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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88           </ul>
  89       </td>
  90       <td><div align="left">
  91           <em></em>
  92           <ul>
  93             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
  94             </li>
  95           </ul>
  96       </td>
  97     </tr>
  98     <tr>
  99       <td width="60" nowrap>
 100         <div align="center">
 101           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 102             <em>2/10/2017</em></strong>
 103         </div>
 104       </td>
 105       <td><div align="left">
 106           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 107           <ul>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 110             </li>
 111             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 112             </li>
 113           </ul>
 114         </div></td>
 115       <td><div align="left">
 116         </div></td>
 117     </tr>
 118     <tr>
 119       <td width="60" nowrap>
 120         <div align="center">
 121           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 122             <em>7/9/2017</em></strong>
 123         </div>
 124       </td>
 125       <td><div align="left">
 126           <em></em>
 127           <ul>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 130               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 131               white)
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 135               Preferences
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 139               in size and progress bar shown as higher resolution
 140               overview is recalculated
 141             </li>
 142
 143           </ul>
 144         </div></td>
 145       <td><div align="left">
 146           <em></em>
 147           <ul>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 150               column region row by row
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 154               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 158               format setting is unticked
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 162               if group has show boxes format setting unticked
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 166               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 167               include sequences and columns not currently displayed
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 171               assemblies are imported via CIF file
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 175               displayed when threshold or conservation colouring is also
 176               enabled.
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 180               server version
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 184               dragging a selected region off the visible region of the
 185               alignment
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 189               colourscheme to all groups in a view
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 193               initially after font size change using the Font chooser or
 194               middle-mouse zoom
 195             </li>
 196           </ul>
 197         </div></td>
 198     </tr>
 199     <tr>
 200       <td width="60" nowrap>
 201         <div align="center">
 202           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 203         </div>
 204       </td>
 205       <td><div align="left">
 206           <em>Calculations</em>
 207           <ul>
 208
 209             <li>
 210               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 211               ungapped positions in each column of the alignment.
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 215               a calculation dialog box
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 219               and memory efficiency (~30x faster)
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 223               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 224               and other calculations
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 228               files within the Jalview codebase
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 232               Similarity may have different topology due to increased
 233               precision
 234             </li>
 235           </ul>
 236           <em>Rendering</em>
 237           <ul>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 240               model for alignments and groups
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 244               scripts
 245             </li>
 246           </ul>
 247           <em>Overview</em>
 248           <ul>
 249             <li>
 250               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 251               with alignment and overview windows
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 255               overview
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 259               omitted in Overview
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 263               adjustment of visible position
 264             </li>
 265           </ul>
 266
 267           <em>Data import/export</em>
 268           <ul>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 271               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 275               annotation input/output via stockholm flatfile
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 279               extension when importing structure files without embedded
 280               names or PDB accessions
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 284               format sequence substitution matrices
 285             </li>
 286           </ul>
 287           <em>User Interface</em>
 288           <ul>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 291               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 292               the application.
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 296               via Overview or sequence motif search operations
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 300               opened by double clicking gaps within sequence feature
 301               extent
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 305               aligned positions were available to create a 3D structure
 306               superposition.
 307             </li>
 308           </ul>
 309           <em>3D Structure</em>
 310           <ul>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 313               coloured in linked structure views
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 317               file-based command exchange
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 321               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 322               structures are already available for sequences
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 326               the Jalview project rather than downloaded again when the
 327               project is reopened.
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 331               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 332               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 333                 Feature</strong>)
 334             </li>
 335           </ul>
 336           <em>Web Services</em>
 337           <ul>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 343               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 344               Analysis services
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 348               cross-references provided by identifiers.org and the
 349               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 350             </li>
 351           </ul>
 352
 353           <em>Scripting</em>
 354           <ul>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 357               identifying file formats (instead of String constants)
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 361               efficiency when counting all displayed features (not
 362               backwards compatible with 2.10.1)
 363             </li>
 364           </ul>
 365           <em>Example files</em>
 366           <ul>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 369               included in the example feature file
 370             </li>
 371           </ul>
 372           <em>Documentation</em>
 373           <ul>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 376               with the built-in Java help viewer
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 380               sequence description' option
 381             </li>
 382           </ul>
 383           <em>Test Suite</em>
 384           <ul>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 387               Uniprot REST Free Text Search Client
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 394               during tests
 395             </li>
 396           </ul>
 397         </div></td>
 398       <td><div align="left">
 399           <em>Calculations</em>
 400           <ul>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 403               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 404               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 405             </li>
 406             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 407               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 408               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 409               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 410               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 411               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 412               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 413               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 414               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 415               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 416               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 417               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 418               // for 2.10.1 mode <br />
 419               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 420               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 421                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 422                 calculations (not recommended)</em></li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 425               scaling of branch lengths for trees computed using
 426               Sequence Feature Similarity.
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 430               generating output report when working with highly
 431               redundant alignments
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 435               right of selected region when gaps present on right-hand
 436               boundary
 437             </li>
 438           </ul>
 439           <em>User Interface</em>
 440           <ul>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 443               doesn't reselect a specific sequence's associated
 444               annotation after it was used for colouring a view
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 448               opened on a region of alignment without groups
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 452               of an alignment with overlapping groups
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 456               name and description match
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 460               hidden regions results in incorrect hidden regions
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 464               changing colour does not apply Conservation slider value
 465               to all groups
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 469               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 473               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 477               gaps before start of features
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 481               restored to UI when feature colour is edited
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 485               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 489               as graduate feature colour settings are modified via the
 490               dialog box
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 494               when a group defined on the alignment is resized
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 498               wrapped view result in positional status updates
 499             </li>
 500
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 503               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 507               alignment included gapped columns
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 511               widgets don't permanently disappear
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 515               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 516               T-Coffee column reliability scores)
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 520               sequence feature on gaps only
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 524               button from a Find inherit previously defined feature type
 525               rather than the Find query string
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 529               exporting tree calculated in Jalview
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 533               and then revealing them reorders sequences on the
 534               alignment
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 538               doesn't update to reflect available set of groups after
 539               interactively adding or modifying features
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 543               Linux
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 547               only excluded gaps in current sequence and ignored
 548               selection.
 549             </li>
 550           </ul>
 551           <em>Rendering</em>
 552           <ul>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 555               erratically when hidden rows or columns are present
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 559               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 560               sequence colouring
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 564               colour and group colour menu for protein alignments
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 568               reflect currently selected view or group's shading
 569               thresholds
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 573               when rendered on overview and structures when opacity at
 574               100%
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 578               overview when features overlaid on alignment
 579             </li>
 580           </ul>
 581           <em>Data import/export</em>
 582           <ul>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 585               load
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 589               added after a sequence was imported are not written to
 590               Stockholm File
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 594               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 598               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 602               with lightGray or darkGray via features file (but can
 603               specify lightgray)
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 607               when alignment view imported from project
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 611               structure and sequences extracted from structure files
 612               imported via URL and viewed in Jmol
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 616               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 617               the project is loaded and the structure viewed
 618             </li>
 619           </ul>
 620           <em>Web Services</em>
 621           <ul>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 624               release of Ensembl v.88
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 628               appear enabled in Preferences->Connections
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 632               removed from console output
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 636               Ensembl by Peptide ID
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 640               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 641               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 642               due to 'null' string rather than empty string used for
 643               residues with no corresponding PDB mapping).
