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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
  74             <em>29/05/2018</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80           </ul>
  81         </div></td>
  82       <td><div align="left">
  83           <em></em>
  84           <ul>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
  87               right-hand column parsed correctly
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
  91               window has input focus
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
  95               not alignment area in exported graphic
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
  99               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br />
 100             <em>Dragging links and URLs from Firefox or Chrome on
 101                 Windows is fully supported. If you are using Edge, only
 102                 links can be dragged, and with Internet Explorer, only
 103                 URLs already open in the browser can be dropped onto
 104                 Jalview. </em>
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2992 -->
 108             </li>
 109           </ul>
 110         </div></td>
 111     </tr>
 112     <tr>
 113       <td width="60" nowrap>
 114         <div align="center">
 115           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 116         </div>
 117       </td>
 118       <td><div align="left">
 119           <em></em>
 120           <ul>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 123               for disabling automatic superposition of multiple
 124               structures and open structures in existing views
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 128               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 129               adjust them.
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 133               Ensembl services
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 137               and lots of hidden columns
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 141               of features (particularly when transparency is disabled)
 142             </li>
 143           </ul>
 144           </div>
 145       </td>
 146       <td><div align="left">
 147           <ul>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 150               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 154               overlapping alignment panel
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 158               sequence as gaps
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 162               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 163               UTR
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 167               factor annotation not added to sequence when local PDB
 168               file associated with it by drag'n'drop or structure
 169               chooser
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 173               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 177               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 181               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 185               columns in annotation row
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 189               honored in batch mode
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 193               for structures added to existing Jmol view
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 197               entries after importing project with multiple views
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 201               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 202               with negative residue numbers or missing residues fails
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 206               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 207               as generated by CONSURF)
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 211               tooltip doesn't include a text description of mutation
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 215               structure and/or overview windows are also shown
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 219               very slow for alignments with large numbers of sequences
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 223               with 'StringIndexOutOfBounds'
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 227               platforms running Java 10
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 231               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 232             </li>
 233           </ul>
 234           <em>Applet</em>
 235           <ul>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 238               should copy the group consensus when popup is opened on it
 239             </li>
 240           </ul>
 241           <em>Batch Mode</em>
 242           <ul>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 245           </li>
 246           </ul>
 247           <em>New Known Defects</em>
 248           <ul>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 251               editing a large alignment and overview is displayed
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 255               repeatedly after a series of edits even when the overview
 256               is no longer reflecting updates
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 260               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 261               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 262               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 263             </li>
 264           </ul>
 265         </div>
 266           </td>
 267     </tr>
 268     <tr>
 269       <td width="60" nowrap>
 270         <div align="center">
 271           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 272         </div>
 273       </td>
 274       <td><div align="left">
 275           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 276               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 277       <td><div align="left">
 278           <em>Desktop</em><ul>
 279           <ul>
 280             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 281             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 282             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 283             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 284             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 285             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 286             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 287           </ul>
 288           </div>
 289       </td>
 290     </tr>
 291     <tr>
 292       <td width="60" nowrap>
 293         <div align="center">
 294           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 295         </div>
 296       </td>
 297       <td><div align="left">
 298           <em></em>
 299           <ul>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 302               rendering of sequence features
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 306               429 rate limit request hander
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 310               their colours have changed
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 314               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 318               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 322               view from Ensembl locus cross-references
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 326               Alignment report
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 330               feature can be disabled
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 334               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 338               Uniprot
 339             </li>
 340           </ul>
 341           <em>Scripting</em>
 342           <ul>
 343             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 344             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 345               percent identity scores for current alignment.</li>
 346           </ul>
 347           <em>Testing and Deployment</em>
 348           <ul>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 351             </li>
 352           </ul>
 353         </div></td>
 354       <td><div align="left">
 355           <em>General</em>
 356           <ul>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 359               threshold text field doesn't trigger an update to the
 360               alignment view
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 364               strings in parallel
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 368               alignment window is closed
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 372               group visibility
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 376               takes a long time in Cursor mode
 377             </li>
 378           </ul>
 379           <em>Desktop</em>
 380           <ul>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 383               cannot be viewed in Chimera
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 387               CDS/Protein view
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 391               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 392               Search Dialogs
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 402               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 406               scrolling right in unwapped alignment view
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 410               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 411               database
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 415               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 419               features of same type and group to be selected for
 420               amending
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 424               alignments when hidden columns are present
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 428               displaying several structures
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 432               moving a window
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 436               within the Jalview desktop on OSX
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 440               when in wrapped alignment mode
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 444               hand end of alignment
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 448               each selected sequence do not have correct start/end
 449               positions
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 453               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 457               restoring project until a new view is created
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 461               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 462               configured (since 2.10.2b2)
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 466               position is adjusted
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 470               in a multi-chain structure when viewing alignment
 471               involving more than one chain (since 2.10)
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 475               if new selection moves alignment window
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 479               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 483               that produces correctly annotated transcripts and products
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 487               doesn't update associated structure view
 488             </li>
 489           </ul>
 490           <em>Applet</em><br />
 491           <ul>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 494               closing alignment panel
 495             </li>
 496           </ul>
 497           <em>BioJSON</em><br />
 498           <ul>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 501               non-positional features
 502             </li>
 503           </ul>
 504           <em>New Known Issues</em>
 505           <ul>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 508               sequence features correctly (for many previous versions of
 509               Jalview)
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 513               using cursor in wrapped panel other than top
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 517               graduated colour threshold
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 521               always preserve numbering and sequence features
 522             </li>
 523           </ul>
 524           <em>Known Java 9 Issues</em>
 525           <ul>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 528               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 529               9.01, OSX 10.10)
 530             </li>
 531           </ul>
 532         </div></td>
 533     </tr>
 534     <tr>
 535       <td width="60" nowrap>
 536         <div align="center">
 537           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 538             <em>2/10/2017</em></strong>
 539         </div>
 540       </td>
 541       <td><div align="left">
 542           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 543           <ul>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 546             </li>
 547             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 548             </li>
 549           </ul>
 550         </div></td>
 551       <td><div align="left">
 552         </div></td>
 553     </tr>
 554     <tr>
 555       <td width="60" nowrap>
 556         <div align="center">
 557           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 558             <em>7/9/2017</em></strong>
 559         </div>
 560       </td>
 561       <td><div align="left">
 562           <em></em>
 563           <ul>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 566               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 567               white)
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 571               Preferences
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 575               in size and progress bar shown as higher resolution
 576               overview is recalculated
 577             </li>
 578
 579           </ul>
 580         </div></td>
 581       <td><div align="left">
 582           <em></em>
 583           <ul>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 586               column region row by row
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 590               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 594               format setting is unticked
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 598               if group has show boxes format setting unticked
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 602               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 603               include sequences and columns not currently displayed
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 607               assemblies are imported via CIF file
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 611               displayed when threshold or conservation colouring is also
 612               enabled.
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 616               server version
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 620               dragging a selected region off the visible region of the
 621               alignment
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 625               colourscheme to all groups in a view
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 629               initially after font size change using the Font chooser or
 630               middle-mouse zoom
 631             </li>
 632           </ul>
 633         </div></td>
 634     </tr>
 635     <tr>
 636       <td width="60" nowrap>
 637         <div align="center">
 638           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 639         </div>
 640       </td>
 641       <td><div align="left">
 642           <em>Calculations</em>
 643           <ul>
 644
 645             <li>
 646               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 647               ungapped positions in each column of the alignment.
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 651               a calculation dialog box
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 655               and memory efficiency (~30x faster)
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 659               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 660               and other calculations
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 664               files within the Jalview codebase
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 668               Similarity may have different topology due to increased
 669               precision
 670             </li>
 671           </ul>
 672           <em>Rendering</em>
 673           <ul>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 676               model for alignments and groups
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 680               scripts
 681             </li>
 682           </ul>
 683           <em>Overview</em>
 684           <ul>
 685             <li>
 686               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 687               with alignment and overview windows
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 691               overview
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 695               omitted in Overview
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 699               adjustment of visible position
 700             </li>
 701           </ul>
 702
 703           <em>Data import/export</em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 707               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 711               annotation input/output via stockholm flatfile
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 715               extension when importing structure files without embedded
 716               names or PDB accessions
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 720               format sequence substitution matrices
 721             </li>
 722           </ul>
 723           <em>User Interface</em>
 724           <ul>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 727               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 728               the application.
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 732               via Overview or sequence motif search operations
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 736               opened by double clicking gaps within sequence feature
 737               extent
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 741               aligned positions were available to create a 3D structure
 742               superposition.
