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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  94       </td>
  95       <td><div align="left">
  96           <em></em>
  97           <ul>
  98             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
  99             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 100             </li>
 101             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 104             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 105             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 106             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 107             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 108             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 109             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 110             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 111            </ul>
 112           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 113            <ul>
 114             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 115           </ul>
 116       </td>
 117     </tr>
 118     <tr>
 119       <td width="60" nowrap>
 120         <div align="center">
 121           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 122             <em>2/10/2017</em></strong>
 123         </div>
 124       </td>
 125       <td><div align="left">
 126           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 127           <ul>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 130             </li>
 131             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 132             </li>
 133           </ul>
 134         </div></td>
 135       <td><div align="left">
 136         </div></td>
 137     </tr>
 138     <tr>
 139       <td width="60" nowrap>
 140         <div align="center">
 141           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 142             <em>7/9/2017</em></strong>
 143         </div>
 144       </td>
 145       <td><div align="left">
 146           <em></em>
 147           <ul>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 150               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 151               white)
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 155               Preferences
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 159               in size and progress bar shown as higher resolution
 160               overview is recalculated
 161             </li>
 162
 163           </ul>
 164         </div></td>
 165       <td><div align="left">
 166           <em></em>
 167           <ul>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 170               column region row by row
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 174               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 178               format setting is unticked
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 182               if group has show boxes format setting unticked
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 186               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 187               include sequences and columns not currently displayed
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 191               assemblies are imported via CIF file
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 195               displayed when threshold or conservation colouring is also
 196               enabled.
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 200               server version
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 204               dragging a selected region off the visible region of the
 205               alignment
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 209               colourscheme to all groups in a view
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 213               initially after font size change using the Font chooser or
 214               middle-mouse zoom
 215             </li>
 216           </ul>
 217         </div></td>
 218     </tr>
 219     <tr>
 220       <td width="60" nowrap>
 221         <div align="center">
 222           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 223         </div>
 224       </td>
 225       <td><div align="left">
 226           <em>Calculations</em>
 227           <ul>
 228
 229             <li>
 230               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 231               ungapped positions in each column of the alignment.
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 235               a calculation dialog box
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 239               and memory efficiency (~30x faster)
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 243               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 244               and other calculations
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 248               files within the Jalview codebase
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 252               Similarity may have different topology due to increased
 253               precision
 254             </li>
 255           </ul>
 256           <em>Rendering</em>
 257           <ul>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 260               model for alignments and groups
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 264               scripts
 265             </li>
 266           </ul>
 267           <em>Overview</em>
 268           <ul>
 269             <li>
 270               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 271               with alignment and overview windows
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 275               overview
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 279               omitted in Overview
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 283               adjustment of visible position
 284             </li>
 285           </ul>
 286
 287           <em>Data import/export</em>
 288           <ul>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 291               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 295               annotation input/output via stockholm flatfile
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 299               extension when importing structure files without embedded
 300               names or PDB accessions
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 304               format sequence substitution matrices
 305             </li>
 306           </ul>
 307           <em>User Interface</em>
 308           <ul>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 311               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 312               the application.
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 316               via Overview or sequence motif search operations
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 320               opened by double clicking gaps within sequence feature
 321               extent
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 325               aligned positions were available to create a 3D structure
 326               superposition.
 327             </li>
 328           </ul>
 329           <em>3D Structure</em>
 330           <ul>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 333               coloured in linked structure views
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 337               file-based command exchange
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 341               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 342               structures are already available for sequences
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 346               the Jalview project rather than downloaded again when the
 347               project is reopened.
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 351               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 352               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 353                 Feature</strong>)
 354             </li>
 355           </ul>
 356           <em>Web Services</em>
 357           <ul>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 363               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 364               Analysis services
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 368               cross-references provided by identifiers.org and the
 369               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 370             </li>
 371           </ul>
 372
 373           <em>Scripting</em>
 374           <ul>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 377               identifying file formats (instead of String constants)
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 381               efficiency when counting all displayed features (not
 382               backwards compatible with 2.10.1)
 383             </li>
 384           </ul>
 385           <em>Example files</em>
 386           <ul>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 389               included in the example feature file
 390             </li>
 391           </ul>
 392           <em>Documentation</em>
 393           <ul>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 396               with the built-in Java help viewer
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 400               sequence description' option
 401             </li>
 402           </ul>
 403           <em>Test Suite</em>
 404           <ul>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 407               Uniprot REST Free Text Search Client
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 414               during tests
 415             </li>
 416           </ul>
 417         </div></td>
 418       <td><div align="left">
 419           <em>Calculations</em>
 420           <ul>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 423               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 424               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 425             </li>
 426             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 427               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 428               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 429               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 430               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 431               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 432               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 433               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 434               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 435               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 436               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 437               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 438               // for 2.10.1 mode <br />
 439               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 440               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 441                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 442                 calculations (not recommended)</em></li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 445               scaling of branch lengths for trees computed using
 446               Sequence Feature Similarity.
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 450               generating output report when working with highly
 451               redundant alignments
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 455               right of selected region when gaps present on right-hand
 456               boundary
 457             </li>
 458           </ul>
 459           <em>User Interface</em>
 460           <ul>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 463               doesn't reselect a specific sequence's associated
 464               annotation after it was used for colouring a view
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 468               opened on a region of alignment without groups
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 472               of an alignment with overlapping groups
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 476               name and description match
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 480               hidden regions results in incorrect hidden regions
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 484               changing colour does not apply Conservation slider value
 485               to all groups
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 489               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 493               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 497               gaps before start of features
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 501               restored to UI when feature colour is edited
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 505               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 509               as graduate feature colour settings are modified via the
 510               dialog box
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 514               when a group defined on the alignment is resized
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 518               wrapped view result in positional status updates
 519             </li>
 520
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 523               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 527               alignment included gapped columns
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 531               widgets don't permanently disappear
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 535               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 536               T-Coffee column reliability scores)
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 540               sequence feature on gaps only
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 544               button from a Find inherit previously defined feature type
 545               rather than the Find query string
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 549               exporting tree calculated in Jalview
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 553               and then revealing them reorders sequences on the
 554               alignment
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 558               doesn't update to reflect available set of groups after
 559               interactively adding or modifying features
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 563               Linux
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 567               only excluded gaps in current sequence and ignored
 568               selection.
 569             </li>
 570           </ul>
 571           <em>Rendering</em>
 572           <ul>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 575               erratically when hidden rows or columns are present
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 579               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 580               sequence colouring
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 584               colour and group colour menu for protein alignments
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 588               reflect currently selected view or group's shading
 589               thresholds
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 593               when rendered on overview and structures when opacity at
 594               100%
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 598               overview when features overlaid on alignment
 599             </li>
 600           </ul>
 601           <em>Data import/export</em>
 602           <ul>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 605               load
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 609               added after a sequence was imported are not written to
 610               Stockholm File
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 614               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 618               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 622               with lightGray or darkGray via features file (but can
 623               specify lightgray)
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 627               when alignment view imported from project
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 631               structure and sequences extracted from structure files
 632               imported via URL and viewed in Jmol
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 636               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 637               the project is loaded and the structure viewed
 638             </li>
 639           </ul>
 640           <em>Web Services</em>
 641           <ul>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 644               release of Ensembl v.88
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 648               appear enabled in Preferences->Connections
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 652               removed from console output
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 656               Ensembl by Peptide ID
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 660               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 661               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 662               due to 'null' string rather than empty string used for
 663               residues with no corresponding PDB mapping).
