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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  81               and memory efficiency (~30x faster)
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  85               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  86               and other calculations
  87               <ul>
  88                 <li>
  89                   <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  90                   files within the Jalview codebase
  91                 <li>
  92                   <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
  93                   Similarity may have different topology due to
  94                   increased precision
  95                 </li>
  96               </ul>
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 100               a calculation dialog box
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 104               model for alignments and groups
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 108               scripts
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views
 112               via Overview or sequence motif search operations
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 116               with alignment and overview windows
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 120               omitted in Overview
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 124               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 128               extension when importing structure files without embedded
 129               names or PDB accessions
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 133               opened by double clicking gaps within sequence feature
 134               extent
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 138               included in the example feature file
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 142               ungapped positions in each column of the alignment.
 143             </li>
 144           </ul>
 145           <em>Application</em>
 146           <ul>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 149               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 150               the application.
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 154               there are not enough columns to superimpose structures in
 155               Chimera
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 159               file-based command exchange
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 163               cross-references provided by identifiers.org and the
 164               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 171               format sequence substitution matrices
 172             </li>
 173             <li>
 174             <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows Cached Structures rather than querying the PDBe if structures are already available for sequences
 175             </li>
 176           </ul>
 177           <em>Experimental features</em>
 178           <ul>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 181               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 182               features, and vice-versa.
 183             </li>
 184           </ul>
 185           <em>Applet</em>
 186           <ul>
 187             <li>
 188               <!--  -->
 189             </li>
 190           </ul>
 191           <em>Test Suite</em>
 192           <ul>
 193             <li>
 194               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 198               during tests
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!--  --> <em>Scripting</em>
 202               <ul>
 203                 <li>
 204                   <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing
 205                   and identifying file formats (instead of String
 206                   constants)
 207                 </li>
 208                 <li>
 209                   <!-- JAL- -->
 210                 </li>
 211
 212
 213               </ul>
 214           </ul>
 215         </div></td>
 216       <td><div align="left">
 217           <em>General</em>
 218           <ul>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 221               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 222               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 226               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 227               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 228               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 229               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 230               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 231               Jalview's PCAs were different to those produced by
 232               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 233               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 234               behaviour<br />
 235               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 236               2.10.1 mode<br />
 237               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 238               restore 2.10.2 mode
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 242               doesn't reselect a specific sequence's associated
 243               annotation after it was used for colouring a view
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 247               coloured in linked structure views
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 251               opened on a region of alignment without groups
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 255               of an alignment with overlapping groups
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 259               name and description match
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 263               hidden regions results in incorrect hidden regions
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 267               generating output report when working with highly
 268               redundant alignments
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 272               lightGray or darkGray via features file
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 276               erratically when hidden rows or columns are present
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 280               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 281               sequence colouring
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 285               colour and group colour menu for protein alignments
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 289               changing colour does not apply Conservation slider value
 290               to all groups
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 294               reflect currently selected view or group's shading
 295               thresholds
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 299               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 303               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 307               gaps before start of features
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 311               load
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 315               restored to UI when feature colour is edited
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 319               when rendered on overview and structures when opacity at
 320               100%
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 324               as graduate feature colour settings are modified via the
 325               dialog box
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 329               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 333               when a group defined on the alignment is resized
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 337               wrapped view result in positional status updates
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 341               amino acid and nucleotide symbols
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 345               alignment included gapped columns
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 349               overview when features overlaid on alignment
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL- -->
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL- -->
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL- -->
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL- -->
 362             </li>
 363           </ul>
 364           <strong>Documentation</strong>
 365           <ul>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 368               with the built-in Java help viewer
 369             </li>
 370           </ul>
 371           <em>Application</em>
 372           <ul>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 375               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 376               new documentation and tooltips added)
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 380               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 384               new features are added to alignment
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 388               selection menu changes colours of alignment views
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 392               appear enabled in Preferences->Connections
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 396               from alignment calculation workers after alignment has
 397               been closed
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 401               groups now 'Create Group'
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 405               Create/Undefine group doesn't always work
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 409               shown again after pressing 'Cancel'
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 413               removed from console output
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 417               when alignment view imported from project
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure
 421               and sequences extracted from structure files imported via
 422               URL
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 426               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 427               the project is loaded and the structure viewed
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 431               adjusts start position in wrap mode
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 435               ambiguous amino acids
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 439               gaps in selection, current sequence and only within
 440               selected columns
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 444               Ensembl by Peptide ID
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 448               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 449               proteins
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus not shown
 453             </li>
 454
 455
 456           </ul>
 457           <em>Applet</em>
 458           <ul>
 459             <li>
 460               <!-- JAL- -->
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 464               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 468               overview or linked structure view
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 472               work (since 2.8)
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 476               user-defined colourscheme doesn't restore original
 477               colourscheme
 478             </li>
 479           </ul>
 480           <em>New Known Issues</em>
 481           <ul>
 482             <li>
 483               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 484               phase after a sequence motif find operation
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 488               containing just upper and lower case letters are
 489               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 493               ortholog database
 494             </li>
 495           </ul>
 496           <em>Test Suite</em>
 497           <ul>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 500               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL- -->
 504             </li>
 505           </ul>
 506         </div>
 507     <tr>
 508       <td width="60" nowrap>
 509         <div align="center">
 510           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 511         </div>
 512       </td>
 513       <td><div align="left">
 514           <em>General</em>
 515           <ul>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 518               for all consensus calculations
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 522               3rd Oct 2016)
 523             </li>
 524             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 525               for 2016-2017</li>
 526           </ul>
 527           <em>Application</em>
 528           <ul>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 531               set of database cross-references, sorted alphabetically
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 535               from database cross references. Users with custom links
 536               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 537                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 541               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 542               Chimera session
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 546               the Chimera it is connected to is shut down
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 550               columns menu item to mark columns containing highlighted
 551               regions (e.g. from structure selections or results of a
 552               Find operation)
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 556               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 557               MSAviewer
 558             </li>
 559           </ul>
 560         </div></td>
 561       <td>
 562         <div align="left">
 563           <em>General</em>
 564           <ul>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 567               are not coloured or thresholded according to percent
 568               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 572               hydrophobic
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 576               threshold, amino acid properties)
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 580               reported as mapped to residues in a structure file in the
 581               View Mapping report
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 585               could be added multiple times to a sequence
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 589               bond features shown as two highlighted residues rather
 590               than a range in linked structure views, and treated
 591               correctly when selecting and computing trees from features
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 595               cross-references are matched to database name regardless
 596               of case
 597             </li>
 598
 599           </ul>
 600           <em>Application</em>
 601           <ul>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 604               names without regular expressions also offer links from
 605               Sequence ID
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 609               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 610               update Jalview configuration
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 614               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 618               files with similarly named sequences if dropped onto the
 619               alignment
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 623               entries where more chains exist in the PDB accession than
 624               are reported in the SIFTS file
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 628               the structure view when displayed with Chimera
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 632               panel's View->Show Chains submenu
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 636               work for wrapped alignment views
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 640               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 644               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 645               first annotation row
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 649               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 653               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 654             </li>
 655             <!-- JAL-2319 -->
 656             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 657             coordindate data
 658             </li>
 659           </ul>
 660           <!--           <em>New Known Issues</em>
 661           <ul>
 662             <li></li>
 663           </ul> -->
 664         </div>
 665       </td>
 666     </tr>
 667     <td width="60" nowrap>
 668       <div align="center">
 669         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 670           <em>25/10/2016</em></strong>
 671       </div>
 672     </td>
 673     <td><em>Application</em>
 674       <ul>
 675         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 676           view if structures already loaded</li>
 677         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 678           structure views</li>
 679       </ul></td>
 680     <td>
 681       <div align="left">
 682         <em>General</em>
 683         <ul>
 684           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 685             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 686           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 687             example sequences/projects/trees</li>
 688         </ul>
 689         <em>Application</em>
 690         <ul>
 691           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 692             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 693           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 694             without timeout for structures with multiple models or
 695             multiple sequences in alignment</li>
 696           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 697             PDB ID HEADER line</li>
 698           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 699             is performed</li>
 700           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 701             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 702           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 703           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 704             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 705             option</li>
 706           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 707             is created on the alignment</li>
 708           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 709             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 710             pop-up menu</li>
 711         </ul>
 712         <em>Build and deployment</em>
 713         <ul>
 714           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 715             tags</li>
 716         </ul>
 717         <em>New Known Issues</em>
 718         <ul>
 719           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 720             on Windows</li>
 721         </ul>
 722       </div>
 723     </td>
 724     </tr>
 725     <tr>
 726       <td width="60" nowrap>
 727         <div align="center">
 728           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 729         </div>
 730       </td>
 731       <td><em>General</em>
 732         <ul>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 738             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 739             better PDB parsing.
