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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>8/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
  81               for disabling automatic superposition of multiple
  82               structures and open structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features (particularly when transparency is disabled)
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 112               overlapping alignment panel
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2929 -->overview doesn't show end of unpadded
 116               sequence as gaps
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling improved: CDS not handled correctly if transcript has no UTR
 120             </li>
 121             <li>
 122
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 126               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 130               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 134               columns in annotation row
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 138               honored in interactive and batch mode
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 142               for structures added to existing Jmol view
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 146               entries after importing project with multiple views
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 150               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 151               with negative residue numbers or missing residues fails
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 155               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 156               as generated by CONSURF)
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 160               structure and/or overview windows are also shown
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 164               very slow for alignments with large numbers of sequences
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 168               with 'StringIndexOutOfBounds'
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 172               platforms running Java 10
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 176               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 177             </li>
 178           </ul>
 179           <em>Applet</em>
 180           <ul>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 183               should copy the group consensus when popup is opened on it
 184             </li>
 185           </ul>
 186           <em>Batch Mode</em>
 187           <ul>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 190           </li>
 191           </ul>
 192           <em>New Known Defects</em>
 193           <ul>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 196               editing a large alignment and overview is displayed
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 200               repeatedly after a series of edits even when the overview
 201               is no longer reflecting updates
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 205               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 206               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 207               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 208             </li>
 209           </ul>
 210         </div>
 211           </td>
 212     </tr>
 213     <tr>
 214       <td width="60" nowrap>
 215         <div align="center">
 216           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 217         </div>
 218       </td>
 219       <td><div align="left">
 220           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 221               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 222       <td><div align="left">
 223           <em>Desktop</em><ul>
 224           <ul>
 225             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 226             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 227             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 228             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 229             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 230             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 231             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 232           </ul>
 233           </div>
 234       </td>
 235     </tr>
 236     <tr>
 237       <td width="60" nowrap>
 238         <div align="center">
 239           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 240         </div>
 241       </td>
 242       <td><div align="left">
 243           <em></em>
 244           <ul>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 247               rendering of sequence features
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 251               429 rate limit request hander
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 255               their colours have changed
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 259               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 263               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 267               view from Ensembl locus cross-references
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 271               Alignment report
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 275               feature can be disabled
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 279               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 283               Uniprot
 284             </li>
 285           </ul>
 286           <em>Scripting</em>
 287           <ul>
 288             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 289             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 290               percent identity scores for current alignment.</li>
 291           </ul>
 292           <em>Testing and Deployment</em>
 293           <ul>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 296             </li>
 297           </ul>
 298         </div></td>
 299       <td><div align="left">
 300           <em>General</em>
 301           <ul>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 304               threshold text field doesn't trigger an update to the
 305               alignment view
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 309               strings in parallel
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 313               alignment window is closed
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 317               group visibility
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 321               takes a long time in Cursor mode
 322             </li>
 323           </ul>
 324           <em>Desktop</em>
 325           <ul>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 328               cannot be viewed in Chimera
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 332               CDS/Protein view
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 336               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 337               Search Dialogs
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 347               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 351               scrolling right in unwapped alignment view
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 355               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 356               database
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 360               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 364               features of same type and group to be selected for
 365               amending
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 369               alignments when hidden columns are present
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 373               displaying several structures
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 377               moving a window
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 381               within the Jalview desktop on OSX
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 385               when in wrapped alignment mode
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 389               hand end of alignment
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 393               each selected sequence do not have correct start/end
 394               positions
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 398               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 402               restoring project until a new view is created
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 406               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 407               configured (since 2.10.2b2)
