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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>27/02/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence ID and annotation area margins can be click-dragged to adjust them.</li>
  81             <li>
  82             <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and Ensembl services
  83             </li>
  84           </ul>
  85           </div>
  86       </td>
  87       <td><div align="left">
  88           <ul>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown overlapping alignment panel
  91             </li>
  92             <li>
  93               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
  94             </li>
  95           </ul>
  96       </div>
  97       </td>
  98     </tr>
  99     <tr>
 100       <td width="60" nowrap>
 101         <div align="center">
 102           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 103         </div>
 104       </td>
 105       <td><div align="left">
 106           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 107               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 108       <td><div align="left">
 109           <em>Desktop</em><ul>
 110           <ul>
 111             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 112             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 113             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 114             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 115             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 116             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 117             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 118           </ul>
 119           </div>
 120       </td>
 121     </tr>
 122     <tr>
 123       <td width="60" nowrap>
 124         <div align="center">
 125           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 126         </div>
 127       </td>
 128       <td><div align="left">
 129           <em></em>
 130           <ul>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 133               rendering of sequence features
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 137               429 rate limit request hander
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 141               their colours have changed
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 145               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 149               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 150             </li>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 153               view from Ensembl locus cross-references
 154             </li>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 157               Alignment report
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 161               feature can be disabled
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 165               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 169               Uniprot
 170             </li>
 171           </ul>
 172           <em>Scripting</em>
 173           <ul>
 174             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 175             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 176               percent identity scores for current alignment.</li>
 177           </ul>
 178           <em>Testing and Deployment</em>
 179           <ul>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 182             </li>
 183           </ul>
 184         </div></td>
 185       <td><div align="left">
 186           <em>General</em>
 187           <ul>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 190               threshold text field doesn't trigger an update to the
 191               alignment view
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 195               strings in parallel
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 199               alignment window is closed
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 203               group visibility
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 207               takes a long time in Cursor mode
 208             </li>
 209           </ul>
 210           <em>Desktop</em>
 211           <ul>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 214               cannot be viewed in Chimera
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 218               CDS/Protein view
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 222               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 223               Search Dialogs
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 233               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 237               scrolling right in unwapped alignment view
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 241               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 242               database
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 246               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 250               features of same type and group to be selected for
 251               amending
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 255               alignments when hidden columns are present
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 259               displaying several structures
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 263               moving a window
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 267               within the Jalview desktop on OSX
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 271               when in wrapped alignment mode
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 275               hand end of alignment
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 279               each selected sequence do not have correct start/end
 280               positions
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 284               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 288               restoring project until a new view is created
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 292               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 293               configured (since 2.10.2b2)
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 297               position is adjusted
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 301               in a multi-chain structure when viewing alignment
 302               involving more than one chain (since 2.10)
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 306               if new selection moves alignment window
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 310               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 314               that produces correctly annotated transcripts and products
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 318               doesn't update associated structure view
 319             </li>
 320           </ul>
 321           <em>Applet</em><br />
 322           <ul>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 325               closing alignment panel
 326             </li>
 327           </ul>
 328           <em>BioJSON</em><br />
 329           <ul>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 332               non-positional features
 333             </li>
 334           </ul>
 335           <em>New Known Issues</em>
 336           <ul>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 339               sequence features correctly (for many previous versions of
 340               Jalview)
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 344               using cursor in wrapped panel other than top
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 348               graduated colour threshold
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 352               always preserve numbering and sequence features
 353             </li>
 354           </ul>
 355           <em>Known Java 9 Issues</em>
 356           <ul>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 359               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 360               9.01, OSX 10.10)
 361             </li>
 362           </ul>
 363         </div></td>
 364     </tr>
 365     <tr>
 366       <td width="60" nowrap>
 367         <div align="center">
 368           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 369             <em>2/10/2017</em></strong>
 370         </div>
 371       </td>
 372       <td><div align="left">
 373           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 374           <ul>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 377             </li>
 378             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 379             </li>
 380           </ul>
 381         </div></td>
 382       <td><div align="left">
 383         </div></td>
 384     </tr>
 385     <tr>
 386       <td width="60" nowrap>
 387         <div align="center">
 388           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 389             <em>7/9/2017</em></strong>
 390         </div>
 391       </td>
 392       <td><div align="left">
 393           <em></em>
 394           <ul>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 397               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 398               white)
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 402               Preferences
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 406               in size and progress bar shown as higher resolution
 407               overview is recalculated
 408             </li>
 409
 410           </ul>
 411         </div></td>
 412       <td><div align="left">
 413           <em></em>
 414           <ul>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 417               column region row by row
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 421               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 425               format setting is unticked
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 429               if group has show boxes format setting unticked
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 433               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 434               include sequences and columns not currently displayed
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 438               assemblies are imported via CIF file
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 442               displayed when threshold or conservation colouring is also
 443               enabled.
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 447               server version
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 451               dragging a selected region off the visible region of the
 452               alignment
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 456               colourscheme to all groups in a view
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 460               initially after font size change using the Font chooser or
 461               middle-mouse zoom
 462             </li>
 463           </ul>
 464         </div></td>
 465     </tr>
 466     <tr>
 467       <td width="60" nowrap>
 468         <div align="center">
 469           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 470         </div>
 471       </td>
 472       <td><div align="left">
 473           <em>Calculations</em>
 474           <ul>
 475
 476             <li>
 477               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 478               ungapped positions in each column of the alignment.
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 482               a calculation dialog box
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 486               and memory efficiency (~30x faster)
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 490               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 491               and other calculations
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 495               files within the Jalview codebase
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 499               Similarity may have different topology due to increased
 500               precision
 501             </li>
 502           </ul>
 503           <em>Rendering</em>
 504           <ul>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 507               model for alignments and groups
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 511               scripts
 512             </li>
 513           </ul>
 514           <em>Overview</em>
 515           <ul>
 516             <li>
 517               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 518               with alignment and overview windows
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 522               overview
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 526               omitted in Overview
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 530               adjustment of visible position
 531             </li>
 532           </ul>
 533
 534           <em>Data import/export</em>
 535           <ul>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 538               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 542               annotation input/output via stockholm flatfile
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 546               extension when importing structure files without embedded
 547               names or PDB accessions
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 551               format sequence substitution matrices
 552             </li>
 553           </ul>
 554           <em>User Interface</em>
 555           <ul>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 558               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 559               the application.
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 563               via Overview or sequence motif search operations
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 567               opened by double clicking gaps within sequence feature
 568               extent
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 572               aligned positions were available to create a 3D structure
 573               superposition.
 574             </li>
 575           </ul>
 576           <em>3D Structure</em>
 577           <ul>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 580               coloured in linked structure views
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 584               file-based command exchange
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 588               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 589               structures are already available for sequences
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 593               the Jalview project rather than downloaded again when the
 594               project is reopened.
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 598               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 599               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 600                 Feature</strong>)
 601             </li>
 602           </ul>
 603           <em>Web Services</em>
 604           <ul>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 610               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 611               Analysis services
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 615               cross-references provided by identifiers.org and the
 616               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 617             </li>
 618           </ul>
 619
 620           <em>Scripting</em>
 621           <ul>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 624               identifying file formats (instead of String constants)
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 628               efficiency when counting all displayed features (not
 629               backwards compatible with 2.10.1)
 630             </li>
 631           </ul>
 632           <em>Example files</em>
 633           <ul>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 636               included in the example feature file
 637             </li>
 638           </ul>
 639           <em>Documentation</em>
 640           <ul>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 643               with the built-in Java help viewer
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 647               sequence description' option
 648             </li>
 649           </ul>
 650           <em>Test Suite</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 654               Uniprot REST Free Text Search Client
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 661               during tests
 662             </li>
 663           </ul>
 664         </div></td>
 665       <td><div align="left">
 666           <em>Calculations</em>
 667           <ul>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 670               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 671               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 672             </li>
 673             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 674               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 675               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 676               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 677               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 678               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 679               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 680               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 681               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 682               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 683               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 684               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 685               // for 2.10.1 mode <br />
 686               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 687               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 688                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 689                 calculations (not recommended)</em></li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 692               scaling of branch lengths for trees computed using
