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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>1/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->Structure Chooser controls to
  81               control superposition of multiple structures and open
  82               structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97           </ul>
  98           </div>
  99       </td>
 100       <td><div align="left">
 101           <ul>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 104               overlapping alignment panel
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 108               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 112               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 116               columns in annotation row
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 120               honored in interactive and batch mode
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 124               entries after importing project with multiple views
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 128               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 129               with negative residue numbers or missing residues fails
 130             </li>
 131             <li><em>New Defects</em>
 132             <ul>
 133                 <li>
 134                   <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 135                   structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 136                   Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 137                   2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 138                 </li>
 139               </ul>
 140           </ul>
 141           <em>Applet</em>
 142           <ul>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 145               should copy the group consensus when popup is opened on it
 146             </li>
 147
 148           </ul>
 149
 150         </div></td>
 151     </tr>
 152     <tr>
 153       <td width="60" nowrap>
 154         <div align="center">
 155           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 156         </div>
 157       </td>
 158       <td><div align="left">
 159           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 160               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 161       <td><div align="left">
 162           <em>Desktop</em><ul>
 163           <ul>
 164             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 165             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 166             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 167             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 168             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 169             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 170             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 171           </ul>
 172           </div>
 173       </td>
 174     </tr>
 175     <tr>
 176       <td width="60" nowrap>
 177         <div align="center">
 178           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 179         </div>
 180       </td>
 181       <td><div align="left">
 182           <em></em>
 183           <ul>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 186               rendering of sequence features
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 190               429 rate limit request hander
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 194               their colours have changed
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 198               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 202               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 206               view from Ensembl locus cross-references
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 210               Alignment report
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 214               feature can be disabled
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 218               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 222               Uniprot
 223             </li>
 224           </ul>
 225           <em>Scripting</em>
 226           <ul>
 227             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 228             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 229               percent identity scores for current alignment.</li>
 230           </ul>
 231           <em>Testing and Deployment</em>
 232           <ul>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 235             </li>
 236           </ul>
 237         </div></td>
 238       <td><div align="left">
 239           <em>General</em>
 240           <ul>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 243               threshold text field doesn't trigger an update to the
 244               alignment view
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 248               strings in parallel
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 252               alignment window is closed
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 256               group visibility
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 260               takes a long time in Cursor mode
 261             </li>
 262           </ul>
 263           <em>Desktop</em>
 264           <ul>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 267               cannot be viewed in Chimera
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 271               CDS/Protein view
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 275               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 276               Search Dialogs
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 286               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 290               scrolling right in unwapped alignment view
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 294               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 295               database
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 299               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 303               features of same type and group to be selected for
 304               amending
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 308               alignments when hidden columns are present
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 312               displaying several structures
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 316               moving a window
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 320               within the Jalview desktop on OSX
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 324               when in wrapped alignment mode
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 328               hand end of alignment
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 332               each selected sequence do not have correct start/end
 333               positions
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 337               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 341               restoring project until a new view is created
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 345               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 346               configured (since 2.10.2b2)
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 350               position is adjusted
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 354               in a multi-chain structure when viewing alignment
 355               involving more than one chain (since 2.10)
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 359               if new selection moves alignment window
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 363               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 367               that produces correctly annotated transcripts and products
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 371               doesn't update associated structure view
 372             </li>
 373           </ul>
 374           <em>Applet</em><br />
 375           <ul>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 378               closing alignment panel
 379             </li>
 380           </ul>
 381           <em>BioJSON</em><br />
 382           <ul>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 385               non-positional features
 386             </li>
 387           </ul>
 388           <em>New Known Issues</em>
 389           <ul>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 392               sequence features correctly (for many previous versions of
 393               Jalview)
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 397               using cursor in wrapped panel other than top
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 401               graduated colour threshold
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 405               always preserve numbering and sequence features
 406             </li>
 407           </ul>
 408           <em>Known Java 9 Issues</em>
 409           <ul>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 412               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 413               9.01, OSX 10.10)
 414             </li>
 415           </ul>
 416         </div></td>
 417     </tr>
 418     <tr>
 419       <td width="60" nowrap>
 420         <div align="center">
 421           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 422             <em>2/10/2017</em></strong>
 423         </div>
 424       </td>
 425       <td><div align="left">
 426           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 427           <ul>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 430             </li>
 431             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 432             </li>
 433           </ul>
 434         </div></td>
 435       <td><div align="left">
 436         </div></td>
 437     </tr>
 438     <tr>
 439       <td width="60" nowrap>
 440         <div align="center">
 441           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 442             <em>7/9/2017</em></strong>
 443         </div>
 444       </td>
 445       <td><div align="left">
 446           <em></em>
 447           <ul>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 450               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 451               white)
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 455               Preferences
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 459               in size and progress bar shown as higher resolution
 460               overview is recalculated
 461             </li>
 462
 463           </ul>
 464         </div></td>
 465       <td><div align="left">
 466           <em></em>
 467           <ul>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 470               column region row by row
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 474               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 478               format setting is unticked
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 482               if group has show boxes format setting unticked
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 486               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 487               include sequences and columns not currently displayed
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 491               assemblies are imported via CIF file
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 495               displayed when threshold or conservation colouring is also
 496               enabled.
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 500               server version
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 504               dragging a selected region off the visible region of the
 505               alignment
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 509               colourscheme to all groups in a view
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 513               initially after font size change using the Font chooser or
 514               middle-mouse zoom
 515             </li>
 516           </ul>
 517         </div></td>
 518     </tr>
 519     <tr>
 520       <td width="60" nowrap>
 521         <div align="center">
 522           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 523         </div>
 524       </td>
 525       <td><div align="left">
 526           <em>Calculations</em>
 527           <ul>
 528
 529             <li>
 530               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 531               ungapped positions in each column of the alignment.
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 535               a calculation dialog box
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 539               and memory efficiency (~30x faster)
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 543               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 544               and other calculations
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 548               files within the Jalview codebase
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 552               Similarity may have different topology due to increased
 553               precision
 554             </li>
 555           </ul>
 556           <em>Rendering</em>
 557           <ul>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 560               model for alignments and groups
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 564               scripts
 565             </li>
 566           </ul>
 567           <em>Overview</em>
 568           <ul>
 569             <li>
 570               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 571               with alignment and overview windows
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 575               overview
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 579               omitted in Overview
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 583               adjustment of visible position
 584             </li>
 585           </ul>
 586
 587           <em>Data import/export</em>
 588           <ul>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 591               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 595               annotation input/output via stockholm flatfile
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 599               extension when importing structure files without embedded
 600               names or PDB accessions
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 604               format sequence substitution matrices
 605             </li>
 606           </ul>
 607           <em>User Interface</em>
 608           <ul>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 611               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 612               the application.
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 616               via Overview or sequence motif search operations
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 620               opened by double clicking gaps within sequence feature
 621               extent
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 625               aligned positions were available to create a 3D structure
 626               superposition.
 627             </li>
 628           </ul>
 629           <em>3D Structure</em>
 630           <ul>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 633               coloured in linked structure views
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 637               file-based command exchange
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 641               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 642               structures are already available for sequences
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 646               the Jalview project rather than downloaded again when the
 647               project is reopened.
