help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  94       </td>
  95       <td><div align="left">
  96           <em></em>
  97           <ul>
  98             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
  99             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 100             </li>
 101             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 104           </ul>
 105       </td>
 106     </tr>
 107     <tr>
 108       <td width="60" nowrap>
 109         <div align="center">
 110           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 111             <em>2/10/2017</em></strong>
 112         </div>
 113       </td>
 114       <td><div align="left">
 115           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 116           <ul>
 117             <li>
 118               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 119             </li>
 120             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 121             </li>
 122           </ul>
 123         </div></td>
 124       <td><div align="left">
 125         </div></td>
 126     </tr>
 127     <tr>
 128       <td width="60" nowrap>
 129         <div align="center">
 130           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 131             <em>7/9/2017</em></strong>
 132         </div>
 133       </td>
 134       <td><div align="left">
 135           <em></em>
 136           <ul>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 139               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 140               white)
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 144               Preferences
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 148               in size and progress bar shown as higher resolution
 149               overview is recalculated
 150             </li>
 151
 152           </ul>
 153         </div></td>
 154       <td><div align="left">
 155           <em></em>
 156           <ul>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 159               column region row by row
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 163               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 167               format setting is unticked
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 171               if group has show boxes format setting unticked
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 175               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 176               include sequences and columns not currently displayed
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 180               assemblies are imported via CIF file
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 184               displayed when threshold or conservation colouring is also
 185               enabled.
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 189               server version
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 193               dragging a selected region off the visible region of the
 194               alignment
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 198               colourscheme to all groups in a view
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 202               initially after font size change using the Font chooser or
 203               middle-mouse zoom
 204             </li>
 205           </ul>
 206         </div></td>
 207     </tr>
 208     <tr>
 209       <td width="60" nowrap>
 210         <div align="center">
 211           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 212         </div>
 213       </td>
 214       <td><div align="left">
 215           <em>Calculations</em>
 216           <ul>
 217
 218             <li>
 219               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 220               ungapped positions in each column of the alignment.
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 224               a calculation dialog box
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 228               and memory efficiency (~30x faster)
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 232               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 233               and other calculations
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 237               files within the Jalview codebase
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 241               Similarity may have different topology due to increased
 242               precision
 243             </li>
 244           </ul>
 245           <em>Rendering</em>
 246           <ul>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 249               model for alignments and groups
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 253               scripts
 254             </li>
 255           </ul>
 256           <em>Overview</em>
 257           <ul>
 258             <li>
 259               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 260               with alignment and overview windows
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 264               overview
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 268               omitted in Overview
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 272               adjustment of visible position
 273             </li>
 274           </ul>
 275
 276           <em>Data import/export</em>
 277           <ul>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 280               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 284               annotation input/output via stockholm flatfile
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 288               extension when importing structure files without embedded
 289               names or PDB accessions
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 293               format sequence substitution matrices
 294             </li>
 295           </ul>
 296           <em>User Interface</em>
 297           <ul>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 300               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 301               the application.
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 305               via Overview or sequence motif search operations
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 309               opened by double clicking gaps within sequence feature
 310               extent
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 314               aligned positions were available to create a 3D structure
 315               superposition.
 316             </li>
 317           </ul>
 318           <em>3D Structure</em>
 319           <ul>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 322               coloured in linked structure views
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 326               file-based command exchange
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 330               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 331               structures are already available for sequences
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 335               the Jalview project rather than downloaded again when the
 336               project is reopened.
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 340               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 341               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 342                 Feature</strong>)
 343             </li>
 344           </ul>
 345           <em>Web Services</em>
 346           <ul>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 352               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 353               Analysis services
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 357               cross-references provided by identifiers.org and the
 358               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 359             </li>
 360           </ul>
 361
 362           <em>Scripting</em>
 363           <ul>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 366               identifying file formats (instead of String constants)
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 370               efficiency when counting all displayed features (not
 371               backwards compatible with 2.10.1)
 372             </li>
 373           </ul>
 374           <em>Example files</em>
 375           <ul>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 378               included in the example feature file
 379             </li>
 380           </ul>
 381           <em>Documentation</em>
 382           <ul>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 385               with the built-in Java help viewer
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 389               sequence description' option
 390             </li>
 391           </ul>
 392           <em>Test Suite</em>
 393           <ul>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 396               Uniprot REST Free Text Search Client
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 403               during tests
 404             </li>
 405           </ul>
 406         </div></td>
 407       <td><div align="left">
 408           <em>Calculations</em>
 409           <ul>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 412               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 413               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 414             </li>
 415             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 416               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 417               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 418               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 419               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 420               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 421               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 422               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 423               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 424               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 425               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 426               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 427               // for 2.10.1 mode <br />
 428               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 429               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 430                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 431                 calculations (not recommended)</em></li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 434               scaling of branch lengths for trees computed using
 435               Sequence Feature Similarity.
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 439               generating output report when working with highly
 440               redundant alignments
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 444               right of selected region when gaps present on right-hand
 445               boundary
 446             </li>
 447           </ul>
 448           <em>User Interface</em>
 449           <ul>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 452               doesn't reselect a specific sequence's associated
 453               annotation after it was used for colouring a view
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 457               opened on a region of alignment without groups
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 461               of an alignment with overlapping groups
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 465               name and description match
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 469               hidden regions results in incorrect hidden regions
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 473               changing colour does not apply Conservation slider value
 474               to all groups
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 478               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 482               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 486               gaps before start of features
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 490               restored to UI when feature colour is edited
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 494               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 498               as graduate feature colour settings are modified via the
 499               dialog box
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 503               when a group defined on the alignment is resized
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 507               wrapped view result in positional status updates
 508             </li>
 509
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 512               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 516               alignment included gapped columns
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 520               widgets don't permanently disappear
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 524               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 525               T-Coffee column reliability scores)
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 529               sequence feature on gaps only
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 533               button from a Find inherit previously defined feature type
 534               rather than the Find query string
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 538               exporting tree calculated in Jalview
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 542               and then revealing them reorders sequences on the
 543               alignment
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 547               doesn't update to reflect available set of groups after
 548               interactively adding or modifying features
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 552               Linux
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 556               only excluded gaps in current sequence and ignored
 557               selection.
 558             </li>
 559           </ul>
 560           <em>Rendering</em>
 561           <ul>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 564               erratically when hidden rows or columns are present
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 568               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 569               sequence colouring
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 573               colour and group colour menu for protein alignments
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 577               reflect currently selected view or group's shading
 578               thresholds
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 582               when rendered on overview and structures when opacity at
 583               100%
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 587               overview when features overlaid on alignment
 588             </li>
 589           </ul>
 590           <em>Data import/export</em>
 591           <ul>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 594               load
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 598               added after a sequence was imported are not written to
 599               Stockholm File
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 603               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 607               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 611               with lightGray or darkGray via features file (but can
 612               specify lightgray)
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 616               when alignment view imported from project
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 620               structure and sequences extracted from structure files
 621               imported via URL and viewed in Jmol
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 625               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 626               the project is loaded and the structure viewed
 627             </li>
 628           </ul>
 629           <em>Web Services</em>
 630           <ul>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 633               release of Ensembl v.88
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 637               appear enabled in Preferences->Connections
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 641               removed from console output
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 645               Ensembl by Peptide ID
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 649               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 650               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 651               due to 'null' string rather than empty string used for
 652               residues with no corresponding PDB mapping).
