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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  74             <em>7/9/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
  82               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
  83               white)
  84             </li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
  87               Preferences
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
  91               in size and progress bar shown as higher resolution
  92               overview is recalculated
  93             </li>
  94
  95           </ul>
  96         </div></td>
  97       <td><div align="left">
  98           <em></em>
  99           <ul>
 100             <li>
 101               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 102               column region row by row
 103             </li>
 104             <li>
 105               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 106               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 107             </li>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 110               format setting is unticked
 111             </li>
 112             <li>
 113               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 114               if group has show boxes format setting unticked
 115             </li>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 118               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 119               include sequences and columns not currently displayed
 120             </li>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 123               assemblies are imported via CIF file
 124             </li>
 125             <li>
 126               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 127               displayed when threshold or conservation colouring is also
 128               enabled.
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 132               server version
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 136               dragging a selected region off the visible region of the
 137               alignment
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 141               colourscheme to all groups in a view
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 145               initially after font size change using the Font chooser or
 146               middle-mouse zoom
 147             </li>
 148           </ul>
 149         </div></td>
 150
 151     <tr>
 152       <td width="60" nowrap>
 153         <div align="center">
 154           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 155         </div>
 156       </td>
 157       <td><div align="left">
 158           <em>Calculations</em>
 159           <ul>
 160
 161             <li>
 162               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 163               ungapped positions in each column of the alignment.
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 167               a calculation dialog box
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 171               and memory efficiency (~30x faster)
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 175               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 176               and other calculations
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 180               files within the Jalview codebase
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 184               Similarity may have different topology due to increased
 185               precision
 186             </li>
 187           </ul>
 188           <em>Rendering</em>
 189           <ul>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 192               model for alignments and groups
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 196               scripts
 197             </li>
 198           </ul>
 199           <em>Overview</em>
 200           <ul>
 201             <li>
 202               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 203               with alignment and overview windows
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 207               overview
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 211               omitted in Overview
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 215               adjustment of visible position
 216             </li>
 217           </ul>
 218
 219           <em>Data import/export</em>
 220           <ul>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 223               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 227               annotation input/output via stockholm flatfile
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 231               extension when importing structure files without embedded
 232               names or PDB accessions
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 236               format sequence substitution matrices
 237             </li>
 238           </ul>
 239           <em>User Interface</em>
 240           <ul>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 243               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 244               the application.
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 248               via Overview or sequence motif search operations
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 252               opened by double clicking gaps within sequence feature
 253               extent
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 257               aligned positions were available to create a 3D structure
 258               superposition.
 259             </li>
 260           </ul>
 261           <em>3D Structure</em>
 262           <ul>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 265               coloured in linked structure views
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 269               file-based command exchange
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 273               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 274               structures are already available for sequences
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 278               the Jalview project rather than downloaded again when the
 279               project is reopened.
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 283               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 284               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 285                 Feature</strong>)
 286             </li>
 287           </ul>
 288           <em>Web Services</em>
 289           <ul>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 295               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 296               Analysis services
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 300               cross-references provided by identifiers.org and the
 301               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 302             </li>
 303           </ul>
 304
 305           <em>Scripting</em>
 306           <ul>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 309               identifying file formats (instead of String constants)
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 313               efficiency when counting all displayed features (not
 314               backwards compatible with 2.10.1)
 315             </li>
 316           </ul>
 317           <em>Example files</em>
 318           <ul>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 321               included in the example feature file
 322             </li>
 323           </ul>
 324           <em>Documentation</em>
 325           <ul>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 328               with the built-in Java help viewer
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 332               sequence description' option
 333             </li>
 334           </ul>
 335           <em>Test Suite</em>
 336           <ul>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 339               Uniprot REST Free Text Search Client
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 346               during tests
 347             </li>
 348           </ul>
 349         </div></td>
 350       <td><div align="left">
 351           <em>Calculations</em>
 352           <ul>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 355               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 356               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 357             </li>
 358             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 359               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 360               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 361               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 362               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 363               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 364               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 365               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 366               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 367               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 368               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 369               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 370               // for 2.10.1 mode <br />
 371               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 372               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 373                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 374                 calculations (not recommended)</em></li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 377               scaling of branch lengths for trees computed using
 378               Sequence Feature Similarity.
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 382               generating output report when working with highly
 383               redundant alignments
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 387               right of selected region when gaps present on right-hand
 388               boundary
 389             </li>
 390           </ul>
 391           <em>User Interface</em>
 392           <ul>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 395               doesn't reselect a specific sequence's associated
 396               annotation after it was used for colouring a view
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 400               opened on a region of alignment without groups
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 404               of an alignment with overlapping groups
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 408               name and description match
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 412               hidden regions results in incorrect hidden regions
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 416               changing colour does not apply Conservation slider value
 417               to all groups
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 421               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 425               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 429               gaps before start of features
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 433               restored to UI when feature colour is edited
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 437               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 441               as graduate feature colour settings are modified via the
 442               dialog box
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 446               when a group defined on the alignment is resized
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 450               wrapped view result in positional status updates
 451             </li>
 452
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 455               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 459               alignment included gapped columns
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 463               widgets don't permanently disappear
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 467               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 468               T-Coffee column reliability scores)
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 472               sequence feature on gaps only
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 476               button from a Find inherit previously defined feature type
 477               rather than the Find query string
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 481               exporting tree calculated in Jalview
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 485               and then revealing them reorders sequences on the
 486               alignment
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 490               doesn't update to reflect available set of groups after
 491               interactively adding or modifying features
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 495               Linux
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 499               only excluded gaps in current sequence and ignored
 500               selection.
 501             </li>
 502           </ul>
 503           <em>Rendering</em>
 504           <ul>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 507               erratically when hidden rows or columns are present
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 511               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 512               sequence colouring
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 516               colour and group colour menu for protein alignments
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 520               reflect currently selected view or group's shading
 521               thresholds
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 525               when rendered on overview and structures when opacity at
 526               100%
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 530               overview when features overlaid on alignment
 531             </li>
 532           </ul>
 533           <em>Data import/export</em>
 534           <ul>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 537               load
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 541               added after a sequence was imported are not written to
 542               Stockholm File
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 546               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 550               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 554               with lightGray or darkGray via features file (but can
 555               specify lightgray)
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 559               when alignment view imported from project
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 563               structure and sequences extracted from structure files
 564               imported via URL and viewed in Jmol
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 568               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 569               the project is loaded and the structure viewed
 570             </li>
 571           </ul>
 572           <em>Web Services</em>
 573           <ul>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 576               release of Ensembl v.88
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 580               appear enabled in Preferences->Connections
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 584               removed from console output
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 588               Ensembl by Peptide ID
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 592               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 593               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 594               due to 'null' string rather than empty string used for
 595               residues with no corresponding PDB mapping).
 596             </li>
 597           </ul>
 598           <em>Application UI</em>
 599           <ul>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 602               menu
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 606               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 607               new documentation and tooltips added)
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 611               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 615               new features are added to alignment
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 619               changes to feature colours via the Amend features dialog
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 623               edit graduated feature colour via amend features dialog
 624               box
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 628               selection menu changes colours of alignment views
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 632               from alignment calculation workers after alignment has
 633               been closed
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 637               groups now 'Create Group'
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 641               Create/Undefine group doesn't always work
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 645               shown again after pressing 'Cancel'
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 649               adjusts start position in wrap mode
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 653               ambiguous amino acids
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 657               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 658               proteins
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 662               Defined' don't appear in Colours menu
 663             </li>
 664           </ul>
 665           <em>Applet</em>
 666           <ul>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 669               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 673               overview or linked structure view
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 677               work (since 2.8)
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 681               user-defined colourscheme doesn't restore original
 682               colourscheme
 683             </li>
 684           </ul>
 685           <em>Test Suite</em>
 686           <ul>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 689               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 693               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 694               problems with deep array comparison equality asserts in
 695               successive versions of TestNG
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 699               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 700             </li>
 701           </ul>
 702           <em>New Known Issues</em>
 703           <ul>
 704             <li>
 705               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 706               phase after a sequence motif find operation
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 710               containing just upper and lower case letters are
 711               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 715               reliably from eggnog Ortholog database
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 719               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 720               to mark columns containing highlighted regions.