 740           </li>
 741           <li>
 742             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 743             reference sequence
 744           </li>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 747             mousing over sequence associated annotation
 748           </li>
 749           <li>
 750             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 751             for manual entry
 752           </li>
 753           <li>
 754             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 755             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 756             for each column
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 760             showing or hiding columns containing a feature
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 764             group and sequence associated annotation labels
 765           </li>
 766           <li>
 767             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 768             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 769             dialogs
 770           </li>
 771
 772         </ul> <em>Application</em>
 773         <ul>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 776             gene/transcript view
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 780             dialog
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 784             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 788             Pfam sources to xfam.org
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 795             over sequences in Jalview
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 799             regions in ENA and EMBL
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 803             for record retrieval via ENA rest API
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 807             complement operator
 808           </li>
 809           <li>
 810             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 811             groovy script execution
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 815             alignment window's Calculate menu
 816           </li>
 817           <li>
 818             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 819             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 820           </li>
 821           <li>
 822             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 823             calculation workers from groovy scripts
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 827             Jalview projects
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 831             associations are now saved/restored from project
 832           </li>
 833           <li>
 834             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 835             before sequence fetcher is opened
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 839             database chooser opens a sequence fetcher
 840           </li>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 843             the UniProt REST API
 844           </li>
 845           <li>
 846             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 847             the news reader opening
 848           </li>
 849           <li>
 850             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 851             querying stored in preferences
 852           </li>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 855             search results
 856           </li>
 857           <li>
 858             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 862             menu for nucleotide sequences
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 866             and feature counts preserves alignment ordering (and
 867             debugged for complex feature sets).
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 871             viewing structures with Jalview 2.10
 872           </li>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 875             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 876             Ensembl Genomes REST API
 877           </li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 880             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 881             (Ensembl)
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 885             sequences
 886           </li>
 887           <li>
 888             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 889             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 890             data from external database records.
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 894             efficient recovery of sequence coding and alignment
 895             annotation relationships.
 896           </li>
 897         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 898         <ul>
 899           <li>
 900             -- JAL---
 901           </li>
 902         </ul> --></td>
 903       <td>
 904         <div align="left">
 905           <em>General</em>
 906           <ul>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 909               menu on OSX
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 913               includes graduated colourschemes
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 917               working with big alignments and lots of hidden columns
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 921               at right of alignment window
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 925               contents
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 929               for DNA alignments
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 933               based tree calculation
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 937               unconserved enabled for group on alignment
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 941               set as reference
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 945               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 946               annotation
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 950               hidden columns present
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 954               user created annotation added to alignment
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 958               '()' base pair annotation
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 962               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 963               Consensus
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 967               feature not working
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 971               beginning of sequence
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 975               entry 3a6s
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 979               from a tree when t-coffee scores are shown
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 983               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 987               some structures
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 991               to Clustal, PIR and PileUp output
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 995               not visible causes alignment window to repaint
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 999               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1000               scores associated with features and annotation rows
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1004               calculation should be case independent
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1008               columns
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1012               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1013               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1017               problems when reference sequence defined and 'show
1018               non-conserved' enabled
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1022               load even when Consensus calculation is disabled
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1026               alignment does nothing
1027             </li>
1028           </ul>
1029           <em>Application</em>
1030           <ul>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1033               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1034               yet fixed for El Capitan)
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1038               output when running on non-gb/us i18n platforms
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1042               hidden sequences as flat-file alignment
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1046               launching Chimera
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1050               (also hotfix for 2.9.0b2)
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1054               reference sequence defined
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1058               alignments and views when revealing hidden columns
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1062               view in a cDNA/Protein splitframe
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1066               sequence from project when only one sequence is
1067               represented
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1071               in Structure Chooser
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1075               structure consensus didn't refresh annotation panel
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1079               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1083               dialogs format columns correctly, don't display array
1084               data, sort columns according to type
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1088               file chooser is cancelled during an image export
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1092               sequence name containing special characters
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1096               case insensitive
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1100               formatting don't wrap
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1104               truncated so L looks like I in consensus annotation
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1108               currently displayed features for the current selection or
1109               view
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1113               after fetching cross-references, and restoring from
1114               project
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1118               followed in the structure viewer
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1122               splitframe not restored from project
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1126               trailing end of protein alignment in transcript/product
1127               splitview when pad-gaps not enabled by default
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1131               is case dependent
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1135               article has been read (reopened issue due to
1136               internationalisation problems)
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1140               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1141               cross-references
1142             </li>
1143
1144             <li>
1145               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1146               alignment as HTML
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1150               multiple structures are shown for one or more sequences.
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1154               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1155               is enabled.
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1159               specific PDB id for sequence
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1163               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1164               columns' is disabled.
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1168               selects lowest rather than highest resolution structures
1169               for each sequence
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1173               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1177               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1181               after clicking on it to create new annotation for a
1182               column.
1183             </li>
1184             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1185             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1186           </ul>
1187           <em>Applet</em>
1188           <ul>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1191               hidden columns present before start of sequence
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1195               (JSON jars)
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1199               sequences are hidden in applet
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1203               deployment on examples pages.
