           </ul>
  84         </div></td>
  85       <td><div align="left">
  86           <em></em>
  87           <ul>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation capabilities removed from the Jalview Desktop
  90             </li>
  91           </ul>
  92         </div></td>
  93     </tr>
  94     <tr>
  95       <td width="60" nowrap>
  96         <div align="center">
  97           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
  98             <em>27/05/2018</em></strong>
  99         </div>
 100       </td>
 101       <td><div align="left">
 102           <em></em>
 103           <ul>
 104             <li>
 105               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 106               onto the Jalview Desktop
 107             </li>
 108           </ul>
 109         </div></td>
 110       <td><div align="left">
 111           <em></em>
 112           <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 115               right-hand column parsed correctly
 116             </li>
 117             <li>
 118               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 119               window has input focus
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 123               not alignment area in exported graphic
 124             </li>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 127               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br />
 128             <em>Dragging the currently open URL and links from a page viewed in Firefox or Chrome on
 129                 Windows is now fully supported. If you are using Edge, only
 130                 links in the page can be dragged, and with Internet Explorer, only
 131                 the currently open URL in the browser can be dropped onto
 132                 Jalview.</em>
 133                 </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2992 -->
 136             </li>
 137           </ul>
 138         </div></td>
 139     </tr>
 140     <tr>
 141       <td width="60" nowrap>
 142         <div align="center">
 143           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 144         </div>
 145       </td>
 146       <td><div align="left">
 147           <em></em>
 148           <ul>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 151               for disabling automatic superposition of multiple
 152               structures and open structures in existing views
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 156               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 157               adjust them.
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 161               Ensembl services
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 165               and lots of hidden columns
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 169               of features (particularly when transparency is disabled)
 170             </li>
 171           </ul>
 172           </div>
 173       </td>
 174       <td><div align="left">
 175           <ul>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 178               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 182               overlapping alignment panel
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 186               sequence as gaps
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 190               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 191               UTR
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 195               factor annotation not added to sequence when local PDB
 196               file associated with it by drag'n'drop or structure
 197               chooser
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 201               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 205               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 209               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 213               columns in annotation row
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 217               honored in batch mode
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 221               for structures added to existing Jmol view
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 225               entries after importing project with multiple views
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 229               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 230               with negative residue numbers or missing residues fails
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 234               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 235               as generated by CONSURF)
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 239               tooltip doesn't include a text description of mutation
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 243               structure and/or overview windows are also shown
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 247               very slow for alignments with large numbers of sequences
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 251               with 'StringIndexOutOfBounds'
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 255               platforms running Java 10
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 259               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 260             </li>
 261           </ul>
 262           <em>Applet</em>
 263           <ul>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 266               should copy the group consensus when popup is opened on it
 267             </li>
 268           </ul>
 269           <em>Batch Mode</em>
 270           <ul>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 273           </li>
 274           </ul>
 275           <em>New Known Defects</em>
 276           <ul>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 279               editing a large alignment and overview is displayed
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 283               repeatedly after a series of edits even when the overview
 284               is no longer reflecting updates
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 288               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 289               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 290               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 291             </li>
 292           </ul>
 293         </div>
 294           </td>
 295     </tr>
 296     <tr>
 297       <td width="60" nowrap>
 298         <div align="center">
 299           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 300         </div>
 301       </td>
 302       <td><div align="left">
 303           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 304               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 305       <td><div align="left">
 306           <em>Desktop</em><ul>
 307           <ul>
 308             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 309             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 310             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 311             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 312             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 313             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 314             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 315           </ul>
 316           </div>
 317       </td>
 318     </tr>
 319     <tr>
 320       <td width="60" nowrap>
 321         <div align="center">
 322           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 323         </div>
 324       </td>
 325       <td><div align="left">
 326           <em></em>
 327           <ul>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 330               rendering of sequence features
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 334               429 rate limit request hander
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 338               their colours have changed
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 342               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 346               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 350               view from Ensembl locus cross-references
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 354               Alignment report
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 358               feature can be disabled
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 362               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 366               Uniprot
 367             </li>
 368           </ul>
 369           <em>Scripting</em>
 370           <ul>
 371             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 372             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 373               percent identity scores for current alignment.</li>
 374           </ul>
 375           <em>Testing and Deployment</em>
 376           <ul>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 379             </li>
 380           </ul>
 381         </div></td>
 382       <td><div align="left">
 383           <em>General</em>
 384           <ul>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 387               threshold text field doesn't trigger an update to the
 388               alignment view
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 392               strings in parallel
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 396               alignment window is closed
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 400               group visibility
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 404               takes a long time in Cursor mode
 405             </li>
 406           </ul>
 407           <em>Desktop</em>
 408           <ul>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 411               cannot be viewed in Chimera
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 415               CDS/Protein view
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 419               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 420               Search Dialogs
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 430               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 434               scrolling right in unwapped alignment view
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 438               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 439               database
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 443               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 447               features of same type and group to be selected for
 448               amending
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 452               alignments when hidden columns are present
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 456               displaying several structures
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 460               moving a window
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 464               within the Jalview desktop on OSX
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 468               when in wrapped alignment mode
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 472               hand end of alignment
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 476               each selected sequence do not have correct start/end
 477               positions
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 481               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 485               restoring project until a new view is created
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 489               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 490               configured (since 2.10.2b2)
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 494               position is adjusted
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 498               in a multi-chain structure when viewing alignment
 499               involving more than one chain (since 2.10)
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 503               if new selection moves alignment window
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 507               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 511               that produces correctly annotated transcripts and products
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 515               doesn't update associated structure view
 516             </li>
 517           </ul>
 518           <em>Applet</em><br />
 519           <ul>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 522               closing alignment panel
 523             </li>
 524           </ul>
 525           <em>BioJSON</em><br />
 526           <ul>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 529               non-positional features
 530             </li>
 531           </ul>
 532           <em>New Known Issues</em>
 533           <ul>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 536               sequence features correctly (for many previous versions of
 537               Jalview)
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 541               using cursor in wrapped panel other than top
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 545               graduated colour threshold
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 549               always preserve numbering and sequence features
 550             </li>
 551           </ul>
 552           <em>Known Java 9 Issues</em>
 553           <ul>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 556               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 557               9.01, OSX 10.10)
 558             </li>
 559           </ul>
 560         </div></td>
 561     </tr>
 562     <tr>
 563       <td width="60" nowrap>
 564         <div align="center">
 565           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 566             <em>2/10/2017</em></strong>
 567         </div>
 568       </td>
 569       <td><div align="left">
 570           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 571           <ul>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 574             </li>
 575             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 576             </li>
 577           </ul>
 578         </div></td>
 579       <td><div align="left">
 580         </div></td>
 581     </tr>
 582     <tr>
 583       <td width="60" nowrap>
 584         <div align="center">
 585           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 586             <em>7/9/2017</em></strong>
 587         </div>
 588       </td>
 589       <td><div align="left">
 590           <em></em>
 591           <ul>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 594               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 595               white)
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 599               Preferences
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 603               in size and progress bar shown as higher resolution
 604               overview is recalculated
 605             </li>
 606
 607           </ul>
 608         </div></td>
 609       <td><div align="left">
 610           <em></em>
 611           <ul>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 614               column region row by row
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 618               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 622               format setting is unticked
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 626               if group has show boxes format setting unticked
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 630               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 631               include sequences and columns not currently displayed
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 635               assemblies are imported via CIF file
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 639               displayed when threshold or conservation colouring is also
 640               enabled.
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 644               server version
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 648               dragging a selected region off the visible region of the
 649               alignment
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 653               colourscheme to all groups in a view
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 657               initially after font size change using the Font chooser or
 658               middle-mouse zoom
 659             </li>
 660           </ul>
 661         </div></td>
 662     </tr>
 663     <tr>
 664       <td width="60" nowrap>
 665         <div align="center">
 666           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 667         </div>
 668       </td>
 669       <td><div align="left">
 670           <em>Calculations</em>
 671           <ul>
 672
 673             <li>
 674               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 675               ungapped positions in each column of the alignment.
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 679               a calculation dialog box
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 683               and memory efficiency (~30x faster)
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 687               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 688               and other calculations
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 692               files within the Jalview codebase
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 696               Similarity may have different topology due to increased
 697               precision
 698             </li>
 699           </ul>
 700           <em>Rendering</em>
 701           <ul>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 704               model for alignments and groups
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 708               scripts
 709             </li>
 710           </ul>
 711           <em>Overview</em>
 712           <ul>
 713             <li>
 714               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 715               with alignment and overview windows
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 719               overview
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 723               omitted in Overview
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 727               adjustment of visible position
 728             </li>
 729           </ul>
 730
 731           <em>Data import/export</em>
 732           <ul>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 735               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 739               annotation input/output via stockholm flatfile
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 743               extension when importing structure files without embedded
 744               names or PDB accessions
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 748               format sequence substitution matrices
 749             </li>
 750           </ul>
 751           <em>User Interface</em>
 752           <ul>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 755               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 756               the application.