 653             </li>
 654           </ul>
 655           <em>Application UI</em>
 656           <ul>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 659               menu
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 663               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 664               new documentation and tooltips added)
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 668               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 672               new features are added to alignment
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 676               changes to feature colours via the Amend features dialog
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 680               edit graduated feature colour via amend features dialog
 681               box
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 685               selection menu changes colours of alignment views
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 689               from alignment calculation workers after alignment has
 690               been closed
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 694               groups now 'Create Group'
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 698               Create/Undefine group doesn't always work
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 702               shown again after pressing 'Cancel'
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 706               adjusts start position in wrap mode
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 710               ambiguous amino acids
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 714               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 715               proteins
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 719               Defined' don't appear in Colours menu
 720             </li>
 721           </ul>
 722           <em>Applet</em>
 723           <ul>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 726               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 730               overview or linked structure view
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 734               work (since 2.8)
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 738               user-defined colourscheme doesn't restore original
 739               colourscheme
 740             </li>
 741           </ul>
 742           <em>Test Suite</em>
 743           <ul>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 746               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 750               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 751               problems with deep array comparison equality asserts in
 752               successive versions of TestNG
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 756               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 757             </li>
 758           </ul>
 759           <em>New Known Issues</em>
 760           <ul>
 761             <li>
 762               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 763               phase after a sequence motif find operation
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 767               containing just upper and lower case letters are
 768               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 772               reliably from eggnog Ortholog database
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 776               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 777               to mark columns containing highlighted regions.
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 781               doesn't always add secondary structure annotation.
 782             </li>
 783           </ul>
 784         </div>
 785     <tr>
 786       <td width="60" nowrap>
 787         <div align="center">
 788           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 789         </div>
 790       </td>
 791       <td><div align="left">
 792           <em>General</em>
 793           <ul>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 796               for all consensus calculations
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 800               3rd Oct 2016)
 801             </li>
 802             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 803               for 2016-2017</li>
 804           </ul>
 805           <em>Application</em>
 806           <ul>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 809               set of database cross-references, sorted alphabetically
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 813               from database cross references. Users with custom links
 814               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 815                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 819               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 820               Chimera session
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 824               the Chimera it is connected to is shut down
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 828               columns menu item to mark columns containing highlighted
 829               regions (e.g. from structure selections or results of a
 830               Find operation)
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 834               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 835               MSAviewer
 836             </li>
 837           </ul>
 838         </div></td>
 839       <td>
 840         <div align="left">
 841           <em>General</em>
 842           <ul>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 845               are not coloured or thresholded according to percent
 846               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 850               hydrophobic
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 854               threshold, amino acid properties)
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 858               reported as mapped to residues in a structure file in the
 859               View Mapping report
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 863               could be added multiple times to a sequence
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 867               bond features shown as two highlighted residues rather
 868               than a range in linked structure views, and treated
 869               correctly when selecting and computing trees from features
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 873               cross-references are matched to database name regardless
 874               of case
 875             </li>
 876
 877           </ul>
 878           <em>Application</em>
 879           <ul>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 882               names without regular expressions also offer links from
 883               Sequence ID
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 887               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 888               update Jalview configuration
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 892               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 896               files with similarly named sequences if dropped onto the
 897               alignment
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 901               entries where more chains exist in the PDB accession than
 902               are reported in the SIFTS file
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 906               the structure view when displayed with Chimera
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 910               panel's View->Show Chains submenu
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 914               work for wrapped alignment views
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 918               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 922               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 923               first annotation row
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 927               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 931               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 932             </li>
 933             <!-- JAL-2319 -->
 934             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 935             coordindate data
 936             </li>
 937           </ul>
 938           <!--           <em>New Known Issues</em>
 939           <ul>
 940             <li></li>
 941           </ul> -->
 942         </div>
 943       </td>
 944     </tr>
 945     <td width="60" nowrap>
 946       <div align="center">
 947         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 948           <em>25/10/2016</em></strong>
 949       </div>
 950     </td>
 951     <td><em>Application</em>
 952       <ul>
 953         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 954           view if structures already loaded</li>
 955         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 956           structure views</li>
 957       </ul></td>
 958     <td>
 959       <div align="left">
 960         <em>General</em>
 961         <ul>
 962           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 963             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 964           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 965             example sequences/projects/trees</li>
 966         </ul>
 967         <em>Application</em>
 968         <ul>
 969           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 970             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 971           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 972             without timeout for structures with multiple models or
 973             multiple sequences in alignment</li>
 974           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 975             PDB ID HEADER line</li>
 976           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 977             is performed</li>
 978           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 979             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 980           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 981           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 982             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 983             option</li>
 984           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 985             is created on the alignment</li>
 986           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 987             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 988             pop-up menu</li>
 989         </ul>
 990         <em>Build and deployment</em>
 991         <ul>
 992           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 993             tags</li>
 994         </ul>
 995         <em>New Known Issues</em>
 996         <ul>
 997           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 998             on Windows</li>
 999         </ul>
1000       </div>
1001     </td>
1002     </tr>
1003     <tr>
1004       <td width="60" nowrap>
1005         <div align="center">
1006           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1007         </div>
1008       </td>
1009       <td><em>General</em>
1010         <ul>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1013           </li>
1014           <li>
1015             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1016             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1017             better PDB parsing.
1018           </li>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1021             reference sequence
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1025             mousing over sequence associated annotation
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1029             for manual entry
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1033             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1034             for each column
1035           </li>
1036           <li>
1037             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1038             showing or hiding columns containing a feature
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1042             group and sequence associated annotation labels
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1046             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1047             dialogs
1048           </li>
1049
1050         </ul> <em>Application</em>
1051         <ul>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1054             gene/transcript view
1055           </li>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1058             dialog
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1062             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1066             Pfam sources to xfam.org
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1070           </li>
1071           <li>
1072             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1073             over sequences in Jalview
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1077             regions in ENA and EMBL
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1081             for record retrieval via ENA rest API
1082           </li>
1083           <li>
1084             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1085             complement operator
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1089             groovy script execution
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1093             alignment window's Calculate menu
1094           </li>
1095           <li>
1096             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1097             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1101             calculation workers from groovy scripts
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1105             Jalview projects
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1109             associations are now saved/restored from project
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1113             before sequence fetcher is opened
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1117             database chooser opens a sequence fetcher
1118           </li>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1121             the UniProt REST API
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1125             the news reader opening
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1129             querying stored in preferences
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1133             search results
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1140             menu for nucleotide sequences
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1144             and feature counts preserves alignment ordering (and
1145             debugged for complex feature sets).
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1149             viewing structures with Jalview 2.10
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1153             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1154             Ensembl Genomes REST API
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1158             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1159             (Ensembl)
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1163             sequences
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1167             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1168             data from external database records.
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1172             efficient recovery of sequence coding and alignment
1173             annotation relationships.
1174           </li>
1175         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1176         <ul>
1177           <li>
1178             -- JAL---
1179           </li>
1180         </ul> --></td>
1181       <td>
1182         <div align="left">
1183           <em>General</em>
1184           <ul>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1187               menu on OSX
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1191               includes graduated colourschemes
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1195               working with big alignments and lots of hidden columns
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1199               at right of alignment window
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1203               contents
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1207               for DNA alignments
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1211               based tree calculation
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1215               unconserved enabled for group on alignment
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1219               set as reference
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1223               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1224               annotation
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1228               hidden columns present
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1232               user created annotation added to alignment
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1236               '()' base pair annotation
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1240               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1241               Consensus
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1245               feature not working
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1249               beginning of sequence
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1253               entry 3a6s
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1257               from a tree when t-coffee scores are shown
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1261               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1265               some structures
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1269               to Clustal, PIR and PileUp output
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1273               not visible causes alignment window to repaint
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1277               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1278               scores associated with features and annotation rows
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1282               calculation should be case independent
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1286               columns
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1290               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1291               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1295               problems when reference sequence defined and 'show
1296               non-conserved' enabled
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1300               load even when Consensus calculation is disabled
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1304               alignment does nothing
1305             </li>
1306           </ul>
1307           <em>Application</em>
1308           <ul>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1311               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1312               yet fixed for El Capitan)
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1316               output when running on non-gb/us i18n platforms
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1320               hidden sequences as flat-file alignment
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1324               launching Chimera
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1328               (also hotfix for 2.9.0b2)
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1332               reference sequence defined
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1336               alignments and views when revealing hidden columns
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1340               view in a cDNA/Protein splitframe
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1344               sequence from project when only one sequence is
1345               represented
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1349               in Structure Chooser
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1353               structure consensus didn't refresh annotation panel
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1357               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1361               dialogs format columns correctly, don't display array
1362               data, sort columns according to type
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1366               file chooser is cancelled during an image export
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1370               sequence name containing special characters
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1374               case insensitive
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1378               formatting don't wrap
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1382               truncated so L looks like I in consensus annotation
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1386               currently displayed features for the current selection or
1387               view
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1391               after fetching cross-references, and restoring from
1392               project
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1396               followed in the structure viewer
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1400               splitframe not restored from project
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1404               trailing end of protein alignment in transcript/product
1405               splitview when pad-gaps not enabled by default
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1409               is case dependent
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1413               article has been read (reopened issue due to
1414               internationalisation problems)
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1418               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1419               cross-references
1420             </li>
1421
1422             <li>
1423               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1424               alignment as HTML
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1428               multiple structures are shown for one or more sequences.