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 411               position is adjusted
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 415               in a multi-chain structure when viewing alignment
 416               involving more than one chain (since 2.10)
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 420               if new selection moves alignment window
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 424               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 428               that produces correctly annotated transcripts and products
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 432               doesn't update associated structure view
 433             </li>
 434           </ul>
 435           <em>Applet</em><br />
 436           <ul>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 439               closing alignment panel
 440             </li>
 441           </ul>
 442           <em>BioJSON</em><br />
 443           <ul>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 446               non-positional features
 447             </li>
 448           </ul>
 449           <em>New Known Issues</em>
 450           <ul>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 453               sequence features correctly (for many previous versions of
 454               Jalview)
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 458               using cursor in wrapped panel other than top
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 462               graduated colour threshold
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 466               always preserve numbering and sequence features
 467             </li>
 468           </ul>
 469           <em>Known Java 9 Issues</em>
 470           <ul>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 473               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 474               9.01, OSX 10.10)
 475             </li>
 476           </ul>
 477         </div></td>
 478     </tr>
 479     <tr>
 480       <td width="60" nowrap>
 481         <div align="center">
 482           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 483             <em>2/10/2017</em></strong>
 484         </div>
 485       </td>
 486       <td><div align="left">
 487           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 488           <ul>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 491             </li>
 492             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 493             </li>
 494           </ul>
 495         </div></td>
 496       <td><div align="left">
 497         </div></td>
 498     </tr>
 499     <tr>
 500       <td width="60" nowrap>
 501         <div align="center">
 502           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 503             <em>7/9/2017</em></strong>
 504         </div>
 505       </td>
 506       <td><div align="left">
 507           <em></em>
 508           <ul>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 511               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 512               white)
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 516               Preferences
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 520               in size and progress bar shown as higher resolution
 521               overview is recalculated
 522             </li>
 523
 524           </ul>
 525         </div></td>
 526       <td><div align="left">
 527           <em></em>
 528           <ul>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 531               column region row by row
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 535               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 539               format setting is unticked
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 543               if group has show boxes format setting unticked
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 547               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 548               include sequences and columns not currently displayed
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 552               assemblies are imported via CIF file
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 556               displayed when threshold or conservation colouring is also
 557               enabled.
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 561               server version
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 565               dragging a selected region off the visible region of the
 566               alignment
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 570               colourscheme to all groups in a view
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 574               initially after font size change using the Font chooser or
 575               middle-mouse zoom
 576             </li>
 577           </ul>
 578         </div></td>
 579     </tr>
 580     <tr>
 581       <td width="60" nowrap>
 582         <div align="center">
 583           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 584         </div>
 585       </td>
 586       <td><div align="left">
 587           <em>Calculations</em>
 588           <ul>
 589
 590             <li>
 591               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 592               ungapped positions in each column of the alignment.
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 596               a calculation dialog box
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 600               and memory efficiency (~30x faster)
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 604               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 605               and other calculations
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 609               files within the Jalview codebase
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 613               Similarity may have different topology due to increased
 614               precision
 615             </li>
 616           </ul>
 617           <em>Rendering</em>
 618           <ul>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 621               model for alignments and groups
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 625               scripts
 626             </li>
 627           </ul>
 628           <em>Overview</em>
 629           <ul>
 630             <li>
 631               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 632               with alignment and overview windows
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 636               overview
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 640               omitted in Overview
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 644               adjustment of visible position
 645             </li>
 646           </ul>
 647
 648           <em>Data import/export</em>
 649           <ul>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 652               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 656               annotation input/output via stockholm flatfile
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 660               extension when importing structure files without embedded
 661               names or PDB accessions
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 665               format sequence substitution matrices
 666             </li>
 667           </ul>
 668           <em>User Interface</em>
 669           <ul>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 672               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 673               the application.
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 677               via Overview or sequence motif search operations
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 681               opened by double clicking gaps within sequence feature
 682               extent
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 686               aligned positions were available to create a 3D structure
 687               superposition.
 688             </li>
 689           </ul>
 690           <em>3D Structure</em>
 691           <ul>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 694               coloured in linked structure views
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 698               file-based command exchange
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 702               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 703               structures are already available for sequences
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 707               the Jalview project rather than downloaded again when the
 708               project is reopened.