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 760               via Overview or sequence motif search operations
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 764               opened by double clicking gaps within sequence feature
 765               extent
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 769               aligned positions were available to create a 3D structure
 770               superposition.
 771             </li>
 772           </ul>
 773           <em>3D Structure</em>
 774           <ul>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 777               coloured in linked structure views
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 781               file-based command exchange
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 785               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 786               structures are already available for sequences
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 790               the Jalview project rather than downloaded again when the
 791               project is reopened.
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 795               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 796               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 797                 Feature</strong>)
 798             </li>
 799           </ul>
 800           <em>Web Services</em>
 801           <ul>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 807               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 808               Analysis services
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 812               cross-references provided by identifiers.org and the
 813               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 814             </li>
 815           </ul>
 816
 817           <em>Scripting</em>
 818           <ul>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 821               identifying file formats (instead of String constants)
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 825               efficiency when counting all displayed features (not
 826               backwards compatible with 2.10.1)
 827             </li>
 828           </ul>
 829           <em>Example files</em>
 830           <ul>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 833               included in the example feature file
 834             </li>
 835           </ul>
 836           <em>Documentation</em>
 837           <ul>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 840               with the built-in Java help viewer
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 844               sequence description' option
 845             </li>
 846           </ul>
 847           <em>Test Suite</em>
 848           <ul>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 851               Uniprot REST Free Text Search Client
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 858               during tests
 859             </li>
 860           </ul>
 861         </div></td>
 862       <td><div align="left">
 863           <em>Calculations</em>
 864           <ul>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 867               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 868               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 869             </li>
 870             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 871               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 872               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 873               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 874               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 875               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 876               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 877               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 878               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 879               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 880               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 881               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 882               // for 2.10.1 mode <br />
 883               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 884               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 885                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 886                 calculations (not recommended)</em></li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 889               scaling of branch lengths for trees computed using
 890               Sequence Feature Similarity.
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 894               generating output report when working with highly
 895               redundant alignments
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 899               right of selected region when gaps present on right-hand
 900               boundary
 901             </li>
 902           </ul>
 903           <em>User Interface</em>
 904           <ul>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 907               doesn't reselect a specific sequence's associated
 908               annotation after it was used for colouring a view
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 912               opened on a region of alignment without groups
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 916               of an alignment with overlapping groups
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 920               name and description match
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 924               hidden regions results in incorrect hidden regions
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 928               changing colour does not apply Conservation slider value
 929               to all groups
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 933               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 937               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 941               gaps before start of features
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 945               restored to UI when feature colour is edited
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 949               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 953               as graduate feature colour settings are modified via the
 954               dialog box
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 958               when a group defined on the alignment is resized
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 962               wrapped view result in positional status updates
 963             </li>
 964
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 967               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 971               alignment included gapped columns
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 975               widgets don't permanently disappear
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 979               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 980               T-Coffee column reliability scores)
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 984               sequence feature on gaps only
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 988               button from a Find inherit previously defined feature type
 989               rather than the Find query string
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 993               exporting tree calculated in Jalview
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 997               and then revealing them reorders sequences on the
 998               alignment
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1002               doesn't update to reflect available set of groups after
1003               interactively adding or modifying features
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1007               Linux
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1011               only excluded gaps in current sequence and ignored
1012               selection.
1013             </li>
1014           </ul>
1015           <em>Rendering</em>
1016           <ul>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1019               erratically when hidden rows or columns are present
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1023               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1024               sequence colouring
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1028               colour and group colour menu for protein alignments
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1032               reflect currently selected view or group's shading
1033               thresholds
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1037               when rendered on overview and structures when opacity at
1038               100%
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1042               overview when features overlaid on alignment
1043             </li>
1044           </ul>
1045           <em>Data import/export</em>
1046           <ul>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1049               load
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1053               added after a sequence was imported are not written to
1054               Stockholm File
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1058               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1062               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1066               with lightGray or darkGray via features file (but can
1067               specify lightgray)
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1071               when alignment view imported from project
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1075               structure and sequences extracted from structure files
1076               imported via URL and viewed in Jmol
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1080               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1081               the project is loaded and the structure viewed
1082             </li>
1083           </ul>
1084           <em>Web Services</em>
1085           <ul>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1088               release of Ensembl v.88
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1092               appear enabled in Preferences->Connections
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1096               removed from console output
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1100               Ensembl by Peptide ID
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1104               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1105               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1106               due to 'null' string rather than empty string used for
1107               residues with no corresponding PDB mapping).
1108             </li>
1109           </ul>
1110           <em>Application UI</em>
1111           <ul>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1114               menu
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1118               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1119               new documentation and tooltips added)
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1123               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1127               new features are added to alignment
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1131               changes to feature colours via the Amend features dialog
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1135               edit graduated feature colour via amend features dialog
1136               box
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1140               selection menu changes colours of alignment views
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1144               from alignment calculation workers after alignment has
1145               been closed
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1149               groups now 'Create Group'
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1153               Create/Undefine group doesn't always work
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1157               shown again after pressing 'Cancel'
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1161               adjusts start position in wrap mode
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1165               ambiguous amino acids
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1169               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1170               proteins
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1174               Defined' don't appear in Colours menu
1175             </li>
1176           </ul>
1177           <em>Applet</em>
1178           <ul>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1181               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1185               overview or linked structure view
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1189               work (since 2.8)
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1193               user-defined colourscheme doesn't restore original
1194               colourscheme
1195             </li>
1196           </ul>
1197           <em>Test Suite</em>
1198           <ul>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1201               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1205               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1206               problems with deep array comparison equality asserts in
1207               successive versions of TestNG
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1211               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1212             </li>
1213           </ul>
1214           <em>New Known Issues</em>
1215           <ul>
1216             <li>
1217               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1218               phase after a sequence motif find operation
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1222               containing just upper and lower case letters are
1223               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1227               reliably from eggnog Ortholog database
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1231               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1232               to mark columns containing highlighted regions.
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1236               doesn't always add secondary structure annotation.
1237             </li>
1238           </ul>
1239         </div>
1240     <tr>
1241       <td width="60" nowrap>
1242         <div align="center">
1243           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1244         </div>
1245       </td>
1246       <td><div align="left">
1247           <em>General</em>
1248           <ul>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1251               for all consensus calculations
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1255               3rd Oct 2016)
1256             </li>
1257             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1258               for 2016-2017</li>
1259           </ul>
1260           <em>Application</em>
1261           <ul>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1264               set of database cross-references, sorted alphabetically
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1268               from database cross references. Users with custom links
1269               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1270                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1274               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1275               Chimera session
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1279               the Chimera it is connected to is shut down
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1283               columns menu item to mark columns containing highlighted
1284               regions (e.g. from structure selections or results of a
1285               Find operation)
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1289               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1290               MSAviewer
1291             </li>
1292           </ul>
1293         </div></td>
1294       <td>
1295         <div align="left">
1296           <em>General</em>
1297           <ul>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1300               are not coloured or thresholded according to percent
1301               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1305               hydrophobic
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1309               threshold, amino acid properties)
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1313               reported as mapped to residues in a structure file in the
1314               View Mapping report
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1318               could be added multiple times to a sequence
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1322               bond features shown as two highlighted residues rather
1323               than a range in linked structure views, and treated
1324               correctly when selecting and computing trees from features
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1328               cross-references are matched to database name regardless
1329               of case
1330             </li>
1331
1332           </ul>
1333           <em>Application</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1337               names without regular expressions also offer links from
1338               Sequence ID
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1342               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1343               update Jalview configuration
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1347               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1351               files with similarly named sequences if dropped onto the
1352               alignment
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1356               entries where more chains exist in the PDB accession than
1357               are reported in the SIFTS file
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1361               the structure view when displayed with Chimera
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1365               panel's View->Show Chains submenu
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1369               work for wrapped alignment views
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1373               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1377               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1378               first annotation row
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1382               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1386               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1387             </li>
1388             <!-- JAL-2319 -->
1389             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1390             coordindate data
1391             </li>
1392           </ul>
1393           <!--           <em>New Known Issues</em>
1394           <ul>
1395             <li></li>
1396           </ul> -->
1397         </div>
1398       </td>
1399     </tr>
1400     <td width="60" nowrap>
1401       <div align="center">
1402         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1403           <em>25/10/2016</em></strong>
1404       </div>
1405     </td>
1406     <td><em>Application</em>
1407       <ul>
1408         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1409           view if structures already loaded</li>
1410         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1411           structure views</li>
1412       </ul></td>
1413     <td>
1414       <div align="left">
1415         <em>General</em>
1416         <ul>
1417           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1418             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1419           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1420             example sequences/projects/trees</li>
1421         </ul>
1422         <em>Application</em>
1423         <ul>
1424           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1425             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1426           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1427             without timeout for structures with multiple models or
1428             multiple sequences in alignment</li>
1429           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1430             PDB ID HEADER line</li>
1431           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1432             is performed</li>
1433           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1434             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1435           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1436           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1437             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1438             option</li>
1439           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1440             is created on the alignment</li>
1441           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1442             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1443             pop-up menu</li>
1444         </ul>
1445         <em>Build and deployment</em>
1446         <ul>
1447           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1448             tags</li>
1449         </ul>
1450         <em>New Known Issues</em>
1451         <ul>
1452           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1453             on Windows</li>
1454         </ul>
1455       </div>
1456     </td>
1457     </tr>
1458     <tr>
1459       <td width="60" nowrap>
1460         <div align="center">
1461           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1462         </div>
1463       </td>
1464       <td><em>General</em>
1465         <ul>
1466           <li>
1467             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1468           </li>
1469           <li>
1470             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1471             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1472             better PDB parsing.
