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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>1/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->Structure Chooser controls to
  81               control superposition of multiple structures and open
  82               structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 108               overlapping alignment panel
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 112               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 116               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 120               columns in annotation row
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 124               honored in interactive and batch mode
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 128               for structures added to existing Jmol view
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 132               entries after importing project with multiple views
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 136               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 137               with negative residue numbers or missing residues fails
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 141               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 142               as generated by CONSURF)
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 146               very slow for alignments with large numbers of sequences
 147             </li>
 148             <li><em>New Defects</em>
 149             <ul>
 150                 <li>
 151                   <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 152                   structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 153                   Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 154                   2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 155                 </li>
 156               </ul>
 157           </ul>
 158           <em>Applet</em>
 159           <ul>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 162               should copy the group consensus when popup is opened on it
 163             </li>
 164
 165           </ul>
 166
 167         </div></td>
 168     </tr>
 169     <tr>
 170       <td width="60" nowrap>
 171         <div align="center">
 172           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 173         </div>
 174       </td>
 175       <td><div align="left">
 176           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 177               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 178       <td><div align="left">
 179           <em>Desktop</em><ul>
 180           <ul>
 181             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 182             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 183             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 184             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 185             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 186             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 187             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 188           </ul>
 189           </div>
 190       </td>
 191     </tr>
 192     <tr>
 193       <td width="60" nowrap>
 194         <div align="center">
 195           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 196         </div>
 197       </td>
 198       <td><div align="left">
 199           <em></em>
 200           <ul>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 203               rendering of sequence features
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 207               429 rate limit request hander
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 211               their colours have changed
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 215               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 219               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 223               view from Ensembl locus cross-references
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 227               Alignment report
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 231               feature can be disabled
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 235               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 239               Uniprot
 240             </li>
 241           </ul>
 242           <em>Scripting</em>
 243           <ul>
 244             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 245             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 246               percent identity scores for current alignment.</li>
 247           </ul>
 248           <em>Testing and Deployment</em>
 249           <ul>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 252             </li>
 253           </ul>
 254         </div></td>
 255       <td><div align="left">
 256           <em>General</em>
 257           <ul>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 260               threshold text field doesn't trigger an update to the
 261               alignment view
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 265               strings in parallel
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 269               alignment window is closed
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 273               group visibility
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 277               takes a long time in Cursor mode
 278             </li>
 279           </ul>
 280           <em>Desktop</em>
 281           <ul>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 284               cannot be viewed in Chimera
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 288               CDS/Protein view
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 292               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 293               Search Dialogs
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 303               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 307               scrolling right in unwapped alignment view
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 311               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 312               database
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 316               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 320               features of same type and group to be selected for
 321               amending
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 325               alignments when hidden columns are present
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 329               displaying several structures
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 333               moving a window
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 337               within the Jalview desktop on OSX
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 341               when in wrapped alignment mode
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 345               hand end of alignment
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 349               each selected sequence do not have correct start/end
 350               positions
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 354               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 358               restoring project until a new view is created
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 362               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 363               configured (since 2.10.2b2)
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 367               position is adjusted
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 371               in a multi-chain structure when viewing alignment
 372               involving more than one chain (since 2.10)
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 376               if new selection moves alignment window
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 380               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 384               that produces correctly annotated transcripts and products
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 388               doesn't update associated structure view
 389             </li>
 390           </ul>
 391           <em>Applet</em><br />
 392           <ul>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 395               closing alignment panel
 396             </li>
 397           </ul>
 398           <em>BioJSON</em><br />
 399           <ul>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 402               non-positional features
 403             </li>
 404           </ul>
 405           <em>New Known Issues</em>
 406           <ul>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 409               sequence features correctly (for many previous versions of
 410               Jalview)
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 414               using cursor in wrapped panel other than top
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 418               graduated colour threshold
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 422               always preserve numbering and sequence features
 423             </li>
 424           </ul>
 425           <em>Known Java 9 Issues</em>
 426           <ul>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 429               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 430               9.01, OSX 10.10)
 431             </li>
 432           </ul>
 433         </div></td>
 434     </tr>
 435     <tr>
 436       <td width="60" nowrap>
 437         <div align="center">
 438           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 439             <em>2/10/2017</em></strong>
 440         </div>
 441       </td>
 442       <td><div align="left">
 443           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 444           <ul>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 447             </li>
 448             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 449             </li>
 450           </ul>
 451         </div></td>
 452       <td><div align="left">
 453         </div></td>
 454     </tr>
 455     <tr>
 456       <td width="60" nowrap>
 457         <div align="center">
 458           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 459             <em>7/9/2017</em></strong>
 460         </div>
 461       </td>
 462       <td><div align="left">
 463           <em></em>
 464           <ul>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 467               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 468               white)
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 472               Preferences
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 476               in size and progress bar shown as higher resolution
 477               overview is recalculated
 478             </li>
 479
 480           </ul>
 481         </div></td>
 482       <td><div align="left">
 483           <em></em>
 484           <ul>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 487               column region row by row
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 491               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 495               format setting is unticked
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 499               if group has show boxes format setting unticked
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 503               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 504               include sequences and columns not currently displayed
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 508               assemblies are imported via CIF file
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 512               displayed when threshold or conservation colouring is also
 513               enabled.
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 517               server version
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 521               dragging a selected region off the visible region of the
 522               alignment
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 526               colourscheme to all groups in a view
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 530               initially after font size change using the Font chooser or
 531               middle-mouse zoom
 532             </li>
 533           </ul>
 534         </div></td>
 535     </tr>
 536     <tr>
 537       <td width="60" nowrap>
 538         <div align="center">
 539           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 540         </div>
 541       </td>
 542       <td><div align="left">
 543           <em>Calculations</em>
 544           <ul>
 545
 546             <li>
 547               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 548               ungapped positions in each column of the alignment.
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 552               a calculation dialog box
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 556               and memory efficiency (~30x faster)
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 560               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 561               and other calculations
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 565               files within the Jalview codebase
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 569               Similarity may have different topology due to increased
 570               precision
 571             </li>
 572           </ul>
 573           <em>Rendering</em>
 574           <ul>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 577               model for alignments and groups
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 581               scripts
 582             </li>
 583           </ul>
 584           <em>Overview</em>
 585           <ul>
 586             <li>
 587               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 588               with alignment and overview windows
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 592               overview
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 596               omitted in Overview
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 600               adjustment of visible position
 601             </li>
 602           </ul>
 603
 604           <em>Data import/export</em>
 605           <ul>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 608               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 612               annotation input/output via stockholm flatfile
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 616               extension when importing structure files without embedded
 617               names or PDB accessions
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 621               format sequence substitution matrices
 622             </li>
 623           </ul>
 624           <em>User Interface</em>
 625           <ul>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 628               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 629               the application.
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 633               via Overview or sequence motif search operations
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 637               opened by double clicking gaps within sequence feature
 638               extent
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 642               aligned positions were available to create a 3D structure
 643               superposition.
 644             </li>
 645           </ul>
 646           <em>3D Structure</em>
 647           <ul>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 650               coloured in linked structure views
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 654               file-based command exchange
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 658               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 659               structures are already available for sequences
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 663               the Jalview project rather than downloaded again when the
 664               project is reopened.