 644             </li>
 645           </ul>
 646           <em>Application UI</em>
 647           <ul>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 650               menu
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 654               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 655               new documentation and tooltips added)
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 659               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 663               new features are added to alignment
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 667               changes to feature colours via the Amend features dialog
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 671               edit graduated feature colour via amend features dialog
 672               box
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 676               selection menu changes colours of alignment views
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 680               from alignment calculation workers after alignment has
 681               been closed
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 685               groups now 'Create Group'
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 689               Create/Undefine group doesn't always work
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 693               shown again after pressing 'Cancel'
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 697               adjusts start position in wrap mode
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 701               ambiguous amino acids
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 705               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 706               proteins
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 710               Defined' don't appear in Colours menu
 711             </li>
 712           </ul>
 713           <em>Applet</em>
 714           <ul>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 717               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 721               overview or linked structure view
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 725               work (since 2.8)
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 729               user-defined colourscheme doesn't restore original
 730               colourscheme
 731             </li>
 732           </ul>
 733           <em>Test Suite</em>
 734           <ul>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 737               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 741               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 742               problems with deep array comparison equality asserts in
 743               successive versions of TestNG
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 747               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 748             </li>
 749           </ul>
 750           <em>New Known Issues</em>
 751           <ul>
 752             <li>
 753               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 754               phase after a sequence motif find operation
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 758               containing just upper and lower case letters are
 759               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 763               reliably from eggnog Ortholog database
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 767               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 768               to mark columns containing highlighted regions.
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 772               doesn't always add secondary structure annotation.
 773             </li>
 774           </ul>
 775         </div>
 776     <tr>
 777       <td width="60" nowrap>
 778         <div align="center">
 779           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 780         </div>
 781       </td>
 782       <td><div align="left">
 783           <em>General</em>
 784           <ul>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 787               for all consensus calculations
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 791               3rd Oct 2016)
 792             </li>
 793             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 794               for 2016-2017</li>
 795           </ul>
 796           <em>Application</em>
 797           <ul>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 800               set of database cross-references, sorted alphabetically
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 804               from database cross references. Users with custom links
 805               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 806                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 810               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 811               Chimera session
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 815               the Chimera it is connected to is shut down
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 819               columns menu item to mark columns containing highlighted
 820               regions (e.g. from structure selections or results of a
 821               Find operation)
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 825               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 826               MSAviewer
 827             </li>
 828           </ul>
 829         </div></td>
 830       <td>
 831         <div align="left">
 832           <em>General</em>
 833           <ul>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 836               are not coloured or thresholded according to percent
 837               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 841               hydrophobic
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 845               threshold, amino acid properties)
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 849               reported as mapped to residues in a structure file in the
 850               View Mapping report
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 854               could be added multiple times to a sequence
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 858               bond features shown as two highlighted residues rather
 859               than a range in linked structure views, and treated
 860               correctly when selecting and computing trees from features
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 864               cross-references are matched to database name regardless
 865               of case
 866             </li>
 867
 868           </ul>
 869           <em>Application</em>
 870           <ul>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 873               names without regular expressions also offer links from
 874               Sequence ID
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 878               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 879               update Jalview configuration
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 883               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 887               files with similarly named sequences if dropped onto the
 888               alignment
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 892               entries where more chains exist in the PDB accession than
 893               are reported in the SIFTS file
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 897               the structure view when displayed with Chimera
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 901               panel's View->Show Chains submenu
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 905               work for wrapped alignment views
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 909               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 913               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 914               first annotation row
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 918               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 922               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 923             </li>
 924             <!-- JAL-2319 -->
 925             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 926             coordindate data
 927             </li>
 928           </ul>
 929           <!--           <em>New Known Issues</em>
 930           <ul>
 931             <li></li>
 932           </ul> -->
 933         </div>
 934       </td>
 935     </tr>
 936     <td width="60" nowrap>
 937       <div align="center">
 938         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 939           <em>25/10/2016</em></strong>
 940       </div>
 941     </td>
 942     <td><em>Application</em>
 943       <ul>
 944         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 945           view if structures already loaded</li>
 946         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 947           structure views</li>
 948       </ul></td>
 949     <td>
 950       <div align="left">
 951         <em>General</em>
 952         <ul>
 953           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 954             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 955           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 956             example sequences/projects/trees</li>
 957         </ul>
 958         <em>Application</em>
 959         <ul>
 960           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 961             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 962           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 963             without timeout for structures with multiple models or
 964             multiple sequences in alignment</li>
 965           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 966             PDB ID HEADER line</li>
 967           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 968             is performed</li>
 969           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 970             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 971           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 972           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 973             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 974             option</li>
 975           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 976             is created on the alignment</li>
 977           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 978             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 979             pop-up menu</li>
 980         </ul>
 981         <em>Build and deployment</em>
 982         <ul>
 983           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 984             tags</li>
 985         </ul>
 986         <em>New Known Issues</em>
 987         <ul>
 988           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 989             on Windows</li>
 990         </ul>
 991       </div>
 992     </td>
 993     </tr>
 994     <tr>
 995       <td width="60" nowrap>
 996         <div align="center">
 997           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 998         </div>
 999       </td>
1000       <td><em>General</em>
1001         <ul>
1002           <li>
1003             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1004           </li>
1005           <li>
1006             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1007             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1008             better PDB parsing.
1009           </li>
1010           <li>
1011             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1012             reference sequence
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1016             mousing over sequence associated annotation
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1020             for manual entry
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1024             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1025             for each column
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1029             showing or hiding columns containing a feature
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1033             group and sequence associated annotation labels
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1037             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1038             dialogs
1039           </li>
1040
1041         </ul> <em>Application</em>
1042         <ul>
1043           <li>
1044             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1045             gene/transcript view
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1049             dialog
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1053             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1057             Pfam sources to xfam.org
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1064             over sequences in Jalview
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1068             regions in ENA and EMBL
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1072             for record retrieval via ENA rest API
1073           </li>
1074           <li>
1075             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1076             complement operator
1077           </li>
1078           <li>
1079             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1080             groovy script execution
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1084             alignment window's Calculate menu
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1088             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1092             calculation workers from groovy scripts
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1096             Jalview projects
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1100             associations are now saved/restored from project
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1104             before sequence fetcher is opened
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1108             database chooser opens a sequence fetcher
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1112             the UniProt REST API
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1116             the news reader opening
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1120             querying stored in preferences
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1124             search results
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1131             menu for nucleotide sequences
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1135             and feature counts preserves alignment ordering (and
1136             debugged for complex feature sets).
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1140             viewing structures with Jalview 2.10
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1144             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1145             Ensembl Genomes REST API
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1149             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1150             (Ensembl)
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1154             sequences
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1158             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1159             data from external database records.
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1163             efficient recovery of sequence coding and alignment
1164             annotation relationships.
1165           </li>
1166         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1167         <ul>
1168           <li>
1169             -- JAL---
1170           </li>
1171         </ul> --></td>
1172       <td>
1173         <div align="left">
1174           <em>General</em>
1175           <ul>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1178               menu on OSX
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1182               includes graduated colourschemes
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1186               working with big alignments and lots of hidden columns
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1190               at right of alignment window
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1194               contents
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1198               for DNA alignments
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1202               based tree calculation
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1206               unconserved enabled for group on alignment
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1210               set as reference
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1214               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1215               annotation
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1219               hidden columns present
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1223               user created annotation added to alignment
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1227               '()' base pair annotation
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1231               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1232               Consensus
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1236               feature not working
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1240               beginning of sequence
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1244               entry 3a6s
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1248               from a tree when t-coffee scores are shown
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1252               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1256               some structures
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1260               to Clustal, PIR and PileUp output
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1264               not visible causes alignment window to repaint
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1268               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1269               scores associated with features and annotation rows
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1273               calculation should be case independent
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1277               columns
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1281               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1282               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1286               problems when reference sequence defined and 'show
1287               non-conserved' enabled
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1291               load even when Consensus calculation is disabled
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1295               alignment does nothing
1296             </li>
1297           </ul>
1298           <em>Application</em>
1299           <ul>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1302               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1303               yet fixed for El Capitan)
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1307               output when running on non-gb/us i18n platforms
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1311               hidden sequences as flat-file alignment
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1315               launching Chimera
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1319               (also hotfix for 2.9.0b2)
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1323               reference sequence defined
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1327               alignments and views when revealing hidden columns
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1331               view in a cDNA/Protein splitframe
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1335               sequence from project when only one sequence is
1336               represented
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1340               in Structure Chooser
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1344               structure consensus didn't refresh annotation panel
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1348               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1352               dialogs format columns correctly, don't display array
1353               data, sort columns according to type
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1357               file chooser is cancelled during an image export
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1361               sequence name containing special characters
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1365               case insensitive
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1369               formatting don't wrap
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1373               truncated so L looks like I in consensus annotation
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1377               currently displayed features for the current selection or
1378               view
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1382               after fetching cross-references, and restoring from
1383               project
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1387               followed in the structure viewer
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1391               splitframe not restored from project
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1395               trailing end of protein alignment in transcript/product
1396               splitview when pad-gaps not enabled by default
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1400               is case dependent
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1404               article has been read (reopened issue due to
1405               internationalisation problems)
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1409               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1410               cross-references
1411             </li>
1412
1413             <li>
1414               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1415               alignment as HTML
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1419               multiple structures are shown for one or more sequences.