1473           </li>
1474           <li>
1475             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1476             reference sequence
1477           </li>
1478           <li>
1479             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1480             mousing over sequence associated annotation
1481           </li>
1482           <li>
1483             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1484             for manual entry
1485           </li>
1486           <li>
1487             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1488             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1489             for each column
1490           </li>
1491           <li>
1492             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1493             showing or hiding columns containing a feature
1494           </li>
1495           <li>
1496             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1497             group and sequence associated annotation labels
1498           </li>
1499           <li>
1500             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1501             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1502             dialogs
1503           </li>
1504
1505         </ul> <em>Application</em>
1506         <ul>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1509             gene/transcript view
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1513             dialog
1514           </li>
1515           <li>
1516             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1517             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1521             Pfam sources to xfam.org
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1525           </li>
1526           <li>
1527             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1528             over sequences in Jalview
1529           </li>
1530           <li>
1531             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1532             regions in ENA and EMBL
1533           </li>
1534           <li>
1535             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1536             for record retrieval via ENA rest API
1537           </li>
1538           <li>
1539             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1540             complement operator
1541           </li>
1542           <li>
1543             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1544             groovy script execution
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1548             alignment window's Calculate menu
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1552             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1556             calculation workers from groovy scripts
1557           </li>
1558           <li>
1559             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1560             Jalview projects
1561           </li>
1562           <li>
1563             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1564             associations are now saved/restored from project
1565           </li>
1566           <li>
1567             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1568             before sequence fetcher is opened
1569           </li>
1570           <li>
1571             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1572             database chooser opens a sequence fetcher
1573           </li>
1574           <li>
1575             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1576             the UniProt REST API
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1580             the news reader opening
1581           </li>
1582           <li>
1583             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1584             querying stored in preferences
1585           </li>
1586           <li>
1587             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1588             search results
1589           </li>
1590           <li>
1591             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1592           </li>
1593           <li>
1594             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1595             menu for nucleotide sequences
1596           </li>
1597           <li>
1598             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1599             and feature counts preserves alignment ordering (and
1600             debugged for complex feature sets).
1601           </li>
1602           <li>
1603             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1604             viewing structures with Jalview 2.10
1605           </li>
1606           <li>
1607             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1608             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1609             Ensembl Genomes REST API
1610           </li>
1611           <li>
1612             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1613             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1614             (Ensembl)
1615           </li>
1616           <li>
1617             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1618             sequences
1619           </li>
1620           <li>
1621             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1622             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1623             data from external database records.
1624           </li>
1625           <li>
1626             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1627             efficient recovery of sequence coding and alignment
1628             annotation relationships.
1629           </li>
1630         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1631         <ul>
1632           <li>
1633             -- JAL---
1634           </li>
1635         </ul> --></td>
1636       <td>
1637         <div align="left">
1638           <em>General</em>
1639           <ul>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1642               menu on OSX
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1646               includes graduated colourschemes
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1650               working with big alignments and lots of hidden columns
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1654               at right of alignment window
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1658               contents
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1662               for DNA alignments
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1666               based tree calculation
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1670               unconserved enabled for group on alignment
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1674               set as reference
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1678               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1679               annotation
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1683               hidden columns present
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1687               user created annotation added to alignment
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1691               '()' base pair annotation
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1695               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1696               Consensus
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1700               feature not working
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1704               beginning of sequence
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1708               entry 3a6s
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1712               from a tree when t-coffee scores are shown
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1716               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1720               some structures
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1724               to Clustal, PIR and PileUp output
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1728               not visible causes alignment window to repaint
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1732               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1733               scores associated with features and annotation rows
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1737               calculation should be case independent
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1741               columns
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1745               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1746               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1750               problems when reference sequence defined and 'show
1751               non-conserved' enabled
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1755               load even when Consensus calculation is disabled
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1759               alignment does nothing
1760             </li>
1761           </ul>
1762           <em>Application</em>
1763           <ul>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1766               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1767               yet fixed for El Capitan)
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1771               output when running on non-gb/us i18n platforms
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1775               hidden sequences as flat-file alignment
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1779               launching Chimera
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1783               (also hotfix for 2.9.0b2)
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1787               reference sequence defined
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1791               alignments and views when revealing hidden columns
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1795               view in a cDNA/Protein splitframe
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1799               sequence from project when only one sequence is
1800               represented
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1804               in Structure Chooser
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1808               structure consensus didn't refresh annotation panel
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1812               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1816               dialogs format columns correctly, don't display array
1817               data, sort columns according to type
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1821               file chooser is cancelled during an image export
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1825               sequence name containing special characters
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1829               case insensitive
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1833               formatting don't wrap
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1837               truncated so L looks like I in consensus annotation
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1841               currently displayed features for the current selection or
1842               view
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1846               after fetching cross-references, and restoring from
1847               project
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1851               followed in the structure viewer
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1855               splitframe not restored from project
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1859               trailing end of protein alignment in transcript/product
1860               splitview when pad-gaps not enabled by default
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1864               is case dependent
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1868               article has been read (reopened issue due to
1869               internationalisation problems)
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1873               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1874               cross-references
1875             </li>
1876
1877             <li>
1878               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1879               alignment as HTML
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1883               multiple structures are shown for one or more sequences.
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1887               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1888               is enabled.
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1892               specific PDB id for sequence
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1896               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1897               columns' is disabled.
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1901               selects lowest rather than highest resolution structures
1902               for each sequence
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1906               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1910               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1914               after clicking on it to create new annotation for a
1915               column.
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1919               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1920             </li>
1921             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1922             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1923           </ul>
1924           <em>Applet</em>
1925           <ul>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1928               hidden columns present before start of sequence
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1932               (JSON jars)
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1936               sequences are hidden in applet
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1940               deployment on examples pages.