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 668               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 669               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 670                 Feature</strong>)
 671             </li>
 672           </ul>
 673           <em>Web Services</em>
 674           <ul>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 680               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 681               Analysis services
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 685               cross-references provided by identifiers.org and the
 686               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 687             </li>
 688           </ul>
 689
 690           <em>Scripting</em>
 691           <ul>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 694               identifying file formats (instead of String constants)
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 698               efficiency when counting all displayed features (not
 699               backwards compatible with 2.10.1)
 700             </li>
 701           </ul>
 702           <em>Example files</em>
 703           <ul>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 706               included in the example feature file
 707             </li>
 708           </ul>
 709           <em>Documentation</em>
 710           <ul>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 713               with the built-in Java help viewer
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 717               sequence description' option
 718             </li>
 719           </ul>
 720           <em>Test Suite</em>
 721           <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 724               Uniprot REST Free Text Search Client
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 731               during tests
 732             </li>
 733           </ul>
 734         </div></td>
 735       <td><div align="left">
 736           <em>Calculations</em>
 737           <ul>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 740               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 741               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 742             </li>
 743             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 744               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 745               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 746               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 747               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 748               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 749               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 750               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 751               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 752               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 753               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 754               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 755               // for 2.10.1 mode <br />
 756               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 757               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 758                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 759                 calculations (not recommended)</em></li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 762               scaling of branch lengths for trees computed using
 763               Sequence Feature Similarity.
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 767               generating output report when working with highly
 768               redundant alignments
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 772               right of selected region when gaps present on right-hand
 773               boundary
 774             </li>
 775           </ul>
 776           <em>User Interface</em>
 777           <ul>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 780               doesn't reselect a specific sequence's associated
 781               annotation after it was used for colouring a view
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 785               opened on a region of alignment without groups
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 789               of an alignment with overlapping groups
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 793               name and description match
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 797               hidden regions results in incorrect hidden regions
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 801               changing colour does not apply Conservation slider value
 802               to all groups
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 806               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 810               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 814               gaps before start of features
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 818               restored to UI when feature colour is edited
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 822               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 826               as graduate feature colour settings are modified via the
 827               dialog box
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 831               when a group defined on the alignment is resized
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 835               wrapped view result in positional status updates
 836             </li>
 837
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 840               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 844               alignment included gapped columns
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 848               widgets don't permanently disappear
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 852               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 853               T-Coffee column reliability scores)
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 857               sequence feature on gaps only
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 861               button from a Find inherit previously defined feature type
 862               rather than the Find query string
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 866               exporting tree calculated in Jalview
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 870               and then revealing them reorders sequences on the
 871               alignment
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 875               doesn't update to reflect available set of groups after
 876               interactively adding or modifying features
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 880               Linux
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 884               only excluded gaps in current sequence and ignored
 885               selection.
 886             </li>
 887           </ul>
 888           <em>Rendering</em>
 889           <ul>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 892               erratically when hidden rows or columns are present
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 896               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 897               sequence colouring
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 901               colour and group colour menu for protein alignments
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 905               reflect currently selected view or group's shading
 906               thresholds
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 910               when rendered on overview and structures when opacity at
 911               100%
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 915               overview when features overlaid on alignment
 916             </li>
 917           </ul>
 918           <em>Data import/export</em>
 919           <ul>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 922               load
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 926               added after a sequence was imported are not written to
 927               Stockholm File
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 931               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 935               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 939               with lightGray or darkGray via features file (but can
 940               specify lightgray)
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 944               when alignment view imported from project
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 948               structure and sequences extracted from structure files
 949               imported via URL and viewed in Jmol
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 953               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 954               the project is loaded and the structure viewed
 955             </li>
 956           </ul>
 957           <em>Web Services</em>
 958           <ul>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 961               release of Ensembl v.88
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 965               appear enabled in Preferences->Connections
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 969               removed from console output
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 973               Ensembl by Peptide ID
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 977               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 978               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 979               due to 'null' string rather than empty string used for
 980               residues with no corresponding PDB mapping).
 981             </li>
 982           </ul>
 983           <em>Application UI</em>
 984           <ul>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 987               menu
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 991               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 992               new documentation and tooltips added)
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 996               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1000               new features are added to alignment
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1004               changes to feature colours via the Amend features dialog
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1008               edit graduated feature colour via amend features dialog
1009               box
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1013               selection menu changes colours of alignment views
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1017               from alignment calculation workers after alignment has
1018               been closed
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1022               groups now 'Create Group'
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1026               Create/Undefine group doesn't always work
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1030               shown again after pressing 'Cancel'
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1034               adjusts start position in wrap mode
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1038               ambiguous amino acids
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1042               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1043               proteins
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1047               Defined' don't appear in Colours menu
1048             </li>
1049           </ul>
1050           <em>Applet</em>
1051           <ul>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1054               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1058               overview or linked structure view
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1062               work (since 2.8)
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1066               user-defined colourscheme doesn't restore original
1067               colourscheme
1068             </li>
1069           </ul>
1070           <em>Test Suite</em>
1071           <ul>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1074               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1078               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1079               problems with deep array comparison equality asserts in
1080               successive versions of TestNG
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1084               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1085             </li>
1086           </ul>
1087           <em>New Known Issues</em>
1088           <ul>
1089             <li>
1090               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1091               phase after a sequence motif find operation
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1095               containing just upper and lower case letters are
1096               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1100               reliably from eggnog Ortholog database
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1104               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1105               to mark columns containing highlighted regions.
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1109               doesn't always add secondary structure annotation.
1110             </li>
1111           </ul>
1112         </div>
1113     <tr>
1114       <td width="60" nowrap>
1115         <div align="center">
1116           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1117         </div>
1118       </td>
1119       <td><div align="left">
1120           <em>General</em>
1121           <ul>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1124               for all consensus calculations
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1128               3rd Oct 2016)
1129             </li>
1130             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1131               for 2016-2017</li>
1132           </ul>
1133           <em>Application</em>
1134           <ul>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1137               set of database cross-references, sorted alphabetically
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1141               from database cross references. Users with custom links
1142               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1143                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1147               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1148               Chimera session
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1152               the Chimera it is connected to is shut down
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1156               columns menu item to mark columns containing highlighted
1157               regions (e.g. from structure selections or results of a
1158               Find operation)
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1162               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1163               MSAviewer
1164             </li>
1165           </ul>
1166         </div></td>
1167       <td>
1168         <div align="left">
1169           <em>General</em>
1170           <ul>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1173               are not coloured or thresholded according to percent
1174               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1178               hydrophobic
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1182               threshold, amino acid properties)
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1186               reported as mapped to residues in a structure file in the
1187               View Mapping report
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1191               could be added multiple times to a sequence
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1195               bond features shown as two highlighted residues rather
1196               than a range in linked structure views, and treated
1197               correctly when selecting and computing trees from features
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1201               cross-references are matched to database name regardless
1202               of case
1203             </li>
1204
1205           </ul>
1206           <em>Application</em>
1207           <ul>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1210               names without regular expressions also offer links from
1211               Sequence ID
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1215               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1216               update Jalview configuration
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1220               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1224               files with similarly named sequences if dropped onto the
1225               alignment
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1229               entries where more chains exist in the PDB accession than
1230               are reported in the SIFTS file
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1234               the structure view when displayed with Chimera
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1238               panel's View->Show Chains submenu
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1242               work for wrapped alignment views
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1246               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1250               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1251               first annotation row
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1255               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1259               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1260             </li>
1261             <!-- JAL-2319 -->
1262             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1263             coordindate data
1264             </li>
1265           </ul>
1266           <!--           <em>New Known Issues</em>
1267           <ul>
1268             <li></li>
1269           </ul> -->
1270         </div>
1271       </td>
1272     </tr>
1273     <td width="60" nowrap>
1274       <div align="center">
1275         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1276           <em>25/10/2016</em></strong>
1277       </div>
1278     </td>
1279     <td><em>Application</em>
1280       <ul>
1281         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1282           view if structures already loaded</li>
1283         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1284           structure views</li>
1285       </ul></td>
1286     <td>
1287       <div align="left">
1288         <em>General</em>
1289         <ul>
1290           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1291             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1292           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1293             example sequences/projects/trees</li>
1294         </ul>
1295         <em>Application</em>
1296         <ul>
1297           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1298             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1299           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1300             without timeout for structures with multiple models or
1301             multiple sequences in alignment</li>
1302           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1303             PDB ID HEADER line</li>
1304           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1305             is performed</li>
1306           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1307             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1308           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1309           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1310             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1311             option</li>
1312           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1313             is created on the alignment</li>
1314           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1315             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1316             pop-up menu</li>
1317         </ul>
1318         <em>Build and deployment</em>
1319         <ul>
1320           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1321             tags</li>
1322         </ul>
1323         <em>New Known Issues</em>
1324         <ul>
1325           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1326             on Windows</li>
1327         </ul>
1328       </div>
1329     </td>
1330     </tr>
1331     <tr>
1332       <td width="60" nowrap>
1333         <div align="center">
1334           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1335         </div>
1336       </td>
1337       <td><em>General</em>
1338         <ul>
1339           <li>
1340             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1344             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1345             better PDB parsing.