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1432               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1433               is enabled.
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1437               specific PDB id for sequence
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1441               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1442               columns' is disabled.
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1446               selects lowest rather than highest resolution structures
1447               for each sequence
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1451               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1455               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1459               after clicking on it to create new annotation for a
1460               column.
1461             </li>
1462             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1463             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1464           </ul>
1465           <em>Applet</em>
1466           <ul>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1469               hidden columns present before start of sequence
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1473               (JSON jars)
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1477               sequences are hidden in applet
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1481               deployment on examples pages.
1482             </li>
1483           </ul>
1484         </div>
1485       </td>
1486     </tr>
1487     <tr>
1488       <td width="60" nowrap>
1489         <div align="center">
1490           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1491             <em>16/10/2015</em></strong>
1492         </div>
1493       </td>
1494       <td><em>General</em>
1495         <ul>
1496           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1497             jars</li>
1498         </ul></td>
1499       <td>
1500         <div align="left">
1501           <em>Application</em>
1502           <ul>
1503             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1504               shown when tree is partitioned</li>
1505             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1506               multiple cDNA/Protein split views</li>
1507           </ul>
1508         </div>
1509       </td>
1510     </tr>
1511     <tr>
1512       <td width="60" nowrap>
1513         <div align="center">
1514           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1515             <em>8/10/2015</em></strong>
1516         </div>
1517       </td>
1518       <td><em>General</em>
1519         <ul>
1520           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1521             2.9</li>
1522         </ul> <em>Application</em>
1523         <ul>
1524           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1525           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1526           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1527         </ul> <em>Applet</em>
1528         <ul>
1529           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1530         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1531         <ul>
1532           <li>
1533             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1534             suite
1535           </li>
1536         </ul></td>
1537       <td>
1538         <div align="left">
1539           <em>General</em>
1540           <ul>
1541             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1542               incorrect when sequence start > 1</li>
1543             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1544               documentation</li>
1545             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1546             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1547               loading a features file containing HTML tags in feature
1548               description</li>
1549
1550           </ul>
1551           <em>Application</em>
1552           <ul>
1553             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1554               reimport</li>
1555             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1556               with 'trim retrieved sequences'</li>
1557             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1558               deleting selected columns</li>
1559             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1560               JNLP templates for webstart launch</li>
1561             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1562               unreleased structures for download or viewing</li>
1563             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1564               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1565             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1566               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1567             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1568               recovered from jalview project</li>
1569             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1570               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1571               alignment view</li>
1572             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1573               color schemes from BioJSON</li>
1574           </ul>
1575           <em>Applet</em>
1576           <ul>
1577             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1578               frame</li>
1579             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1580           </ul>
1581         </div>
1582       </td>
1583     </tr>
1584     <tr>
1585       <td><div align="center">
1586           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1587         </div></td>
1588       <td><em>General</em>
1589         <ul>
1590           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1591             alignments:
1592             <ul>
1593               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1594                 and DNA alignment views</li>
1595               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1596                 cDNA alignment views</li>
1597               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1598                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1599               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1600                 protein sequences</li>
1601             </ul>
1602           </li>
1603           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1604           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1605             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1606           <li>New alignment annotation file statements for
1607             reference sequences and marking hidden columns</li>
1608           <li>Reference sequence based alignment shading to
1609             highlight variation</li>
1610           <li>Select or hide columns according to alignment
1611             annotation</li>
1612           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1613           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1614             acid conservation row</li>
1615           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1616         </ul> <em>Application</em>
1617         <ul>
1618           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1619             <ul>
1620               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1621                 view with cDNA/Protein</li>
1622               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1623                 sequences are placed in the same alignment</li>
1624               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1625                 projects</li>
1626             </ul>
1627           </li>
1628
1629           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1630           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1631             Jalview windows</li>
1632
1633           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1634           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1635           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1636             be shown in VARNA</li>
1637
1638           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1639             as the active selected region</li>
1640
1641           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1642             similarity</li>
1643           <li>New Export options
1644             <ul>
1645               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1646                 region export in flat file generation</li>
1647
1648               <li>Export alignment views for display with the <a
1649                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1650
1651               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1652               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1653                 alignment figures to HTML</li>
1654           </li>
1655           <li>3D structure retrieval and display
1656             <ul>
1657               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1658                 Search API</li>
1659               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1660                 PDB structures for a sequence set</li>
1661             </ul>
1662           </li>
1663
1664           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1665             predictions</li>
1666           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1667             for one or a group of sequences</li>
1668           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1669             from the JPred4 web server</li>
1670           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1671             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1672             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1673           </li>
1674           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1675             VARNA 2D Structure'</li>
1676           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1677             Structure ..."</li>
1678
1679         </ul> <em>Applet</em>
1680         <ul>
1681           <li>New layout for applet example pages</li>
1682           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1683             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1684           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1685             Protein alignments</li>
1686         </ul> <em>Development and deployment</em>
1687         <ul>
1688           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1689           <li>Include installation type and git revision in build
1690             properties and console log output</li>
1691           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1692             storing BioJsMSA Templates</li>
1693           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1694         </ul></td>
1695       <td>
1696         <!-- <em>General</em>
1697         <ul>
1698         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1699         <ul>
1700           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1701           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1702           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1703             predictions are not highlighted in amber</li>
1704           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1705             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1706           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1707             associated structure views</li>
1708           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1709             width checkbox not enabled</li>
1710           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1711             creating user defined colours</li>
1712           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1713             mappings for just that viewer's sequences</li>
1714           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1715             multiple models in Chimera</li>
1716           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1717             over Jmol structure</li>
1718           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1719             output to text box</li>
1720           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1721             have incorrect sequence start/end</li>
1722           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1723             Jalview fails</li>
1724           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1725             work for nucleotide</li>
1726           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1727             to a grey/invisible alignment window</li>
1728           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1729             imports to different position</li>
1730           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1731             on some platforms</li>
1732           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1733             populated</li>
1734           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1735             console if Chimera has been opened</li>
1736           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1737           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1738             retrieved</li>
1739           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1740           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1741             either sequence shows on first structure</li>
1742           <li>'Show annotations' options should not make
1743             non-positional annotations visible</li>
1744           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1745             in right place after 'view flanking regions'</li>
1746           <li>File Save As type unset when current file format is
1747             unknown</li>
1748           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1749             projects</li>
1750           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1751             responsive</li>
1752           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1753             several views on same alignment</li>
1754           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1755           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1756             spaces</li>
1757         </ul> <em>Applet</em>
1758         <ul>
1759           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1760           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1761             descriptions containing angle brackets</li>
1762         </ul> <em>General</em>
1763         <ul>
1764           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1765             via jalview annotation file</li>
1766           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1767             with RNA secondary structure</li>
1768           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1769             translation doesn't work.</li>
1770           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1771           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1772             positions</li>
1773           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1774             choosing 1pt font</li>
1775           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1776             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1777             'h'</li>
1778           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1779             new feature</li>
1780           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1781             order dependent</li>
1782           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1783             sequences</li>
1784           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1785         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1786         <ul>
1787           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1788             www.jalview.org</li>
1789         </ul> <em>Application Known issues</em>
1790         <ul>
1791           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1792           <li>Misleading message appears after trying to delete