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 712               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 713               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 714                 Feature</strong>)
 715             </li>
 716           </ul>
 717           <em>Web Services</em>
 718           <ul>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 724               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 725               Analysis services
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 729               cross-references provided by identifiers.org and the
 730               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 731             </li>
 732           </ul>
 733
 734           <em>Scripting</em>
 735           <ul>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 738               identifying file formats (instead of String constants)
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 742               efficiency when counting all displayed features (not
 743               backwards compatible with 2.10.1)
 744             </li>
 745           </ul>
 746           <em>Example files</em>
 747           <ul>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 750               included in the example feature file
 751             </li>
 752           </ul>
 753           <em>Documentation</em>
 754           <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 757               with the built-in Java help viewer
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 761               sequence description' option
 762             </li>
 763           </ul>
 764           <em>Test Suite</em>
 765           <ul>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 768               Uniprot REST Free Text Search Client
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 775               during tests
 776             </li>
 777           </ul>
 778         </div></td>
 779       <td><div align="left">
 780           <em>Calculations</em>
 781           <ul>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 784               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 785               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 786             </li>
 787             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 788               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 789               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 790               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 791               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 792               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 793               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 794               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 795               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 796               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 797               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 798               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 799               // for 2.10.1 mode <br />
 800               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 801               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 802                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 803                 calculations (not recommended)</em></li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 806               scaling of branch lengths for trees computed using
 807               Sequence Feature Similarity.
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 811               generating output report when working with highly
 812               redundant alignments
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 816               right of selected region when gaps present on right-hand
 817               boundary
 818             </li>
 819           </ul>
 820           <em>User Interface</em>
 821           <ul>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 824               doesn't reselect a specific sequence's associated
 825               annotation after it was used for colouring a view
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 829               opened on a region of alignment without groups
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 833               of an alignment with overlapping groups
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 837               name and description match
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 841               hidden regions results in incorrect hidden regions
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 845               changing colour does not apply Conservation slider value
 846               to all groups
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 850               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 854               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 858               gaps before start of features
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 862               restored to UI when feature colour is edited
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 866               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 870               as graduate feature colour settings are modified via the
 871               dialog box
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 875               when a group defined on the alignment is resized
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 879               wrapped view result in positional status updates
 880             </li>
 881
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 884               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 888               alignment included gapped columns
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 892               widgets don't permanently disappear
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 896               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 897               T-Coffee column reliability scores)
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 901               sequence feature on gaps only
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 905               button from a Find inherit previously defined feature type
 906               rather than the Find query string
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 910               exporting tree calculated in Jalview
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 914               and then revealing them reorders sequences on the
 915               alignment
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 919               doesn't update to reflect available set of groups after
 920               interactively adding or modifying features
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 924               Linux
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 928               only excluded gaps in current sequence and ignored
 929               selection.
 930             </li>
 931           </ul>
 932           <em>Rendering</em>
 933           <ul>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 936               erratically when hidden rows or columns are present
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 940               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 941               sequence colouring
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 945               colour and group colour menu for protein alignments
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 949               reflect currently selected view or group's shading
 950               thresholds
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 954               when rendered on overview and structures when opacity at
 955               100%
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 959               overview when features overlaid on alignment
 960             </li>
 961           </ul>
 962           <em>Data import/export</em>
 963           <ul>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 966               load
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 970               added after a sequence was imported are not written to
 971               Stockholm File
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 975               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 979               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 983               with lightGray or darkGray via features file (but can
 984               specify lightgray)
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 988               when alignment view imported from project
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 992               structure and sequences extracted from structure files
 993               imported via URL and viewed in Jmol
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 997               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 998               the project is loaded and the structure viewed
 999             </li>
1000           </ul>
1001           <em>Web Services</em>
1002           <ul>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1005               release of Ensembl v.88
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1009               appear enabled in Preferences->Connections
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1013               removed from console output
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1017               Ensembl by Peptide ID
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1021               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1022               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1023               due to 'null' string rather than empty string used for
1024               residues with no corresponding PDB mapping).