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 651               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 652               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 653                 Feature</strong>)
 654             </li>
 655           </ul>
 656           <em>Web Services</em>
 657           <ul>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 663               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 664               Analysis services
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 668               cross-references provided by identifiers.org and the
 669               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 670             </li>
 671           </ul>
 672
 673           <em>Scripting</em>
 674           <ul>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 677               identifying file formats (instead of String constants)
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 681               efficiency when counting all displayed features (not
 682               backwards compatible with 2.10.1)
 683             </li>
 684           </ul>
 685           <em>Example files</em>
 686           <ul>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 689               included in the example feature file
 690             </li>
 691           </ul>
 692           <em>Documentation</em>
 693           <ul>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 696               with the built-in Java help viewer
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 700               sequence description' option
 701             </li>
 702           </ul>
 703           <em>Test Suite</em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 707               Uniprot REST Free Text Search Client
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 714               during tests
 715             </li>
 716           </ul>
 717         </div></td>
 718       <td><div align="left">
 719           <em>Calculations</em>
 720           <ul>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 723               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 724               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 725             </li>
 726             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 727               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 728               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 729               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 730               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 731               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 732               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 733               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 734               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 735               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 736               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 737               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 738               // for 2.10.1 mode <br />
 739               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 740               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 741                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 742                 calculations (not recommended)</em></li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 745               scaling of branch lengths for trees computed using
 746               Sequence Feature Similarity.
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 750               generating output report when working with highly
 751               redundant alignments
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 755               right of selected region when gaps present on right-hand
 756               boundary
 757             </li>
 758           </ul>
 759           <em>User Interface</em>
 760           <ul>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 763               doesn't reselect a specific sequence's associated
 764               annotation after it was used for colouring a view
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 768               opened on a region of alignment without groups
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 772               of an alignment with overlapping groups
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 776               name and description match
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 780               hidden regions results in incorrect hidden regions
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 784               changing colour does not apply Conservation slider value
 785               to all groups
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 789               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 793               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 797               gaps before start of features
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 801               restored to UI when feature colour is edited
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 805               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 809               as graduate feature colour settings are modified via the
 810               dialog box
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 814               when a group defined on the alignment is resized
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 818               wrapped view result in positional status updates
 819             </li>
 820
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 823               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 827               alignment included gapped columns
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 831               widgets don't permanently disappear
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 835               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 836               T-Coffee column reliability scores)
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 840               sequence feature on gaps only
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 844               button from a Find inherit previously defined feature type
 845               rather than the Find query string
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 849               exporting tree calculated in Jalview
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 853               and then revealing them reorders sequences on the
 854               alignment
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 858               doesn't update to reflect available set of groups after
 859               interactively adding or modifying features
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 863               Linux
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 867               only excluded gaps in current sequence and ignored
 868               selection.
 869             </li>
 870           </ul>
 871           <em>Rendering</em>
 872           <ul>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 875               erratically when hidden rows or columns are present
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 879               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 880               sequence colouring
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 884               colour and group colour menu for protein alignments
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 888               reflect currently selected view or group's shading
 889               thresholds
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 893               when rendered on overview and structures when opacity at
 894               100%
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 898               overview when features overlaid on alignment
 899             </li>
 900           </ul>
 901           <em>Data import/export</em>
 902           <ul>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 905               load
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 909               added after a sequence was imported are not written to
 910               Stockholm File
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 914               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 918               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 922               with lightGray or darkGray via features file (but can
 923               specify lightgray)
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 927               when alignment view imported from project
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 931               structure and sequences extracted from structure files
 932               imported via URL and viewed in Jmol
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 936               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 937               the project is loaded and the structure viewed
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <em>Web Services</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 944               release of Ensembl v.88
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 948               appear enabled in Preferences->Connections
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 952               removed from console output
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 956               Ensembl by Peptide ID
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 960               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 961               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 962               due to 'null' string rather than empty string used for
 963               residues with no corresponding PDB mapping).
 964             </li>
 965           </ul>
 966           <em>Application UI</em>
 967           <ul>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 970               menu
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 974               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 975               new documentation and tooltips added)
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 979               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 983               new features are added to alignment
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 987               changes to feature colours via the Amend features dialog
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 991               edit graduated feature colour via amend features dialog
 992               box
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 996               selection menu changes colours of alignment views
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1000               from alignment calculation workers after alignment has
1001               been closed
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1005               groups now 'Create Group'
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1009               Create/Undefine group doesn't always work
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1013               shown again after pressing 'Cancel'
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1017               adjusts start position in wrap mode
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1021               ambiguous amino acids
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1025               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1026               proteins
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1030               Defined' don't appear in Colours menu
1031             </li>
1032           </ul>
1033           <em>Applet</em>
1034           <ul>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1037               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1041               overview or linked structure view
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1045               work (since 2.8)
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1049               user-defined colourscheme doesn't restore original
1050               colourscheme
1051             </li>
1052           </ul>
1053           <em>Test Suite</em>
1054           <ul>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1057               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1061               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1062               problems with deep array comparison equality asserts in
1063               successive versions of TestNG
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1067               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1068             </li>
1069           </ul>
1070           <em>New Known Issues</em>
1071           <ul>
1072             <li>
1073               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1074               phase after a sequence motif find operation
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1078               containing just upper and lower case letters are
1079               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1083               reliably from eggnog Ortholog database
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1087               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1088               to mark columns containing highlighted regions.
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1092               doesn't always add secondary structure annotation.
1093             </li>
1094           </ul>
1095         </div>
1096     <tr>
1097       <td width="60" nowrap>
1098         <div align="center">
1099           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1100         </div>
1101       </td>
1102       <td><div align="left">
1103           <em>General</em>
1104           <ul>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1107               for all consensus calculations
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1111               3rd Oct 2016)
1112             </li>
1113             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1114               for 2016-2017</li>
1115           </ul>
1116           <em>Application</em>
1117           <ul>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1120               set of database cross-references, sorted alphabetically
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1124               from database cross references. Users with custom links
1125               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1126                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1130               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1131               Chimera session
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1135               the Chimera it is connected to is shut down
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1139               columns menu item to mark columns containing highlighted
1140               regions (e.g. from structure selections or results of a
1141               Find operation)
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1145               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1146               MSAviewer
1147             </li>
1148           </ul>
1149         </div></td>
1150       <td>
1151         <div align="left">
1152           <em>General</em>
1153           <ul>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1156               are not coloured or thresholded according to percent
1157               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1161               hydrophobic
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1165               threshold, amino acid properties)
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1169               reported as mapped to residues in a structure file in the
1170               View Mapping report
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1174               could be added multiple times to a sequence
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1178               bond features shown as two highlighted residues rather
1179               than a range in linked structure views, and treated
1180               correctly when selecting and computing trees from features
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1184               cross-references are matched to database name regardless
1185               of case
1186             </li>
1187
1188           </ul>
1189           <em>Application</em>
1190           <ul>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1193               names without regular expressions also offer links from
1194               Sequence ID
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1198               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1199               update Jalview configuration
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1203               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1207               files with similarly named sequences if dropped onto the
1208               alignment
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1212               entries where more chains exist in the PDB accession than
1213               are reported in the SIFTS file
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1217               the structure view when displayed with Chimera
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1221               panel's View->Show Chains submenu
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1225               work for wrapped alignment views
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1229               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1233               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1234               first annotation row
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1238               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1242               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1243             </li>
1244             <!-- JAL-2319 -->
1245             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1246             coordindate data
1247             </li>
1248           </ul>
1249           <!--           <em>New Known Issues</em>
1250           <ul>
1251             <li></li>
1252           </ul> -->
1253         </div>
1254       </td>
1255     </tr>
1256     <td width="60" nowrap>
1257       <div align="center">
1258         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1259           <em>25/10/2016</em></strong>
1260       </div>
1261     </td>
1262     <td><em>Application</em>
1263       <ul>
1264         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1265           view if structures already loaded</li>
1266         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1267           structure views</li>
1268       </ul></td>
1269     <td>
1270       <div align="left">
1271         <em>General</em>
1272         <ul>
1273           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1274             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1275           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1276             example sequences/projects/trees</li>
1277         </ul>
1278         <em>Application</em>
1279         <ul>
1280           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1281             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1282           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1283             without timeout for structures with multiple models or
1284             multiple sequences in alignment</li>
1285           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1286             PDB ID HEADER line</li>
1287           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1288             is performed</li>
1289           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1290             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1291           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1292           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1293             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1294             option</li>
1295           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1296             is created on the alignment</li>
1297           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1298             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1299             pop-up menu</li>
1300         </ul>
1301         <em>Build and deployment</em>
1302         <ul>
1303           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1304             tags</li>
1305         </ul>
1306         <em>New Known Issues</em>
1307         <ul>
1308           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1309             on Windows</li>
1310         </ul>
1311       </div>
1312     </td>
1313     </tr>
1314     <tr>
1315       <td width="60" nowrap>
1316         <div align="center">
1317           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1318         </div>
1319       </td>
1320       <td><em>General</em>
1321         <ul>
1322           <li>
1323             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1327             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1328             better PDB parsing.