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1423               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1424               is enabled.
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1428               specific PDB id for sequence
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1432               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1433               columns' is disabled.
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1437               selects lowest rather than highest resolution structures
1438               for each sequence
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1442               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1446               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1450               after clicking on it to create new annotation for a
1451               column.
1452             </li>
1453             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1454             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1455           </ul>
1456           <em>Applet</em>
1457           <ul>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1460               hidden columns present before start of sequence
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1464               (JSON jars)
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1468               sequences are hidden in applet
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1472               deployment on examples pages.
1473             </li>
1474           </ul>
1475         </div>
1476       </td>
1477     </tr>
1478     <tr>
1479       <td width="60" nowrap>
1480         <div align="center">
1481           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1482             <em>16/10/2015</em></strong>
1483         </div>
1484       </td>
1485       <td><em>General</em>
1486         <ul>
1487           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1488             jars</li>
1489         </ul></td>
1490       <td>
1491         <div align="left">
1492           <em>Application</em>
1493           <ul>
1494             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1495               shown when tree is partitioned</li>
1496             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1497               multiple cDNA/Protein split views</li>
1498           </ul>
1499         </div>
1500       </td>
1501     </tr>
1502     <tr>
1503       <td width="60" nowrap>
1504         <div align="center">
1505           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1506             <em>8/10/2015</em></strong>
1507         </div>
1508       </td>
1509       <td><em>General</em>
1510         <ul>
1511           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1512             2.9</li>
1513         </ul> <em>Application</em>
1514         <ul>
1515           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1516           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1517           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1518         </ul> <em>Applet</em>
1519         <ul>
1520           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1521         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1522         <ul>
1523           <li>
1524             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1525             suite
1526           </li>
1527         </ul></td>
1528       <td>
1529         <div align="left">
1530           <em>General</em>
1531           <ul>
1532             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1533               incorrect when sequence start > 1</li>
1534             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1535               documentation</li>
1536             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1537             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1538               loading a features file containing HTML tags in feature
1539               description</li>
1540
1541           </ul>
1542           <em>Application</em>
1543           <ul>
1544             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1545               reimport</li>
1546             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1547               with 'trim retrieved sequences'</li>
1548             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1549               deleting selected columns</li>
1550             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1551               JNLP templates for webstart launch</li>
1552             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1553               unreleased structures for download or viewing</li>
1554             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1555               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1556             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1557               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1558             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1559               recovered from jalview project</li>
1560             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1561               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1562               alignment view</li>
1563             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1564               color schemes from BioJSON</li>
1565           </ul>
1566           <em>Applet</em>
1567           <ul>
1568             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1569               frame</li>
1570             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1571           </ul>
1572         </div>
1573       </td>
1574     </tr>
1575     <tr>
1576       <td><div align="center">
1577           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1578         </div></td>
1579       <td><em>General</em>
1580         <ul>
1581           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1582             alignments:
1583             <ul>
1584               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1585                 and DNA alignment views</li>
1586               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1587                 cDNA alignment views</li>
1588               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1589                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1590               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1591                 protein sequences</li>
1592             </ul>
1593           </li>
1594           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1595           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1596             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1597           <li>New alignment annotation file statements for
1598             reference sequences and marking hidden columns</li>
1599           <li>Reference sequence based alignment shading to
1600             highlight variation</li>
1601           <li>Select or hide columns according to alignment
1602             annotation</li>
1603           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1604           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1605             acid conservation row</li>
1606           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1607         </ul> <em>Application</em>
1608         <ul>
1609           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1610             <ul>
1611               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1612                 view with cDNA/Protein</li>
1613               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1614                 sequences are placed in the same alignment</li>
1615               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1616                 projects</li>
1617             </ul>
1618           </li>
1619
1620           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1621           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1622             Jalview windows</li>
1623
1624           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1625           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1626           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1627             be shown in VARNA</li>
1628
1629           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1630             as the active selected region</li>
1631
1632           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1633             similarity</li>
1634           <li>New Export options
1635             <ul>
1636               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1637                 region export in flat file generation</li>
1638
1639               <li>Export alignment views for display with the <a
1640                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1641
1642               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1643               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1644                 alignment figures to HTML</li>
1645           </li>
1646           <li>3D structure retrieval and display
1647             <ul>
1648               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1649                 Search API</li>
1650               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1651                 PDB structures for a sequence set</li>
1652             </ul>
1653           </li>
1654
1655           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1656             predictions</li>
1657           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1658             for one or a group of sequences</li>
1659           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1660             from the JPred4 web server</li>
1661           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1662             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1663             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1664           </li>
1665           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1666             VARNA 2D Structure'</li>
1667           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1668             Structure ..."</li>
1669
1670         </ul> <em>Applet</em>
1671         <ul>
1672           <li>New layout for applet example pages</li>
1673           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1674             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1675           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1676             Protein alignments</li>
1677         </ul> <em>Development and deployment</em>
1678         <ul>
1679           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1680           <li>Include installation type and git revision in build
1681             properties and console log output</li>
1682           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1683             storing BioJsMSA Templates</li>
1684           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1685         </ul></td>
1686       <td>
1687         <!-- <em>General</em>
1688         <ul>
1689         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1690         <ul>
1691           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1692           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1693           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1694             predictions are not highlighted in amber</li>
1695           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1696             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1697           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1698             associated structure views</li>
1699           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1700             width checkbox not enabled</li>
1701           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1702             creating user defined colours</li>
1703           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1704             mappings for just that viewer's sequences</li>
1705           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1706             multiple models in Chimera</li>
1707           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1708             over Jmol structure</li>
1709           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1710             output to text box</li>
1711           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1712             have incorrect sequence start/end</li>
1713           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1714             Jalview fails</li>
1715           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1716             work for nucleotide</li>
1717           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1718             to a grey/invisible alignment window</li>
1719           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1720             imports to different position</li>
1721           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1722             on some platforms</li>
1723           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1724             populated</li>
1725           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1726             console if Chimera has been opened</li>
1727           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1728           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1729             retrieved</li>
1730           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1731           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1732             either sequence shows on first structure</li>
1733           <li>'Show annotations' options should not make
1734             non-positional annotations visible</li>
1735           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1736             in right place after 'view flanking regions'</li>
1737           <li>File Save As type unset when current file format is
1738             unknown</li>
1739           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1740             projects</li>
1741           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1742             responsive</li>
1743           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1744             several views on same alignment</li>
1745           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1746           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1747             spaces</li>
1748         </ul> <em>Applet</em>
1749         <ul>
1750           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1751           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1752             descriptions containing angle brackets</li>
1753         </ul> <em>General</em>
1754         <ul>
1755           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1756             via jalview annotation file</li>
1757           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1758             with RNA secondary structure</li>
1759           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1760             translation doesn't work.</li>
1761           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1762           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1763             positions</li>
1764           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1765             choosing 1pt font</li>
1766           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1767             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1768             'h'</li>
1769           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1770             new feature</li>
1771           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1772             order dependent</li>
1773           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1774             sequences</li>
1775           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1776         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1777         <ul>
1778           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1779             www.jalview.org</li>
1780         </ul> <em>Application Known issues</em>
1781         <ul>
1782           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1783           <li>Misleading message appears after trying to delete