 743             </li>
 744           </ul>
 745           <em>3D Structure</em>
 746           <ul>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 749               coloured in linked structure views
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 753               file-based command exchange
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 757               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 758               structures are already available for sequences
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 762               the Jalview project rather than downloaded again when the
 763               project is reopened.
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 767               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 768               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 769                 Feature</strong>)
 770             </li>
 771           </ul>
 772           <em>Web Services</em>
 773           <ul>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 779               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 780               Analysis services
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 784               cross-references provided by identifiers.org and the
 785               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 786             </li>
 787           </ul>
 788
 789           <em>Scripting</em>
 790           <ul>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 793               identifying file formats (instead of String constants)
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 797               efficiency when counting all displayed features (not
 798               backwards compatible with 2.10.1)
 799             </li>
 800           </ul>
 801           <em>Example files</em>
 802           <ul>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 805               included in the example feature file
 806             </li>
 807           </ul>
 808           <em>Documentation</em>
 809           <ul>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 812               with the built-in Java help viewer
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 816               sequence description' option
 817             </li>
 818           </ul>
 819           <em>Test Suite</em>
 820           <ul>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 823               Uniprot REST Free Text Search Client
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 830               during tests
 831             </li>
 832           </ul>
 833         </div></td>
 834       <td><div align="left">
 835           <em>Calculations</em>
 836           <ul>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 839               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 840               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 841             </li>
 842             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 843               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 844               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 845               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 846               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 847               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 848               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 849               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 850               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 851               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 852               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 853               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 854               // for 2.10.1 mode <br />
 855               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 856               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 857                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 858                 calculations (not recommended)</em></li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 861               scaling of branch lengths for trees computed using
 862               Sequence Feature Similarity.
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 866               generating output report when working with highly
 867               redundant alignments
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 871               right of selected region when gaps present on right-hand
 872               boundary
 873             </li>
 874           </ul>
 875           <em>User Interface</em>
 876           <ul>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 879               doesn't reselect a specific sequence's associated
 880               annotation after it was used for colouring a view
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 884               opened on a region of alignment without groups
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 888               of an alignment with overlapping groups
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 892               name and description match
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 896               hidden regions results in incorrect hidden regions
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 900               changing colour does not apply Conservation slider value
 901               to all groups
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 905               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 909               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 913               gaps before start of features
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 917               restored to UI when feature colour is edited
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 921               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 925               as graduate feature colour settings are modified via the
 926               dialog box
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 930               when a group defined on the alignment is resized
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 934               wrapped view result in positional status updates
 935             </li>
 936
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 939               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 943               alignment included gapped columns
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 947               widgets don't permanently disappear
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 951               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 952               T-Coffee column reliability scores)
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 956               sequence feature on gaps only
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 960               button from a Find inherit previously defined feature type
 961               rather than the Find query string
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 965               exporting tree calculated in Jalview
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 969               and then revealing them reorders sequences on the
 970               alignment
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 974               doesn't update to reflect available set of groups after
 975               interactively adding or modifying features
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 979               Linux
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 983               only excluded gaps in current sequence and ignored
 984               selection.
 985             </li>
 986           </ul>
 987           <em>Rendering</em>
 988           <ul>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 991               erratically when hidden rows or columns are present
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 995               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 996               sequence colouring
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1000               colour and group colour menu for protein alignments
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1004               reflect currently selected view or group's shading
1005               thresholds
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1009               when rendered on overview and structures when opacity at
1010               100%
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1014               overview when features overlaid on alignment
1015             </li>
1016           </ul>
1017           <em>Data import/export</em>
1018           <ul>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1021               load
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1025               added after a sequence was imported are not written to
1026               Stockholm File
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1030               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1034               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1038               with lightGray or darkGray via features file (but can
1039               specify lightgray)
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1043               when alignment view imported from project
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1047               structure and sequences extracted from structure files
1048               imported via URL and viewed in Jmol
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1052               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1053               the project is loaded and the structure viewed
1054             </li>
1055           </ul>
1056           <em>Web Services</em>
1057           <ul>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1060               release of Ensembl v.88
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1064               appear enabled in Preferences->Connections
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1068               removed from console output
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1072               Ensembl by Peptide ID
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1076               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1077               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1078               due to 'null' string rather than empty string used for
1079               residues with no corresponding PDB mapping).
1080             </li>
1081           </ul>
1082           <em>Application UI</em>
1083           <ul>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1086               menu
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1090               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1091               new documentation and tooltips added)
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1095               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1099               new features are added to alignment
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1103               changes to feature colours via the Amend features dialog
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1107               edit graduated feature colour via amend features dialog
1108               box
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1112               selection menu changes colours of alignment views
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1116               from alignment calculation workers after alignment has
1117               been closed
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1121               groups now 'Create Group'
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1125               Create/Undefine group doesn't always work
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1129               shown again after pressing 'Cancel'
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1133               adjusts start position in wrap mode
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1137               ambiguous amino acids
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1141               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1142               proteins
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1146               Defined' don't appear in Colours menu
1147             </li>
1148           </ul>
1149           <em>Applet</em>
1150           <ul>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1153               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1157               overview or linked structure view
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1161               work (since 2.8)
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1165               user-defined colourscheme doesn't restore original
1166               colourscheme
1167             </li>
1168           </ul>
1169           <em>Test Suite</em>
1170           <ul>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1173               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1177               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1178               problems with deep array comparison equality asserts in
1179               successive versions of TestNG
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1183               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1184             </li>
1185           </ul>
1186           <em>New Known Issues</em>
1187           <ul>
1188             <li>
1189               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1190               phase after a sequence motif find operation
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1194               containing just upper and lower case letters are
1195               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1199               reliably from eggnog Ortholog database
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1203               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1204               to mark columns containing highlighted regions.
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1208               doesn't always add secondary structure annotation.
1209             </li>
1210           </ul>
1211         </div>
1212     <tr>
1213       <td width="60" nowrap>
1214         <div align="center">
1215           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1216         </div>
1217       </td>
1218       <td><div align="left">
1219           <em>General</em>
1220           <ul>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1223               for all consensus calculations
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1227               3rd Oct 2016)
1228             </li>
1229             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1230               for 2016-2017</li>
1231           </ul>
1232           <em>Application</em>
1233           <ul>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1236               set of database cross-references, sorted alphabetically
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1240               from database cross references. Users with custom links
1241               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1242                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1246               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1247               Chimera session
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1251               the Chimera it is connected to is shut down
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1255               columns menu item to mark columns containing highlighted
1256               regions (e.g. from structure selections or results of a
1257               Find operation)
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1261               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1262               MSAviewer
1263             </li>
1264           </ul>
1265         </div></td>
1266       <td>
1267         <div align="left">
1268           <em>General</em>
1269           <ul>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1272               are not coloured or thresholded according to percent
1273               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1277               hydrophobic
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1281               threshold, amino acid properties)
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1285               reported as mapped to residues in a structure file in the
1286               View Mapping report
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1290               could be added multiple times to a sequence
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1294               bond features shown as two highlighted residues rather
1295               than a range in linked structure views, and treated
1296               correctly when selecting and computing trees from features
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1300               cross-references are matched to database name regardless
1301               of case
1302             </li>
1303
1304           </ul>
1305           <em>Application</em>
1306           <ul>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1309               names without regular expressions also offer links from
1310               Sequence ID
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1314               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1315               update Jalview configuration
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1319               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1323               files with similarly named sequences if dropped onto the
1324               alignment
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1328               entries where more chains exist in the PDB accession than
1329               are reported in the SIFTS file
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1333               the structure view when displayed with Chimera
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1337               panel's View->Show Chains submenu
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1341               work for wrapped alignment views
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1345               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1349               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1350               first annotation row
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1354               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1358               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1359             </li>
1360             <!-- JAL-2319 -->
1361             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1362             coordindate data
1363             </li>
1364           </ul>
1365           <!--           <em>New Known Issues</em>
1366           <ul>
1367             <li></li>
1368           </ul> -->
1369         </div>
1370       </td>
1371     </tr>
1372     <td width="60" nowrap>
1373       <div align="center">
1374         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1375           <em>25/10/2016</em></strong>
1376       </div>
1377     </td>
1378     <td><em>Application</em>
1379       <ul>
1380         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1381           view if structures already loaded</li>
1382         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1383           structure views</li>
1384       </ul></td>
1385     <td>
1386       <div align="left">
1387         <em>General</em>
1388         <ul>
1389           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1390             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1391           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1392             example sequences/projects/trees</li>
1393         </ul>
1394         <em>Application</em>
1395         <ul>
1396           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1397             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1398           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1399             without timeout for structures with multiple models or
1400             multiple sequences in alignment</li>
1401           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1402             PDB ID HEADER line</li>
1403           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1404             is performed</li>
1405           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1406             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1407           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1408           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1409             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1410             option</li>
1411           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1412             is created on the alignment</li>
1413           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1414             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1415             pop-up menu</li>
1416         </ul>
1417         <em>Build and deployment</em>
1418         <ul>
1419           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1420             tags</li>
1421         </ul>
1422         <em>New Known Issues</em>
1423         <ul>
1424           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1425             on Windows</li>
1426         </ul>
1427       </div>
1428     </td>
1429     </tr>
1430     <tr>
1431       <td width="60" nowrap>
1432         <div align="center">
1433           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1434         </div>
1435       </td>
1436       <td><em>General</em>
1437         <ul>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1440           </li>
1441           <li>
1442             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1443             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1444             better PDB parsing.