 693               Sequence Feature Similarity.
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 697               generating output report when working with highly
 698               redundant alignments
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 702               right of selected region when gaps present on right-hand
 703               boundary
 704             </li>
 705           </ul>
 706           <em>User Interface</em>
 707           <ul>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 710               doesn't reselect a specific sequence's associated
 711               annotation after it was used for colouring a view
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 715               opened on a region of alignment without groups
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 719               of an alignment with overlapping groups
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 723               name and description match
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 727               hidden regions results in incorrect hidden regions
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 731               changing colour does not apply Conservation slider value
 732               to all groups
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 736               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 740               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 744               gaps before start of features
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 748               restored to UI when feature colour is edited
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 752               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 756               as graduate feature colour settings are modified via the
 757               dialog box
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 761               when a group defined on the alignment is resized
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 765               wrapped view result in positional status updates
 766             </li>
 767
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 770               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 774               alignment included gapped columns
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 778               widgets don't permanently disappear
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 782               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 783               T-Coffee column reliability scores)
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 787               sequence feature on gaps only
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 791               button from a Find inherit previously defined feature type
 792               rather than the Find query string
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 796               exporting tree calculated in Jalview
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 800               and then revealing them reorders sequences on the
 801               alignment
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 805               doesn't update to reflect available set of groups after
 806               interactively adding or modifying features
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 810               Linux
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 814               only excluded gaps in current sequence and ignored
 815               selection.
 816             </li>
 817           </ul>
 818           <em>Rendering</em>
 819           <ul>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 822               erratically when hidden rows or columns are present
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 826               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 827               sequence colouring
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 831               colour and group colour menu for protein alignments
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 835               reflect currently selected view or group's shading
 836               thresholds
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 840               when rendered on overview and structures when opacity at
 841               100%
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 845               overview when features overlaid on alignment
 846             </li>
 847           </ul>
 848           <em>Data import/export</em>
 849           <ul>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 852               load
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 856               added after a sequence was imported are not written to
 857               Stockholm File
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 861               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 865               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 869               with lightGray or darkGray via features file (but can
 870               specify lightgray)
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 874               when alignment view imported from project
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 878               structure and sequences extracted from structure files
 879               imported via URL and viewed in Jmol
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 883               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 884               the project is loaded and the structure viewed
 885             </li>
 886           </ul>
 887           <em>Web Services</em>
 888           <ul>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 891               release of Ensembl v.88
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 895               appear enabled in Preferences->Connections
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 899               removed from console output
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 903               Ensembl by Peptide ID
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 907               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 908               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 909               due to 'null' string rather than empty string used for
 910               residues with no corresponding PDB mapping).
 911             </li>
 912           </ul>
 913           <em>Application UI</em>
 914           <ul>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 917               menu
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 921               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 922               new documentation and tooltips added)
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 926               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 930               new features are added to alignment
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 934               changes to feature colours via the Amend features dialog
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 938               edit graduated feature colour via amend features dialog
 939               box
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 943               selection menu changes colours of alignment views
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 947               from alignment calculation workers after alignment has
 948               been closed
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 952               groups now 'Create Group'
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 956               Create/Undefine group doesn't always work
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 960               shown again after pressing 'Cancel'
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 964               adjusts start position in wrap mode
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 968               ambiguous amino acids
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 972               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 973               proteins
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 977               Defined' don't appear in Colours menu
 978             </li>
 979           </ul>
 980           <em>Applet</em>
 981           <ul>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 984               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 988               overview or linked structure view
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 992               work (since 2.8)
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 996               user-defined colourscheme doesn't restore original
 997               colourscheme
 998             </li>
 999           </ul>
1000           <em>Test Suite</em>
1001           <ul>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1004               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1008               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1009               problems with deep array comparison equality asserts in
1010               successive versions of TestNG
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1014               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1015             </li>
1016           </ul>
1017           <em>New Known Issues</em>
1018           <ul>
1019             <li>
1020               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1021               phase after a sequence motif find operation
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1025               containing just upper and lower case letters are
1026               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1030               reliably from eggnog Ortholog database
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1034               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1035               to mark columns containing highlighted regions.
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1039               doesn't always add secondary structure annotation.
1040             </li>
1041           </ul>
1042         </div>
1043     <tr>
1044       <td width="60" nowrap>
1045         <div align="center">
1046           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1047         </div>
1048       </td>
1049       <td><div align="left">
1050           <em>General</em>
1051           <ul>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1054               for all consensus calculations
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1058               3rd Oct 2016)
1059             </li>
1060             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1061               for 2016-2017</li>
1062           </ul>
1063           <em>Application</em>
1064           <ul>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1067               set of database cross-references, sorted alphabetically
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1071               from database cross references. Users with custom links
1072               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1073                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1077               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1078               Chimera session
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1082               the Chimera it is connected to is shut down
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1086               columns menu item to mark columns containing highlighted
1087               regions (e.g. from structure selections or results of a
1088               Find operation)
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1092               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1093               MSAviewer
1094             </li>
1095           </ul>
1096         </div></td>
1097       <td>
1098         <div align="left">
1099           <em>General</em>
1100           <ul>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1103               are not coloured or thresholded according to percent
1104               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1108               hydrophobic
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1112               threshold, amino acid properties)
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1116               reported as mapped to residues in a structure file in the
1117               View Mapping report
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1121               could be added multiple times to a sequence
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1125               bond features shown as two highlighted residues rather
1126               than a range in linked structure views, and treated
1127               correctly when selecting and computing trees from features
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1131               cross-references are matched to database name regardless
1132               of case
1133             </li>
1134
1135           </ul>
1136           <em>Application</em>
1137           <ul>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1140               names without regular expressions also offer links from
1141               Sequence ID
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1145               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1146               update Jalview configuration
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1150               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1154               files with similarly named sequences if dropped onto the
1155               alignment
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1159               entries where more chains exist in the PDB accession than
1160               are reported in the SIFTS file
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1164               the structure view when displayed with Chimera
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1168               panel's View->Show Chains submenu
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1172               work for wrapped alignment views
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1176               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1180               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1181               first annotation row
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1185               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1189               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1190             </li>
1191             <!-- JAL-2319 -->
1192             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1193             coordindate data
1194             </li>
1195           </ul>
1196           <!--           <em>New Known Issues</em>
1197           <ul>
1198             <li></li>
1199           </ul> -->
1200         </div>
1201       </td>
1202     </tr>
1203     <td width="60" nowrap>
1204       <div align="center">
1205         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1206           <em>25/10/2016</em></strong>
1207       </div>
1208     </td>
1209     <td><em>Application</em>
1210       <ul>
1211         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1212           view if structures already loaded</li>
1213         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1214           structure views</li>
1215       </ul></td>
1216     <td>
1217       <div align="left">
1218         <em>General</em>
1219         <ul>
1220           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1221             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1222           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1223             example sequences/projects/trees</li>
1224         </ul>
1225         <em>Application</em>
1226         <ul>
1227           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1228             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1229           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1230             without timeout for structures with multiple models or
1231             multiple sequences in alignment</li>
1232           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1233             PDB ID HEADER line</li>
1234           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1235             is performed</li>
1236           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1237             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1238           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1239           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1240             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1241             option</li>
1242           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1243             is created on the alignment</li>
1244           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1245             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1246             pop-up menu</li>
1247         </ul>
1248         <em>Build and deployment</em>
1249         <ul>
1250           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1251             tags</li>
1252         </ul>
1253         <em>New Known Issues</em>
1254         <ul>
1255           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1256             on Windows</li>
1257         </ul>
1258       </div>
1259     </td>
1260     </tr>
1261     <tr>
1262       <td width="60" nowrap>
1263         <div align="center">
1264           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1265         </div>
1266       </td>
1267       <td><em>General</em>
1268         <ul>
1269           <li>
1270             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1271           </li>
1272           <li>
1273             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1274             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1275             better PDB parsing.
