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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
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  32
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  34   /* separate the items from eachother */
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  37   padding-left: 6px;
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  39
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  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98           </ul>
  99           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
 100           <em>Testing and Deployment</em>
 101           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <em>General</em>
 106           <ul>
 107             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 108             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 109             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 110             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 111           </ul>
 112           <em>Desktop</em>
 113           <ul>
 114             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 115             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 116             </li>
 117             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 118             </li>
 119             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 120             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 121             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 122             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 123             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 124             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 125             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 126             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 127             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 128             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 129             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 130             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 131             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 132             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 133             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 134            </ul>
 135           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 136            <ul>
 137             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 138           </ul>
 139           </div>
 140       </td>
 141     </tr>
 142     <tr>
 143       <td width="60" nowrap>
 144         <div align="center">
 145           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 146             <em>2/10/2017</em></strong>
 147         </div>
 148       </td>
 149       <td><div align="left">
 150           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 151           <ul>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 154             </li>
 155             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 156             </li>
 157           </ul>
 158         </div></td>
 159       <td><div align="left">
 160         </div></td>
 161     </tr>
 162     <tr>
 163       <td width="60" nowrap>
 164         <div align="center">
 165           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 166             <em>7/9/2017</em></strong>
 167         </div>
 168       </td>
 169       <td><div align="left">
 170           <em></em>
 171           <ul>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 174               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 175               white)
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 179               Preferences
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 183               in size and progress bar shown as higher resolution
 184               overview is recalculated
 185             </li>
 186
 187           </ul>
 188         </div></td>
 189       <td><div align="left">
 190           <em></em>
 191           <ul>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 194               column region row by row
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 198               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 202               format setting is unticked
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 206               if group has show boxes format setting unticked
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 210               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 211               include sequences and columns not currently displayed
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 215               assemblies are imported via CIF file
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 219               displayed when threshold or conservation colouring is also
 220               enabled.
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 224               server version
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 228               dragging a selected region off the visible region of the
 229               alignment
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 233               colourscheme to all groups in a view
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 237               initially after font size change using the Font chooser or
 238               middle-mouse zoom
 239             </li>
 240           </ul>
 241         </div></td>
 242     </tr>
 243     <tr>
 244       <td width="60" nowrap>
 245         <div align="center">
 246           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 247         </div>
 248       </td>
 249       <td><div align="left">
 250           <em>Calculations</em>
 251           <ul>
 252
 253             <li>
 254               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 255               ungapped positions in each column of the alignment.
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 259               a calculation dialog box
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 263               and memory efficiency (~30x faster)
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 267               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 268               and other calculations
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 272               files within the Jalview codebase
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 276               Similarity may have different topology due to increased
 277               precision
 278             </li>
 279           </ul>
 280           <em>Rendering</em>
 281           <ul>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 284               model for alignments and groups
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 288               scripts
 289             </li>
 290           </ul>
 291           <em>Overview</em>
 292           <ul>
 293             <li>
 294               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 295               with alignment and overview windows
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 299               overview
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 303               omitted in Overview
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 307               adjustment of visible position
 308             </li>
 309           </ul>
 310
 311           <em>Data import/export</em>
 312           <ul>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 315               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 319               annotation input/output via stockholm flatfile
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 323               extension when importing structure files without embedded
 324               names or PDB accessions
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 328               format sequence substitution matrices
 329             </li>
 330           </ul>
 331           <em>User Interface</em>
 332           <ul>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 335               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 336               the application.
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 340               via Overview or sequence motif search operations
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 344               opened by double clicking gaps within sequence feature
 345               extent
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 349               aligned positions were available to create a 3D structure
 350               superposition.
 351             </li>
 352           </ul>
 353           <em>3D Structure</em>
 354           <ul>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 357               coloured in linked structure views
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 361               file-based command exchange
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 365               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 366               structures are already available for sequences
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 370               the Jalview project rather than downloaded again when the
 371               project is reopened.
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 375               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 376               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 377                 Feature</strong>)
 378             </li>
 379           </ul>
 380           <em>Web Services</em>
 381           <ul>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 387               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 388               Analysis services
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 392               cross-references provided by identifiers.org and the
 393               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 394             </li>
 395           </ul>
 396
 397           <em>Scripting</em>
 398           <ul>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 401               identifying file formats (instead of String constants)
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 405               efficiency when counting all displayed features (not
 406               backwards compatible with 2.10.1)
 407             </li>
 408           </ul>
 409           <em>Example files</em>
 410           <ul>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 413               included in the example feature file
 414             </li>
 415           </ul>
 416           <em>Documentation</em>
 417           <ul>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 420               with the built-in Java help viewer
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 424               sequence description' option
 425             </li>
 426           </ul>
 427           <em>Test Suite</em>
 428           <ul>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 431               Uniprot REST Free Text Search Client
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 438               during tests
 439             </li>
 440           </ul>
 441         </div></td>
 442       <td><div align="left">
 443           <em>Calculations</em>
 444           <ul>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 447               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 448               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 449             </li>
 450             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 451               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 452               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 453               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 454               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 455               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 456               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 457               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 458               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 459               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 460               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 461               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 462               // for 2.10.1 mode <br />
 463               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 464               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 465                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 466                 calculations (not recommended)</em></li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 469               scaling of branch lengths for trees computed using
 470               Sequence Feature Similarity.
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 474               generating output report when working with highly
 475               redundant alignments
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 479               right of selected region when gaps present on right-hand
 480               boundary
 481             </li>
 482           </ul>
 483           <em>User Interface</em>
 484           <ul>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 487               doesn't reselect a specific sequence's associated
 488               annotation after it was used for colouring a view
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 492               opened on a region of alignment without groups
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 496               of an alignment with overlapping groups
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 500               name and description match
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 504               hidden regions results in incorrect hidden regions
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 508               changing colour does not apply Conservation slider value
 509               to all groups
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 513               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 517               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 521               gaps before start of features
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 525               restored to UI when feature colour is edited
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 529               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 533               as graduate feature colour settings are modified via the
 534               dialog box
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 538               when a group defined on the alignment is resized
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 542               wrapped view result in positional status updates
 543             </li>
 544
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 547               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 551               alignment included gapped columns
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 555               widgets don't permanently disappear
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 559               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 560               T-Coffee column reliability scores)
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 564               sequence feature on gaps only
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 568               button from a Find inherit previously defined feature type
 569               rather than the Find query string
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 573               exporting tree calculated in Jalview
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 577               and then revealing them reorders sequences on the
 578               alignment
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 582               doesn't update to reflect available set of groups after
 583               interactively adding or modifying features
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 587               Linux
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 591               only excluded gaps in current sequence and ignored
 592               selection.
 593             </li>
 594           </ul>
 595           <em>Rendering</em>
 596           <ul>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 599               erratically when hidden rows or columns are present
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 603               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 604               sequence colouring
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 608               colour and group colour menu for protein alignments
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 612               reflect currently selected view or group's shading
 613               thresholds
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 617               when rendered on overview and structures when opacity at
 618               100%
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 622               overview when features overlaid on alignment
 623             </li>
 624           </ul>
 625           <em>Data import/export</em>
 626           <ul>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 629               load
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 633               added after a sequence was imported are not written to
 634               Stockholm File
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 638               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 642               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 646               with lightGray or darkGray via features file (but can
 647               specify lightgray)
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 651               when alignment view imported from project
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 655               structure and sequences extracted from structure files
 656               imported via URL and viewed in Jmol
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 660               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 661               the project is loaded and the structure viewed
 662             </li>
 663           </ul>
 664           <em>Web Services</em>
 665           <ul>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 668               release of Ensembl v.88
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 672               appear enabled in Preferences->Connections
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 676               removed from console output
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 680               Ensembl by Peptide ID
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 684               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 685               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 686               due to 'null' string rather than empty string used for
 687               residues with no corresponding PDB mapping).