1784             solid column.</li>
1785           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1786             version launches</li>
1787           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1788             fails with a sequence mismatch</li>
1789           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1790             scrolling alignment to right</li>
1791           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1792             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1793           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1794             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1795           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1796             ultra-high resolution</li>
1797           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1798             quality and conservation</li>
1799           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1800             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1801         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1802         <ul>
1803           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1804           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1805             window is being resized</li>
1806
1807         </ul>
1808       </td>
1809     </tr>
1810     <tr>
1811       <td><div align="center">
1812           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1813         </div></td>
1814       <td><em>General</em>
1815         <ul>
1816           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1817             Certum.PL.</li>
1818           <li>Features and annotation preserved when performing
1819             pairwise alignment</li>
1820           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1821             imported/exported/displayed</li>
1822           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1823             protein secondary structure</li>
1824           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1825               post-hoc with 2.9 release</em>)
1826           </li>
1827
1828         </ul> <em>Application</em>
1829         <ul>
1830           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1831             with 3D structures</li>
1832           <li>Support for parsing RNAML</li>
1833           <li>Annotations menu for layout
1834             <ul>
1835               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1836               <li>place sequence annotation above/below alignment
1837                 annotation</li>
1838             </ul>
1839           <li>Output in Stockholm format</li>
1840           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1841             translation</li>
1842           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1843           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1844             shared between alignments</li>
1845           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1846             Jalview</li>
1847           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1848             all or current selection</li>
1849           <li>disorder and secondary structure predictions
1850             available as dataset annotation</li>
1851           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1852
1853
1854           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1855             alignments from Rfam</li>
1856           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1857
1858           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1859             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1860           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1861           <li>include installation type in build properties and
1862             console log output</li>
1863           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1864             annotation</li>
1865         </ul></td>
1866       <td>
1867         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1868         <ul>
1869           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1870             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1871           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1872             alignment</li>
1873           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1874           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1875           <li>Double click on sequence associated annotation
1876             selects only first column</li>
1877           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1878             leaves shown in tree</li>
1879           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1880             properly</li>
1881           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1882           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1883             screen and buttons not visible</li>
1884           <li>author list isn't updated if already written to
1885             Jalview properties</li>
1886           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1887             from database</li>
1888           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1889           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1890             browser search window</li>
1891           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1892             in feature settings dialog</li>
1893           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1894             desktop</li>
1895           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1896             pass validation</li>
1897           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1898             fit on screen</li>
1899           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1900             tooltip</li>
1901           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1902             defined user preset</li>
1903           <li>MSA web services warns user if they were launched
1904             with invalid input</li>
1905           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1906             Java 8</li>
1907           <li>
1908             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1909             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1910             created
1911           </li>
1912
1913         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1914         <ul>
1915         </ul> <em>General</em>
1916         <ul>
1917         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1918         <ul>
1919           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1920             memory allocation</li>
1921           <li>launchApp service doesn't automatically open
1922             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1923           <li>
1924             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1925             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1926             1.7_055 is available
1927           </li>
1928         </ul> <em>Application Known issues</em>
1929         <ul>
1930           <li>
1931             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1932             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1933             alignment to right
1934           </li>
1935           <li>
1936             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1937             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1938             with large number of ID
1939           </li>
1940           <li>
1941             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1942             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1943             start/end
1944           </li>
1945           <li>
1946             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1947             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1948             structure tracks are rearranged
1949           </li>
1950           <li>
1951             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1952             invalid rna structure positional highlighting does not
1953             highlight position of invalid base pairs
1954           </li>
1955           <li>
1956             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1957             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1958             project from alignment window file menu
1959           </li>
1960           <li>
1961             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1962             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1963             structures
1964           </li>
1965           <li>
1966             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1967             colour by RNA Helices not enabled when user created
1968             annotation added to alignment
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1972             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1973           </li>
1974         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1975         <ul>
1976           <li>
1977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1978             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1979           </li>
1980           <li>
1981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1982             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1983           </li>
1984
1985           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1986             when selected</li>
1987         </ul>
1988       </td>
1989     </tr>
1990     <tr>
1991       <td><div align="center">
1992           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1993         </div></td>
1994       <td>
1995         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1996         <em>General</em>
1997         <ul>
1998           <li>Internationalisation of user interface (usually
1999             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2000           <li>Define/Undefine group on current selection with
2001             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2002           <li>Improved group creation/removal options in
2003             alignment/sequence Popup menu</li>
2004           <li>Sensible precision for symbol distribution
2005             percentages shown in logo tooltip.</li>
2006           <li>Annotation panel height set according to amount of
2007             annotation when alignment first opened</li>
2008         </ul> <em>Application</em>
2009         <ul>
2010           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2011             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2012           <li>Select columns containing particular features from
2013             Feature Settings dialog</li>
2014           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2015             sequences</li>
2016           <li>Update Jalview project format:
2017             <ul>
2018               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2019               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2020                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2021               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2022                 colouring</li>
2023             </ul>
2024           </li>
2025           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2026             (PAM250)</li>
2027           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2028             flanking regions for an alignment</li>
2029         </ul>
2030       </td>
2031       <td>
2032         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2033         <ul>
2034           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2035             running after job is cancelled</li>
2036           <li>cannot export features from alignments imported from
2037             Jalview/VAMSAS projects</li>
2038           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2039             float values</li>
2040           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2041             have 'display all symbols' flag set</li>
2042           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2043             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2044           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2045             Jalview</li>
2046           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2047             Lion/Webstart</li>
2048           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2049           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2050           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2051             alignment onto desktop</li>
2052           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2053             'extract scores' function</li>
2054           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2055             alignment window</li>
2056           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2057             performing IUPred disorder prediction</li>
2058           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2059             changing 'normalise logo' display setting</li>
2060           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2061             nothing matches query</li>
2062           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2063             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2064           </li>
2065           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2066             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2067           </li>
2068           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2069             Jalview's menu</li>
2070           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2071             'invalid literal/length code'</li>
2072           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2073             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2074           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2075             colourscheme</li>
2076
2077         </ul> <em>Applet</em>
2078         <ul>
2079           <li>Remove group option is shown even when selection is
2080             not a group</li>
2081           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2082             don't affect groups</li>
2083           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2084             colourscheme name</li>
2085           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2086             Annotation panel is not displayed</li>
2087           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2088             embedded windows</li>
2089         </ul> <em>Other</em>
2090         <ul>
2091           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2092             single sequence were not calculated</li>
2093           <li>annotation files that contain only groups imported as
2094             annotation and junk sequences</li>
2095           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2096             recognised as PFAM or BLC</li>
2097           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2098             doesn't affect background (2.8.0b1)
2099           <li></li>
2100           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2101           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2102             trailing gaps</li>
2103           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2104             registered correctly on import</li>
2105           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2106             certain alignments</li>
2107           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2108             existing annotation based 'use original colours'
2109             colourscheme loses original colours setting</li>
2110         </ul>
2111       </td>
2112     </tr>
2113     <tr>
2114       <td><div align="center">
2115           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2116             <em>30/1/2014</em></strong>
2117         </div></td>
2118       <td>
2119         <ul>
2120           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2121             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2122             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2123             open source project).