 664             </li>
 665           </ul>
 666           <em>Application UI</em>
 667           <ul>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 670               menu
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 674               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 675               new documentation and tooltips added)
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 679               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 683               new features are added to alignment
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 687               changes to feature colours via the Amend features dialog
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 691               edit graduated feature colour via amend features dialog
 692               box
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 696               selection menu changes colours of alignment views
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 700               from alignment calculation workers after alignment has
 701               been closed
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 705               groups now 'Create Group'
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 709               Create/Undefine group doesn't always work
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 713               shown again after pressing 'Cancel'
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 717               adjusts start position in wrap mode
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 721               ambiguous amino acids
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 725               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 726               proteins
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 730               Defined' don't appear in Colours menu
 731             </li>
 732           </ul>
 733           <em>Applet</em>
 734           <ul>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 737               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 741               overview or linked structure view
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 745               work (since 2.8)
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 749               user-defined colourscheme doesn't restore original
 750               colourscheme
 751             </li>
 752           </ul>
 753           <em>Test Suite</em>
 754           <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 757               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 761               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 762               problems with deep array comparison equality asserts in
 763               successive versions of TestNG
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 767               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 768             </li>
 769           </ul>
 770           <em>New Known Issues</em>
 771           <ul>
 772             <li>
 773               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 774               phase after a sequence motif find operation
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 778               containing just upper and lower case letters are
 779               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 783               reliably from eggnog Ortholog database
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 787               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 788               to mark columns containing highlighted regions.
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 792               doesn't always add secondary structure annotation.
 793             </li>
 794           </ul>
 795         </div>
 796     <tr>
 797       <td width="60" nowrap>
 798         <div align="center">
 799           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 800         </div>
 801       </td>
 802       <td><div align="left">
 803           <em>General</em>
 804           <ul>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 807               for all consensus calculations
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 811               3rd Oct 2016)
 812             </li>
 813             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 814               for 2016-2017</li>
 815           </ul>
 816           <em>Application</em>
 817           <ul>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 820               set of database cross-references, sorted alphabetically
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 824               from database cross references. Users with custom links
 825               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 826                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 830               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 831               Chimera session
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 835               the Chimera it is connected to is shut down
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 839               columns menu item to mark columns containing highlighted
 840               regions (e.g. from structure selections or results of a
 841               Find operation)
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 845               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 846               MSAviewer
 847             </li>
 848           </ul>
 849         </div></td>
 850       <td>
 851         <div align="left">
 852           <em>General</em>
 853           <ul>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 856               are not coloured or thresholded according to percent
 857               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 861               hydrophobic
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 865               threshold, amino acid properties)
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 869               reported as mapped to residues in a structure file in the
 870               View Mapping report
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 874               could be added multiple times to a sequence
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 878               bond features shown as two highlighted residues rather
 879               than a range in linked structure views, and treated
 880               correctly when selecting and computing trees from features
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 884               cross-references are matched to database name regardless
 885               of case
 886             </li>
 887
 888           </ul>
 889           <em>Application</em>
 890           <ul>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 893               names without regular expressions also offer links from
 894               Sequence ID
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 898               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 899               update Jalview configuration
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 903               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 907               files with similarly named sequences if dropped onto the
 908               alignment
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 912               entries where more chains exist in the PDB accession than
 913               are reported in the SIFTS file
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 917               the structure view when displayed with Chimera
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 921               panel's View->Show Chains submenu
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 925               work for wrapped alignment views
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 929               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 933               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 934               first annotation row
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 938               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 942               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 943             </li>
 944             <!-- JAL-2319 -->
 945             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 946             coordindate data
 947             </li>
 948           </ul>
 949           <!--           <em>New Known Issues</em>
 950           <ul>
 951             <li></li>
 952           </ul> -->
 953         </div>
 954       </td>
 955     </tr>
 956     <td width="60" nowrap>
 957       <div align="center">
 958         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 959           <em>25/10/2016</em></strong>
 960       </div>
 961     </td>
 962     <td><em>Application</em>
 963       <ul>
 964         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 965           view if structures already loaded</li>
 966         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 967           structure views</li>
 968       </ul></td>
 969     <td>
 970       <div align="left">
 971         <em>General</em>
 972         <ul>
 973           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 974             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 975           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 976             example sequences/projects/trees</li>
 977         </ul>
 978         <em>Application</em>
 979         <ul>
 980           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 981             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 982           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 983             without timeout for structures with multiple models or
 984             multiple sequences in alignment</li>
 985           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 986             PDB ID HEADER line</li>
 987           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 988             is performed</li>
 989           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 990             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 991           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 992           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 993             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 994             option</li>
 995           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 996             is created on the alignment</li>
 997           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 998             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 999             pop-up menu</li>
1000         </ul>
1001         <em>Build and deployment</em>
1002         <ul>
1003           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1004             tags</li>
1005         </ul>
1006         <em>New Known Issues</em>
1007         <ul>
1008           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1009             on Windows</li>
1010         </ul>
1011       </div>
1012     </td>
1013     </tr>
1014     <tr>
1015       <td width="60" nowrap>
1016         <div align="center">
1017           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1018         </div>
1019       </td>
1020       <td><em>General</em>
1021         <ul>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1027             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1028             better PDB parsing.
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1032             reference sequence
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1036             mousing over sequence associated annotation
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1040             for manual entry
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1044             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1045             for each column
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1049             showing or hiding columns containing a feature
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1053             group and sequence associated annotation labels
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1057             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1058             dialogs
1059           </li>
1060
1061         </ul> <em>Application</em>
1062         <ul>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1065             gene/transcript view
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1069             dialog
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1073             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1077             Pfam sources to xfam.org
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1084             over sequences in Jalview
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1088             regions in ENA and EMBL
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1092             for record retrieval via ENA rest API
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1096             complement operator
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1100             groovy script execution
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1104             alignment window's Calculate menu
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1108             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1112             calculation workers from groovy scripts
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1116             Jalview projects
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1120             associations are now saved/restored from project
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1124             before sequence fetcher is opened
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1128             database chooser opens a sequence fetcher
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1132             the UniProt REST API
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1136             the news reader opening
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1140             querying stored in preferences
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1144             search results
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1151             menu for nucleotide sequences
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1155             and feature counts preserves alignment ordering (and
1156             debugged for complex feature sets).
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1160             viewing structures with Jalview 2.10
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1164             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1165             Ensembl Genomes REST API
1166           </li>
1167           <li>
1168             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1169             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1170             (Ensembl)
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1174             sequences
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1178             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1179             data from external database records.
1180           </li>
1181           <li>
1182             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1183             efficient recovery of sequence coding and alignment
1184             annotation relationships.
1185           </li>
1186         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1187         <ul>
1188           <li>
1189             -- JAL---
1190           </li>
1191         </ul> --></td>
1192       <td>
1193         <div align="left">
1194           <em>General</em>
1195           <ul>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1198               menu on OSX
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1202               includes graduated colourschemes
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1206               working with big alignments and lots of hidden columns
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1210               at right of alignment window
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1214               contents
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1218               for DNA alignments
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1222               based tree calculation
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1226               unconserved enabled for group on alignment
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1230               set as reference
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1234               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1235               annotation
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1239               hidden columns present
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1243               user created annotation added to alignment
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1247               '()' base pair annotation
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1251               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1252               Consensus
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1256               feature not working
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1260               beginning of sequence
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1264               entry 3a6s
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1268               from a tree when t-coffee scores are shown
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1272               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1276               some structures
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1280               to Clustal, PIR and PileUp output
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1284               not visible causes alignment window to repaint
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1288               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1289               scores associated with features and annotation rows
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1293               calculation should be case independent
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1297               columns
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1301               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1302               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1306               problems when reference sequence defined and 'show
1307               non-conserved' enabled
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1311               load even when Consensus calculation is disabled
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1315               alignment does nothing
1316             </li>
1317           </ul>
1318           <em>Application</em>
1319           <ul>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1322               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1323               yet fixed for El Capitan)
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1327               output when running on non-gb/us i18n platforms
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1331               hidden sequences as flat-file alignment
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1335               launching Chimera
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1339               (also hotfix for 2.9.0b2)
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1343               reference sequence defined
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1347               alignments and views when revealing hidden columns
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1351               view in a cDNA/Protein splitframe
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1355               sequence from project when only one sequence is
1356               represented
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1360               in Structure Chooser
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1364               structure consensus didn't refresh annotation panel
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1368               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1372               dialogs format columns correctly, don't display array
1373               data, sort columns according to type
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1377               file chooser is cancelled during an image export
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1381               sequence name containing special characters
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1385               case insensitive
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1389               formatting don't wrap
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1393               truncated so L looks like I in consensus annotation
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1397               currently displayed features for the current selection or
1398               view
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1402               after fetching cross-references, and restoring from
1403               project
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1407               followed in the structure viewer
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1411               splitframe not restored from project
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1415               trailing end of protein alignment in transcript/product
1416               splitview when pad-gaps not enabled by default
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1420               is case dependent
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1424               article has been read (reopened issue due to
1425               internationalisation problems)
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1429               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1430               cross-references
1431             </li>
1432
1433             <li>
1434               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1435               alignment as HTML
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1439               multiple structures are shown for one or more sequences.