1329           </li>
1330           <li>
1331             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1332             reference sequence
1333           </li>
1334           <li>
1335             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1336             mousing over sequence associated annotation
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1340             for manual entry
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1344             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1345             for each column
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1349             showing or hiding columns containing a feature
1350           </li>
1351           <li>
1352             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1353             group and sequence associated annotation labels
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1357             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1358             dialogs
1359           </li>
1360
1361         </ul> <em>Application</em>
1362         <ul>
1363           <li>
1364             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1365             gene/transcript view
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1369             dialog
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1373             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1377             Pfam sources to xfam.org
1378           </li>
1379           <li>
1380             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1384             over sequences in Jalview
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1388             regions in ENA and EMBL
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1392             for record retrieval via ENA rest API
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1396             complement operator
1397           </li>
1398           <li>
1399             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1400             groovy script execution
1401           </li>
1402           <li>
1403             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1404             alignment window's Calculate menu
1405           </li>
1406           <li>
1407             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1408             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1409           </li>
1410           <li>
1411             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1412             calculation workers from groovy scripts
1413           </li>
1414           <li>
1415             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1416             Jalview projects
1417           </li>
1418           <li>
1419             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1420             associations are now saved/restored from project
1421           </li>
1422           <li>
1423             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1424             before sequence fetcher is opened
1425           </li>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1428             database chooser opens a sequence fetcher
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1432             the UniProt REST API
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1436             the news reader opening
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1440             querying stored in preferences
1441           </li>
1442           <li>
1443             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1444             search results
1445           </li>
1446           <li>
1447             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1448           </li>
1449           <li>
1450             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1451             menu for nucleotide sequences
1452           </li>
1453           <li>
1454             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1455             and feature counts preserves alignment ordering (and
1456             debugged for complex feature sets).
1457           </li>
1458           <li>
1459             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1460             viewing structures with Jalview 2.10
1461           </li>
1462           <li>
1463             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1464             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1465             Ensembl Genomes REST API
1466           </li>
1467           <li>
1468             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1469             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1470             (Ensembl)
1471           </li>
1472           <li>
1473             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1474             sequences
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1478             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1479             data from external database records.
1480           </li>
1481           <li>
1482             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1483             efficient recovery of sequence coding and alignment
1484             annotation relationships.
1485           </li>
1486         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1487         <ul>
1488           <li>
1489             -- JAL---
1490           </li>
1491         </ul> --></td>
1492       <td>
1493         <div align="left">
1494           <em>General</em>
1495           <ul>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1498               menu on OSX
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1502               includes graduated colourschemes
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1506               working with big alignments and lots of hidden columns
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1510               at right of alignment window
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1514               contents
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1518               for DNA alignments
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1522               based tree calculation
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1526               unconserved enabled for group on alignment
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1530               set as reference
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1534               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1535               annotation
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1539               hidden columns present
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1543               user created annotation added to alignment
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1547               '()' base pair annotation
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1551               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1552               Consensus
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1556               feature not working
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1560               beginning of sequence
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1564               entry 3a6s
1565             </li>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1568               from a tree when t-coffee scores are shown
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1572               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1576               some structures
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1580               to Clustal, PIR and PileUp output
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1584               not visible causes alignment window to repaint
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1588               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1589               scores associated with features and annotation rows
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1593               calculation should be case independent
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1597               columns
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1601               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1602               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1606               problems when reference sequence defined and 'show
1607               non-conserved' enabled
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1611               load even when Consensus calculation is disabled
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1615               alignment does nothing
1616             </li>
1617           </ul>
1618           <em>Application</em>
1619           <ul>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1622               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1623               yet fixed for El Capitan)
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1627               output when running on non-gb/us i18n platforms
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1631               hidden sequences as flat-file alignment
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1635               launching Chimera
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1639               (also hotfix for 2.9.0b2)
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1643               reference sequence defined
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1647               alignments and views when revealing hidden columns
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1651               view in a cDNA/Protein splitframe
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1655               sequence from project when only one sequence is
1656               represented
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1660               in Structure Chooser
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1664               structure consensus didn't refresh annotation panel
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1668               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1672               dialogs format columns correctly, don't display array
1673               data, sort columns according to type
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1677               file chooser is cancelled during an image export
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1681               sequence name containing special characters
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1685               case insensitive
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1689               formatting don't wrap
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1693               truncated so L looks like I in consensus annotation
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1697               currently displayed features for the current selection or
1698               view
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1702               after fetching cross-references, and restoring from
1703               project
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1707               followed in the structure viewer
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1711               splitframe not restored from project
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1715               trailing end of protein alignment in transcript/product
1716               splitview when pad-gaps not enabled by default
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1720               is case dependent
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1724               article has been read (reopened issue due to
1725               internationalisation problems)
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1729               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1730               cross-references
1731             </li>
1732
1733             <li>
1734               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1735               alignment as HTML
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1739               multiple structures are shown for one or more sequences.
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1743               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1744               is enabled.
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1748               specific PDB id for sequence
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1752               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1753               columns' is disabled.
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1757               selects lowest rather than highest resolution structures
1758               for each sequence
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1762               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1766               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1770               after clicking on it to create new annotation for a
1771               column.
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1775               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1776             </li>
1777             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1778             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1779           </ul>
1780           <em>Applet</em>
1781           <ul>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1784               hidden columns present before start of sequence
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1788               (JSON jars)
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1792               sequences are hidden in applet
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1796               deployment on examples pages.
1797             </li>
1798           </ul>
1799         </div>
1800       </td>
1801     </tr>
1802     <tr>
1803       <td width="60" nowrap>
1804         <div align="center">
1805           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1806             <em>16/10/2015</em></strong>
1807         </div>
1808       </td>
1809       <td><em>General</em>
1810         <ul>
1811           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1812             jars</li>
1813         </ul></td>
1814       <td>
1815         <div align="left">
1816           <em>Application</em>
1817           <ul>
1818             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1819               shown when tree is partitioned</li>
1820             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1821               multiple cDNA/Protein split views</li>
1822           </ul>
1823         </div>
1824       </td>
1825     </tr>
1826     <tr>
1827       <td width="60" nowrap>
1828         <div align="center">
1829           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1830             <em>8/10/2015</em></strong>
1831         </div>
1832       </td>
1833       <td><em>General</em>
1834         <ul>
1835           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1836             2.9</li>
1837         </ul> <em>Application</em>
1838         <ul>
1839           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1840           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1841           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1842         </ul> <em>Applet</em>
1843         <ul>
1844           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1845         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1846         <ul>
1847           <li>
1848             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1849             suite
1850           </li>
1851         </ul></td>
1852       <td>
1853         <div align="left">
1854           <em>General</em>
1855           <ul>
1856             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1857               incorrect when sequence start > 1</li>
1858             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1859               documentation</li>
1860             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1861             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1862               loading a features file containing HTML tags in feature
1863               description</li>
1864
1865           </ul>
1866           <em>Application</em>
1867           <ul>
1868             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1869               reimport</li>
1870             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1871               with 'trim retrieved sequences'</li>
1872             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1873               deleting selected columns</li>
1874             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1875               JNLP templates for webstart launch</li>
1876             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1877               unreleased structures for download or viewing</li>
1878             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1879               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1880             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1881               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1882             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1883               recovered from jalview project</li>
1884             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1885               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1886               alignment view</li>
1887             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1888               color schemes from BioJSON</li>
1889           </ul>
1890           <em>Applet</em>
1891           <ul>
1892             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1893               frame</li>
1894             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1895           </ul>
1896         </div>
1897       </td>
1898     </tr>
1899     <tr>
1900       <td><div align="center">
1901           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1902         </div></td>
1903       <td><em>General</em>
1904         <ul>
1905           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1906             alignments:
1907             <ul>
1908               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1909                 and DNA alignment views</li>
1910               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1911                 cDNA alignment views</li>
1912               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1913                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1914               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1915                 protein sequences</li>
1916             </ul>
1917           </li>
1918           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1919           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1920             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1921           <li>New alignment annotation file statements for
1922             reference sequences and marking hidden columns</li>
1923           <li>Reference sequence based alignment shading to
1924             highlight variation</li>
1925           <li>Select or hide columns according to alignment
1926             annotation</li>
1927           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1928           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1929             acid conservation row</li>
1930           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1931         </ul> <em>Application</em>
1932         <ul>
1933           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1934             <ul>
1935               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1936                 view with cDNA/Protein</li>
1937               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1938                 sequences are placed in the same alignment</li>
1939               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1940                 projects</li>
1941             </ul>
1942           </li>
1943
1944           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1945           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1946             Jalview windows</li>
1947
1948           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1949           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1950           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1951             be shown in VARNA</li>
1952
1953           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1954             as the active selected region</li>
1955
1956           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1957             similarity</li>
1958           <li>New Export options
1959             <ul>
1960               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1961                 region export in flat file generation</li>
1962
1963               <li>Export alignment views for display with the <a
1964                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1965
1966               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1967               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1968                 alignment figures to HTML</li>
1969           </li>
1970           <li>3D structure retrieval and display
1971             <ul>
1972               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1973                 Search API</li>
1974               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1975                 PDB structures for a sequence set</li>
1976             </ul>
1977           </li>
1978
1979           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1980             predictions</li>
1981           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1982             for one or a group of sequences</li>
1983           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1984             from the JPred4 web server</li>
1985           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1986             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1987             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1988           </li>
1989           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1990             VARNA 2D Structure'</li>
1991           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1992             Structure ..."</li>