1793             solid column.</li>
1794           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1795             version launches</li>
1796           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1797             fails with a sequence mismatch</li>
1798           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1799             scrolling alignment to right</li>
1800           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1801             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1802           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1803             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1804           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1805             ultra-high resolution</li>
1806           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1807             quality and conservation</li>
1808           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1809             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1810         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1811         <ul>
1812           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1813           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1814             window is being resized</li>
1815
1816         </ul>
1817       </td>
1818     </tr>
1819     <tr>
1820       <td><div align="center">
1821           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1822         </div></td>
1823       <td><em>General</em>
1824         <ul>
1825           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1826             Certum.PL.</li>
1827           <li>Features and annotation preserved when performing
1828             pairwise alignment</li>
1829           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1830             imported/exported/displayed</li>
1831           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1832             protein secondary structure</li>
1833           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1834               post-hoc with 2.9 release</em>)
1835           </li>
1836
1837         </ul> <em>Application</em>
1838         <ul>
1839           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1840             with 3D structures</li>
1841           <li>Support for parsing RNAML</li>
1842           <li>Annotations menu for layout
1843             <ul>
1844               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1845               <li>place sequence annotation above/below alignment
1846                 annotation</li>
1847             </ul>
1848           <li>Output in Stockholm format</li>
1849           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1850             translation</li>
1851           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1852           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1853             shared between alignments</li>
1854           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1855             Jalview</li>
1856           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1857             all or current selection</li>
1858           <li>disorder and secondary structure predictions
1859             available as dataset annotation</li>
1860           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1861
1862
1863           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1864             alignments from Rfam</li>
1865           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1866
1867           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1868             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1869           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1870           <li>include installation type in build properties and
1871             console log output</li>
1872           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1873             annotation</li>
1874         </ul></td>
1875       <td>
1876         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1877         <ul>
1878           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1879             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1880           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1881             alignment</li>
1882           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1883           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1884           <li>Double click on sequence associated annotation
1885             selects only first column</li>
1886           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1887             leaves shown in tree</li>
1888           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1889             properly</li>
1890           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1891           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1892             screen and buttons not visible</li>
1893           <li>author list isn't updated if already written to
1894             Jalview properties</li>
1895           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1896             from database</li>
1897           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1898           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1899             browser search window</li>
1900           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1901             in feature settings dialog</li>
1902           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1903             desktop</li>
1904           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1905             pass validation</li>
1906           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1907             fit on screen</li>
1908           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1909             tooltip</li>
1910           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1911             defined user preset</li>
1912           <li>MSA web services warns user if they were launched
1913             with invalid input</li>
1914           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1915             Java 8</li>
1916           <li>
1917             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1918             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1919             created
1920           </li>
1921
1922         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1923         <ul>
1924         </ul> <em>General</em>
1925         <ul>
1926         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1927         <ul>
1928           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1929             memory allocation</li>
1930           <li>launchApp service doesn't automatically open
1931             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1932           <li>
1933             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1934             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1935             1.7_055 is available
1936           </li>
1937         </ul> <em>Application Known issues</em>
1938         <ul>
1939           <li>
1940             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1941             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1942             alignment to right
1943           </li>
1944           <li>
1945             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1946             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1947             with large number of ID
1948           </li>
1949           <li>
1950             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1951             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1952             start/end
1953           </li>
1954           <li>
1955             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1956             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1957             structure tracks are rearranged
1958           </li>
1959           <li>
1960             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1961             invalid rna structure positional highlighting does not
1962             highlight position of invalid base pairs
1963           </li>
1964           <li>
1965             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1966             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1967             project from alignment window file menu
1968           </li>
1969           <li>
1970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1971             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1972             structures
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1976             colour by RNA Helices not enabled when user created
1977             annotation added to alignment
1978           </li>
1979           <li>
1980             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1981             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1982           </li>
1983         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1984         <ul>
1985           <li>
1986             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1987             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1988           </li>
1989           <li>
1990             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1991             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1992           </li>
1993
1994           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1995             when selected</li>
1996         </ul>
1997       </td>
1998     </tr>
1999     <tr>
2000       <td><div align="center">
2001           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2002         </div></td>
2003       <td>
2004         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2005         <em>General</em>
2006         <ul>
2007           <li>Internationalisation of user interface (usually
2008             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2009           <li>Define/Undefine group on current selection with
2010             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2011           <li>Improved group creation/removal options in
2012             alignment/sequence Popup menu</li>
2013           <li>Sensible precision for symbol distribution
2014             percentages shown in logo tooltip.</li>
2015           <li>Annotation panel height set according to amount of
2016             annotation when alignment first opened</li>
2017         </ul> <em>Application</em>
2018         <ul>
2019           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2020             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2021           <li>Select columns containing particular features from
2022             Feature Settings dialog</li>
2023           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2024             sequences</li>
2025           <li>Update Jalview project format:
2026             <ul>
2027               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2028               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2029                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2030               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2031                 colouring</li>
2032             </ul>
2033           </li>
2034           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2035             (PAM250)</li>
2036           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2037             flanking regions for an alignment</li>
2038         </ul>
2039       </td>
2040       <td>
2041         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2042         <ul>
2043           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2044             running after job is cancelled</li>
2045           <li>cannot export features from alignments imported from
2046             Jalview/VAMSAS projects</li>
2047           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2048             float values</li>
2049           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2050             have 'display all symbols' flag set</li>
2051           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2052             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2053           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2054             Jalview</li>
2055           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2056             Lion/Webstart</li>
2057           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2058           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2059           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2060             alignment onto desktop</li>
2061           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2062             'extract scores' function</li>
2063           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2064             alignment window</li>
2065           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2066             performing IUPred disorder prediction</li>
2067           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2068             changing 'normalise logo' display setting</li>
2069           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2070             nothing matches query</li>
2071           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2072             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2073           </li>
2074           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2075             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2076           </li>
2077           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2078             Jalview's menu</li>
2079           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2080             'invalid literal/length code'</li>
2081           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2082             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2083           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2084             colourscheme</li>
2085
2086         </ul> <em>Applet</em>
2087         <ul>
2088           <li>Remove group option is shown even when selection is
2089             not a group</li>
2090           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2091             don't affect groups</li>
2092           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2093             colourscheme name</li>
2094           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2095             Annotation panel is not displayed</li>
2096           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2097             embedded windows</li>
2098         </ul> <em>Other</em>
2099         <ul>
2100           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2101             single sequence were not calculated</li>
2102           <li>annotation files that contain only groups imported as
2103             annotation and junk sequences</li>
2104           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2105             recognised as PFAM or BLC</li>
2106           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2107             doesn't affect background (2.8.0b1)
2108           <li></li>
2109           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2110           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2111             trailing gaps</li>
2112           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2113             registered correctly on import</li>
2114           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2115             certain alignments</li>
2116           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2117             existing annotation based 'use original colours'
2118             colourscheme loses original colours setting</li>
2119         </ul>
2120       </td>
2121     </tr>
2122     <tr>
2123       <td><div align="center">
2124           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2125             <em>30/1/2014</em></strong>
2126         </div></td>
2127       <td>
2128         <ul>
2129           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2130             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2131             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2132             open source project).