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1443               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1444               is enabled.
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1448               specific PDB id for sequence
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1452               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1453               columns' is disabled.
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1457               selects lowest rather than highest resolution structures
1458               for each sequence
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1462               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1466               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1470               after clicking on it to create new annotation for a
1471               column.
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1475               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1476             </li>
1477             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1478             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1479           </ul>
1480           <em>Applet</em>
1481           <ul>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1484               hidden columns present before start of sequence
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1488               (JSON jars)
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1492               sequences are hidden in applet
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1496               deployment on examples pages.
1497             </li>
1498           </ul>
1499         </div>
1500       </td>
1501     </tr>
1502     <tr>
1503       <td width="60" nowrap>
1504         <div align="center">
1505           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1506             <em>16/10/2015</em></strong>
1507         </div>
1508       </td>
1509       <td><em>General</em>
1510         <ul>
1511           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1512             jars</li>
1513         </ul></td>
1514       <td>
1515         <div align="left">
1516           <em>Application</em>
1517           <ul>
1518             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1519               shown when tree is partitioned</li>
1520             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1521               multiple cDNA/Protein split views</li>
1522           </ul>
1523         </div>
1524       </td>
1525     </tr>
1526     <tr>
1527       <td width="60" nowrap>
1528         <div align="center">
1529           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1530             <em>8/10/2015</em></strong>
1531         </div>
1532       </td>
1533       <td><em>General</em>
1534         <ul>
1535           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1536             2.9</li>
1537         </ul> <em>Application</em>
1538         <ul>
1539           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1540           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1541           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1542         </ul> <em>Applet</em>
1543         <ul>
1544           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1545         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1546         <ul>
1547           <li>
1548             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1549             suite
1550           </li>
1551         </ul></td>
1552       <td>
1553         <div align="left">
1554           <em>General</em>
1555           <ul>
1556             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1557               incorrect when sequence start > 1</li>
1558             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1559               documentation</li>
1560             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1561             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1562               loading a features file containing HTML tags in feature
1563               description</li>
1564
1565           </ul>
1566           <em>Application</em>
1567           <ul>
1568             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1569               reimport</li>
1570             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1571               with 'trim retrieved sequences'</li>
1572             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1573               deleting selected columns</li>
1574             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1575               JNLP templates for webstart launch</li>
1576             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1577               unreleased structures for download or viewing</li>
1578             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1579               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1580             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1581               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1582             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1583               recovered from jalview project</li>
1584             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1585               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1586               alignment view</li>
1587             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1588               color schemes from BioJSON</li>
1589           </ul>
1590           <em>Applet</em>
1591           <ul>
1592             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1593               frame</li>
1594             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1595           </ul>
1596         </div>
1597       </td>
1598     </tr>
1599     <tr>
1600       <td><div align="center">
1601           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1602         </div></td>
1603       <td><em>General</em>
1604         <ul>
1605           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1606             alignments:
1607             <ul>
1608               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1609                 and DNA alignment views</li>
1610               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1611                 cDNA alignment views</li>
1612               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1613                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1614               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1615                 protein sequences</li>
1616             </ul>
1617           </li>
1618           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1619           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1620             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1621           <li>New alignment annotation file statements for
1622             reference sequences and marking hidden columns</li>
1623           <li>Reference sequence based alignment shading to
1624             highlight variation</li>
1625           <li>Select or hide columns according to alignment
1626             annotation</li>
1627           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1628           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1629             acid conservation row</li>
1630           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1631         </ul> <em>Application</em>
1632         <ul>
1633           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1634             <ul>
1635               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1636                 view with cDNA/Protein</li>
1637               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1638                 sequences are placed in the same alignment</li>
1639               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1640                 projects</li>
1641             </ul>
1642           </li>
1643
1644           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1645           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1646             Jalview windows</li>
1647
1648           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1649           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1650           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1651             be shown in VARNA</li>
1652
1653           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1654             as the active selected region</li>
1655
1656           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1657             similarity</li>
1658           <li>New Export options
1659             <ul>
1660               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1661                 region export in flat file generation</li>
1662
1663               <li>Export alignment views for display with the <a
1664                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1665
1666               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1667               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1668                 alignment figures to HTML</li>
1669           </li>
1670           <li>3D structure retrieval and display
1671             <ul>
1672               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1673                 Search API</li>
1674               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1675                 PDB structures for a sequence set</li>
1676             </ul>
1677           </li>
1678
1679           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1680             predictions</li>
1681           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1682             for one or a group of sequences</li>
1683           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1684             from the JPred4 web server</li>
1685           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1686             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1687             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1688           </li>
1689           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1690             VARNA 2D Structure'</li>
1691           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1692             Structure ..."</li>
1693
1694         </ul> <em>Applet</em>
1695         <ul>
1696           <li>New layout for applet example pages</li>
1697           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1698             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1699           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1700             Protein alignments</li>
1701         </ul> <em>Development and deployment</em>
1702         <ul>
1703           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1704           <li>Include installation type and git revision in build
1705             properties and console log output</li>
1706           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1707             storing BioJsMSA Templates</li>
1708           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1709         </ul></td>
1710       <td>
1711         <!-- <em>General</em>
1712         <ul>
1713         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1714         <ul>
1715           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1716           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1717           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1718             predictions are not highlighted in amber</li>
1719           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1720             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1721           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1722             associated structure views</li>
1723           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1724             width checkbox not enabled</li>
1725           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1726             creating user defined colours</li>
1727           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1728             mappings for just that viewer's sequences</li>
1729           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1730             multiple models in Chimera</li>
1731           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1732             over Jmol structure</li>
1733           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1734             output to text box</li>
1735           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1736             have incorrect sequence start/end</li>
1737           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1738             Jalview fails</li>
1739           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1740             work for nucleotide</li>
1741           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1742             to a grey/invisible alignment window</li>
1743           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1744             imports to different position</li>
1745           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1746             on some platforms</li>
1747           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1748             populated</li>
1749           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1750             console if Chimera has been opened</li>
1751           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1752           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1753             retrieved</li>
1754           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1755           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1756             either sequence shows on first structure</li>
1757           <li>'Show annotations' options should not make
1758             non-positional annotations visible</li>
1759           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1760             in right place after 'view flanking regions'</li>
1761           <li>File Save As type unset when current file format is
1762             unknown</li>
1763           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1764             projects</li>
1765           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1766             responsive</li>
1767           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1768             several views on same alignment</li>
1769           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1770           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1771             spaces</li>
1772         </ul> <em>Applet</em>
1773         <ul>
1774           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1775           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1776             descriptions containing angle brackets</li>
1777         </ul> <em>General</em>
1778         <ul>
1779           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1780             via jalview annotation file</li>
1781           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1782             with RNA secondary structure</li>
1783           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1784             translation doesn't work.</li>
1785           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1786           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1787             positions</li>
1788           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1789             choosing 1pt font</li>
1790           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1791             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1792             'h'</li>
1793           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1794             new feature</li>
1795           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1796             order dependent</li>
1797           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1798             sequences</li>
1799           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1800         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1801         <ul>
1802           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1803             www.jalview.org</li>
1804         </ul> <em>Application Known issues</em>
1805         <ul>