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1349             reference sequence
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1353             mousing over sequence associated annotation
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1357             for manual entry
1358           </li>
1359           <li>
1360             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1361             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1362             for each column
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1366             showing or hiding columns containing a feature
1367           </li>
1368           <li>
1369             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1370             group and sequence associated annotation labels
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1374             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1375             dialogs
1376           </li>
1377
1378         </ul> <em>Application</em>
1379         <ul>
1380           <li>
1381             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1382             gene/transcript view
1383           </li>
1384           <li>
1385             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1386             dialog
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1390             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1394             Pfam sources to xfam.org
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1401             over sequences in Jalview
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1405             regions in ENA and EMBL
1406           </li>
1407           <li>
1408             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1409             for record retrieval via ENA rest API
1410           </li>
1411           <li>
1412             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1413             complement operator
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1417             groovy script execution
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1421             alignment window's Calculate menu
1422           </li>
1423           <li>
1424             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1425             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1426           </li>
1427           <li>
1428             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1429             calculation workers from groovy scripts
1430           </li>
1431           <li>
1432             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1433             Jalview projects
1434           </li>
1435           <li>
1436             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1437             associations are now saved/restored from project
1438           </li>
1439           <li>
1440             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1441             before sequence fetcher is opened
1442           </li>
1443           <li>
1444             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1445             database chooser opens a sequence fetcher
1446           </li>
1447           <li>
1448             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1449             the UniProt REST API
1450           </li>
1451           <li>
1452             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1453             the news reader opening
1454           </li>
1455           <li>
1456             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1457             querying stored in preferences
1458           </li>
1459           <li>
1460             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1461             search results
1462           </li>
1463           <li>
1464             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1465           </li>
1466           <li>
1467             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1468             menu for nucleotide sequences
1469           </li>
1470           <li>
1471             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1472             and feature counts preserves alignment ordering (and
1473             debugged for complex feature sets).
1474           </li>
1475           <li>
1476             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1477             viewing structures with Jalview 2.10
1478           </li>
1479           <li>
1480             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1481             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1482             Ensembl Genomes REST API
1483           </li>
1484           <li>
1485             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1486             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1487             (Ensembl)
1488           </li>
1489           <li>
1490             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1491             sequences
1492           </li>
1493           <li>
1494             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1495             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1496             data from external database records.
1497           </li>
1498           <li>
1499             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1500             efficient recovery of sequence coding and alignment
1501             annotation relationships.
1502           </li>
1503         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1504         <ul>
1505           <li>
1506             -- JAL---
1507           </li>
1508         </ul> --></td>
1509       <td>
1510         <div align="left">
1511           <em>General</em>
1512           <ul>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1515               menu on OSX
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1519               includes graduated colourschemes
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1523               working with big alignments and lots of hidden columns
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1527               at right of alignment window
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1531               contents
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1535               for DNA alignments
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1539               based tree calculation
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1543               unconserved enabled for group on alignment
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1547               set as reference
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1551               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1552               annotation
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1556               hidden columns present
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1560               user created annotation added to alignment
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1564               '()' base pair annotation
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1568               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1569               Consensus
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1573               feature not working
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1577               beginning of sequence
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1581               entry 3a6s
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1585               from a tree when t-coffee scores are shown
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1589               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1593               some structures
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1597               to Clustal, PIR and PileUp output
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1601               not visible causes alignment window to repaint
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1605               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1606               scores associated with features and annotation rows
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1610               calculation should be case independent
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1614               columns
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1618               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1619               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1623               problems when reference sequence defined and 'show
1624               non-conserved' enabled
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1628               load even when Consensus calculation is disabled
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1632               alignment does nothing
1633             </li>
1634           </ul>
1635           <em>Application</em>
1636           <ul>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1639               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1640               yet fixed for El Capitan)
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1644               output when running on non-gb/us i18n platforms
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1648               hidden sequences as flat-file alignment
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1652               launching Chimera
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1656               (also hotfix for 2.9.0b2)
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1660               reference sequence defined
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1664               alignments and views when revealing hidden columns
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1668               view in a cDNA/Protein splitframe
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1672               sequence from project when only one sequence is
1673               represented
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1677               in Structure Chooser
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1681               structure consensus didn't refresh annotation panel
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1685               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1689               dialogs format columns correctly, don't display array
1690               data, sort columns according to type
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1694               file chooser is cancelled during an image export
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1698               sequence name containing special characters
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1702               case insensitive
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1706               formatting don't wrap
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1710               truncated so L looks like I in consensus annotation
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1714               currently displayed features for the current selection or
1715               view
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1719               after fetching cross-references, and restoring from
1720               project
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1724               followed in the structure viewer
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1728               splitframe not restored from project
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1732               trailing end of protein alignment in transcript/product
1733               splitview when pad-gaps not enabled by default
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1737               is case dependent
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1741               article has been read (reopened issue due to
1742               internationalisation problems)
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1746               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1747               cross-references
1748             </li>
1749
1750             <li>
1751               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1752               alignment as HTML
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1756               multiple structures are shown for one or more sequences.
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1760               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1761               is enabled.
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1765               specific PDB id for sequence
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1769               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1770               columns' is disabled.
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1774               selects lowest rather than highest resolution structures
1775               for each sequence
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1779               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1783               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1787               after clicking on it to create new annotation for a
1788               column.
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1792               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1793             </li>
1794             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1795             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1796           </ul>
1797           <em>Applet</em>
1798           <ul>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1801               hidden columns present before start of sequence
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1805               (JSON jars)
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1809               sequences are hidden in applet
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1813               deployment on examples pages.
1814             </li>
1815           </ul>
1816         </div>
1817       </td>
1818     </tr>
1819     <tr>
1820       <td width="60" nowrap>
1821         <div align="center">
1822           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1823             <em>16/10/2015</em></strong>
1824         </div>
1825       </td>
1826       <td><em>General</em>
1827         <ul>
1828           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1829             jars</li>
1830         </ul></td>
1831       <td>
1832         <div align="left">
1833           <em>Application</em>
1834           <ul>
1835             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1836               shown when tree is partitioned</li>
1837             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1838               multiple cDNA/Protein split views</li>
1839           </ul>
1840         </div>
1841       </td>
1842     </tr>
1843     <tr>
1844       <td width="60" nowrap>
1845         <div align="center">
1846           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1847             <em>8/10/2015</em></strong>
1848         </div>
1849       </td>
1850       <td><em>General</em>
1851         <ul>
1852           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1853             2.9</li>
1854         </ul> <em>Application</em>
1855         <ul>
1856           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1857           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1858           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1859         </ul> <em>Applet</em>
1860         <ul>
1861           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1862         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1863         <ul>
1864           <li>
1865             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1866             suite
1867           </li>
1868         </ul></td>
1869       <td>
1870         <div align="left">
1871           <em>General</em>
1872           <ul>
1873             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1874               incorrect when sequence start > 1</li>
1875             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1876               documentation</li>
1877             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1878             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1879               loading a features file containing HTML tags in feature
1880               description</li>
1881
1882           </ul>
1883           <em>Application</em>
1884           <ul>
1885             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1886               reimport</li>
1887             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1888               with 'trim retrieved sequences'</li>
1889             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1890               deleting selected columns</li>
1891             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1892               JNLP templates for webstart launch</li>
1893             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1894               unreleased structures for download or viewing</li>
1895             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1896               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1897             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1898               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1899             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1900               recovered from jalview project</li>
1901             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1902               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1903               alignment view</li>
1904             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1905               color schemes from BioJSON</li>
1906           </ul>
1907           <em>Applet</em>
1908           <ul>
1909             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1910               frame</li>
1911             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1912           </ul>
1913         </div>
1914       </td>
1915     </tr>
1916     <tr>
1917       <td><div align="center">
1918           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1919         </div></td>
1920       <td><em>General</em>
1921         <ul>
1922           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1923             alignments:
1924             <ul>
1925               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1926                 and DNA alignment views</li>
1927               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1928                 cDNA alignment views</li>
1929               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1930                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1931               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1932                 protein sequences</li>
1933             </ul>
1934           </li>
1935           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1936           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1937             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1938           <li>New alignment annotation file statements for
1939             reference sequences and marking hidden columns</li>
1940           <li>Reference sequence based alignment shading to
1941             highlight variation</li>
1942           <li>Select or hide columns according to alignment
1943             annotation</li>
1944           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1945           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1946             acid conservation row</li>
1947           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1948         </ul> <em>Application</em>
1949         <ul>
1950           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1951             <ul>
1952               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1953                 view with cDNA/Protein</li>
1954               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1955                 sequences are placed in the same alignment</li>
1956               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1957                 projects</li>
1958             </ul>
1959           </li>
1960
1961           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1962           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1963             Jalview windows</li>
1964
1965           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1966           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1967           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1968             be shown in VARNA</li>
1969
1970           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1971             as the active selected region</li>
1972
1973           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1974             similarity</li>
1975           <li>New Export options
1976             <ul>
1977               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1978                 region export in flat file generation</li>
1979
1980               <li>Export alignment views for display with the <a
1981                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1982
1983               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1984               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1985                 alignment figures to HTML</li>
1986           </li>
1987           <li>3D structure retrieval and display
1988             <ul>
1989               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1990                 Search API</li>
1991               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1992                 PDB structures for a sequence set</li>
1993             </ul>
1994           </li>
1995
1996           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1997             predictions</li>
1998           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1999             for one or a group of sequences</li>
2000           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2001             from the JPred4 web server</li>
2002           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2003             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2004             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2005           </li>
2006           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2007             VARNA 2D Structure'</li>