1276           </li>
1277           <li>
1278             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1279             reference sequence
1280           </li>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1283             mousing over sequence associated annotation
1284           </li>
1285           <li>
1286             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1287             for manual entry
1288           </li>
1289           <li>
1290             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1291             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1292             for each column
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1296             showing or hiding columns containing a feature
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1300             group and sequence associated annotation labels
1301           </li>
1302           <li>
1303             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1304             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1305             dialogs
1306           </li>
1307
1308         </ul> <em>Application</em>
1309         <ul>
1310           <li>
1311             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1312             gene/transcript view
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1316             dialog
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1320             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1321           </li>
1322           <li>
1323             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1324             Pfam sources to xfam.org
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1331             over sequences in Jalview
1332           </li>
1333           <li>
1334             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1335             regions in ENA and EMBL
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1339             for record retrieval via ENA rest API
1340           </li>
1341           <li>
1342             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1343             complement operator
1344           </li>
1345           <li>
1346             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1347             groovy script execution
1348           </li>
1349           <li>
1350             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1351             alignment window's Calculate menu
1352           </li>
1353           <li>
1354             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1355             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1359             calculation workers from groovy scripts
1360           </li>
1361           <li>
1362             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1363             Jalview projects
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1367             associations are now saved/restored from project
1368           </li>
1369           <li>
1370             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1371             before sequence fetcher is opened
1372           </li>
1373           <li>
1374             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1375             database chooser opens a sequence fetcher
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1379             the UniProt REST API
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1383             the news reader opening
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1387             querying stored in preferences
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1391             search results
1392           </li>
1393           <li>
1394             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1395           </li>
1396           <li>
1397             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1398             menu for nucleotide sequences
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1402             and feature counts preserves alignment ordering (and
1403             debugged for complex feature sets).
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1407             viewing structures with Jalview 2.10
1408           </li>
1409           <li>
1410             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1411             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1412             Ensembl Genomes REST API
1413           </li>
1414           <li>
1415             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1416             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1417             (Ensembl)
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1421             sequences
1422           </li>
1423           <li>
1424             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1425             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1426             data from external database records.
1427           </li>
1428           <li>
1429             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1430             efficient recovery of sequence coding and alignment
1431             annotation relationships.
1432           </li>
1433         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1434         <ul>
1435           <li>
1436             -- JAL---
1437           </li>
1438         </ul> --></td>
1439       <td>
1440         <div align="left">
1441           <em>General</em>
1442           <ul>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1445               menu on OSX
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1449               includes graduated colourschemes
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1453               working with big alignments and lots of hidden columns
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1457               at right of alignment window
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1461               contents
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1465               for DNA alignments
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1469               based tree calculation
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1473               unconserved enabled for group on alignment
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1477               set as reference
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1481               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1482               annotation
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1486               hidden columns present
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1490               user created annotation added to alignment
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1494               '()' base pair annotation
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1498               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1499               Consensus
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1503               feature not working
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1507               beginning of sequence
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1511               entry 3a6s
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1515               from a tree when t-coffee scores are shown
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1519               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1523               some structures
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1527               to Clustal, PIR and PileUp output
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1531               not visible causes alignment window to repaint
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1535               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1536               scores associated with features and annotation rows
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1540               calculation should be case independent
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1544               columns
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1548               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1549               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1553               problems when reference sequence defined and 'show
1554               non-conserved' enabled
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1558               load even when Consensus calculation is disabled
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1562               alignment does nothing
1563             </li>
1564           </ul>
1565           <em>Application</em>
1566           <ul>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1569               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1570               yet fixed for El Capitan)
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1574               output when running on non-gb/us i18n platforms
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1578               hidden sequences as flat-file alignment
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1582               launching Chimera
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1586               (also hotfix for 2.9.0b2)
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1590               reference sequence defined
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1594               alignments and views when revealing hidden columns
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1598               view in a cDNA/Protein splitframe
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1602               sequence from project when only one sequence is
1603               represented
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1607               in Structure Chooser
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1611               structure consensus didn't refresh annotation panel
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1615               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1619               dialogs format columns correctly, don't display array
1620               data, sort columns according to type
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1624               file chooser is cancelled during an image export
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1628               sequence name containing special characters
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1632               case insensitive
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1636               formatting don't wrap
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1640               truncated so L looks like I in consensus annotation
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1644               currently displayed features for the current selection or
1645               view
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1649               after fetching cross-references, and restoring from
1650               project
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1654               followed in the structure viewer
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1658               splitframe not restored from project
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1662               trailing end of protein alignment in transcript/product
1663               splitview when pad-gaps not enabled by default
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1667               is case dependent
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1671               article has been read (reopened issue due to
1672               internationalisation problems)
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1676               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1677               cross-references
1678             </li>
1679
1680             <li>
1681               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1682               alignment as HTML
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1686               multiple structures are shown for one or more sequences.
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1690               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1691               is enabled.
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1695               specific PDB id for sequence
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1699               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1700               columns' is disabled.
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1704               selects lowest rather than highest resolution structures
1705               for each sequence
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1709               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1713               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1717               after clicking on it to create new annotation for a
1718               column.
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1722               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1723             </li>
1724             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1725             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1726           </ul>
1727           <em>Applet</em>
1728           <ul>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1731               hidden columns present before start of sequence
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1735               (JSON jars)
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1739               sequences are hidden in applet
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1743               deployment on examples pages.
1744             </li>
1745           </ul>
1746         </div>
1747       </td>
1748     </tr>
1749     <tr>
1750       <td width="60" nowrap>
1751         <div align="center">
1752           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1753             <em>16/10/2015</em></strong>
1754         </div>
1755       </td>
1756       <td><em>General</em>
1757         <ul>
1758           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1759             jars</li>
1760         </ul></td>
1761       <td>
1762         <div align="left">
1763           <em>Application</em>
1764           <ul>
1765             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1766               shown when tree is partitioned</li>
1767             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1768               multiple cDNA/Protein split views</li>
1769           </ul>
1770         </div>
1771       </td>
1772     </tr>
1773     <tr>
1774       <td width="60" nowrap>
1775         <div align="center">
1776           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1777             <em>8/10/2015</em></strong>
1778         </div>
1779       </td>
1780       <td><em>General</em>
1781         <ul>
1782           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1783             2.9</li>
1784         </ul> <em>Application</em>
1785         <ul>
1786           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1787           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1788           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1789         </ul> <em>Applet</em>
1790         <ul>
1791           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1792         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1793         <ul>
1794           <li>
1795             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1796             suite
1797           </li>
1798         </ul></td>
1799       <td>
1800         <div align="left">
1801           <em>General</em>
1802           <ul>
1803             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1804               incorrect when sequence start > 1</li>
1805             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1806               documentation</li>
1807             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1808             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1809               loading a features file containing HTML tags in feature
1810               description</li>
1811
1812           </ul>
1813           <em>Application</em>
1814           <ul>
1815             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1816               reimport</li>
1817             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1818               with 'trim retrieved sequences'</li>
1819             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1820               deleting selected columns</li>
1821             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1822               JNLP templates for webstart launch</li>
1823             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1824               unreleased structures for download or viewing</li>
1825             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1826               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1827             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1828               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1829             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1830               recovered from jalview project</li>
1831             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1832               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1833               alignment view</li>
1834             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1835               color schemes from BioJSON</li>
1836           </ul>
1837           <em>Applet</em>
1838           <ul>
1839             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1840               frame</li>
1841             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1842           </ul>
1843         </div>
1844       </td>
1845     </tr>
1846     <tr>
1847       <td><div align="center">
1848           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1849         </div></td>
1850       <td><em>General</em>
1851         <ul>
1852           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1853             alignments:
1854             <ul>
1855               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1856                 and DNA alignment views</li>
1857               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1858                 cDNA alignment views</li>
1859               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1860                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1861               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1862                 protein sequences</li>
1863             </ul>
1864           </li>
1865           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1866           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1867             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1868           <li>New alignment annotation file statements for
1869             reference sequences and marking hidden columns</li>
1870           <li>Reference sequence based alignment shading to
1871             highlight variation</li>
1872           <li>Select or hide columns according to alignment
1873             annotation</li>
1874           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1875           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1876             acid conservation row</li>
1877           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1878         </ul> <em>Application</em>
1879         <ul>
1880           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1881             <ul>
1882               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1883                 view with cDNA/Protein</li>
1884               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1885                 sequences are placed in the same alignment</li>
1886               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1887                 projects</li>
1888             </ul>
1889           </li>
1890
1891           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1892           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1893             Jalview windows</li>
1894
1895           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1896           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1897           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1898             be shown in VARNA</li>
1899
1900           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1901             as the active selected region</li>
1902
1903           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1904             similarity</li>
1905           <li>New Export options
1906             <ul>
1907               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1908                 region export in flat file generation</li>
1909
1910               <li>Export alignment views for display with the <a
1911                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1912
1913               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1914               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1915                 alignment figures to HTML</li>
1916           </li>
1917           <li>3D structure retrieval and display
1918             <ul>
1919               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1920                 Search API</li>
1921               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1922                 PDB structures for a sequence set</li>
1923             </ul>
1924           </li>
1925
1926           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1927             predictions</li>
1928           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1929             for one or a group of sequences</li>
1930           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1931             from the JPred4 web server</li>
1932           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1933             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1934             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1935           </li>
1936           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1937             VARNA 2D Structure'</li>
1938           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1939             Structure ..."</li>
1940
1941         </ul> <em>Applet</em>