1993
1994         </ul> <em>Applet</em>
1995         <ul>
1996           <li>New layout for applet example pages</li>
1997           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1998             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1999           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2000             Protein alignments</li>
2001         </ul> <em>Development and deployment</em>
2002         <ul>
2003           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2004           <li>Include installation type and git revision in build
2005             properties and console log output</li>
2006           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2007             storing BioJsMSA Templates</li>
2008           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2009         </ul></td>
2010       <td>
2011         <!-- <em>General</em>
2012         <ul>
2013         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2014         <ul>
2015           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2016           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2017           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2018             predictions are not highlighted in amber</li>
2019           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2020             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2021           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2022             associated structure views</li>
2023           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2024             width checkbox not enabled</li>
2025           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2026             creating user defined colours</li>
2027           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2028             mappings for just that viewer's sequences</li>
2029           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2030             multiple models in Chimera</li>
2031           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2032             over Jmol structure</li>
2033           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2034             output to text box</li>
2035           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2036             have incorrect sequence start/end</li>
2037           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2038             Jalview fails</li>
2039           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2040             work for nucleotide</li>
2041           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2042             to a grey/invisible alignment window</li>
2043           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2044             imports to different position</li>
2045           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2046             on some platforms</li>
2047           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2048             populated</li>
2049           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2050             console if Chimera has been opened</li>
2051           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2052           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2053             retrieved</li>
2054           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2055           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2056             either sequence shows on first structure</li>
2057           <li>'Show annotations' options should not make
2058             non-positional annotations visible</li>
2059           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2060             in right place after 'view flanking regions'</li>
2061           <li>File Save As type unset when current file format is
2062             unknown</li>
2063           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2064             projects</li>
2065           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2066             responsive</li>
2067           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2068             several views on same alignment</li>
2069           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2070           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2071             spaces</li>
2072         </ul> <em>Applet</em>
2073         <ul>
2074           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2075           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2076             descriptions containing angle brackets</li>
2077         </ul> <em>General</em>
2078         <ul>
2079           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2080             via jalview annotation file</li>
2081           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2082             with RNA secondary structure</li>
2083           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2084             translation doesn't work.</li>
2085           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2086           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2087             positions</li>
2088           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2089             choosing 1pt font</li>
2090           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2091             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2092             'h'</li>
2093           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2094             new feature</li>
2095           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2096             order dependent</li>
2097           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2098             sequences</li>
2099           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2100         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2101         <ul>
2102           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2103             www.jalview.org</li>
2104         </ul> <em>Application Known issues</em>
2105         <ul>
2106           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2107           <li>Misleading message appears after trying to delete
2108             solid column.</li>
2109           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2110             version launches</li>
2111           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2112             fails with a sequence mismatch</li>
2113           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2114             scrolling alignment to right</li>
2115           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2116             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2117           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2118             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2119           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2120             ultra-high resolution</li>
2121           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2122             quality and conservation</li>
2123           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2124             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2125         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2126         <ul>
2127           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2128           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2129             window is being resized</li>
2130
2131         </ul>
2132       </td>
2133     </tr>
2134     <tr>
2135       <td><div align="center">
2136           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2137         </div></td>
2138       <td><em>General</em>
2139         <ul>
2140           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2141             Certum.PL.</li>
2142           <li>Features and annotation preserved when performing
2143             pairwise alignment</li>
2144           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2145             imported/exported/displayed</li>
2146           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2147             protein secondary structure</li>
2148           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2149               post-hoc with 2.9 release</em>)
2150           </li>
2151
2152         </ul> <em>Application</em>
2153         <ul>
2154           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2155             with 3D structures</li>
2156           <li>Support for parsing RNAML</li>
2157           <li>Annotations menu for layout
2158             <ul>
2159               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2160               <li>place sequence annotation above/below alignment
2161                 annotation</li>
2162             </ul>
2163           <li>Output in Stockholm format</li>
2164           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2165             translation</li>
2166           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2167           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2168             shared between alignments</li>
2169           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2170             Jalview</li>
2171           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2172             all or current selection</li>
2173           <li>disorder and secondary structure predictions
2174             available as dataset annotation</li>
2175           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2176
2177
2178           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2179             alignments from Rfam</li>
2180           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2181
2182           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2183             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2184           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2185           <li>include installation type in build properties and
2186             console log output</li>
2187           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2188             annotation</li>
2189         </ul></td>
2190       <td>
2191         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2192         <ul>
2193           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2194             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2195           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2196             alignment</li>
2197           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2198           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2199           <li>Double click on sequence associated annotation
2200             selects only first column</li>
2201           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2202             leaves shown in tree</li>
2203           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2204             properly</li>
2205           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2206           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2207             screen and buttons not visible</li>
2208           <li>author list isn't updated if already written to
2209             Jalview properties</li>
2210           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2211             from database</li>
2212           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2213           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2214             browser search window</li>
2215           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2216             in feature settings dialog</li>
2217           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2218             desktop</li>
2219           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2220             pass validation</li>
2221           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2222             fit on screen</li>
2223           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2224             tooltip</li>
2225           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2226             defined user preset</li>
2227           <li>MSA web services warns user if they were launched
2228             with invalid input</li>
2229           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2230             Java 8</li>
2231           <li>
2232             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2233             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2234             created
2235           </li>
2236
2237         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2238         <ul>
2239         </ul> <em>General</em>
2240         <ul>
2241         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2242         <ul>
2243           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2244             memory allocation</li>
2245           <li>launchApp service doesn't automatically open
2246             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2247           <li>
2248             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2249             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2250             1.7_055 is available
2251           </li>
2252         </ul> <em>Application Known issues</em>
2253         <ul>
2254           <li>
2255             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2256             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2257             alignment to right
2258           </li>
2259           <li>
2260             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2261             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2262             with large number of ID
2263           </li>
2264           <li>
2265             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2266             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2267             start/end
2268           </li>
2269           <li>
2270             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2271             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2272             structure tracks are rearranged
2273           </li>
2274           <li>
2275             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2276             invalid rna structure positional highlighting does not
2277             highlight position of invalid base pairs
2278           </li>
2279           <li>
2280             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2281             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2282             project from alignment window file menu
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2286             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2287             structures
2288           </li>
2289           <li>
2290             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2291             colour by RNA Helices not enabled when user created
2292             annotation added to alignment
2293           </li>
2294           <li>
2295             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2296             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2297           </li>
2298         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2299         <ul>
2300           <li>
2301             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2302             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2303           </li>
2304           <li>
2305             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2306             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2307           </li>
2308
2309           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2310             when selected</li>
2311         </ul>
2312       </td>
2313     </tr>
2314     <tr>
2315       <td><div align="center">
2316           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2317         </div></td>
2318       <td>
2319         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2320         <em>General</em>
2321         <ul>
2322           <li>Internationalisation of user interface (usually
2323             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2324           <li>Define/Undefine group on current selection with
2325             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2326           <li>Improved group creation/removal options in
2327             alignment/sequence Popup menu</li>
2328           <li>Sensible precision for symbol distribution
2329             percentages shown in logo tooltip.</li>
2330           <li>Annotation panel height set according to amount of
2331             annotation when alignment first opened</li>
2332         </ul> <em>Application</em>
2333         <ul>
2334           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2335             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2336           <li>Select columns containing particular features from
2337             Feature Settings dialog</li>
2338           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2339             sequences</li>
2340           <li>Update Jalview project format:
2341             <ul>
2342               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2343               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2344                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2345               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2346                 colouring</li>
2347             </ul>
2348           </li>
2349           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2350             (PAM250)</li>
2351           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2352             flanking regions for an alignment</li>
2353         </ul>
2354       </td>
2355       <td>
2356         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2357         <ul>
2358           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2359             running after job is cancelled</li>
2360           <li>cannot export features from alignments imported from
2361             Jalview/VAMSAS projects</li>
2362           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2363             float values</li>
2364           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2365             have 'display all symbols' flag set</li>
2366           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2367             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2368           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2369             Jalview</li>
2370           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2371             Lion/Webstart</li>
2372           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2373           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2374           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2375             alignment onto desktop</li>
2376           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2377             'extract scores' function</li>
2378           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2379             alignment window</li>
2380           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2381             performing IUPred disorder prediction</li>
2382           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2383             changing 'normalise logo' display setting</li>
2384           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2385             nothing matches query</li>
2386           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2387             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2388           </li>
2389           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2390             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2391           </li>
2392           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2393             Jalview's menu</li>
2394           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2395             'invalid literal/length code'</li>
2396           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2397             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2398           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2399             colourscheme</li>
2400
2401         </ul> <em>Applet</em>
2402         <ul>
2403           <li>Remove group option is shown even when selection is
2404             not a group</li>
2405           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2406             don't affect groups</li>
2407           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2408             colourscheme name</li>
2409           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2410             Annotation panel is not displayed</li>
2411           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2412             embedded windows</li>
2413         </ul> <em>Other</em>
2414         <ul>
2415           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2416             single sequence were not calculated</li>
2417           <li>annotation files that contain only groups imported as
2418             annotation and junk sequences</li>
2419           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2420             recognised as PFAM or BLC</li>
2421           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2422             doesn't affect background (2.8.0b1)
2423           <li></li>
2424           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2425           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2426             trailing gaps</li>
2427           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2428             registered correctly on import</li>
2429           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2430             certain alignments</li>
2431           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2432             existing annotation based 'use original colours'
2433             colourscheme loses original colours setting</li>
2434         </ul>
2435       </td>
2436     </tr>
2437     <tr>
2438       <td><div align="center">
2439           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2440             <em>30/1/2014</em></strong>
2441         </div></td>
2442       <td>
2443         <ul>
2444           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2445             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2446             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2447             open source project).