2008           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2009             Structure ..."</li>
2010
2011         </ul> <em>Applet</em>
2012         <ul>
2013           <li>New layout for applet example pages</li>
2014           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2015             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2016           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2017             Protein alignments</li>
2018         </ul> <em>Development and deployment</em>
2019         <ul>
2020           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2021           <li>Include installation type and git revision in build
2022             properties and console log output</li>
2023           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2024             storing BioJsMSA Templates</li>
2025           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2026         </ul></td>
2027       <td>
2028         <!-- <em>General</em>
2029         <ul>
2030         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2031         <ul>
2032           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2033           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2034           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2035             predictions are not highlighted in amber</li>
2036           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2037             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2038           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2039             associated structure views</li>
2040           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2041             width checkbox not enabled</li>
2042           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2043             creating user defined colours</li>
2044           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2045             mappings for just that viewer's sequences</li>
2046           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2047             multiple models in Chimera</li>
2048           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2049             over Jmol structure</li>
2050           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2051             output to text box</li>
2052           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2053             have incorrect sequence start/end</li>
2054           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2055             Jalview fails</li>
2056           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2057             work for nucleotide</li>
2058           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2059             to a grey/invisible alignment window</li>
2060           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2061             imports to different position</li>
2062           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2063             on some platforms</li>
2064           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2065             populated</li>
2066           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2067             console if Chimera has been opened</li>
2068           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2069           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2070             retrieved</li>
2071           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2072           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2073             either sequence shows on first structure</li>
2074           <li>'Show annotations' options should not make
2075             non-positional annotations visible</li>
2076           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2077             in right place after 'view flanking regions'</li>
2078           <li>File Save As type unset when current file format is
2079             unknown</li>
2080           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2081             projects</li>
2082           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2083             responsive</li>
2084           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2085             several views on same alignment</li>
2086           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2087           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2088             spaces</li>
2089         </ul> <em>Applet</em>
2090         <ul>
2091           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2092           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2093             descriptions containing angle brackets</li>
2094         </ul> <em>General</em>
2095         <ul>
2096           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2097             via jalview annotation file</li>
2098           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2099             with RNA secondary structure</li>
2100           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2101             translation doesn't work.</li>
2102           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2103           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2104             positions</li>
2105           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2106             choosing 1pt font</li>
2107           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2108             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2109             'h'</li>
2110           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2111             new feature</li>
2112           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2113             order dependent</li>
2114           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2115             sequences</li>
2116           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2117         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2118         <ul>
2119           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2120             www.jalview.org</li>
2121         </ul> <em>Application Known issues</em>
2122         <ul>
2123           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2124           <li>Misleading message appears after trying to delete
2125             solid column.</li>
2126           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2127             version launches</li>
2128           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2129             fails with a sequence mismatch</li>
2130           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2131             scrolling alignment to right</li>
2132           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2133             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2134           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2135             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2136           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2137             ultra-high resolution</li>
2138           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2139             quality and conservation</li>
2140           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2141             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2142         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2143         <ul>
2144           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2145           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2146             window is being resized</li>
2147
2148         </ul>
2149       </td>
2150     </tr>
2151     <tr>
2152       <td><div align="center">
2153           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2154         </div></td>
2155       <td><em>General</em>
2156         <ul>
2157           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2158             Certum.PL.</li>
2159           <li>Features and annotation preserved when performing
2160             pairwise alignment</li>
2161           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2162             imported/exported/displayed</li>
2163           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2164             protein secondary structure</li>
2165           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2166               post-hoc with 2.9 release</em>)
2167           </li>
2168
2169         </ul> <em>Application</em>
2170         <ul>
2171           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2172             with 3D structures</li>
2173           <li>Support for parsing RNAML</li>
2174           <li>Annotations menu for layout
2175             <ul>
2176               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2177               <li>place sequence annotation above/below alignment
2178                 annotation</li>
2179             </ul>
2180           <li>Output in Stockholm format</li>
2181           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2182             translation</li>
2183           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2184           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2185             shared between alignments</li>
2186           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2187             Jalview</li>
2188           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2189             all or current selection</li>
2190           <li>disorder and secondary structure predictions
2191             available as dataset annotation</li>
2192           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2193
2194
2195           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2196             alignments from Rfam</li>
2197           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2198
2199           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2200             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2201           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2202           <li>include installation type in build properties and
2203             console log output</li>
2204           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2205             annotation</li>
2206         </ul></td>
2207       <td>
2208         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2209         <ul>
2210           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2211             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2212           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2213             alignment</li>
2214           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2215           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2216           <li>Double click on sequence associated annotation
2217             selects only first column</li>
2218           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2219             leaves shown in tree</li>
2220           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2221             properly</li>
2222           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2223           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2224             screen and buttons not visible</li>
2225           <li>author list isn't updated if already written to
2226             Jalview properties</li>
2227           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2228             from database</li>
2229           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2230           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2231             browser search window</li>
2232           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2233             in feature settings dialog</li>
2234           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2235             desktop</li>
2236           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2237             pass validation</li>
2238           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2239             fit on screen</li>
2240           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2241             tooltip</li>
2242           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2243             defined user preset</li>
2244           <li>MSA web services warns user if they were launched
2245             with invalid input</li>
2246           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2247             Java 8</li>
2248           <li>
2249             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2250             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2251             created
2252           </li>
2253
2254         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2255         <ul>
2256         </ul> <em>General</em>
2257         <ul>
2258         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2259         <ul>
2260           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2261             memory allocation</li>
2262           <li>launchApp service doesn't automatically open
2263             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2264           <li>
2265             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2266             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2267             1.7_055 is available
2268           </li>
2269         </ul> <em>Application Known issues</em>
2270         <ul>
2271           <li>
2272             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2273             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2274             alignment to right
2275           </li>
2276           <li>
2277             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2278             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2279             with large number of ID
2280           </li>
2281           <li>
2282             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2283             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2284             start/end
2285           </li>
2286           <li>
2287             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2288             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2289             structure tracks are rearranged
2290           </li>
2291           <li>
2292             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2293             invalid rna structure positional highlighting does not
2294             highlight position of invalid base pairs
2295           </li>
2296           <li>
2297             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2298             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2299             project from alignment window file menu
2300           </li>
2301           <li>
2302             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2303             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2304             structures
2305           </li>
2306           <li>
2307             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2308             colour by RNA Helices not enabled when user created
2309             annotation added to alignment
2310           </li>
2311           <li>
2312             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2313             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2314           </li>
2315         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2316         <ul>
2317           <li>
2318             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2319             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2320           </li>
2321           <li>
2322             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2323             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2324           </li>
2325
2326           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2327             when selected</li>
2328         </ul>
2329       </td>
2330     </tr>
2331     <tr>
2332       <td><div align="center">
2333           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2334         </div></td>
2335       <td>
2336         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2337         <em>General</em>
2338         <ul>
2339           <li>Internationalisation of user interface (usually
2340             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2341           <li>Define/Undefine group on current selection with
2342             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2343           <li>Improved group creation/removal options in
2344             alignment/sequence Popup menu</li>
2345           <li>Sensible precision for symbol distribution
2346             percentages shown in logo tooltip.</li>
2347           <li>Annotation panel height set according to amount of
2348             annotation when alignment first opened</li>
2349         </ul> <em>Application</em>
2350         <ul>
2351           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2352             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2353           <li>Select columns containing particular features from
2354             Feature Settings dialog</li>
2355           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2356             sequences</li>
2357           <li>Update Jalview project format:
2358             <ul>
2359               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2360               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2361                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2362               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2363                 colouring</li>
2364             </ul>
2365           </li>
2366           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2367             (PAM250)</li>
2368           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2369             flanking regions for an alignment</li>
2370         </ul>
2371       </td>
2372       <td>
2373         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2374         <ul>
2375           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2376             running after job is cancelled</li>
2377           <li>cannot export features from alignments imported from
2378             Jalview/VAMSAS projects</li>
2379           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2380             float values</li>
2381           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2382             have 'display all symbols' flag set</li>
2383           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2384             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2385           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2386             Jalview</li>
2387           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2388             Lion/Webstart</li>
2389           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2390           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2391           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2392             alignment onto desktop</li>
2393           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2394             'extract scores' function</li>
2395           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2396             alignment window</li>
2397           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2398             performing IUPred disorder prediction</li>
2399           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2400             changing 'normalise logo' display setting</li>
2401           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2402             nothing matches query</li>
2403           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2404             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2405           </li>
2406           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2407             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2408           </li>
2409           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2410             Jalview's menu</li>
2411           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2412             'invalid literal/length code'</li>
2413           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2414             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2415           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2416             colourscheme</li>
2417
2418         </ul> <em>Applet</em>
2419         <ul>
2420           <li>Remove group option is shown even when selection is
2421             not a group</li>
2422           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2423             don't affect groups</li>
2424           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2425             colourscheme name</li>
2426           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2427             Annotation panel is not displayed</li>
2428           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2429             embedded windows</li>
2430         </ul> <em>Other</em>
2431         <ul>
2432           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2433             single sequence were not calculated</li>
2434           <li>annotation files that contain only groups imported as
2435             annotation and junk sequences</li>
2436           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2437             recognised as PFAM or BLC</li>
2438           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2439             doesn't affect background (2.8.0b1)
2440           <li></li>
2441           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2442           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2443             trailing gaps</li>
2444           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2445             registered correctly on import</li>
2446           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2447             certain alignments</li>
2448           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2449             existing annotation based 'use original colours'
2450             colourscheme loses original colours setting</li>
2451         </ul>
2452       </td>
2453     </tr>
2454     <tr>
2455       <td><div align="center">
2456           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2457             <em>30/1/2014</em></strong>
2458         </div></td>
2459       <td>
2460         <ul>
2461           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2462             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2463             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2464             open source project).