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 724               doesn't always add secondary structure annotation.
 725             </li>
 726           </ul>
 727         </div>
 728     <tr>
 729       <td width="60" nowrap>
 730         <div align="center">
 731           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 732         </div>
 733       </td>
 734       <td><div align="left">
 735           <em>General</em>
 736           <ul>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 739               for all consensus calculations
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 743               3rd Oct 2016)
 744             </li>
 745             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 746               for 2016-2017</li>
 747           </ul>
 748           <em>Application</em>
 749           <ul>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 752               set of database cross-references, sorted alphabetically
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 756               from database cross references. Users with custom links
 757               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 758                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 762               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 763               Chimera session
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 767               the Chimera it is connected to is shut down
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 771               columns menu item to mark columns containing highlighted
 772               regions (e.g. from structure selections or results of a
 773               Find operation)
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 777               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 778               MSAviewer
 779             </li>
 780           </ul>
 781         </div></td>
 782       <td>
 783         <div align="left">
 784           <em>General</em>
 785           <ul>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 788               are not coloured or thresholded according to percent
 789               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 793               hydrophobic
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 797               threshold, amino acid properties)
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 801               reported as mapped to residues in a structure file in the
 802               View Mapping report
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 806               could be added multiple times to a sequence
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 810               bond features shown as two highlighted residues rather
 811               than a range in linked structure views, and treated
 812               correctly when selecting and computing trees from features
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 816               cross-references are matched to database name regardless
 817               of case
 818             </li>
 819
 820           </ul>
 821           <em>Application</em>
 822           <ul>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 825               names without regular expressions also offer links from
 826               Sequence ID
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 830               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 831               update Jalview configuration
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 835               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 839               files with similarly named sequences if dropped onto the
 840               alignment
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 844               entries where more chains exist in the PDB accession than
 845               are reported in the SIFTS file
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 849               the structure view when displayed with Chimera
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 853               panel's View->Show Chains submenu
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 857               work for wrapped alignment views
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 861               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 865               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 866               first annotation row
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 870               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 874               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 875             </li>
 876             <!-- JAL-2319 -->
 877             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 878             coordindate data
 879             </li>
 880           </ul>
 881           <!--           <em>New Known Issues</em>
 882           <ul>
 883             <li></li>
 884           </ul> -->
 885         </div>
 886       </td>
 887     </tr>
 888     <td width="60" nowrap>
 889       <div align="center">
 890         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 891           <em>25/10/2016</em></strong>
 892       </div>
 893     </td>
 894     <td><em>Application</em>
 895       <ul>
 896         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 897           view if structures already loaded</li>
 898         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 899           structure views</li>
 900       </ul></td>
 901     <td>
 902       <div align="left">
 903         <em>General</em>
 904         <ul>
 905           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 906             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 907           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 908             example sequences/projects/trees</li>
 909         </ul>
 910         <em>Application</em>
 911         <ul>
 912           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 913             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 914           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 915             without timeout for structures with multiple models or
 916             multiple sequences in alignment</li>
 917           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 918             PDB ID HEADER line</li>
 919           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 920             is performed</li>
 921           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 922             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 923           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 924           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 925             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 926             option</li>
 927           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 928             is created on the alignment</li>
 929           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 930             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 931             pop-up menu</li>
 932         </ul>
 933         <em>Build and deployment</em>
 934         <ul>
 935           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 936             tags</li>
 937         </ul>
 938         <em>New Known Issues</em>
 939         <ul>
 940           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 941             on Windows</li>
 942         </ul>
 943       </div>
 944     </td>
 945     </tr>
 946     <tr>
 947       <td width="60" nowrap>
 948         <div align="center">
 949           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 950         </div>
 951       </td>
 952       <td><em>General</em>
 953         <ul>
 954           <li>
 955             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 959             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 960             better PDB parsing.
 961           </li>
 962           <li>
 963             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 964             reference sequence
 965           </li>
 966           <li>
 967             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 968             mousing over sequence associated annotation
 969           </li>
 970           <li>
 971             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 972             for manual entry
 973           </li>
 974           <li>
 975             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 976             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 977             for each column
 978           </li>
 979           <li>
 980             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 981             showing or hiding columns containing a feature
 982           </li>
 983           <li>
 984             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 985             group and sequence associated annotation labels
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 989             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 990             dialogs
 991           </li>
 992
 993         </ul> <em>Application</em>
 994         <ul>
 995           <li>
 996             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 997             gene/transcript view
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1001             dialog
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1005             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1009             Pfam sources to xfam.org
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1016             over sequences in Jalview
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1020             regions in ENA and EMBL
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1024             for record retrieval via ENA rest API
1025           </li>
1026           <li>
1027             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1028             complement operator
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1032             groovy script execution
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1036             alignment window's Calculate menu
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1040             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1044             calculation workers from groovy scripts
1045           </li>
1046           <li>
1047             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1048             Jalview projects
1049           </li>
1050           <li>
1051             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1052             associations are now saved/restored from project
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1056             before sequence fetcher is opened
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1060             database chooser opens a sequence fetcher
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1064             the UniProt REST API
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1068             the news reader opening
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1072             querying stored in preferences
1073           </li>
1074           <li>
1075             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1076             search results
1077           </li>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1083             menu for nucleotide sequences
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1087             and feature counts preserves alignment ordering (and
1088             debugged for complex feature sets).
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1092             viewing structures with Jalview 2.10
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1096             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1097             Ensembl Genomes REST API
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1101             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1102             (Ensembl)
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1106             sequences
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1110             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1111             data from external database records.
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1115             efficient recovery of sequence coding and alignment
1116             annotation relationships.
1117           </li>
1118         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1119         <ul>
1120           <li>
1121             -- JAL---
1122           </li>
1123         </ul> --></td>
1124       <td>
1125         <div align="left">
1126           <em>General</em>
1127           <ul>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1130               menu on OSX
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1134               includes graduated colourschemes
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1138               working with big alignments and lots of hidden columns
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1142               at right of alignment window
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1146               contents
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1150               for DNA alignments
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1154               based tree calculation
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1158               unconserved enabled for group on alignment
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1162               set as reference
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1166               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1167               annotation
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1171               hidden columns present
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1175               user created annotation added to alignment
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1179               '()' base pair annotation
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1183               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1184               Consensus
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1188               feature not working
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1192               beginning of sequence
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1196               entry 3a6s
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1200               from a tree when t-coffee scores are shown
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1204               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1208               some structures
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1212               to Clustal, PIR and PileUp output
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1216               not visible causes alignment window to repaint
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1220               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1221               scores associated with features and annotation rows
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1225               calculation should be case independent
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1229               columns
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1233               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1234               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1238               problems when reference sequence defined and 'show
1239               non-conserved' enabled
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1243               load even when Consensus calculation is disabled
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1247               alignment does nothing
1248             </li>
1249           </ul>
1250           <em>Application</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1254               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1255               yet fixed for El Capitan)
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1259               output when running on non-gb/us i18n platforms
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1263               hidden sequences as flat-file alignment
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1267               launching Chimera
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1271               (also hotfix for 2.9.0b2)
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1275               reference sequence defined
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1279               alignments and views when revealing hidden columns
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1283               view in a cDNA/Protein splitframe
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1287               sequence from project when only one sequence is
1288               represented
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1292               in Structure Chooser
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1296               structure consensus didn't refresh annotation panel
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1300               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1304               dialogs format columns correctly, don't display array
1305               data, sort columns according to type
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1309               file chooser is cancelled during an image export
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1313               sequence name containing special characters
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1317               case insensitive
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1321               formatting don't wrap
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1325               truncated so L looks like I in consensus annotation
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1329               currently displayed features for the current selection or
1330               view
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1334               after fetching cross-references, and restoring from
1335               project
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1339               followed in the structure viewer
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1343               splitframe not restored from project
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1347               trailing end of protein alignment in transcript/product
1348               splitview when pad-gaps not enabled by default
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1352               is case dependent
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1356               article has been read (reopened issue due to
1357               internationalisation problems)
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1361               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1362               cross-references
1363             </li>
1364
1365             <li>
1366               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1367               alignment as HTML
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1371               multiple structures are shown for one or more sequences.