1025             </li>
1026           </ul>
1027           <em>Application UI</em>
1028           <ul>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1031               menu
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1035               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1036               new documentation and tooltips added)
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1040               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1044               new features are added to alignment
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1048               changes to feature colours via the Amend features dialog
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1052               edit graduated feature colour via amend features dialog
1053               box
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1057               selection menu changes colours of alignment views
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1061               from alignment calculation workers after alignment has
1062               been closed
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1066               groups now 'Create Group'
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1070               Create/Undefine group doesn't always work
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1074               shown again after pressing 'Cancel'
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1078               adjusts start position in wrap mode
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1082               ambiguous amino acids
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1086               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1087               proteins
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1091               Defined' don't appear in Colours menu
1092             </li>
1093           </ul>
1094           <em>Applet</em>
1095           <ul>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1098               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1102               overview or linked structure view
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1106               work (since 2.8)
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1110               user-defined colourscheme doesn't restore original
1111               colourscheme
1112             </li>
1113           </ul>
1114           <em>Test Suite</em>
1115           <ul>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1118               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1122               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1123               problems with deep array comparison equality asserts in
1124               successive versions of TestNG
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1128               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1129             </li>
1130           </ul>
1131           <em>New Known Issues</em>
1132           <ul>
1133             <li>
1134               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1135               phase after a sequence motif find operation
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1139               containing just upper and lower case letters are
1140               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1144               reliably from eggnog Ortholog database
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1148               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1149               to mark columns containing highlighted regions.
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1153               doesn't always add secondary structure annotation.
1154             </li>
1155           </ul>
1156         </div>
1157     <tr>
1158       <td width="60" nowrap>
1159         <div align="center">
1160           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1161         </div>
1162       </td>
1163       <td><div align="left">
1164           <em>General</em>
1165           <ul>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1168               for all consensus calculations
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1172               3rd Oct 2016)
1173             </li>
1174             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1175               for 2016-2017</li>
1176           </ul>
1177           <em>Application</em>
1178           <ul>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1181               set of database cross-references, sorted alphabetically
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1185               from database cross references. Users with custom links
1186               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1187                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1191               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1192               Chimera session
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1196               the Chimera it is connected to is shut down
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1200               columns menu item to mark columns containing highlighted
1201               regions (e.g. from structure selections or results of a
1202               Find operation)
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1206               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1207               MSAviewer
1208             </li>
1209           </ul>
1210         </div></td>
1211       <td>
1212         <div align="left">
1213           <em>General</em>
1214           <ul>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1217               are not coloured or thresholded according to percent
1218               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1222               hydrophobic
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1226               threshold, amino acid properties)
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1230               reported as mapped to residues in a structure file in the
1231               View Mapping report
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1235               could be added multiple times to a sequence
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1239               bond features shown as two highlighted residues rather
1240               than a range in linked structure views, and treated
1241               correctly when selecting and computing trees from features
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1245               cross-references are matched to database name regardless
1246               of case
1247             </li>
1248
1249           </ul>
1250           <em>Application</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1254               names without regular expressions also offer links from
1255               Sequence ID
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1259               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1260               update Jalview configuration
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1264               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1268               files with similarly named sequences if dropped onto the
1269               alignment
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1273               entries where more chains exist in the PDB accession than
1274               are reported in the SIFTS file
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1278               the structure view when displayed with Chimera
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1282               panel's View->Show Chains submenu
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1286               work for wrapped alignment views
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1290               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1294               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1295               first annotation row
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1299               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1303               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1304             </li>
1305             <!-- JAL-2319 -->
1306             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1307             coordindate data
1308             </li>
1309           </ul>
1310           <!--           <em>New Known Issues</em>
1311           <ul>
1312             <li></li>
1313           </ul> -->
1314         </div>
1315       </td>
1316     </tr>
1317     <td width="60" nowrap>
1318       <div align="center">
1319         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1320           <em>25/10/2016</em></strong>
1321       </div>
1322     </td>
1323     <td><em>Application</em>
1324       <ul>
1325         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1326           view if structures already loaded</li>
1327         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1328           structure views</li>
1329       </ul></td>
1330     <td>
1331       <div align="left">
1332         <em>General</em>
1333         <ul>
1334           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1335             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1336           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1337             example sequences/projects/trees</li>
1338         </ul>
1339         <em>Application</em>
1340         <ul>
1341           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1342             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1343           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1344             without timeout for structures with multiple models or
1345             multiple sequences in alignment</li>
1346           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1347             PDB ID HEADER line</li>
1348           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1349             is performed</li>
1350           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1351             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1352           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1353           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1354             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1355             option</li>
1356           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1357             is created on the alignment</li>
1358           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1359             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1360             pop-up menu</li>
1361         </ul>
1362         <em>Build and deployment</em>
1363         <ul>
1364           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1365             tags</li>
1366         </ul>
1367         <em>New Known Issues</em>
1368         <ul>
1369           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1370             on Windows</li>
1371         </ul>
1372       </div>
1373     </td>
1374     </tr>
1375     <tr>
1376       <td width="60" nowrap>
1377         <div align="center">
1378           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1379         </div>
1380       </td>
1381       <td><em>General</em>
1382         <ul>
1383           <li>
1384             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1388             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1389             better PDB parsing.