1445           </li>
1446           <li>
1447             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1448             reference sequence
1449           </li>
1450           <li>
1451             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1452             mousing over sequence associated annotation
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1456             for manual entry
1457           </li>
1458           <li>
1459             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1460             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1461             for each column
1462           </li>
1463           <li>
1464             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1465             showing or hiding columns containing a feature
1466           </li>
1467           <li>
1468             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1469             group and sequence associated annotation labels
1470           </li>
1471           <li>
1472             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1473             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1474             dialogs
1475           </li>
1476
1477         </ul> <em>Application</em>
1478         <ul>
1479           <li>
1480             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1481             gene/transcript view
1482           </li>
1483           <li>
1484             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1485             dialog
1486           </li>
1487           <li>
1488             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1489             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1490           </li>
1491           <li>
1492             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1493             Pfam sources to xfam.org
1494           </li>
1495           <li>
1496             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1497           </li>
1498           <li>
1499             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1500             over sequences in Jalview
1501           </li>
1502           <li>
1503             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1504             regions in ENA and EMBL
1505           </li>
1506           <li>
1507             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1508             for record retrieval via ENA rest API
1509           </li>
1510           <li>
1511             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1512             complement operator
1513           </li>
1514           <li>
1515             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1516             groovy script execution
1517           </li>
1518           <li>
1519             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1520             alignment window's Calculate menu
1521           </li>
1522           <li>
1523             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1524             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1525           </li>
1526           <li>
1527             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1528             calculation workers from groovy scripts
1529           </li>
1530           <li>
1531             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1532             Jalview projects
1533           </li>
1534           <li>
1535             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1536             associations are now saved/restored from project
1537           </li>
1538           <li>
1539             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1540             before sequence fetcher is opened
1541           </li>
1542           <li>
1543             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1544             database chooser opens a sequence fetcher
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1548             the UniProt REST API
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1552             the news reader opening
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1556             querying stored in preferences
1557           </li>
1558           <li>
1559             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1560             search results
1561           </li>
1562           <li>
1563             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1564           </li>
1565           <li>
1566             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1567             menu for nucleotide sequences
1568           </li>
1569           <li>
1570             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1571             and feature counts preserves alignment ordering (and
1572             debugged for complex feature sets).
1573           </li>
1574           <li>
1575             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1576             viewing structures with Jalview 2.10
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1580             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1581             Ensembl Genomes REST API
1582           </li>
1583           <li>
1584             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1585             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1586             (Ensembl)
1587           </li>
1588           <li>
1589             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1590             sequences
1591           </li>
1592           <li>
1593             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1594             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1595             data from external database records.
1596           </li>
1597           <li>
1598             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1599             efficient recovery of sequence coding and alignment
1600             annotation relationships.
1601           </li>
1602         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1603         <ul>
1604           <li>
1605             -- JAL---
1606           </li>
1607         </ul> --></td>
1608       <td>
1609         <div align="left">
1610           <em>General</em>
1611           <ul>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1614               menu on OSX
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1618               includes graduated colourschemes
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1622               working with big alignments and lots of hidden columns
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1626               at right of alignment window
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1630               contents
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1634               for DNA alignments
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1638               based tree calculation
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1642               unconserved enabled for group on alignment
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1646               set as reference
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1650               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1651               annotation
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1655               hidden columns present
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1659               user created annotation added to alignment
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1663               '()' base pair annotation
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1667               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1668               Consensus
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1672               feature not working
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1676               beginning of sequence
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1680               entry 3a6s
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1684               from a tree when t-coffee scores are shown
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1688               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1692               some structures
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1696               to Clustal, PIR and PileUp output
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1700               not visible causes alignment window to repaint
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1704               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1705               scores associated with features and annotation rows
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1709               calculation should be case independent
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1713               columns
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1717               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1718               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1722               problems when reference sequence defined and 'show
1723               non-conserved' enabled
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1727               load even when Consensus calculation is disabled
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1731               alignment does nothing
1732             </li>
1733           </ul>
1734           <em>Application</em>
1735           <ul>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1738               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1739               yet fixed for El Capitan)
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1743               output when running on non-gb/us i18n platforms
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1747               hidden sequences as flat-file alignment
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1751               launching Chimera
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1755               (also hotfix for 2.9.0b2)
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1759               reference sequence defined
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1763               alignments and views when revealing hidden columns
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1767               view in a cDNA/Protein splitframe
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1771               sequence from project when only one sequence is
1772               represented
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1776               in Structure Chooser
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1780               structure consensus didn't refresh annotation panel
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1784               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1788               dialogs format columns correctly, don't display array
1789               data, sort columns according to type
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1793               file chooser is cancelled during an image export
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1797               sequence name containing special characters
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1801               case insensitive
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1805               formatting don't wrap
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1809               truncated so L looks like I in consensus annotation
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1813               currently displayed features for the current selection or
1814               view
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1818               after fetching cross-references, and restoring from
1819               project
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1823               followed in the structure viewer
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1827               splitframe not restored from project
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1831               trailing end of protein alignment in transcript/product
1832               splitview when pad-gaps not enabled by default
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1836               is case dependent
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1840               article has been read (reopened issue due to
1841               internationalisation problems)
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1845               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1846               cross-references
1847             </li>
1848
1849             <li>
1850               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1851               alignment as HTML
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1855               multiple structures are shown for one or more sequences.
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1859               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1860               is enabled.
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1864               specific PDB id for sequence
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1868               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1869               columns' is disabled.
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1873               selects lowest rather than highest resolution structures
1874               for each sequence
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1878               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1882               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1886               after clicking on it to create new annotation for a
1887               column.
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1891               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1892             </li>
1893             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1894             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1895           </ul>
1896           <em>Applet</em>
1897           <ul>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1900               hidden columns present before start of sequence
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1904               (JSON jars)
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1908               sequences are hidden in applet
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1912               deployment on examples pages.