1941             </li>
1942           </ul>
1943         </div>
1944       </td>
1945     </tr>
1946     <tr>
1947       <td width="60" nowrap>
1948         <div align="center">
1949           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1950             <em>16/10/2015</em></strong>
1951         </div>
1952       </td>
1953       <td><em>General</em>
1954         <ul>
1955           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1956             jars</li>
1957         </ul></td>
1958       <td>
1959         <div align="left">
1960           <em>Application</em>
1961           <ul>
1962             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1963               shown when tree is partitioned</li>
1964             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1965               multiple cDNA/Protein split views</li>
1966           </ul>
1967         </div>
1968       </td>
1969     </tr>
1970     <tr>
1971       <td width="60" nowrap>
1972         <div align="center">
1973           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1974             <em>8/10/2015</em></strong>
1975         </div>
1976       </td>
1977       <td><em>General</em>
1978         <ul>
1979           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1980             2.9</li>
1981         </ul> <em>Application</em>
1982         <ul>
1983           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1984           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1985           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1986         </ul> <em>Applet</em>
1987         <ul>
1988           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1989         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1990         <ul>
1991           <li>
1992             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1993             suite
1994           </li>
1995         </ul></td>
1996       <td>
1997         <div align="left">
1998           <em>General</em>
1999           <ul>
2000             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2001               incorrect when sequence start > 1</li>
2002             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2003               documentation</li>
2004             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2005             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2006               loading a features file containing HTML tags in feature
2007               description</li>
2008
2009           </ul>
2010           <em>Application</em>
2011           <ul>
2012             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2013               reimport</li>
2014             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2015               with 'trim retrieved sequences'</li>
2016             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2017               deleting selected columns</li>
2018             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2019               JNLP templates for webstart launch</li>
2020             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2021               unreleased structures for download or viewing</li>
2022             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2023               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2024             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2025               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2026             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2027               recovered from jalview project</li>
2028             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2029               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2030               alignment view</li>
2031             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2032               color schemes from BioJSON</li>
2033           </ul>
2034           <em>Applet</em>
2035           <ul>
2036             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2037               frame</li>
2038             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2039           </ul>
2040         </div>
2041       </td>
2042     </tr>
2043     <tr>
2044       <td><div align="center">
2045           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2046         </div></td>
2047       <td><em>General</em>
2048         <ul>
2049           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2050             alignments:
2051             <ul>
2052               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2053                 and DNA alignment views</li>
2054               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2055                 cDNA alignment views</li>
2056               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2057                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2058               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2059                 protein sequences</li>
2060             </ul>
2061           </li>
2062           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2063           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2064             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2065           <li>New alignment annotation file statements for
2066             reference sequences and marking hidden columns</li>
2067           <li>Reference sequence based alignment shading to
2068             highlight variation</li>
2069           <li>Select or hide columns according to alignment
2070             annotation</li>
2071           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2072           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2073             acid conservation row</li>
2074           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2075         </ul> <em>Application</em>
2076         <ul>
2077           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2078             <ul>
2079               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2080                 view with cDNA/Protein</li>
2081               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2082                 sequences are placed in the same alignment</li>
2083               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2084                 projects</li>
2085             </ul>
2086           </li>
2087
2088           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2089           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2090             Jalview windows</li>
2091
2092           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2093           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2094           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2095             be shown in VARNA</li>
2096
2097           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2098             as the active selected region</li>
2099
2100           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2101             similarity</li>
2102           <li>New Export options
2103             <ul>
2104               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2105                 region export in flat file generation</li>
2106
2107               <li>Export alignment views for display with the <a
2108                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2109
2110               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2111               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2112                 alignment figures to HTML</li>
2113           </li>
2114           <li>3D structure retrieval and display
2115             <ul>
2116               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2117                 Search API</li>
2118               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2119                 PDB structures for a sequence set</li>
2120             </ul>
2121           </li>
2122
2123           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2124             predictions</li>
2125           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2126             for one or a group of sequences</li>
2127           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2128             from the JPred4 web server</li>
2129           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2130             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2131             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2132           </li>
2133           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2134             VARNA 2D Structure'</li>
2135           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2136             Structure ..."</li>
2137
2138         </ul> <em>Applet</em>
2139         <ul>
2140           <li>New layout for applet example pages</li>
2141           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2142             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2143           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2144             Protein alignments</li>
2145         </ul> <em>Development and deployment</em>
2146         <ul>
2147           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2148           <li>Include installation type and git revision in build
2149             properties and console log output</li>
2150           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2151             storing BioJsMSA Templates</li>
2152           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2153         </ul></td>
2154       <td>
2155         <!-- <em>General</em>
2156         <ul>
2157         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2158         <ul>
2159           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2160           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2161           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2162             predictions are not highlighted in amber</li>
2163           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2164             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2165           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2166             associated structure views</li>
2167           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2168             width checkbox not enabled</li>
2169           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2170             creating user defined colours</li>
2171           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2172             mappings for just that viewer's sequences</li>
2173           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2174             multiple models in Chimera</li>
2175           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2176             over Jmol structure</li>
2177           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2178             output to text box</li>
2179           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2180             have incorrect sequence start/end</li>
2181           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2182             Jalview fails</li>
2183           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2184             work for nucleotide</li>
2185           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2186             to a grey/invisible alignment window</li>
2187           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2188             imports to different position</li>
2189           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2190             on some platforms</li>
2191           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2192             populated</li>
2193           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2194             console if Chimera has been opened</li>
2195           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2196           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2197             retrieved</li>
2198           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2199           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2200             either sequence shows on first structure</li>
2201           <li>'Show annotations' options should not make
2202             non-positional annotations visible</li>
2203           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2204             in right place after 'view flanking regions'</li>
2205           <li>File Save As type unset when current file format is
2206             unknown</li>
2207           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2208             projects</li>
2209           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2210             responsive</li>
2211           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2212             several views on same alignment</li>
2213           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2214           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2215             spaces</li>
2216         </ul> <em>Applet</em>
2217         <ul>
2218           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2219           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2220             descriptions containing angle brackets</li>
2221         </ul> <em>General</em>
2222         <ul>
2223           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2224             via jalview annotation file</li>
2225           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2226             with RNA secondary structure</li>
2227           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2228             translation doesn't work.</li>
2229           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2230           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2231             positions</li>
2232           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2233             choosing 1pt font</li>
2234           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2235             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2236             'h'</li>
2237           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2238             new feature</li>
2239           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2240             order dependent</li>
2241           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2242             sequences</li>
2243           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2244         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2245         <ul>
2246           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2247             www.jalview.org</li>
2248         </ul> <em>Application Known issues</em>
2249         <ul>
2250           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2251           <li>Misleading message appears after trying to delete
2252             solid column.</li>
2253           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2254             version launches</li>
2255           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2256             fails with a sequence mismatch</li>
2257           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2258             scrolling alignment to right</li>
2259           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2260             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2261           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2262             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2263           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2264             ultra-high resolution</li>
2265           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2266             quality and conservation</li>
2267           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2268             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2269         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2270         <ul>
2271           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2272           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2273             window is being resized</li>
2274
2275         </ul>
2276       </td>
2277     </tr>
2278     <tr>
2279       <td><div align="center">
2280           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2281         </div></td>
2282       <td><em>General</em>
2283         <ul>
2284           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2285             Certum.PL.</li>
2286           <li>Features and annotation preserved when performing
2287             pairwise alignment</li>
2288           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2289             imported/exported/displayed</li>
2290           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2291             protein secondary structure</li>
2292           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2293               post-hoc with 2.9 release</em>)
2294           </li>
2295
2296         </ul> <em>Application</em>
2297         <ul>
2298           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2299             with 3D structures</li>
2300           <li>Support for parsing RNAML</li>
2301           <li>Annotations menu for layout
2302             <ul>
2303               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2304               <li>place sequence annotation above/below alignment
2305                 annotation</li>
2306             </ul>
2307           <li>Output in Stockholm format</li>
2308           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2309             translation</li>
2310           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2311           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2312             shared between alignments</li>
2313           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2314             Jalview</li>
2315           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2316             all or current selection</li>
2317           <li>disorder and secondary structure predictions
2318             available as dataset annotation</li>
2319           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2320
2321
2322           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2323             alignments from Rfam</li>
2324           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2325
2326           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2327             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2328           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2329           <li>include installation type in build properties and
2330             console log output</li>
2331           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2332             annotation</li>
2333         </ul></td>
2334       <td>
2335         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2336         <ul>
2337           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2338             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2339           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2340             alignment</li>
2341           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2342           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2343           <li>Double click on sequence associated annotation
2344             selects only first column</li>
2345           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2346             leaves shown in tree</li>