1204             </li>
1205           </ul>
1206         </div>
1207       </td>
1208     </tr>
1209     <tr>
1210       <td width="60" nowrap>
1211         <div align="center">
1212           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1213             <em>16/10/2015</em></strong>
1214         </div>
1215       </td>
1216       <td><em>General</em>
1217         <ul>
1218           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1219             jars</li>
1220         </ul></td>
1221       <td>
1222         <div align="left">
1223           <em>Application</em>
1224           <ul>
1225             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1226               shown when tree is partitioned</li>
1227             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1228               multiple cDNA/Protein split views</li>
1229           </ul>
1230         </div>
1231       </td>
1232     </tr>
1233     <tr>
1234       <td width="60" nowrap>
1235         <div align="center">
1236           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1237             <em>8/10/2015</em></strong>
1238         </div>
1239       </td>
1240       <td><em>General</em>
1241         <ul>
1242           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1243             2.9</li>
1244         </ul> <em>Application</em>
1245         <ul>
1246           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1247           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1248           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1249         </ul> <em>Applet</em>
1250         <ul>
1251           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1252         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1253         <ul>
1254           <li>
1255             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1256             suite
1257           </li>
1258         </ul></td>
1259       <td>
1260         <div align="left">
1261           <em>General</em>
1262           <ul>
1263             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1264               incorrect when sequence start > 1</li>
1265             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1266               documentation</li>
1267             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1268             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1269               loading a features file containing HTML tags in feature
1270               description</li>
1271
1272           </ul>
1273           <em>Application</em>
1274           <ul>
1275             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1276               reimport</li>
1277             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1278               with 'trim retrieved sequences'</li>
1279             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1280               deleting selected columns</li>
1281             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1282               JNLP templates for webstart launch</li>
1283             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1284               unreleased structures for download or viewing</li>
1285             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1286               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1287             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1288               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1289             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1290               recovered from jalview project</li>
1291             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1292               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1293               alignment view</li>
1294             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1295               color schemes from BioJSON</li>
1296           </ul>
1297           <em>Applet</em>
1298           <ul>
1299             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1300               frame</li>
1301             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1302           </ul>
1303         </div>
1304       </td>
1305     </tr>
1306     <tr>
1307       <td><div align="center">
1308           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1309         </div></td>
1310       <td><em>General</em>
1311         <ul>
1312           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1313             alignments:
1314             <ul>
1315               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1316                 and DNA alignment views</li>
1317               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1318                 cDNA alignment views</li>
1319               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1320                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1321               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1322                 protein sequences</li>
1323             </ul>
1324           </li>
1325           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1326           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1327             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1328           <li>New alignment annotation file statements for
1329             reference sequences and marking hidden columns</li>
1330           <li>Reference sequence based alignment shading to
1331             highlight variation</li>
1332           <li>Select or hide columns according to alignment
1333             annotation</li>
1334           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1335           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1336             acid conservation row</li>
1337           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1338         </ul> <em>Application</em>
1339         <ul>
1340           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1341             <ul>
1342               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1343                 view with cDNA/Protein</li>
1344               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1345                 sequences are placed in the same alignment</li>
1346               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1347                 projects</li>
1348             </ul>
1349           </li>
1350
1351           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1352           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1353             Jalview windows</li>
1354
1355           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1356           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1357           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1358             be shown in VARNA</li>
1359
1360           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1361             as the active selected region</li>
1362
1363           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1364             similarity</li>
1365           <li>New Export options
1366             <ul>
1367               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1368                 region export in flat file generation</li>
1369
1370               <li>Export alignment views for display with the <a
1371                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1372
1373               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1374               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1375                 alignment figures to HTML</li>
1376           </li>
1377           <li>3D structure retrieval and display
1378             <ul>
1379               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1380                 Search API</li>
1381               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1382                 PDB structures for a sequence set</li>
1383             </ul>
1384           </li>
1385
1386           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1387             predictions</li>
1388           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1389             for one or a group of sequences</li>
1390           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1391             from the JPred4 web server</li>
1392           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1393             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1394             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1395           </li>
1396           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1397             VARNA 2D Structure'</li>
1398           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1399             Structure ..."</li>
1400
1401         </ul> <em>Applet</em>
1402         <ul>
1403           <li>New layout for applet example pages</li>
1404           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1405             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1406           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1407             Protein alignments</li>
1408         </ul> <em>Development and deployment</em>
1409         <ul>
1410           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1411           <li>Include installation type and git revision in build
1412             properties and console log output</li>
1413           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1414             storing BioJsMSA Templates</li>
1415           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1416         </ul></td>
1417       <td>
1418         <!-- <em>General</em>
1419         <ul>
1420         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1421         <ul>
1422           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1423           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1424           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1425             predictions are not highlighted in amber</li>
1426           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1427             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1428           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1429             associated structure views</li>
1430           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1431             width checkbox not enabled</li>
1432           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1433             creating user defined colours</li>
1434           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1435             mappings for just that viewer's sequences</li>
1436           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1437             multiple models in Chimera</li>
1438           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1439             over Jmol structure</li>
1440           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1441             output to text box</li>
1442           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1443             have incorrect sequence start/end</li>
1444           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1445             Jalview fails</li>
1446           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1447             work for nucleotide</li>
1448           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1449             to a grey/invisible alignment window</li>
1450           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1451             imports to different position</li>
1452           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1453             on some platforms</li>
1454           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1455             populated</li>
1456           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1457             console if Chimera has been opened</li>
1458           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1459           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1460             retrieved</li>
1461           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1462           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1463             either sequence shows on first structure</li>
1464           <li>'Show annotations' options should not make
1465             non-positional annotations visible</li>
1466           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1467             in right place after 'view flanking regions'</li>
1468           <li>File Save As type unset when current file format is
1469             unknown</li>
1470           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1471             projects</li>
1472           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1473             responsive</li>
1474           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1475             several views on same alignment</li>
1476           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1477           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1478             spaces</li>
1479         </ul> <em>Applet</em>
1480         <ul>
1481           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1482           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1483             descriptions containing angle brackets</li>
1484         </ul> <em>General</em>
1485         <ul>
1486           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1487             via jalview annotation file</li>
1488           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1489             with RNA secondary structure</li>
1490           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1491             translation doesn't work.</li>
1492           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1493           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1494             positions</li>
1495           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1496             choosing 1pt font</li>
1497           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1498             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1499             'h'</li>
1500           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1501             new feature</li>
1502           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1503             order dependent</li>
1504           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1505             sequences</li>
1506           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1507         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1508         <ul>
1509           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1510             www.jalview.org</li>
1511         </ul> <em>Application Known issues</em>
1512         <ul>
1513           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1514           <li>Misleading message appears after trying to delete
1515             solid column.</li>
1516           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1517             version launches</li>
1518           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1519             fails with a sequence mismatch</li>
1520           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1521             scrolling alignment to right</li>
1522           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1523             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1524           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1525             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1526           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1527             ultra-high resolution</li>