2448           </li>
2449           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2450           <li>Output in Stockholm format</li>
2451           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2452           <li>Export/import group and sequence associated line
2453             graph thresholds</li>
2454           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2455             ambiguity codes</li>
2456           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2457             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2458             works</li>
2459           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2460         </ul> <em>Other improvements</em>
2461         <ul>
2462           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2463           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2464             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2465           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2466             files</li>
2467           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2468           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2469             link but no description</li>
2470           <li>Select primary source when selecting authority in
2471             database fetcher GUI</li>
2472           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2473             Jalview</li>
2474           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2475         </ul>
2476       </td>
2477       <td>
2478         <ul>
2479           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2480             displayed</li>
2481           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2482             secondary structure annotation line</li>
2483           <li>Sequence database accessions not imported when
2484             fetching alignments from Rfam</li>
2485           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2486             identical IDs</li>
2487           <li>View all structures does not always superpose
2488             structures</li>
2489           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2490             reflect user or preset settings</li>
2491           <li>Null pointer exceptions for some services without
2492             presets or adjustable parameters</li>
2493           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2494             discover PDB xRefs</li>
2495           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2496             features with DAS</li>
2497           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2498             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2499           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2500             residue follows a gap</li>
2501           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2502             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2503           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2504             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2505           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2506             annotation already exists on alignment</li>
2507           <li>oninit javascript function should be called after
2508             initialisation completes</li>
2509           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2510             alignment window display</li>
2511           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2512           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2513             to annotation file</li>
2514           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2515             groups created</li>
2516           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2517             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2518           <li>Pressing return several times causes Number Format
2519             exceptions in keyboard mode</li>
2520           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2521             correct partitions for input data</li>
2522           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2523           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2524           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2525           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2526             mode</li>
2527           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2528             changes one row&#39;s threshold</li>
2529           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2530             doesn&#39;t open</li>
2531           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2532             quality histograms</li>
2533         </ul>
2534       </td>
2535     </tr>
2536     <tr>
2537       <td><div align="center">
2538           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2539         </div></td>
2540       <td><em>Application</em>
2541         <ul>
2542           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2543             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2544           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2545             preferences</li>
2546           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2547             in Jalview alignment window</li>
2548           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2549             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2550           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2551             RNA and ambiguity codes</li>
2552
2553           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2554           <li>Support fetching and database reference look up
2555             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2556             refs')</li>
2557           <li>Jalview project improvements
2558             <ul>
2559               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2560                 flag for annotation</li>
2561               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2562                 alignment</li>
2563               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2564                 Jalview project</li>
2565
2566             </ul>
2567           </li>
2568           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2569           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2570             running</li>
2571           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2572           <li>visual indication that web service results are still
2573             being retrieved from server</li>
2574           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2575             starts up for first time</li>
2576           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2577             services</li>
2578           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2579             client library</li>
2580           <li>Examples directory and Groovy library included in
2581             InstallAnywhere distribution</li>
2582         </ul> <em>Applet</em>
2583         <ul>
2584           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2585             visualization applet example</li>
2586         </ul> <em>General</em>
2587         <ul>
2588           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2589           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2590             defaults</li>
2591           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2592             calculation</li>
2593           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2594             matrices
2595           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2596             in HTML</li>
2597           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2598             structure contacts</li>
2599           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2600           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2601           <li>Parse sequence associated secondary structure
2602             information in Stockholm files</li>
2603           <li>HTML Export database accessions and annotation
2604             information presented in tooltip for sequences</li>
2605           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2606             style RNA alignment files</li>
2607           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2608             alignment</li>
2609           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2610             shade each sequence according to its associated alignment
2611             annotation</li>
2612           <li>New Jalview Logo</li>
2613         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2614         <ul>
2615           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2616           <li>New Website!</li>
2617         </ul></td>
2618       <td><em>Application</em>
2619         <ul>
2620           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2621             wsdbfetch REST service</li>
2622           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2623           <li>Filetype associations not installed for webstart
2624             launch</li>
2625           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2626             job execution in full once it is complete</li>
2627           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2628             uploaded via ali_file parameter</li>
2629           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2630           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2631           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2632             submitted for prediction</li>
2633           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2634             desktop window</li>
2635           <li>Putting fractional value into integer text box in
2636             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2637           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2638             windows 7</li>
2639           <li>View all structures fails with exception shown in
2640             structure view</li>
2641           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2642             escaped in a platform independent way</li>
2643           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2644             using proxy</li>
2645           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2646             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2647           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2648             failure when java web start temporary file caching is
2649             disabled</li>
2650           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2651             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2652           <li>Errors during processing of command line arguments
2653             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2654           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2655             DAS sources in sequence fetcher</li>
2656           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2657             dialog is shown</li>
2658           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2659           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2660           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2661           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2662             on OSX Mountain Lion</li>
2663           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2664             sequences with alignment annotation are pasted into the
2665             alignment</li>
2666           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2667             when loaded from Jalview project</li>
2668           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2669           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2670             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2671           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2672             associated with all views</li>
2673           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2674             annotation rows to new window</li>
2675         </ul> <em>Applet</em>
2676         <ul>
2677           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2678             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2679           <li>loading features via javascript API automatically
2680             enables feature display</li>
2681           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2682             work</li>
2683         </ul> <em>General</em>
2684         <ul>
2685           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2686           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2687             and then deselected</li>
2688           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2689           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2690             coloured with clustalx</li>
2691           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2692             exceptions and redraw errors</li>
2693           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2694             reconfigured view</li>
2695           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2696             colour</li>
2697           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2698             for lots of labels</li>
2699         </ul>
2700     </tr>
2701     <tr>
2702       <td>
2703         <div align="center">
2704           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2705         </div>
2706       </td>
2707       <td><em>Application</em>
2708         <ul>
2709           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2710           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2711           <li>View/alignment association menu to enable user to
2712             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2713             its colours/correspondences from</li>
2714           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2715           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2716             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2717           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2718           <li>Annotation row column label formatting attributes
2719             stored in project file</li>
2720           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2721             rows preserved in Jalview project file</li>
2722           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2723             saved using Desktop window menu</li>
2724           <li>Visual indication that command line arguments are
2725             still being processed</li>
2726           <li>Groovy script execution from URL</li>
2727           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2728             preferences</li>
2729           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2730             alignment with sequences that have high similarity and
2731             matching IDs</li>
2732           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2733           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2734             structures in same window</li>
2735           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2736           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2737             analysis function in its own submenu</li>
2738         </ul> <em>Applet</em>
2739         <ul>
2740           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2741             groups</li>
2742           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2743           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2744           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2745           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2746           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2747             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2748           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2749           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2750             parameters are treated as such</li>
2751           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2752             <ul>
2753               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2754               <li>Javascript callbacks for
2755                 <ul>
2756                   <li>Applet initialisation</li>
2757                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2758                 </ul>
2759               </li>