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1375               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1376               is enabled.
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1380               specific PDB id for sequence
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1384               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1385               columns' is disabled.
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1389               selects lowest rather than highest resolution structures
1390               for each sequence
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1394               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1398               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1402               after clicking on it to create new annotation for a
1403               column.
1404             </li>
1405             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1406             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1407           </ul>
1408           <em>Applet</em>
1409           <ul>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1412               hidden columns present before start of sequence
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1416               (JSON jars)
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1420               sequences are hidden in applet
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1424               deployment on examples pages.
1425             </li>
1426           </ul>
1427         </div>
1428       </td>
1429     </tr>
1430     <tr>
1431       <td width="60" nowrap>
1432         <div align="center">
1433           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1434             <em>16/10/2015</em></strong>
1435         </div>
1436       </td>
1437       <td><em>General</em>
1438         <ul>
1439           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1440             jars</li>
1441         </ul></td>
1442       <td>
1443         <div align="left">
1444           <em>Application</em>
1445           <ul>
1446             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1447               shown when tree is partitioned</li>
1448             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1449               multiple cDNA/Protein split views</li>
1450           </ul>
1451         </div>
1452       </td>
1453     </tr>
1454     <tr>
1455       <td width="60" nowrap>
1456         <div align="center">
1457           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1458             <em>8/10/2015</em></strong>
1459         </div>
1460       </td>
1461       <td><em>General</em>
1462         <ul>
1463           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1464             2.9</li>
1465         </ul> <em>Application</em>
1466         <ul>
1467           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1468           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1469           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1470         </ul> <em>Applet</em>
1471         <ul>
1472           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1473         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1474         <ul>
1475           <li>
1476             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1477             suite
1478           </li>
1479         </ul></td>
1480       <td>
1481         <div align="left">
1482           <em>General</em>
1483           <ul>
1484             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1485               incorrect when sequence start > 1</li>
1486             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1487               documentation</li>
1488             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1489             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1490               loading a features file containing HTML tags in feature
1491               description</li>
1492
1493           </ul>
1494           <em>Application</em>
1495           <ul>
1496             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1497               reimport</li>
1498             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1499               with 'trim retrieved sequences'</li>
1500             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1501               deleting selected columns</li>
1502             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1503               JNLP templates for webstart launch</li>
1504             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1505               unreleased structures for download or viewing</li>
1506             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1507               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1508             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1509               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1510             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1511               recovered from jalview project</li>
1512             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1513               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1514               alignment view</li>
1515             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1516               color schemes from BioJSON</li>
1517           </ul>
1518           <em>Applet</em>
1519           <ul>
1520             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1521               frame</li>
1522             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1523           </ul>
1524         </div>
1525       </td>
1526     </tr>
1527     <tr>
1528       <td><div align="center">
1529           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1530         </div></td>
1531       <td><em>General</em>
1532         <ul>
1533           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1534             alignments:
1535             <ul>
1536               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1537                 and DNA alignment views</li>
1538               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1539                 cDNA alignment views</li>
1540               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1541                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1542               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1543                 protein sequences</li>
1544             </ul>
1545           </li>
1546           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1547           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1548             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1549           <li>New alignment annotation file statements for
1550             reference sequences and marking hidden columns</li>
1551           <li>Reference sequence based alignment shading to
1552             highlight variation</li>
1553           <li>Select or hide columns according to alignment
1554             annotation</li>
1555           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1556           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1557             acid conservation row</li>
1558           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1559         </ul> <em>Application</em>
1560         <ul>
1561           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1562             <ul>
1563               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1564                 view with cDNA/Protein</li>
1565               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1566                 sequences are placed in the same alignment</li>
1567               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1568                 projects</li>
1569             </ul>
1570           </li>
1571
1572           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1573           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1574             Jalview windows</li>
1575
1576           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1577           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1578           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1579             be shown in VARNA</li>
1580
1581           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1582             as the active selected region</li>
1583
1584           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1585             similarity</li>
1586           <li>New Export options
1587             <ul>
1588               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1589                 region export in flat file generation</li>
1590
1591               <li>Export alignment views for display with the <a
1592                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1593
1594               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1595               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1596                 alignment figures to HTML</li>
1597           </li>
1598           <li>3D structure retrieval and display
1599             <ul>
1600               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1601                 Search API</li>
1602               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1603                 PDB structures for a sequence set</li>
1604             </ul>
1605           </li>
1606
1607           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1608             predictions</li>
1609           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1610             for one or a group of sequences</li>
1611           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1612             from the JPred4 web server</li>
1613           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1614             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1615             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1616           </li>
1617           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1618             VARNA 2D Structure'</li>
1619           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1620             Structure ..."</li>
1621
1622         </ul> <em>Applet</em>
1623         <ul>
1624           <li>New layout for applet example pages</li>
1625           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1626             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1627           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1628             Protein alignments</li>
1629         </ul> <em>Development and deployment</em>
1630         <ul>
1631           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1632           <li>Include installation type and git revision in build
1633             properties and console log output</li>
1634           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1635             storing BioJsMSA Templates</li>
1636           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1637         </ul></td>
1638       <td>
1639         <!-- <em>General</em>
1640         <ul>
1641         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1642         <ul>
1643           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1644           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1645           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1646             predictions are not highlighted in amber</li>
1647           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1648             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1649           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1650             associated structure views</li>
1651           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1652             width checkbox not enabled</li>
1653           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1654             creating user defined colours</li>
1655           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1656             mappings for just that viewer's sequences</li>
1657           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1658             multiple models in Chimera</li>
1659           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1660             over Jmol structure</li>
1661           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1662             output to text box</li>
1663           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1664             have incorrect sequence start/end</li>
1665           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1666             Jalview fails</li>
1667           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1668             work for nucleotide</li>
1669           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1670             to a grey/invisible alignment window</li>
1671           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1672             imports to different position</li>
1673           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1674             on some platforms</li>
1675           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1676             populated</li>
1677           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1678             console if Chimera has been opened</li>
1679           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1680           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1681             retrieved</li>
1682           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1683           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1684             either sequence shows on first structure</li>
1685           <li>'Show annotations' options should not make
1686             non-positional annotations visible</li>
1687           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1688             in right place after 'view flanking regions'</li>
1689           <li>File Save As type unset when current file format is
1690             unknown</li>
1691           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1692             projects</li>
1693           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1694             responsive</li>
1695           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1696             several views on same alignment</li>
1697           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1698           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1699             spaces</li>
1700         </ul> <em>Applet</em>
1701         <ul>
1702           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1703           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1704             descriptions containing angle brackets</li>
1705         </ul> <em>General</em>
1706         <ul>
1707           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1708             via jalview annotation file</li>
1709           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1710             with RNA secondary structure</li>
1711           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1712             translation doesn't work.</li>
1713           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1714           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1715             positions</li>
1716           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1717             choosing 1pt font</li>
1718           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1719             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1720             'h'</li>
1721           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1722             new feature</li>
1723           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1724             order dependent</li>
1725           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1726             sequences</li>
1727           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1728         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1729         <ul>
1730           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1731             www.jalview.org</li>
1732         </ul> <em>Application Known issues</em>
1733         <ul>
1734           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1735           <li>Misleading message appears after trying to delete