1806           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1807           <li>Misleading message appears after trying to delete
1808             solid column.</li>
1809           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1810             version launches</li>
1811           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1812             fails with a sequence mismatch</li>
1813           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1814             scrolling alignment to right</li>
1815           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1816             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1817           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1818             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1819           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1820             ultra-high resolution</li>
1821           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1822             quality and conservation</li>
1823           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1824             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1825         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1826         <ul>
1827           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1828           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1829             window is being resized</li>
1830
1831         </ul>
1832       </td>
1833     </tr>
1834     <tr>
1835       <td><div align="center">
1836           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1837         </div></td>
1838       <td><em>General</em>
1839         <ul>
1840           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1841             Certum.PL.</li>
1842           <li>Features and annotation preserved when performing
1843             pairwise alignment</li>
1844           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1845             imported/exported/displayed</li>
1846           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1847             protein secondary structure</li>
1848           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1849               post-hoc with 2.9 release</em>)
1850           </li>
1851
1852         </ul> <em>Application</em>
1853         <ul>
1854           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1855             with 3D structures</li>
1856           <li>Support for parsing RNAML</li>
1857           <li>Annotations menu for layout
1858             <ul>
1859               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1860               <li>place sequence annotation above/below alignment
1861                 annotation</li>
1862             </ul>
1863           <li>Output in Stockholm format</li>
1864           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1865             translation</li>
1866           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1867           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1868             shared between alignments</li>
1869           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1870             Jalview</li>
1871           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1872             all or current selection</li>
1873           <li>disorder and secondary structure predictions
1874             available as dataset annotation</li>
1875           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1876
1877
1878           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1879             alignments from Rfam</li>
1880           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1881
1882           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1883             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1884           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1885           <li>include installation type in build properties and
1886             console log output</li>
1887           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1888             annotation</li>
1889         </ul></td>
1890       <td>
1891         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1892         <ul>
1893           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1894             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1895           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1896             alignment</li>
1897           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1898           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1899           <li>Double click on sequence associated annotation
1900             selects only first column</li>
1901           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1902             leaves shown in tree</li>
1903           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1904             properly</li>
1905           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1906           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1907             screen and buttons not visible</li>
1908           <li>author list isn't updated if already written to
1909             Jalview properties</li>
1910           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1911             from database</li>
1912           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1913           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1914             browser search window</li>
1915           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1916             in feature settings dialog</li>
1917           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1918             desktop</li>
1919           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1920             pass validation</li>
1921           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1922             fit on screen</li>
1923           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1924             tooltip</li>
1925           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1926             defined user preset</li>
1927           <li>MSA web services warns user if they were launched
1928             with invalid input</li>
1929           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1930             Java 8</li>
1931           <li>
1932             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1933             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1934             created
1935           </li>
1936
1937         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1938         <ul>
1939         </ul> <em>General</em>
1940         <ul>
1941         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1942         <ul>
1943           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1944             memory allocation</li>
1945           <li>launchApp service doesn't automatically open
1946             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1947           <li>
1948             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1949             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1950             1.7_055 is available
1951           </li>
1952         </ul> <em>Application Known issues</em>
1953         <ul>
1954           <li>
1955             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1956             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1957             alignment to right
1958           </li>
1959           <li>
1960             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1961             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1962             with large number of ID
1963           </li>
1964           <li>
1965             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1966             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1967             start/end
1968           </li>
1969           <li>
1970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1971             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1972             structure tracks are rearranged
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1976             invalid rna structure positional highlighting does not
1977             highlight position of invalid base pairs
1978           </li>
1979           <li>
1980             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1981             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1982             project from alignment window file menu
1983           </li>
1984           <li>
1985             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1986             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1987             structures
1988           </li>
1989           <li>
1990             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1991             colour by RNA Helices not enabled when user created
1992             annotation added to alignment
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1996             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1997           </li>
1998         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1999         <ul>
2000           <li>
2001             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2002             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2003           </li>
2004           <li>
2005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2006             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2007           </li>
2008
2009           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2010             when selected</li>
2011         </ul>
2012       </td>
2013     </tr>
2014     <tr>
2015       <td><div align="center">
2016           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2017         </div></td>
2018       <td>
2019         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2020         <em>General</em>
2021         <ul>
2022           <li>Internationalisation of user interface (usually
2023             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2024           <li>Define/Undefine group on current selection with
2025             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2026           <li>Improved group creation/removal options in
2027             alignment/sequence Popup menu</li>
2028           <li>Sensible precision for symbol distribution
2029             percentages shown in logo tooltip.</li>
2030           <li>Annotation panel height set according to amount of
2031             annotation when alignment first opened</li>
2032         </ul> <em>Application</em>
2033         <ul>
2034           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2035             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2036           <li>Select columns containing particular features from
2037             Feature Settings dialog</li>
2038           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2039             sequences</li>
2040           <li>Update Jalview project format:
2041             <ul>
2042               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2043               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2044                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2045               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2046                 colouring</li>
2047             </ul>
2048           </li>
2049           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2050             (PAM250)</li>
2051           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2052             flanking regions for an alignment</li>
2053         </ul>
2054       </td>
2055       <td>
2056         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2057         <ul>
2058           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2059             running after job is cancelled</li>
2060           <li>cannot export features from alignments imported from
2061             Jalview/VAMSAS projects</li>
2062           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2063             float values</li>
2064           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2065             have 'display all symbols' flag set</li>
2066           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2067             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2068           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2069             Jalview</li>
2070           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2071             Lion/Webstart</li>
2072           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2073           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2074           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2075             alignment onto desktop</li>
2076           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2077             'extract scores' function</li>
2078           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2079             alignment window</li>
2080           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2081             performing IUPred disorder prediction</li>
2082           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2083             changing 'normalise logo' display setting</li>
2084           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2085             nothing matches query</li>
2086           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2087             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2088           </li>
2089           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2090             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2091           </li>
2092           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2093             Jalview's menu</li>
2094           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2095             'invalid literal/length code'</li>
2096           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2097             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2098           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2099             colourscheme</li>
2100
2101         </ul> <em>Applet</em>
2102         <ul>
2103           <li>Remove group option is shown even when selection is
2104             not a group</li>
2105           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2106             don't affect groups</li>
2107           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2108             colourscheme name</li>
2109           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2110             Annotation panel is not displayed</li>
2111           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2112             embedded windows</li>
2113         </ul> <em>Other</em>
2114         <ul>
2115           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2116             single sequence were not calculated</li>
2117           <li>annotation files that contain only groups imported as
2118             annotation and junk sequences</li>
2119           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2120             recognised as PFAM or BLC</li>
2121           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2122             doesn't affect background (2.8.0b1)
2123           <li></li>
2124           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2125           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2126             trailing gaps</li>
2127           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2128             registered correctly on import</li>
2129           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2130             certain alignments</li>
2131           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2132             existing annotation based 'use original colours'
2133             colourscheme loses original colours setting</li>
2134         </ul>
2135       </td>
2136     </tr>
2137     <tr>
2138       <td><div align="center">
2139           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2140             <em>30/1/2014</em></strong>
2141         </div></td>
2142       <td>
2143         <ul>
2144           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2145             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2146             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2147             open source project).