1390           </li>
1391           <li>
1392             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1393             reference sequence
1394           </li>
1395           <li>
1396             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1397             mousing over sequence associated annotation
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1401             for manual entry
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1405             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1406             for each column
1407           </li>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1410             showing or hiding columns containing a feature
1411           </li>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1414             group and sequence associated annotation labels
1415           </li>
1416           <li>
1417             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1418             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1419             dialogs
1420           </li>
1421
1422         </ul> <em>Application</em>
1423         <ul>
1424           <li>
1425             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1426             gene/transcript view
1427           </li>
1428           <li>
1429             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1430             dialog
1431           </li>
1432           <li>
1433             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1434             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1435           </li>
1436           <li>
1437             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1438             Pfam sources to xfam.org
1439           </li>
1440           <li>
1441             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1442           </li>
1443           <li>
1444             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1445             over sequences in Jalview
1446           </li>
1447           <li>
1448             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1449             regions in ENA and EMBL
1450           </li>
1451           <li>
1452             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1453             for record retrieval via ENA rest API
1454           </li>
1455           <li>
1456             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1457             complement operator
1458           </li>
1459           <li>
1460             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1461             groovy script execution
1462           </li>
1463           <li>
1464             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1465             alignment window's Calculate menu
1466           </li>
1467           <li>
1468             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1469             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1470           </li>
1471           <li>
1472             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1473             calculation workers from groovy scripts
1474           </li>
1475           <li>
1476             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1477             Jalview projects
1478           </li>
1479           <li>
1480             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1481             associations are now saved/restored from project
1482           </li>
1483           <li>
1484             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1485             before sequence fetcher is opened
1486           </li>
1487           <li>
1488             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1489             database chooser opens a sequence fetcher
1490           </li>
1491           <li>
1492             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1493             the UniProt REST API
1494           </li>
1495           <li>
1496             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1497             the news reader opening
1498           </li>
1499           <li>
1500             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1501             querying stored in preferences
1502           </li>
1503           <li>
1504             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1505             search results
1506           </li>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1509           </li>
1510           <li>
1511             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1512             menu for nucleotide sequences
1513           </li>
1514           <li>
1515             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1516             and feature counts preserves alignment ordering (and
1517             debugged for complex feature sets).
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1521             viewing structures with Jalview 2.10
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1525             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1526             Ensembl Genomes REST API
1527           </li>
1528           <li>
1529             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1530             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1531             (Ensembl)
1532           </li>
1533           <li>
1534             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1535             sequences
1536           </li>
1537           <li>
1538             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1539             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1540             data from external database records.
1541           </li>
1542           <li>
1543             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1544             efficient recovery of sequence coding and alignment
1545             annotation relationships.