1736             solid column.</li>
1737           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1738             version launches</li>
1739           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1740             fails with a sequence mismatch</li>
1741           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1742             scrolling alignment to right</li>
1743           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1744             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1745           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1746             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1747           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1748             ultra-high resolution</li>
1749           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1750             quality and conservation</li>
1751           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1752             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1753         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1754         <ul>
1755           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1756           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1757             window is being resized</li>
1758
1759         </ul>
1760       </td>
1761     </tr>
1762     <tr>
1763       <td><div align="center">
1764           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1765         </div></td>
1766       <td><em>General</em>
1767         <ul>
1768           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1769             Certum.PL.</li>
1770           <li>Features and annotation preserved when performing
1771             pairwise alignment</li>
1772           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1773             imported/exported/displayed</li>
1774           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1775             protein secondary structure</li>
1776           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1777               post-hoc with 2.9 release</em>)
1778           </li>
1779
1780         </ul> <em>Application</em>
1781         <ul>
1782           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1783             with 3D structures</li>
1784           <li>Support for parsing RNAML</li>
1785           <li>Annotations menu for layout
1786             <ul>
1787               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1788               <li>place sequence annotation above/below alignment
1789                 annotation</li>
1790             </ul>
1791           <li>Output in Stockholm format</li>
1792           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1793             translation</li>
1794           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1795           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1796             shared between alignments</li>
1797           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1798             Jalview</li>
1799           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1800             all or current selection</li>
1801           <li>disorder and secondary structure predictions
1802             available as dataset annotation</li>
1803           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1804
1805
1806           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1807             alignments from Rfam</li>
1808           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1809
1810           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1811             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1812           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1813           <li>include installation type in build properties and
1814             console log output</li>
1815           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1816             annotation</li>
1817         </ul></td>
1818       <td>
1819         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1820         <ul>
1821           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1822             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1823           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1824             alignment</li>
1825           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1826           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1827           <li>Double click on sequence associated annotation
1828             selects only first column</li>
1829           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1830             leaves shown in tree</li>
1831           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1832             properly</li>
1833           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1834           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1835             screen and buttons not visible</li>
1836           <li>author list isn't updated if already written to
1837             Jalview properties</li>
1838           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1839             from database</li>
1840           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1841           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1842             browser search window</li>
1843           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1844             in feature settings dialog</li>
1845           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1846             desktop</li>
1847           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1848             pass validation</li>
1849           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1850             fit on screen</li>
1851           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1852             tooltip</li>
1853           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1854             defined user preset</li>
1855           <li>MSA web services warns user if they were launched
1856             with invalid input</li>
1857           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1858             Java 8</li>
1859           <li>
1860             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1861             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1862             created
1863           </li>
1864
1865         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1866         <ul>
1867         </ul> <em>General</em>
1868         <ul>
1869         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1870         <ul>
1871           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1872             memory allocation</li>
1873           <li>launchApp service doesn't automatically open
1874             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1875           <li>
1876             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1877             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1878             1.7_055 is available
1879           </li>
1880         </ul> <em>Application Known issues</em>
1881         <ul>
1882           <li>
1883             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1884             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1885             alignment to right
1886           </li>
1887           <li>
1888             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1889             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1890             with large number of ID
1891           </li>
1892           <li>
1893             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1894             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1895             start/end
1896           </li>
1897           <li>
1898             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1899             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1900             structure tracks are rearranged
1901           </li>
1902           <li>
1903             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1904             invalid rna structure positional highlighting does not
1905             highlight position of invalid base pairs
1906           </li>
1907           <li>
1908             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1909             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1910             project from alignment window file menu
1911           </li>
1912           <li>
1913             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1914             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1915             structures
1916           </li>
1917           <li>
1918             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1919             colour by RNA Helices not enabled when user created
1920             annotation added to alignment
1921           </li>
1922           <li>
1923             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1924             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1925           </li>
1926         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1927         <ul>
1928           <li>
1929             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1930             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1931           </li>
1932           <li>
1933             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1934             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1935           </li>
1936
1937           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1938             when selected</li>
1939         </ul>
1940       </td>
1941     </tr>
1942     <tr>
1943       <td><div align="center">
1944           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1945         </div></td>
1946       <td>
1947         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1948         <em>General</em>
1949         <ul>
1950           <li>Internationalisation of user interface (usually
1951             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1952           <li>Define/Undefine group on current selection with
1953             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1954           <li>Improved group creation/removal options in
1955             alignment/sequence Popup menu</li>
1956           <li>Sensible precision for symbol distribution
1957             percentages shown in logo tooltip.</li>
1958           <li>Annotation panel height set according to amount of
1959             annotation when alignment first opened</li>
1960         </ul> <em>Application</em>
1961         <ul>
1962           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1963             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1964           <li>Select columns containing particular features from
1965             Feature Settings dialog</li>
1966           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1967             sequences</li>
1968           <li>Update Jalview project format:
1969             <ul>
1970               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1971               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1972                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1973               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1974                 colouring</li>
1975             </ul>
1976           </li>
1977           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1978             (PAM250)</li>
1979           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1980             flanking regions for an alignment</li>
1981         </ul>
1982       </td>
1983       <td>
1984         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1985         <ul>
1986           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1987             running after job is cancelled</li>
1988           <li>cannot export features from alignments imported from
1989             Jalview/VAMSAS projects</li>
1990           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1991             float values</li>
1992           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1993             have 'display all symbols' flag set</li>
1994           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1995             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1996           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1997             Jalview</li>
1998           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1999             Lion/Webstart</li>
2000           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2001           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2002           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2003             alignment onto desktop</li>
2004           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2005             'extract scores' function</li>
2006           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2007             alignment window</li>
2008           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2009             performing IUPred disorder prediction</li>
2010           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2011             changing 'normalise logo' display setting</li>
2012           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2013             nothing matches query</li>
2014           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2015             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2016           </li>
2017           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2018             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2019           </li>
2020           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2021             Jalview's menu</li>
2022           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2023             'invalid literal/length code'</li>
2024           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2025             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2026           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2027             colourscheme</li>
2028
2029         </ul> <em>Applet</em>
2030         <ul>
2031           <li>Remove group option is shown even when selection is
2032             not a group</li>
2033           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2034             don't affect groups</li>
2035           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2036             colourscheme name</li>
2037           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2038             Annotation panel is not displayed</li>
2039           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2040             embedded windows</li>
2041         </ul> <em>Other</em>
2042         <ul>
2043           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2044             single sequence were not calculated</li>
2045           <li>annotation files that contain only groups imported as
2046             annotation and junk sequences</li>
2047           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2048             recognised as PFAM or BLC</li>
2049           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2050             doesn't affect background (2.8.0b1)
2051           <li></li>
2052           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2053           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2054             trailing gaps</li>
2055           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2056             registered correctly on import</li>
2057           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2058             certain alignments</li>
2059           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2060             existing annotation based 'use original colours'
2061             colourscheme loses original colours setting</li>
2062         </ul>
2063       </td>
2064     </tr>
2065     <tr>
2066       <td><div align="center">
2067           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2068             <em>30/1/2014</em></strong>
2069         </div></td>
2070       <td>
2071         <ul>
2072           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2073             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2074             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2075             open source project).