 688             </li>
 689           </ul>
 690           <em>Application UI</em>
 691           <ul>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 694               menu
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 698               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 699               new documentation and tooltips added)
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 703               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 707               new features are added to alignment
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 711               changes to feature colours via the Amend features dialog
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 715               edit graduated feature colour via amend features dialog
 716               box
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 720               selection menu changes colours of alignment views
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 724               from alignment calculation workers after alignment has
 725               been closed
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 729               groups now 'Create Group'
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 733               Create/Undefine group doesn't always work
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 737               shown again after pressing 'Cancel'
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 741               adjusts start position in wrap mode
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 745               ambiguous amino acids
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 749               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 750               proteins
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 754               Defined' don't appear in Colours menu
 755             </li>
 756           </ul>
 757           <em>Applet</em>
 758           <ul>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 761               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 765               overview or linked structure view
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 769               work (since 2.8)
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 773               user-defined colourscheme doesn't restore original
 774               colourscheme
 775             </li>
 776           </ul>
 777           <em>Test Suite</em>
 778           <ul>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 781               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 785               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 786               problems with deep array comparison equality asserts in
 787               successive versions of TestNG
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 791               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 792             </li>
 793           </ul>
 794           <em>New Known Issues</em>
 795           <ul>
 796             <li>
 797               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 798               phase after a sequence motif find operation
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 802               containing just upper and lower case letters are
 803               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 807               reliably from eggnog Ortholog database
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 811               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 812               to mark columns containing highlighted regions.
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 816               doesn't always add secondary structure annotation.
 817             </li>
 818           </ul>
 819         </div>
 820     <tr>
 821       <td width="60" nowrap>
 822         <div align="center">
 823           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 824         </div>
 825       </td>
 826       <td><div align="left">
 827           <em>General</em>
 828           <ul>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 831               for all consensus calculations
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 835               3rd Oct 2016)
 836             </li>
 837             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 838               for 2016-2017</li>
 839           </ul>
 840           <em>Application</em>
 841           <ul>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 844               set of database cross-references, sorted alphabetically
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 848               from database cross references. Users with custom links
 849               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 850                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 854               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 855               Chimera session
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 859               the Chimera it is connected to is shut down
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 863               columns menu item to mark columns containing highlighted
 864               regions (e.g. from structure selections or results of a
 865               Find operation)
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 869               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 870               MSAviewer
 871             </li>
 872           </ul>
 873         </div></td>
 874       <td>
 875         <div align="left">
 876           <em>General</em>
 877           <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 880               are not coloured or thresholded according to percent
 881               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 885               hydrophobic
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 889               threshold, amino acid properties)
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 893               reported as mapped to residues in a structure file in the
 894               View Mapping report
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 898               could be added multiple times to a sequence
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 902               bond features shown as two highlighted residues rather
 903               than a range in linked structure views, and treated
 904               correctly when selecting and computing trees from features
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 908               cross-references are matched to database name regardless
 909               of case
 910             </li>
 911
 912           </ul>
 913           <em>Application</em>
 914           <ul>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 917               names without regular expressions also offer links from
 918               Sequence ID
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 922               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 923               update Jalview configuration
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 927               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 931               files with similarly named sequences if dropped onto the
 932               alignment
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 936               entries where more chains exist in the PDB accession than
 937               are reported in the SIFTS file
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 941               the structure view when displayed with Chimera
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 945               panel's View->Show Chains submenu
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 949               work for wrapped alignment views
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 953               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 957               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 958               first annotation row
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 962               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 966               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 967             </li>
 968             <!-- JAL-2319 -->
 969             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 970             coordindate data
 971             </li>
 972           </ul>
 973           <!--           <em>New Known Issues</em>
 974           <ul>
 975             <li></li>
 976           </ul> -->
 977         </div>
 978       </td>
 979     </tr>
 980     <td width="60" nowrap>
 981       <div align="center">
 982         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 983           <em>25/10/2016</em></strong>
 984       </div>
 985     </td>
 986     <td><em>Application</em>
 987       <ul>
 988         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 989           view if structures already loaded</li>
 990         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 991           structure views</li>
 992       </ul></td>
 993     <td>
 994       <div align="left">
 995         <em>General</em>
 996         <ul>
 997           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 998             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 999           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1000             example sequences/projects/trees</li>
1001         </ul>
1002         <em>Application</em>
1003         <ul>
1004           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1005             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1006           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1007             without timeout for structures with multiple models or
1008             multiple sequences in alignment</li>
1009           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1010             PDB ID HEADER line</li>
1011           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1012             is performed</li>
1013           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1014             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1015           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1016           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1017             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1018             option</li>
1019           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1020             is created on the alignment</li>
1021           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1022             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1023             pop-up menu</li>
1024         </ul>
1025         <em>Build and deployment</em>
1026         <ul>
1027           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1028             tags</li>
1029         </ul>
1030         <em>New Known Issues</em>
1031         <ul>
1032           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1033             on Windows</li>
1034         </ul>
1035       </div>
1036     </td>
1037     </tr>
1038     <tr>
1039       <td width="60" nowrap>
1040         <div align="center">
1041           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1042         </div>
1043       </td>
1044       <td><em>General</em>
1045         <ul>
1046           <li>
1047             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1051             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1052             better PDB parsing.
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1056             reference sequence
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1060             mousing over sequence associated annotation
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1064             for manual entry
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1068             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1069             for each column
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1073             showing or hiding columns containing a feature
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1077             group and sequence associated annotation labels
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1081             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1082             dialogs
1083           </li>
1084
1085         </ul> <em>Application</em>
1086         <ul>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1089             gene/transcript view
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1093             dialog
1094           </li>
1095           <li>
1096             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1097             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1101             Pfam sources to xfam.org
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1108             over sequences in Jalview
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1112             regions in ENA and EMBL
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1116             for record retrieval via ENA rest API
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1120             complement operator
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1124             groovy script execution
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1128             alignment window's Calculate menu
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1132             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1136             calculation workers from groovy scripts
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1140             Jalview projects
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1144             associations are now saved/restored from project
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1148             before sequence fetcher is opened
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1152             database chooser opens a sequence fetcher
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1156             the UniProt REST API
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1160             the news reader opening
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1164             querying stored in preferences
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1168             search results
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1172           </li>
1173           <li>
1174             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1175             menu for nucleotide sequences
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1179             and feature counts preserves alignment ordering (and
1180             debugged for complex feature sets).
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1184             viewing structures with Jalview 2.10
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1188             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1189             Ensembl Genomes REST API
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1193             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1194             (Ensembl)
1195           </li>
1196           <li>
1197             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1198             sequences
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1202             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1203             data from external database records.
1204           </li>
1205           <li>
1206             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1207             efficient recovery of sequence coding and alignment
1208             annotation relationships.