1913             </li>
1914           </ul>
1915         </div>
1916       </td>
1917     </tr>
1918     <tr>
1919       <td width="60" nowrap>
1920         <div align="center">
1921           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1922             <em>16/10/2015</em></strong>
1923         </div>
1924       </td>
1925       <td><em>General</em>
1926         <ul>
1927           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1928             jars</li>
1929         </ul></td>
1930       <td>
1931         <div align="left">
1932           <em>Application</em>
1933           <ul>
1934             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1935               shown when tree is partitioned</li>
1936             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1937               multiple cDNA/Protein split views</li>
1938           </ul>
1939         </div>
1940       </td>
1941     </tr>
1942     <tr>
1943       <td width="60" nowrap>
1944         <div align="center">
1945           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1946             <em>8/10/2015</em></strong>
1947         </div>
1948       </td>
1949       <td><em>General</em>
1950         <ul>
1951           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1952             2.9</li>
1953         </ul> <em>Application</em>
1954         <ul>
1955           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1956           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1957           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1958         </ul> <em>Applet</em>
1959         <ul>
1960           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1961         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1962         <ul>
1963           <li>
1964             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1965             suite
1966           </li>
1967         </ul></td>
1968       <td>
1969         <div align="left">
1970           <em>General</em>
1971           <ul>
1972             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1973               incorrect when sequence start > 1</li>
1974             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1975               documentation</li>
1976             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1977             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1978               loading a features file containing HTML tags in feature
1979               description</li>
1980
1981           </ul>
1982           <em>Application</em>
1983           <ul>
1984             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1985               reimport</li>
1986             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1987               with 'trim retrieved sequences'</li>
1988             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1989               deleting selected columns</li>
1990             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1991               JNLP templates for webstart launch</li>
1992             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1993               unreleased structures for download or viewing</li>
1994             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1995               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1996             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1997               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1998             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1999               recovered from jalview project</li>
2000             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2001               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2002               alignment view</li>
2003             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2004               color schemes from BioJSON</li>
2005           </ul>
2006           <em>Applet</em>
2007           <ul>
2008             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2009               frame</li>
2010             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2011           </ul>
2012         </div>
2013       </td>
2014     </tr>
2015     <tr>
2016       <td><div align="center">
2017           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2018         </div></td>
2019       <td><em>General</em>
2020         <ul>
2021           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2022             alignments:
2023             <ul>
2024               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2025                 and DNA alignment views</li>
2026               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2027                 cDNA alignment views</li>
2028               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2029                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2030               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2031                 protein sequences</li>
2032             </ul>
2033           </li>
2034           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2035           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2036             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2037           <li>New alignment annotation file statements for
2038             reference sequences and marking hidden columns</li>
2039           <li>Reference sequence based alignment shading to
2040             highlight variation</li>
2041           <li>Select or hide columns according to alignment
2042             annotation</li>
2043           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2044           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2045             acid conservation row</li>
2046           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2047         </ul> <em>Application</em>
2048         <ul>
2049           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2050             <ul>
2051               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2052                 view with cDNA/Protein</li>
2053               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2054                 sequences are placed in the same alignment</li>
2055               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2056                 projects</li>
2057             </ul>
2058           </li>
2059
2060           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2061           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2062             Jalview windows</li>
2063
2064           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2065           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2066           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2067             be shown in VARNA</li>
2068
2069           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2070             as the active selected region</li>
2071
2072           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2073             similarity</li>
2074           <li>New Export options
2075             <ul>
2076               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2077                 region export in flat file generation</li>
2078
2079               <li>Export alignment views for display with the <a
2080                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2081
2082               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2083               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2084                 alignment figures to HTML</li>
2085           </li>
2086           <li>3D structure retrieval and display
2087             <ul>
2088               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2089                 Search API</li>
2090               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2091                 PDB structures for a sequence set</li>
2092             </ul>
2093           </li>
2094
2095           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2096             predictions</li>
2097           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2098             for one or a group of sequences</li>
2099           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2100             from the JPred4 web server</li>
2101           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2102             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2103             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2104           </li>
2105           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2106             VARNA 2D Structure'</li>
2107           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2108             Structure ..."</li>
2109
2110         </ul> <em>Applet</em>
2111         <ul>
2112           <li>New layout for applet example pages</li>
2113           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2114             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2115           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2116             Protein alignments</li>
2117         </ul> <em>Development and deployment</em>
2118         <ul>
2119           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2120           <li>Include installation type and git revision in build
2121             properties and console log output</li>
2122           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2123             storing BioJsMSA Templates</li>
2124           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2125         </ul></td>
2126       <td>
2127         <!-- <em>General</em>
2128         <ul>
2129         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2130         <ul>
2131           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2132           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2133           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2134             predictions are not highlighted in amber</li>
2135           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2136             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2137           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2138             associated structure views</li>
2139           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2140             width checkbox not enabled</li>
2141           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2142             creating user defined colours</li>
2143           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2144             mappings for just that viewer's sequences</li>
2145           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2146             multiple models in Chimera</li>
2147           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2148             over Jmol structure</li>
2149           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2150             output to text box</li>
2151           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2152             have incorrect sequence start/end</li>
2153           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2154             Jalview fails</li>
2155           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2156             work for nucleotide</li>
2157           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2158             to a grey/invisible alignment window</li>
2159           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2160             imports to different position</li>
2161           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2162             on some platforms</li>
2163           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2164             populated</li>
2165           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2166             console if Chimera has been opened</li>
2167           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2168           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2169             retrieved</li>
2170           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2171           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2172             either sequence shows on first structure</li>
2173           <li>'Show annotations' options should not make
2174             non-positional annotations visible</li>
2175           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2176             in right place after 'view flanking regions'</li>
2177           <li>File Save As type unset when current file format is
2178             unknown</li>
2179           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2180             projects</li>
2181           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2182             responsive</li>
2183           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2184             several views on same alignment</li>
2185           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2186           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2187             spaces</li>
2188         </ul> <em>Applet</em>
2189         <ul>
2190           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2191           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2192             descriptions containing angle brackets</li>
2193         </ul> <em>General</em>
2194         <ul>
2195           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2196             via jalview annotation file</li>
2197           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2198             with RNA secondary structure</li>
2199           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2200             translation doesn't work.</li>
2201           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2202           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2203             positions</li>
2204           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2205             choosing 1pt font</li>
2206           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2207             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2208             'h'</li>
2209           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2210             new feature</li>
2211           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2212             order dependent</li>
2213           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2214             sequences</li>
2215           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2216         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2217         <ul>
2218           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2219             www.jalview.org</li>
2220         </ul> <em>Application Known issues</em>
2221         <ul>
2222           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2223           <li>Misleading message appears after trying to delete
2224             solid column.</li>
2225           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2226             version launches</li>
2227           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2228             fails with a sequence mismatch</li>
2229           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2230             scrolling alignment to right</li>
2231           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2232             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2233           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2234             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2235           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2236             ultra-high resolution</li>
2237           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2238             quality and conservation</li>
2239           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2240             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2241         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2242         <ul>
2243           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2244           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2245             window is being resized</li>
2246
2247         </ul>
2248       </td>
2249     </tr>
2250     <tr>
2251       <td><div align="center">
2252           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2253         </div></td>
2254       <td><em>General</em>
2255         <ul>
2256           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2257             Certum.PL.</li>
2258           <li>Features and annotation preserved when performing
2259             pairwise alignment</li>
2260           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2261             imported/exported/displayed</li>
2262           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2263             protein secondary structure</li>
2264           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2265               post-hoc with 2.9 release</em>)
2266           </li>
2267
2268         </ul> <em>Application</em>
2269         <ul>
2270           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2271             with 3D structures</li>
2272           <li>Support for parsing RNAML</li>
2273           <li>Annotations menu for layout
2274             <ul>
2275               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2276               <li>place sequence annotation above/below alignment
2277                 annotation</li>
2278             </ul>
2279           <li>Output in Stockholm format</li>
2280           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2281             translation</li>
2282           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2283           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2284             shared between alignments</li>
2285           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2286             Jalview</li>
2287           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2288             all or current selection</li>
2289           <li>disorder and secondary structure predictions
2290             available as dataset annotation</li>
2291           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2292
2293
2294           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2295             alignments from Rfam</li>
2296           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2297
2298           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2299             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2300           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2301           <li>include installation type in build properties and
2302             console log output</li>
2303           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2304             annotation</li>
2305         </ul></td>
2306       <td>
2307         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2308         <ul>
2309           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2310             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2311           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2312             alignment</li>
2313           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2314           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2315           <li>Double click on sequence associated annotation
2316             selects only first column</li>
2317           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2318             leaves shown in tree</li>