2347           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2348             properly</li>
2349           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2350           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2351             screen and buttons not visible</li>
2352           <li>author list isn't updated if already written to
2353             Jalview properties</li>
2354           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2355             from database</li>
2356           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2357           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2358             browser search window</li>
2359           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2360             in feature settings dialog</li>
2361           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2362             desktop</li>
2363           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2364             pass validation</li>
2365           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2366             fit on screen</li>
2367           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2368             tooltip</li>
2369           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2370             defined user preset</li>
2371           <li>MSA web services warns user if they were launched
2372             with invalid input</li>
2373           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2374             Java 8</li>
2375           <li>
2376             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2377             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2378             created
2379           </li>
2380
2381         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2382         <ul>
2383         </ul> <em>General</em>
2384         <ul>
2385         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2386         <ul>
2387           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2388             memory allocation</li>
2389           <li>launchApp service doesn't automatically open
2390             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2391           <li>
2392             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2393             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2394             1.7_055 is available
2395           </li>
2396         </ul> <em>Application Known issues</em>
2397         <ul>
2398           <li>
2399             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2400             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2401             alignment to right
2402           </li>
2403           <li>
2404             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2405             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2406             with large number of ID
2407           </li>
2408           <li>
2409             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2410             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2411             start/end
2412           </li>
2413           <li>
2414             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2415             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2416             structure tracks are rearranged
2417           </li>
2418           <li>
2419             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2420             invalid rna structure positional highlighting does not
2421             highlight position of invalid base pairs
2422           </li>
2423           <li>
2424             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2425             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2426             project from alignment window file menu
2427           </li>
2428           <li>
2429             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2430             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2431             structures
2432           </li>
2433           <li>
2434             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2435             colour by RNA Helices not enabled when user created
2436             annotation added to alignment
2437           </li>
2438           <li>
2439             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2440             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2441           </li>
2442         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2443         <ul>
2444           <li>
2445             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2446             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2447           </li>
2448           <li>
2449             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2450             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2451           </li>
2452
2453           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2454             when selected</li>
2455         </ul>
2456       </td>
2457     </tr>
2458     <tr>
2459       <td><div align="center">
2460           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2461         </div></td>
2462       <td>
2463         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2464         <em>General</em>
2465         <ul>
2466           <li>Internationalisation of user interface (usually
2467             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2468           <li>Define/Undefine group on current selection with
2469             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2470           <li>Improved group creation/removal options in
2471             alignment/sequence Popup menu</li>
2472           <li>Sensible precision for symbol distribution
2473             percentages shown in logo tooltip.</li>
2474           <li>Annotation panel height set according to amount of
2475             annotation when alignment first opened</li>
2476         </ul> <em>Application</em>
2477         <ul>
2478           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2479             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2480           <li>Select columns containing particular features from
2481             Feature Settings dialog</li>
2482           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2483             sequences</li>
2484           <li>Update Jalview project format:
2485             <ul>
2486               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2487               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2488                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2489               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2490                 colouring</li>
2491             </ul>
2492           </li>
2493           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2494             (PAM250)</li>
2495           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2496             flanking regions for an alignment</li>
2497         </ul>
2498       </td>
2499       <td>
2500         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2501         <ul>
2502           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2503             running after job is cancelled</li>
2504           <li>cannot export features from alignments imported from
2505             Jalview/VAMSAS projects</li>
2506           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2507             float values</li>
2508           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2509             have 'display all symbols' flag set</li>
2510           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2511             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2512           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2513             Jalview</li>
2514           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2515             Lion/Webstart</li>
2516           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2517           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2518           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2519             alignment onto desktop</li>
2520           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2521             'extract scores' function</li>
2522           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2523             alignment window</li>
2524           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2525             performing IUPred disorder prediction</li>
2526           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2527             changing 'normalise logo' display setting</li>
2528           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2529             nothing matches query</li>
2530           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2531             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2532           </li>
2533           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2534             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2535           </li>
2536           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2537             Jalview's menu</li>
2538           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2539             'invalid literal/length code'</li>
2540           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2541             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2542           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2543             colourscheme</li>
2544
2545         </ul> <em>Applet</em>
2546         <ul>
2547           <li>Remove group option is shown even when selection is
2548             not a group</li>
2549           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2550             don't affect groups</li>
2551           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2552             colourscheme name</li>
2553           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2554             Annotation panel is not displayed</li>
2555           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2556             embedded windows</li>
2557         </ul> <em>Other</em>
2558         <ul>
2559           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2560             single sequence were not calculated</li>
2561           <li>annotation files that contain only groups imported as
2562             annotation and junk sequences</li>
2563           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2564             recognised as PFAM or BLC</li>
2565           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2566             doesn't affect background (2.8.0b1)
2567           <li></li>
2568           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2569           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2570             trailing gaps</li>
2571           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2572             registered correctly on import</li>
2573           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2574             certain alignments</li>
2575           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2576             existing annotation based 'use original colours'
2577             colourscheme loses original colours setting</li>
2578         </ul>
2579       </td>
2580     </tr>
2581     <tr>
2582       <td><div align="center">
2583           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2584             <em>30/1/2014</em></strong>
2585         </div></td>
2586       <td>
2587         <ul>
2588           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2589             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2590             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2591             open source project).
2592           </li>
2593           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2594           <li>Output in Stockholm format</li>
2595           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2596           <li>Export/import group and sequence associated line
2597             graph thresholds</li>
2598           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2599             ambiguity codes</li>
2600           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2601             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2602             works</li>
2603           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2604         </ul> <em>Other improvements</em>
2605         <ul>
2606           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2607           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2608             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2609           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2610             files</li>
2611           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2612           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2613             link but no description</li>
2614           <li>Select primary source when selecting authority in
2615             database fetcher GUI</li>
2616           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2617             Jalview</li>
2618           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2619         </ul>
2620       </td>
2621       <td>
2622         <ul>
2623           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2624             displayed</li>
2625           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2626             secondary structure annotation line</li>
2627           <li>Sequence database accessions not imported when
2628             fetching alignments from Rfam</li>
2629           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2630             identical IDs</li>
2631           <li>View all structures does not always superpose
2632             structures</li>
2633           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2634             reflect user or preset settings</li>
2635           <li>Null pointer exceptions for some services without
2636             presets or adjustable parameters</li>
2637           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2638             discover PDB xRefs</li>
2639           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2640             features with DAS</li>
2641           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2642             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2643           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2644             residue follows a gap</li>
2645           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2646             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2647           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2648             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2649           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2650             annotation already exists on alignment</li>
2651           <li>oninit javascript function should be called after
2652             initialisation completes</li>
2653           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2654             alignment window display</li>
2655           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2656           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2657             to annotation file</li>
2658           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2659             groups created</li>
2660           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2661             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2662           <li>Pressing return several times causes Number Format
2663             exceptions in keyboard mode</li>
2664           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2665             correct partitions for input data</li>
2666           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2667           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2668           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2669           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2670             mode</li>
2671           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2672             changes one row&#39;s threshold</li>
2673           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2674             doesn&#39;t open</li>
2675           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2676             quality histograms</li>
2677         </ul>
2678       </td>
2679     </tr>
2680     <tr>
2681       <td><div align="center">
2682           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2683         </div></td>
2684       <td><em>Application</em>
2685         <ul>
2686           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2687             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2688           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2689             preferences</li>
2690           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2691             in Jalview alignment window</li>
2692           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2693             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2694           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2695             RNA and ambiguity codes</li>
2696
2697           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2698           <li>Support fetching and database reference look up
2699             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2700             refs')</li>
2701           <li>Jalview project improvements
2702             <ul>
2703               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2704                 flag for annotation</li>
2705               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2706                 alignment</li>
2707               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2708                 Jalview project</li>
2709
2710             </ul>
2711           </li>
2712           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2713           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2714             running</li>
2715           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2716           <li>visual indication that web service results are still
2717             being retrieved from server</li>
2718           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2719             starts up for first time</li>
2720           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2721             services</li>
2722           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2723             client library</li>
2724           <li>Examples directory and Groovy library included in
2725             InstallAnywhere distribution</li>
2726         </ul> <em>Applet</em>
2727         <ul>
2728           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2729             visualization applet example</li>
2730         </ul> <em>General</em>
2731         <ul>
2732           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2733           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2734             defaults</li>
2735           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2736             calculation</li>
2737           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2738             matrices
2739           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2740             in HTML</li>
2741           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2742             structure contacts</li>