2148           </li>
2149           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2150           <li>Output in Stockholm format</li>
2151           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2152           <li>Export/import group and sequence associated line
2153             graph thresholds</li>
2154           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2155             ambiguity codes</li>
2156           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2157             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2158             works</li>
2159           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2160         </ul> <em>Other improvements</em>
2161         <ul>
2162           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2163           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2164             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2165           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2166             files</li>
2167           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2168           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2169             link but no description</li>
2170           <li>Select primary source when selecting authority in
2171             database fetcher GUI</li>
2172           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2173             Jalview</li>
2174           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2175         </ul>
2176       </td>
2177       <td>
2178         <ul>
2179           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2180             displayed</li>
2181           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2182             secondary structure annotation line</li>
2183           <li>Sequence database accessions not imported when
2184             fetching alignments from Rfam</li>
2185           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2186             identical IDs</li>
2187           <li>View all structures does not always superpose
2188             structures</li>
2189           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2190             reflect user or preset settings</li>
2191           <li>Null pointer exceptions for some services without
2192             presets or adjustable parameters</li>
2193           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2194             discover PDB xRefs</li>
2195           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2196             features with DAS</li>
2197           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2198             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2199           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2200             residue follows a gap</li>
2201           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2202             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2203           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2204             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2205           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2206             annotation already exists on alignment</li>
2207           <li>oninit javascript function should be called after
2208             initialisation completes</li>
2209           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2210             alignment window display</li>
2211           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2212           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2213             to annotation file</li>
2214           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2215             groups created</li>
2216           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2217             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2218           <li>Pressing return several times causes Number Format
2219             exceptions in keyboard mode</li>
2220           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2221             correct partitions for input data</li>
2222           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2223           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2224           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2225           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2226             mode</li>
2227           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2228             changes one row&#39;s threshold</li>
2229           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2230             doesn&#39;t open</li>
2231           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2232             quality histograms</li>
2233         </ul>
2234       </td>
2235     </tr>
2236     <tr>
2237       <td><div align="center">
2238           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2239         </div></td>
2240       <td><em>Application</em>
2241         <ul>
2242           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2243             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2244           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2245             preferences</li>
2246           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2247             in Jalview alignment window</li>
2248           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2249             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2250           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2251             RNA and ambiguity codes</li>
2252
2253           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2254           <li>Support fetching and database reference look up
2255             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2256             refs')</li>
2257           <li>Jalview project improvements
2258             <ul>
2259               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2260                 flag for annotation</li>
2261               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2262                 alignment</li>
2263               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2264                 Jalview project</li>
2265
2266             </ul>
2267           </li>
2268           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2269           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2270             running</li>
2271           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2272           <li>visual indication that web service results are still
2273             being retrieved from server</li>
2274           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2275             starts up for first time</li>
2276           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2277             services</li>
2278           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2279             client library</li>
2280           <li>Examples directory and Groovy library included in
2281             InstallAnywhere distribution</li>
2282         </ul> <em>Applet</em>
2283         <ul>
2284           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2285             visualization applet example</li>
2286         </ul> <em>General</em>
2287         <ul>
2288           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2289           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2290             defaults</li>
2291           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2292             calculation</li>
2293           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2294             matrices
2295           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2296             in HTML</li>
2297           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2298             structure contacts</li>
2299           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2300           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2301           <li>Parse sequence associated secondary structure
2302             information in Stockholm files</li>
2303           <li>HTML Export database accessions and annotation
2304             information presented in tooltip for sequences</li>
2305           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2306             style RNA alignment files</li>
2307           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2308             alignment</li>
2309           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2310             shade each sequence according to its associated alignment
2311             annotation</li>
2312           <li>New Jalview Logo</li>
2313         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2314         <ul>
2315           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2316           <li>New Website!</li>
2317         </ul></td>
2318       <td><em>Application</em>
2319         <ul>
2320           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2321             wsdbfetch REST service</li>
2322           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2323           <li>Filetype associations not installed for webstart
2324             launch</li>
2325           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2326             job execution in full once it is complete</li>
2327           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2328             uploaded via ali_file parameter</li>
2329           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2330           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2331           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2332             submitted for prediction</li>
2333           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2334             desktop window</li>
2335           <li>Putting fractional value into integer text box in
2336             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2337           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2338             windows 7</li>
2339           <li>View all structures fails with exception shown in
2340             structure view</li>
2341           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2342             escaped in a platform independent way</li>
2343           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2344             using proxy</li>
2345           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2346             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2347           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2348             failure when java web start temporary file caching is
2349             disabled</li>
2350           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2351             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2352           <li>Errors during processing of command line arguments
2353             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2354           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2355             DAS sources in sequence fetcher</li>
2356           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2357             dialog is shown</li>
2358           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2359           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2360           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2361           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2362             on OSX Mountain Lion</li>
2363           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2364             sequences with alignment annotation are pasted into the
2365             alignment</li>
2366           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2367             when loaded from Jalview project</li>
2368           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2369           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2370             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2371           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2372             associated with all views</li>
2373           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2374             annotation rows to new window</li>
2375         </ul> <em>Applet</em>
2376         <ul>
2377           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2378             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2379           <li>loading features via javascript API automatically
2380             enables feature display</li>
2381           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2382             work</li>
2383         </ul> <em>General</em>
2384         <ul>
2385           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2386           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2387             and then deselected</li>
2388           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2389           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2390             coloured with clustalx</li>
2391           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2392             exceptions and redraw errors</li>
2393           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2394             reconfigured view</li>
2395           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2396             colour</li>
2397           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2398             for lots of labels</li>
2399         </ul>
2400     </tr>
2401     <tr>
2402       <td>
2403         <div align="center">
2404           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2405         </div>
2406       </td>
2407       <td><em>Application</em>
2408         <ul>
2409           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2410           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2411           <li>View/alignment association menu to enable user to
2412             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2413             its colours/correspondences from</li>
2414           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2415           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2416             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2417           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2418           <li>Annotation row column label formatting attributes
2419             stored in project file</li>
2420           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2421             rows preserved in Jalview project file</li>
2422           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2423             saved using Desktop window menu</li>
2424           <li>Visual indication that command line arguments are
2425             still being processed</li>
2426           <li>Groovy script execution from URL</li>
2427           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2428             preferences</li>
2429           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2430             alignment with sequences that have high similarity and
2431             matching IDs</li>
2432           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2433           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2434             structures in same window</li>
2435           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2436           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2437             analysis function in its own submenu</li>
2438         </ul> <em>Applet</em>
2439         <ul>
2440           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2441             groups</li>
2442           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2443           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2444           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2445           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2446           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2447             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2448           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2449           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2450             parameters are treated as such</li>
2451           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2452             <ul>
2453               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2454               <li>Javascript callbacks for
2455                 <ul>
2456                   <li>Applet initialisation</li>
2457                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2458                 </ul>
2459               </li>