2319           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2320             properly</li>
2321           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2322           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2323             screen and buttons not visible</li>
2324           <li>author list isn't updated if already written to
2325             Jalview properties</li>
2326           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2327             from database</li>
2328           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2329           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2330             browser search window</li>
2331           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2332             in feature settings dialog</li>
2333           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2334             desktop</li>
2335           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2336             pass validation</li>
2337           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2338             fit on screen</li>
2339           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2340             tooltip</li>
2341           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2342             defined user preset</li>
2343           <li>MSA web services warns user if they were launched
2344             with invalid input</li>
2345           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2346             Java 8</li>
2347           <li>
2348             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2349             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2350             created
2351           </li>
2352
2353         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2354         <ul>
2355         </ul> <em>General</em>
2356         <ul>
2357         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2358         <ul>
2359           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2360             memory allocation</li>
2361           <li>launchApp service doesn't automatically open
2362             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2363           <li>
2364             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2365             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2366             1.7_055 is available
2367           </li>
2368         </ul> <em>Application Known issues</em>
2369         <ul>
2370           <li>
2371             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2372             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2373             alignment to right
2374           </li>
2375           <li>
2376             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2377             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2378             with large number of ID
2379           </li>
2380           <li>
2381             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2382             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2383             start/end
2384           </li>
2385           <li>
2386             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2387             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2388             structure tracks are rearranged
2389           </li>
2390           <li>
2391             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2392             invalid rna structure positional highlighting does not
2393             highlight position of invalid base pairs
2394           </li>
2395           <li>
2396             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2397             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2398             project from alignment window file menu
2399           </li>
2400           <li>
2401             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2402             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2403             structures
2404           </li>
2405           <li>
2406             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2407             colour by RNA Helices not enabled when user created
2408             annotation added to alignment
2409           </li>
2410           <li>
2411             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2412             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2413           </li>
2414         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2415         <ul>
2416           <li>
2417             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2418             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2422             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2423           </li>
2424
2425           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2426             when selected</li>
2427         </ul>
2428       </td>
2429     </tr>
2430     <tr>
2431       <td><div align="center">
2432           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2433         </div></td>
2434       <td>
2435         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2436         <em>General</em>
2437         <ul>
2438           <li>Internationalisation of user interface (usually
2439             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2440           <li>Define/Undefine group on current selection with
2441             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2442           <li>Improved group creation/removal options in
2443             alignment/sequence Popup menu</li>
2444           <li>Sensible precision for symbol distribution
2445             percentages shown in logo tooltip.</li>
2446           <li>Annotation panel height set according to amount of
2447             annotation when alignment first opened</li>
2448         </ul> <em>Application</em>
2449         <ul>
2450           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2451             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2452           <li>Select columns containing particular features from
2453             Feature Settings dialog</li>
2454           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2455             sequences</li>
2456           <li>Update Jalview project format:
2457             <ul>
2458               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2459               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2460                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2461               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2462                 colouring</li>
2463             </ul>
2464           </li>
2465           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2466             (PAM250)</li>
2467           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2468             flanking regions for an alignment</li>
2469         </ul>
2470       </td>
2471       <td>
2472         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2473         <ul>
2474           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2475             running after job is cancelled</li>
2476           <li>cannot export features from alignments imported from
2477             Jalview/VAMSAS projects</li>
2478           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2479             float values</li>
2480           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2481             have 'display all symbols' flag set</li>
2482           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2483             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2484           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2485             Jalview</li>
2486           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2487             Lion/Webstart</li>
2488           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2489           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2490           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2491             alignment onto desktop</li>
2492           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2493             'extract scores' function</li>
2494           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2495             alignment window</li>
2496           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2497             performing IUPred disorder prediction</li>
2498           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2499             changing 'normalise logo' display setting</li>
2500           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2501             nothing matches query</li>
2502           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2503             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2504           </li>
2505           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2506             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2507           </li>
2508           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2509             Jalview's menu</li>
2510           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2511             'invalid literal/length code'</li>
2512           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2513             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2514           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2515             colourscheme</li>
2516
2517         </ul> <em>Applet</em>
2518         <ul>
2519           <li>Remove group option is shown even when selection is
2520             not a group</li>
2521           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2522             don't affect groups</li>
2523           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2524             colourscheme name</li>
2525           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2526             Annotation panel is not displayed</li>
2527           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2528             embedded windows</li>
2529         </ul> <em>Other</em>
2530         <ul>
2531           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2532             single sequence were not calculated</li>
2533           <li>annotation files that contain only groups imported as
2534             annotation and junk sequences</li>
2535           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2536             recognised as PFAM or BLC</li>
2537           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2538             doesn't affect background (2.8.0b1)
2539           <li></li>
2540           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2541           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2542             trailing gaps</li>
2543           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2544             registered correctly on import</li>
2545           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2546             certain alignments</li>
2547           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2548             existing annotation based 'use original colours'
2549             colourscheme loses original colours setting</li>
2550         </ul>
2551       </td>
2552     </tr>
2553     <tr>
2554       <td><div align="center">
2555           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2556             <em>30/1/2014</em></strong>
2557         </div></td>
2558       <td>
2559         <ul>
2560           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2561             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2562             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2563             open source project).
2564           </li>
2565           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2566           <li>Output in Stockholm format</li>
2567           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2568           <li>Export/import group and sequence associated line
2569             graph thresholds</li>
2570           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2571             ambiguity codes</li>
2572           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2573             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2574             works</li>
2575           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2576         </ul> <em>Other improvements</em>
2577         <ul>
2578           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2579           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2580             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2581           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2582             files</li>
2583           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2584           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2585             link but no description</li>
2586           <li>Select primary source when selecting authority in
2587             database fetcher GUI</li>
2588           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2589             Jalview</li>
2590           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2591         </ul>
2592       </td>
2593       <td>
2594         <ul>
2595           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2596             displayed</li>
2597           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2598             secondary structure annotation line</li>
2599           <li>Sequence database accessions not imported when
2600             fetching alignments from Rfam</li>
2601           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2602             identical IDs</li>
2603           <li>View all structures does not always superpose
2604             structures</li>
2605           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2606             reflect user or preset settings</li>
2607           <li>Null pointer exceptions for some services without
2608             presets or adjustable parameters</li>
2609           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2610             discover PDB xRefs</li>
2611           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2612             features with DAS</li>
2613           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2614             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2615           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2616             residue follows a gap</li>
2617           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2618             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2619           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2620             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2621           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2622             annotation already exists on alignment</li>
2623           <li>oninit javascript function should be called after
2624             initialisation completes</li>
2625           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2626             alignment window display</li>
2627           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2628           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2629             to annotation file</li>
2630           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2631             groups created</li>
2632           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2633             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2634           <li>Pressing return several times causes Number Format
2635             exceptions in keyboard mode</li>
2636           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2637             correct partitions for input data</li>
2638           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2639           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2640           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2641           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2642             mode</li>
2643           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2644             changes one row&#39;s threshold</li>
2645           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2646             doesn&#39;t open</li>
2647           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2648             quality histograms</li>
2649         </ul>
2650       </td>
2651     </tr>
2652     <tr>
2653       <td><div align="center">
2654           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2655         </div></td>
2656       <td><em>Application</em>
2657         <ul>
2658           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2659             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2660           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2661             preferences</li>
2662           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2663             in Jalview alignment window</li>
2664           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2665             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2666           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2667             RNA and ambiguity codes</li>
2668
2669           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2670           <li>Support fetching and database reference look up
2671             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2672             refs')</li>
2673           <li>Jalview project improvements
2674             <ul>
2675               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2676                 flag for annotation</li>
2677               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2678                 alignment</li>
2679               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2680                 Jalview project</li>
2681
2682             </ul>
2683           </li>
2684           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2685           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2686             running</li>
2687           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2688           <li>visual indication that web service results are still
2689             being retrieved from server</li>
2690           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2691             starts up for first time</li>
2692           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2693             services</li>
2694           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2695             client library</li>
2696           <li>Examples directory and Groovy library included in
2697             InstallAnywhere distribution</li>
2698         </ul> <em>Applet</em>
2699         <ul>
2700           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2701             visualization applet example</li>
2702         </ul> <em>General</em>
2703         <ul>
2704           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2705           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2706             defaults</li>
2707           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2708             calculation</li>
2709           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2710             matrices
2711           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2712             in HTML</li>
2713           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2714             structure contacts</li>