1942         <ul>
1943           <li>New layout for applet example pages</li>
1944           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1945             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1946           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1947             Protein alignments</li>
1948         </ul> <em>Development and deployment</em>
1949         <ul>
1950           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1951           <li>Include installation type and git revision in build
1952             properties and console log output</li>
1953           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1954             storing BioJsMSA Templates</li>
1955           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1956         </ul></td>
1957       <td>
1958         <!-- <em>General</em>
1959         <ul>
1960         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1961         <ul>
1962           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1963           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1964           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1965             predictions are not highlighted in amber</li>
1966           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1967             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1968           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1969             associated structure views</li>
1970           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1971             width checkbox not enabled</li>
1972           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1973             creating user defined colours</li>
1974           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1975             mappings for just that viewer's sequences</li>
1976           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1977             multiple models in Chimera</li>
1978           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1979             over Jmol structure</li>
1980           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1981             output to text box</li>
1982           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1983             have incorrect sequence start/end</li>
1984           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1985             Jalview fails</li>
1986           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1987             work for nucleotide</li>
1988           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1989             to a grey/invisible alignment window</li>
1990           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1991             imports to different position</li>
1992           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1993             on some platforms</li>
1994           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1995             populated</li>
1996           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1997             console if Chimera has been opened</li>
1998           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1999           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2000             retrieved</li>
2001           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2002           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2003             either sequence shows on first structure</li>
2004           <li>'Show annotations' options should not make
2005             non-positional annotations visible</li>
2006           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2007             in right place after 'view flanking regions'</li>
2008           <li>File Save As type unset when current file format is
2009             unknown</li>
2010           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2011             projects</li>
2012           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2013             responsive</li>
2014           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2015             several views on same alignment</li>
2016           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2017           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2018             spaces</li>
2019         </ul> <em>Applet</em>
2020         <ul>
2021           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2022           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2023             descriptions containing angle brackets</li>
2024         </ul> <em>General</em>
2025         <ul>
2026           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2027             via jalview annotation file</li>
2028           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2029             with RNA secondary structure</li>
2030           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2031             translation doesn't work.</li>
2032           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2033           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2034             positions</li>
2035           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2036             choosing 1pt font</li>
2037           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2038             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2039             'h'</li>
2040           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2041             new feature</li>
2042           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2043             order dependent</li>
2044           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2045             sequences</li>
2046           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2047         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2048         <ul>
2049           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2050             www.jalview.org</li>
2051         </ul> <em>Application Known issues</em>
2052         <ul>
2053           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2054           <li>Misleading message appears after trying to delete
2055             solid column.</li>
2056           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2057             version launches</li>
2058           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2059             fails with a sequence mismatch</li>
2060           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2061             scrolling alignment to right</li>
2062           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2063             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2064           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2065             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2066           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2067             ultra-high resolution</li>
2068           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2069             quality and conservation</li>
2070           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2071             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2072         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2073         <ul>
2074           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2075           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2076             window is being resized</li>
2077
2078         </ul>
2079       </td>
2080     </tr>
2081     <tr>
2082       <td><div align="center">
2083           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2084         </div></td>
2085       <td><em>General</em>
2086         <ul>
2087           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2088             Certum.PL.</li>
2089           <li>Features and annotation preserved when performing
2090             pairwise alignment</li>
2091           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2092             imported/exported/displayed</li>
2093           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2094             protein secondary structure</li>
2095           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2096               post-hoc with 2.9 release</em>)
2097           </li>
2098
2099         </ul> <em>Application</em>
2100         <ul>
2101           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2102             with 3D structures</li>
2103           <li>Support for parsing RNAML</li>
2104           <li>Annotations menu for layout
2105             <ul>
2106               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2107               <li>place sequence annotation above/below alignment
2108                 annotation</li>
2109             </ul>
2110           <li>Output in Stockholm format</li>
2111           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2112             translation</li>
2113           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2114           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2115             shared between alignments</li>
2116           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2117             Jalview</li>
2118           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2119             all or current selection</li>
2120           <li>disorder and secondary structure predictions
2121             available as dataset annotation</li>
2122           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2123
2124
2125           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2126             alignments from Rfam</li>
2127           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2128
2129           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2130             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2131           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2132           <li>include installation type in build properties and
2133             console log output</li>
2134           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2135             annotation</li>
2136         </ul></td>
2137       <td>
2138         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2139         <ul>
2140           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2141             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2142           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2143             alignment</li>
2144           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2145           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2146           <li>Double click on sequence associated annotation
2147             selects only first column</li>
2148           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2149             leaves shown in tree</li>
2150           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2151             properly</li>
2152           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2153           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2154             screen and buttons not visible</li>
2155           <li>author list isn't updated if already written to
2156             Jalview properties</li>
2157           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2158             from database</li>
2159           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2160           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2161             browser search window</li>
2162           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2163             in feature settings dialog</li>
2164           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2165             desktop</li>
2166           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2167             pass validation</li>
2168           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2169             fit on screen</li>
2170           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2171             tooltip</li>
2172           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2173             defined user preset</li>
2174           <li>MSA web services warns user if they were launched
2175             with invalid input</li>
2176           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2177             Java 8</li>
2178           <li>
2179             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2180             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2181             created
2182           </li>
2183
2184         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2185         <ul>
2186         </ul> <em>General</em>
2187         <ul>
2188         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2189         <ul>
2190           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2191             memory allocation</li>
2192           <li>launchApp service doesn't automatically open
2193             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2194           <li>
2195             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2196             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2197             1.7_055 is available
2198           </li>
2199         </ul> <em>Application Known issues</em>
2200         <ul>
2201           <li>
2202             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2203             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2204             alignment to right
2205           </li>
2206           <li>
2207             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2208             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2209             with large number of ID
2210           </li>
2211           <li>
2212             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2213             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2214             start/end
2215           </li>
2216           <li>
2217             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2218             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2219             structure tracks are rearranged
2220           </li>
2221           <li>
2222             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2223             invalid rna structure positional highlighting does not
2224             highlight position of invalid base pairs
2225           </li>
2226           <li>
2227             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2228             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2229             project from alignment window file menu
2230           </li>
2231           <li>
2232             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2233             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2234             structures
2235           </li>
2236           <li>
2237             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2238             colour by RNA Helices not enabled when user created
2239             annotation added to alignment
2240           </li>
2241           <li>
2242             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2243             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2244           </li>
2245         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2246         <ul>
2247           <li>
2248             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2249             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2250           </li>
2251           <li>
2252             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2253             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2254           </li>
2255
2256           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2257             when selected</li>
2258         </ul>
2259       </td>
2260     </tr>
2261     <tr>
2262       <td><div align="center">
2263           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2264         </div></td>
2265       <td>
2266         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2267         <em>General</em>
2268         <ul>
2269           <li>Internationalisation of user interface (usually
2270             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2271           <li>Define/Undefine group on current selection with
2272             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2273           <li>Improved group creation/removal options in
2274             alignment/sequence Popup menu</li>
2275           <li>Sensible precision for symbol distribution
2276             percentages shown in logo tooltip.</li>
2277           <li>Annotation panel height set according to amount of
2278             annotation when alignment first opened</li>
2279         </ul> <em>Application</em>
2280         <ul>
2281           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2282             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2283           <li>Select columns containing particular features from
2284             Feature Settings dialog</li>
2285           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2286             sequences</li>
2287           <li>Update Jalview project format:
2288             <ul>
2289               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2290               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2291                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2292               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2293                 colouring</li>
2294             </ul>
2295           </li>
2296           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2297             (PAM250)</li>
2298           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2299             flanking regions for an alignment</li>
2300         </ul>
2301       </td>
2302       <td>
2303         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2304         <ul>
2305           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2306             running after job is cancelled</li>
2307           <li>cannot export features from alignments imported from
2308             Jalview/VAMSAS projects</li>
2309           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2310             float values</li>
2311           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2312             have 'display all symbols' flag set</li>
2313           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2314             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2315           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2316             Jalview</li>
2317           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2318             Lion/Webstart</li>
2319           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2320           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2321           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2322             alignment onto desktop</li>
2323           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2324             'extract scores' function</li>
2325           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2326             alignment window</li>
2327           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2328             performing IUPred disorder prediction</li>
2329           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2330             changing 'normalise logo' display setting</li>
2331           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2332             nothing matches query</li>
2333           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2334             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2335           </li>
2336           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2337             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2338           </li>
2339           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2340             Jalview's menu</li>
2341           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2342             'invalid literal/length code'</li>
2343           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2344             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2345           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2346             colourscheme</li>
2347
2348         </ul> <em>Applet</em>
2349         <ul>
2350           <li>Remove group option is shown even when selection is
2351             not a group</li>
2352           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2353             don't affect groups</li>
2354           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2355             colourscheme name</li>
2356           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2357             Annotation panel is not displayed</li>
2358           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2359             embedded windows</li>
2360         </ul> <em>Other</em>
2361         <ul>
2362           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2363             single sequence were not calculated</li>
2364           <li>annotation files that contain only groups imported as
2365             annotation and junk sequences</li>
2366           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2367             recognised as PFAM or BLC</li>
2368           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2369             doesn't affect background (2.8.0b1)
2370           <li></li>
2371           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2372           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2373             trailing gaps</li>
2374           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2375             registered correctly on import</li>
2376           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2377             certain alignments</li>
2378           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2379             existing annotation based 'use original colours'
2380             colourscheme loses original colours setting</li>
2381         </ul>
2382       </td>
2383     </tr>
2384     <tr>
2385       <td><div align="center">
2386           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2387             <em>30/1/2014</em></strong>
2388         </div></td>
2389       <td>
2390         <ul>
2391           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2392             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2393             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2394             open source project).