1528           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1529             quality and conservation</li>
1530           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1531             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1532         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1533         <ul>
1534           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1535           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1536             window is being resized</li>
1537
1538         </ul>
1539       </td>
1540     </tr>
1541     <tr>
1542       <td><div align="center">
1543           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1544         </div></td>
1545       <td><em>General</em>
1546         <ul>
1547           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1548             Certum.PL.</li>
1549           <li>Features and annotation preserved when performing
1550             pairwise alignment</li>
1551           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1552             imported/exported/displayed</li>
1553           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1554             protein secondary structure</li>
1555           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1556               post-hoc with 2.9 release</em>)
1557           </li>
1558
1559         </ul> <em>Application</em>
1560         <ul>
1561           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1562             with 3D structures</li>
1563           <li>Support for parsing RNAML</li>
1564           <li>Annotations menu for layout
1565             <ul>
1566               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1567               <li>place sequence annotation above/below alignment
1568                 annotation</li>
1569             </ul>
1570           <li>Output in Stockholm format</li>
1571           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1572             translation</li>
1573           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1574           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1575             shared between alignments</li>
1576           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1577             Jalview</li>
1578           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1579             all or current selection</li>
1580           <li>disorder and secondary structure predictions
1581             available as dataset annotation</li>
1582           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1583
1584
1585           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1586             alignments from Rfam</li>
1587           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1588
1589           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1590             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1591           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1592           <li>include installation type in build properties and
1593             console log output</li>
1594           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1595             annotation</li>
1596         </ul></td>
1597       <td>
1598         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1599         <ul>
1600           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1601             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1602           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1603             alignment</li>
1604           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1605           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1606           <li>Double click on sequence associated annotation
1607             selects only first column</li>
1608           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1609             leaves shown in tree</li>
1610           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1611             properly</li>
1612           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1613           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1614             screen and buttons not visible</li>
1615           <li>author list isn't updated if already written to
1616             Jalview properties</li>
1617           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1618             from database</li>
1619           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1620           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1621             browser search window</li>
1622           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1623             in feature settings dialog</li>
1624           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1625             desktop</li>
1626           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1627             pass validation</li>
1628           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1629             fit on screen</li>
1630           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1631             tooltip</li>
1632           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1633             defined user preset</li>
1634           <li>MSA web services warns user if they were launched
1635             with invalid input</li>
1636           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1637             Java 8</li>
1638           <li>
1639             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1640             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1641             created
1642           </li>
1643
1644         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1645         <ul>
1646         </ul> <em>General</em>
1647         <ul>
1648         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1649         <ul>
1650           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1651             memory allocation</li>
1652           <li>launchApp service doesn't automatically open
1653             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1654           <li>
1655             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1656             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1657             1.7_055 is available
1658           </li>
1659         </ul> <em>Application Known issues</em>
1660         <ul>
1661           <li>
1662             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1663             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1664             alignment to right
1665           </li>
1666           <li>
1667             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1668             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1669             with large number of ID
1670           </li>
1671           <li>
1672             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1673             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1674             start/end
1675           </li>
1676           <li>
1677             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1678             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1679             structure tracks are rearranged
1680           </li>
1681           <li>
1682             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1683             invalid rna structure positional highlighting does not
1684             highlight position of invalid base pairs
1685           </li>
1686           <li>
1687             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1688             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1689             project from alignment window file menu
1690           </li>
1691           <li>
1692             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1693             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1694             structures
1695           </li>
1696           <li>
1697             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1698             colour by RNA Helices not enabled when user created
1699             annotation added to alignment
1700           </li>
1701           <li>
1702             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1703             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1704           </li>
1705         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1706         <ul>
1707           <li>
1708             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1709             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1710           </li>
1711           <li>
1712             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1713             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1714           </li>
1715
1716           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1717             when selected</li>
1718         </ul>
1719       </td>
1720     </tr>
1721     <tr>
1722       <td><div align="center">
1723           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1724         </div></td>
1725       <td>
1726         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1727         <em>General</em>
1728         <ul>
1729           <li>Internationalisation of user interface (usually
1730             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1731           <li>Define/Undefine group on current selection with
1732             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1733           <li>Improved group creation/removal options in
1734             alignment/sequence Popup menu</li>
1735           <li>Sensible precision for symbol distribution
1736             percentages shown in logo tooltip.</li>
1737           <li>Annotation panel height set according to amount of
1738             annotation when alignment first opened</li>
1739         </ul> <em>Application</em>
1740         <ul>
1741           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1742             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1743           <li>Select columns containing particular features from
1744             Feature Settings dialog</li>
1745           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1746             sequences</li>
1747           <li>Update Jalview project format:
1748             <ul>
1749               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1750               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1751                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1752               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1753                 colouring</li>
1754             </ul>
1755           </li>
1756           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1757             (PAM250)</li>
1758           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1759             flanking regions for an alignment</li>
1760         </ul>
1761       </td>
1762       <td>
1763         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1764         <ul>
1765           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1766             running after job is cancelled</li>
1767           <li>cannot export features from alignments imported from
1768             Jalview/VAMSAS projects</li>
1769           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1770             float values</li>
1771           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1772             have 'display all symbols' flag set</li>
1773           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1774             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1775           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1776             Jalview</li>
1777           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1778             Lion/Webstart</li>
1779           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1780           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1781           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1782             alignment onto desktop</li>
1783           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1784             'extract scores' function</li>
1785           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1786             alignment window</li>
1787           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1788             performing IUPred disorder prediction</li>
1789           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1790             changing 'normalise logo' display setting</li>
1791           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1792             nothing matches query</li>
1793           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1794             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1795           </li>
1796           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1797             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1798           </li>
1799           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1800             Jalview's menu</li>
1801           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1802             'invalid literal/length code'</li>
1803           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1804             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1805           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1806             colourscheme</li>
1807
1808         </ul> <em>Applet</em>
1809         <ul>
1810           <li>Remove group option is shown even when selection is
1811             not a group</li>
1812           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1813             don't affect groups</li>
1814           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1815             colourscheme name</li>
1816           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1817             Annotation panel is not displayed</li>
1818           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1819             embedded windows</li>
1820         </ul> <em>Other</em>
1821         <ul>
1822           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1823             single sequence were not calculated</li>
1824           <li>annotation files that contain only groups imported as
1825             annotation and junk sequences</li>
1826           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1827             recognised as PFAM or BLC</li>
1828           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1829             doesn't affect background (2.8.0b1)
1830           <li></li>
1831           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1832           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1833             trailing gaps</li>
1834           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1835             registered correctly on import</li>
1836           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1837             certain alignments</li>
1838           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1839             existing annotation based 'use original colours'
1840             colourscheme loses original colours setting</li>
1841         </ul>
1842       </td>
1843     </tr>
1844     <tr>
1845       <td><div align="center">
1846           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1847             <em>30/1/2014</em></strong>
1848         </div></td>
1849       <td>
1850         <ul>
1851           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1852             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1853             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1854             open source project).