2715           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2716           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2717           <li>Parse sequence associated secondary structure
2718             information in Stockholm files</li>
2719           <li>HTML Export database accessions and annotation
2720             information presented in tooltip for sequences</li>
2721           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2722             style RNA alignment files</li>
2723           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2724             alignment</li>
2725           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2726             shade each sequence according to its associated alignment
2727             annotation</li>
2728           <li>New Jalview Logo</li>
2729         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2730         <ul>
2731           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2732           <li>New Website!</li>
2733         </ul></td>
2734       <td><em>Application</em>
2735         <ul>
2736           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2737             wsdbfetch REST service</li>
2738           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2739           <li>Filetype associations not installed for webstart
2740             launch</li>
2741           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2742             job execution in full once it is complete</li>
2743           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2744             uploaded via ali_file parameter</li>
2745           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2746           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2747           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2748             submitted for prediction</li>
2749           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2750             desktop window</li>
2751           <li>Putting fractional value into integer text box in
2752             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2753           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2754             windows 7</li>
2755           <li>View all structures fails with exception shown in
2756             structure view</li>
2757           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2758             escaped in a platform independent way</li>
2759           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2760             using proxy</li>
2761           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2762             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2763           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2764             failure when java web start temporary file caching is
2765             disabled</li>
2766           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2767             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2768           <li>Errors during processing of command line arguments
2769             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2770           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2771             DAS sources in sequence fetcher</li>
2772           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2773             dialog is shown</li>
2774           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2775           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2776           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2777           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2778             on OSX Mountain Lion</li>
2779           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2780             sequences with alignment annotation are pasted into the
2781             alignment</li>
2782           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2783             when loaded from Jalview project</li>
2784           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2785           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2786             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2787           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2788             associated with all views</li>
2789           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2790             annotation rows to new window</li>
2791         </ul> <em>Applet</em>
2792         <ul>
2793           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2794             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2795           <li>loading features via javascript API automatically
2796             enables feature display</li>
2797           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2798             work</li>
2799         </ul> <em>General</em>
2800         <ul>
2801           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2802           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2803             and then deselected</li>
2804           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2805           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2806             coloured with clustalx</li>
2807           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2808             exceptions and redraw errors</li>
2809           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2810             reconfigured view</li>
2811           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2812             colour</li>
2813           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2814             for lots of labels</li>
2815         </ul>
2816     </tr>
2817     <tr>
2818       <td>
2819         <div align="center">
2820           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2821         </div>
2822       </td>
2823       <td><em>Application</em>
2824         <ul>
2825           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2826           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2827           <li>View/alignment association menu to enable user to
2828             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2829             its colours/correspondences from</li>
2830           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2831           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2832             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2833           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2834           <li>Annotation row column label formatting attributes
2835             stored in project file</li>
2836           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2837             rows preserved in Jalview project file</li>
2838           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2839             saved using Desktop window menu</li>
2840           <li>Visual indication that command line arguments are
2841             still being processed</li>
2842           <li>Groovy script execution from URL</li>
2843           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2844             preferences</li>
2845           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2846             alignment with sequences that have high similarity and
2847             matching IDs</li>
2848           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2849           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2850             structures in same window</li>
2851           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2852           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2853             analysis function in its own submenu</li>
2854         </ul> <em>Applet</em>
2855         <ul>
2856           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2857             groups</li>
2858           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2859           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2860           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2861           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2862           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2863             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2864           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2865           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2866             parameters are treated as such</li>
2867           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2868             <ul>
2869               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2870               <li>Javascript callbacks for
2871                 <ul>
2872                   <li>Applet initialisation</li>
2873                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2874                 </ul>
2875               </li>
2876               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2877                 functions</li>
2878               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2879               <li>javascript structure viewer harness to pass
2880                 messages between Jmol and Jalview when running as
2881                 distinct applets</li>
2882               <li>sortBy method</li>
2883               <li>Set of applet and application examples shipped
2884                 with documentation</li>
2885               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2886                 javascript message exchange</li>
2887             </ul>
2888         </ul> <em>General</em>
2889         <ul>
2890           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2891             multiple alignments</li>
2892           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2893           <li>User configurable link to enable redirects to a
2894             www.Jalview.org mirror</li>
2895           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2896           <li>Configurable newline string when writing alignment
2897             and other flat files</li>
2898           <li>Allow alignment annotation description lines to
2899             contain html tags</li>
2900         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2901         <ul>
2902           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2903             examples</li>
2904           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2905             using a web service before displaying the result in the
2906             Jalview desktop</li>
2907           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2908           <li>Ant target to publish example html files with applet
2909             archive</li>
2910           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2911           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2912         </ul></td>
2913       <td><em>Application</em>
2914         <ul>
2915           <li>User defined colourscheme throws exception when
2916             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2917           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2918             dialog for valid filename/format</li>
2919           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2920           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2921             P37173</li>
2922           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2923             which sequence is to be associated with the file</li>
2924           <li>Find All raises null pointer exception when query
2925             only matches sequence IDs</li>
2926           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2927           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2928             2.4 cannot be loaded</li>
2929           <li>Filetype associations not installed for webstart
2930             launch</li>
2931           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2932             with sequences in different alignments do not get coloured
2933             by their associated sequence</li>
2934           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2935             not preserved when project is loaded</li>
2936           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2937             stored in Jalview project</li>
2938           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2939             Jalview project</li>
2940           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2941           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2942             by conservation</li>
2943           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2944             created on new view</li>
2945           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2946             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2947           <li>Alignment quality not updated after alignment
2948             annotation row is hidden then shown</li>
2949           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2950             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2951           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2952             properly</li>
2953           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2954             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2955           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2956           <li>Structures imported from file and saved in project
2957             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2958           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2959             job execution in full once it is complete</li>
2960         </ul> <em>Applet</em>
2961         <ul>
2962           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2963             annotation rows are displayed</li>
2964           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2965             codebase</li>
2966           <li>View follows highlighting does not work for positions
2967             in sequences</li>
2968           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2969           <li>Export features raises exception when no features
2970             exist</li>
2971           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2972             for javascript api is modified when separator string
2973             provided as parameter</li>
2974           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2975             alignment with no existing selection</li>
2976           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2977             to applet&#39;s codebase</li>
2978           <li>Status bar not updated after finished searching and
2979             search wraps around to first result</li>
2980           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2981             several Jalview applets causes race conditions and memory
2982             leaks</li>
2983           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2984             not sent from Jmol in applet</li>
2985           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2986             applet API fatally hang browser</li>
2987         </ul> <em>General</em>
2988         <ul>
2989           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2990             position with wrapped view and hidden regions</li>
2991           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2992             with/without hidden columns</li>
2993           <li>Sequence length given in alignment properties window
2994             is off by 1</li>
2995           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2996             import PDB like structure files</li>
2997           <li>Positional search results are only highlighted
2998             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2999           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3000           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3001             given sequence position</li>
3002           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3003             output</li>
3004           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3005             from nucleotide chains correctly</li>
3006           <li>Structure colours not updated when tree partition
3007             changed in alignment</li>
3008           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3009             parsed in interleaved stockholm</li>
3010           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3011             state</li>
3012           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3013             properly</li>
3014           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3015             properly associated with their pdb files</li>
3016         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3017         <ul>
3018           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3019             ApplyCopyright tool</li>
3020         </ul></td>
3021     </tr>
3022     <tr>
3023       <td>
3024         <div align="center">
3025           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3026         </div>
3027       </td>
3028       <td><em>Application</em>
3029         <ul>
3030           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3031             contact web services</li>
3032           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3033             service job window</li>
3034           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3035         </ul></td>
3036       <td>
3037         <ul>
3038           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3039             pir file emitted by Jalview</li>
3040           <li>Existing feature settings transferred to new
3041             alignment view created from cut'n'paste</li>
3042           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3043             parsing PDB files</li>
3044           <li>Consensus and conservation annotation rows
3045             occasionally become blank for all new windows</li>
3046           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3047             in wrapped view mode</li>
3048         </ul> <em>Application</em>
3049         <ul>
3050           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3051             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3052           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3053             parameter names</li>
3054           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3055             is down</li>
3056         </ul>
3057       </td>
3058     </tr>
3059     <tr>
3060       <td>
3061         <div align="center">
3062           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3063         </div>
3064       </td>
3065       <td><em>Application</em>
3066         <ul>
3067           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3068             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3069             (JABAWS)
3070           </li>
3071           <li>Web Services preference tab</li>
3072           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3073             preferences</li>
3074           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3075           <li>Superpose structures using associated sequence
3076             alignment</li>
3077           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3078             viewer</li>
3079         </ul> <em>Applet</em>
3080         <ul>
3081           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3082             link out mechanism</li>
3083         </ul> <em>Other</em>
3084         <ul>
3085           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3086             series 12</li>