2460               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2461                 functions</li>
2462               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2463               <li>javascript structure viewer harness to pass
2464                 messages between Jmol and Jalview when running as
2465                 distinct applets</li>
2466               <li>sortBy method</li>
2467               <li>Set of applet and application examples shipped
2468                 with documentation</li>
2469               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2470                 javascript message exchange</li>
2471             </ul>
2472         </ul> <em>General</em>
2473         <ul>
2474           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2475             multiple alignments</li>
2476           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2477           <li>User configurable link to enable redirects to a
2478             www.Jalview.org mirror</li>
2479           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2480           <li>Configurable newline string when writing alignment
2481             and other flat files</li>
2482           <li>Allow alignment annotation description lines to
2483             contain html tags</li>
2484         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2485         <ul>
2486           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2487             examples</li>
2488           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2489             using a web service before displaying the result in the
2490             Jalview desktop</li>
2491           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2492           <li>Ant target to publish example html files with applet
2493             archive</li>
2494           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2495           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2496         </ul></td>
2497       <td><em>Application</em>
2498         <ul>
2499           <li>User defined colourscheme throws exception when
2500             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2501           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2502             dialog for valid filename/format</li>
2503           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2504           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2505             P37173</li>
2506           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2507             which sequence is to be associated with the file</li>
2508           <li>Find All raises null pointer exception when query
2509             only matches sequence IDs</li>
2510           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2511           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2512             2.4 cannot be loaded</li>
2513           <li>Filetype associations not installed for webstart
2514             launch</li>
2515           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2516             with sequences in different alignments do not get coloured
2517             by their associated sequence</li>
2518           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2519             not preserved when project is loaded</li>
2520           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2521             stored in Jalview project</li>
2522           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2523             Jalview project</li>
2524           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2525           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2526             by conservation</li>
2527           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2528             created on new view</li>
2529           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2530             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2531           <li>Alignment quality not updated after alignment
2532             annotation row is hidden then shown</li>
2533           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2534             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2535           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2536             properly</li>
2537           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2538             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2539           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2540           <li>Structures imported from file and saved in project
2541             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2542           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2543             job execution in full once it is complete</li>
2544         </ul> <em>Applet</em>
2545         <ul>
2546           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2547             annotation rows are displayed</li>
2548           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2549             codebase</li>
2550           <li>View follows highlighting does not work for positions
2551             in sequences</li>
2552           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2553           <li>Export features raises exception when no features
2554             exist</li>
2555           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2556             for javascript api is modified when separator string
2557             provided as parameter</li>
2558           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2559             alignment with no existing selection</li>
2560           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2561             to applet&#39;s codebase</li>
2562           <li>Status bar not updated after finished searching and
2563             search wraps around to first result</li>
2564           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2565             several Jalview applets causes race conditions and memory
2566             leaks</li>
2567           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2568             not sent from Jmol in applet</li>
2569           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2570             applet API fatally hang browser</li>
2571         </ul> <em>General</em>
2572         <ul>
2573           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2574             position with wrapped view and hidden regions</li>
2575           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2576             with/without hidden columns</li>
2577           <li>Sequence length given in alignment properties window
2578             is off by 1</li>
2579           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2580             import PDB like structure files</li>
2581           <li>Positional search results are only highlighted
2582             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2583           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2584           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2585             given sequence position</li>
2586           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2587             output</li>
2588           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2589             from nucleotide chains correctly</li>
2590           <li>Structure colours not updated when tree partition
2591             changed in alignment</li>
2592           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2593             parsed in interleaved stockholm</li>
2594           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2595             state</li>
2596           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2597             properly</li>
2598           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2599             properly associated with their pdb files</li>
2600         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2601         <ul>
2602           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2603             ApplyCopyright tool</li>
2604         </ul></td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td>
2608         <div align="center">
2609           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2610         </div>
2611       </td>
2612       <td><em>Application</em>
2613         <ul>
2614           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2615             contact web services</li>
2616           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2617             service job window</li>
2618           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2619         </ul></td>
2620       <td>
2621         <ul>
2622           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2623             pir file emitted by Jalview</li>
2624           <li>Existing feature settings transferred to new
2625             alignment view created from cut'n'paste</li>
2626           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2627             parsing PDB files</li>
2628           <li>Consensus and conservation annotation rows
2629             occasionally become blank for all new windows</li>
2630           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2631             in wrapped view mode</li>
2632         </ul> <em>Application</em>
2633         <ul>
2634           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2635             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2636           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2637             parameter names</li>
2638           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2639             is down</li>
2640         </ul>
2641       </td>
2642     </tr>
2643     <tr>
2644       <td>
2645         <div align="center">
2646           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2647         </div>
2648       </td>
2649       <td><em>Application</em>
2650         <ul>
2651           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2652             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2653             (JABAWS)
2654           </li>
2655           <li>Web Services preference tab</li>
2656           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2657             preferences</li>
2658           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2659           <li>Superpose structures using associated sequence
2660             alignment</li>
2661           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2662             viewer</li>
2663         </ul> <em>Applet</em>
2664         <ul>
2665           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2666             link out mechanism</li>
2667         </ul> <em>Other</em>
2668         <ul>
2669           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2670             series 12</li>
2671           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2672             require Java 1.5</li>
2673           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2674             sequence annotation files</li>
2675           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2676             type colour specification</li>
2677           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2678             script to check if it being run in an interactive session or
2679             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2680         </ul></td>
2681       <td>
2682         <ul>
2683           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2684             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2685         </ul> <em>Application</em>
2686         <ul>
2687           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2688             selected Regions menu item</li>
2689           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2690             part of a valid accession ID</li>
2691           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2692             runs out of memory</li>
2693           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2694             analysis results</li>
2695           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2696             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2697           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2698         </ul> <em>Applet</em>
2699         <ul>
2700           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2701             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2702             defined.</li>
2703         </ul>
2704       </td>
2705     </tr>
2706     <tr>
2707       <td>
2708         <div align="center">
2709           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2710         </div>
2711       </td>
2712       <td></td>
2713       <td>
2714         <ul>
2715           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2716             sequence IDs</li>
2717           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2718             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2719           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2720             import correctly</li>
2721           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2722             number of columns are hidden</li>
2723           <li>annotation label popup menu not providing correct
2724             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2725             present</li>
2726           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2727             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2728           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2729             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2730
2731         </ul> <em>Applet</em>
2732         <ul>
2733           <li>annotation panel disappears when annotation is
2734             hidden/removed</li>
2735         </ul> <em>Application</em>
2736         <ul>
2737           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2738             alignment opened where annotation panel is visible but no
2739             annotations are present on alignment</li>
2740           <li>pasted region containing hidden columns is
2741             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2742           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2743             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2744           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2745             selected Rregions menu item.</li>
2746           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2747             'Un' or 'Non'conserved</li>
2748           <li>Sequence feature settings are being shared by
2749             multiple distinct alignments</li>
2750           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2751             changed</li>
2752           <li>double click on group annotation to select sequences
2753             does not propagate to associated trees</li>
2754           <li>Mac OSX specific issues:
2755             <ul>
2756               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2757                 window background</li>
2758               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2759                 name set correctly</li>
2760               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2761                 save feature colourscheme button</li>
2762             </ul>
2763           </li>
2764         </ul>
2765       </td>
2766     </tr>
2767     <tr>
2768
2769       <td>
2770         <div align="center">
2771           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2772         </div>
2773       </td>
2774       <td><em>New Capabilities</em>
2775         <ul>
2776           <li>URL links generated from description line for
2777             regular-expression based URL links (applet and application)
2778
2779           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2780             menu</li>
2781           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2782             structures</li>
2783           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2784             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2785           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2786             average score or total feature count for each sequence.</li>
2787           <li>Shading features by score or associated description</li>
2788           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2789             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2790           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2791             hide everything but the currently selected region.</li>