2124           </li>
2125           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2126           <li>Output in Stockholm format</li>
2127           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2128           <li>Export/import group and sequence associated line
2129             graph thresholds</li>
2130           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2131             ambiguity codes</li>
2132           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2133             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2134             works</li>
2135           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2136         </ul> <em>Other improvements</em>
2137         <ul>
2138           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2139           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2140             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2141           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2142             files</li>
2143           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2144           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2145             link but no description</li>
2146           <li>Select primary source when selecting authority in
2147             database fetcher GUI</li>
2148           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2149             Jalview</li>
2150           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2151         </ul>
2152       </td>
2153       <td>
2154         <ul>
2155           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2156             displayed</li>
2157           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2158             secondary structure annotation line</li>
2159           <li>Sequence database accessions not imported when
2160             fetching alignments from Rfam</li>
2161           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2162             identical IDs</li>
2163           <li>View all structures does not always superpose
2164             structures</li>
2165           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2166             reflect user or preset settings</li>
2167           <li>Null pointer exceptions for some services without
2168             presets or adjustable parameters</li>
2169           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2170             discover PDB xRefs</li>
2171           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2172             features with DAS</li>
2173           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2174             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2175           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2176             residue follows a gap</li>
2177           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2178             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2179           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2180             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2181           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2182             annotation already exists on alignment</li>
2183           <li>oninit javascript function should be called after
2184             initialisation completes</li>
2185           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2186             alignment window display</li>
2187           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2188           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2189             to annotation file</li>
2190           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2191             groups created</li>
2192           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2193             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2194           <li>Pressing return several times causes Number Format
2195             exceptions in keyboard mode</li>
2196           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2197             correct partitions for input data</li>
2198           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2199           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2200           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2201           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2202             mode</li>
2203           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2204             changes one row&#39;s threshold</li>
2205           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2206             doesn&#39;t open</li>
2207           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2208             quality histograms</li>
2209         </ul>
2210       </td>
2211     </tr>
2212     <tr>
2213       <td><div align="center">
2214           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2215         </div></td>
2216       <td><em>Application</em>
2217         <ul>
2218           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2219             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2220           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2221             preferences</li>
2222           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2223             in Jalview alignment window</li>
2224           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2225             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2226           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2227             RNA and ambiguity codes</li>
2228
2229           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2230           <li>Support fetching and database reference look up
2231             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2232             refs')</li>
2233           <li>Jalview project improvements
2234             <ul>
2235               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2236                 flag for annotation</li>
2237               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2238                 alignment</li>
2239               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2240                 Jalview project</li>
2241
2242             </ul>
2243           </li>
2244           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2245           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2246             running</li>
2247           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2248           <li>visual indication that web service results are still
2249             being retrieved from server</li>
2250           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2251             starts up for first time</li>
2252           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2253             services</li>
2254           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2255             client library</li>
2256           <li>Examples directory and Groovy library included in
2257             InstallAnywhere distribution</li>
2258         </ul> <em>Applet</em>
2259         <ul>
2260           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2261             visualization applet example</li>
2262         </ul> <em>General</em>
2263         <ul>
2264           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2265           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2266             defaults</li>
2267           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2268             calculation</li>
2269           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2270             matrices
2271           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2272             in HTML</li>
2273           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2274             structure contacts</li>
2275           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2276           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2277           <li>Parse sequence associated secondary structure
2278             information in Stockholm files</li>
2279           <li>HTML Export database accessions and annotation
2280             information presented in tooltip for sequences</li>
2281           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2282             style RNA alignment files</li>
2283           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2284             alignment</li>
2285           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2286             shade each sequence according to its associated alignment
2287             annotation</li>
2288           <li>New Jalview Logo</li>
2289         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2290         <ul>
2291           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2292           <li>New Website!</li>
2293         </ul></td>
2294       <td><em>Application</em>
2295         <ul>
2296           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2297             wsdbfetch REST service</li>
2298           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2299           <li>Filetype associations not installed for webstart
2300             launch</li>
2301           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2302             job execution in full once it is complete</li>
2303           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2304             uploaded via ali_file parameter</li>
2305           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2306           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2307           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2308             submitted for prediction</li>
2309           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2310             desktop window</li>
2311           <li>Putting fractional value into integer text box in
2312             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2313           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2314             windows 7</li>
2315           <li>View all structures fails with exception shown in
2316             structure view</li>
2317           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2318             escaped in a platform independent way</li>
2319           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2320             using proxy</li>
2321           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2322             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2323           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2324             failure when java web start temporary file caching is
2325             disabled</li>
2326           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2327             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2328           <li>Errors during processing of command line arguments
2329             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2330           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2331             DAS sources in sequence fetcher</li>
2332           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2333             dialog is shown</li>
2334           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2335           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2336           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2337           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2338             on OSX Mountain Lion</li>
2339           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2340             sequences with alignment annotation are pasted into the
2341             alignment</li>
2342           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2343             when loaded from Jalview project</li>
2344           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2345           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2346             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2347           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2348             associated with all views</li>
2349           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2350             annotation rows to new window</li>
2351         </ul> <em>Applet</em>
2352         <ul>
2353           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2354             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2355           <li>loading features via javascript API automatically
2356             enables feature display</li>
2357           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2358             work</li>
2359         </ul> <em>General</em>
2360         <ul>
2361           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2362           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2363             and then deselected</li>
2364           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2365           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2366             coloured with clustalx</li>
2367           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2368             exceptions and redraw errors</li>
2369           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2370             reconfigured view</li>
2371           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2372             colour</li>
2373           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2374             for lots of labels</li>
2375         </ul>
2376     </tr>
2377     <tr>
2378       <td>
2379         <div align="center">
2380           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2381         </div>
2382       </td>
2383       <td><em>Application</em>
2384         <ul>
2385           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2386           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2387           <li>View/alignment association menu to enable user to
2388             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2389             its colours/correspondences from</li>
2390           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2391           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2392             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2393           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2394           <li>Annotation row column label formatting attributes
2395             stored in project file</li>
2396           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2397             rows preserved in Jalview project file</li>
2398           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2399             saved using Desktop window menu</li>
2400           <li>Visual indication that command line arguments are
2401             still being processed</li>
2402           <li>Groovy script execution from URL</li>
2403           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2404             preferences</li>
2405           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2406             alignment with sequences that have high similarity and
2407             matching IDs</li>
2408           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2409           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2410             structures in same window</li>
2411           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2412           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2413             analysis function in its own submenu</li>
2414         </ul> <em>Applet</em>
2415         <ul>
2416           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2417             groups</li>
2418           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2419           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2420           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2421           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2422           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2423             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2424           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2425           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2426             parameters are treated as such</li>
2427           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2428             <ul>
2429               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2430               <li>Javascript callbacks for
2431                 <ul>
2432                   <li>Applet initialisation</li>
2433                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2434                 </ul>
2435               </li>