2465           </li>
2466           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2467           <li>Output in Stockholm format</li>
2468           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2469           <li>Export/import group and sequence associated line
2470             graph thresholds</li>
2471           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2472             ambiguity codes</li>
2473           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2474             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2475             works</li>
2476           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2477         </ul> <em>Other improvements</em>
2478         <ul>
2479           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2480           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2481             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2482           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2483             files</li>
2484           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2485           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2486             link but no description</li>
2487           <li>Select primary source when selecting authority in
2488             database fetcher GUI</li>
2489           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2490             Jalview</li>
2491           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2492         </ul>
2493       </td>
2494       <td>
2495         <ul>
2496           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2497             displayed</li>
2498           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2499             secondary structure annotation line</li>
2500           <li>Sequence database accessions not imported when
2501             fetching alignments from Rfam</li>
2502           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2503             identical IDs</li>
2504           <li>View all structures does not always superpose
2505             structures</li>
2506           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2507             reflect user or preset settings</li>
2508           <li>Null pointer exceptions for some services without
2509             presets or adjustable parameters</li>
2510           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2511             discover PDB xRefs</li>
2512           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2513             features with DAS</li>
2514           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2515             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2516           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2517             residue follows a gap</li>
2518           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2519             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2520           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2521             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2522           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2523             annotation already exists on alignment</li>
2524           <li>oninit javascript function should be called after
2525             initialisation completes</li>
2526           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2527             alignment window display</li>
2528           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2529           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2530             to annotation file</li>
2531           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2532             groups created</li>
2533           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2534             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2535           <li>Pressing return several times causes Number Format
2536             exceptions in keyboard mode</li>
2537           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2538             correct partitions for input data</li>
2539           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2540           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2541           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2542           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2543             mode</li>
2544           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2545             changes one row&#39;s threshold</li>
2546           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2547             doesn&#39;t open</li>
2548           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2549             quality histograms</li>
2550         </ul>
2551       </td>
2552     </tr>
2553     <tr>
2554       <td><div align="center">
2555           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2556         </div></td>
2557       <td><em>Application</em>
2558         <ul>
2559           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2560             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2561           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2562             preferences</li>
2563           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2564             in Jalview alignment window</li>
2565           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2566             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2567           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2568             RNA and ambiguity codes</li>
2569
2570           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2571           <li>Support fetching and database reference look up
2572             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2573             refs')</li>
2574           <li>Jalview project improvements
2575             <ul>
2576               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2577                 flag for annotation</li>
2578               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2579                 alignment</li>
2580               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2581                 Jalview project</li>
2582
2583             </ul>
2584           </li>
2585           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2586           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2587             running</li>
2588           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2589           <li>visual indication that web service results are still
2590             being retrieved from server</li>
2591           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2592             starts up for first time</li>
2593           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2594             services</li>
2595           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2596             client library</li>
2597           <li>Examples directory and Groovy library included in
2598             InstallAnywhere distribution</li>
2599         </ul> <em>Applet</em>
2600         <ul>
2601           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2602             visualization applet example</li>
2603         </ul> <em>General</em>
2604         <ul>
2605           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2606           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2607             defaults</li>
2608           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2609             calculation</li>
2610           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2611             matrices
2612           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2613             in HTML</li>
2614           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2615             structure contacts</li>
2616           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2617           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2618           <li>Parse sequence associated secondary structure
2619             information in Stockholm files</li>
2620           <li>HTML Export database accessions and annotation
2621             information presented in tooltip for sequences</li>
2622           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2623             style RNA alignment files</li>
2624           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2625             alignment</li>
2626           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2627             shade each sequence according to its associated alignment
2628             annotation</li>
2629           <li>New Jalview Logo</li>
2630         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2631         <ul>
2632           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2633           <li>New Website!</li>
2634         </ul></td>
2635       <td><em>Application</em>
2636         <ul>
2637           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2638             wsdbfetch REST service</li>
2639           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2640           <li>Filetype associations not installed for webstart
2641             launch</li>
2642           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2643             job execution in full once it is complete</li>
2644           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2645             uploaded via ali_file parameter</li>
2646           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2647           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2648           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2649             submitted for prediction</li>
2650           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2651             desktop window</li>
2652           <li>Putting fractional value into integer text box in
2653             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2654           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2655             windows 7</li>
2656           <li>View all structures fails with exception shown in
2657             structure view</li>
2658           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2659             escaped in a platform independent way</li>
2660           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2661             using proxy</li>
2662           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2663             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2664           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2665             failure when java web start temporary file caching is
2666             disabled</li>
2667           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2668             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2669           <li>Errors during processing of command line arguments
2670             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2671           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2672             DAS sources in sequence fetcher</li>
2673           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2674             dialog is shown</li>
2675           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2676           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2677           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2678           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2679             on OSX Mountain Lion</li>
2680           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2681             sequences with alignment annotation are pasted into the
2682             alignment</li>
2683           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2684             when loaded from Jalview project</li>
2685           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2686           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2687             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2688           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2689             associated with all views</li>
2690           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2691             annotation rows to new window</li>
2692         </ul> <em>Applet</em>
2693         <ul>
2694           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2695             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2696           <li>loading features via javascript API automatically
2697             enables feature display</li>
2698           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2699             work</li>
2700         </ul> <em>General</em>
2701         <ul>
2702           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2703           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2704             and then deselected</li>
2705           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2706           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2707             coloured with clustalx</li>
2708           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2709             exceptions and redraw errors</li>
2710           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2711             reconfigured view</li>
2712           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2713             colour</li>
2714           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2715             for lots of labels</li>
2716         </ul>
2717     </tr>
2718     <tr>
2719       <td>
2720         <div align="center">
2721           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2722         </div>
2723       </td>
2724       <td><em>Application</em>
2725         <ul>
2726           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2727           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2728           <li>View/alignment association menu to enable user to
2729             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2730             its colours/correspondences from</li>
2731           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2732           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2733             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2734           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2735           <li>Annotation row column label formatting attributes
2736             stored in project file</li>
2737           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2738             rows preserved in Jalview project file</li>
2739           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2740             saved using Desktop window menu</li>
2741           <li>Visual indication that command line arguments are
2742             still being processed</li>
2743           <li>Groovy script execution from URL</li>
2744           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2745             preferences</li>
2746           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2747             alignment with sequences that have high similarity and
2748             matching IDs</li>
2749           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2750           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2751             structures in same window</li>
2752           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2753           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2754             analysis function in its own submenu</li>
2755         </ul> <em>Applet</em>
2756         <ul>
2757           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2758             groups</li>
2759           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2760           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2761           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2762           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2763           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2764             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2765           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2766           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2767             parameters are treated as such</li>
2768           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2769             <ul>
2770               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2771               <li>Javascript callbacks for
2772                 <ul>
2773                   <li>Applet initialisation</li>
2774                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2775                 </ul>
2776               </li>