2792           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2793         </ul> <em>Application</em>
2794         <ul>
2795           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2796             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2797           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2798             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2799           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2800             database references and protein_name is parsed as
2801             description line (BioSapiens terms).</li>
2802           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2803             references in sequence ID tooltip from View menu in
2804             application.</li>
2805           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2806       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2807           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2808             conservation plots</li>
2809           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2810             and visualized as sequence logos</li>
2811           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2812             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2813           </li>
2814           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2815             when a new tree is opened.</li>
2816           <li>Jalview Java Console</li>
2817           <li>Better placement of desktop window when moving
2818             between different screens.</li>
2819           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2820             consensus annotation</li>
2821           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2822             Workflows</li>
2823           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2824             <ul>
2825               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2826                 used to preserve views, structures, and tree display
2827                 settings)</li>
2828               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2829                 command line</li>
2830               <li>Sharing of selected regions between views and
2831                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2832               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2833             </ul></li>
2834         </ul> <em>Applet</em>
2835         <ul>
2836           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2837           <li>New Parameters
2838             <ul>
2839               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2840                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2841                 opened.</li>
2842               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2843                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2844               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2845                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2846               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2847                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2848                 view</li>
2849               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2850                 increase the height or width of a cell in the alignment
2851                 grid relative to the current font size.</li>
2852             </ul>
2853           </li>
2854           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2855             tooltip</li>
2856         </ul> <em>Other</em>
2857         <ul>
2858           <li>Features format: graduated colour definitions and
2859             specification of feature scores</li>
2860           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2861             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2862             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2863           <li>XML formats extended to support graduated feature
2864             colourschemes, group associated annotation, and profile
2865             visualization settings.</li></td>
2866       <td>
2867         <ul>
2868           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2869             rather than description</li>
2870           <li>Non-positional features are now included in sequence
2871             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2872             visibility in tooltip).</li>
2873           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2874           <li>Added URL embedding instructions to features file
2875             documentation.</li>
2876           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2877             'X' in peptide product</li>
2878           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2879             sequence ID and sequence string and query strings do not
2880             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2881           <li>AMSA files only contain first column of
2882             multi-character column annotation labels</li>
2883           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2884             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2885             exported and re-imported)</li>
2886           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2887             name</li>
2888           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2889             as subsequence matches, and correctly reports total number
2890             of both.</li>
2891           <li>Application:
2892             <ul>
2893               <li>Better handling of exceptions during sequence
2894                 retrieval</li>
2895               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2896                 link text excludes the start_end suffix</li>
2897               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2898                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2899               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2900               <li>Sequence description lines properly shared via
2901                 VAMSAS</li>
2902               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2903                 data sources</li>
2904               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2905                 completes before alignment figures are generated.</li>
2906               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2907                 first time.</li>
2908               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2909                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2910               <li>User defined group colours properly recovered
2911                 from Jalview projects.</li>
2912             </ul>
2913           </li>
2914         </ul>
2915       </td>
2916
2917     </tr>
2918     <tr>
2919       <td>
2920         <div align="center">
2921           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2922         </div>
2923       </td>
2924       <td>
2925         <ul>
2926           <li>Experimental support for google analytics usage
2927             tracking.</li>
2928           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2929         </ul>
2930       </td>
2931       <td>
2932         <ul>
2933           <li>Race condition in applet preventing startup in
2934             jre1.6.0u12+.</li>
2935           <li>Exception when feature created from selection beyond
2936             length of sequence.</li>
2937           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2938           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2939             all sequences with a given id</li>
2940           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2941             ID string searches</li>
2942           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2943             alignment to fail with exception</li>
2944         </ul> <em>Application Issues</em>
2945         <ul>
2946           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2947           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2948             data sources</li>
2949         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2950         <ul>
2951           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2952             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2953           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2954             version (java class versioning error fixed)</li>
2955         </ul>
2956       </td>
2957     </tr>
2958     <tr>
2959       <td>
2960
2961         <div align="center">
2962           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2963         </div>
2964       </td>
2965       <td><em>User Interface</em>
2966         <ul>
2967           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2968             translation and protein products</li>
2969           <li>Linked highlighting of structure associated with
2970             residue mapping to codon position</li>
2971           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2972             and 'clear' button</li>
2973           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2974             Tools menu</li>
2975           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2976             numeric data in description line</li>
2977           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2978           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2979             of sequence</li>
2980         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2981         <ul>
2982           <li>JPred3 web service</li>
2983           <li>Prototype sequence search client (no public services
2984             available yet)</li>
2985           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2986             PFAM</li>
2987           <li>URL Links created for matching database cross
2988             references as well as sequence ID</li>
2989           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2990         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2991         <ul>
2992           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2993             databases</li>
2994           <li>Generalised database reference retrieval and
2995             validation to all fetchable databases</li>
2996           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2997             sequence command</li>
2998         </ul> <em>Import and Export</em>
2999         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3000         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3001           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3002         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3003           File</li>
3004         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3005           triplet as name of colourscheme</li>
3006         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3007         <ul>
3008           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3009           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3010             alignments (experimental)</li>
3011           <li>Create new or select existing session to join</li>
3012           <li>load and save of vamsas documents</li>
3013         </ul> <em>Application command line</em>
3014         <ul>
3015           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3016             from applet)</li>
3017           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3018             of DAS servers to query for alignment features</li>
3019           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3020             that are also automatically queried for features</li>
3021           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3022             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3023         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3024         <ul>
3025           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3026             application (when using &quot;View in full
3027             application&quot;)</li>
3028         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3029         <ul>
3030           <li>feature group display control parameter</li>
3031           <li>debug parameter</li>
3032           <li>showbutton parameter</li>
3033         </ul> <em>Applet API methods</em>
3034         <ul>
3035           <li>newView public method</li>
3036           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3037           <li>Feature display control methods</li>
3038           <li>get list of currently selected sequences</li>
3039         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3040         <ul>
3041           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3042           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3043             Jalview release.</li>
3044           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3045             property controls execution of obfuscator</li>
3046           <li>Build target for generating source distribution</li>
3047           <li>Debug flag for javacc</li>
3048           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3049             jalview.bin.Cache</li>
3050           <li>Continuous Build Integration for stable and
3051             development version of Application, Applet and source
3052             distribution</li>
3053         </ul></td>
3054       <td>
3055         <ul>
3056           <li>selected region output includes visible annotations
3057             (for certain formats)</li>
3058           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3059             for editing</li>
3060           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3061           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3062           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3063           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3064             comments</li>
3065           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3066             filenames containing a ':'</li>
3067           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3068             global sequence features</li>
3069           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3070             references from alignment sequences goes to zero</li>
3071           <li>Close of tree branch colour box without colour
3072             selection causes cascading exceptions</li>
3073           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3074           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3075             file parsing fails.</li>
3076           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3077           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3078             not a valid output format</li>
3079           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3080             vamsas</li>
3081           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3082           <li>error messages passed up and output when data read
3083             fails</li>
3084           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3085             sequence is edited</li>
3086           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3087             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3088           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3089             filetype</li>
3090           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3091             import fixed for PFAM records</li>
3092           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3093             window list</li>
3094           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3095             can be read and written correctly to annotation file</li>
3096           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3097             correctly</li>
3098           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3099             non-italic font for representatives in Applet</li>
3100           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3101             Macs.</li>
3102           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3103             Applet)</li>
3104           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3105             due to null pointer exceptions</li>
3106           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3107             first column of alignment</li>
3108           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3109             July 2008</li>