2436               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2437                 functions</li>
2438               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2439               <li>javascript structure viewer harness to pass
2440                 messages between Jmol and Jalview when running as
2441                 distinct applets</li>
2442               <li>sortBy method</li>
2443               <li>Set of applet and application examples shipped
2444                 with documentation</li>
2445               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2446                 javascript message exchange</li>
2447             </ul>
2448         </ul> <em>General</em>
2449         <ul>
2450           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2451             multiple alignments</li>
2452           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2453           <li>User configurable link to enable redirects to a
2454             www.Jalview.org mirror</li>
2455           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2456           <li>Configurable newline string when writing alignment
2457             and other flat files</li>
2458           <li>Allow alignment annotation description lines to
2459             contain html tags</li>
2460         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2461         <ul>
2462           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2463             examples</li>
2464           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2465             using a web service before displaying the result in the
2466             Jalview desktop</li>
2467           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2468           <li>Ant target to publish example html files with applet
2469             archive</li>
2470           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2471           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2472         </ul></td>
2473       <td><em>Application</em>
2474         <ul>
2475           <li>User defined colourscheme throws exception when
2476             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2477           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2478             dialog for valid filename/format</li>
2479           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2480           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2481             P37173</li>
2482           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2483             which sequence is to be associated with the file</li>
2484           <li>Find All raises null pointer exception when query
2485             only matches sequence IDs</li>
2486           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2487           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2488             2.4 cannot be loaded</li>
2489           <li>Filetype associations not installed for webstart
2490             launch</li>
2491           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2492             with sequences in different alignments do not get coloured
2493             by their associated sequence</li>
2494           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2495             not preserved when project is loaded</li>
2496           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2497             stored in Jalview project</li>
2498           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2499             Jalview project</li>
2500           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2501           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2502             by conservation</li>
2503           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2504             created on new view</li>
2505           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2506             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2507           <li>Alignment quality not updated after alignment
2508             annotation row is hidden then shown</li>
2509           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2510             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2511           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2512             properly</li>
2513           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2514             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2515           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2516           <li>Structures imported from file and saved in project
2517             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2518           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2519             job execution in full once it is complete</li>
2520         </ul> <em>Applet</em>
2521         <ul>
2522           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2523             annotation rows are displayed</li>
2524           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2525             codebase</li>
2526           <li>View follows highlighting does not work for positions
2527             in sequences</li>
2528           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2529           <li>Export features raises exception when no features
2530             exist</li>
2531           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2532             for javascript api is modified when separator string
2533             provided as parameter</li>
2534           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2535             alignment with no existing selection</li>
2536           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2537             to applet&#39;s codebase</li>
2538           <li>Status bar not updated after finished searching and
2539             search wraps around to first result</li>
2540           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2541             several Jalview applets causes race conditions and memory
2542             leaks</li>
2543           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2544             not sent from Jmol in applet</li>
2545           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2546             applet API fatally hang browser</li>
2547         </ul> <em>General</em>
2548         <ul>
2549           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2550             position with wrapped view and hidden regions</li>
2551           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2552             with/without hidden columns</li>
2553           <li>Sequence length given in alignment properties window
2554             is off by 1</li>
2555           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2556             import PDB like structure files</li>
2557           <li>Positional search results are only highlighted
2558             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2559           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2560           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2561             given sequence position</li>
2562           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2563             output</li>
2564           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2565             from nucleotide chains correctly</li>
2566           <li>Structure colours not updated when tree partition
2567             changed in alignment</li>
2568           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2569             parsed in interleaved stockholm</li>
2570           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2571             state</li>
2572           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2573             properly</li>
2574           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2575             properly associated with their pdb files</li>
2576         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2577         <ul>
2578           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2579             ApplyCopyright tool</li>
2580         </ul></td>
2581     </tr>
2582     <tr>
2583       <td>
2584         <div align="center">
2585           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2586         </div>
2587       </td>
2588       <td><em>Application</em>
2589         <ul>
2590           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2591             contact web services</li>
2592           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2593             service job window</li>
2594           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2595         </ul></td>
2596       <td>
2597         <ul>
2598           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2599             pir file emitted by Jalview</li>
2600           <li>Existing feature settings transferred to new
2601             alignment view created from cut'n'paste</li>
2602           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2603             parsing PDB files</li>
2604           <li>Consensus and conservation annotation rows
2605             occasionally become blank for all new windows</li>
2606           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2607             in wrapped view mode</li>
2608         </ul> <em>Application</em>
2609         <ul>
2610           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2611             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2612           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2613             parameter names</li>
2614           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2615             is down</li>
2616         </ul>
2617       </td>
2618     </tr>
2619     <tr>
2620       <td>
2621         <div align="center">
2622           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2623         </div>
2624       </td>
2625       <td><em>Application</em>
2626         <ul>
2627           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2628             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2629             (JABAWS)
2630           </li>
2631           <li>Web Services preference tab</li>
2632           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2633             preferences</li>
2634           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2635           <li>Superpose structures using associated sequence
2636             alignment</li>
2637           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2638             viewer</li>
2639         </ul> <em>Applet</em>
2640         <ul>
2641           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2642             link out mechanism</li>
2643         </ul> <em>Other</em>
2644         <ul>
2645           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2646             series 12</li>
2647           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2648             require Java 1.5</li>
2649           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2650             sequence annotation files</li>
2651           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2652             type colour specification</li>
2653           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2654             script to check if it being run in an interactive session or
2655             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2656         </ul></td>
2657       <td>
2658         <ul>
2659           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2660             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2661         </ul> <em>Application</em>
2662         <ul>
2663           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2664             selected Regions menu item</li>
2665           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2666             part of a valid accession ID</li>
2667           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2668             runs out of memory</li>
2669           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2670             analysis results</li>
2671           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2672             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2673           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2674         </ul> <em>Applet</em>
2675         <ul>
2676           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2677             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2678             defined.</li>
2679         </ul>
2680       </td>
2681     </tr>
2682     <tr>
2683       <td>
2684         <div align="center">
2685           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2686         </div>
2687       </td>
2688       <td></td>
2689       <td>
2690         <ul>
2691           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2692             sequence IDs</li>
2693           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2694             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2695           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2696             import correctly</li>
2697           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2698             number of columns are hidden</li>
2699           <li>annotation label popup menu not providing correct
2700             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2701             present</li>
2702           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2703             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2704           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2705             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2706
2707         </ul> <em>Applet</em>
2708         <ul>
2709           <li>annotation panel disappears when annotation is
2710             hidden/removed</li>
2711         </ul> <em>Application</em>
2712         <ul>
2713           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2714             alignment opened where annotation panel is visible but no
2715             annotations are present on alignment</li>
2716           <li>pasted region containing hidden columns is
2717             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2718           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2719             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2720           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2721             selected Rregions menu item.</li>
2722           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2723             'Un' or 'Non'conserved</li>
2724           <li>Sequence feature settings are being shared by
2725             multiple distinct alignments</li>
2726           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2727             changed</li>
2728           <li>double click on group annotation to select sequences
2729             does not propagate to associated trees</li>
2730           <li>Mac OSX specific issues:
2731             <ul>
2732               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2733                 window background</li>
2734               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2735                 name set correctly</li>
2736               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2737                 save feature colourscheme button</li>
2738             </ul>
2739           </li>
2740         </ul>
2741       </td>
2742     </tr>
2743     <tr>
2744
2745       <td>
2746         <div align="center">
2747           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2748         </div>
2749       </td>
2750       <td><em>New Capabilities</em>
2751         <ul>
2752           <li>URL links generated from description line for
2753             regular-expression based URL links (applet and application)
2754
2755           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2756             menu</li>
2757           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2758             structures</li>
2759           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2760             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2761           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2762             average score or total feature count for each sequence.</li>
2763           <li>Shading features by score or associated description</li>
2764           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2765             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2766           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2767             hide everything but the currently selected region.</li>