2395           </li>
2396           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2397           <li>Output in Stockholm format</li>
2398           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2399           <li>Export/import group and sequence associated line
2400             graph thresholds</li>
2401           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2402             ambiguity codes</li>
2403           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2404             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2405             works</li>
2406           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2407         </ul> <em>Other improvements</em>
2408         <ul>
2409           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2410           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2411             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2412           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2413             files</li>
2414           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2415           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2416             link but no description</li>
2417           <li>Select primary source when selecting authority in
2418             database fetcher GUI</li>
2419           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2420             Jalview</li>
2421           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2422         </ul>
2423       </td>
2424       <td>
2425         <ul>
2426           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2427             displayed</li>
2428           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2429             secondary structure annotation line</li>
2430           <li>Sequence database accessions not imported when
2431             fetching alignments from Rfam</li>
2432           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2433             identical IDs</li>
2434           <li>View all structures does not always superpose
2435             structures</li>
2436           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2437             reflect user or preset settings</li>
2438           <li>Null pointer exceptions for some services without
2439             presets or adjustable parameters</li>
2440           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2441             discover PDB xRefs</li>
2442           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2443             features with DAS</li>
2444           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2445             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2446           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2447             residue follows a gap</li>
2448           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2449             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2450           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2451             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2452           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2453             annotation already exists on alignment</li>
2454           <li>oninit javascript function should be called after
2455             initialisation completes</li>
2456           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2457             alignment window display</li>
2458           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2459           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2460             to annotation file</li>
2461           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2462             groups created</li>
2463           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2464             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2465           <li>Pressing return several times causes Number Format
2466             exceptions in keyboard mode</li>
2467           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2468             correct partitions for input data</li>
2469           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2470           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2471           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2472           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2473             mode</li>
2474           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2475             changes one row&#39;s threshold</li>
2476           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2477             doesn&#39;t open</li>
2478           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2479             quality histograms</li>
2480         </ul>
2481       </td>
2482     </tr>
2483     <tr>
2484       <td><div align="center">
2485           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2486         </div></td>
2487       <td><em>Application</em>
2488         <ul>
2489           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2490             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2491           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2492             preferences</li>
2493           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2494             in Jalview alignment window</li>
2495           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2496             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2497           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2498             RNA and ambiguity codes</li>
2499
2500           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2501           <li>Support fetching and database reference look up
2502             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2503             refs')</li>
2504           <li>Jalview project improvements
2505             <ul>
2506               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2507                 flag for annotation</li>
2508               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2509                 alignment</li>
2510               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2511                 Jalview project</li>
2512
2513             </ul>
2514           </li>
2515           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2516           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2517             running</li>
2518           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2519           <li>visual indication that web service results are still
2520             being retrieved from server</li>
2521           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2522             starts up for first time</li>
2523           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2524             services</li>
2525           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2526             client library</li>
2527           <li>Examples directory and Groovy library included in
2528             InstallAnywhere distribution</li>
2529         </ul> <em>Applet</em>
2530         <ul>
2531           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2532             visualization applet example</li>
2533         </ul> <em>General</em>
2534         <ul>
2535           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2536           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2537             defaults</li>
2538           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2539             calculation</li>
2540           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2541             matrices
2542           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2543             in HTML</li>
2544           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2545             structure contacts</li>
2546           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2547           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2548           <li>Parse sequence associated secondary structure
2549             information in Stockholm files</li>
2550           <li>HTML Export database accessions and annotation
2551             information presented in tooltip for sequences</li>
2552           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2553             style RNA alignment files</li>
2554           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2555             alignment</li>
2556           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2557             shade each sequence according to its associated alignment
2558             annotation</li>
2559           <li>New Jalview Logo</li>
2560         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2561         <ul>
2562           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2563           <li>New Website!</li>
2564         </ul></td>
2565       <td><em>Application</em>
2566         <ul>
2567           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2568             wsdbfetch REST service</li>
2569           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2570           <li>Filetype associations not installed for webstart
2571             launch</li>
2572           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2573             job execution in full once it is complete</li>
2574           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2575             uploaded via ali_file parameter</li>
2576           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2577           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2578           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2579             submitted for prediction</li>
2580           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2581             desktop window</li>
2582           <li>Putting fractional value into integer text box in
2583             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2584           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2585             windows 7</li>
2586           <li>View all structures fails with exception shown in
2587             structure view</li>
2588           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2589             escaped in a platform independent way</li>
2590           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2591             using proxy</li>
2592           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2593             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2594           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2595             failure when java web start temporary file caching is
2596             disabled</li>
2597           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2598             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2599           <li>Errors during processing of command line arguments
2600             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2601           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2602             DAS sources in sequence fetcher</li>
2603           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2604             dialog is shown</li>
2605           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2606           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2607           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2608           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2609             on OSX Mountain Lion</li>
2610           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2611             sequences with alignment annotation are pasted into the
2612             alignment</li>
2613           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2614             when loaded from Jalview project</li>
2615           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2616           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2617             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2618           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2619             associated with all views</li>
2620           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2621             annotation rows to new window</li>
2622         </ul> <em>Applet</em>
2623         <ul>
2624           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2625             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2626           <li>loading features via javascript API automatically
2627             enables feature display</li>
2628           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2629             work</li>
2630         </ul> <em>General</em>
2631         <ul>
2632           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2633           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2634             and then deselected</li>
2635           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2636           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2637             coloured with clustalx</li>
2638           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2639             exceptions and redraw errors</li>
2640           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2641             reconfigured view</li>
2642           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2643             colour</li>
2644           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2645             for lots of labels</li>
2646         </ul>
2647     </tr>
2648     <tr>
2649       <td>
2650         <div align="center">
2651           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2652         </div>
2653       </td>
2654       <td><em>Application</em>
2655         <ul>
2656           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2657           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2658           <li>View/alignment association menu to enable user to
2659             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2660             its colours/correspondences from</li>
2661           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2662           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2663             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2664           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2665           <li>Annotation row column label formatting attributes
2666             stored in project file</li>
2667           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2668             rows preserved in Jalview project file</li>
2669           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2670             saved using Desktop window menu</li>
2671           <li>Visual indication that command line arguments are
2672             still being processed</li>
2673           <li>Groovy script execution from URL</li>
2674           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2675             preferences</li>
2676           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2677             alignment with sequences that have high similarity and
2678             matching IDs</li>
2679           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2680           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2681             structures in same window</li>
2682           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2683           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2684             analysis function in its own submenu</li>
2685         </ul> <em>Applet</em>
2686         <ul>
2687           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2688             groups</li>
2689           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2690           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2691           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2692           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2693           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2694             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2695           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2696           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2697             parameters are treated as such</li>
2698           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2699             <ul>
2700               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2701               <li>Javascript callbacks for
2702                 <ul>
2703                   <li>Applet initialisation</li>
2704                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2705                 </ul>
2706               </li>