1855           </li>
1856           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1857           <li>Output in Stockholm format</li>
1858           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1859           <li>Export/import group and sequence associated line
1860             graph thresholds</li>
1861           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1862             ambiguity codes</li>
1863           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1864             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1865             works</li>
1866           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1867         </ul> <em>Other improvements</em>
1868         <ul>
1869           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1870           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1871             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1872           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1873             files</li>
1874           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1875           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1876             link but no description</li>
1877           <li>Select primary source when selecting authority in
1878             database fetcher GUI</li>
1879           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1880             Jalview</li>
1881           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1882         </ul>
1883       </td>
1884       <td>
1885         <ul>
1886           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1887             displayed</li>
1888           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1889             secondary structure annotation line</li>
1890           <li>Sequence database accessions not imported when
1891             fetching alignments from Rfam</li>
1892           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1893             identical IDs</li>
1894           <li>View all structures does not always superpose
1895             structures</li>
1896           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1897             reflect user or preset settings</li>
1898           <li>Null pointer exceptions for some services without
1899             presets or adjustable parameters</li>
1900           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1901             discover PDB xRefs</li>
1902           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1903             features with DAS</li>
1904           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1905             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1906           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1907             residue follows a gap</li>
1908           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1909             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1910           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1911             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1912           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1913             annotation already exists on alignment</li>
1914           <li>oninit javascript function should be called after
1915             initialisation completes</li>
1916           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1917             alignment window display</li>
1918           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1919           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1920             to annotation file</li>
1921           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1922             groups created</li>
1923           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1924             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1925           <li>Pressing return several times causes Number Format
1926             exceptions in keyboard mode</li>
1927           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1928             correct partitions for input data</li>
1929           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1930           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1931           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1932           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1933             mode</li>
1934           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1935             changes one row&#39;s threshold</li>
1936           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1937             doesn&#39;t open</li>
1938           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1939             quality histograms</li>
1940         </ul>
1941       </td>
1942     </tr>
1943     <tr>
1944       <td><div align="center">
1945           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1946         </div></td>
1947       <td><em>Application</em>
1948         <ul>
1949           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1950             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1951           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1952             preferences</li>
1953           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1954             in Jalview alignment window</li>
1955           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1956             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1957           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1958             RNA and ambiguity codes</li>
1959
1960           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1961           <li>Support fetching and database reference look up
1962             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1963             refs')</li>
1964           <li>Jalview project improvements
1965             <ul>
1966               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1967                 flag for annotation</li>
1968               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1969                 alignment</li>
1970               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1971                 Jalview project</li>
1972
1973             </ul>
1974           </li>
1975           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1976           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1977             running</li>
1978           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1979           <li>visual indication that web service results are still
1980             being retrieved from server</li>
1981           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1982             starts up for first time</li>
1983           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1984             services</li>
1985           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1986             client library</li>
1987           <li>Examples directory and Groovy library included in
1988             InstallAnywhere distribution</li>
1989         </ul> <em>Applet</em>
1990         <ul>
1991           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1992             visualization applet example</li>
1993         </ul> <em>General</em>
1994         <ul>
1995           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1996           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1997             defaults</li>
1998           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1999             calculation</li>
2000           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2001             matrices
2002           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2003             in HTML</li>
2004           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2005             structure contacts</li>
2006           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2007           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2008           <li>Parse sequence associated secondary structure
2009             information in Stockholm files</li>
2010           <li>HTML Export database accessions and annotation
2011             information presented in tooltip for sequences</li>
2012           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2013             style RNA alignment files</li>
2014           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2015             alignment</li>
2016           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2017             shade each sequence according to its associated alignment
2018             annotation</li>
2019           <li>New Jalview Logo</li>
2020         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2021         <ul>
2022           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2023           <li>New Website!</li>
2024         </ul></td>
2025       <td><em>Application</em>
2026         <ul>
2027           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2028             wsdbfetch REST service</li>
2029           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2030           <li>Filetype associations not installed for webstart
2031             launch</li>
2032           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2033             job execution in full once it is complete</li>
2034           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2035             uploaded via ali_file parameter</li>
2036           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2037           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2038           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2039             submitted for prediction</li>
2040           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2041             desktop window</li>
2042           <li>Putting fractional value into integer text box in
2043             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2044           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2045             windows 7</li>
2046           <li>View all structures fails with exception shown in
2047             structure view</li>
2048           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2049             escaped in a platform independent way</li>
2050           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2051             using proxy</li>
2052           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2053             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2054           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2055             failure when java web start temporary file caching is
2056             disabled</li>
2057           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2058             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2059           <li>Errors during processing of command line arguments
2060             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2061           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2062             DAS sources in sequence fetcher</li>
2063           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2064             dialog is shown</li>
2065           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2066           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2067           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2068           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2069             on OSX Mountain Lion</li>
2070           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2071             sequences with alignment annotation are pasted into the
2072             alignment</li>
2073           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2074             when loaded from Jalview project</li>
2075           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2076           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2077             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2078           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2079             associated with all views</li>
2080           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2081             annotation rows to new window</li>
2082         </ul> <em>Applet</em>
2083         <ul>
2084           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2085             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2086           <li>loading features via javascript API automatically
2087             enables feature display</li>
2088           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2089             work</li>
2090         </ul> <em>General</em>
2091         <ul>
2092           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2093           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2094             and then deselected</li>
2095           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2096           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2097             coloured with clustalx</li>
2098           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2099             exceptions and redraw errors</li>
2100           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2101             reconfigured view</li>
2102           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2103             colour</li>
2104           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2105             for lots of labels</li>
2106         </ul>
2107     </tr>
2108     <tr>
2109       <td>
2110         <div align="center">
2111           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2112         </div>
2113       </td>
2114       <td><em>Application</em>
2115         <ul>
2116           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2117           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2118           <li>View/alignment association menu to enable user to
2119             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2120             its colours/correspondences from</li>
2121           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2122           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2123             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2124           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2125           <li>Annotation row column label formatting attributes
2126             stored in project file</li>
2127           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2128             rows preserved in Jalview project file</li>
2129           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2130             saved using Desktop window menu</li>
2131           <li>Visual indication that command line arguments are
2132             still being processed</li>
2133           <li>Groovy script execution from URL</li>
2134           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2135             preferences</li>
2136           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2137             alignment with sequences that have high similarity and
2138             matching IDs</li>
2139           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2140           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2141             structures in same window</li>
2142           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2143           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2144             analysis function in its own submenu</li>
2145         </ul> <em>Applet</em>
2146         <ul>
2147           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2148             groups</li>
2149           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2150           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2151           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2152           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2153           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2154             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2155           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2156           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2157             parameters are treated as such</li>
2158           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2159             <ul>
2160               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2161               <li>Javascript callbacks for
2162                 <ul>
2163                   <li>Applet initialisation</li>
2164                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2165                 </ul>
2166               </li>