2133           </li>
2134           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2135           <li>Output in Stockholm format</li>
2136           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2137           <li>Export/import group and sequence associated line
2138             graph thresholds</li>
2139           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2140             ambiguity codes</li>
2141           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2142             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2143             works</li>
2144           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2145         </ul> <em>Other improvements</em>
2146         <ul>
2147           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2148           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2149             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2150           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2151             files</li>
2152           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2153           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2154             link but no description</li>
2155           <li>Select primary source when selecting authority in
2156             database fetcher GUI</li>
2157           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2158             Jalview</li>
2159           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2160         </ul>
2161       </td>
2162       <td>
2163         <ul>
2164           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2165             displayed</li>
2166           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2167             secondary structure annotation line</li>
2168           <li>Sequence database accessions not imported when
2169             fetching alignments from Rfam</li>
2170           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2171             identical IDs</li>
2172           <li>View all structures does not always superpose
2173             structures</li>
2174           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2175             reflect user or preset settings</li>
2176           <li>Null pointer exceptions for some services without
2177             presets or adjustable parameters</li>
2178           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2179             discover PDB xRefs</li>
2180           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2181             features with DAS</li>
2182           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2183             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2184           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2185             residue follows a gap</li>
2186           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2187             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2188           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2189             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2190           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2191             annotation already exists on alignment</li>
2192           <li>oninit javascript function should be called after
2193             initialisation completes</li>
2194           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2195             alignment window display</li>
2196           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2197           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2198             to annotation file</li>
2199           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2200             groups created</li>
2201           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2202             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2203           <li>Pressing return several times causes Number Format
2204             exceptions in keyboard mode</li>
2205           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2206             correct partitions for input data</li>
2207           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2208           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2209           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2210           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2211             mode</li>
2212           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2213             changes one row&#39;s threshold</li>
2214           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2215             doesn&#39;t open</li>
2216           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2217             quality histograms</li>
2218         </ul>
2219       </td>
2220     </tr>
2221     <tr>
2222       <td><div align="center">
2223           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2224         </div></td>
2225       <td><em>Application</em>
2226         <ul>
2227           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2228             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2229           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2230             preferences</li>
2231           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2232             in Jalview alignment window</li>
2233           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2234             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2235           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2236             RNA and ambiguity codes</li>
2237
2238           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2239           <li>Support fetching and database reference look up
2240             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2241             refs')</li>
2242           <li>Jalview project improvements
2243             <ul>
2244               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2245                 flag for annotation</li>
2246               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2247                 alignment</li>
2248               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2249                 Jalview project</li>
2250
2251             </ul>
2252           </li>
2253           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2254           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2255             running</li>
2256           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2257           <li>visual indication that web service results are still
2258             being retrieved from server</li>
2259           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2260             starts up for first time</li>
2261           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2262             services</li>
2263           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2264             client library</li>
2265           <li>Examples directory and Groovy library included in
2266             InstallAnywhere distribution</li>
2267         </ul> <em>Applet</em>
2268         <ul>
2269           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2270             visualization applet example</li>
2271         </ul> <em>General</em>
2272         <ul>
2273           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2274           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2275             defaults</li>
2276           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2277             calculation</li>
2278           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2279             matrices
2280           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2281             in HTML</li>
2282           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2283             structure contacts</li>
2284           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2285           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2286           <li>Parse sequence associated secondary structure
2287             information in Stockholm files</li>
2288           <li>HTML Export database accessions and annotation
2289             information presented in tooltip for sequences</li>
2290           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2291             style RNA alignment files</li>
2292           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2293             alignment</li>
2294           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2295             shade each sequence according to its associated alignment
2296             annotation</li>
2297           <li>New Jalview Logo</li>
2298         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2299         <ul>
2300           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2301           <li>New Website!</li>
2302         </ul></td>
2303       <td><em>Application</em>
2304         <ul>
2305           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2306             wsdbfetch REST service</li>
2307           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2308           <li>Filetype associations not installed for webstart
2309             launch</li>
2310           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2311             job execution in full once it is complete</li>
2312           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2313             uploaded via ali_file parameter</li>
2314           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2315           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2316           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2317             submitted for prediction</li>
2318           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2319             desktop window</li>
2320           <li>Putting fractional value into integer text box in
2321             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2322           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2323             windows 7</li>
2324           <li>View all structures fails with exception shown in
2325             structure view</li>
2326           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2327             escaped in a platform independent way</li>
2328           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2329             using proxy</li>
2330           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2331             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2332           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2333             failure when java web start temporary file caching is
2334             disabled</li>
2335           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2336             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2337           <li>Errors during processing of command line arguments
2338             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2339           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2340             DAS sources in sequence fetcher</li>
2341           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2342             dialog is shown</li>
2343           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2344           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2345           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2346           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2347             on OSX Mountain Lion</li>
2348           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2349             sequences with alignment annotation are pasted into the
2350             alignment</li>
2351           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2352             when loaded from Jalview project</li>
2353           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2354           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2355             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2356           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2357             associated with all views</li>
2358           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2359             annotation rows to new window</li>
2360         </ul> <em>Applet</em>
2361         <ul>
2362           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2363             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2364           <li>loading features via javascript API automatically
2365             enables feature display</li>
2366           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2367             work</li>
2368         </ul> <em>General</em>
2369         <ul>
2370           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2371           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2372             and then deselected</li>
2373           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2374           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2375             coloured with clustalx</li>
2376           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2377             exceptions and redraw errors</li>
2378           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2379             reconfigured view</li>
2380           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2381             colour</li>
2382           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2383             for lots of labels</li>
2384         </ul>
2385     </tr>
2386     <tr>
2387       <td>
2388         <div align="center">
2389           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2390         </div>
2391       </td>
2392       <td><em>Application</em>
2393         <ul>
2394           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2395           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2396           <li>View/alignment association menu to enable user to
2397             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2398             its colours/correspondences from</li>
2399           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2400           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2401             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2402           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2403           <li>Annotation row column label formatting attributes
2404             stored in project file</li>
2405           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2406             rows preserved in Jalview project file</li>
2407           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2408             saved using Desktop window menu</li>
2409           <li>Visual indication that command line arguments are
2410             still being processed</li>
2411           <li>Groovy script execution from URL</li>
2412           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2413             preferences</li>
2414           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2415             alignment with sequences that have high similarity and
2416             matching IDs</li>
2417           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2418           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2419             structures in same window</li>
2420           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2421           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2422             analysis function in its own submenu</li>
2423         </ul> <em>Applet</em>
2424         <ul>
2425           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2426             groups</li>
2427           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2428           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2429           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2430           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2431           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2432             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2433           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2434           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2435             parameters are treated as such</li>
2436           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2437             <ul>
2438               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2439               <li>Javascript callbacks for
2440                 <ul>
2441                   <li>Applet initialisation</li>
2442                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2443                 </ul>
2444               </li>