2743           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2744           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2745           <li>Parse sequence associated secondary structure
2746             information in Stockholm files</li>
2747           <li>HTML Export database accessions and annotation
2748             information presented in tooltip for sequences</li>
2749           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2750             style RNA alignment files</li>
2751           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2752             alignment</li>
2753           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2754             shade each sequence according to its associated alignment
2755             annotation</li>
2756           <li>New Jalview Logo</li>
2757         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2758         <ul>
2759           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2760           <li>New Website!</li>
2761         </ul></td>
2762       <td><em>Application</em>
2763         <ul>
2764           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2765             wsdbfetch REST service</li>
2766           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2767           <li>Filetype associations not installed for webstart
2768             launch</li>
2769           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2770             job execution in full once it is complete</li>
2771           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2772             uploaded via ali_file parameter</li>
2773           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2774           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2775           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2776             submitted for prediction</li>
2777           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2778             desktop window</li>
2779           <li>Putting fractional value into integer text box in
2780             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2781           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2782             windows 7</li>
2783           <li>View all structures fails with exception shown in
2784             structure view</li>
2785           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2786             escaped in a platform independent way</li>
2787           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2788             using proxy</li>
2789           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2790             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2791           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2792             failure when java web start temporary file caching is
2793             disabled</li>
2794           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2795             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2796           <li>Errors during processing of command line arguments
2797             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2798           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2799             DAS sources in sequence fetcher</li>
2800           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2801             dialog is shown</li>
2802           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2803           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2804           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2805           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2806             on OSX Mountain Lion</li>
2807           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2808             sequences with alignment annotation are pasted into the
2809             alignment</li>
2810           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2811             when loaded from Jalview project</li>
2812           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2813           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2814             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2815           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2816             associated with all views</li>
2817           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2818             annotation rows to new window</li>
2819         </ul> <em>Applet</em>
2820         <ul>
2821           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2822             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2823           <li>loading features via javascript API automatically
2824             enables feature display</li>
2825           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2826             work</li>
2827         </ul> <em>General</em>
2828         <ul>
2829           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2830           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2831             and then deselected</li>
2832           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2833           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2834             coloured with clustalx</li>
2835           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2836             exceptions and redraw errors</li>
2837           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2838             reconfigured view</li>
2839           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2840             colour</li>
2841           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2842             for lots of labels</li>
2843         </ul>
2844     </tr>
2845     <tr>
2846       <td>
2847         <div align="center">
2848           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2849         </div>
2850       </td>
2851       <td><em>Application</em>
2852         <ul>
2853           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2854           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2855           <li>View/alignment association menu to enable user to
2856             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2857             its colours/correspondences from</li>
2858           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2859           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2860             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2861           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2862           <li>Annotation row column label formatting attributes
2863             stored in project file</li>
2864           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2865             rows preserved in Jalview project file</li>
2866           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2867             saved using Desktop window menu</li>
2868           <li>Visual indication that command line arguments are
2869             still being processed</li>
2870           <li>Groovy script execution from URL</li>
2871           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2872             preferences</li>
2873           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2874             alignment with sequences that have high similarity and
2875             matching IDs</li>
2876           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2877           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2878             structures in same window</li>
2879           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2880           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2881             analysis function in its own submenu</li>
2882         </ul> <em>Applet</em>
2883         <ul>
2884           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2885             groups</li>
2886           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2887           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2888           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2889           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2890           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2891             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2892           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2893           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2894             parameters are treated as such</li>
2895           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2896             <ul>
2897               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2898               <li>Javascript callbacks for
2899                 <ul>
2900                   <li>Applet initialisation</li>
2901                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2902                 </ul>
2903               </li>
2904               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2905                 functions</li>
2906               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2907               <li>javascript structure viewer harness to pass
2908                 messages between Jmol and Jalview when running as
2909                 distinct applets</li>
2910               <li>sortBy method</li>
2911               <li>Set of applet and application examples shipped
2912                 with documentation</li>
2913               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2914                 javascript message exchange</li>
2915             </ul>
2916         </ul> <em>General</em>
2917         <ul>
2918           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2919             multiple alignments</li>
2920           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2921           <li>User configurable link to enable redirects to a
2922             www.Jalview.org mirror</li>
2923           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2924           <li>Configurable newline string when writing alignment
2925             and other flat files</li>
2926           <li>Allow alignment annotation description lines to
2927             contain html tags</li>
2928         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2929         <ul>
2930           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2931             examples</li>
2932           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2933             using a web service before displaying the result in the
2934             Jalview desktop</li>
2935           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2936           <li>Ant target to publish example html files with applet
2937             archive</li>
2938           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2939           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2940         </ul></td>
2941       <td><em>Application</em>
2942         <ul>
2943           <li>User defined colourscheme throws exception when
2944             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2945           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2946             dialog for valid filename/format</li>
2947           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2948           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2949             P37173</li>
2950           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2951             which sequence is to be associated with the file</li>
2952           <li>Find All raises null pointer exception when query
2953             only matches sequence IDs</li>
2954           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2955           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2956             2.4 cannot be loaded</li>
2957           <li>Filetype associations not installed for webstart
2958             launch</li>
2959           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2960             with sequences in different alignments do not get coloured
2961             by their associated sequence</li>
2962           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2963             not preserved when project is loaded</li>
2964           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2965             stored in Jalview project</li>
2966           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2967             Jalview project</li>
2968           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2969           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2970             by conservation</li>
2971           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2972             created on new view</li>
2973           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2974             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2975           <li>Alignment quality not updated after alignment
2976             annotation row is hidden then shown</li>
2977           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2978             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2979           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2980             properly</li>
2981           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2982             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2983           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2984           <li>Structures imported from file and saved in project
2985             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2986           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2987             job execution in full once it is complete</li>
2988         </ul> <em>Applet</em>
2989         <ul>
2990           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2991             annotation rows are displayed</li>
2992           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2993             codebase</li>
2994           <li>View follows highlighting does not work for positions
2995             in sequences</li>
2996           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2997           <li>Export features raises exception when no features
2998             exist</li>
2999           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3000             for javascript api is modified when separator string
3001             provided as parameter</li>
3002           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3003             alignment with no existing selection</li>
3004           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3005             to applet&#39;s codebase</li>
3006           <li>Status bar not updated after finished searching and
3007             search wraps around to first result</li>
3008           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3009             several Jalview applets causes race conditions and memory
3010             leaks</li>
3011           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3012             not sent from Jmol in applet</li>
3013           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3014             applet API fatally hang browser</li>
3015         </ul> <em>General</em>
3016         <ul>
3017           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3018             position with wrapped view and hidden regions</li>
3019           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3020             with/without hidden columns</li>
3021           <li>Sequence length given in alignment properties window
3022             is off by 1</li>
3023           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3024             import PDB like structure files</li>
3025           <li>Positional search results are only highlighted
3026             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3027           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3028           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3029             given sequence position</li>
3030           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3031             output</li>
3032           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3033             from nucleotide chains correctly</li>
3034           <li>Structure colours not updated when tree partition
3035             changed in alignment</li>
3036           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3037             parsed in interleaved stockholm</li>
3038           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3039             state</li>
3040           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3041             properly</li>
3042           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3043             properly associated with their pdb files</li>
3044         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3045         <ul>
3046           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3047             ApplyCopyright tool</li>
3048         </ul></td>
3049     </tr>
3050     <tr>
3051       <td>
3052         <div align="center">
3053           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3054         </div>
3055       </td>
3056       <td><em>Application</em>
3057         <ul>
3058           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3059             contact web services</li>
3060           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3061             service job window</li>
3062           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3063         </ul></td>
3064       <td>
3065         <ul>
3066           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3067             pir file emitted by Jalview</li>
3068           <li>Existing feature settings transferred to new
3069             alignment view created from cut'n'paste</li>
3070           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3071             parsing PDB files</li>
3072           <li>Consensus and conservation annotation rows
3073             occasionally become blank for all new windows</li>
3074           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3075             in wrapped view mode</li>
3076         </ul> <em>Application</em>
3077         <ul>
3078           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3079             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3080           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3081             parameter names</li>
3082           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3083             is down</li>
3084         </ul>
3085       </td>
3086     </tr>
3087     <tr>
3088       <td>
3089         <div align="center">
3090           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3091         </div>
3092       </td>
3093       <td><em>Application</em>
3094         <ul>
3095           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3096             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3097             (JABAWS)
3098           </li>
3099           <li>Web Services preference tab</li>
3100           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3101             preferences</li>
3102           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3103           <li>Superpose structures using associated sequence
3104             alignment</li>
3105           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3106             viewer</li>
3107         </ul> <em>Applet</em>
3108         <ul>
3109           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3110             link out mechanism</li>
3111         </ul> <em>Other</em>
3112         <ul>