2768           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2769         </ul> <em>Application</em>
2770         <ul>
2771           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2772             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2773           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2774             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2775           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2776             database references and protein_name is parsed as
2777             description line (BioSapiens terms).</li>
2778           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2779             references in sequence ID tooltip from View menu in
2780             application.</li>
2781           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2782       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2783           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2784             conservation plots</li>
2785           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2786             and visualized as sequence logos</li>
2787           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2788             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2789           </li>
2790           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2791             when a new tree is opened.</li>
2792           <li>Jalview Java Console</li>
2793           <li>Better placement of desktop window when moving
2794             between different screens.</li>
2795           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2796             consensus annotation</li>
2797           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2798             Workflows</li>
2799           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2800             <ul>
2801               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2802                 used to preserve views, structures, and tree display
2803                 settings)</li>
2804               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2805                 command line</li>
2806               <li>Sharing of selected regions between views and
2807                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2808               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2809             </ul></li>
2810         </ul> <em>Applet</em>
2811         <ul>
2812           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2813           <li>New Parameters
2814             <ul>
2815               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2816                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2817                 opened.</li>
2818               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2819                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2820               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2821                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2822               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2823                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2824                 view</li>
2825               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2826                 increase the height or width of a cell in the alignment
2827                 grid relative to the current font size.</li>
2828             </ul>
2829           </li>
2830           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2831             tooltip</li>
2832         </ul> <em>Other</em>
2833         <ul>
2834           <li>Features format: graduated colour definitions and
2835             specification of feature scores</li>
2836           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2837             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2838             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2839           <li>XML formats extended to support graduated feature
2840             colourschemes, group associated annotation, and profile
2841             visualization settings.</li></td>
2842       <td>
2843         <ul>
2844           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2845             rather than description</li>
2846           <li>Non-positional features are now included in sequence
2847             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2848             visibility in tooltip).</li>
2849           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2850           <li>Added URL embedding instructions to features file
2851             documentation.</li>
2852           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2853             'X' in peptide product</li>
2854           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2855             sequence ID and sequence string and query strings do not
2856             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2857           <li>AMSA files only contain first column of
2858             multi-character column annotation labels</li>
2859           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2860             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2861             exported and re-imported)</li>
2862           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2863             name</li>
2864           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2865             as subsequence matches, and correctly reports total number
2866             of both.</li>
2867           <li>Application:
2868             <ul>
2869               <li>Better handling of exceptions during sequence
2870                 retrieval</li>
2871               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2872                 link text excludes the start_end suffix</li>
2873               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2874                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2875               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2876               <li>Sequence description lines properly shared via
2877                 VAMSAS</li>
2878               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2879                 data sources</li>
2880               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2881                 completes before alignment figures are generated.</li>
2882               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2883                 first time.</li>
2884               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2885                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2886               <li>User defined group colours properly recovered
2887                 from Jalview projects.</li>
2888             </ul>
2889           </li>
2890         </ul>
2891       </td>
2892
2893     </tr>
2894     <tr>
2895       <td>
2896         <div align="center">
2897           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2898         </div>
2899       </td>
2900       <td>
2901         <ul>
2902           <li>Experimental support for google analytics usage
2903             tracking.</li>
2904           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2905         </ul>
2906       </td>
2907       <td>
2908         <ul>
2909           <li>Race condition in applet preventing startup in
2910             jre1.6.0u12+.</li>
2911           <li>Exception when feature created from selection beyond
2912             length of sequence.</li>
2913           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2914           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2915             all sequences with a given id</li>
2916           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2917             ID string searches</li>
2918           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2919             alignment to fail with exception</li>
2920         </ul> <em>Application Issues</em>
2921         <ul>
2922           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2923           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2924             data sources</li>
2925         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2926         <ul>
2927           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2928             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2929           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2930             version (java class versioning error fixed)</li>
2931         </ul>
2932       </td>
2933     </tr>
2934     <tr>
2935       <td>
2936
2937         <div align="center">
2938           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2939         </div>
2940       </td>
2941       <td><em>User Interface</em>
2942         <ul>
2943           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2944             translation and protein products</li>
2945           <li>Linked highlighting of structure associated with
2946             residue mapping to codon position</li>
2947           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2948             and 'clear' button</li>
2949           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2950             Tools menu</li>
2951           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2952             numeric data in description line</li>
2953           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2954           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2955             of sequence</li>
2956         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2957         <ul>
2958           <li>JPred3 web service</li>
2959           <li>Prototype sequence search client (no public services
2960             available yet)</li>
2961           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2962             PFAM</li>
2963           <li>URL Links created for matching database cross
2964             references as well as sequence ID</li>
2965           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2966         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2967         <ul>
2968           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2969             databases</li>
2970           <li>Generalised database reference retrieval and
2971             validation to all fetchable databases</li>
2972           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2973             sequence command</li>
2974         </ul> <em>Import and Export</em>
2975         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2976         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2977           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2978         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2979           File</li>
2980         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2981           triplet as name of colourscheme</li>
2982         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2983         <ul>
2984           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2985           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2986             alignments (experimental)</li>
2987           <li>Create new or select existing session to join</li>
2988           <li>load and save of vamsas documents</li>
2989         </ul> <em>Application command line</em>
2990         <ul>
2991           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2992             from applet)</li>
2993           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2994             of DAS servers to query for alignment features</li>
2995           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2996             that are also automatically queried for features</li>
2997           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2998             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2999         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3000         <ul>
3001           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3002             application (when using &quot;View in full
3003             application&quot;)</li>
3004         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3005         <ul>
3006           <li>feature group display control parameter</li>
3007           <li>debug parameter</li>
3008           <li>showbutton parameter</li>
3009         </ul> <em>Applet API methods</em>
3010         <ul>
3011           <li>newView public method</li>
3012           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3013           <li>Feature display control methods</li>
3014           <li>get list of currently selected sequences</li>
3015         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3016         <ul>
3017           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3018           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3019             Jalview release.</li>
3020           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3021             property controls execution of obfuscator</li>
3022           <li>Build target for generating source distribution</li>
3023           <li>Debug flag for javacc</li>
3024           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3025             jalview.bin.Cache</li>
3026           <li>Continuous Build Integration for stable and
3027             development version of Application, Applet and source
3028             distribution</li>
3029         </ul></td>
3030       <td>
3031         <ul>
3032           <li>selected region output includes visible annotations
3033             (for certain formats)</li>
3034           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3035             for editing</li>
3036           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3037           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3038           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3039           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3040             comments</li>
3041           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3042             filenames containing a ':'</li>
3043           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3044             global sequence features</li>
3045           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3046             references from alignment sequences goes to zero</li>
3047           <li>Close of tree branch colour box without colour
3048             selection causes cascading exceptions</li>
3049           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3050           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3051             file parsing fails.</li>
3052           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3053           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3054             not a valid output format</li>
3055           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3056             vamsas</li>
3057           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3058           <li>error messages passed up and output when data read
3059             fails</li>
3060           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3061             sequence is edited</li>
3062           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3063             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3064           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3065             filetype</li>
3066           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3067             import fixed for PFAM records</li>
3068           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3069             window list</li>
3070           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3071             can be read and written correctly to annotation file</li>
3072           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3073             correctly</li>
3074           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3075             non-italic font for representatives in Applet</li>
3076           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3077             Macs.</li>
3078           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3079             Applet)</li>
3080           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3081             due to null pointer exceptions</li>
3082           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3083             first column of alignment</li>
3084           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3085             July 2008</li>
3086           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3087             file is case-insensitive</li>