1209           </li>
1210         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1211         <ul>
1212           <li>
1213             -- JAL---
1214           </li>
1215         </ul> --></td>
1216       <td>
1217         <div align="left">
1218           <em>General</em>
1219           <ul>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1222               menu on OSX
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1226               includes graduated colourschemes
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1230               working with big alignments and lots of hidden columns
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1234               at right of alignment window
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1238               contents
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1242               for DNA alignments
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1246               based tree calculation
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1250               unconserved enabled for group on alignment
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1254               set as reference
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1258               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1259               annotation
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1263               hidden columns present
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1267               user created annotation added to alignment
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1271               '()' base pair annotation
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1275               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1276               Consensus
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1280               feature not working
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1284               beginning of sequence
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1288               entry 3a6s
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1292               from a tree when t-coffee scores are shown
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1296               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1300               some structures
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1304               to Clustal, PIR and PileUp output
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1308               not visible causes alignment window to repaint
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1312               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1313               scores associated with features and annotation rows
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1317               calculation should be case independent
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1321               columns
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1325               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1326               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1330               problems when reference sequence defined and 'show
1331               non-conserved' enabled
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1335               load even when Consensus calculation is disabled
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1339               alignment does nothing
1340             </li>
1341           </ul>
1342           <em>Application</em>
1343           <ul>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1346               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1347               yet fixed for El Capitan)
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1351               output when running on non-gb/us i18n platforms
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1355               hidden sequences as flat-file alignment
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1359               launching Chimera
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1363               (also hotfix for 2.9.0b2)
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1367               reference sequence defined
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1371               alignments and views when revealing hidden columns
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1375               view in a cDNA/Protein splitframe
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1379               sequence from project when only one sequence is
1380               represented
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1384               in Structure Chooser
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1388               structure consensus didn't refresh annotation panel
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1392               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1396               dialogs format columns correctly, don't display array
1397               data, sort columns according to type
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1401               file chooser is cancelled during an image export
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1405               sequence name containing special characters
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1409               case insensitive
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1413               formatting don't wrap
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1417               truncated so L looks like I in consensus annotation
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1421               currently displayed features for the current selection or
1422               view
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1426               after fetching cross-references, and restoring from
1427               project
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1431               followed in the structure viewer
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1435               splitframe not restored from project
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1439               trailing end of protein alignment in transcript/product
1440               splitview when pad-gaps not enabled by default
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1444               is case dependent
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1448               article has been read (reopened issue due to
1449               internationalisation problems)
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1453               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1454               cross-references
1455             </li>
1456
1457             <li>
1458               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1459               alignment as HTML
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1463               multiple structures are shown for one or more sequences.
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1467               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1468               is enabled.
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1472               specific PDB id for sequence
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1476               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1477               columns' is disabled.
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1481               selects lowest rather than highest resolution structures
1482               for each sequence
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1486               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1490               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1494               after clicking on it to create new annotation for a
1495               column.
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1499               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1500             </li>
1501             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1502             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1503           </ul>
1504           <em>Applet</em>
1505           <ul>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1508               hidden columns present before start of sequence
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1512               (JSON jars)
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1516               sequences are hidden in applet
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1520               deployment on examples pages.
1521             </li>
1522           </ul>
1523         </div>
1524       </td>
1525     </tr>
1526     <tr>
1527       <td width="60" nowrap>
1528         <div align="center">
1529           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1530             <em>16/10/2015</em></strong>
1531         </div>
1532       </td>
1533       <td><em>General</em>
1534         <ul>
1535           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1536             jars</li>
1537         </ul></td>
1538       <td>
1539         <div align="left">
1540           <em>Application</em>
1541           <ul>
1542             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1543               shown when tree is partitioned</li>
1544             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1545               multiple cDNA/Protein split views</li>
1546           </ul>
1547         </div>
1548       </td>
1549     </tr>
1550     <tr>
1551       <td width="60" nowrap>
1552         <div align="center">
1553           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1554             <em>8/10/2015</em></strong>
1555         </div>
1556       </td>
1557       <td><em>General</em>
1558         <ul>
1559           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1560             2.9</li>
1561         </ul> <em>Application</em>
1562         <ul>
1563           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1564           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1565           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1566         </ul> <em>Applet</em>
1567         <ul>
1568           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1569         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1570         <ul>
1571           <li>
1572             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1573             suite
1574           </li>
1575         </ul></td>
1576       <td>
1577         <div align="left">
1578           <em>General</em>
1579           <ul>
1580             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1581               incorrect when sequence start > 1</li>
1582             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1583               documentation</li>
1584             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1585             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1586               loading a features file containing HTML tags in feature
1587               description</li>
1588
1589           </ul>
1590           <em>Application</em>
1591           <ul>
1592             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1593               reimport</li>
1594             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1595               with 'trim retrieved sequences'</li>
1596             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1597               deleting selected columns</li>
1598             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1599               JNLP templates for webstart launch</li>
1600             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1601               unreleased structures for download or viewing</li>
1602             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1603               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1604             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1605               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1606             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1607               recovered from jalview project</li>
1608             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1609               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1610               alignment view</li>
1611             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1612               color schemes from BioJSON</li>
1613           </ul>
1614           <em>Applet</em>
1615           <ul>
1616             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1617               frame</li>
1618             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1619           </ul>
1620         </div>
1621       </td>
1622     </tr>
1623     <tr>
1624       <td><div align="center">
1625           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1626         </div></td>
1627       <td><em>General</em>
1628         <ul>
1629           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1630             alignments:
1631             <ul>
1632               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1633                 and DNA alignment views</li>
1634               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1635                 cDNA alignment views</li>
1636               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1637                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1638               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1639                 protein sequences</li>
1640             </ul>
1641           </li>
1642           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1643           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1644             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1645           <li>New alignment annotation file statements for
1646             reference sequences and marking hidden columns</li>
1647           <li>Reference sequence based alignment shading to
1648             highlight variation</li>
1649           <li>Select or hide columns according to alignment
1650             annotation</li>
1651           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1652           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1653             acid conservation row</li>
1654           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1655         </ul> <em>Application</em>
1656         <ul>
1657           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1658             <ul>
1659               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1660                 view with cDNA/Protein</li>
1661               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1662                 sequences are placed in the same alignment</li>
1663               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1664                 projects</li>
1665             </ul>
1666           </li>
1667
1668           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1669           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1670             Jalview windows</li>
1671
1672           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1673           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1674           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1675             be shown in VARNA</li>
1676
1677           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1678             as the active selected region</li>
1679
1680           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1681             similarity</li>
1682           <li>New Export options
1683             <ul>
1684               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1685                 region export in flat file generation</li>
1686
1687               <li>Export alignment views for display with the <a
1688                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1689
1690               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1691               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1692                 alignment figures to HTML</li>
1693           </li>
1694           <li>3D structure retrieval and display
1695             <ul>
1696               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1697                 Search API</li>
1698               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1699                 PDB structures for a sequence set</li>
1700             </ul>
1701           </li>
1702
1703           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1704             predictions</li>
1705           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1706             for one or a group of sequences</li>
1707           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1708             from the JPred4 web server</li>
1709           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1710             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1711             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1712           </li>
1713           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1714             VARNA 2D Structure'</li>
1715           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1716             Structure ..."</li>
1717
1718         </ul> <em>Applet</em>
1719         <ul>
1720           <li>New layout for applet example pages</li>
1721           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1722             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1723           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1724             Protein alignments</li>
1725         </ul> <em>Development and deployment</em>
1726         <ul>
1727           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1728           <li>Include installation type and git revision in build
1729             properties and console log output</li>
1730           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1731             storing BioJsMSA Templates</li>
1732           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1733         </ul></td>
1734       <td>
1735         <!-- <em>General</em>
1736         <ul>
1737         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1738         <ul>
1739           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1740           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1741           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1742             predictions are not highlighted in amber</li>
1743           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1744             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1745           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1746             associated structure views</li>
1747           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1748             width checkbox not enabled</li>
1749           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1750             creating user defined colours</li>
1751           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1752             mappings for just that viewer's sequences</li>
1753           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1754             multiple models in Chimera</li>
1755           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1756             over Jmol structure</li>
1757           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1758             output to text box</li>
1759           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1760             have incorrect sequence start/end</li>
1761           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1762             Jalview fails</li>