3110           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3111             file is case-insensitive</li>
3112           <li>Sequence features read from Features file appended to
3113             all sequences with matching IDs</li>
3114           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3115             containing a sub-sequence</li>
3116           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3117           <li>feature and annotation file applet parameters
3118             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3119           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3120           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3121             splash-screen version check to complete</li>
3122           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3123             when passing them to the launchApp service</li>
3124           <li>display name and local features preserved in results
3125             retrieved from web service</li>
3126           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3127             sequence fetcher initialisation</li>
3128           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3129             dasobert DAS client</li>
3130           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3131             association</li>
3132           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3133             sequences
3134           </li>
3135         </ul>
3136       </td>
3137     </tr>
3138     <tr>
3139       <td>
3140         <div align="center">
3141           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3142         </div>
3143       </td>
3144       <td>
3145         <ul>
3146           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3147           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3148           <li>Slide sequences</li>
3149           <li>Edit sequence in place</li>
3150           <li>EMBL CDS features</li>
3151           <li>DAS Feature mapping</li>
3152           <li>Feature ordering</li>
3153           <li>Alignment Properties</li>
3154           <li>Annotation Scores</li>
3155           <li>Sort by scores</li>
3156           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3157         </ul>
3158       </td>
3159       <td>
3160         <ul>
3161           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3162           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3163           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3164           <li>Feature group display state in XML</li>
3165           <li>Feature ordering in XML</li>
3166           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3167           <li>Stockholm alignment properties</li>
3168           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3169           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3170           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3171           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3172         </ul>
3173       </td>
3174
3175     </tr>
3176     <tr>
3177       <td>
3178         <div align="center">
3179           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3180         </div>
3181       </td>
3182       <td>
3183         <ul>
3184           <li>Non standard characters can be read and displayed
3185           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3186             applet via textbox
3187           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3188             name &amp; description
3189           <li>Preference setting to display sequence name in
3190             italics
3191           <li>Annotation file format extended to allow
3192             Sequence_groups to be defined
3193           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3194             specified in preferences
3195           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3196             sequences
3197         </ul>
3198       </td>
3199       <td>
3200         <ul>
3201           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3202             installed
3203           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3204           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3205         </ul>
3206       </td>
3207     </tr>
3208     <tr>
3209       <td>
3210         <div align="center">
3211           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3212         </div>
3213       </td>
3214       <td>
3215         <ul>
3216           <li>Multiple views on alignment
3217           <li>Sequence feature editing
3218           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3219           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3220           <li>Background dependent text colour
3221           <li>Right align sequence ids
3222           <li>User-defined lower case residue colours
3223           <li>Format Menu
3224           <li>Select Menu
3225           <li>Menu item accelerator keys
3226           <li>Control-V pastes to current alignment
3227           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3228           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3229           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3230
3231           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3232         </ul>
3233       </td>
3234       <td>
3235         <ul>
3236           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3237           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3238             calculations
3239           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3240             edits
3241           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3242             of alignment)
3243           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3244
3245           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3246             display correctly
3247           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3248           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3249             analysis results
3250           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3251             &#8739;
3252           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3253           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3254           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3255
3256         </ul>
3257       </td>
3258     </tr>
3259     <tr>
3260       <td>
3261         <div align="center">
3262           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3263         </div>
3264       </td>
3265       <td>
3266         <ul>
3267           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3268         </ul>
3269       </td>
3270       <td>
3271         <ul>
3272           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3273             sequence id panel has been resized</li>
3274           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3275             rendered</li>
3276           <li>Annotation files with sequence references - all
3277             elements in file are relative to sequence position</li>
3278           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3279         </ul>
3280       </td>
3281     </tr>
3282     <tr>
3283       <td>
3284         <div align="center">
3285           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3286         </div>
3287       </td>
3288       <td>
3289         <ul>
3290           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3291           <li>DAS Feature fetching</li>
3292           <li>Hide sequences and columns</li>
3293           <li>Export Annotations and Features</li>
3294           <li>GFF file reading / writing</li>
3295           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3296             files</li>
3297           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3298           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3299           <li>Applet can launch the full application</li>
3300           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3301             required)</li>
3302           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3303           <li>Applet can load sequences from parameter
3304             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3305           </li>
3306         </ul>
3307       </td>
3308       <td>
3309         <ul>
3310           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3311           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3312           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3313         </ul>
3314       </td>
3315     </tr>
3316     <tr>
3317       <td>
3318         <div align="center">
3319           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3320         </div>
3321       </td>
3322       <td>
3323         <ul>
3324           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3325           <li>Choose to match case when searching</li>
3326           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3327             expand the visible width and height of the alignment</li>
3328         </ul>
3329       </td>
3330       <td>
3331         <ul>
3332           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3333         </ul>
3334       </td>
3335     </tr>
3336     <tr>
3337       <td>
3338         <div align="center">
3339           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3340         </div>
3341       </td>
3342       <td>&nbsp;</td>
3343       <td>
3344         <ul>
3345           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3346           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3347             value</li>
3348         </ul>
3349       </td>
3350     </tr>
3351     <tr>
3352       <td>
3353         <div align="center">
3354           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3355         </div>
3356       </td>
3357       <td>
3358         <ul>
3359           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3360           <li>Keyboard editing</li>
3361           <li>Create sequence features from searches</li>
3362           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3363             alignments</li>
3364           <li>Features file allows grouping of features</li>
3365           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3366           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3367           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3368         </ul>
3369       </td>
3370       <td>
3371         <ul>
3372           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3373           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3374             descriptions saved.</li>
3375         </ul>
3376       </td>
3377     </tr>
3378     <tr>
3379       <td>
3380         <div align="center">
3381           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3382         </div>
3383       </td>
3384       <td>
3385         <ul>
3386           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3387           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3388           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3389             name for file output</li>
3390           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3391           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3392             used for HTML form input</li>
3393         </ul>
3394       </td>
3395       <td>
3396         <ul>
3397           <li>HTML output writes groups and features</li>
3398           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3399           <li>File IO bugs</li>
3400         </ul>
3401       </td>
3402     </tr>
3403     <tr>
3404       <td>
3405         <div align="center">
3406           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3407         </div>
3408       </td>
3409       <td>
3410         <ul>
3411           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3412           <li>More options for PCA viewer</li>
3413         </ul>
3414       </td>
3415       <td>
3416         <ul>
3417           <li>GUI bugs resolved</li>
3418           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3419         </ul>
3420       </td>
3421     </tr>
3422     <tr>
3423       <td height="63">
3424         <div align="center">
3425           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3426         </div>
3427       </td>
3428       <td>
3429         <ul>
3430           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3431           <li>Jar files are executable</li>
3432           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3433         </ul>
3434       </td>
3435       <td>
3436         <ul>
3437           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3438           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3439           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3440         </ul>
3441       </td>
3442     </tr>
3443     <tr>
3444       <td>
3445         <div align="center">
3446           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3447         </div>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454       <td>
3455         <ul>
3456           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3457         </ul>
3458       </td>
3459     </tr>
3460     <tr>
3461       <td>
3462         <div align="center">
3463           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3464         </div>
3465       </td>
3466       <td>
3467         <ul>
3468           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3469             size</li>
3470         </ul>
3471       </td>
3472       <td>
3473         <ul>
3474           <li>Improved JPred client reliability</li>
3475           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3476         </ul>
3477       </td>
3478     </tr>
3479     <tr>
3480       <td>
3481         <div align="center">
3482           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3483         </div>
3484       </td>
3485       <td>
3486         <ul>
3487           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3488           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3489           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3490             to Colour Menu</li>
3491           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3492           <li>Unix users can set default web browser</li>
3493           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3494           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3495         </ul>
3496       </td>
3497       <td>
3498         <ul>
3499           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3500         </ul>
3501       </td>
3502     </tr>
3503     <tr>
3504       <td>
3505         <div align="center">
3506           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3507         </div>
3508       </td>
3509       <td>&nbsp;</td>
3510       <td>
3511         <ul>
3512           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3513             alignment order.</li>
3514         </ul>
3515       </td>
3516     </tr>
3517     <tr>
3518       <td>
3519         <div align="center">
3520           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3521         </div>
3522       </td>
3523       <td>
3524         <ul>
3525           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3526           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3527           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3528             annotations.</li>
3529           <li>Version and build date written to build properties
3530             file.</li>
3531           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3532             at launch of Jalview.</li>
3533         </ul>
3534       </td>
3535       <td>
3536         <ul>
3537           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3538           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3539           <li>Can remove groups one by one.</li>
3540           <li>Filechooser icons installed.</li>
3541           <li>Finder ignores return character when searching.
3542             Return key will initiate a search.<br>
3543           </li>
3544         </ul>
3545       </td>
3546     </tr>
3547     <tr>
3548       <td>
3549         <div align="center">
3550           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3551         </div>
3552       </td>
3553       <td>
3554         <ul>
3555           <li>New codebase</li>
3556         </ul>
3557       </td>
3558       <td>&nbsp;</td>
3559     </tr>
3560   </table>
3561   <p>&nbsp;</p>
3562 </body>
3563 </html>