3113           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3114             series 12</li>
3115           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3116             require Java 1.5</li>
3117           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3118             sequence annotation files</li>
3119           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3120             type colour specification</li>
3121           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3122             script to check if it being run in an interactive session or
3123             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3124         </ul></td>
3125       <td>
3126         <ul>
3127           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3128             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3129         </ul> <em>Application</em>
3130         <ul>
3131           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3132             selected Regions menu item</li>
3133           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3134             part of a valid accession ID</li>
3135           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3136             runs out of memory</li>
3137           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3138             analysis results</li>
3139           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3140             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3141           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3142         </ul> <em>Applet</em>
3143         <ul>
3144           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3145             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3146             defined.</li>
3147         </ul>
3148       </td>
3149     </tr>
3150     <tr>
3151       <td>
3152         <div align="center">
3153           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3154         </div>
3155       </td>
3156       <td></td>
3157       <td>
3158         <ul>
3159           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3160             sequence IDs</li>
3161           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3162             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3163           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3164             import correctly</li>
3165           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3166             number of columns are hidden</li>
3167           <li>annotation label popup menu not providing correct
3168             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3169             present</li>
3170           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3171             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3172           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3173             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3174
3175         </ul> <em>Applet</em>
3176         <ul>
3177           <li>annotation panel disappears when annotation is
3178             hidden/removed</li>
3179         </ul> <em>Application</em>
3180         <ul>
3181           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3182             alignment opened where annotation panel is visible but no
3183             annotations are present on alignment</li>
3184           <li>pasted region containing hidden columns is
3185             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3186           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3187             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3188           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3189             selected Rregions menu item.</li>
3190           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3191             'Un' or 'Non'conserved</li>
3192           <li>Sequence feature settings are being shared by
3193             multiple distinct alignments</li>
3194           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3195             changed</li>
3196           <li>double click on group annotation to select sequences
3197             does not propagate to associated trees</li>
3198           <li>Mac OSX specific issues:
3199             <ul>
3200               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3201                 window background</li>
3202               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3203                 name set correctly</li>
3204               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3205                 save feature colourscheme button</li>
3206             </ul>
3207           </li>
3208         </ul>
3209       </td>
3210     </tr>
3211     <tr>
3212
3213       <td>
3214         <div align="center">
3215           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3216         </div>
3217       </td>
3218       <td><em>New Capabilities</em>
3219         <ul>
3220           <li>URL links generated from description line for
3221             regular-expression based URL links (applet and application)
3222
3223           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3224             menu</li>
3225           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3226             structures</li>
3227           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3228             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3229           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3230             average score or total feature count for each sequence.</li>
3231           <li>Shading features by score or associated description</li>
3232           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3233             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3234           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3235             hide everything but the currently selected region.</li>
3236           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3237         </ul> <em>Application</em>
3238         <ul>
3239           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3240             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3241           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3242             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3243           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3244             database references and protein_name is parsed as
3245             description line (BioSapiens terms).</li>
3246           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3247             references in sequence ID tooltip from View menu in
3248             application.</li>
3249           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3250       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3251           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3252             conservation plots</li>
3253           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3254             and visualized as sequence logos</li>
3255           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3256             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3257           </li>
3258           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3259             when a new tree is opened.</li>
3260           <li>Jalview Java Console</li>
3261           <li>Better placement of desktop window when moving
3262             between different screens.</li>
3263           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3264             consensus annotation</li>
3265           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3266             Workflows</li>
3267           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3268             <ul>
3269               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3270                 used to preserve views, structures, and tree display
3271                 settings)</li>
3272               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3273                 command line</li>
3274               <li>Sharing of selected regions between views and
3275                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3276               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3277             </ul></li>
3278         </ul> <em>Applet</em>
3279         <ul>
3280           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3281           <li>New Parameters
3282             <ul>
3283               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3284                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3285                 opened.</li>
3286               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3287                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3288               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3289                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3290               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3291                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3292                 view</li>
3293               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3294                 increase the height or width of a cell in the alignment
3295                 grid relative to the current font size.</li>
3296             </ul>
3297           </li>
3298           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3299             tooltip</li>
3300         </ul> <em>Other</em>
3301         <ul>
3302           <li>Features format: graduated colour definitions and
3303             specification of feature scores</li>
3304           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3305             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3306             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3307           <li>XML formats extended to support graduated feature
3308             colourschemes, group associated annotation, and profile
3309             visualization settings.</li></td>
3310       <td>
3311         <ul>
3312           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3313             rather than description</li>
3314           <li>Non-positional features are now included in sequence
3315             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3316             visibility in tooltip).</li>
3317           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3318           <li>Added URL embedding instructions to features file
3319             documentation.</li>
3320           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3321             'X' in peptide product</li>
3322           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3323             sequence ID and sequence string and query strings do not
3324             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3325           <li>AMSA files only contain first column of
3326             multi-character column annotation labels</li>
3327           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3328             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3329             exported and re-imported)</li>
3330           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3331             name</li>
3332           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3333             as subsequence matches, and correctly reports total number
3334             of both.</li>
3335           <li>Application:
3336             <ul>
3337               <li>Better handling of exceptions during sequence
3338                 retrieval</li>
3339               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3340                 link text excludes the start_end suffix</li>
3341               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3342                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3343               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3344               <li>Sequence description lines properly shared via
3345                 VAMSAS</li>
3346               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3347                 data sources</li>
3348               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3349                 completes before alignment figures are generated.</li>
3350               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3351                 first time.</li>
3352               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3353                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3354               <li>User defined group colours properly recovered
3355                 from Jalview projects.</li>
3356             </ul>
3357           </li>
3358         </ul>
3359       </td>
3360
3361     </tr>
3362     <tr>
3363       <td>
3364         <div align="center">
3365           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3366         </div>
3367       </td>
3368       <td>
3369         <ul>
3370           <li>Experimental support for google analytics usage
3371             tracking.</li>
3372           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>Race condition in applet preventing startup in
3378             jre1.6.0u12+.</li>
3379           <li>Exception when feature created from selection beyond
3380             length of sequence.</li>
3381           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3382           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3383             all sequences with a given id</li>
3384           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3385             ID string searches</li>
3386           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3387             alignment to fail with exception</li>
3388         </ul> <em>Application Issues</em>
3389         <ul>
3390           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3391           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3392             data sources</li>
3393         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3394         <ul>
3395           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3396             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3397           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3398             version (java class versioning error fixed)</li>
3399         </ul>
3400       </td>
3401     </tr>
3402     <tr>
3403       <td>
3404
3405         <div align="center">
3406           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3407         </div>
3408       </td>
3409       <td><em>User Interface</em>
3410         <ul>
3411           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3412             translation and protein products</li>
3413           <li>Linked highlighting of structure associated with
3414             residue mapping to codon position</li>
3415           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3416             and 'clear' button</li>
3417           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3418             Tools menu</li>
3419           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3420             numeric data in description line</li>
3421           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3422           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3423             of sequence</li>
3424         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3425         <ul>
3426           <li>JPred3 web service</li>
3427           <li>Prototype sequence search client (no public services
3428             available yet)</li>
3429           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3430             PFAM</li>
3431           <li>URL Links created for matching database cross
3432             references as well as sequence ID</li>
3433           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3434         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3435         <ul>
3436           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3437             databases</li>
3438           <li>Generalised database reference retrieval and
3439             validation to all fetchable databases</li>
3440           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3441             sequence command</li>
3442         </ul> <em>Import and Export</em>
3443         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3444         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3445           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3446         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3447           File</li>
3448         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3449           triplet as name of colourscheme</li>
3450         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3451         <ul>
3452           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3453           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3454             alignments (experimental)</li>
3455           <li>Create new or select existing session to join</li>
3456           <li>load and save of vamsas documents</li>
3457         </ul> <em>Application command line</em>
3458         <ul>
3459           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3460             from applet)</li>
3461           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3462             of DAS servers to query for alignment features</li>
3463           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3464             that are also automatically queried for features</li>
3465           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3466             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3467         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3468         <ul>
3469           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3470             application (when using &quot;View in full
3471             application&quot;)</li>
3472         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3473         <ul>
3474           <li>feature group display control parameter</li>
3475           <li>debug parameter</li>
3476           <li>showbutton parameter</li>
3477         </ul> <em>Applet API methods</em>
3478         <ul>
3479           <li>newView public method</li>
3480           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3481           <li>Feature display control methods</li>
3482           <li>get list of currently selected sequences</li>
3483         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3484         <ul>
3485           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3486           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3487             Jalview release.</li>
3488           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3489             property controls execution of obfuscator</li>
3490           <li>Build target for generating source distribution</li>
3491           <li>Debug flag for javacc</li>
3492           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3493             jalview.bin.Cache</li>
3494           <li>Continuous Build Integration for stable and
3495             development version of Application, Applet and source
3496             distribution</li>
3497         </ul></td>
3498       <td>
3499         <ul>
3500           <li>selected region output includes visible annotations
3501             (for certain formats)</li>
3502           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3503             for editing</li>