1763           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1764             work for nucleotide</li>
1765           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1766             to a grey/invisible alignment window</li>
1767           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1768             imports to different position</li>
1769           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1770             on some platforms</li>
1771           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1772             populated</li>
1773           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1774             console if Chimera has been opened</li>
1775           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1776           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1777             retrieved</li>
1778           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1779           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1780             either sequence shows on first structure</li>
1781           <li>'Show annotations' options should not make
1782             non-positional annotations visible</li>
1783           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1784             in right place after 'view flanking regions'</li>
1785           <li>File Save As type unset when current file format is
1786             unknown</li>
1787           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1788             projects</li>
1789           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1790             responsive</li>
1791           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1792             several views on same alignment</li>
1793           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1794           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1795             spaces</li>
1796         </ul> <em>Applet</em>
1797         <ul>
1798           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1799           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1800             descriptions containing angle brackets</li>
1801         </ul> <em>General</em>
1802         <ul>
1803           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1804             via jalview annotation file</li>
1805           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1806             with RNA secondary structure</li>
1807           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1808             translation doesn't work.</li>
1809           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1810           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1811             positions</li>
1812           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1813             choosing 1pt font</li>
1814           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1815             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1816             'h'</li>
1817           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1818             new feature</li>
1819           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1820             order dependent</li>
1821           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1822             sequences</li>
1823           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1824         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1825         <ul>
1826           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1827             www.jalview.org</li>
1828         </ul> <em>Application Known issues</em>
1829         <ul>
1830           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1831           <li>Misleading message appears after trying to delete
1832             solid column.</li>
1833           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1834             version launches</li>
1835           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1836             fails with a sequence mismatch</li>
1837           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1838             scrolling alignment to right</li>
1839           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1840             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1841           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1842             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1843           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1844             ultra-high resolution</li>
1845           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1846             quality and conservation</li>
1847           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1848             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1849         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1850         <ul>
1851           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1852           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1853             window is being resized</li>
1854
1855         </ul>
1856       </td>
1857     </tr>
1858     <tr>
1859       <td><div align="center">
1860           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1861         </div></td>
1862       <td><em>General</em>
1863         <ul>
1864           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1865             Certum.PL.</li>
1866           <li>Features and annotation preserved when performing
1867             pairwise alignment</li>
1868           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1869             imported/exported/displayed</li>
1870           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1871             protein secondary structure</li>
1872           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1873               post-hoc with 2.9 release</em>)
1874           </li>
1875
1876         </ul> <em>Application</em>
1877         <ul>
1878           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1879             with 3D structures</li>
1880           <li>Support for parsing RNAML</li>
1881           <li>Annotations menu for layout
1882             <ul>
1883               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1884               <li>place sequence annotation above/below alignment
1885                 annotation</li>
1886             </ul>
1887           <li>Output in Stockholm format</li>
1888           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1889             translation</li>
1890           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1891           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1892             shared between alignments</li>
1893           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1894             Jalview</li>
1895           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1896             all or current selection</li>
1897           <li>disorder and secondary structure predictions
1898             available as dataset annotation</li>
1899           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1900
1901
1902           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1903             alignments from Rfam</li>
1904           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1905
1906           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1907             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1908           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1909           <li>include installation type in build properties and
1910             console log output</li>
1911           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1912             annotation</li>
1913         </ul></td>
1914       <td>
1915         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1916         <ul>
1917           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1918             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1919           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1920             alignment</li>
1921           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1922           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1923           <li>Double click on sequence associated annotation
1924             selects only first column</li>
1925           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1926             leaves shown in tree</li>
1927           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1928             properly</li>
1929           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1930           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1931             screen and buttons not visible</li>
1932           <li>author list isn't updated if already written to
1933             Jalview properties</li>
1934           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1935             from database</li>
1936           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1937           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1938             browser search window</li>
1939           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1940             in feature settings dialog</li>
1941           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1942             desktop</li>
1943           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1944             pass validation</li>
1945           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1946             fit on screen</li>
1947           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1948             tooltip</li>
1949           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1950             defined user preset</li>
1951           <li>MSA web services warns user if they were launched
1952             with invalid input</li>
1953           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1954             Java 8</li>
1955           <li>
1956             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1957             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1958             created
1959           </li>
1960
1961         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1962         <ul>
1963         </ul> <em>General</em>
1964         <ul>
1965         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1966         <ul>
1967           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1968             memory allocation</li>
1969           <li>launchApp service doesn't automatically open
1970             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1971           <li>
1972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1973             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1974             1.7_055 is available
1975           </li>
1976         </ul> <em>Application Known issues</em>
1977         <ul>
1978           <li>
1979             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1980             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1981             alignment to right
1982           </li>
1983           <li>
1984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1985             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1986             with large number of ID
1987           </li>
1988           <li>
1989             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1990             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1991             start/end
1992           </li>
1993           <li>
1994             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1995             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1996             structure tracks are rearranged
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2000             invalid rna structure positional highlighting does not
2001             highlight position of invalid base pairs
2002           </li>
2003           <li>
2004             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2005             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2006             project from alignment window file menu
2007           </li>
2008           <li>
2009             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2010             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2011             structures
2012           </li>
2013           <li>
2014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2015             colour by RNA Helices not enabled when user created
2016             annotation added to alignment
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2020             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2021           </li>
2022         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2023         <ul>
2024           <li>
2025             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2026             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2030             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2031           </li>
2032
2033           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2034             when selected</li>
2035         </ul>
2036       </td>
2037     </tr>
2038     <tr>
2039       <td><div align="center">
2040           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2041         </div></td>
2042       <td>
2043         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2044         <em>General</em>
2045         <ul>
2046           <li>Internationalisation of user interface (usually
2047             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2048           <li>Define/Undefine group on current selection with
2049             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2050           <li>Improved group creation/removal options in
2051             alignment/sequence Popup menu</li>
2052           <li>Sensible precision for symbol distribution
2053             percentages shown in logo tooltip.</li>
2054           <li>Annotation panel height set according to amount of
2055             annotation when alignment first opened</li>
2056         </ul> <em>Application</em>
2057         <ul>
2058           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2059             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2060           <li>Select columns containing particular features from
2061             Feature Settings dialog</li>
2062           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2063             sequences</li>
2064           <li>Update Jalview project format:
2065             <ul>
2066               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2067               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2068                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2069               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2070                 colouring</li>
2071             </ul>
2072           </li>
2073           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2074             (PAM250)</li>
2075           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2076             flanking regions for an alignment</li>
2077         </ul>
2078       </td>
2079       <td>
2080         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2081         <ul>
2082           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2083             running after job is cancelled</li>
2084           <li>cannot export features from alignments imported from
2085             Jalview/VAMSAS projects</li>
2086           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2087             float values</li>
2088           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2089             have 'display all symbols' flag set</li>
2090           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2091             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2092           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2093             Jalview</li>
2094           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2095             Lion/Webstart</li>
2096           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2097           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2098           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2099             alignment onto desktop</li>
2100           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2101             'extract scores' function</li>
2102           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2103             alignment window</li>
2104           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2105             performing IUPred disorder prediction</li>
2106           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2107             changing 'normalise logo' display setting</li>
2108           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2109             nothing matches query</li>
2110           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2111             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2112           </li>
2113           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2114             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2115           </li>
2116           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2117             Jalview's menu</li>
2118           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2119             'invalid literal/length code'</li>
2120           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2121             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2122           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2123             colourscheme</li>
2124
2125         </ul> <em>Applet</em>
2126         <ul>
2127           <li>Remove group option is shown even when selection is
2128             not a group</li>
2129           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2130             don't affect groups</li>
2131           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2132             colourscheme name</li>
2133           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2134             Annotation panel is not displayed</li>
2135           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2136             embedded windows</li>
2137         </ul> <em>Other</em>
2138         <ul>
2139           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2140             single sequence were not calculated</li>
2141           <li>annotation files that contain only groups imported as
2142             annotation and junk sequences</li>
2143           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2144             recognised as PFAM or BLC</li>
2145           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2146             doesn't affect background (2.8.0b1)
2147           <li></li>
2148           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2149           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2150             trailing gaps</li>
2151           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2152             registered correctly on import</li>
2153           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2154             certain alignments</li>
2155           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2156             existing annotation based 'use original colours'
2157             colourscheme loses original colours setting</li>
2158         </ul>
2159       </td>
2160     </tr>
2161     <tr>
2162       <td><div align="center">
2163           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2164             <em>30/1/2014</em></strong>
2165         </div></td>
2166       <td>
2167         <ul>
2168           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2169             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2170             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2171             open source project).