2707               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2708                 functions</li>
2709               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2710               <li>javascript structure viewer harness to pass
2711                 messages between Jmol and Jalview when running as
2712                 distinct applets</li>
2713               <li>sortBy method</li>
2714               <li>Set of applet and application examples shipped
2715                 with documentation</li>
2716               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2717                 javascript message exchange</li>
2718             </ul>
2719         </ul> <em>General</em>
2720         <ul>
2721           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2722             multiple alignments</li>
2723           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2724           <li>User configurable link to enable redirects to a
2725             www.Jalview.org mirror</li>
2726           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2727           <li>Configurable newline string when writing alignment
2728             and other flat files</li>
2729           <li>Allow alignment annotation description lines to
2730             contain html tags</li>
2731         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2732         <ul>
2733           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2734             examples</li>
2735           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2736             using a web service before displaying the result in the
2737             Jalview desktop</li>
2738           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2739           <li>Ant target to publish example html files with applet
2740             archive</li>
2741           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2742           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2743         </ul></td>
2744       <td><em>Application</em>
2745         <ul>
2746           <li>User defined colourscheme throws exception when
2747             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2748           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2749             dialog for valid filename/format</li>
2750           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2751           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2752             P37173</li>
2753           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2754             which sequence is to be associated with the file</li>
2755           <li>Find All raises null pointer exception when query
2756             only matches sequence IDs</li>
2757           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2758           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2759             2.4 cannot be loaded</li>
2760           <li>Filetype associations not installed for webstart
2761             launch</li>
2762           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2763             with sequences in different alignments do not get coloured
2764             by their associated sequence</li>
2765           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2766             not preserved when project is loaded</li>
2767           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2768             stored in Jalview project</li>
2769           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2770             Jalview project</li>
2771           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2772           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2773             by conservation</li>
2774           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2775             created on new view</li>
2776           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2777             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2778           <li>Alignment quality not updated after alignment
2779             annotation row is hidden then shown</li>
2780           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2781             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2782           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2783             properly</li>
2784           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2785             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2786           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2787           <li>Structures imported from file and saved in project
2788             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2789           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2790             job execution in full once it is complete</li>
2791         </ul> <em>Applet</em>
2792         <ul>
2793           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2794             annotation rows are displayed</li>
2795           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2796             codebase</li>
2797           <li>View follows highlighting does not work for positions
2798             in sequences</li>
2799           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2800           <li>Export features raises exception when no features
2801             exist</li>
2802           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2803             for javascript api is modified when separator string
2804             provided as parameter</li>
2805           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2806             alignment with no existing selection</li>
2807           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2808             to applet&#39;s codebase</li>
2809           <li>Status bar not updated after finished searching and
2810             search wraps around to first result</li>
2811           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2812             several Jalview applets causes race conditions and memory
2813             leaks</li>
2814           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2815             not sent from Jmol in applet</li>
2816           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2817             applet API fatally hang browser</li>
2818         </ul> <em>General</em>
2819         <ul>
2820           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2821             position with wrapped view and hidden regions</li>
2822           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2823             with/without hidden columns</li>
2824           <li>Sequence length given in alignment properties window
2825             is off by 1</li>
2826           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2827             import PDB like structure files</li>
2828           <li>Positional search results are only highlighted
2829             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2830           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2831           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2832             given sequence position</li>
2833           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2834             output</li>
2835           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2836             from nucleotide chains correctly</li>
2837           <li>Structure colours not updated when tree partition
2838             changed in alignment</li>
2839           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2840             parsed in interleaved stockholm</li>
2841           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2842             state</li>
2843           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2844             properly</li>
2845           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2846             properly associated with their pdb files</li>
2847         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2848         <ul>
2849           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2850             ApplyCopyright tool</li>
2851         </ul></td>
2852     </tr>
2853     <tr>
2854       <td>
2855         <div align="center">
2856           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2857         </div>
2858       </td>
2859       <td><em>Application</em>
2860         <ul>
2861           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2862             contact web services</li>
2863           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2864             service job window</li>
2865           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2866         </ul></td>
2867       <td>
2868         <ul>
2869           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2870             pir file emitted by Jalview</li>
2871           <li>Existing feature settings transferred to new
2872             alignment view created from cut'n'paste</li>
2873           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2874             parsing PDB files</li>
2875           <li>Consensus and conservation annotation rows
2876             occasionally become blank for all new windows</li>
2877           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2878             in wrapped view mode</li>
2879         </ul> <em>Application</em>
2880         <ul>
2881           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2882             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2883           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2884             parameter names</li>
2885           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2886             is down</li>
2887         </ul>
2888       </td>
2889     </tr>
2890     <tr>
2891       <td>
2892         <div align="center">
2893           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2894         </div>
2895       </td>
2896       <td><em>Application</em>
2897         <ul>
2898           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2899             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2900             (JABAWS)
2901           </li>
2902           <li>Web Services preference tab</li>
2903           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2904             preferences</li>
2905           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2906           <li>Superpose structures using associated sequence
2907             alignment</li>
2908           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2909             viewer</li>
2910         </ul> <em>Applet</em>
2911         <ul>
2912           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2913             link out mechanism</li>
2914         </ul> <em>Other</em>
2915         <ul>
2916           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2917             series 12</li>
2918           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2919             require Java 1.5</li>
2920           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2921             sequence annotation files</li>
2922           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2923             type colour specification</li>
2924           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2925             script to check if it being run in an interactive session or
2926             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2927         </ul></td>
2928       <td>
2929         <ul>
2930           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2931             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2932         </ul> <em>Application</em>
2933         <ul>
2934           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2935             selected Regions menu item</li>
2936           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2937             part of a valid accession ID</li>
2938           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2939             runs out of memory</li>
2940           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2941             analysis results</li>
2942           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2943             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2944           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2945         </ul> <em>Applet</em>
2946         <ul>
2947           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2948             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2949             defined.</li>
2950         </ul>
2951       </td>
2952     </tr>
2953     <tr>
2954       <td>
2955         <div align="center">
2956           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2957         </div>
2958       </td>
2959       <td></td>
2960       <td>
2961         <ul>
2962           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2963             sequence IDs</li>
2964           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2965             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2966           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2967             import correctly</li>
2968           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2969             number of columns are hidden</li>
2970           <li>annotation label popup menu not providing correct
2971             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2972             present</li>
2973           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2974             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2975           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2976             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2977
2978         </ul> <em>Applet</em>
2979         <ul>
2980           <li>annotation panel disappears when annotation is
2981             hidden/removed</li>
2982         </ul> <em>Application</em>
2983         <ul>
2984           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2985             alignment opened where annotation panel is visible but no
2986             annotations are present on alignment</li>
2987           <li>pasted region containing hidden columns is
2988             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2989           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2990             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2991           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2992             selected Rregions menu item.</li>
2993           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2994             'Un' or 'Non'conserved</li>
2995           <li>Sequence feature settings are being shared by
2996             multiple distinct alignments</li>
2997           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2998             changed</li>
2999           <li>double click on group annotation to select sequences
3000             does not propagate to associated trees</li>
3001           <li>Mac OSX specific issues:
3002             <ul>
3003               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3004                 window background</li>
3005               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3006                 name set correctly</li>
3007               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3008                 save feature colourscheme button</li>
3009             </ul>
3010           </li>
3011         </ul>
3012       </td>
3013     </tr>
3014     <tr>
3015
3016       <td>
3017         <div align="center">
3018           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3019         </div>
3020       </td>
3021       <td><em>New Capabilities</em>
3022         <ul>
3023           <li>URL links generated from description line for
3024             regular-expression based URL links (applet and application)
3025
3026           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3027             menu</li>
3028           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3029             structures</li>
3030           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3031             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3032           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3033             average score or total feature count for each sequence.</li>
3034           <li>Shading features by score or associated description</li>
3035           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3036             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3037           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3038             hide everything but the currently selected region.</li>