3504           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3505           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3506           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3507           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3508             comments</li>
3509           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3510             filenames containing a ':'</li>
3511           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3512             global sequence features</li>
3513           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3514             references from alignment sequences goes to zero</li>
3515           <li>Close of tree branch colour box without colour
3516             selection causes cascading exceptions</li>
3517           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3518           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3519             file parsing fails.</li>
3520           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3521           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3522             not a valid output format</li>
3523           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3524             vamsas</li>
3525           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3526           <li>error messages passed up and output when data read
3527             fails</li>
3528           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3529             sequence is edited</li>
3530           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3531             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3532           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3533             filetype</li>
3534           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3535             import fixed for PFAM records</li>
3536           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3537             window list</li>
3538           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3539             can be read and written correctly to annotation file</li>
3540           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3541             correctly</li>
3542           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3543             non-italic font for representatives in Applet</li>
3544           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3545             Macs.</li>
3546           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3547             Applet)</li>
3548           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3549             due to null pointer exceptions</li>
3550           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3551             first column of alignment</li>
3552           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3553             July 2008</li>
3554           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3555             file is case-insensitive</li>
3556           <li>Sequence features read from Features file appended to
3557             all sequences with matching IDs</li>
3558           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3559             containing a sub-sequence</li>
3560           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3561           <li>feature and annotation file applet parameters
3562             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3563           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3564           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3565             splash-screen version check to complete</li>
3566           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3567             when passing them to the launchApp service</li>
3568           <li>display name and local features preserved in results
3569             retrieved from web service</li>
3570           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3571             sequence fetcher initialisation</li>
3572           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3573             dasobert DAS client</li>
3574           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3575             association</li>
3576           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3577             sequences
3578           </li>
3579         </ul>
3580       </td>
3581     </tr>
3582     <tr>
3583       <td>
3584         <div align="center">
3585           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3586         </div>
3587       </td>
3588       <td>
3589         <ul>
3590           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3591           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3592           <li>Slide sequences</li>
3593           <li>Edit sequence in place</li>
3594           <li>EMBL CDS features</li>
3595           <li>DAS Feature mapping</li>
3596           <li>Feature ordering</li>
3597           <li>Alignment Properties</li>
3598           <li>Annotation Scores</li>
3599           <li>Sort by scores</li>
3600           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3601         </ul>
3602       </td>
3603       <td>
3604         <ul>
3605           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3606           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3607           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3608           <li>Feature group display state in XML</li>
3609           <li>Feature ordering in XML</li>
3610           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3611           <li>Stockholm alignment properties</li>
3612           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3613           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3614           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3615           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3616         </ul>
3617       </td>
3618
3619     </tr>
3620     <tr>
3621       <td>
3622         <div align="center">
3623           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3624         </div>
3625       </td>
3626       <td>
3627         <ul>
3628           <li>Non standard characters can be read and displayed
3629           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3630             applet via textbox
3631           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3632             name &amp; description
3633           <li>Preference setting to display sequence name in
3634             italics
3635           <li>Annotation file format extended to allow
3636             Sequence_groups to be defined
3637           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3638             specified in preferences
3639           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3640             sequences
3641         </ul>
3642       </td>
3643       <td>
3644         <ul>
3645           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3646             installed
3647           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3648           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3649         </ul>
3650       </td>
3651     </tr>
3652     <tr>
3653       <td>
3654         <div align="center">
3655           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3656         </div>
3657       </td>
3658       <td>
3659         <ul>
3660           <li>Multiple views on alignment
3661           <li>Sequence feature editing
3662           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3663           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3664           <li>Background dependent text colour
3665           <li>Right align sequence ids
3666           <li>User-defined lower case residue colours
3667           <li>Format Menu
3668           <li>Select Menu
3669           <li>Menu item accelerator keys
3670           <li>Control-V pastes to current alignment
3671           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3672           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3673           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3674
3675           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3676         </ul>
3677       </td>
3678       <td>
3679         <ul>
3680           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3681           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3682             calculations
3683           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3684             edits
3685           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3686             of alignment)
3687           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3688
3689           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3690             display correctly
3691           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3692           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3693             analysis results
3694           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3695             &#8739;
3696           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3697           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3698           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3699
3700         </ul>
3701       </td>
3702     </tr>
3703     <tr>
3704       <td>
3705         <div align="center">
3706           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3707         </div>
3708       </td>
3709       <td>
3710         <ul>
3711           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3712         </ul>
3713       </td>
3714       <td>
3715         <ul>
3716           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3717             sequence id panel has been resized</li>
3718           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3719             rendered</li>
3720           <li>Annotation files with sequence references - all
3721             elements in file are relative to sequence position</li>
3722           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3723         </ul>
3724       </td>
3725     </tr>
3726     <tr>
3727       <td>
3728         <div align="center">
3729           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3730         </div>
3731       </td>
3732       <td>
3733         <ul>
3734           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3735           <li>DAS Feature fetching</li>
3736           <li>Hide sequences and columns</li>
3737           <li>Export Annotations and Features</li>
3738           <li>GFF file reading / writing</li>
3739           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3740             files</li>
3741           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3742           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3743           <li>Applet can launch the full application</li>
3744           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3745             required)</li>
3746           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3747           <li>Applet can load sequences from parameter
3748             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3749           </li>
3750         </ul>
3751       </td>
3752       <td>
3753         <ul>
3754           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3755           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3756           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759     </tr>
3760     <tr>
3761       <td>
3762         <div align="center">
3763           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3764         </div>
3765       </td>
3766       <td>
3767         <ul>
3768           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3769           <li>Choose to match case when searching</li>
3770           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3771             expand the visible width and height of the alignment</li>
3772         </ul>
3773       </td>
3774       <td>
3775         <ul>
3776           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3777         </ul>
3778       </td>
3779     </tr>
3780     <tr>
3781       <td>
3782         <div align="center">
3783           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3784         </div>
3785       </td>
3786       <td>&nbsp;</td>
3787       <td>
3788         <ul>
3789           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3790           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3791             value</li>
3792         </ul>
3793       </td>
3794     </tr>
3795     <tr>
3796       <td>
3797         <div align="center">
3798           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3799         </div>
3800       </td>
3801       <td>
3802         <ul>
3803           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3804           <li>Keyboard editing</li>
3805           <li>Create sequence features from searches</li>
3806           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3807             alignments</li>
3808           <li>Features file allows grouping of features</li>
3809           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3810           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3811           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3812         </ul>
3813       </td>
3814       <td>
3815         <ul>
3816           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3817           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3818             descriptions saved.</li>
3819         </ul>
3820       </td>
3821     </tr>
3822     <tr>
3823       <td>
3824         <div align="center">
3825           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3826         </div>
3827       </td>
3828       <td>
3829         <ul>
3830           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3831           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3832           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3833             name for file output</li>
3834           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3835           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3836             used for HTML form input</li>
3837         </ul>
3838       </td>
3839       <td>
3840         <ul>
3841           <li>HTML output writes groups and features</li>
3842           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3843           <li>File IO bugs</li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846     </tr>
3847     <tr>
3848       <td>
3849         <div align="center">
3850           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3851         </div>
3852       </td>
3853       <td>
3854         <ul>
3855           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3856           <li>More options for PCA viewer</li>
3857         </ul>
3858       </td>
3859       <td>
3860         <ul>
3861           <li>GUI bugs resolved</li>
3862           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3863         </ul>
3864       </td>
3865     </tr>
3866     <tr>
3867       <td height="63">
3868         <div align="center">
3869           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3870         </div>
3871       </td>
3872       <td>
3873         <ul>
3874           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3875           <li>Jar files are executable</li>
3876           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3877         </ul>
3878       </td>
3879       <td>
3880         <ul>
3881           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3882           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3883           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3884         </ul>
3885       </td>
3886     </tr>
3887     <tr>
3888       <td>
3889         <div align="center">
3890           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3891         </div>
3892       </td>
3893       <td>
3894         <ul>
3895           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3896         </ul>
3897       </td>
3898       <td>
3899         <ul>
3900           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3901         </ul>
3902       </td>
3903     </tr>
3904     <tr>
3905       <td>
3906         <div align="center">
3907           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3908         </div>
3909       </td>
3910       <td>
3911         <ul>
3912           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3913             size</li>
3914         </ul>
3915       </td>
3916       <td>
3917         <ul>
3918           <li>Improved JPred client reliability</li>
3919           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3920         </ul>
3921       </td>
3922     </tr>
3923     <tr>
3924       <td>
3925         <div align="center">
3926           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3927         </div>
3928       </td>
3929       <td>
3930         <ul>
3931           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3932           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3933           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3934             to Colour Menu</li>
3935           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3936           <li>Unix users can set default web browser</li>
3937           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3938           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3939         </ul>
3940       </td>
3941       <td>
3942         <ul>
3943           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3944         </ul>
3945       </td>
3946     </tr>
3947     <tr>
3948       <td>
3949         <div align="center">
3950           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3951         </div>
3952       </td>
3953       <td>&nbsp;</td>
3954       <td>
3955         <ul>
3956           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3957             alignment order.</li>
3958         </ul>
3959       </td>
3960     </tr>
3961     <tr>
3962       <td>
3963         <div align="center">
3964           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3965         </div>
3966       </td>
3967       <td>
3968         <ul>
3969           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3970           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3971           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3972             annotations.</li>
3973           <li>Version and build date written to build properties
3974             file.</li>
3975           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3976             at launch of Jalview.</li>
3977         </ul>
3978       </td>
3979       <td>
3980         <ul>
3981           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3982           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3983           <li>Can remove groups one by one.</li>
3984           <li>Filechooser icons installed.</li>
3985           <li>Finder ignores return character when searching.
3986             Return key will initiate a search.<br>
3987           </li>
3988         </ul>
3989       </td>
3990     </tr>
3991     <tr>
3992       <td>
3993         <div align="center">
3994           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3995         </div>
3996       </td>
3997       <td>
3998         <ul>
3999           <li>New codebase</li>
4000         </ul>
4001       </td>
4002       <td>&nbsp;</td>
4003     </tr>
4004   </table>
4005   <p>&nbsp;</p>
4006 </body>
4007 </html>