2760               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2761                 functions</li>
2762               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2763               <li>javascript structure viewer harness to pass
2764                 messages between Jmol and Jalview when running as
2765                 distinct applets</li>
2766               <li>sortBy method</li>
2767               <li>Set of applet and application examples shipped
2768                 with documentation</li>
2769               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2770                 javascript message exchange</li>
2771             </ul>
2772         </ul> <em>General</em>
2773         <ul>
2774           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2775             multiple alignments</li>
2776           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2777           <li>User configurable link to enable redirects to a
2778             www.Jalview.org mirror</li>
2779           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2780           <li>Configurable newline string when writing alignment
2781             and other flat files</li>
2782           <li>Allow alignment annotation description lines to
2783             contain html tags</li>
2784         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2785         <ul>
2786           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2787             examples</li>
2788           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2789             using a web service before displaying the result in the
2790             Jalview desktop</li>
2791           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2792           <li>Ant target to publish example html files with applet
2793             archive</li>
2794           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2795           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2796         </ul></td>
2797       <td><em>Application</em>
2798         <ul>
2799           <li>User defined colourscheme throws exception when
2800             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2801           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2802             dialog for valid filename/format</li>
2803           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2804           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2805             P37173</li>
2806           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2807             which sequence is to be associated with the file</li>
2808           <li>Find All raises null pointer exception when query
2809             only matches sequence IDs</li>
2810           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2811           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2812             2.4 cannot be loaded</li>
2813           <li>Filetype associations not installed for webstart
2814             launch</li>
2815           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2816             with sequences in different alignments do not get coloured
2817             by their associated sequence</li>
2818           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2819             not preserved when project is loaded</li>
2820           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2821             stored in Jalview project</li>
2822           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2823             Jalview project</li>
2824           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2825           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2826             by conservation</li>
2827           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2828             created on new view</li>
2829           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2830             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2831           <li>Alignment quality not updated after alignment
2832             annotation row is hidden then shown</li>
2833           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2834             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2835           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2836             properly</li>
2837           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2838             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2839           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2840           <li>Structures imported from file and saved in project
2841             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2842           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2843             job execution in full once it is complete</li>
2844         </ul> <em>Applet</em>
2845         <ul>
2846           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2847             annotation rows are displayed</li>
2848           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2849             codebase</li>
2850           <li>View follows highlighting does not work for positions
2851             in sequences</li>
2852           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2853           <li>Export features raises exception when no features
2854             exist</li>
2855           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2856             for javascript api is modified when separator string
2857             provided as parameter</li>
2858           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2859             alignment with no existing selection</li>
2860           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2861             to applet&#39;s codebase</li>
2862           <li>Status bar not updated after finished searching and
2863             search wraps around to first result</li>
2864           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2865             several Jalview applets causes race conditions and memory
2866             leaks</li>
2867           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2868             not sent from Jmol in applet</li>
2869           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2870             applet API fatally hang browser</li>
2871         </ul> <em>General</em>
2872         <ul>
2873           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2874             position with wrapped view and hidden regions</li>
2875           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2876             with/without hidden columns</li>
2877           <li>Sequence length given in alignment properties window
2878             is off by 1</li>
2879           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2880             import PDB like structure files</li>
2881           <li>Positional search results are only highlighted
2882             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2883           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2884           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2885             given sequence position</li>
2886           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2887             output</li>
2888           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2889             from nucleotide chains correctly</li>
2890           <li>Structure colours not updated when tree partition
2891             changed in alignment</li>
2892           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2893             parsed in interleaved stockholm</li>
2894           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2895             state</li>
2896           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2897             properly</li>
2898           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2899             properly associated with their pdb files</li>
2900         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2901         <ul>
2902           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2903             ApplyCopyright tool</li>
2904         </ul></td>
2905     </tr>
2906     <tr>
2907       <td>
2908         <div align="center">
2909           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2910         </div>
2911       </td>
2912       <td><em>Application</em>
2913         <ul>
2914           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2915             contact web services</li>
2916           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2917             service job window</li>
2918           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2919         </ul></td>
2920       <td>
2921         <ul>
2922           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2923             pir file emitted by Jalview</li>
2924           <li>Existing feature settings transferred to new
2925             alignment view created from cut'n'paste</li>
2926           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2927             parsing PDB files</li>
2928           <li>Consensus and conservation annotation rows
2929             occasionally become blank for all new windows</li>
2930           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2931             in wrapped view mode</li>
2932         </ul> <em>Application</em>
2933         <ul>
2934           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2935             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2936           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2937             parameter names</li>
2938           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2939             is down</li>
2940         </ul>
2941       </td>
2942     </tr>
2943     <tr>
2944       <td>
2945         <div align="center">
2946           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2947         </div>
2948       </td>
2949       <td><em>Application</em>
2950         <ul>
2951           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2952             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2953             (JABAWS)
2954           </li>
2955           <li>Web Services preference tab</li>
2956           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2957             preferences</li>
2958           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2959           <li>Superpose structures using associated sequence
2960             alignment</li>
2961           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2962             viewer</li>
2963         </ul> <em>Applet</em>
2964         <ul>
2965           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2966             link out mechanism</li>
2967         </ul> <em>Other</em>
2968         <ul>
2969           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2970             series 12</li>
2971           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2972             require Java 1.5</li>
2973           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2974             sequence annotation files</li>
2975           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2976             type colour specification</li>
2977           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2978             script to check if it being run in an interactive session or
2979             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2980         </ul></td>
2981       <td>
2982         <ul>
2983           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2984             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2985         </ul> <em>Application</em>
2986         <ul>
2987           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2988             selected Regions menu item</li>
2989           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2990             part of a valid accession ID</li>
2991           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2992             runs out of memory</li>
2993           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2994             analysis results</li>
2995           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2996             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2997           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2998         </ul> <em>Applet</em>
2999         <ul>
3000           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3001             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3002             defined.</li>
3003         </ul>
3004       </td>
3005     </tr>
3006     <tr>
3007       <td>
3008         <div align="center">
3009           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3010         </div>
3011       </td>
3012       <td></td>
3013       <td>
3014         <ul>
3015           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3016             sequence IDs</li>
3017           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3018             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3019           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3020             import correctly</li>
3021           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3022             number of columns are hidden</li>
3023           <li>annotation label popup menu not providing correct
3024             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3025             present</li>
3026           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3027             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3028           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3029             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3030
3031         </ul> <em>Applet</em>
3032         <ul>
3033           <li>annotation panel disappears when annotation is
3034             hidden/removed</li>
3035         </ul> <em>Application</em>
3036         <ul>
3037           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3038             alignment opened where annotation panel is visible but no
3039             annotations are present on alignment</li>
3040           <li>pasted region containing hidden columns is
3041             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3042           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3043             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3044           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3045             selected Rregions menu item.</li>
3046           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3047             'Un' or 'Non'conserved</li>
3048           <li>Sequence feature settings are being shared by
3049             multiple distinct alignments</li>
3050           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3051             changed</li>
3052           <li>double click on group annotation to select sequences
3053             does not propagate to associated trees</li>
3054           <li>Mac OSX specific issues:
3055             <ul>
3056               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3057                 window background</li>
3058               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3059                 name set correctly</li>
3060               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3061                 save feature colourscheme button</li>
3062             </ul>
3063           </li>
3064         </ul>
3065       </td>
3066     </tr>
3067     <tr>
3068
3069       <td>
3070         <div align="center">
3071           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3072         </div>
3073       </td>
3074       <td><em>New Capabilities</em>
3075         <ul>
3076           <li>URL links generated from description line for
3077             regular-expression based URL links (applet and application)
3078
3079           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3080             menu</li>
3081           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3082             structures</li>
3083           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3084             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3085           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3086             average score or total feature count for each sequence.</li>
3087           <li>Shading features by score or associated description</li>
3088           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3089             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3090           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3091             hide everything but the currently selected region.</li>