2076           </li>
2077           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2078           <li>Output in Stockholm format</li>
2079           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2080           <li>Export/import group and sequence associated line
2081             graph thresholds</li>
2082           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2083             ambiguity codes</li>
2084           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2085             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2086             works</li>
2087           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2088         </ul> <em>Other improvements</em>
2089         <ul>
2090           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2091           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2092             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2093           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2094             files</li>
2095           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2096           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2097             link but no description</li>
2098           <li>Select primary source when selecting authority in
2099             database fetcher GUI</li>
2100           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2101             Jalview</li>
2102           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2103         </ul>
2104       </td>
2105       <td>
2106         <ul>
2107           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2108             displayed</li>
2109           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2110             secondary structure annotation line</li>
2111           <li>Sequence database accessions not imported when
2112             fetching alignments from Rfam</li>
2113           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2114             identical IDs</li>
2115           <li>View all structures does not always superpose
2116             structures</li>
2117           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2118             reflect user or preset settings</li>
2119           <li>Null pointer exceptions for some services without
2120             presets or adjustable parameters</li>
2121           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2122             discover PDB xRefs</li>
2123           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2124             features with DAS</li>
2125           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2126             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2127           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2128             residue follows a gap</li>
2129           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2130             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2131           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2132             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2133           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2134             annotation already exists on alignment</li>
2135           <li>oninit javascript function should be called after
2136             initialisation completes</li>
2137           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2138             alignment window display</li>
2139           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2140           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2141             to annotation file</li>
2142           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2143             groups created</li>
2144           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2145             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2146           <li>Pressing return several times causes Number Format
2147             exceptions in keyboard mode</li>
2148           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2149             correct partitions for input data</li>
2150           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2151           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2152           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2153           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2154             mode</li>
2155           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2156             changes one row&#39;s threshold</li>
2157           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2158             doesn&#39;t open</li>
2159           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2160             quality histograms</li>
2161         </ul>
2162       </td>
2163     </tr>
2164     <tr>
2165       <td><div align="center">
2166           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2167         </div></td>
2168       <td><em>Application</em>
2169         <ul>
2170           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2171             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2172           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2173             preferences</li>
2174           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2175             in Jalview alignment window</li>
2176           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2177             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2178           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2179             RNA and ambiguity codes</li>
2180
2181           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2182           <li>Support fetching and database reference look up
2183             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2184             refs')</li>
2185           <li>Jalview project improvements
2186             <ul>
2187               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2188                 flag for annotation</li>
2189               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2190                 alignment</li>
2191               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2192                 Jalview project</li>
2193
2194             </ul>
2195           </li>
2196           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2197           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2198             running</li>
2199           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2200           <li>visual indication that web service results are still
2201             being retrieved from server</li>
2202           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2203             starts up for first time</li>
2204           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2205             services</li>
2206           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2207             client library</li>
2208           <li>Examples directory and Groovy library included in
2209             InstallAnywhere distribution</li>
2210         </ul> <em>Applet</em>
2211         <ul>
2212           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2213             visualization applet example</li>
2214         </ul> <em>General</em>
2215         <ul>
2216           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2217           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2218             defaults</li>
2219           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2220             calculation</li>
2221           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2222             matrices
2223           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2224             in HTML</li>
2225           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2226             structure contacts</li>
2227           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2228           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2229           <li>Parse sequence associated secondary structure
2230             information in Stockholm files</li>
2231           <li>HTML Export database accessions and annotation
2232             information presented in tooltip for sequences</li>
2233           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2234             style RNA alignment files</li>
2235           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2236             alignment</li>
2237           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2238             shade each sequence according to its associated alignment
2239             annotation</li>
2240           <li>New Jalview Logo</li>
2241         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2242         <ul>
2243           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2244           <li>New Website!</li>
2245         </ul></td>
2246       <td><em>Application</em>
2247         <ul>
2248           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2249             wsdbfetch REST service</li>
2250           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2251           <li>Filetype associations not installed for webstart
2252             launch</li>
2253           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2254             job execution in full once it is complete</li>
2255           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2256             uploaded via ali_file parameter</li>
2257           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2258           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2259           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2260             submitted for prediction</li>
2261           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2262             desktop window</li>
2263           <li>Putting fractional value into integer text box in
2264             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2265           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2266             windows 7</li>
2267           <li>View all structures fails with exception shown in
2268             structure view</li>
2269           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2270             escaped in a platform independent way</li>
2271           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2272             using proxy</li>
2273           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2274             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2275           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2276             failure when java web start temporary file caching is
2277             disabled</li>
2278           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2279             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2280           <li>Errors during processing of command line arguments
2281             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2282           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2283             DAS sources in sequence fetcher</li>
2284           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2285             dialog is shown</li>
2286           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2287           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2288           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2289           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2290             on OSX Mountain Lion</li>
2291           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2292             sequences with alignment annotation are pasted into the
2293             alignment</li>
2294           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2295             when loaded from Jalview project</li>
2296           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2297           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2298             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2299           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2300             associated with all views</li>
2301           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2302             annotation rows to new window</li>
2303         </ul> <em>Applet</em>
2304         <ul>
2305           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2306             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2307           <li>loading features via javascript API automatically
2308             enables feature display</li>
2309           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2310             work</li>
2311         </ul> <em>General</em>
2312         <ul>
2313           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2314           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2315             and then deselected</li>
2316           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2317           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2318             coloured with clustalx</li>
2319           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2320             exceptions and redraw errors</li>
2321           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2322             reconfigured view</li>
2323           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2324             colour</li>
2325           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2326             for lots of labels</li>
2327         </ul>
2328     </tr>
2329     <tr>
2330       <td>
2331         <div align="center">
2332           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2333         </div>
2334       </td>
2335       <td><em>Application</em>
2336         <ul>
2337           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2338           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2339           <li>View/alignment association menu to enable user to
2340             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2341             its colours/correspondences from</li>
2342           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2343           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2344             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2345           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2346           <li>Annotation row column label formatting attributes
2347             stored in project file</li>
2348           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2349             rows preserved in Jalview project file</li>
2350           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2351             saved using Desktop window menu</li>
2352           <li>Visual indication that command line arguments are
2353             still being processed</li>
2354           <li>Groovy script execution from URL</li>
2355           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2356             preferences</li>
2357           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2358             alignment with sequences that have high similarity and
2359             matching IDs</li>
2360           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2361           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2362             structures in same window</li>
2363           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2364           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2365             analysis function in its own submenu</li>
2366         </ul> <em>Applet</em>
2367         <ul>
2368           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2369             groups</li>
2370           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2371           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2372           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2373           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2374           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2375             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2376           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2377           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2378             parameters are treated as such</li>
2379           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2380             <ul>
2381               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2382               <li>Javascript callbacks for
2383                 <ul>
2384                   <li>Applet initialisation</li>
2385                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2386                 </ul>