2777               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2778                 functions</li>
2779               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2780               <li>javascript structure viewer harness to pass
2781                 messages between Jmol and Jalview when running as
2782                 distinct applets</li>
2783               <li>sortBy method</li>
2784               <li>Set of applet and application examples shipped
2785                 with documentation</li>
2786               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2787                 javascript message exchange</li>
2788             </ul>
2789         </ul> <em>General</em>
2790         <ul>
2791           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2792             multiple alignments</li>
2793           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2794           <li>User configurable link to enable redirects to a
2795             www.Jalview.org mirror</li>
2796           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2797           <li>Configurable newline string when writing alignment
2798             and other flat files</li>
2799           <li>Allow alignment annotation description lines to
2800             contain html tags</li>
2801         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2802         <ul>
2803           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2804             examples</li>
2805           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2806             using a web service before displaying the result in the
2807             Jalview desktop</li>
2808           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2809           <li>Ant target to publish example html files with applet
2810             archive</li>
2811           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2812           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2813         </ul></td>
2814       <td><em>Application</em>
2815         <ul>
2816           <li>User defined colourscheme throws exception when
2817             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2818           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2819             dialog for valid filename/format</li>
2820           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2821           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2822             P37173</li>
2823           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2824             which sequence is to be associated with the file</li>
2825           <li>Find All raises null pointer exception when query
2826             only matches sequence IDs</li>
2827           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2828           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2829             2.4 cannot be loaded</li>
2830           <li>Filetype associations not installed for webstart
2831             launch</li>
2832           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2833             with sequences in different alignments do not get coloured
2834             by their associated sequence</li>
2835           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2836             not preserved when project is loaded</li>
2837           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2838             stored in Jalview project</li>
2839           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2840             Jalview project</li>
2841           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2842           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2843             by conservation</li>
2844           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2845             created on new view</li>
2846           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2847             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2848           <li>Alignment quality not updated after alignment
2849             annotation row is hidden then shown</li>
2850           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2851             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2852           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2853             properly</li>
2854           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2855             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2856           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2857           <li>Structures imported from file and saved in project
2858             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2859           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2860             job execution in full once it is complete</li>
2861         </ul> <em>Applet</em>
2862         <ul>
2863           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2864             annotation rows are displayed</li>
2865           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2866             codebase</li>
2867           <li>View follows highlighting does not work for positions
2868             in sequences</li>
2869           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2870           <li>Export features raises exception when no features
2871             exist</li>
2872           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2873             for javascript api is modified when separator string
2874             provided as parameter</li>
2875           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2876             alignment with no existing selection</li>
2877           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2878             to applet&#39;s codebase</li>
2879           <li>Status bar not updated after finished searching and
2880             search wraps around to first result</li>
2881           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2882             several Jalview applets causes race conditions and memory
2883             leaks</li>
2884           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2885             not sent from Jmol in applet</li>
2886           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2887             applet API fatally hang browser</li>
2888         </ul> <em>General</em>
2889         <ul>
2890           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2891             position with wrapped view and hidden regions</li>
2892           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2893             with/without hidden columns</li>
2894           <li>Sequence length given in alignment properties window
2895             is off by 1</li>
2896           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2897             import PDB like structure files</li>
2898           <li>Positional search results are only highlighted
2899             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2900           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2901           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2902             given sequence position</li>
2903           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2904             output</li>
2905           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2906             from nucleotide chains correctly</li>
2907           <li>Structure colours not updated when tree partition
2908             changed in alignment</li>
2909           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2910             parsed in interleaved stockholm</li>
2911           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2912             state</li>
2913           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2914             properly</li>
2915           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2916             properly associated with their pdb files</li>
2917         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2918         <ul>
2919           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2920             ApplyCopyright tool</li>
2921         </ul></td>
2922     </tr>
2923     <tr>
2924       <td>
2925         <div align="center">
2926           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2927         </div>
2928       </td>
2929       <td><em>Application</em>
2930         <ul>
2931           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2932             contact web services</li>
2933           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2934             service job window</li>
2935           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2936         </ul></td>
2937       <td>
2938         <ul>
2939           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2940             pir file emitted by Jalview</li>
2941           <li>Existing feature settings transferred to new
2942             alignment view created from cut'n'paste</li>
2943           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2944             parsing PDB files</li>
2945           <li>Consensus and conservation annotation rows
2946             occasionally become blank for all new windows</li>
2947           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2948             in wrapped view mode</li>
2949         </ul> <em>Application</em>
2950         <ul>
2951           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2952             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2953           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2954             parameter names</li>
2955           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2956             is down</li>
2957         </ul>
2958       </td>
2959     </tr>
2960     <tr>
2961       <td>
2962         <div align="center">
2963           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2964         </div>
2965       </td>
2966       <td><em>Application</em>
2967         <ul>
2968           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2969             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2970             (JABAWS)
2971           </li>
2972           <li>Web Services preference tab</li>
2973           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2974             preferences</li>
2975           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2976           <li>Superpose structures using associated sequence
2977             alignment</li>
2978           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2979             viewer</li>
2980         </ul> <em>Applet</em>
2981         <ul>
2982           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2983             link out mechanism</li>
2984         </ul> <em>Other</em>
2985         <ul>
2986           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2987             series 12</li>
2988           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2989             require Java 1.5</li>
2990           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2991             sequence annotation files</li>
2992           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2993             type colour specification</li>
2994           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2995             script to check if it being run in an interactive session or
2996             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2997         </ul></td>
2998       <td>
2999         <ul>
3000           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3001             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3002         </ul> <em>Application</em>
3003         <ul>
3004           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3005             selected Regions menu item</li>
3006           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3007             part of a valid accession ID</li>
3008           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3009             runs out of memory</li>
3010           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3011             analysis results</li>
3012           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3013             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3014           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3015         </ul> <em>Applet</em>
3016         <ul>
3017           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3018             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3019             defined.</li>
3020         </ul>
3021       </td>
3022     </tr>
3023     <tr>
3024       <td>
3025         <div align="center">
3026           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3027         </div>
3028       </td>
3029       <td></td>
3030       <td>
3031         <ul>
3032           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3033             sequence IDs</li>
3034           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3035             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3036           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3037             import correctly</li>
3038           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3039             number of columns are hidden</li>
3040           <li>annotation label popup menu not providing correct
3041             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3042             present</li>
3043           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3044             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3045           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3046             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3047
3048         </ul> <em>Applet</em>
3049         <ul>
3050           <li>annotation panel disappears when annotation is
3051             hidden/removed</li>
3052         </ul> <em>Application</em>
3053         <ul>
3054           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3055             alignment opened where annotation panel is visible but no
3056             annotations are present on alignment</li>
3057           <li>pasted region containing hidden columns is
3058             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3059           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3060             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3061           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3062             selected Rregions menu item.</li>
3063           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3064             'Un' or 'Non'conserved</li>
3065           <li>Sequence feature settings are being shared by
3066             multiple distinct alignments</li>
3067           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3068             changed</li>
3069           <li>double click on group annotation to select sequences
3070             does not propagate to associated trees</li>
3071           <li>Mac OSX specific issues:
3072             <ul>
3073               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3074                 window background</li>
3075               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3076                 name set correctly</li>
3077               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3078                 save feature colourscheme button</li>
3079             </ul>
3080           </li>
3081         </ul>
3082       </td>
3083     </tr>
3084     <tr>
3085
3086       <td>
3087         <div align="center">
3088           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3089         </div>
3090       </td>
3091       <td><em>New Capabilities</em>
3092         <ul>
3093           <li>URL links generated from description line for
3094             regular-expression based URL links (applet and application)
3095
3096           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3097             menu</li>
3098           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3099             structures</li>
3100           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3101             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3102           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3103             average score or total feature count for each sequence.</li>
3104           <li>Shading features by score or associated description</li>
3105           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3106             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3107           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3108             hide everything but the currently selected region.</li>