3087           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3088             require Java 1.5</li>
3089           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3090             sequence annotation files</li>
3091           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3092             type colour specification</li>
3093           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3094             script to check if it being run in an interactive session or
3095             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3096         </ul></td>
3097       <td>
3098         <ul>
3099           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3100             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3101         </ul> <em>Application</em>
3102         <ul>
3103           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3104             selected Regions menu item</li>
3105           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3106             part of a valid accession ID</li>
3107           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3108             runs out of memory</li>
3109           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3110             analysis results</li>
3111           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3112             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3113           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3114         </ul> <em>Applet</em>
3115         <ul>
3116           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3117             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3118             defined.</li>
3119         </ul>
3120       </td>
3121     </tr>
3122     <tr>
3123       <td>
3124         <div align="center">
3125           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3126         </div>
3127       </td>
3128       <td></td>
3129       <td>
3130         <ul>
3131           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3132             sequence IDs</li>
3133           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3134             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3135           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3136             import correctly</li>
3137           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3138             number of columns are hidden</li>
3139           <li>annotation label popup menu not providing correct
3140             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3141             present</li>
3142           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3143             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3144           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3145             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3146
3147         </ul> <em>Applet</em>
3148         <ul>
3149           <li>annotation panel disappears when annotation is
3150             hidden/removed</li>
3151         </ul> <em>Application</em>
3152         <ul>
3153           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3154             alignment opened where annotation panel is visible but no
3155             annotations are present on alignment</li>
3156           <li>pasted region containing hidden columns is
3157             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3158           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3159             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3160           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3161             selected Rregions menu item.</li>
3162           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3163             'Un' or 'Non'conserved</li>
3164           <li>Sequence feature settings are being shared by
3165             multiple distinct alignments</li>
3166           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3167             changed</li>
3168           <li>double click on group annotation to select sequences
3169             does not propagate to associated trees</li>
3170           <li>Mac OSX specific issues:
3171             <ul>
3172               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3173                 window background</li>
3174               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3175                 name set correctly</li>
3176               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3177                 save feature colourscheme button</li>
3178             </ul>
3179           </li>
3180         </ul>
3181       </td>
3182     </tr>
3183     <tr>
3184
3185       <td>
3186         <div align="center">
3187           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3188         </div>
3189       </td>
3190       <td><em>New Capabilities</em>
3191         <ul>
3192           <li>URL links generated from description line for
3193             regular-expression based URL links (applet and application)
3194
3195           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3196             menu</li>
3197           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3198             structures</li>
3199           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3200             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3201           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3202             average score or total feature count for each sequence.</li>
3203           <li>Shading features by score or associated description</li>
3204           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3205             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3206           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3207             hide everything but the currently selected region.</li>
3208           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3209         </ul> <em>Application</em>
3210         <ul>
3211           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3212             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3213           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3214             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3215           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3216             database references and protein_name is parsed as
3217             description line (BioSapiens terms).</li>
3218           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3219             references in sequence ID tooltip from View menu in
3220             application.</li>
3221           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3222       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3223           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3224             conservation plots</li>
3225           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3226             and visualized as sequence logos</li>
3227           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3228             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3229           </li>
3230           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3231             when a new tree is opened.</li>
3232           <li>Jalview Java Console</li>
3233           <li>Better placement of desktop window when moving
3234             between different screens.</li>
3235           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3236             consensus annotation</li>
3237           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3238             Workflows</li>
3239           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3240             <ul>
3241               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3242                 used to preserve views, structures, and tree display
3243                 settings)</li>
3244               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3245                 command line</li>
3246               <li>Sharing of selected regions between views and
3247                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3248               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3249             </ul></li>
3250         </ul> <em>Applet</em>
3251         <ul>
3252           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3253           <li>New Parameters
3254             <ul>
3255               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3256                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3257                 opened.</li>
3258               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3259                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3260               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3261                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3262               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3263                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3264                 view</li>
3265               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3266                 increase the height or width of a cell in the alignment
3267                 grid relative to the current font size.</li>
3268             </ul>
3269           </li>
3270           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3271             tooltip</li>
3272         </ul> <em>Other</em>
3273         <ul>
3274           <li>Features format: graduated colour definitions and
3275             specification of feature scores</li>
3276           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3277             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3278             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3279           <li>XML formats extended to support graduated feature
3280             colourschemes, group associated annotation, and profile
3281             visualization settings.</li></td>
3282       <td>
3283         <ul>
3284           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3285             rather than description</li>
3286           <li>Non-positional features are now included in sequence
3287             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3288             visibility in tooltip).</li>
3289           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3290           <li>Added URL embedding instructions to features file
3291             documentation.</li>
3292           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3293             'X' in peptide product</li>
3294           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3295             sequence ID and sequence string and query strings do not
3296             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3297           <li>AMSA files only contain first column of
3298             multi-character column annotation labels</li>
3299           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3300             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3301             exported and re-imported)</li>
3302           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3303             name</li>
3304           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3305             as subsequence matches, and correctly reports total number
3306             of both.</li>
3307           <li>Application:
3308             <ul>
3309               <li>Better handling of exceptions during sequence
3310                 retrieval</li>
3311               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3312                 link text excludes the start_end suffix</li>
3313               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3314                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3315               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3316               <li>Sequence description lines properly shared via
3317                 VAMSAS</li>
3318               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3319                 data sources</li>
3320               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3321                 completes before alignment figures are generated.</li>
3322               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3323                 first time.</li>
3324               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3325                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3326               <li>User defined group colours properly recovered
3327                 from Jalview projects.</li>
3328             </ul>
3329           </li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332
3333     </tr>
3334     <tr>
3335       <td>
3336         <div align="center">
3337           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3338         </div>
3339       </td>
3340       <td>
3341         <ul>
3342           <li>Experimental support for google analytics usage
3343             tracking.</li>
3344           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3345         </ul>
3346       </td>
3347       <td>
3348         <ul>
3349           <li>Race condition in applet preventing startup in
3350             jre1.6.0u12+.</li>
3351           <li>Exception when feature created from selection beyond
3352             length of sequence.</li>
3353           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3354           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3355             all sequences with a given id</li>
3356           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3357             ID string searches</li>
3358           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3359             alignment to fail with exception</li>
3360         </ul> <em>Application Issues</em>
3361         <ul>
3362           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3363           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3364             data sources</li>
3365         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3366         <ul>
3367           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3368             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3369           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3370             version (java class versioning error fixed)</li>
3371         </ul>
3372       </td>
3373     </tr>
3374     <tr>
3375       <td>
3376
3377         <div align="center">
3378           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3379         </div>
3380       </td>
3381       <td><em>User Interface</em>
3382         <ul>
3383           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3384             translation and protein products</li>
3385           <li>Linked highlighting of structure associated with
3386             residue mapping to codon position</li>
3387           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3388             and 'clear' button</li>
3389           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3390             Tools menu</li>
3391           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3392             numeric data in description line</li>
3393           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3394           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3395             of sequence</li>
3396         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3397         <ul>
3398           <li>JPred3 web service</li>
3399           <li>Prototype sequence search client (no public services
3400             available yet)</li>
3401           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3402             PFAM</li>
3403           <li>URL Links created for matching database cross
3404             references as well as sequence ID</li>
3405           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3406         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3407         <ul>
3408           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3409             databases</li>
3410           <li>Generalised database reference retrieval and
3411             validation to all fetchable databases</li>
3412           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3413             sequence command</li>
3414         </ul> <em>Import and Export</em>
3415         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3416         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3417           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3418         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3419           File</li>
3420         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3421           triplet as name of colourscheme</li>
3422         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3423         <ul>
3424           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3425           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3426             alignments (experimental)</li>
3427           <li>Create new or select existing session to join</li>
3428           <li>load and save of vamsas documents</li>
3429         </ul> <em>Application command line</em>
3430         <ul>
3431           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3432             from applet)</li>
3433           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3434             of DAS servers to query for alignment features</li>
3435           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3436             that are also automatically queried for features</li>
3437           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3438             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3439         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3440         <ul>
3441           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3442             application (when using &quot;View in full
3443             application&quot;)</li>
3444         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3445         <ul>
3446           <li>feature group display control parameter</li>
3447           <li>debug parameter</li>
3448           <li>showbutton parameter</li>
3449         </ul> <em>Applet API methods</em>
3450         <ul>
3451           <li>newView public method</li>
3452           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3453           <li>Feature display control methods</li>
3454           <li>get list of currently selected sequences</li>
3455         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3456         <ul>
3457           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3458           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3459             Jalview release.</li>
3460           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3461             property controls execution of obfuscator</li>
3462           <li>Build target for generating source distribution</li>
3463           <li>Debug flag for javacc</li>
3464           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3465             jalview.bin.Cache</li>
3466           <li>Continuous Build Integration for stable and
3467             development version of Application, Applet and source
3468             distribution</li>
3469         </ul></td>
3470       <td>
3471         <ul>
3472           <li>selected region output includes visible annotations
3473             (for certain formats)</li>
3474           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3475             for editing</li>