2445               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2446                 functions</li>
2447               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2448               <li>javascript structure viewer harness to pass
2449                 messages between Jmol and Jalview when running as
2450                 distinct applets</li>
2451               <li>sortBy method</li>
2452               <li>Set of applet and application examples shipped
2453                 with documentation</li>
2454               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2455                 javascript message exchange</li>
2456             </ul>
2457         </ul> <em>General</em>
2458         <ul>
2459           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2460             multiple alignments</li>
2461           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2462           <li>User configurable link to enable redirects to a
2463             www.Jalview.org mirror</li>
2464           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2465           <li>Configurable newline string when writing alignment
2466             and other flat files</li>
2467           <li>Allow alignment annotation description lines to
2468             contain html tags</li>
2469         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2470         <ul>
2471           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2472             examples</li>
2473           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2474             using a web service before displaying the result in the
2475             Jalview desktop</li>
2476           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2477           <li>Ant target to publish example html files with applet
2478             archive</li>
2479           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2480           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2481         </ul></td>
2482       <td><em>Application</em>
2483         <ul>
2484           <li>User defined colourscheme throws exception when
2485             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2486           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2487             dialog for valid filename/format</li>
2488           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2489           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2490             P37173</li>
2491           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2492             which sequence is to be associated with the file</li>
2493           <li>Find All raises null pointer exception when query
2494             only matches sequence IDs</li>
2495           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2496           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2497             2.4 cannot be loaded</li>
2498           <li>Filetype associations not installed for webstart
2499             launch</li>
2500           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2501             with sequences in different alignments do not get coloured
2502             by their associated sequence</li>
2503           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2504             not preserved when project is loaded</li>
2505           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2506             stored in Jalview project</li>
2507           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2508             Jalview project</li>
2509           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2510           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2511             by conservation</li>
2512           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2513             created on new view</li>
2514           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2515             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2516           <li>Alignment quality not updated after alignment
2517             annotation row is hidden then shown</li>
2518           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2519             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2520           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2521             properly</li>
2522           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2523             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2524           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2525           <li>Structures imported from file and saved in project
2526             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2527           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2528             job execution in full once it is complete</li>
2529         </ul> <em>Applet</em>
2530         <ul>
2531           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2532             annotation rows are displayed</li>
2533           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2534             codebase</li>
2535           <li>View follows highlighting does not work for positions
2536             in sequences</li>
2537           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2538           <li>Export features raises exception when no features
2539             exist</li>
2540           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2541             for javascript api is modified when separator string
2542             provided as parameter</li>
2543           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2544             alignment with no existing selection</li>
2545           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2546             to applet&#39;s codebase</li>
2547           <li>Status bar not updated after finished searching and
2548             search wraps around to first result</li>
2549           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2550             several Jalview applets causes race conditions and memory
2551             leaks</li>
2552           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2553             not sent from Jmol in applet</li>
2554           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2555             applet API fatally hang browser</li>
2556         </ul> <em>General</em>
2557         <ul>
2558           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2559             position with wrapped view and hidden regions</li>
2560           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2561             with/without hidden columns</li>
2562           <li>Sequence length given in alignment properties window
2563             is off by 1</li>
2564           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2565             import PDB like structure files</li>
2566           <li>Positional search results are only highlighted
2567             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2568           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2569           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2570             given sequence position</li>
2571           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2572             output</li>
2573           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2574             from nucleotide chains correctly</li>
2575           <li>Structure colours not updated when tree partition
2576             changed in alignment</li>
2577           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2578             parsed in interleaved stockholm</li>
2579           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2580             state</li>
2581           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2582             properly</li>
2583           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2584             properly associated with their pdb files</li>
2585         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2586         <ul>
2587           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2588             ApplyCopyright tool</li>
2589         </ul></td>
2590     </tr>
2591     <tr>
2592       <td>
2593         <div align="center">
2594           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2595         </div>
2596       </td>
2597       <td><em>Application</em>
2598         <ul>
2599           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2600             contact web services</li>
2601           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2602             service job window</li>
2603           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2604         </ul></td>
2605       <td>
2606         <ul>
2607           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2608             pir file emitted by Jalview</li>
2609           <li>Existing feature settings transferred to new
2610             alignment view created from cut'n'paste</li>
2611           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2612             parsing PDB files</li>
2613           <li>Consensus and conservation annotation rows
2614             occasionally become blank for all new windows</li>
2615           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2616             in wrapped view mode</li>
2617         </ul> <em>Application</em>
2618         <ul>
2619           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2620             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2621           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2622             parameter names</li>
2623           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2624             is down</li>
2625         </ul>
2626       </td>
2627     </tr>
2628     <tr>
2629       <td>
2630         <div align="center">
2631           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2632         </div>
2633       </td>
2634       <td><em>Application</em>
2635         <ul>
2636           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2637             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2638             (JABAWS)
2639           </li>
2640           <li>Web Services preference tab</li>
2641           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2642             preferences</li>
2643           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2644           <li>Superpose structures using associated sequence
2645             alignment</li>
2646           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2647             viewer</li>
2648         </ul> <em>Applet</em>
2649         <ul>
2650           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2651             link out mechanism</li>
2652         </ul> <em>Other</em>
2653         <ul>
2654           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2655             series 12</li>
2656           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2657             require Java 1.5</li>
2658           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2659             sequence annotation files</li>
2660           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2661             type colour specification</li>
2662           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2663             script to check if it being run in an interactive session or
2664             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2665         </ul></td>
2666       <td>
2667         <ul>
2668           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2669             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2670         </ul> <em>Application</em>
2671         <ul>
2672           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2673             selected Regions menu item</li>
2674           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2675             part of a valid accession ID</li>
2676           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2677             runs out of memory</li>
2678           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2679             analysis results</li>
2680           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2681             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2682           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2683         </ul> <em>Applet</em>
2684         <ul>
2685           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2686             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2687             defined.</li>
2688         </ul>
2689       </td>
2690     </tr>
2691     <tr>
2692       <td>
2693         <div align="center">
2694           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2695         </div>
2696       </td>
2697       <td></td>
2698       <td>
2699         <ul>
2700           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2701             sequence IDs</li>
2702           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2703             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2704           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2705             import correctly</li>
2706           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2707             number of columns are hidden</li>
2708           <li>annotation label popup menu not providing correct
2709             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2710             present</li>
2711           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2712             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2713           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2714             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2715
2716         </ul> <em>Applet</em>
2717         <ul>
2718           <li>annotation panel disappears when annotation is
2719             hidden/removed</li>
2720         </ul> <em>Application</em>
2721         <ul>
2722           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2723             alignment opened where annotation panel is visible but no
2724             annotations are present on alignment</li>
2725           <li>pasted region containing hidden columns is
2726             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2727           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2728             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2729           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2730             selected Rregions menu item.</li>
2731           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2732             'Un' or 'Non'conserved</li>
2733           <li>Sequence feature settings are being shared by
2734             multiple distinct alignments</li>
2735           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2736             changed</li>
2737           <li>double click on group annotation to select sequences
2738             does not propagate to associated trees</li>
2739           <li>Mac OSX specific issues:
2740             <ul>
2741               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2742                 window background</li>
2743               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2744                 name set correctly</li>
2745               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2746                 save feature colourscheme button</li>
2747             </ul>
2748           </li>
2749         </ul>
2750       </td>
2751     </tr>
2752     <tr>
2753
2754       <td>
2755         <div align="center">
2756           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2757         </div>
2758       </td>
2759       <td><em>New Capabilities</em>
2760         <ul>
2761           <li>URL links generated from description line for
2762             regular-expression based URL links (applet and application)
2763
2764           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2765             menu</li>
2766           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2767             structures</li>
2768           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2769             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2770           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2771             average score or total feature count for each sequence.</li>
2772           <li>Shading features by score or associated description</li>
2773           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2774             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2775           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2776             hide everything but the currently selected region.</li>