1546           </li>
1547         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1548         <ul>
1549           <li>
1550             -- JAL---
1551           </li>
1552         </ul> --></td>
1553       <td>
1554         <div align="left">
1555           <em>General</em>
1556           <ul>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1559               menu on OSX
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1563               includes graduated colourschemes
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1567               working with big alignments and lots of hidden columns
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1571               at right of alignment window
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1575               contents
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1579               for DNA alignments
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1583               based tree calculation
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1587               unconserved enabled for group on alignment
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1591               set as reference
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1595               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1596               annotation
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1600               hidden columns present
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1604               user created annotation added to alignment
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1608               '()' base pair annotation
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1612               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1613               Consensus
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1617               feature not working
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1621               beginning of sequence
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1625               entry 3a6s
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1629               from a tree when t-coffee scores are shown
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1633               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1637               some structures
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1641               to Clustal, PIR and PileUp output
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1645               not visible causes alignment window to repaint
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1649               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1650               scores associated with features and annotation rows
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1654               calculation should be case independent
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1658               columns
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1662               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1663               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1667               problems when reference sequence defined and 'show
1668               non-conserved' enabled
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1672               load even when Consensus calculation is disabled
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1676               alignment does nothing
1677             </li>
1678           </ul>
1679           <em>Application</em>
1680           <ul>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1683               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1684               yet fixed for El Capitan)
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1688               output when running on non-gb/us i18n platforms
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1692               hidden sequences as flat-file alignment
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1696               launching Chimera
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1700               (also hotfix for 2.9.0b2)
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1704               reference sequence defined
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1708               alignments and views when revealing hidden columns
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1712               view in a cDNA/Protein splitframe
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1716               sequence from project when only one sequence is
1717               represented
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1721               in Structure Chooser
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1725               structure consensus didn't refresh annotation panel
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1729               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1733               dialogs format columns correctly, don't display array
1734               data, sort columns according to type
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1738               file chooser is cancelled during an image export
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1742               sequence name containing special characters
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1746               case insensitive
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1750               formatting don't wrap
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1754               truncated so L looks like I in consensus annotation
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1758               currently displayed features for the current selection or
1759               view
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1763               after fetching cross-references, and restoring from
1764               project
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1768               followed in the structure viewer
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1772               splitframe not restored from project
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1776               trailing end of protein alignment in transcript/product
1777               splitview when pad-gaps not enabled by default
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1781               is case dependent
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1785               article has been read (reopened issue due to
1786               internationalisation problems)
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1790               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1791               cross-references
1792             </li>
1793
1794             <li>
1795               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1796               alignment as HTML
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1800               multiple structures are shown for one or more sequences.
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1804               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1805               is enabled.
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1809               specific PDB id for sequence
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1813               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1814               columns' is disabled.
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1818               selects lowest rather than highest resolution structures
1819               for each sequence
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1823               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1827               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1831               after clicking on it to create new annotation for a
1832               column.
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1836               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1837             </li>
1838             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1839             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1840           </ul>
1841           <em>Applet</em>
1842           <ul>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1845               hidden columns present before start of sequence
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1849               (JSON jars)
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1853               sequences are hidden in applet
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1857               deployment on examples pages.
1858             </li>
1859           </ul>
1860         </div>
1861       </td>
1862     </tr>
1863     <tr>
1864       <td width="60" nowrap>
1865         <div align="center">
1866           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1867             <em>16/10/2015</em></strong>
1868         </div>
1869       </td>
1870       <td><em>General</em>
1871         <ul>
1872           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1873             jars</li>
1874         </ul></td>
1875       <td>
1876         <div align="left">
1877           <em>Application</em>
1878           <ul>
1879             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1880               shown when tree is partitioned</li>
1881             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1882               multiple cDNA/Protein split views</li>
1883           </ul>
1884         </div>
1885       </td>
1886     </tr>
1887     <tr>
1888       <td width="60" nowrap>
1889         <div align="center">
1890           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1891             <em>8/10/2015</em></strong>
1892         </div>
1893       </td>
1894       <td><em>General</em>
1895         <ul>
1896           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1897             2.9</li>
1898         </ul> <em>Application</em>