3092           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3093         </ul> <em>Application</em>
3094         <ul>
3095           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3096             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3097           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3098             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3099           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3100             database references and protein_name is parsed as
3101             description line (BioSapiens terms).</li>
3102           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3103             references in sequence ID tooltip from View menu in
3104             application.</li>
3105           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3106       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3107           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3108             conservation plots</li>
3109           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3110             and visualized as sequence logos</li>
3111           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3112             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3113           </li>
3114           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3115             when a new tree is opened.</li>
3116           <li>Jalview Java Console</li>
3117           <li>Better placement of desktop window when moving
3118             between different screens.</li>
3119           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3120             consensus annotation</li>
3121           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3122             Workflows</li>
3123           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3124             <ul>
3125               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3126                 used to preserve views, structures, and tree display
3127                 settings)</li>
3128               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3129                 command line</li>
3130               <li>Sharing of selected regions between views and
3131                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3132               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3133             </ul></li>
3134         </ul> <em>Applet</em>
3135         <ul>
3136           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3137           <li>New Parameters
3138             <ul>
3139               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3140                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3141                 opened.</li>
3142               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3143                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3144               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3145                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3146               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3147                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3148                 view</li>
3149               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3150                 increase the height or width of a cell in the alignment
3151                 grid relative to the current font size.</li>
3152             </ul>
3153           </li>
3154           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3155             tooltip</li>
3156         </ul> <em>Other</em>
3157         <ul>
3158           <li>Features format: graduated colour definitions and
3159             specification of feature scores</li>
3160           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3161             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3162             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3163           <li>XML formats extended to support graduated feature
3164             colourschemes, group associated annotation, and profile
3165             visualization settings.</li></td>
3166       <td>
3167         <ul>
3168           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3169             rather than description</li>
3170           <li>Non-positional features are now included in sequence
3171             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3172             visibility in tooltip).</li>
3173           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3174           <li>Added URL embedding instructions to features file
3175             documentation.</li>
3176           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3177             'X' in peptide product</li>
3178           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3179             sequence ID and sequence string and query strings do not
3180             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3181           <li>AMSA files only contain first column of
3182             multi-character column annotation labels</li>
3183           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3184             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3185             exported and re-imported)</li>
3186           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3187             name</li>
3188           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3189             as subsequence matches, and correctly reports total number
3190             of both.</li>
3191           <li>Application:
3192             <ul>
3193               <li>Better handling of exceptions during sequence
3194                 retrieval</li>
3195               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3196                 link text excludes the start_end suffix</li>
3197               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3198                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3199               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3200               <li>Sequence description lines properly shared via
3201                 VAMSAS</li>
3202               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3203                 data sources</li>
3204               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3205                 completes before alignment figures are generated.</li>
3206               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3207                 first time.</li>
3208               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3209                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3210               <li>User defined group colours properly recovered
3211                 from Jalview projects.</li>
3212             </ul>
3213           </li>
3214         </ul>
3215       </td>
3216
3217     </tr>
3218     <tr>
3219       <td>
3220         <div align="center">
3221           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3222         </div>
3223       </td>
3224       <td>
3225         <ul>
3226           <li>Experimental support for google analytics usage
3227             tracking.</li>
3228           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3229         </ul>
3230       </td>
3231       <td>
3232         <ul>
3233           <li>Race condition in applet preventing startup in
3234             jre1.6.0u12+.</li>
3235           <li>Exception when feature created from selection beyond
3236             length of sequence.</li>
3237           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3238           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3239             all sequences with a given id</li>
3240           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3241             ID string searches</li>
3242           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3243             alignment to fail with exception</li>
3244         </ul> <em>Application Issues</em>
3245         <ul>
3246           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3247           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3248             data sources</li>
3249         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3250         <ul>
3251           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3252             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3253           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3254             version (java class versioning error fixed)</li>
3255         </ul>
3256       </td>
3257     </tr>
3258     <tr>
3259       <td>
3260
3261         <div align="center">
3262           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3263         </div>
3264       </td>
3265       <td><em>User Interface</em>
3266         <ul>
3267           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3268             translation and protein products</li>
3269           <li>Linked highlighting of structure associated with
3270             residue mapping to codon position</li>
3271           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3272             and 'clear' button</li>
3273           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3274             Tools menu</li>
3275           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3276             numeric data in description line</li>
3277           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3278           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3279             of sequence</li>
3280         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3281         <ul>
3282           <li>JPred3 web service</li>
3283           <li>Prototype sequence search client (no public services
3284             available yet)</li>
3285           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3286             PFAM</li>
3287           <li>URL Links created for matching database cross
3288             references as well as sequence ID</li>
3289           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3290         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3291         <ul>
3292           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3293             databases</li>
3294           <li>Generalised database reference retrieval and
3295             validation to all fetchable databases</li>
3296           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3297             sequence command</li>
3298         </ul> <em>Import and Export</em>
3299         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3300         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3301           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3302         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3303           File</li>
3304         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3305           triplet as name of colourscheme</li>
3306         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3307         <ul>
3308           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3309           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3310             alignments (experimental)</li>
3311           <li>Create new or select existing session to join</li>
3312           <li>load and save of vamsas documents</li>
3313         </ul> <em>Application command line</em>
3314         <ul>
3315           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3316             from applet)</li>
3317           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3318             of DAS servers to query for alignment features</li>
3319           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3320             that are also automatically queried for features</li>
3321           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3322             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3323         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3324         <ul>
3325           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3326             application (when using &quot;View in full
3327             application&quot;)</li>
3328         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3329         <ul>
3330           <li>feature group display control parameter</li>
3331           <li>debug parameter</li>
3332           <li>showbutton parameter</li>
3333         </ul> <em>Applet API methods</em>
3334         <ul>
3335           <li>newView public method</li>
3336           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3337           <li>Feature display control methods</li>
3338           <li>get list of currently selected sequences</li>
3339         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3340         <ul>
3341           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3342           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3343             Jalview release.</li>
3344           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3345             property controls execution of obfuscator</li>
3346           <li>Build target for generating source distribution</li>
3347           <li>Debug flag for javacc</li>
3348           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3349             jalview.bin.Cache</li>
3350           <li>Continuous Build Integration for stable and
3351             development version of Application, Applet and source
3352             distribution</li>
3353         </ul></td>
3354       <td>
3355         <ul>
3356           <li>selected region output includes visible annotations
3357             (for certain formats)</li>
3358           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3359             for editing</li>
3360           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3361           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3362           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3363           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3364             comments</li>
3365           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3366             filenames containing a ':'</li>
3367           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3368             global sequence features</li>
3369           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3370             references from alignment sequences goes to zero</li>
3371           <li>Close of tree branch colour box without colour
3372             selection causes cascading exceptions</li>
3373           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3374           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3375             file parsing fails.</li>
3376           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3377           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3378             not a valid output format</li>
3379           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3380             vamsas</li>
3381           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3382           <li>error messages passed up and output when data read
3383             fails</li>
3384           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3385             sequence is edited</li>
3386           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3387             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3388           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3389             filetype</li>
3390           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3391             import fixed for PFAM records</li>
3392           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3393             window list</li>
3394           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3395             can be read and written correctly to annotation file</li>
3396           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3397             correctly</li>
3398           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3399             non-italic font for representatives in Applet</li>
3400           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3401             Macs.</li>
3402           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3403             Applet)</li>
3404           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3405             due to null pointer exceptions</li>
3406           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3407             first column of alignment</li>
3408           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3409             July 2008</li>