2387               </li>
2388               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2389                 functions</li>
2390               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2391               <li>javascript structure viewer harness to pass
2392                 messages between Jmol and Jalview when running as
2393                 distinct applets</li>
2394               <li>sortBy method</li>
2395               <li>Set of applet and application examples shipped
2396                 with documentation</li>
2397               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2398                 javascript message exchange</li>
2399             </ul>
2400         </ul> <em>General</em>
2401         <ul>
2402           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2403             multiple alignments</li>
2404           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2405           <li>User configurable link to enable redirects to a
2406             www.Jalview.org mirror</li>
2407           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2408           <li>Configurable newline string when writing alignment
2409             and other flat files</li>
2410           <li>Allow alignment annotation description lines to
2411             contain html tags</li>
2412         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2413         <ul>
2414           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2415             examples</li>
2416           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2417             using a web service before displaying the result in the
2418             Jalview desktop</li>
2419           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2420           <li>Ant target to publish example html files with applet
2421             archive</li>
2422           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2423           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2424         </ul></td>
2425       <td><em>Application</em>
2426         <ul>
2427           <li>User defined colourscheme throws exception when
2428             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2429           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2430             dialog for valid filename/format</li>
2431           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2432           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2433             P37173</li>
2434           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2435             which sequence is to be associated with the file</li>
2436           <li>Find All raises null pointer exception when query
2437             only matches sequence IDs</li>
2438           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2439           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2440             2.4 cannot be loaded</li>
2441           <li>Filetype associations not installed for webstart
2442             launch</li>
2443           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2444             with sequences in different alignments do not get coloured
2445             by their associated sequence</li>
2446           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2447             not preserved when project is loaded</li>
2448           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2449             stored in Jalview project</li>
2450           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2451             Jalview project</li>
2452           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2453           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2454             by conservation</li>
2455           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2456             created on new view</li>
2457           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2458             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2459           <li>Alignment quality not updated after alignment
2460             annotation row is hidden then shown</li>
2461           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2462             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2463           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2464             properly</li>
2465           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2466             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2467           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2468           <li>Structures imported from file and saved in project
2469             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2470           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2471             job execution in full once it is complete</li>
2472         </ul> <em>Applet</em>
2473         <ul>
2474           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2475             annotation rows are displayed</li>
2476           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2477             codebase</li>
2478           <li>View follows highlighting does not work for positions
2479             in sequences</li>
2480           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2481           <li>Export features raises exception when no features
2482             exist</li>
2483           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2484             for javascript api is modified when separator string
2485             provided as parameter</li>
2486           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2487             alignment with no existing selection</li>
2488           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2489             to applet&#39;s codebase</li>
2490           <li>Status bar not updated after finished searching and
2491             search wraps around to first result</li>
2492           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2493             several Jalview applets causes race conditions and memory
2494             leaks</li>
2495           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2496             not sent from Jmol in applet</li>
2497           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2498             applet API fatally hang browser</li>
2499         </ul> <em>General</em>
2500         <ul>
2501           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2502             position with wrapped view and hidden regions</li>
2503           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2504             with/without hidden columns</li>
2505           <li>Sequence length given in alignment properties window
2506             is off by 1</li>
2507           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2508             import PDB like structure files</li>
2509           <li>Positional search results are only highlighted
2510             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2511           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2512           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2513             given sequence position</li>
2514           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2515             output</li>
2516           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2517             from nucleotide chains correctly</li>
2518           <li>Structure colours not updated when tree partition
2519             changed in alignment</li>
2520           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2521             parsed in interleaved stockholm</li>
2522           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2523             state</li>
2524           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2525             properly</li>
2526           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2527             properly associated with their pdb files</li>
2528         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2529         <ul>
2530           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2531             ApplyCopyright tool</li>
2532         </ul></td>
2533     </tr>
2534     <tr>
2535       <td>
2536         <div align="center">
2537           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2538         </div>
2539       </td>
2540       <td><em>Application</em>
2541         <ul>
2542           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2543             contact web services</li>
2544           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2545             service job window</li>
2546           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2547         </ul></td>
2548       <td>
2549         <ul>
2550           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2551             pir file emitted by Jalview</li>
2552           <li>Existing feature settings transferred to new
2553             alignment view created from cut'n'paste</li>
2554           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2555             parsing PDB files</li>
2556           <li>Consensus and conservation annotation rows
2557             occasionally become blank for all new windows</li>
2558           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2559             in wrapped view mode</li>
2560         </ul> <em>Application</em>
2561         <ul>
2562           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2563             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2564           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2565             parameter names</li>
2566           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2567             is down</li>
2568         </ul>
2569       </td>
2570     </tr>
2571     <tr>
2572       <td>
2573         <div align="center">
2574           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2575         </div>
2576       </td>
2577       <td><em>Application</em>
2578         <ul>
2579           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2580             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2581             (JABAWS)
2582           </li>
2583           <li>Web Services preference tab</li>
2584           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2585             preferences</li>
2586           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2587           <li>Superpose structures using associated sequence
2588             alignment</li>
2589           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2590             viewer</li>
2591         </ul> <em>Applet</em>
2592         <ul>
2593           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2594             link out mechanism</li>
2595         </ul> <em>Other</em>
2596         <ul>
2597           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2598             series 12</li>
2599           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2600             require Java 1.5</li>
2601           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2602             sequence annotation files</li>
2603           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2604             type colour specification</li>
2605           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2606             script to check if it being run in an interactive session or
2607             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2608         </ul></td>
2609       <td>
2610         <ul>
2611           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2612             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2613         </ul> <em>Application</em>
2614         <ul>
2615           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2616             selected Regions menu item</li>
2617           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2618             part of a valid accession ID</li>
2619           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2620             runs out of memory</li>
2621           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2622             analysis results</li>
2623           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2624             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2625           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2626         </ul> <em>Applet</em>
2627         <ul>
2628           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2629             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2630             defined.</li>
2631         </ul>
2632       </td>
2633     </tr>
2634     <tr>
2635       <td>
2636         <div align="center">
2637           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2638         </div>
2639       </td>
2640       <td></td>
2641       <td>
2642         <ul>
2643           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2644             sequence IDs</li>
2645           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2646             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2647           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2648             import correctly</li>
2649           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2650             number of columns are hidden</li>
2651           <li>annotation label popup menu not providing correct
2652             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2653             present</li>
2654           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2655             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2656           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2657             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2658
2659         </ul> <em>Applet</em>
2660         <ul>
2661           <li>annotation panel disappears when annotation is
2662             hidden/removed</li>
2663         </ul> <em>Application</em>
2664         <ul>
2665           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2666             alignment opened where annotation panel is visible but no
2667             annotations are present on alignment</li>
2668           <li>pasted region containing hidden columns is
2669             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2670           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2671             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2672           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2673             selected Rregions menu item.</li>
2674           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2675             'Un' or 'Non'conserved</li>
2676           <li>Sequence feature settings are being shared by
2677             multiple distinct alignments</li>
2678           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2679             changed</li>
2680           <li>double click on group annotation to select sequences
2681             does not propagate to associated trees</li>
2682           <li>Mac OSX specific issues:
2683             <ul>
2684               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2685                 window background</li>
2686               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2687                 name set correctly</li>
2688               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2689                 save feature colourscheme button</li>
2690             </ul>
2691           </li>
2692         </ul>
2693       </td>
2694     </tr>
2695     <tr>
2696
2697       <td>
2698         <div align="center">
2699           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2700         </div>
2701       </td>
2702       <td><em>New Capabilities</em>
2703         <ul>
2704           <li>URL links generated from description line for
2705             regular-expression based URL links (applet and application)
2706
2707           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2708             menu</li>
2709           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2710             structures</li>
2711           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2712             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2713           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2714             average score or total feature count for each sequence.</li>
2715           <li>Shading features by score or associated description</li>
2716           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2717             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2718           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2719             hide everything but the currently selected region.</li>