1899         <ul>
1900           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1901           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1902           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1903         </ul> <em>Applet</em>
1904         <ul>
1905           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1906         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1907         <ul>
1908           <li>
1909             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1910             suite
1911           </li>
1912         </ul></td>
1913       <td>
1914         <div align="left">
1915           <em>General</em>
1916           <ul>
1917             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1918               incorrect when sequence start > 1</li>
1919             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1920               documentation</li>
1921             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1922             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1923               loading a features file containing HTML tags in feature
1924               description</li>
1925
1926           </ul>
1927           <em>Application</em>
1928           <ul>
1929             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1930               reimport</li>
1931             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1932               with 'trim retrieved sequences'</li>
1933             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1934               deleting selected columns</li>
1935             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1936               JNLP templates for webstart launch</li>
1937             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1938               unreleased structures for download or viewing</li>
1939             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1940               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1941             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1942               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1943             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1944               recovered from jalview project</li>
1945             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1946               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1947               alignment view</li>
1948             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1949               color schemes from BioJSON</li>
1950           </ul>
1951           <em>Applet</em>
1952           <ul>
1953             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1954               frame</li>
1955             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1956           </ul>
1957         </div>
1958       </td>
1959     </tr>
1960     <tr>
1961       <td><div align="center">
1962           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1963         </div></td>
1964       <td><em>General</em>
1965         <ul>
1966           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1967             alignments:
1968             <ul>
1969               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1970                 and DNA alignment views</li>
1971               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1972                 cDNA alignment views</li>
1973               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1974                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1975               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1976                 protein sequences</li>
1977             </ul>
1978           </li>
1979           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1980           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1981             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1982           <li>New alignment annotation file statements for
1983             reference sequences and marking hidden columns</li>
1984           <li>Reference sequence based alignment shading to
1985             highlight variation</li>
1986           <li>Select or hide columns according to alignment
1987             annotation</li>
1988           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1989           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1990             acid conservation row</li>
1991           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1992         </ul> <em>Application</em>
1993         <ul>
1994           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1995             <ul>
1996               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1997                 view with cDNA/Protein</li>
1998               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1999                 sequences are placed in the same alignment</li>
2000               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2001                 projects</li>
2002             </ul>
2003           </li>
2004
2005           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2006           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2007             Jalview windows</li>
2008
2009           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2010           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2011           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2012             be shown in VARNA</li>
2013
2014           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2015             as the active selected region</li>
2016
2017           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2018             similarity</li>
2019           <li>New Export options
2020             <ul>
2021               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2022                 region export in flat file generation</li>
2023
2024               <li>Export alignment views for display with the <a
2025                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2026
2027               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2028               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2029                 alignment figures to HTML</li>
2030           </li>
2031           <li>3D structure retrieval and display
2032             <ul>
2033               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2034                 Search API</li>
2035               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2036                 PDB structures for a sequence set</li>
2037             </ul>
2038           </li>
2039
2040           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2041             predictions</li>
2042           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2043             for one or a group of sequences</li>
2044           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2045             from the JPred4 web server</li>
2046           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2047             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2048             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2049           </li>
2050           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2051             VARNA 2D Structure'</li>
2052           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2053             Structure ..."</li>
2054
2055         </ul> <em>Applet</em>
2056         <ul>
2057           <li>New layout for applet example pages</li>
2058           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2059             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2060           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2061             Protein alignments</li>
2062         </ul> <em>Development and deployment</em>
2063         <ul>
2064           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2065           <li>Include installation type and git revision in build
2066             properties and console log output</li>
2067           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2068             storing BioJsMSA Templates</li>
2069           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2070         </ul></td>
2071       <td>
2072         <!-- <em>General</em>
2073         <ul>
2074         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2075         <ul>
2076           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2077           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2078           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2079             predictions are not highlighted in amber</li>
2080           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2081             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2082           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2083             associated structure views</li>
2084           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2085             width checkbox not enabled</li>
2086           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2087             creating user defined colours</li>
2088           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2089             mappings for just that viewer's sequences</li>
2090           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2091             multiple models in Chimera</li>
2092           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2093             over Jmol structure</li>
2094           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2095             output to text box</li>
2096           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2097             have incorrect sequence start/end</li>
2098           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2099             Jalview fails</li>
2100           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2101             work for nucleotide</li>