3039           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3040         </ul> <em>Application</em>
3041         <ul>
3042           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3043             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3044           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3045             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3046           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3047             database references and protein_name is parsed as
3048             description line (BioSapiens terms).</li>
3049           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3050             references in sequence ID tooltip from View menu in
3051             application.</li>
3052           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3053       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3054           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3055             conservation plots</li>
3056           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3057             and visualized as sequence logos</li>
3058           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3059             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3060           </li>
3061           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3062             when a new tree is opened.</li>
3063           <li>Jalview Java Console</li>
3064           <li>Better placement of desktop window when moving
3065             between different screens.</li>
3066           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3067             consensus annotation</li>
3068           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3069             Workflows</li>
3070           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3071             <ul>
3072               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3073                 used to preserve views, structures, and tree display
3074                 settings)</li>
3075               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3076                 command line</li>
3077               <li>Sharing of selected regions between views and
3078                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3079               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3080             </ul></li>
3081         </ul> <em>Applet</em>
3082         <ul>
3083           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3084           <li>New Parameters
3085             <ul>
3086               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3087                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3088                 opened.</li>
3089               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3090                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3091               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3092                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3093               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3094                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3095                 view</li>
3096               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3097                 increase the height or width of a cell in the alignment
3098                 grid relative to the current font size.</li>
3099             </ul>
3100           </li>
3101           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3102             tooltip</li>
3103         </ul> <em>Other</em>
3104         <ul>
3105           <li>Features format: graduated colour definitions and
3106             specification of feature scores</li>
3107           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3108             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3109             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3110           <li>XML formats extended to support graduated feature
3111             colourschemes, group associated annotation, and profile
3112             visualization settings.</li></td>
3113       <td>
3114         <ul>
3115           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3116             rather than description</li>
3117           <li>Non-positional features are now included in sequence
3118             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3119             visibility in tooltip).</li>
3120           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3121           <li>Added URL embedding instructions to features file
3122             documentation.</li>
3123           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3124             'X' in peptide product</li>
3125           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3126             sequence ID and sequence string and query strings do not
3127             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3128           <li>AMSA files only contain first column of
3129             multi-character column annotation labels</li>
3130           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3131             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3132             exported and re-imported)</li>
3133           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3134             name</li>
3135           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3136             as subsequence matches, and correctly reports total number
3137             of both.</li>
3138           <li>Application:
3139             <ul>
3140               <li>Better handling of exceptions during sequence
3141                 retrieval</li>
3142               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3143                 link text excludes the start_end suffix</li>
3144               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3145                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3146               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3147               <li>Sequence description lines properly shared via
3148                 VAMSAS</li>
3149               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3150                 data sources</li>
3151               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3152                 completes before alignment figures are generated.</li>
3153               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3154                 first time.</li>
3155               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3156                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3157               <li>User defined group colours properly recovered
3158                 from Jalview projects.</li>
3159             </ul>
3160           </li>
3161         </ul>
3162       </td>
3163
3164     </tr>
3165     <tr>
3166       <td>
3167         <div align="center">
3168           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3169         </div>
3170       </td>
3171       <td>
3172         <ul>
3173           <li>Experimental support for google analytics usage
3174             tracking.</li>
3175           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3176         </ul>
3177       </td>
3178       <td>
3179         <ul>
3180           <li>Race condition in applet preventing startup in
3181             jre1.6.0u12+.</li>
3182           <li>Exception when feature created from selection beyond
3183             length of sequence.</li>
3184           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3185           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3186             all sequences with a given id</li>
3187           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3188             ID string searches</li>
3189           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3190             alignment to fail with exception</li>
3191         </ul> <em>Application Issues</em>
3192         <ul>
3193           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3194           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3195             data sources</li>
3196         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3197         <ul>
3198           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3199             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3200           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3201             version (java class versioning error fixed)</li>
3202         </ul>
3203       </td>
3204     </tr>
3205     <tr>
3206       <td>
3207
3208         <div align="center">
3209           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3210         </div>
3211       </td>
3212       <td><em>User Interface</em>
3213         <ul>
3214           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3215             translation and protein products</li>
3216           <li>Linked highlighting of structure associated with
3217             residue mapping to codon position</li>
3218           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3219             and 'clear' button</li>
3220           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3221             Tools menu</li>
3222           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3223             numeric data in description line</li>
3224           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3225           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3226             of sequence</li>
3227         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3228         <ul>
3229           <li>JPred3 web service</li>
3230           <li>Prototype sequence search client (no public services
3231             available yet)</li>
3232           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3233             PFAM</li>
3234           <li>URL Links created for matching database cross
3235             references as well as sequence ID</li>
3236           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3237         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3238         <ul>
3239           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3240             databases</li>
3241           <li>Generalised database reference retrieval and
3242             validation to all fetchable databases</li>
3243           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3244             sequence command</li>
3245         </ul> <em>Import and Export</em>
3246         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3247         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3248           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3249         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3250           File</li>
3251         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3252           triplet as name of colourscheme</li>
3253         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3254         <ul>
3255           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3256           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3257             alignments (experimental)</li>
3258           <li>Create new or select existing session to join</li>
3259           <li>load and save of vamsas documents</li>
3260         </ul> <em>Application command line</em>
3261         <ul>
3262           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3263             from applet)</li>
3264           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3265             of DAS servers to query for alignment features</li>
3266           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3267             that are also automatically queried for features</li>
3268           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3269             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3270         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3271         <ul>
3272           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3273             application (when using &quot;View in full
3274             application&quot;)</li>
3275         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3276         <ul>
3277           <li>feature group display control parameter</li>
3278           <li>debug parameter</li>
3279           <li>showbutton parameter</li>
3280         </ul> <em>Applet API methods</em>
3281         <ul>
3282           <li>newView public method</li>
3283           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3284           <li>Feature display control methods</li>
3285           <li>get list of currently selected sequences</li>
3286         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3287         <ul>
3288           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3289           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3290             Jalview release.</li>
3291           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3292             property controls execution of obfuscator</li>
3293           <li>Build target for generating source distribution</li>
3294           <li>Debug flag for javacc</li>
3295           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3296             jalview.bin.Cache</li>
3297           <li>Continuous Build Integration for stable and
3298             development version of Application, Applet and source
3299             distribution</li>
3300         </ul></td>
3301       <td>
3302         <ul>
3303           <li>selected region output includes visible annotations
3304             (for certain formats)</li>
3305           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3306             for editing</li>
3307           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3308           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3309           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3310           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3311             comments</li>
3312           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3313             filenames containing a ':'</li>
3314           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3315             global sequence features</li>
3316           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3317             references from alignment sequences goes to zero</li>
3318           <li>Close of tree branch colour box without colour
3319             selection causes cascading exceptions</li>
3320           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3321           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3322             file parsing fails.</li>
3323           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3324           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3325             not a valid output format</li>
3326           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3327             vamsas</li>
3328           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3329           <li>error messages passed up and output when data read
3330             fails</li>
3331           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3332             sequence is edited</li>
3333           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3334             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3335           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3336             filetype</li>
3337           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3338             import fixed for PFAM records</li>
3339           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3340             window list</li>
3341           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3342             can be read and written correctly to annotation file</li>
3343           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3344             correctly</li>
3345           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3346             non-italic font for representatives in Applet</li>
3347           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3348             Macs.</li>
3349           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3350             Applet)</li>
3351           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3352             due to null pointer exceptions</li>
3353           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3354             first column of alignment</li>
3355           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3356             July 2008</li>