2167               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2168                 functions</li>
2169               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2170               <li>javascript structure viewer harness to pass
2171                 messages between Jmol and Jalview when running as
2172                 distinct applets</li>
2173               <li>sortBy method</li>
2174               <li>Set of applet and application examples shipped
2175                 with documentation</li>
2176               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2177                 javascript message exchange</li>
2178             </ul>
2179         </ul> <em>General</em>
2180         <ul>
2181           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2182             multiple alignments</li>
2183           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2184           <li>User configurable link to enable redirects to a
2185             www.Jalview.org mirror</li>
2186           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2187           <li>Configurable newline string when writing alignment
2188             and other flat files</li>
2189           <li>Allow alignment annotation description lines to
2190             contain html tags</li>
2191         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2192         <ul>
2193           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2194             examples</li>
2195           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2196             using a web service before displaying the result in the
2197             Jalview desktop</li>
2198           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2199           <li>Ant target to publish example html files with applet
2200             archive</li>
2201           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2202           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2203         </ul></td>
2204       <td><em>Application</em>
2205         <ul>
2206           <li>User defined colourscheme throws exception when
2207             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2208           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2209             dialog for valid filename/format</li>
2210           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2211           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2212             P37173</li>
2213           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2214             which sequence is to be associated with the file</li>
2215           <li>Find All raises null pointer exception when query
2216             only matches sequence IDs</li>
2217           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2218           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2219             2.4 cannot be loaded</li>
2220           <li>Filetype associations not installed for webstart
2221             launch</li>
2222           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2223             with sequences in different alignments do not get coloured
2224             by their associated sequence</li>
2225           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2226             not preserved when project is loaded</li>
2227           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2228             stored in Jalview project</li>
2229           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2230             Jalview project</li>
2231           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2232           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2233             by conservation</li>
2234           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2235             created on new view</li>
2236           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2237             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2238           <li>Alignment quality not updated after alignment
2239             annotation row is hidden then shown</li>
2240           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2241             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2242           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2243             properly</li>
2244           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2245             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2246           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2247           <li>Structures imported from file and saved in project
2248             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2249           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2250             job execution in full once it is complete</li>
2251         </ul> <em>Applet</em>
2252         <ul>
2253           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2254             annotation rows are displayed</li>
2255           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2256             codebase</li>
2257           <li>View follows highlighting does not work for positions
2258             in sequences</li>
2259           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2260           <li>Export features raises exception when no features
2261             exist</li>
2262           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2263             for javascript api is modified when separator string
2264             provided as parameter</li>
2265           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2266             alignment with no existing selection</li>
2267           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2268             to applet&#39;s codebase</li>
2269           <li>Status bar not updated after finished searching and
2270             search wraps around to first result</li>
2271           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2272             several Jalview applets causes race conditions and memory
2273             leaks</li>
2274           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2275             not sent from Jmol in applet</li>
2276           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2277             applet API fatally hang browser</li>
2278         </ul> <em>General</em>
2279         <ul>
2280           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2281             position with wrapped view and hidden regions</li>
2282           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2283             with/without hidden columns</li>
2284           <li>Sequence length given in alignment properties window
2285             is off by 1</li>
2286           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2287             import PDB like structure files</li>
2288           <li>Positional search results are only highlighted
2289             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2290           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2291           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2292             given sequence position</li>
2293           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2294             output</li>
2295           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2296             from nucleotide chains correctly</li>
2297           <li>Structure colours not updated when tree partition
2298             changed in alignment</li>
2299           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2300             parsed in interleaved stockholm</li>
2301           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2302             state</li>
2303           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2304             properly</li>
2305           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2306             properly associated with their pdb files</li>
2307         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2308         <ul>
2309           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2310             ApplyCopyright tool</li>
2311         </ul></td>
2312     </tr>
2313     <tr>
2314       <td>
2315         <div align="center">
2316           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2317         </div>
2318       </td>
2319       <td><em>Application</em>
2320         <ul>
2321           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2322             contact web services</li>
2323           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2324             service job window</li>
2325           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2326         </ul></td>
2327       <td>
2328         <ul>
2329           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2330             pir file emitted by Jalview</li>
2331           <li>Existing feature settings transferred to new
2332             alignment view created from cut'n'paste</li>
2333           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2334             parsing PDB files</li>
2335           <li>Consensus and conservation annotation rows
2336             occasionally become blank for all new windows</li>
2337           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2338             in wrapped view mode</li>
2339         </ul> <em>Application</em>
2340         <ul>
2341           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2342             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2343           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2344             parameter names</li>
2345           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2346             is down</li>
2347         </ul>
2348       </td>
2349     </tr>
2350     <tr>
2351       <td>
2352         <div align="center">
2353           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2354         </div>
2355       </td>
2356       <td><em>Application</em>
2357         <ul>
2358           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2359             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2360             (JABAWS)
2361           </li>
2362           <li>Web Services preference tab</li>
2363           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2364             preferences</li>
2365           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2366           <li>Superpose structures using associated sequence
2367             alignment</li>
2368           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2369             viewer</li>
2370         </ul> <em>Applet</em>
2371         <ul>
2372           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2373             link out mechanism</li>
2374         </ul> <em>Other</em>
2375         <ul>
2376           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2377             series 12</li>
2378           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2379             require Java 1.5</li>
2380           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2381             sequence annotation files</li>
2382           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2383             type colour specification</li>
2384           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2385             script to check if it being run in an interactive session or
2386             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2387         </ul></td>
2388       <td>
2389         <ul>
2390           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2391             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2392         </ul> <em>Application</em>
2393         <ul>
2394           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2395             selected Regions menu item</li>
2396           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2397             part of a valid accession ID</li>
2398           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2399             runs out of memory</li>
2400           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2401             analysis results</li>
2402           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2403             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2404           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2405         </ul> <em>Applet</em>
2406         <ul>
2407           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2408             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2409             defined.</li>
2410         </ul>
2411       </td>
2412     </tr>
2413     <tr>
2414       <td>
2415         <div align="center">
2416           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2417         </div>
2418       </td>
2419       <td></td>
2420       <td>
2421         <ul>
2422           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2423             sequence IDs</li>
2424           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2425             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2426           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2427             import correctly</li>
2428           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2429             number of columns are hidden</li>
2430           <li>annotation label popup menu not providing correct
2431             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2432             present</li>
2433           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2434             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2435           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2436             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2437
2438         </ul> <em>Applet</em>
2439         <ul>
2440           <li>annotation panel disappears when annotation is
2441             hidden/removed</li>
2442         </ul> <em>Application</em>
2443         <ul>
2444           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2445             alignment opened where annotation panel is visible but no
2446             annotations are present on alignment</li>
2447           <li>pasted region containing hidden columns is
2448             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2449           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2450             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2451           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2452             selected Rregions menu item.</li>
2453           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2454             'Un' or 'Non'conserved</li>
2455           <li>Sequence feature settings are being shared by
2456             multiple distinct alignments</li>
2457           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2458             changed</li>
2459           <li>double click on group annotation to select sequences
2460             does not propagate to associated trees</li>
2461           <li>Mac OSX specific issues:
2462             <ul>
2463               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2464                 window background</li>
2465               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2466                 name set correctly</li>
2467               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2468                 save feature colourscheme button</li>
2469             </ul>
2470           </li>
2471         </ul>
2472       </td>
2473     </tr>
2474     <tr>
2475
2476       <td>
2477         <div align="center">
2478           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2479         </div>
2480       </td>
2481       <td><em>New Capabilities</em>
2482         <ul>
2483           <li>URL links generated from description line for
2484             regular-expression based URL links (applet and application)
2485
2486           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2487             menu</li>
2488           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2489             structures</li>
2490           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2491             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2492           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2493             average score or total feature count for each sequence.</li>
2494           <li>Shading features by score or associated description</li>
2495           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2496             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2497           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2498             hide everything but the currently selected region.</li>