2720           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2721         </ul> <em>Application</em>
2722         <ul>
2723           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2724             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2725           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2726             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2727           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2728             database references and protein_name is parsed as
2729             description line (BioSapiens terms).</li>
2730           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2731             references in sequence ID tooltip from View menu in
2732             application.</li>
2733           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2734       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2735           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2736             conservation plots</li>
2737           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2738             and visualized as sequence logos</li>
2739           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2740             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2741           </li>
2742           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2743             when a new tree is opened.</li>
2744           <li>Jalview Java Console</li>
2745           <li>Better placement of desktop window when moving
2746             between different screens.</li>
2747           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2748             consensus annotation</li>
2749           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2750             Workflows</li>
2751           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2752             <ul>
2753               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2754                 used to preserve views, structures, and tree display
2755                 settings)</li>
2756               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2757                 command line</li>
2758               <li>Sharing of selected regions between views and
2759                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2760               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2761             </ul></li>
2762         </ul> <em>Applet</em>
2763         <ul>
2764           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2765           <li>New Parameters
2766             <ul>
2767               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2768                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2769                 opened.</li>
2770               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2771                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2772               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2773                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2774               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2775                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2776                 view</li>
2777               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2778                 increase the height or width of a cell in the alignment
2779                 grid relative to the current font size.</li>
2780             </ul>
2781           </li>
2782           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2783             tooltip</li>
2784         </ul> <em>Other</em>
2785         <ul>
2786           <li>Features format: graduated colour definitions and
2787             specification of feature scores</li>
2788           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2789             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2790             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2791           <li>XML formats extended to support graduated feature
2792             colourschemes, group associated annotation, and profile
2793             visualization settings.</li></td>
2794       <td>
2795         <ul>
2796           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2797             rather than description</li>
2798           <li>Non-positional features are now included in sequence
2799             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2800             visibility in tooltip).</li>
2801           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2802           <li>Added URL embedding instructions to features file
2803             documentation.</li>
2804           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2805             'X' in peptide product</li>
2806           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2807             sequence ID and sequence string and query strings do not
2808             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2809           <li>AMSA files only contain first column of
2810             multi-character column annotation labels</li>
2811           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2812             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2813             exported and re-imported)</li>
2814           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2815             name</li>
2816           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2817             as subsequence matches, and correctly reports total number
2818             of both.</li>
2819           <li>Application:
2820             <ul>
2821               <li>Better handling of exceptions during sequence
2822                 retrieval</li>
2823               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2824                 link text excludes the start_end suffix</li>
2825               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2826                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2827               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2828               <li>Sequence description lines properly shared via
2829                 VAMSAS</li>
2830               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2831                 data sources</li>
2832               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2833                 completes before alignment figures are generated.</li>
2834               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2835                 first time.</li>
2836               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2837                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2838               <li>User defined group colours properly recovered
2839                 from Jalview projects.</li>
2840             </ul>
2841           </li>
2842         </ul>
2843       </td>
2844
2845     </tr>
2846     <tr>
2847       <td>
2848         <div align="center">
2849           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2850         </div>
2851       </td>
2852       <td>
2853         <ul>
2854           <li>Experimental support for google analytics usage
2855             tracking.</li>
2856           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2857         </ul>
2858       </td>
2859       <td>
2860         <ul>
2861           <li>Race condition in applet preventing startup in
2862             jre1.6.0u12+.</li>
2863           <li>Exception when feature created from selection beyond
2864             length of sequence.</li>
2865           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2866           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2867             all sequences with a given id</li>
2868           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2869             ID string searches</li>
2870           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2871             alignment to fail with exception</li>
2872         </ul> <em>Application Issues</em>
2873         <ul>
2874           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2875           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2876             data sources</li>
2877         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2878         <ul>
2879           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2880             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2881           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2882             version (java class versioning error fixed)</li>
2883         </ul>
2884       </td>
2885     </tr>
2886     <tr>
2887       <td>
2888
2889         <div align="center">
2890           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2891         </div>
2892       </td>
2893       <td><em>User Interface</em>
2894         <ul>
2895           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2896             translation and protein products</li>
2897           <li>Linked highlighting of structure associated with
2898             residue mapping to codon position</li>
2899           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2900             and 'clear' button</li>
2901           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2902             Tools menu</li>
2903           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2904             numeric data in description line</li>
2905           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2906           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2907             of sequence</li>
2908         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2909         <ul>
2910           <li>JPred3 web service</li>
2911           <li>Prototype sequence search client (no public services
2912             available yet)</li>
2913           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2914             PFAM</li>
2915           <li>URL Links created for matching database cross
2916             references as well as sequence ID</li>
2917           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2918         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2919         <ul>
2920           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2921             databases</li>
2922           <li>Generalised database reference retrieval and
2923             validation to all fetchable databases</li>
2924           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2925             sequence command</li>
2926         </ul> <em>Import and Export</em>
2927         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2928         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2929           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2930         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2931           File</li>
2932         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2933           triplet as name of colourscheme</li>
2934         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2935         <ul>
2936           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2937           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2938             alignments (experimental)</li>
2939           <li>Create new or select existing session to join</li>
2940           <li>load and save of vamsas documents</li>
2941         </ul> <em>Application command line</em>
2942         <ul>
2943           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2944             from applet)</li>
2945           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2946             of DAS servers to query for alignment features</li>
2947           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2948             that are also automatically queried for features</li>
2949           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2950             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2951         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2952         <ul>
2953           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2954             application (when using &quot;View in full
2955             application&quot;)</li>
2956         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2957         <ul>
2958           <li>feature group display control parameter</li>
2959           <li>debug parameter</li>
2960           <li>showbutton parameter</li>
2961         </ul> <em>Applet API methods</em>
2962         <ul>
2963           <li>newView public method</li>
2964           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2965           <li>Feature display control methods</li>
2966           <li>get list of currently selected sequences</li>
2967         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2968         <ul>
2969           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2970           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2971             Jalview release.</li>
2972           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2973             property controls execution of obfuscator</li>
2974           <li>Build target for generating source distribution</li>
2975           <li>Debug flag for javacc</li>
2976           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2977             jalview.bin.Cache</li>
2978           <li>Continuous Build Integration for stable and
2979             development version of Application, Applet and source
2980             distribution</li>
2981         </ul></td>
2982       <td>
2983         <ul>
2984           <li>selected region output includes visible annotations
2985             (for certain formats)</li>
2986           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2987             for editing</li>
2988           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2989           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2990           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2991           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2992             comments</li>
2993           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2994             filenames containing a ':'</li>
2995           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2996             global sequence features</li>
2997           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2998             references from alignment sequences goes to zero</li>
2999           <li>Close of tree branch colour box without colour
3000             selection causes cascading exceptions</li>
3001           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3002           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3003             file parsing fails.</li>
3004           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3005           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3006             not a valid output format</li>
3007           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3008             vamsas</li>
3009           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3010           <li>error messages passed up and output when data read
3011             fails</li>
3012           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3013             sequence is edited</li>
3014           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3015             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3016           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3017             filetype</li>
3018           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3019             import fixed for PFAM records</li>
3020           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3021             window list</li>
3022           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3023             can be read and written correctly to annotation file</li>
3024           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3025             correctly</li>
3026           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3027             non-italic font for representatives in Applet</li>
3028           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3029             Macs.</li>
3030           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3031             Applet)</li>
3032           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3033             due to null pointer exceptions</li>
3034           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3035             first column of alignment</li>