2172           </li>
2173           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2174           <li>Output in Stockholm format</li>
2175           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2176           <li>Export/import group and sequence associated line
2177             graph thresholds</li>
2178           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2179             ambiguity codes</li>
2180           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2181             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2182             works</li>
2183           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2184         </ul> <em>Other improvements</em>
2185         <ul>
2186           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2187           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2188             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2189           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2190             files</li>
2191           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2192           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2193             link but no description</li>
2194           <li>Select primary source when selecting authority in
2195             database fetcher GUI</li>
2196           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2197             Jalview</li>
2198           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2199         </ul>
2200       </td>
2201       <td>
2202         <ul>
2203           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2204             displayed</li>
2205           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2206             secondary structure annotation line</li>
2207           <li>Sequence database accessions not imported when
2208             fetching alignments from Rfam</li>
2209           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2210             identical IDs</li>
2211           <li>View all structures does not always superpose
2212             structures</li>
2213           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2214             reflect user or preset settings</li>
2215           <li>Null pointer exceptions for some services without
2216             presets or adjustable parameters</li>
2217           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2218             discover PDB xRefs</li>
2219           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2220             features with DAS</li>
2221           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2222             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2223           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2224             residue follows a gap</li>
2225           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2226             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2227           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2228             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2229           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2230             annotation already exists on alignment</li>
2231           <li>oninit javascript function should be called after
2232             initialisation completes</li>
2233           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2234             alignment window display</li>
2235           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2236           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2237             to annotation file</li>
2238           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2239             groups created</li>
2240           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2241             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2242           <li>Pressing return several times causes Number Format
2243             exceptions in keyboard mode</li>
2244           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2245             correct partitions for input data</li>
2246           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2247           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2248           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2249           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2250             mode</li>
2251           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2252             changes one row&#39;s threshold</li>
2253           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2254             doesn&#39;t open</li>
2255           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2256             quality histograms</li>
2257         </ul>
2258       </td>
2259     </tr>
2260     <tr>
2261       <td><div align="center">
2262           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2263         </div></td>
2264       <td><em>Application</em>
2265         <ul>
2266           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2267             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2268           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2269             preferences</li>
2270           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2271             in Jalview alignment window</li>
2272           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2273             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2274           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2275             RNA and ambiguity codes</li>
2276
2277           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2278           <li>Support fetching and database reference look up
2279             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2280             refs')</li>
2281           <li>Jalview project improvements
2282             <ul>
2283               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2284                 flag for annotation</li>
2285               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2286                 alignment</li>
2287               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2288                 Jalview project</li>
2289
2290             </ul>
2291           </li>
2292           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2293           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2294             running</li>
2295           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2296           <li>visual indication that web service results are still
2297             being retrieved from server</li>
2298           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2299             starts up for first time</li>
2300           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2301             services</li>
2302           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2303             client library</li>
2304           <li>Examples directory and Groovy library included in
2305             InstallAnywhere distribution</li>
2306         </ul> <em>Applet</em>
2307         <ul>
2308           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2309             visualization applet example</li>
2310         </ul> <em>General</em>
2311         <ul>
2312           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2313           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2314             defaults</li>
2315           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2316             calculation</li>
2317           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2318             matrices
2319           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2320             in HTML</li>
2321           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2322             structure contacts</li>
2323           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2324           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2325           <li>Parse sequence associated secondary structure
2326             information in Stockholm files</li>
2327           <li>HTML Export database accessions and annotation
2328             information presented in tooltip for sequences</li>
2329           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2330             style RNA alignment files</li>
2331           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2332             alignment</li>
2333           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2334             shade each sequence according to its associated alignment
2335             annotation</li>
2336           <li>New Jalview Logo</li>
2337         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2338         <ul>
2339           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2340           <li>New Website!</li>
2341         </ul></td>
2342       <td><em>Application</em>
2343         <ul>
2344           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2345             wsdbfetch REST service</li>
2346           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2347           <li>Filetype associations not installed for webstart
2348             launch</li>
2349           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2350             job execution in full once it is complete</li>
2351           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2352             uploaded via ali_file parameter</li>
2353           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2354           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2355           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2356             submitted for prediction</li>
2357           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2358             desktop window</li>
2359           <li>Putting fractional value into integer text box in
2360             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2361           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2362             windows 7</li>
2363           <li>View all structures fails with exception shown in
2364             structure view</li>
2365           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2366             escaped in a platform independent way</li>
2367           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2368             using proxy</li>
2369           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2370             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2371           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2372             failure when java web start temporary file caching is
2373             disabled</li>
2374           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2375             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2376           <li>Errors during processing of command line arguments
2377             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2378           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2379             DAS sources in sequence fetcher</li>
2380           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2381             dialog is shown</li>
2382           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2383           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2384           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2385           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2386             on OSX Mountain Lion</li>
2387           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2388             sequences with alignment annotation are pasted into the
2389             alignment</li>
2390           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2391             when loaded from Jalview project</li>
2392           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2393           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2394             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2395           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2396             associated with all views</li>
2397           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2398             annotation rows to new window</li>
2399         </ul> <em>Applet</em>
2400         <ul>
2401           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2402             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2403           <li>loading features via javascript API automatically
2404             enables feature display</li>
2405           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2406             work</li>
2407         </ul> <em>General</em>
2408         <ul>
2409           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2410           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2411             and then deselected</li>
2412           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2413           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2414             coloured with clustalx</li>
2415           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2416             exceptions and redraw errors</li>
2417           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2418             reconfigured view</li>
2419           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2420             colour</li>
2421           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2422             for lots of labels</li>
2423         </ul>
2424     </tr>
2425     <tr>
2426       <td>
2427         <div align="center">
2428           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2429         </div>
2430       </td>
2431       <td><em>Application</em>
2432         <ul>
2433           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2434           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2435           <li>View/alignment association menu to enable user to
2436             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2437             its colours/correspondences from</li>
2438           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2439           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2440             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2441           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2442           <li>Annotation row column label formatting attributes
2443             stored in project file</li>
2444           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2445             rows preserved in Jalview project file</li>
2446           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2447             saved using Desktop window menu</li>
2448           <li>Visual indication that command line arguments are
2449             still being processed</li>
2450           <li>Groovy script execution from URL</li>
2451           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2452             preferences</li>
2453           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2454             alignment with sequences that have high similarity and
2455             matching IDs</li>
2456           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2457           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2458             structures in same window</li>
2459           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2460           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2461             analysis function in its own submenu</li>
2462         </ul> <em>Applet</em>
2463         <ul>
2464           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2465             groups</li>
2466           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2467           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2468           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2469           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2470           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2471             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2472           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2473           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2474             parameters are treated as such</li>
2475           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2476             <ul>
2477               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2478               <li>Javascript callbacks for
2479                 <ul>
2480                   <li>Applet initialisation</li>
2481                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2482                 </ul>
2483               </li>