2499           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2500         </ul> <em>Application</em>
2501         <ul>
2502           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2503             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2504           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2505             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2506           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2507             database references and protein_name is parsed as
2508             description line (BioSapiens terms).</li>
2509           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2510             references in sequence ID tooltip from View menu in
2511             application.</li>
2512           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2513       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2514           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2515             conservation plots</li>
2516           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2517             and visualized as sequence logos</li>
2518           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2519             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2520           </li>
2521           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2522             when a new tree is opened.</li>
2523           <li>Jalview Java Console</li>
2524           <li>Better placement of desktop window when moving
2525             between different screens.</li>
2526           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2527             consensus annotation</li>
2528           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2529             Workflows</li>
2530           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2531             <ul>
2532               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2533                 used to preserve views, structures, and tree display
2534                 settings)</li>
2535               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2536                 command line</li>
2537               <li>Sharing of selected regions between views and
2538                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2539               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2540             </ul></li>
2541         </ul> <em>Applet</em>
2542         <ul>
2543           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2544           <li>New Parameters
2545             <ul>
2546               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2547                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2548                 opened.</li>
2549               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2550                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2551               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2552                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2553               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2554                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2555                 view</li>
2556               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2557                 increase the height or width of a cell in the alignment
2558                 grid relative to the current font size.</li>
2559             </ul>
2560           </li>
2561           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2562             tooltip</li>
2563         </ul> <em>Other</em>
2564         <ul>
2565           <li>Features format: graduated colour definitions and
2566             specification of feature scores</li>
2567           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2568             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2569             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2570           <li>XML formats extended to support graduated feature
2571             colourschemes, group associated annotation, and profile
2572             visualization settings.</li></td>
2573       <td>
2574         <ul>
2575           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2576             rather than description</li>
2577           <li>Non-positional features are now included in sequence
2578             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2579             visibility in tooltip).</li>
2580           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2581           <li>Added URL embedding instructions to features file
2582             documentation.</li>
2583           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2584             'X' in peptide product</li>
2585           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2586             sequence ID and sequence string and query strings do not
2587             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2588           <li>AMSA files only contain first column of
2589             multi-character column annotation labels</li>
2590           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2591             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2592             exported and re-imported)</li>
2593           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2594             name</li>
2595           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2596             as subsequence matches, and correctly reports total number
2597             of both.</li>
2598           <li>Application:
2599             <ul>
2600               <li>Better handling of exceptions during sequence
2601                 retrieval</li>
2602               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2603                 link text excludes the start_end suffix</li>
2604               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2605                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2606               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2607               <li>Sequence description lines properly shared via
2608                 VAMSAS</li>
2609               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2610                 data sources</li>
2611               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2612                 completes before alignment figures are generated.</li>
2613               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2614                 first time.</li>
2615               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2616                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2617               <li>User defined group colours properly recovered
2618                 from Jalview projects.</li>
2619             </ul>
2620           </li>
2621         </ul>
2622       </td>
2623
2624     </tr>
2625     <tr>
2626       <td>
2627         <div align="center">
2628           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2629         </div>
2630       </td>
2631       <td>
2632         <ul>
2633           <li>Experimental support for google analytics usage
2634             tracking.</li>
2635           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2636         </ul>
2637       </td>
2638       <td>
2639         <ul>
2640           <li>Race condition in applet preventing startup in
2641             jre1.6.0u12+.</li>
2642           <li>Exception when feature created from selection beyond
2643             length of sequence.</li>
2644           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2645           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2646             all sequences with a given id</li>
2647           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2648             ID string searches</li>
2649           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2650             alignment to fail with exception</li>
2651         </ul> <em>Application Issues</em>
2652         <ul>
2653           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2654           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2655             data sources</li>
2656         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2657         <ul>
2658           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2659             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2660           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2661             version (java class versioning error fixed)</li>
2662         </ul>
2663       </td>
2664     </tr>
2665     <tr>
2666       <td>
2667
2668         <div align="center">
2669           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2670         </div>
2671       </td>
2672       <td><em>User Interface</em>
2673         <ul>
2674           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2675             translation and protein products</li>
2676           <li>Linked highlighting of structure associated with
2677             residue mapping to codon position</li>
2678           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2679             and 'clear' button</li>
2680           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2681             Tools menu</li>
2682           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2683             numeric data in description line</li>
2684           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2685           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2686             of sequence</li>
2687         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2688         <ul>
2689           <li>JPred3 web service</li>
2690           <li>Prototype sequence search client (no public services
2691             available yet)</li>
2692           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2693             PFAM</li>
2694           <li>URL Links created for matching database cross
2695             references as well as sequence ID</li>
2696           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2697         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2698         <ul>
2699           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2700             databases</li>
2701           <li>Generalised database reference retrieval and
2702             validation to all fetchable databases</li>
2703           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2704             sequence command</li>
2705         </ul> <em>Import and Export</em>
2706         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2707         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2708           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2709         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2710           File</li>
2711         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2712           triplet as name of colourscheme</li>
2713         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2714         <ul>
2715           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2716           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2717             alignments (experimental)</li>
2718           <li>Create new or select existing session to join</li>
2719           <li>load and save of vamsas documents</li>
2720         </ul> <em>Application command line</em>
2721         <ul>
2722           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2723             from applet)</li>
2724           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2725             of DAS servers to query for alignment features</li>
2726           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2727             that are also automatically queried for features</li>
2728           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2729             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2730         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2731         <ul>
2732           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2733             application (when using &quot;View in full
2734             application&quot;)</li>
2735         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2736         <ul>
2737           <li>feature group display control parameter</li>
2738           <li>debug parameter</li>
2739           <li>showbutton parameter</li>
2740         </ul> <em>Applet API methods</em>
2741         <ul>
2742           <li>newView public method</li>
2743           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2744           <li>Feature display control methods</li>
2745           <li>get list of currently selected sequences</li>
2746         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2747         <ul>
2748           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2749           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2750             Jalview release.</li>
2751           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2752             property controls execution of obfuscator</li>
2753           <li>Build target for generating source distribution</li>
2754           <li>Debug flag for javacc</li>
2755           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2756             jalview.bin.Cache</li>
2757           <li>Continuous Build Integration for stable and
2758             development version of Application, Applet and source
2759             distribution</li>
2760         </ul></td>
2761       <td>
2762         <ul>
2763           <li>selected region output includes visible annotations
2764             (for certain formats)</li>
2765           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2766             for editing</li>
2767           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2768           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2769           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2770           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2771             comments</li>
2772           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2773             filenames containing a ':'</li>
2774           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2775             global sequence features</li>
2776           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2777             references from alignment sequences goes to zero</li>
2778           <li>Close of tree branch colour box without colour
2779             selection causes cascading exceptions</li>
2780           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2781           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2782             file parsing fails.</li>
2783           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2784           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2785             not a valid output format</li>
2786           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2787             vamsas</li>
2788           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2789           <li>error messages passed up and output when data read
2790             fails</li>
2791           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2792             sequence is edited</li>
2793           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2794             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2795           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2796             filetype</li>
2797           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2798             import fixed for PFAM records</li>
2799           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2800             window list</li>
2801           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2802             can be read and written correctly to annotation file</li>
2803           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2804             correctly</li>
2805           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2806             non-italic font for representatives in Applet</li>
2807           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2808             Macs.</li>
2809           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2810             Applet)</li>
2811           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2812             due to null pointer exceptions</li>
2813           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2814             first column of alignment</li>
2815           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2816             July 2008</li>
2817           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2818             file is case-insensitive</li>