3476           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3477           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3478           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3479           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3480             comments</li>
3481           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3482             filenames containing a ':'</li>
3483           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3484             global sequence features</li>
3485           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3486             references from alignment sequences goes to zero</li>
3487           <li>Close of tree branch colour box without colour
3488             selection causes cascading exceptions</li>
3489           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3490           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3491             file parsing fails.</li>
3492           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3493           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3494             not a valid output format</li>
3495           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3496             vamsas</li>
3497           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3498           <li>error messages passed up and output when data read
3499             fails</li>
3500           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3501             sequence is edited</li>
3502           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3503             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3504           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3505             filetype</li>
3506           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3507             import fixed for PFAM records</li>
3508           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3509             window list</li>
3510           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3511             can be read and written correctly to annotation file</li>
3512           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3513             correctly</li>
3514           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3515             non-italic font for representatives in Applet</li>
3516           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3517             Macs.</li>
3518           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3519             Applet)</li>
3520           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3521             due to null pointer exceptions</li>
3522           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3523             first column of alignment</li>
3524           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3525             July 2008</li>
3526           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3527             file is case-insensitive</li>
3528           <li>Sequence features read from Features file appended to
3529             all sequences with matching IDs</li>
3530           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3531             containing a sub-sequence</li>
3532           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3533           <li>feature and annotation file applet parameters
3534             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3535           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3536           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3537             splash-screen version check to complete</li>
3538           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3539             when passing them to the launchApp service</li>
3540           <li>display name and local features preserved in results
3541             retrieved from web service</li>
3542           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3543             sequence fetcher initialisation</li>
3544           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3545             dasobert DAS client</li>
3546           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3547             association</li>
3548           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3549             sequences
3550           </li>
3551         </ul>
3552       </td>
3553     </tr>
3554     <tr>
3555       <td>
3556         <div align="center">
3557           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3558         </div>
3559       </td>
3560       <td>
3561         <ul>
3562           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3563           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3564           <li>Slide sequences</li>
3565           <li>Edit sequence in place</li>
3566           <li>EMBL CDS features</li>
3567           <li>DAS Feature mapping</li>
3568           <li>Feature ordering</li>
3569           <li>Alignment Properties</li>
3570           <li>Annotation Scores</li>
3571           <li>Sort by scores</li>
3572           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3573         </ul>
3574       </td>
3575       <td>
3576         <ul>
3577           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3578           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3579           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3580           <li>Feature group display state in XML</li>
3581           <li>Feature ordering in XML</li>
3582           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3583           <li>Stockholm alignment properties</li>
3584           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3585           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3586           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3587           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3588         </ul>
3589       </td>
3590
3591     </tr>
3592     <tr>
3593       <td>
3594         <div align="center">
3595           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3596         </div>
3597       </td>
3598       <td>
3599         <ul>
3600           <li>Non standard characters can be read and displayed
3601           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3602             applet via textbox
3603           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3604             name &amp; description
3605           <li>Preference setting to display sequence name in
3606             italics
3607           <li>Annotation file format extended to allow
3608             Sequence_groups to be defined
3609           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3610             specified in preferences
3611           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3612             sequences
3613         </ul>
3614       </td>
3615       <td>
3616         <ul>
3617           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3618             installed
3619           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3620           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3621         </ul>
3622       </td>
3623     </tr>
3624     <tr>
3625       <td>
3626         <div align="center">
3627           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3628         </div>
3629       </td>
3630       <td>
3631         <ul>
3632           <li>Multiple views on alignment
3633           <li>Sequence feature editing
3634           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3635           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3636           <li>Background dependent text colour
3637           <li>Right align sequence ids
3638           <li>User-defined lower case residue colours
3639           <li>Format Menu
3640           <li>Select Menu
3641           <li>Menu item accelerator keys
3642           <li>Control-V pastes to current alignment
3643           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3644           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3645           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3646
3647           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3648         </ul>
3649       </td>
3650       <td>
3651         <ul>
3652           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3653           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3654             calculations
3655           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3656             edits
3657           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3658             of alignment)
3659           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3660
3661           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3662             display correctly
3663           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3664           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3665             analysis results
3666           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3667             &#8739;
3668           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3669           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3670           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3671
3672         </ul>
3673       </td>
3674     </tr>
3675     <tr>
3676       <td>
3677         <div align="center">
3678           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3679         </div>
3680       </td>
3681       <td>
3682         <ul>
3683           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3684         </ul>
3685       </td>
3686       <td>
3687         <ul>
3688           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3689             sequence id panel has been resized</li>
3690           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3691             rendered</li>
3692           <li>Annotation files with sequence references - all
3693             elements in file are relative to sequence position</li>
3694           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3695         </ul>
3696       </td>
3697     </tr>
3698     <tr>
3699       <td>
3700         <div align="center">
3701           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3702         </div>
3703       </td>
3704       <td>
3705         <ul>
3706           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3707           <li>DAS Feature fetching</li>
3708           <li>Hide sequences and columns</li>
3709           <li>Export Annotations and Features</li>
3710           <li>GFF file reading / writing</li>
3711           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3712             files</li>
3713           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3714           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3715           <li>Applet can launch the full application</li>
3716           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3717             required)</li>
3718           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3719           <li>Applet can load sequences from parameter
3720             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3721           </li>
3722         </ul>
3723       </td>
3724       <td>
3725         <ul>
3726           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3727           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3728           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3729         </ul>
3730       </td>
3731     </tr>
3732     <tr>
3733       <td>
3734         <div align="center">
3735           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3736         </div>
3737       </td>
3738       <td>
3739         <ul>
3740           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3741           <li>Choose to match case when searching</li>
3742           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3743             expand the visible width and height of the alignment</li>
3744         </ul>
3745       </td>
3746       <td>
3747         <ul>
3748           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3749         </ul>
3750       </td>
3751     </tr>
3752     <tr>
3753       <td>
3754         <div align="center">
3755           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3756         </div>
3757       </td>
3758       <td>&nbsp;</td>
3759       <td>
3760         <ul>
3761           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3762           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3763             value</li>
3764         </ul>
3765       </td>
3766     </tr>
3767     <tr>
3768       <td>
3769         <div align="center">
3770           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3771         </div>
3772       </td>
3773       <td>
3774         <ul>
3775           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3776           <li>Keyboard editing</li>
3777           <li>Create sequence features from searches</li>
3778           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3779             alignments</li>
3780           <li>Features file allows grouping of features</li>
3781           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3782           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3783           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3784         </ul>
3785       </td>
3786       <td>
3787         <ul>
3788           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3789           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3790             descriptions saved.</li>
3791         </ul>
3792       </td>
3793     </tr>
3794     <tr>
3795       <td>
3796         <div align="center">
3797           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3798         </div>
3799       </td>
3800       <td>
3801         <ul>
3802           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3803           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3804           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3805             name for file output</li>
3806           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3807           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3808             used for HTML form input</li>
3809         </ul>
3810       </td>
3811       <td>
3812         <ul>
3813           <li>HTML output writes groups and features</li>
3814           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3815           <li>File IO bugs</li>
3816         </ul>
3817       </td>
3818     </tr>
3819     <tr>
3820       <td>
3821         <div align="center">
3822           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3823         </div>
3824       </td>
3825       <td>
3826         <ul>
3827           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3828           <li>More options for PCA viewer</li>
3829         </ul>
3830       </td>
3831       <td>
3832         <ul>
3833           <li>GUI bugs resolved</li>
3834           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3835         </ul>
3836       </td>
3837     </tr>
3838     <tr>
3839       <td height="63">
3840         <div align="center">
3841           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3842         </div>
3843       </td>
3844       <td>
3845         <ul>
3846           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3847           <li>Jar files are executable</li>
3848           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3849         </ul>
3850       </td>
3851       <td>
3852         <ul>
3853           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3854           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3855           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3856         </ul>
3857       </td>
3858     </tr>
3859     <tr>
3860       <td>
3861         <div align="center">
3862           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3863         </div>
3864       </td>
3865       <td>
3866         <ul>
3867           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3868         </ul>
3869       </td>
3870       <td>
3871         <ul>
3872           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3873         </ul>
3874       </td>
3875     </tr>
3876     <tr>
3877       <td>
3878         <div align="center">
3879           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3880         </div>
3881       </td>
3882       <td>
3883         <ul>
3884           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3885             size</li>
3886         </ul>
3887       </td>
3888       <td>
3889         <ul>
3890           <li>Improved JPred client reliability</li>
3891           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3892         </ul>
3893       </td>
3894     </tr>
3895     <tr>
3896       <td>
3897         <div align="center">
3898           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3899         </div>
3900       </td>
3901       <td>
3902         <ul>
3903           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3904           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3905           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3906             to Colour Menu</li>
3907           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3908           <li>Unix users can set default web browser</li>
3909           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3910           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3911         </ul>
3912       </td>
3913       <td>
3914         <ul>
3915           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3916         </ul>
3917       </td>
3918     </tr>
3919     <tr>
3920       <td>
3921         <div align="center">
3922           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3923         </div>
3924       </td>
3925       <td>&nbsp;</td>
3926       <td>
3927         <ul>
3928           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3929             alignment order.</li>
3930         </ul>
3931       </td>
3932     </tr>
3933     <tr>
3934       <td>
3935         <div align="center">
3936           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3937         </div>
3938       </td>
3939       <td>
3940         <ul>
3941           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3942           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3943           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3944             annotations.</li>
3945           <li>Version and build date written to build properties
3946             file.</li>
3947           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3948             at launch of Jalview.</li>
3949         </ul>
3950       </td>
3951       <td>
3952         <ul>
3953           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3954           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3955           <li>Can remove groups one by one.</li>
3956           <li>Filechooser icons installed.</li>
3957           <li>Finder ignores return character when searching.
3958             Return key will initiate a search.<br>
3959           </li>
3960         </ul>
3961       </td>
3962     </tr>
3963     <tr>
3964       <td>
3965         <div align="center">
3966           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3967         </div>
3968       </td>
3969       <td>
3970         <ul>
3971           <li>New codebase</li>
3972         </ul>
3973       </td>
3974       <td>&nbsp;</td>
3975     </tr>
3976   </table>
3977   <p>&nbsp;</p>
3978 </body>
3979 </html>