2484               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2485                 functions</li>
2486               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2487               <li>javascript structure viewer harness to pass
2488                 messages between Jmol and Jalview when running as
2489                 distinct applets</li>
2490               <li>sortBy method</li>
2491               <li>Set of applet and application examples shipped
2492                 with documentation</li>
2493               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2494                 javascript message exchange</li>
2495             </ul>
2496         </ul> <em>General</em>
2497         <ul>
2498           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2499             multiple alignments</li>
2500           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2501           <li>User configurable link to enable redirects to a
2502             www.Jalview.org mirror</li>
2503           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2504           <li>Configurable newline string when writing alignment
2505             and other flat files</li>
2506           <li>Allow alignment annotation description lines to
2507             contain html tags</li>
2508         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2509         <ul>
2510           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2511             examples</li>
2512           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2513             using a web service before displaying the result in the
2514             Jalview desktop</li>
2515           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2516           <li>Ant target to publish example html files with applet
2517             archive</li>
2518           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2519           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2520         </ul></td>
2521       <td><em>Application</em>
2522         <ul>
2523           <li>User defined colourscheme throws exception when
2524             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2525           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2526             dialog for valid filename/format</li>
2527           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2528           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2529             P37173</li>
2530           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2531             which sequence is to be associated with the file</li>
2532           <li>Find All raises null pointer exception when query
2533             only matches sequence IDs</li>
2534           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2535           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2536             2.4 cannot be loaded</li>
2537           <li>Filetype associations not installed for webstart
2538             launch</li>
2539           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2540             with sequences in different alignments do not get coloured
2541             by their associated sequence</li>
2542           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2543             not preserved when project is loaded</li>
2544           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2545             stored in Jalview project</li>
2546           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2547             Jalview project</li>
2548           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2549           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2550             by conservation</li>
2551           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2552             created on new view</li>
2553           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2554             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2555           <li>Alignment quality not updated after alignment
2556             annotation row is hidden then shown</li>
2557           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2558             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2559           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2560             properly</li>
2561           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2562             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2563           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2564           <li>Structures imported from file and saved in project
2565             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2566           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2567             job execution in full once it is complete</li>
2568         </ul> <em>Applet</em>
2569         <ul>
2570           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2571             annotation rows are displayed</li>
2572           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2573             codebase</li>
2574           <li>View follows highlighting does not work for positions
2575             in sequences</li>
2576           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2577           <li>Export features raises exception when no features
2578             exist</li>
2579           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2580             for javascript api is modified when separator string
2581             provided as parameter</li>
2582           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2583             alignment with no existing selection</li>
2584           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2585             to applet&#39;s codebase</li>
2586           <li>Status bar not updated after finished searching and
2587             search wraps around to first result</li>
2588           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2589             several Jalview applets causes race conditions and memory
2590             leaks</li>
2591           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2592             not sent from Jmol in applet</li>
2593           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2594             applet API fatally hang browser</li>
2595         </ul> <em>General</em>
2596         <ul>
2597           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2598             position with wrapped view and hidden regions</li>
2599           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2600             with/without hidden columns</li>
2601           <li>Sequence length given in alignment properties window
2602             is off by 1</li>
2603           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2604             import PDB like structure files</li>
2605           <li>Positional search results are only highlighted
2606             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2607           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2608           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2609             given sequence position</li>
2610           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2611             output</li>
2612           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2613             from nucleotide chains correctly</li>
2614           <li>Structure colours not updated when tree partition
2615             changed in alignment</li>
2616           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2617             parsed in interleaved stockholm</li>
2618           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2619             state</li>
2620           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2621             properly</li>
2622           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2623             properly associated with their pdb files</li>
2624         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2625         <ul>
2626           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2627             ApplyCopyright tool</li>
2628         </ul></td>
2629     </tr>
2630     <tr>
2631       <td>
2632         <div align="center">
2633           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2634         </div>
2635       </td>
2636       <td><em>Application</em>
2637         <ul>
2638           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2639             contact web services</li>
2640           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2641             service job window</li>
2642           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2643         </ul></td>
2644       <td>
2645         <ul>
2646           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2647             pir file emitted by Jalview</li>
2648           <li>Existing feature settings transferred to new
2649             alignment view created from cut'n'paste</li>
2650           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2651             parsing PDB files</li>
2652           <li>Consensus and conservation annotation rows
2653             occasionally become blank for all new windows</li>
2654           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2655             in wrapped view mode</li>
2656         </ul> <em>Application</em>
2657         <ul>
2658           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2659             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2660           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2661             parameter names</li>
2662           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2663             is down</li>
2664         </ul>
2665       </td>
2666     </tr>
2667     <tr>
2668       <td>
2669         <div align="center">
2670           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2671         </div>
2672       </td>
2673       <td><em>Application</em>
2674         <ul>
2675           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2676             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2677             (JABAWS)
2678           </li>
2679           <li>Web Services preference tab</li>
2680           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2681             preferences</li>
2682           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2683           <li>Superpose structures using associated sequence
2684             alignment</li>
2685           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2686             viewer</li>
2687         </ul> <em>Applet</em>
2688         <ul>
2689           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2690             link out mechanism</li>
2691         </ul> <em>Other</em>
2692         <ul>
2693           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2694             series 12</li>
2695           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2696             require Java 1.5</li>
2697           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2698             sequence annotation files</li>
2699           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2700             type colour specification</li>
2701           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2702             script to check if it being run in an interactive session or
2703             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2704         </ul></td>
2705       <td>
2706         <ul>
2707           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2708             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2709         </ul> <em>Application</em>
2710         <ul>
2711           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2712             selected Regions menu item</li>
2713           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2714             part of a valid accession ID</li>
2715           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2716             runs out of memory</li>
2717           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2718             analysis results</li>
2719           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2720             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2721           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2722         </ul> <em>Applet</em>
2723         <ul>
2724           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2725             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2726             defined.</li>
2727         </ul>
2728       </td>
2729     </tr>
2730     <tr>
2731       <td>
2732         <div align="center">
2733           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2734         </div>
2735       </td>
2736       <td></td>
2737       <td>
2738         <ul>
2739           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2740             sequence IDs</li>
2741           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2742             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2743           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2744             import correctly</li>
2745           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2746             number of columns are hidden</li>
2747           <li>annotation label popup menu not providing correct
2748             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2749             present</li>
2750           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2751             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2752           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2753             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2754
2755         </ul> <em>Applet</em>
2756         <ul>
2757           <li>annotation panel disappears when annotation is
2758             hidden/removed</li>
2759         </ul> <em>Application</em>
2760         <ul>
2761           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2762             alignment opened where annotation panel is visible but no
2763             annotations are present on alignment</li>
2764           <li>pasted region containing hidden columns is
2765             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2766           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2767             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2768           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2769             selected Rregions menu item.</li>
2770           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2771             'Un' or 'Non'conserved</li>
2772           <li>Sequence feature settings are being shared by
2773             multiple distinct alignments</li>
2774           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2775             changed</li>
2776           <li>double click on group annotation to select sequences
2777             does not propagate to associated trees</li>
2778           <li>Mac OSX specific issues:
2779             <ul>
2780               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2781                 window background</li>
2782               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2783                 name set correctly</li>
2784               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2785                 save feature colourscheme button</li>
2786             </ul>
2787           </li>
2788         </ul>
2789       </td>
2790     </tr>
2791     <tr>
2792
2793       <td>
2794         <div align="center">
2795           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2796         </div>
2797       </td>
2798       <td><em>New Capabilities</em>
2799         <ul>
2800           <li>URL links generated from description line for
2801             regular-expression based URL links (applet and application)
2802
2803           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2804             menu</li>
2805           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2806             structures</li>
2807           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2808             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2809           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2810             average score or total feature count for each sequence.</li>
2811           <li>Shading features by score or associated description</li>
2812           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2813             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2814           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2815             hide everything but the currently selected region.</li>