3088           <li>Sequence features read from Features file appended to
3089             all sequences with matching IDs</li>
3090           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3091             containing a sub-sequence</li>
3092           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3093           <li>feature and annotation file applet parameters
3094             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3095           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3096           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3097             splash-screen version check to complete</li>
3098           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3099             when passing them to the launchApp service</li>
3100           <li>display name and local features preserved in results
3101             retrieved from web service</li>
3102           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3103             sequence fetcher initialisation</li>
3104           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3105             dasobert DAS client</li>
3106           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3107             association</li>
3108           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3109             sequences
3110           </li>
3111         </ul>
3112       </td>
3113     </tr>
3114     <tr>
3115       <td>
3116         <div align="center">
3117           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3118         </div>
3119       </td>
3120       <td>
3121         <ul>
3122           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3123           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3124           <li>Slide sequences</li>
3125           <li>Edit sequence in place</li>
3126           <li>EMBL CDS features</li>
3127           <li>DAS Feature mapping</li>
3128           <li>Feature ordering</li>
3129           <li>Alignment Properties</li>
3130           <li>Annotation Scores</li>
3131           <li>Sort by scores</li>
3132           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3133         </ul>
3134       </td>
3135       <td>
3136         <ul>
3137           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3138           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3139           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3140           <li>Feature group display state in XML</li>
3141           <li>Feature ordering in XML</li>
3142           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3143           <li>Stockholm alignment properties</li>
3144           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3145           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3146           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3147           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3148         </ul>
3149       </td>
3150
3151     </tr>
3152     <tr>
3153       <td>
3154         <div align="center">
3155           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3156         </div>
3157       </td>
3158       <td>
3159         <ul>
3160           <li>Non standard characters can be read and displayed
3161           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3162             applet via textbox
3163           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3164             name &amp; description
3165           <li>Preference setting to display sequence name in
3166             italics
3167           <li>Annotation file format extended to allow
3168             Sequence_groups to be defined
3169           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3170             specified in preferences
3171           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3172             sequences
3173         </ul>
3174       </td>
3175       <td>
3176         <ul>
3177           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3178             installed
3179           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3180           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3181         </ul>
3182       </td>
3183     </tr>
3184     <tr>
3185       <td>
3186         <div align="center">
3187           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3188         </div>
3189       </td>
3190       <td>
3191         <ul>
3192           <li>Multiple views on alignment
3193           <li>Sequence feature editing
3194           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3195           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3196           <li>Background dependent text colour
3197           <li>Right align sequence ids
3198           <li>User-defined lower case residue colours
3199           <li>Format Menu
3200           <li>Select Menu
3201           <li>Menu item accelerator keys
3202           <li>Control-V pastes to current alignment
3203           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3204           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3205           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3206
3207           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3208         </ul>
3209       </td>
3210       <td>
3211         <ul>
3212           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3213           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3214             calculations
3215           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3216             edits
3217           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3218             of alignment)
3219           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3220
3221           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3222             display correctly
3223           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3224           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3225             analysis results
3226           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3227             &#8739;
3228           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3229           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3230           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3231
3232         </ul>
3233       </td>
3234     </tr>
3235     <tr>
3236       <td>
3237         <div align="center">
3238           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3239         </div>
3240       </td>
3241       <td>
3242         <ul>
3243           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3244         </ul>
3245       </td>
3246       <td>
3247         <ul>
3248           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3249             sequence id panel has been resized</li>
3250           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3251             rendered</li>
3252           <li>Annotation files with sequence references - all
3253             elements in file are relative to sequence position</li>
3254           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3255         </ul>
3256       </td>
3257     </tr>
3258     <tr>
3259       <td>
3260         <div align="center">
3261           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3262         </div>
3263       </td>
3264       <td>
3265         <ul>
3266           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3267           <li>DAS Feature fetching</li>
3268           <li>Hide sequences and columns</li>
3269           <li>Export Annotations and Features</li>
3270           <li>GFF file reading / writing</li>
3271           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3272             files</li>
3273           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3274           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3275           <li>Applet can launch the full application</li>
3276           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3277             required)</li>
3278           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3279           <li>Applet can load sequences from parameter
3280             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3281           </li>
3282         </ul>
3283       </td>
3284       <td>
3285         <ul>
3286           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3287           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3288           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3289         </ul>
3290       </td>
3291     </tr>
3292     <tr>
3293       <td>
3294         <div align="center">
3295           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3296         </div>
3297       </td>
3298       <td>
3299         <ul>
3300           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3301           <li>Choose to match case when searching</li>
3302           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3303             expand the visible width and height of the alignment</li>
3304         </ul>
3305       </td>
3306       <td>
3307         <ul>
3308           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3309         </ul>
3310       </td>
3311     </tr>
3312     <tr>
3313       <td>
3314         <div align="center">
3315           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3316         </div>
3317       </td>
3318       <td>&nbsp;</td>
3319       <td>
3320         <ul>
3321           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3322           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3323             value</li>
3324         </ul>
3325       </td>
3326     </tr>
3327     <tr>
3328       <td>
3329         <div align="center">
3330           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3331         </div>
3332       </td>
3333       <td>
3334         <ul>
3335           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3336           <li>Keyboard editing</li>
3337           <li>Create sequence features from searches</li>
3338           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3339             alignments</li>
3340           <li>Features file allows grouping of features</li>
3341           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3342           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3343           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3344         </ul>
3345       </td>
3346       <td>
3347         <ul>
3348           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3349           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3350             descriptions saved.</li>
3351         </ul>
3352       </td>
3353     </tr>
3354     <tr>
3355       <td>
3356         <div align="center">
3357           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3358         </div>
3359       </td>
3360       <td>
3361         <ul>
3362           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3363           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3364           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3365             name for file output</li>
3366           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3367           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3368             used for HTML form input</li>
3369         </ul>
3370       </td>
3371       <td>
3372         <ul>
3373           <li>HTML output writes groups and features</li>
3374           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3375           <li>File IO bugs</li>
3376         </ul>
3377       </td>
3378     </tr>
3379     <tr>
3380       <td>
3381         <div align="center">
3382           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3383         </div>
3384       </td>
3385       <td>
3386         <ul>
3387           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3388           <li>More options for PCA viewer</li>
3389         </ul>
3390       </td>
3391       <td>
3392         <ul>
3393           <li>GUI bugs resolved</li>
3394           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3395         </ul>
3396       </td>
3397     </tr>
3398     <tr>
3399       <td height="63">
3400         <div align="center">
3401           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3402         </div>
3403       </td>
3404       <td>
3405         <ul>
3406           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3407           <li>Jar files are executable</li>
3408           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3409         </ul>
3410       </td>
3411       <td>
3412         <ul>
3413           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3414           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3415           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3416         </ul>
3417       </td>
3418     </tr>
3419     <tr>
3420       <td>
3421         <div align="center">
3422           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3423         </div>
3424       </td>
3425       <td>
3426         <ul>
3427           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3428         </ul>
3429       </td>
3430       <td>
3431         <ul>
3432           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3433         </ul>
3434       </td>
3435     </tr>
3436     <tr>
3437       <td>
3438         <div align="center">
3439           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3440         </div>
3441       </td>
3442       <td>
3443         <ul>
3444           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3445             size</li>
3446         </ul>
3447       </td>
3448       <td>
3449         <ul>
3450           <li>Improved JPred client reliability</li>
3451           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454     </tr>
3455     <tr>
3456       <td>
3457         <div align="center">
3458           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3459         </div>
3460       </td>
3461       <td>
3462         <ul>
3463           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3464           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3465           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3466             to Colour Menu</li>
3467           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3468           <li>Unix users can set default web browser</li>
3469           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3470           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3471         </ul>
3472       </td>
3473       <td>
3474         <ul>
3475           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3476         </ul>
3477       </td>
3478     </tr>
3479     <tr>
3480       <td>
3481         <div align="center">
3482           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3483         </div>
3484       </td>
3485       <td>&nbsp;</td>
3486       <td>
3487         <ul>
3488           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3489             alignment order.</li>
3490         </ul>
3491       </td>
3492     </tr>
3493     <tr>
3494       <td>
3495         <div align="center">
3496           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3497         </div>
3498       </td>
3499       <td>
3500         <ul>
3501           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3502           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3503           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3504             annotations.</li>
3505           <li>Version and build date written to build properties
3506             file.</li>
3507           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3508             at launch of Jalview.</li>
3509         </ul>
3510       </td>
3511       <td>
3512         <ul>
3513           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3514           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3515           <li>Can remove groups one by one.</li>
3516           <li>Filechooser icons installed.</li>
3517           <li>Finder ignores return character when searching.
3518             Return key will initiate a search.<br>
3519           </li>
3520         </ul>
3521       </td>
3522     </tr>
3523     <tr>
3524       <td>
3525         <div align="center">
3526           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3527         </div>
3528       </td>
3529       <td>
3530         <ul>
3531           <li>New codebase</li>
3532         </ul>
3533       </td>
3534       <td>&nbsp;</td>
3535     </tr>
3536   </table>
3537   <p>&nbsp;</p>
3538 </body>
3539 </html>