3410           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3411             file is case-insensitive</li>
3412           <li>Sequence features read from Features file appended to
3413             all sequences with matching IDs</li>
3414           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3415             containing a sub-sequence</li>
3416           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3417           <li>feature and annotation file applet parameters
3418             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3419           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3420           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3421             splash-screen version check to complete</li>
3422           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3423             when passing them to the launchApp service</li>
3424           <li>display name and local features preserved in results
3425             retrieved from web service</li>
3426           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3427             sequence fetcher initialisation</li>
3428           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3429             dasobert DAS client</li>
3430           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3431             association</li>
3432           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3433             sequences
3434           </li>
3435         </ul>
3436       </td>
3437     </tr>
3438     <tr>
3439       <td>
3440         <div align="center">
3441           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3442         </div>
3443       </td>
3444       <td>
3445         <ul>
3446           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3447           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3448           <li>Slide sequences</li>
3449           <li>Edit sequence in place</li>
3450           <li>EMBL CDS features</li>
3451           <li>DAS Feature mapping</li>
3452           <li>Feature ordering</li>
3453           <li>Alignment Properties</li>
3454           <li>Annotation Scores</li>
3455           <li>Sort by scores</li>
3456           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3457         </ul>
3458       </td>
3459       <td>
3460         <ul>
3461           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3462           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3463           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3464           <li>Feature group display state in XML</li>
3465           <li>Feature ordering in XML</li>
3466           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3467           <li>Stockholm alignment properties</li>
3468           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3469           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3470           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3471           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3472         </ul>
3473       </td>
3474
3475     </tr>
3476     <tr>
3477       <td>
3478         <div align="center">
3479           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3480         </div>
3481       </td>
3482       <td>
3483         <ul>
3484           <li>Non standard characters can be read and displayed
3485           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3486             applet via textbox
3487           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3488             name &amp; description
3489           <li>Preference setting to display sequence name in
3490             italics
3491           <li>Annotation file format extended to allow
3492             Sequence_groups to be defined
3493           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3494             specified in preferences
3495           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3496             sequences
3497         </ul>
3498       </td>
3499       <td>
3500         <ul>
3501           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3502             installed
3503           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3504           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3505         </ul>
3506       </td>
3507     </tr>
3508     <tr>
3509       <td>
3510         <div align="center">
3511           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3512         </div>
3513       </td>
3514       <td>
3515         <ul>
3516           <li>Multiple views on alignment
3517           <li>Sequence feature editing
3518           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3519           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3520           <li>Background dependent text colour
3521           <li>Right align sequence ids
3522           <li>User-defined lower case residue colours
3523           <li>Format Menu
3524           <li>Select Menu
3525           <li>Menu item accelerator keys
3526           <li>Control-V pastes to current alignment
3527           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3528           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3529           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3530
3531           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3532         </ul>
3533       </td>
3534       <td>
3535         <ul>
3536           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3537           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3538             calculations
3539           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3540             edits
3541           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3542             of alignment)
3543           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3544
3545           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3546             display correctly
3547           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3548           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3549             analysis results
3550           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3551             &#8739;
3552           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3553           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3554           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3555
3556         </ul>
3557       </td>
3558     </tr>
3559     <tr>
3560       <td>
3561         <div align="center">
3562           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3563         </div>
3564       </td>
3565       <td>
3566         <ul>
3567           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3568         </ul>
3569       </td>
3570       <td>
3571         <ul>
3572           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3573             sequence id panel has been resized</li>
3574           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3575             rendered</li>
3576           <li>Annotation files with sequence references - all
3577             elements in file are relative to sequence position</li>
3578           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3579         </ul>
3580       </td>
3581     </tr>
3582     <tr>
3583       <td>
3584         <div align="center">
3585           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3586         </div>
3587       </td>
3588       <td>
3589         <ul>
3590           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3591           <li>DAS Feature fetching</li>
3592           <li>Hide sequences and columns</li>
3593           <li>Export Annotations and Features</li>
3594           <li>GFF file reading / writing</li>
3595           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3596             files</li>
3597           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3598           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3599           <li>Applet can launch the full application</li>
3600           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3601             required)</li>
3602           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3603           <li>Applet can load sequences from parameter
3604             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3605           </li>
3606         </ul>
3607       </td>
3608       <td>
3609         <ul>
3610           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3611           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3612           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3613         </ul>
3614       </td>
3615     </tr>
3616     <tr>
3617       <td>
3618         <div align="center">
3619           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3620         </div>
3621       </td>
3622       <td>
3623         <ul>
3624           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3625           <li>Choose to match case when searching</li>
3626           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3627             expand the visible width and height of the alignment</li>
3628         </ul>
3629       </td>
3630       <td>
3631         <ul>
3632           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3633         </ul>
3634       </td>
3635     </tr>
3636     <tr>
3637       <td>
3638         <div align="center">
3639           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3640         </div>
3641       </td>
3642       <td>&nbsp;</td>
3643       <td>
3644         <ul>
3645           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3646           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3647             value</li>
3648         </ul>
3649       </td>
3650     </tr>
3651     <tr>
3652       <td>
3653         <div align="center">
3654           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3655         </div>
3656       </td>
3657       <td>
3658         <ul>
3659           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3660           <li>Keyboard editing</li>
3661           <li>Create sequence features from searches</li>
3662           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3663             alignments</li>
3664           <li>Features file allows grouping of features</li>
3665           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3666           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3667           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3668         </ul>
3669       </td>
3670       <td>
3671         <ul>
3672           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3673           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3674             descriptions saved.</li>
3675         </ul>
3676       </td>
3677     </tr>
3678     <tr>
3679       <td>
3680         <div align="center">
3681           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3682         </div>
3683       </td>
3684       <td>
3685         <ul>
3686           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3687           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3688           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3689             name for file output</li>
3690           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3691           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3692             used for HTML form input</li>
3693         </ul>
3694       </td>
3695       <td>
3696         <ul>
3697           <li>HTML output writes groups and features</li>
3698           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3699           <li>File IO bugs</li>
3700         </ul>
3701       </td>
3702     </tr>
3703     <tr>
3704       <td>
3705         <div align="center">
3706           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3707         </div>
3708       </td>
3709       <td>
3710         <ul>
3711           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3712           <li>More options for PCA viewer</li>
3713         </ul>
3714       </td>
3715       <td>
3716         <ul>
3717           <li>GUI bugs resolved</li>
3718           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3719         </ul>
3720       </td>
3721     </tr>
3722     <tr>
3723       <td height="63">
3724         <div align="center">
3725           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3726         </div>
3727       </td>
3728       <td>
3729         <ul>
3730           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3731           <li>Jar files are executable</li>
3732           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3733         </ul>
3734       </td>
3735       <td>
3736         <ul>
3737           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3738           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3739           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3740         </ul>
3741       </td>
3742     </tr>
3743     <tr>
3744       <td>
3745         <div align="center">
3746           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3747         </div>
3748       </td>
3749       <td>
3750         <ul>
3751           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3752         </ul>
3753       </td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759     </tr>
3760     <tr>
3761       <td>
3762         <div align="center">
3763           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3764         </div>
3765       </td>
3766       <td>
3767         <ul>
3768           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3769             size</li>
3770         </ul>
3771       </td>
3772       <td>
3773         <ul>
3774           <li>Improved JPred client reliability</li>
3775           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3776         </ul>
3777       </td>
3778     </tr>
3779     <tr>
3780       <td>
3781         <div align="center">
3782           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3783         </div>
3784       </td>
3785       <td>
3786         <ul>
3787           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3788           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3789           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3790             to Colour Menu</li>
3791           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3792           <li>Unix users can set default web browser</li>
3793           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3794           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3795         </ul>
3796       </td>
3797       <td>
3798         <ul>
3799           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3800         </ul>
3801       </td>
3802     </tr>
3803     <tr>
3804       <td>
3805         <div align="center">
3806           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3807         </div>
3808       </td>
3809       <td>&nbsp;</td>
3810       <td>
3811         <ul>
3812           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3813             alignment order.</li>
3814         </ul>
3815       </td>
3816     </tr>
3817     <tr>
3818       <td>
3819         <div align="center">
3820           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3821         </div>
3822       </td>
3823       <td>
3824         <ul>
3825           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3826           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3827           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3828             annotations.</li>
3829           <li>Version and build date written to build properties
3830             file.</li>
3831           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3832             at launch of Jalview.</li>
3833         </ul>
3834       </td>
3835       <td>
3836         <ul>
3837           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3838           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3839           <li>Can remove groups one by one.</li>
3840           <li>Filechooser icons installed.</li>
3841           <li>Finder ignores return character when searching.
3842             Return key will initiate a search.<br>
3843           </li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846     </tr>
3847     <tr>
3848       <td>
3849         <div align="center">
3850           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3851         </div>
3852       </td>
3853       <td>
3854         <ul>
3855           <li>New codebase</li>
3856         </ul>
3857       </td>
3858       <td>&nbsp;</td>
3859     </tr>
3860   </table>
3861   <p>&nbsp;</p>
3862 </body>
3863 </html>