2816           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2817         </ul> <em>Application</em>
2818         <ul>
2819           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2820             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2821           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2822             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2823           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2824             database references and protein_name is parsed as
2825             description line (BioSapiens terms).</li>
2826           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2827             references in sequence ID tooltip from View menu in
2828             application.</li>
2829           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2830       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2831           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2832             conservation plots</li>
2833           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2834             and visualized as sequence logos</li>
2835           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2836             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2837           </li>
2838           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2839             when a new tree is opened.</li>
2840           <li>Jalview Java Console</li>
2841           <li>Better placement of desktop window when moving
2842             between different screens.</li>
2843           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2844             consensus annotation</li>
2845           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2846             Workflows</li>
2847           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2848             <ul>
2849               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2850                 used to preserve views, structures, and tree display
2851                 settings)</li>
2852               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2853                 command line</li>
2854               <li>Sharing of selected regions between views and
2855                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2856               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2857             </ul></li>
2858         </ul> <em>Applet</em>
2859         <ul>
2860           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2861           <li>New Parameters
2862             <ul>
2863               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2864                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2865                 opened.</li>
2866               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2867                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2868               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2869                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2870               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2871                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2872                 view</li>
2873               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2874                 increase the height or width of a cell in the alignment
2875                 grid relative to the current font size.</li>
2876             </ul>
2877           </li>
2878           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2879             tooltip</li>
2880         </ul> <em>Other</em>
2881         <ul>
2882           <li>Features format: graduated colour definitions and
2883             specification of feature scores</li>
2884           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2885             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2886             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2887           <li>XML formats extended to support graduated feature
2888             colourschemes, group associated annotation, and profile
2889             visualization settings.</li></td>
2890       <td>
2891         <ul>
2892           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2893             rather than description</li>
2894           <li>Non-positional features are now included in sequence
2895             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2896             visibility in tooltip).</li>
2897           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2898           <li>Added URL embedding instructions to features file
2899             documentation.</li>
2900           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2901             'X' in peptide product</li>
2902           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2903             sequence ID and sequence string and query strings do not
2904             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2905           <li>AMSA files only contain first column of
2906             multi-character column annotation labels</li>
2907           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2908             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2909             exported and re-imported)</li>
2910           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2911             name</li>
2912           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2913             as subsequence matches, and correctly reports total number
2914             of both.</li>
2915           <li>Application:
2916             <ul>
2917               <li>Better handling of exceptions during sequence
2918                 retrieval</li>
2919               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2920                 link text excludes the start_end suffix</li>
2921               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2922                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2923               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2924               <li>Sequence description lines properly shared via
2925                 VAMSAS</li>
2926               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2927                 data sources</li>
2928               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2929                 completes before alignment figures are generated.</li>
2930               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2931                 first time.</li>
2932               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2933                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2934               <li>User defined group colours properly recovered
2935                 from Jalview projects.</li>
2936             </ul>
2937           </li>
2938         </ul>
2939       </td>
2940
2941     </tr>
2942     <tr>
2943       <td>
2944         <div align="center">
2945           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2946         </div>
2947       </td>
2948       <td>
2949         <ul>
2950           <li>Experimental support for google analytics usage
2951             tracking.</li>
2952           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2953         </ul>
2954       </td>
2955       <td>
2956         <ul>
2957           <li>Race condition in applet preventing startup in
2958             jre1.6.0u12+.</li>
2959           <li>Exception when feature created from selection beyond
2960             length of sequence.</li>
2961           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2962           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2963             all sequences with a given id</li>
2964           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2965             ID string searches</li>
2966           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2967             alignment to fail with exception</li>
2968         </ul> <em>Application Issues</em>
2969         <ul>
2970           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2971           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2972             data sources</li>
2973         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2974         <ul>
2975           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2976             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2977           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2978             version (java class versioning error fixed)</li>
2979         </ul>
2980       </td>
2981     </tr>
2982     <tr>
2983       <td>
2984
2985         <div align="center">
2986           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2987         </div>
2988       </td>
2989       <td><em>User Interface</em>
2990         <ul>
2991           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2992             translation and protein products</li>
2993           <li>Linked highlighting of structure associated with
2994             residue mapping to codon position</li>
2995           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2996             and 'clear' button</li>
2997           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2998             Tools menu</li>
2999           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3000             numeric data in description line</li>
3001           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3002           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3003             of sequence</li>
3004         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3005         <ul>
3006           <li>JPred3 web service</li>
3007           <li>Prototype sequence search client (no public services
3008             available yet)</li>
3009           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3010             PFAM</li>
3011           <li>URL Links created for matching database cross
3012             references as well as sequence ID</li>
3013           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3014         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3015         <ul>
3016           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3017             databases</li>
3018           <li>Generalised database reference retrieval and
3019             validation to all fetchable databases</li>
3020           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3021             sequence command</li>
3022         </ul> <em>Import and Export</em>
3023         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3024         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3025           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3026         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3027           File</li>
3028         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3029           triplet as name of colourscheme</li>
3030         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3031         <ul>
3032           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3033           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3034             alignments (experimental)</li>
3035           <li>Create new or select existing session to join</li>
3036           <li>load and save of vamsas documents</li>
3037         </ul> <em>Application command line</em>
3038         <ul>
3039           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3040             from applet)</li>
3041           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3042             of DAS servers to query for alignment features</li>
3043           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3044             that are also automatically queried for features</li>
3045           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3046             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3047         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3048         <ul>
3049           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3050             application (when using &quot;View in full
3051             application&quot;)</li>
3052         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3053         <ul>
3054           <li>feature group display control parameter</li>
3055           <li>debug parameter</li>
3056           <li>showbutton parameter</li>
3057         </ul> <em>Applet API methods</em>
3058         <ul>
3059           <li>newView public method</li>
3060           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3061           <li>Feature display control methods</li>
3062           <li>get list of currently selected sequences</li>
3063         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3064         <ul>
3065           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3066           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3067             Jalview release.</li>
3068           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3069             property controls execution of obfuscator</li>
3070           <li>Build target for generating source distribution</li>
3071           <li>Debug flag for javacc</li>
3072           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3073             jalview.bin.Cache</li>
3074           <li>Continuous Build Integration for stable and
3075             development version of Application, Applet and source
3076             distribution</li>
3077         </ul></td>
3078       <td>
3079         <ul>
3080           <li>selected region output includes visible annotations
3081             (for certain formats)</li>
3082           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3083             for editing</li>
3084           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3085           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3086           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3087           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3088             comments</li>
3089           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3090             filenames containing a ':'</li>
3091           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3092             global sequence features</li>
3093           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3094             references from alignment sequences goes to zero</li>
3095           <li>Close of tree branch colour box without colour
3096             selection causes cascading exceptions</li>
3097           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3098           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3099             file parsing fails.</li>
3100           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3101           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3102             not a valid output format</li>
3103           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3104             vamsas</li>
3105           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3106           <li>error messages passed up and output when data read
3107             fails</li>
3108           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3109             sequence is edited</li>
3110           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3111             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3112           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3113             filetype</li>
3114           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3115             import fixed for PFAM records</li>
3116           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3117             window list</li>
3118           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3119             can be read and written correctly to annotation file</li>
3120           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3121             correctly</li>
3122           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3123             non-italic font for representatives in Applet</li>
3124           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3125             Macs.</li>
3126           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3127             Applet)</li>
3128           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3129             due to null pointer exceptions</li>
3130           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3131             first column of alignment</li>
3132           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3133             July 2008</li>