3036           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3037             July 2008</li>
3038           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3039             file is case-insensitive</li>
3040           <li>Sequence features read from Features file appended to
3041             all sequences with matching IDs</li>
3042           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3043             containing a sub-sequence</li>
3044           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3045           <li>feature and annotation file applet parameters
3046             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3047           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3048           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3049             splash-screen version check to complete</li>
3050           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3051             when passing them to the launchApp service</li>
3052           <li>display name and local features preserved in results
3053             retrieved from web service</li>
3054           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3055             sequence fetcher initialisation</li>
3056           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3057             dasobert DAS client</li>
3058           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3059             association</li>
3060           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3061             sequences
3062           </li>
3063         </ul>
3064       </td>
3065     </tr>
3066     <tr>
3067       <td>
3068         <div align="center">
3069           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3070         </div>
3071       </td>
3072       <td>
3073         <ul>
3074           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3075           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3076           <li>Slide sequences</li>
3077           <li>Edit sequence in place</li>
3078           <li>EMBL CDS features</li>
3079           <li>DAS Feature mapping</li>
3080           <li>Feature ordering</li>
3081           <li>Alignment Properties</li>
3082           <li>Annotation Scores</li>
3083           <li>Sort by scores</li>
3084           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3085         </ul>
3086       </td>
3087       <td>
3088         <ul>
3089           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3090           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3091           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3092           <li>Feature group display state in XML</li>
3093           <li>Feature ordering in XML</li>
3094           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3095           <li>Stockholm alignment properties</li>
3096           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3097           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3098           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3099           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3100         </ul>
3101       </td>
3102
3103     </tr>
3104     <tr>
3105       <td>
3106         <div align="center">
3107           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3108         </div>
3109       </td>
3110       <td>
3111         <ul>
3112           <li>Non standard characters can be read and displayed
3113           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3114             applet via textbox
3115           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3116             name &amp; description
3117           <li>Preference setting to display sequence name in
3118             italics
3119           <li>Annotation file format extended to allow
3120             Sequence_groups to be defined
3121           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3122             specified in preferences
3123           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3124             sequences
3125         </ul>
3126       </td>
3127       <td>
3128         <ul>
3129           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3130             installed
3131           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3132           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3133         </ul>
3134       </td>
3135     </tr>
3136     <tr>
3137       <td>
3138         <div align="center">
3139           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3140         </div>
3141       </td>
3142       <td>
3143         <ul>
3144           <li>Multiple views on alignment
3145           <li>Sequence feature editing
3146           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3147           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3148           <li>Background dependent text colour
3149           <li>Right align sequence ids
3150           <li>User-defined lower case residue colours
3151           <li>Format Menu
3152           <li>Select Menu
3153           <li>Menu item accelerator keys
3154           <li>Control-V pastes to current alignment
3155           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3156           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3157           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3158
3159           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3160         </ul>
3161       </td>
3162       <td>
3163         <ul>
3164           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3165           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3166             calculations
3167           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3168             edits
3169           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3170             of alignment)
3171           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3172
3173           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3174             display correctly
3175           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3176           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3177             analysis results
3178           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3179             &#8739;
3180           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3181           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3182           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3183
3184         </ul>
3185       </td>
3186     </tr>
3187     <tr>
3188       <td>
3189         <div align="center">
3190           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3191         </div>
3192       </td>
3193       <td>
3194         <ul>
3195           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3196         </ul>
3197       </td>
3198       <td>
3199         <ul>
3200           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3201             sequence id panel has been resized</li>
3202           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3203             rendered</li>
3204           <li>Annotation files with sequence references - all
3205             elements in file are relative to sequence position</li>
3206           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3207         </ul>
3208       </td>
3209     </tr>
3210     <tr>
3211       <td>
3212         <div align="center">
3213           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3214         </div>
3215       </td>
3216       <td>
3217         <ul>
3218           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3219           <li>DAS Feature fetching</li>
3220           <li>Hide sequences and columns</li>
3221           <li>Export Annotations and Features</li>
3222           <li>GFF file reading / writing</li>
3223           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3224             files</li>
3225           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3226           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3227           <li>Applet can launch the full application</li>
3228           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3229             required)</li>
3230           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3231           <li>Applet can load sequences from parameter
3232             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3233           </li>
3234         </ul>
3235       </td>
3236       <td>
3237         <ul>
3238           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3239           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3240           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3241         </ul>
3242       </td>
3243     </tr>
3244     <tr>
3245       <td>
3246         <div align="center">
3247           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3248         </div>
3249       </td>
3250       <td>
3251         <ul>
3252           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3253           <li>Choose to match case when searching</li>
3254           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3255             expand the visible width and height of the alignment</li>
3256         </ul>
3257       </td>
3258       <td>
3259         <ul>
3260           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3261         </ul>
3262       </td>
3263     </tr>
3264     <tr>
3265       <td>
3266         <div align="center">
3267           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3268         </div>
3269       </td>
3270       <td>&nbsp;</td>
3271       <td>
3272         <ul>
3273           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3274           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3275             value</li>
3276         </ul>
3277       </td>
3278     </tr>
3279     <tr>
3280       <td>
3281         <div align="center">
3282           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3283         </div>
3284       </td>
3285       <td>
3286         <ul>
3287           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3288           <li>Keyboard editing</li>
3289           <li>Create sequence features from searches</li>
3290           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3291             alignments</li>
3292           <li>Features file allows grouping of features</li>
3293           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3294           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3295           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3296         </ul>
3297       </td>
3298       <td>
3299         <ul>
3300           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3301           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3302             descriptions saved.</li>
3303         </ul>
3304       </td>
3305     </tr>
3306     <tr>
3307       <td>
3308         <div align="center">
3309           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3310         </div>
3311       </td>
3312       <td>
3313         <ul>
3314           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3315           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3316           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3317             name for file output</li>
3318           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3319           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3320             used for HTML form input</li>
3321         </ul>
3322       </td>
3323       <td>
3324         <ul>
3325           <li>HTML output writes groups and features</li>
3326           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3327           <li>File IO bugs</li>
3328         </ul>
3329       </td>
3330     </tr>
3331     <tr>
3332       <td>
3333         <div align="center">
3334           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3335         </div>
3336       </td>
3337       <td>
3338         <ul>
3339           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3340           <li>More options for PCA viewer</li>
3341         </ul>
3342       </td>
3343       <td>
3344         <ul>
3345           <li>GUI bugs resolved</li>
3346           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349     </tr>
3350     <tr>
3351       <td height="63">
3352         <div align="center">
3353           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3354         </div>
3355       </td>
3356       <td>
3357         <ul>
3358           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3359           <li>Jar files are executable</li>
3360           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3361         </ul>
3362       </td>
3363       <td>
3364         <ul>
3365           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3366           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3367           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3368         </ul>
3369       </td>
3370     </tr>
3371     <tr>
3372       <td>
3373         <div align="center">
3374           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3375         </div>
3376       </td>
3377       <td>
3378         <ul>
3379           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387     </tr>
3388     <tr>
3389       <td>
3390         <div align="center">
3391           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3392         </div>
3393       </td>
3394       <td>
3395         <ul>
3396           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3397             size</li>
3398         </ul>
3399       </td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>Improved JPred client reliability</li>
3403           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3404         </ul>
3405       </td>
3406     </tr>
3407     <tr>
3408       <td>
3409         <div align="center">
3410           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3411         </div>
3412       </td>
3413       <td>
3414         <ul>
3415           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3416           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3417           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3418             to Colour Menu</li>
3419           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3420           <li>Unix users can set default web browser</li>
3421           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3422           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3423         </ul>
3424       </td>
3425       <td>
3426         <ul>
3427           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3428         </ul>
3429       </td>
3430     </tr>
3431     <tr>
3432       <td>
3433         <div align="center">
3434           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3435         </div>
3436       </td>
3437       <td>&nbsp;</td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3441             alignment order.</li>
3442         </ul>
3443       </td>
3444     </tr>
3445     <tr>
3446       <td>
3447         <div align="center">
3448           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3449         </div>
3450       </td>
3451       <td>
3452         <ul>
3453           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3454           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3455           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3456             annotations.</li>
3457           <li>Version and build date written to build properties
3458             file.</li>
3459           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3460             at launch of Jalview.</li>
3461         </ul>
3462       </td>
3463       <td>
3464         <ul>
3465           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3466           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3467           <li>Can remove groups one by one.</li>
3468           <li>Filechooser icons installed.</li>
3469           <li>Finder ignores return character when searching.
3470             Return key will initiate a search.<br>
3471           </li>
3472         </ul>
3473       </td>
3474     </tr>
3475     <tr>
3476       <td>
3477         <div align="center">
3478           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3479         </div>
3480       </td>
3481       <td>
3482         <ul>
3483           <li>New codebase</li>
3484         </ul>
3485       </td>
3486       <td>&nbsp;</td>
3487     </tr>
3488   </table>
3489   <p>&nbsp;</p>
3490 </body>
3491 </html>