2777           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2778         </ul> <em>Application</em>
2779         <ul>
2780           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2781             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2782           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2783             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2784           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2785             database references and protein_name is parsed as
2786             description line (BioSapiens terms).</li>
2787           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2788             references in sequence ID tooltip from View menu in
2789             application.</li>
2790           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2791       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2792           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2793             conservation plots</li>
2794           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2795             and visualized as sequence logos</li>
2796           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2797             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2798           </li>
2799           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2800             when a new tree is opened.</li>
2801           <li>Jalview Java Console</li>
2802           <li>Better placement of desktop window when moving
2803             between different screens.</li>
2804           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2805             consensus annotation</li>
2806           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2807             Workflows</li>
2808           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2809             <ul>
2810               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2811                 used to preserve views, structures, and tree display
2812                 settings)</li>
2813               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2814                 command line</li>
2815               <li>Sharing of selected regions between views and
2816                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2817               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2818             </ul></li>
2819         </ul> <em>Applet</em>
2820         <ul>
2821           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2822           <li>New Parameters
2823             <ul>
2824               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2825                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2826                 opened.</li>
2827               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2828                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2829               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2830                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2831               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2832                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2833                 view</li>
2834               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2835                 increase the height or width of a cell in the alignment
2836                 grid relative to the current font size.</li>
2837             </ul>
2838           </li>
2839           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2840             tooltip</li>
2841         </ul> <em>Other</em>
2842         <ul>
2843           <li>Features format: graduated colour definitions and
2844             specification of feature scores</li>
2845           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2846             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2847             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2848           <li>XML formats extended to support graduated feature
2849             colourschemes, group associated annotation, and profile
2850             visualization settings.</li></td>
2851       <td>
2852         <ul>
2853           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2854             rather than description</li>
2855           <li>Non-positional features are now included in sequence
2856             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2857             visibility in tooltip).</li>
2858           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2859           <li>Added URL embedding instructions to features file
2860             documentation.</li>
2861           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2862             'X' in peptide product</li>
2863           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2864             sequence ID and sequence string and query strings do not
2865             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2866           <li>AMSA files only contain first column of
2867             multi-character column annotation labels</li>
2868           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2869             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2870             exported and re-imported)</li>
2871           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2872             name</li>
2873           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2874             as subsequence matches, and correctly reports total number
2875             of both.</li>
2876           <li>Application:
2877             <ul>
2878               <li>Better handling of exceptions during sequence
2879                 retrieval</li>
2880               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2881                 link text excludes the start_end suffix</li>
2882               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2883                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2884               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2885               <li>Sequence description lines properly shared via
2886                 VAMSAS</li>
2887               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2888                 data sources</li>
2889               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2890                 completes before alignment figures are generated.</li>
2891               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2892                 first time.</li>
2893               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2894                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2895               <li>User defined group colours properly recovered
2896                 from Jalview projects.</li>
2897             </ul>
2898           </li>
2899         </ul>
2900       </td>
2901
2902     </tr>
2903     <tr>
2904       <td>
2905         <div align="center">
2906           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2907         </div>
2908       </td>
2909       <td>
2910         <ul>
2911           <li>Experimental support for google analytics usage
2912             tracking.</li>
2913           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2914         </ul>
2915       </td>
2916       <td>
2917         <ul>
2918           <li>Race condition in applet preventing startup in
2919             jre1.6.0u12+.</li>
2920           <li>Exception when feature created from selection beyond
2921             length of sequence.</li>
2922           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2923           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2924             all sequences with a given id</li>
2925           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2926             ID string searches</li>
2927           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2928             alignment to fail with exception</li>
2929         </ul> <em>Application Issues</em>
2930         <ul>
2931           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2932           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2933             data sources</li>
2934         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2935         <ul>
2936           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2937             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2938           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2939             version (java class versioning error fixed)</li>
2940         </ul>
2941       </td>
2942     </tr>
2943     <tr>
2944       <td>
2945
2946         <div align="center">
2947           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2948         </div>
2949       </td>
2950       <td><em>User Interface</em>
2951         <ul>
2952           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2953             translation and protein products</li>
2954           <li>Linked highlighting of structure associated with
2955             residue mapping to codon position</li>
2956           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2957             and 'clear' button</li>
2958           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2959             Tools menu</li>
2960           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2961             numeric data in description line</li>
2962           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2963           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2964             of sequence</li>
2965         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2966         <ul>
2967           <li>JPred3 web service</li>
2968           <li>Prototype sequence search client (no public services
2969             available yet)</li>
2970           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2971             PFAM</li>
2972           <li>URL Links created for matching database cross
2973             references as well as sequence ID</li>
2974           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2975         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2976         <ul>
2977           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2978             databases</li>
2979           <li>Generalised database reference retrieval and
2980             validation to all fetchable databases</li>
2981           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2982             sequence command</li>
2983         </ul> <em>Import and Export</em>
2984         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2985         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2986           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2987         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2988           File</li>
2989         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2990           triplet as name of colourscheme</li>
2991         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2992         <ul>
2993           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2994           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2995             alignments (experimental)</li>
2996           <li>Create new or select existing session to join</li>
2997           <li>load and save of vamsas documents</li>
2998         </ul> <em>Application command line</em>
2999         <ul>
3000           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3001             from applet)</li>
3002           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3003             of DAS servers to query for alignment features</li>
3004           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3005             that are also automatically queried for features</li>
3006           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3007             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3008         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3009         <ul>
3010           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3011             application (when using &quot;View in full
3012             application&quot;)</li>
3013         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3014         <ul>
3015           <li>feature group display control parameter</li>
3016           <li>debug parameter</li>
3017           <li>showbutton parameter</li>
3018         </ul> <em>Applet API methods</em>
3019         <ul>
3020           <li>newView public method</li>
3021           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3022           <li>Feature display control methods</li>
3023           <li>get list of currently selected sequences</li>
3024         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3025         <ul>
3026           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3027           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3028             Jalview release.</li>
3029           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3030             property controls execution of obfuscator</li>
3031           <li>Build target for generating source distribution</li>
3032           <li>Debug flag for javacc</li>
3033           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3034             jalview.bin.Cache</li>
3035           <li>Continuous Build Integration for stable and
3036             development version of Application, Applet and source
3037             distribution</li>
3038         </ul></td>
3039       <td>
3040         <ul>
3041           <li>selected region output includes visible annotations
3042             (for certain formats)</li>
3043           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3044             for editing</li>
3045           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3046           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3047           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3048           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3049             comments</li>
3050           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3051             filenames containing a ':'</li>
3052           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3053             global sequence features</li>
3054           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3055             references from alignment sequences goes to zero</li>
3056           <li>Close of tree branch colour box without colour
3057             selection causes cascading exceptions</li>
3058           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3059           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3060             file parsing fails.</li>
3061           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3062           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3063             not a valid output format</li>
3064           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3065             vamsas</li>
3066           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3067           <li>error messages passed up and output when data read
3068             fails</li>
3069           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3070             sequence is edited</li>
3071           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3072             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3073           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3074             filetype</li>
3075           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3076             import fixed for PFAM records</li>
3077           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3078             window list</li>
3079           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3080             can be read and written correctly to annotation file</li>
3081           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3082             correctly</li>
3083           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3084             non-italic font for representatives in Applet</li>
3085           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3086             Macs.</li>
3087           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3088             Applet)</li>
3089           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3090             due to null pointer exceptions</li>
3091           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3092             first column of alignment</li>
3093           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3094             July 2008</li>
3095           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3096             file is case-insensitive</li>