3134           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3135             file is case-insensitive</li>
3136           <li>Sequence features read from Features file appended to
3137             all sequences with matching IDs</li>
3138           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3139             containing a sub-sequence</li>
3140           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3141           <li>feature and annotation file applet parameters
3142             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3143           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3144           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3145             splash-screen version check to complete</li>
3146           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3147             when passing them to the launchApp service</li>
3148           <li>display name and local features preserved in results
3149             retrieved from web service</li>
3150           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3151             sequence fetcher initialisation</li>
3152           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3153             dasobert DAS client</li>
3154           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3155             association</li>
3156           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3157             sequences
3158           </li>
3159         </ul>
3160       </td>
3161     </tr>
3162     <tr>
3163       <td>
3164         <div align="center">
3165           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3166         </div>
3167       </td>
3168       <td>
3169         <ul>
3170           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3171           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3172           <li>Slide sequences</li>
3173           <li>Edit sequence in place</li>
3174           <li>EMBL CDS features</li>
3175           <li>DAS Feature mapping</li>
3176           <li>Feature ordering</li>
3177           <li>Alignment Properties</li>
3178           <li>Annotation Scores</li>
3179           <li>Sort by scores</li>
3180           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3181         </ul>
3182       </td>
3183       <td>
3184         <ul>
3185           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3186           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3187           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3188           <li>Feature group display state in XML</li>
3189           <li>Feature ordering in XML</li>
3190           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3191           <li>Stockholm alignment properties</li>
3192           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3193           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3194           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3195           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3196         </ul>
3197       </td>
3198
3199     </tr>
3200     <tr>
3201       <td>
3202         <div align="center">
3203           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3204         </div>
3205       </td>
3206       <td>
3207         <ul>
3208           <li>Non standard characters can be read and displayed
3209           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3210             applet via textbox
3211           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3212             name &amp; description
3213           <li>Preference setting to display sequence name in
3214             italics
3215           <li>Annotation file format extended to allow
3216             Sequence_groups to be defined
3217           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3218             specified in preferences
3219           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3220             sequences
3221         </ul>
3222       </td>
3223       <td>
3224         <ul>
3225           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3226             installed
3227           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3228           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3229         </ul>
3230       </td>
3231     </tr>
3232     <tr>
3233       <td>
3234         <div align="center">
3235           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3236         </div>
3237       </td>
3238       <td>
3239         <ul>
3240           <li>Multiple views on alignment
3241           <li>Sequence feature editing
3242           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3243           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3244           <li>Background dependent text colour
3245           <li>Right align sequence ids
3246           <li>User-defined lower case residue colours
3247           <li>Format Menu
3248           <li>Select Menu
3249           <li>Menu item accelerator keys
3250           <li>Control-V pastes to current alignment
3251           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3252           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3253           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3254
3255           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3256         </ul>
3257       </td>
3258       <td>
3259         <ul>
3260           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3261           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3262             calculations
3263           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3264             edits
3265           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3266             of alignment)
3267           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3268
3269           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3270             display correctly
3271           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3272           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3273             analysis results
3274           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3275             &#8739;
3276           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3277           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3278           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3279
3280         </ul>
3281       </td>
3282     </tr>
3283     <tr>
3284       <td>
3285         <div align="center">
3286           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3287         </div>
3288       </td>
3289       <td>
3290         <ul>
3291           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3292         </ul>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <ul>
3296           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3297             sequence id panel has been resized</li>
3298           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3299             rendered</li>
3300           <li>Annotation files with sequence references - all
3301             elements in file are relative to sequence position</li>
3302           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3303         </ul>
3304       </td>
3305     </tr>
3306     <tr>
3307       <td>
3308         <div align="center">
3309           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3310         </div>
3311       </td>
3312       <td>
3313         <ul>
3314           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3315           <li>DAS Feature fetching</li>
3316           <li>Hide sequences and columns</li>
3317           <li>Export Annotations and Features</li>
3318           <li>GFF file reading / writing</li>
3319           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3320             files</li>
3321           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3322           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3323           <li>Applet can launch the full application</li>
3324           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3325             required)</li>
3326           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3327           <li>Applet can load sequences from parameter
3328             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3329           </li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332       <td>
3333         <ul>
3334           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3335           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3336           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3337         </ul>
3338       </td>
3339     </tr>
3340     <tr>
3341       <td>
3342         <div align="center">
3343           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3344         </div>
3345       </td>
3346       <td>
3347         <ul>
3348           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3349           <li>Choose to match case when searching</li>
3350           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3351             expand the visible width and height of the alignment</li>
3352         </ul>
3353       </td>
3354       <td>
3355         <ul>
3356           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3357         </ul>
3358       </td>
3359     </tr>
3360     <tr>
3361       <td>
3362         <div align="center">
3363           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3364         </div>
3365       </td>
3366       <td>&nbsp;</td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3370           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3371             value</li>
3372         </ul>
3373       </td>
3374     </tr>
3375     <tr>
3376       <td>
3377         <div align="center">
3378           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3379         </div>
3380       </td>
3381       <td>
3382         <ul>
3383           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3384           <li>Keyboard editing</li>
3385           <li>Create sequence features from searches</li>
3386           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3387             alignments</li>
3388           <li>Features file allows grouping of features</li>
3389           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3390           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3391           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3392         </ul>
3393       </td>
3394       <td>
3395         <ul>
3396           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3397           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3398             descriptions saved.</li>
3399         </ul>
3400       </td>
3401     </tr>
3402     <tr>
3403       <td>
3404         <div align="center">
3405           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3406         </div>
3407       </td>
3408       <td>
3409         <ul>
3410           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3411           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3412           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3413             name for file output</li>
3414           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3415           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3416             used for HTML form input</li>
3417         </ul>
3418       </td>
3419       <td>
3420         <ul>
3421           <li>HTML output writes groups and features</li>
3422           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3423           <li>File IO bugs</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426     </tr>
3427     <tr>
3428       <td>
3429         <div align="center">
3430           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3431         </div>
3432       </td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3436           <li>More options for PCA viewer</li>
3437         </ul>
3438       </td>
3439       <td>
3440         <ul>
3441           <li>GUI bugs resolved</li>
3442           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3443         </ul>
3444       </td>
3445     </tr>
3446     <tr>
3447       <td height="63">
3448         <div align="center">
3449           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3450         </div>
3451       </td>
3452       <td>
3453         <ul>
3454           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3455           <li>Jar files are executable</li>
3456           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3457         </ul>
3458       </td>
3459       <td>
3460         <ul>
3461           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3462           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3463           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3464         </ul>
3465       </td>
3466     </tr>
3467     <tr>
3468       <td>
3469         <div align="center">
3470           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3471         </div>
3472       </td>
3473       <td>
3474         <ul>
3475           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3476         </ul>
3477       </td>
3478       <td>
3479         <ul>
3480           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3481         </ul>
3482       </td>
3483     </tr>
3484     <tr>
3485       <td>
3486         <div align="center">
3487           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3488         </div>
3489       </td>
3490       <td>
3491         <ul>
3492           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3493             size</li>
3494         </ul>
3495       </td>
3496       <td>
3497         <ul>
3498           <li>Improved JPred client reliability</li>
3499           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3500         </ul>
3501       </td>
3502     </tr>
3503     <tr>
3504       <td>
3505         <div align="center">
3506           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3507         </div>
3508       </td>
3509       <td>
3510         <ul>
3511           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3512           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3513           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3514             to Colour Menu</li>
3515           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3516           <li>Unix users can set default web browser</li>
3517           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3518           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3519         </ul>
3520       </td>
3521       <td>
3522         <ul>
3523           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526     </tr>
3527     <tr>
3528       <td>
3529         <div align="center">
3530           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3531         </div>
3532       </td>
3533       <td>&nbsp;</td>
3534       <td>
3535         <ul>
3536           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3537             alignment order.</li>
3538         </ul>
3539       </td>
3540     </tr>
3541     <tr>
3542       <td>
3543         <div align="center">
3544           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3545         </div>
3546       </td>
3547       <td>
3548         <ul>
3549           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3550           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3551           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3552             annotations.</li>
3553           <li>Version and build date written to build properties
3554             file.</li>
3555           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3556             at launch of Jalview.</li>
3557         </ul>
3558       </td>
3559       <td>
3560         <ul>
3561           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3562           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3563           <li>Can remove groups one by one.</li>
3564           <li>Filechooser icons installed.</li>
3565           <li>Finder ignores return character when searching.
3566             Return key will initiate a search.<br>
3567           </li>
3568         </ul>
3569       </td>
3570     </tr>
3571     <tr>
3572       <td>
3573         <div align="center">
3574           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3575         </div>
3576       </td>
3577       <td>
3578         <ul>
3579           <li>New codebase</li>
3580         </ul>
3581       </td>
3582       <td>&nbsp;</td>
3583     </tr>
3584   </table>
3585   <p>&nbsp;</p>
3586 </body>
3587 </html>