3357           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3358             file is case-insensitive</li>
3359           <li>Sequence features read from Features file appended to
3360             all sequences with matching IDs</li>
3361           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3362             containing a sub-sequence</li>
3363           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3364           <li>feature and annotation file applet parameters
3365             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3366           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3367           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3368             splash-screen version check to complete</li>
3369           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3370             when passing them to the launchApp service</li>
3371           <li>display name and local features preserved in results
3372             retrieved from web service</li>
3373           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3374             sequence fetcher initialisation</li>
3375           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3376             dasobert DAS client</li>
3377           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3378             association</li>
3379           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3380             sequences
3381           </li>
3382         </ul>
3383       </td>
3384     </tr>
3385     <tr>
3386       <td>
3387         <div align="center">
3388           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3389         </div>
3390       </td>
3391       <td>
3392         <ul>
3393           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3394           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3395           <li>Slide sequences</li>
3396           <li>Edit sequence in place</li>
3397           <li>EMBL CDS features</li>
3398           <li>DAS Feature mapping</li>
3399           <li>Feature ordering</li>
3400           <li>Alignment Properties</li>
3401           <li>Annotation Scores</li>
3402           <li>Sort by scores</li>
3403           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3404         </ul>
3405       </td>
3406       <td>
3407         <ul>
3408           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3409           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3410           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3411           <li>Feature group display state in XML</li>
3412           <li>Feature ordering in XML</li>
3413           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3414           <li>Stockholm alignment properties</li>
3415           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3416           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3417           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3418           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3419         </ul>
3420       </td>
3421
3422     </tr>
3423     <tr>
3424       <td>
3425         <div align="center">
3426           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3427         </div>
3428       </td>
3429       <td>
3430         <ul>
3431           <li>Non standard characters can be read and displayed
3432           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3433             applet via textbox
3434           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3435             name &amp; description
3436           <li>Preference setting to display sequence name in
3437             italics
3438           <li>Annotation file format extended to allow
3439             Sequence_groups to be defined
3440           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3441             specified in preferences
3442           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3443             sequences
3444         </ul>
3445       </td>
3446       <td>
3447         <ul>
3448           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3449             installed
3450           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3451           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3452         </ul>
3453       </td>
3454     </tr>
3455     <tr>
3456       <td>
3457         <div align="center">
3458           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3459         </div>
3460       </td>
3461       <td>
3462         <ul>
3463           <li>Multiple views on alignment
3464           <li>Sequence feature editing
3465           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3466           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3467           <li>Background dependent text colour
3468           <li>Right align sequence ids
3469           <li>User-defined lower case residue colours
3470           <li>Format Menu
3471           <li>Select Menu
3472           <li>Menu item accelerator keys
3473           <li>Control-V pastes to current alignment
3474           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3475           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3476           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3477
3478           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3479         </ul>
3480       </td>
3481       <td>
3482         <ul>
3483           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3484           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3485             calculations
3486           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3487             edits
3488           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3489             of alignment)
3490           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3491
3492           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3493             display correctly
3494           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3495           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3496             analysis results
3497           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3498             &#8739;
3499           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3500           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3501           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3502
3503         </ul>
3504       </td>
3505     </tr>
3506     <tr>
3507       <td>
3508         <div align="center">
3509           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3510         </div>
3511       </td>
3512       <td>
3513         <ul>
3514           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3515         </ul>
3516       </td>
3517       <td>
3518         <ul>
3519           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3520             sequence id panel has been resized</li>
3521           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3522             rendered</li>
3523           <li>Annotation files with sequence references - all
3524             elements in file are relative to sequence position</li>
3525           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3526         </ul>
3527       </td>
3528     </tr>
3529     <tr>
3530       <td>
3531         <div align="center">
3532           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3533         </div>
3534       </td>
3535       <td>
3536         <ul>
3537           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3538           <li>DAS Feature fetching</li>
3539           <li>Hide sequences and columns</li>
3540           <li>Export Annotations and Features</li>
3541           <li>GFF file reading / writing</li>
3542           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3543             files</li>
3544           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3545           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3546           <li>Applet can launch the full application</li>
3547           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3548             required)</li>
3549           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3550           <li>Applet can load sequences from parameter
3551             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3552           </li>
3553         </ul>
3554       </td>
3555       <td>
3556         <ul>
3557           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3558           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3559           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3560         </ul>
3561       </td>
3562     </tr>
3563     <tr>
3564       <td>
3565         <div align="center">
3566           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3567         </div>
3568       </td>
3569       <td>
3570         <ul>
3571           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3572           <li>Choose to match case when searching</li>
3573           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3574             expand the visible width and height of the alignment</li>
3575         </ul>
3576       </td>
3577       <td>
3578         <ul>
3579           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3580         </ul>
3581       </td>
3582     </tr>
3583     <tr>
3584       <td>
3585         <div align="center">
3586           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3587         </div>
3588       </td>
3589       <td>&nbsp;</td>
3590       <td>
3591         <ul>
3592           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3593           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3594             value</li>
3595         </ul>
3596       </td>
3597     </tr>
3598     <tr>
3599       <td>
3600         <div align="center">
3601           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3602         </div>
3603       </td>
3604       <td>
3605         <ul>
3606           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3607           <li>Keyboard editing</li>
3608           <li>Create sequence features from searches</li>
3609           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3610             alignments</li>
3611           <li>Features file allows grouping of features</li>
3612           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3613           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3614           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3615         </ul>
3616       </td>
3617       <td>
3618         <ul>
3619           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3620           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3621             descriptions saved.</li>
3622         </ul>
3623       </td>
3624     </tr>
3625     <tr>
3626       <td>
3627         <div align="center">
3628           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3629         </div>
3630       </td>
3631       <td>
3632         <ul>
3633           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3634           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3635           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3636             name for file output</li>
3637           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3638           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3639             used for HTML form input</li>
3640         </ul>
3641       </td>
3642       <td>
3643         <ul>
3644           <li>HTML output writes groups and features</li>
3645           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3646           <li>File IO bugs</li>
3647         </ul>
3648       </td>
3649     </tr>
3650     <tr>
3651       <td>
3652         <div align="center">
3653           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3654         </div>
3655       </td>
3656       <td>
3657         <ul>
3658           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3659           <li>More options for PCA viewer</li>
3660         </ul>
3661       </td>
3662       <td>
3663         <ul>
3664           <li>GUI bugs resolved</li>
3665           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3666         </ul>
3667       </td>
3668     </tr>
3669     <tr>
3670       <td height="63">
3671         <div align="center">
3672           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3673         </div>
3674       </td>
3675       <td>
3676         <ul>
3677           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3678           <li>Jar files are executable</li>
3679           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3680         </ul>
3681       </td>
3682       <td>
3683         <ul>
3684           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3685           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3686           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3687         </ul>
3688       </td>
3689     </tr>
3690     <tr>
3691       <td>
3692         <div align="center">
3693           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3694         </div>
3695       </td>
3696       <td>
3697         <ul>
3698           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3699         </ul>
3700       </td>
3701       <td>
3702         <ul>
3703           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3704         </ul>
3705       </td>
3706     </tr>
3707     <tr>
3708       <td>
3709         <div align="center">
3710           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3711         </div>
3712       </td>
3713       <td>
3714         <ul>
3715           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3716             size</li>
3717         </ul>
3718       </td>
3719       <td>
3720         <ul>
3721           <li>Improved JPred client reliability</li>
3722           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3723         </ul>
3724       </td>
3725     </tr>
3726     <tr>
3727       <td>
3728         <div align="center">
3729           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3730         </div>
3731       </td>
3732       <td>
3733         <ul>
3734           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3735           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3736           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3737             to Colour Menu</li>
3738           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3739           <li>Unix users can set default web browser</li>
3740           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3741           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3742         </ul>
3743       </td>
3744       <td>
3745         <ul>
3746           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3747         </ul>
3748       </td>
3749     </tr>
3750     <tr>
3751       <td>
3752         <div align="center">
3753           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3754         </div>
3755       </td>
3756       <td>&nbsp;</td>
3757       <td>
3758         <ul>
3759           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3760             alignment order.</li>
3761         </ul>
3762       </td>
3763     </tr>
3764     <tr>
3765       <td>
3766         <div align="center">
3767           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3768         </div>
3769       </td>
3770       <td>
3771         <ul>
3772           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3773           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3774           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3775             annotations.</li>
3776           <li>Version and build date written to build properties
3777             file.</li>
3778           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3779             at launch of Jalview.</li>
3780         </ul>
3781       </td>
3782       <td>
3783         <ul>
3784           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3785           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3786           <li>Can remove groups one by one.</li>
3787           <li>Filechooser icons installed.</li>
3788           <li>Finder ignores return character when searching.
3789             Return key will initiate a search.<br>
3790           </li>
3791         </ul>
3792       </td>
3793     </tr>
3794     <tr>
3795       <td>
3796         <div align="center">
3797           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3798         </div>
3799       </td>
3800       <td>
3801         <ul>
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