3109           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3110         </ul> <em>Application</em>
3111         <ul>
3112           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3113             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3114           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3115             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3116           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3117             database references and protein_name is parsed as
3118             description line (BioSapiens terms).</li>
3119           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3120             references in sequence ID tooltip from View menu in
3121             application.</li>
3122           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3123       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3124           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3125             conservation plots</li>
3126           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3127             and visualized as sequence logos</li>
3128           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3129             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3130           </li>
3131           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3132             when a new tree is opened.</li>
3133           <li>Jalview Java Console</li>
3134           <li>Better placement of desktop window when moving
3135             between different screens.</li>
3136           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3137             consensus annotation</li>
3138           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3139             Workflows</li>
3140           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3141             <ul>
3142               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3143                 used to preserve views, structures, and tree display
3144                 settings)</li>
3145               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3146                 command line</li>
3147               <li>Sharing of selected regions between views and
3148                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3149               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3150             </ul></li>
3151         </ul> <em>Applet</em>
3152         <ul>
3153           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3154           <li>New Parameters
3155             <ul>
3156               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3157                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3158                 opened.</li>
3159               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3160                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3161               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3162                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3163               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3164                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3165                 view</li>
3166               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3167                 increase the height or width of a cell in the alignment
3168                 grid relative to the current font size.</li>
3169             </ul>
3170           </li>
3171           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3172             tooltip</li>
3173         </ul> <em>Other</em>
3174         <ul>
3175           <li>Features format: graduated colour definitions and
3176             specification of feature scores</li>
3177           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3178             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3179             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3180           <li>XML formats extended to support graduated feature
3181             colourschemes, group associated annotation, and profile
3182             visualization settings.</li></td>
3183       <td>
3184         <ul>
3185           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3186             rather than description</li>
3187           <li>Non-positional features are now included in sequence
3188             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3189             visibility in tooltip).</li>
3190           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3191           <li>Added URL embedding instructions to features file
3192             documentation.</li>
3193           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3194             'X' in peptide product</li>
3195           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3196             sequence ID and sequence string and query strings do not
3197             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3198           <li>AMSA files only contain first column of
3199             multi-character column annotation labels</li>
3200           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3201             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3202             exported and re-imported)</li>
3203           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3204             name</li>
3205           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3206             as subsequence matches, and correctly reports total number
3207             of both.</li>
3208           <li>Application:
3209             <ul>
3210               <li>Better handling of exceptions during sequence
3211                 retrieval</li>
3212               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3213                 link text excludes the start_end suffix</li>
3214               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3215                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3216               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3217               <li>Sequence description lines properly shared via
3218                 VAMSAS</li>
3219               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3220                 data sources</li>
3221               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3222                 completes before alignment figures are generated.</li>
3223               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3224                 first time.</li>
3225               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3226                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3227               <li>User defined group colours properly recovered
3228                 from Jalview projects.</li>
3229             </ul>
3230           </li>
3231         </ul>
3232       </td>
3233
3234     </tr>
3235     <tr>
3236       <td>
3237         <div align="center">
3238           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3239         </div>
3240       </td>
3241       <td>
3242         <ul>
3243           <li>Experimental support for google analytics usage
3244             tracking.</li>
3245           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3246         </ul>
3247       </td>
3248       <td>
3249         <ul>
3250           <li>Race condition in applet preventing startup in
3251             jre1.6.0u12+.</li>
3252           <li>Exception when feature created from selection beyond
3253             length of sequence.</li>
3254           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3255           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3256             all sequences with a given id</li>
3257           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3258             ID string searches</li>
3259           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3260             alignment to fail with exception</li>
3261         </ul> <em>Application Issues</em>
3262         <ul>
3263           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3264           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3265             data sources</li>
3266         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3267         <ul>
3268           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3269             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3270           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3271             version (java class versioning error fixed)</li>
3272         </ul>
3273       </td>
3274     </tr>
3275     <tr>
3276       <td>
3277
3278         <div align="center">
3279           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3280         </div>
3281       </td>
3282       <td><em>User Interface</em>
3283         <ul>
3284           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3285             translation and protein products</li>
3286           <li>Linked highlighting of structure associated with
3287             residue mapping to codon position</li>
3288           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3289             and 'clear' button</li>
3290           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3291             Tools menu</li>
3292           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3293             numeric data in description line</li>
3294           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3295           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3296             of sequence</li>
3297         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3298         <ul>
3299           <li>JPred3 web service</li>
3300           <li>Prototype sequence search client (no public services
3301             available yet)</li>
3302           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3303             PFAM</li>
3304           <li>URL Links created for matching database cross
3305             references as well as sequence ID</li>
3306           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3307         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3308         <ul>
3309           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3310             databases</li>
3311           <li>Generalised database reference retrieval and
3312             validation to all fetchable databases</li>
3313           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3314             sequence command</li>
3315         </ul> <em>Import and Export</em>
3316         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3317         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3318           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3319         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3320           File</li>
3321         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3322           triplet as name of colourscheme</li>
3323         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3324         <ul>
3325           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3326           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3327             alignments (experimental)</li>
3328           <li>Create new or select existing session to join</li>
3329           <li>load and save of vamsas documents</li>
3330         </ul> <em>Application command line</em>
3331         <ul>
3332           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3333             from applet)</li>
3334           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3335             of DAS servers to query for alignment features</li>
3336           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3337             that are also automatically queried for features</li>
3338           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3339             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3340         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3341         <ul>
3342           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3343             application (when using &quot;View in full
3344             application&quot;)</li>
3345         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3346         <ul>
3347           <li>feature group display control parameter</li>
3348           <li>debug parameter</li>
3349           <li>showbutton parameter</li>
3350         </ul> <em>Applet API methods</em>
3351         <ul>
3352           <li>newView public method</li>
3353           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3354           <li>Feature display control methods</li>
3355           <li>get list of currently selected sequences</li>
3356         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3357         <ul>
3358           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3359           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3360             Jalview release.</li>
3361           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3362             property controls execution of obfuscator</li>
3363           <li>Build target for generating source distribution</li>
3364           <li>Debug flag for javacc</li>
3365           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3366             jalview.bin.Cache</li>
3367           <li>Continuous Build Integration for stable and
3368             development version of Application, Applet and source
3369             distribution</li>
3370         </ul></td>
3371       <td>
3372         <ul>
3373           <li>selected region output includes visible annotations
3374             (for certain formats)</li>
3375           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3376             for editing</li>
3377           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3378           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3379           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3380           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3381             comments</li>
3382           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3383             filenames containing a ':'</li>
3384           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3385             global sequence features</li>
3386           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3387             references from alignment sequences goes to zero</li>
3388           <li>Close of tree branch colour box without colour
3389             selection causes cascading exceptions</li>
3390           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3391           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3392             file parsing fails.</li>
3393           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3394           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3395             not a valid output format</li>
3396           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3397             vamsas</li>
3398           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3399           <li>error messages passed up and output when data read
3400             fails</li>
3401           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3402             sequence is edited</li>
3403           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3404             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3405           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3406             filetype</li>
3407           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3408             import fixed for PFAM records</li>
3409           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3410             window list</li>
3411           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3412             can be read and written correctly to annotation file</li>
3413           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3414             correctly</li>
3415           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3416             non-italic font for representatives in Applet</li>
3417           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3418             Macs.</li>
3419           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3420             Applet)</li>
3421           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3422             due to null pointer exceptions</li>
3423           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3424             first column of alignment</li>
3425           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3426             July 2008</li>
3427           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3428             file is case-insensitive</li>