2819           <li>Sequence features read from Features file appended to
2820             all sequences with matching IDs</li>
2821           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2822             containing a sub-sequence</li>
2823           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2824           <li>feature and annotation file applet parameters
2825             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2826           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2827           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2828             splash-screen version check to complete</li>
2829           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2830             when passing them to the launchApp service</li>
2831           <li>display name and local features preserved in results
2832             retrieved from web service</li>
2833           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2834             sequence fetcher initialisation</li>
2835           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2836             dasobert DAS client</li>
2837           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2838             association</li>
2839           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2840             sequences
2841           </li>
2842         </ul>
2843       </td>
2844     </tr>
2845     <tr>
2846       <td>
2847         <div align="center">
2848           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2849         </div>
2850       </td>
2851       <td>
2852         <ul>
2853           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2854           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2855           <li>Slide sequences</li>
2856           <li>Edit sequence in place</li>
2857           <li>EMBL CDS features</li>
2858           <li>DAS Feature mapping</li>
2859           <li>Feature ordering</li>
2860           <li>Alignment Properties</li>
2861           <li>Annotation Scores</li>
2862           <li>Sort by scores</li>
2863           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2864         </ul>
2865       </td>
2866       <td>
2867         <ul>
2868           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2869           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2870           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2871           <li>Feature group display state in XML</li>
2872           <li>Feature ordering in XML</li>
2873           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2874           <li>Stockholm alignment properties</li>
2875           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2876           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2877           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2878           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2879         </ul>
2880       </td>
2881
2882     </tr>
2883     <tr>
2884       <td>
2885         <div align="center">
2886           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2887         </div>
2888       </td>
2889       <td>
2890         <ul>
2891           <li>Non standard characters can be read and displayed
2892           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2893             applet via textbox
2894           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2895             name &amp; description
2896           <li>Preference setting to display sequence name in
2897             italics
2898           <li>Annotation file format extended to allow
2899             Sequence_groups to be defined
2900           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2901             specified in preferences
2902           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2903             sequences
2904         </ul>
2905       </td>
2906       <td>
2907         <ul>
2908           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2909             installed
2910           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2911           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2912         </ul>
2913       </td>
2914     </tr>
2915     <tr>
2916       <td>
2917         <div align="center">
2918           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2919         </div>
2920       </td>
2921       <td>
2922         <ul>
2923           <li>Multiple views on alignment
2924           <li>Sequence feature editing
2925           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2926           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2927           <li>Background dependent text colour
2928           <li>Right align sequence ids
2929           <li>User-defined lower case residue colours
2930           <li>Format Menu
2931           <li>Select Menu
2932           <li>Menu item accelerator keys
2933           <li>Control-V pastes to current alignment
2934           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2935           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2936           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2937
2938           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2939         </ul>
2940       </td>
2941       <td>
2942         <ul>
2943           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2944           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2945             calculations
2946           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2947             edits
2948           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2949             of alignment)
2950           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2951
2952           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2953             display correctly
2954           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2955           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2956             analysis results
2957           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2958             &#8739;
2959           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2960           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2961           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2962
2963         </ul>
2964       </td>
2965     </tr>
2966     <tr>
2967       <td>
2968         <div align="center">
2969           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2970         </div>
2971       </td>
2972       <td>
2973         <ul>
2974           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2975         </ul>
2976       </td>
2977       <td>
2978         <ul>
2979           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2980             sequence id panel has been resized</li>
2981           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2982             rendered</li>
2983           <li>Annotation files with sequence references - all
2984             elements in file are relative to sequence position</li>
2985           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2986         </ul>
2987       </td>
2988     </tr>
2989     <tr>
2990       <td>
2991         <div align="center">
2992           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2993         </div>
2994       </td>
2995       <td>
2996         <ul>
2997           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2998           <li>DAS Feature fetching</li>
2999           <li>Hide sequences and columns</li>
3000           <li>Export Annotations and Features</li>
3001           <li>GFF file reading / writing</li>
3002           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3003             files</li>
3004           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3005           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3006           <li>Applet can launch the full application</li>
3007           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3008             required)</li>
3009           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3010           <li>Applet can load sequences from parameter
3011             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3012           </li>
3013         </ul>
3014       </td>
3015       <td>
3016         <ul>
3017           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3018           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3019           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3020         </ul>
3021       </td>
3022     </tr>
3023     <tr>
3024       <td>
3025         <div align="center">
3026           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3027         </div>
3028       </td>
3029       <td>
3030         <ul>
3031           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3032           <li>Choose to match case when searching</li>
3033           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3034             expand the visible width and height of the alignment</li>
3035         </ul>
3036       </td>
3037       <td>
3038         <ul>
3039           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3040         </ul>
3041       </td>
3042     </tr>
3043     <tr>
3044       <td>
3045         <div align="center">
3046           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3047         </div>
3048       </td>
3049       <td>&nbsp;</td>
3050       <td>
3051         <ul>
3052           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3053           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3054             value</li>
3055         </ul>
3056       </td>
3057     </tr>
3058     <tr>
3059       <td>
3060         <div align="center">
3061           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3062         </div>
3063       </td>
3064       <td>
3065         <ul>
3066           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3067           <li>Keyboard editing</li>
3068           <li>Create sequence features from searches</li>
3069           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3070             alignments</li>
3071           <li>Features file allows grouping of features</li>
3072           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3073           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3074           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3075         </ul>
3076       </td>
3077       <td>
3078         <ul>
3079           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3080           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3081             descriptions saved.</li>
3082         </ul>
3083       </td>
3084     </tr>
3085     <tr>
3086       <td>
3087         <div align="center">
3088           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3089         </div>
3090       </td>
3091       <td>
3092         <ul>
3093           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3094           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3095           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3096             name for file output</li>
3097           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3098           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3099             used for HTML form input</li>
3100         </ul>
3101       </td>
3102       <td>
3103         <ul>
3104           <li>HTML output writes groups and features</li>
3105           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3106           <li>File IO bugs</li>
3107         </ul>
3108       </td>
3109     </tr>
3110     <tr>
3111       <td>
3112         <div align="center">
3113           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3114         </div>
3115       </td>
3116       <td>
3117         <ul>
3118           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3119           <li>More options for PCA viewer</li>
3120         </ul>
3121       </td>
3122       <td>
3123         <ul>
3124           <li>GUI bugs resolved</li>
3125           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3126         </ul>
3127       </td>
3128     </tr>
3129     <tr>
3130       <td height="63">
3131         <div align="center">
3132           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3133         </div>
3134       </td>
3135       <td>
3136         <ul>
3137           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3138           <li>Jar files are executable</li>
3139           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3140         </ul>
3141       </td>
3142       <td>
3143         <ul>
3144           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3145           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3146           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3147         </ul>
3148       </td>
3149     </tr>
3150     <tr>
3151       <td>
3152         <div align="center">
3153           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3154         </div>
3155       </td>
3156       <td>
3157         <ul>
3158           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3159         </ul>
3160       </td>
3161       <td>
3162         <ul>
3163           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3164         </ul>
3165       </td>
3166     </tr>
3167     <tr>
3168       <td>
3169         <div align="center">
3170           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3171         </div>
3172       </td>
3173       <td>
3174         <ul>
3175           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3176             size</li>
3177         </ul>
3178       </td>
3179       <td>
3180         <ul>
3181           <li>Improved JPred client reliability</li>
3182           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3183         </ul>
3184       </td>
3185     </tr>
3186     <tr>
3187       <td>
3188         <div align="center">
3189           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3190         </div>
3191       </td>
3192       <td>
3193         <ul>
3194           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3195           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3196           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3197             to Colour Menu</li>
3198           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3199           <li>Unix users can set default web browser</li>
3200           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3201           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3202         </ul>
3203       </td>
3204       <td>
3205         <ul>
3206           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3207         </ul>
3208       </td>
3209     </tr>
3210     <tr>
3211       <td>
3212         <div align="center">
3213           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3214         </div>
3215       </td>
3216       <td>&nbsp;</td>
3217       <td>
3218         <ul>
3219           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3220             alignment order.</li>
3221         </ul>
3222       </td>
3223     </tr>
3224     <tr>
3225       <td>
3226         <div align="center">
3227           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3228         </div>
3229       </td>
3230       <td>
3231         <ul>
3232           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3233           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3234           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3235             annotations.</li>
3236           <li>Version and build date written to build properties
3237             file.</li>
3238           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3239             at launch of Jalview.</li>
3240         </ul>
3241       </td>
3242       <td>
3243         <ul>
3244           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3245           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3246           <li>Can remove groups one by one.</li>
3247           <li>Filechooser icons installed.</li>
3248           <li>Finder ignores return character when searching.
3249             Return key will initiate a search.<br>
3250           </li>
3251         </ul>
3252       </td>
3253     </tr>
3254     <tr>
3255       <td>
3256         <div align="center">
3257           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3258         </div>
3259       </td>
3260       <td>
3261         <ul>
3262           <li>New codebase</li>
3263         </ul>
3264       </td>
3265       <td>&nbsp;</td>
3266     </tr>
3267   </table>
3268   <p>&nbsp;</p>
3269 </body>
3270 </html>