3097           <li>Sequence features read from Features file appended to
3098             all sequences with matching IDs</li>
3099           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3100             containing a sub-sequence</li>
3101           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3102           <li>feature and annotation file applet parameters
3103             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3104           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3105           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3106             splash-screen version check to complete</li>
3107           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3108             when passing them to the launchApp service</li>
3109           <li>display name and local features preserved in results
3110             retrieved from web service</li>
3111           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3112             sequence fetcher initialisation</li>
3113           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3114             dasobert DAS client</li>
3115           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3116             association</li>
3117           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3118             sequences
3119           </li>
3120         </ul>
3121       </td>
3122     </tr>
3123     <tr>
3124       <td>
3125         <div align="center">
3126           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3127         </div>
3128       </td>
3129       <td>
3130         <ul>
3131           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3132           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3133           <li>Slide sequences</li>
3134           <li>Edit sequence in place</li>
3135           <li>EMBL CDS features</li>
3136           <li>DAS Feature mapping</li>
3137           <li>Feature ordering</li>
3138           <li>Alignment Properties</li>
3139           <li>Annotation Scores</li>
3140           <li>Sort by scores</li>
3141           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3142         </ul>
3143       </td>
3144       <td>
3145         <ul>
3146           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3147           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3148           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3149           <li>Feature group display state in XML</li>
3150           <li>Feature ordering in XML</li>
3151           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3152           <li>Stockholm alignment properties</li>
3153           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3154           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3155           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3156           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3157         </ul>
3158       </td>
3159
3160     </tr>
3161     <tr>
3162       <td>
3163         <div align="center">
3164           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3165         </div>
3166       </td>
3167       <td>
3168         <ul>
3169           <li>Non standard characters can be read and displayed
3170           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3171             applet via textbox
3172           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3173             name &amp; description
3174           <li>Preference setting to display sequence name in
3175             italics
3176           <li>Annotation file format extended to allow
3177             Sequence_groups to be defined
3178           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3179             specified in preferences
3180           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3181             sequences
3182         </ul>
3183       </td>
3184       <td>
3185         <ul>
3186           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3187             installed
3188           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3189           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3190         </ul>
3191       </td>
3192     </tr>
3193     <tr>
3194       <td>
3195         <div align="center">
3196           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3197         </div>
3198       </td>
3199       <td>
3200         <ul>
3201           <li>Multiple views on alignment
3202           <li>Sequence feature editing
3203           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3204           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3205           <li>Background dependent text colour
3206           <li>Right align sequence ids
3207           <li>User-defined lower case residue colours
3208           <li>Format Menu
3209           <li>Select Menu
3210           <li>Menu item accelerator keys
3211           <li>Control-V pastes to current alignment
3212           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3213           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3214           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3215
3216           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3217         </ul>
3218       </td>
3219       <td>
3220         <ul>
3221           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3222           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3223             calculations
3224           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3225             edits
3226           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3227             of alignment)
3228           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3229
3230           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3231             display correctly
3232           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3233           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3234             analysis results
3235           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3236             &#8739;
3237           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3238           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3239           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3240
3241         </ul>
3242       </td>
3243     </tr>
3244     <tr>
3245       <td>
3246         <div align="center">
3247           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3248         </div>
3249       </td>
3250       <td>
3251         <ul>
3252           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3253         </ul>
3254       </td>
3255       <td>
3256         <ul>
3257           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3258             sequence id panel has been resized</li>
3259           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3260             rendered</li>
3261           <li>Annotation files with sequence references - all
3262             elements in file are relative to sequence position</li>
3263           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3264         </ul>
3265       </td>
3266     </tr>
3267     <tr>
3268       <td>
3269         <div align="center">
3270           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3271         </div>
3272       </td>
3273       <td>
3274         <ul>
3275           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3276           <li>DAS Feature fetching</li>
3277           <li>Hide sequences and columns</li>
3278           <li>Export Annotations and Features</li>
3279           <li>GFF file reading / writing</li>
3280           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3281             files</li>
3282           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3283           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3284           <li>Applet can launch the full application</li>
3285           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3286             required)</li>
3287           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3288           <li>Applet can load sequences from parameter
3289             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3290           </li>
3291         </ul>
3292       </td>
3293       <td>
3294         <ul>
3295           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3296           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3297           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3298         </ul>
3299       </td>
3300     </tr>
3301     <tr>
3302       <td>
3303         <div align="center">
3304           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3305         </div>
3306       </td>
3307       <td>
3308         <ul>
3309           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3310           <li>Choose to match case when searching</li>
3311           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3312             expand the visible width and height of the alignment</li>
3313         </ul>
3314       </td>
3315       <td>
3316         <ul>
3317           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3318         </ul>
3319       </td>
3320     </tr>
3321     <tr>
3322       <td>
3323         <div align="center">
3324           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3325         </div>
3326       </td>
3327       <td>&nbsp;</td>
3328       <td>
3329         <ul>
3330           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3331           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3332             value</li>
3333         </ul>
3334       </td>
3335     </tr>
3336     <tr>
3337       <td>
3338         <div align="center">
3339           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3340         </div>
3341       </td>
3342       <td>
3343         <ul>
3344           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3345           <li>Keyboard editing</li>
3346           <li>Create sequence features from searches</li>
3347           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3348             alignments</li>
3349           <li>Features file allows grouping of features</li>
3350           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3351           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3352           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3353         </ul>
3354       </td>
3355       <td>
3356         <ul>
3357           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3358           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3359             descriptions saved.</li>
3360         </ul>
3361       </td>
3362     </tr>
3363     <tr>
3364       <td>
3365         <div align="center">
3366           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3367         </div>
3368       </td>
3369       <td>
3370         <ul>
3371           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3372           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3373           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3374             name for file output</li>
3375           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3376           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3377             used for HTML form input</li>
3378         </ul>
3379       </td>
3380       <td>
3381         <ul>
3382           <li>HTML output writes groups and features</li>
3383           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3384           <li>File IO bugs</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387     </tr>
3388     <tr>
3389       <td>
3390         <div align="center">
3391           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3392         </div>
3393       </td>
3394       <td>
3395         <ul>
3396           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3397           <li>More options for PCA viewer</li>
3398         </ul>
3399       </td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>GUI bugs resolved</li>
3403           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3404         </ul>
3405       </td>
3406     </tr>
3407     <tr>
3408       <td height="63">
3409         <div align="center">
3410           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3411         </div>
3412       </td>
3413       <td>
3414         <ul>
3415           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3416           <li>Jar files are executable</li>
3417           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3418         </ul>
3419       </td>
3420       <td>
3421         <ul>
3422           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3423           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3424           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3425         </ul>
3426       </td>
3427     </tr>
3428     <tr>
3429       <td>
3430         <div align="center">
3431           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3432         </div>
3433       </td>
3434       <td>
3435         <ul>
3436           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3437         </ul>
3438       </td>
3439       <td>
3440         <ul>
3441           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3442         </ul>
3443       </td>
3444     </tr>
3445     <tr>
3446       <td>
3447         <div align="center">
3448           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3449         </div>
3450       </td>
3451       <td>
3452         <ul>
3453           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3454             size</li>
3455         </ul>
3456       </td>
3457       <td>
3458         <ul>
3459           <li>Improved JPred client reliability</li>
3460           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3461         </ul>
3462       </td>
3463     </tr>
3464     <tr>
3465       <td>
3466         <div align="center">
3467           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3468         </div>
3469       </td>
3470       <td>
3471         <ul>
3472           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3473           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3474           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3475             to Colour Menu</li>
3476           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3477           <li>Unix users can set default web browser</li>
3478           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3479           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3480         </ul>
3481       </td>
3482       <td>
3483         <ul>
3484           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3485         </ul>
3486       </td>
3487     </tr>
3488     <tr>
3489       <td>
3490         <div align="center">
3491           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3492         </div>
3493       </td>
3494       <td>&nbsp;</td>
3495       <td>
3496         <ul>
3497           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3498             alignment order.</li>
3499         </ul>
3500       </td>
3501     </tr>
3502     <tr>
3503       <td>
3504         <div align="center">
3505           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3506         </div>
3507       </td>
3508       <td>
3509         <ul>
3510           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3511           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3512           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3513             annotations.</li>
3514           <li>Version and build date written to build properties
3515             file.</li>
3516           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3517             at launch of Jalview.</li>
3518         </ul>
3519       </td>
3520       <td>
3521         <ul>
3522           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3523           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3524           <li>Can remove groups one by one.</li>
3525           <li>Filechooser icons installed.</li>
3526           <li>Finder ignores return character when searching.
3527             Return key will initiate a search.<br>
3528           </li>
3529         </ul>
3530       </td>
3531     </tr>
3532     <tr>
3533       <td>
3534         <div align="center">
3535           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3536         </div>
3537       </td>
3538       <td>
3539         <ul>
3540           <li>New codebase</li>
3541         </ul>
3542       </td>
3543       <td>&nbsp;</td>
3544     </tr>
3545   </table>
3546   <p>&nbsp;</p>
3547 </body>
3548 </html>