3429           <li>Sequence features read from Features file appended to
3430             all sequences with matching IDs</li>
3431           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3432             containing a sub-sequence</li>
3433           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3434           <li>feature and annotation file applet parameters
3435             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3436           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3437           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3438             splash-screen version check to complete</li>
3439           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3440             when passing them to the launchApp service</li>
3441           <li>display name and local features preserved in results
3442             retrieved from web service</li>
3443           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3444             sequence fetcher initialisation</li>
3445           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3446             dasobert DAS client</li>
3447           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3448             association</li>
3449           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3450             sequences
3451           </li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454     </tr>
3455     <tr>
3456       <td>
3457         <div align="center">
3458           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3459         </div>
3460       </td>
3461       <td>
3462         <ul>
3463           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3464           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3465           <li>Slide sequences</li>
3466           <li>Edit sequence in place</li>
3467           <li>EMBL CDS features</li>
3468           <li>DAS Feature mapping</li>
3469           <li>Feature ordering</li>
3470           <li>Alignment Properties</li>
3471           <li>Annotation Scores</li>
3472           <li>Sort by scores</li>
3473           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3474         </ul>
3475       </td>
3476       <td>
3477         <ul>
3478           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3479           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3480           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3481           <li>Feature group display state in XML</li>
3482           <li>Feature ordering in XML</li>
3483           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3484           <li>Stockholm alignment properties</li>
3485           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3486           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3487           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3488           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3489         </ul>
3490       </td>
3491
3492     </tr>
3493     <tr>
3494       <td>
3495         <div align="center">
3496           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3497         </div>
3498       </td>
3499       <td>
3500         <ul>
3501           <li>Non standard characters can be read and displayed
3502           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3503             applet via textbox
3504           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3505             name &amp; description
3506           <li>Preference setting to display sequence name in
3507             italics
3508           <li>Annotation file format extended to allow
3509             Sequence_groups to be defined
3510           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3511             specified in preferences
3512           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3513             sequences
3514         </ul>
3515       </td>
3516       <td>
3517         <ul>
3518           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3519             installed
3520           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3521           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3522         </ul>
3523       </td>
3524     </tr>
3525     <tr>
3526       <td>
3527         <div align="center">
3528           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3529         </div>
3530       </td>
3531       <td>
3532         <ul>
3533           <li>Multiple views on alignment
3534           <li>Sequence feature editing
3535           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3536           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3537           <li>Background dependent text colour
3538           <li>Right align sequence ids
3539           <li>User-defined lower case residue colours
3540           <li>Format Menu
3541           <li>Select Menu
3542           <li>Menu item accelerator keys
3543           <li>Control-V pastes to current alignment
3544           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3545           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3546           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3547
3548           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3549         </ul>
3550       </td>
3551       <td>
3552         <ul>
3553           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3554           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3555             calculations
3556           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3557             edits
3558           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3559             of alignment)
3560           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3561
3562           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3563             display correctly
3564           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3565           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3566             analysis results
3567           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3568             &#8739;
3569           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3570           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3571           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3572
3573         </ul>
3574       </td>
3575     </tr>
3576     <tr>
3577       <td>
3578         <div align="center">
3579           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3580         </div>
3581       </td>
3582       <td>
3583         <ul>
3584           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3585         </ul>
3586       </td>
3587       <td>
3588         <ul>
3589           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3590             sequence id panel has been resized</li>
3591           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3592             rendered</li>
3593           <li>Annotation files with sequence references - all
3594             elements in file are relative to sequence position</li>
3595           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3596         </ul>
3597       </td>
3598     </tr>
3599     <tr>
3600       <td>
3601         <div align="center">
3602           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3603         </div>
3604       </td>
3605       <td>
3606         <ul>
3607           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3608           <li>DAS Feature fetching</li>
3609           <li>Hide sequences and columns</li>
3610           <li>Export Annotations and Features</li>
3611           <li>GFF file reading / writing</li>
3612           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3613             files</li>
3614           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3615           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3616           <li>Applet can launch the full application</li>
3617           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3618             required)</li>
3619           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3620           <li>Applet can load sequences from parameter
3621             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3622           </li>
3623         </ul>
3624       </td>
3625       <td>
3626         <ul>
3627           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3628           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3629           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3630         </ul>
3631       </td>
3632     </tr>
3633     <tr>
3634       <td>
3635         <div align="center">
3636           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3637         </div>
3638       </td>
3639       <td>
3640         <ul>
3641           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3642           <li>Choose to match case when searching</li>
3643           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3644             expand the visible width and height of the alignment</li>
3645         </ul>
3646       </td>
3647       <td>
3648         <ul>
3649           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3650         </ul>
3651       </td>
3652     </tr>
3653     <tr>
3654       <td>
3655         <div align="center">
3656           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3657         </div>
3658       </td>
3659       <td>&nbsp;</td>
3660       <td>
3661         <ul>
3662           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3663           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3664             value</li>
3665         </ul>
3666       </td>
3667     </tr>
3668     <tr>
3669       <td>
3670         <div align="center">
3671           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3672         </div>
3673       </td>
3674       <td>
3675         <ul>
3676           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3677           <li>Keyboard editing</li>
3678           <li>Create sequence features from searches</li>
3679           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3680             alignments</li>
3681           <li>Features file allows grouping of features</li>
3682           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3683           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3684           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3685         </ul>
3686       </td>
3687       <td>
3688         <ul>
3689           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3690           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3691             descriptions saved.</li>
3692         </ul>
3693       </td>
3694     </tr>
3695     <tr>
3696       <td>
3697         <div align="center">
3698           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3699         </div>
3700       </td>
3701       <td>
3702         <ul>
3703           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3704           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3705           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3706             name for file output</li>
3707           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3708           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3709             used for HTML form input</li>
3710         </ul>
3711       </td>
3712       <td>
3713         <ul>
3714           <li>HTML output writes groups and features</li>
3715           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3716           <li>File IO bugs</li>
3717         </ul>
3718       </td>
3719     </tr>
3720     <tr>
3721       <td>
3722         <div align="center">
3723           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3724         </div>
3725       </td>
3726       <td>
3727         <ul>
3728           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3729           <li>More options for PCA viewer</li>
3730         </ul>
3731       </td>
3732       <td>
3733         <ul>
3734           <li>GUI bugs resolved</li>
3735           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3736         </ul>
3737       </td>
3738     </tr>
3739     <tr>
3740       <td height="63">
3741         <div align="center">
3742           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3743         </div>
3744       </td>
3745       <td>
3746         <ul>
3747           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3748           <li>Jar files are executable</li>
3749           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3750         </ul>
3751       </td>
3752       <td>
3753         <ul>
3754           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3755           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3756           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759     </tr>
3760     <tr>
3761       <td>
3762         <div align="center">
3763           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3764         </div>
3765       </td>
3766       <td>
3767         <ul>
3768           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3769         </ul>
3770       </td>
3771       <td>
3772         <ul>
3773           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3774         </ul>
3775       </td>
3776     </tr>
3777     <tr>
3778       <td>
3779         <div align="center">
3780           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3781         </div>
3782       </td>
3783       <td>
3784         <ul>
3785           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3786             size</li>
3787         </ul>
3788       </td>
3789       <td>
3790         <ul>
3791           <li>Improved JPred client reliability</li>
3792           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3793         </ul>
3794       </td>
3795     </tr>
3796     <tr>
3797       <td>
3798         <div align="center">
3799           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3800         </div>
3801       </td>
3802       <td>
3803         <ul>
3804           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3805           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3806           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3807             to Colour Menu</li>
3808           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3809           <li>Unix users can set default web browser</li>
3810           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3811           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3812         </ul>
3813       </td>
3814       <td>
3815         <ul>
3816           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3817         </ul>
3818       </td>
3819     </tr>
3820     <tr>
3821       <td>
3822         <div align="center">
3823           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3824         </div>
3825       </td>
3826       <td>&nbsp;</td>
3827       <td>
3828         <ul>
3829           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3830             alignment order.</li>
3831         </ul>
3832       </td>
3833     </tr>
3834     <tr>
3835       <td>
3836         <div align="center">
3837           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3838         </div>
3839       </td>
3840       <td>
3841         <ul>
3842           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3843           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3844           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3845             annotations.</li>
3846           <li>Version and build date written to build properties
3847             file.</li>
3848           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3849             at launch of Jalview.</li>
3850         </ul>
3851       </td>
3852       <td>
3853         <ul>
3854           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3855           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3856           <li>Can remove groups one by one.</li>
3857           <li>Filechooser icons installed.</li>
3858           <li>Finder ignores return character when searching.
3859             Return key will initiate a search.<br>
3860           </li>
3861         </ul>
3862       </td>
3863     </tr>
3864     <tr>
3865       <td>
3866         <div align="center">
3867           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3868         </div>
3869       </td>
3870       <td>
3871         <ul>
3872           <li>New codebase</li>
3873         </ul>
3874       </td>
3875       <td>&nbsp;</td>
3876     </tr>
3877   </table>
3878   <p>&nbsp;</p>
3879 </body>
3880 </html>