2102           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2103             to a grey/invisible alignment window</li>
2104           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2105             imports to different position</li>
2106           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2107             on some platforms</li>
2108           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2109             populated</li>
2110           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2111             console if Chimera has been opened</li>
2112           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2113           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2114             retrieved</li>
2115           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2116           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2117             either sequence shows on first structure</li>
2118           <li>'Show annotations' options should not make
2119             non-positional annotations visible</li>
2120           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2121             in right place after 'view flanking regions'</li>
2122           <li>File Save As type unset when current file format is
2123             unknown</li>
2124           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2125             projects</li>
2126           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2127             responsive</li>
2128           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2129             several views on same alignment</li>
2130           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2131           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2132             spaces</li>
2133         </ul> <em>Applet</em>
2134         <ul>
2135           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2136           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2137             descriptions containing angle brackets</li>
2138         </ul> <em>General</em>
2139         <ul>
2140           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2141             via jalview annotation file</li>
2142           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2143             with RNA secondary structure</li>
2144           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2145             translation doesn't work.</li>
2146           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2147           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2148             positions</li>
2149           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2150             choosing 1pt font</li>
2151           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2152             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2153             'h'</li>
2154           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2155             new feature</li>
2156           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2157             order dependent</li>
2158           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2159             sequences</li>
2160           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2161         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2162         <ul>
2163           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2164             www.jalview.org</li>
2165         </ul> <em>Application Known issues</em>
2166         <ul>
2167           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2168           <li>Misleading message appears after trying to delete
2169             solid column.</li>
2170           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2171             version launches</li>
2172           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2173             fails with a sequence mismatch</li>
2174           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2175             scrolling alignment to right</li>
2176           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2177             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2178           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2179             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2180           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2181             ultra-high resolution</li>
2182           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2183             quality and conservation</li>
2184           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2185             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2186         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2187         <ul>
2188           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2189           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2190             window is being resized</li>
2191
2192         </ul>
2193       </td>
2194     </tr>
2195     <tr>
2196       <td><div align="center">
2197           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2198         </div></td>
2199       <td><em>General</em>
2200         <ul>
2201           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2202             Certum.PL.</li>
2203           <li>Features and annotation preserved when performing
2204             pairwise alignment</li>
2205           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2206             imported/exported/displayed</li>
2207           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2208             protein secondary structure</li>
2209           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2210               post-hoc with 2.9 release</em>)
2211           </li>
2212
2213         </ul> <em>Application</em>
2214         <ul>
2215           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2216             with 3D structures</li>
2217           <li>Support for parsing RNAML</li>
2218           <li>Annotations menu for layout
2219             <ul>
2220               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2221               <li>place sequence annotation above/below alignment
2222                 annotation</li>
2223             </ul>
2224           <li>Output in Stockholm format</li>
2225           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2226             translation</li>
2227           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2228           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2229             shared between alignments</li>
2230           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2231             Jalview</li>
2232           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2233             all or current selection</li>
2234           <li>disorder and secondary structure predictions
2235             available as dataset annotation</li>
2236           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2237
2238
2239           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2240             alignments from Rfam</li>
2241           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2242
2243           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2244             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2245           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2246           <li>include installation type in build properties and
2247             console log output</li>
2248           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2249             annotation</li>
2250         </ul></td>
2251       <td>
2252         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2253         <ul>
2254           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2255             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2256           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2257             alignment</li>
2258           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2259           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2260           <li>Double click on sequence associated annotation
2261             selects only first column</li>
2262           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2263             leaves shown in tree</li>
2264           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2265             properly</li>
2266           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2267           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2268             screen and buttons not visible</li>
2269           <li>author list isn't updated if already written to
2270             Jalview properties</li>
2271           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2272             from database</li>
2273           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2274           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2275             browser search window</li>
2276           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2277             in feature settings dialog</li>
2278           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2279             desktop</li>
2280           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2281             pass validation</li>
2282           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2283             fit on screen</li>
2284           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2285             tooltip</li>
2286           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2287             defined user preset</li>
2288           <li>MSA web services warns user if they were launched
2289             with invalid input</li>
2290           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2291             Java 8</li>
2292           <li>
2293             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2294             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2295             created
2296           </li>
2297
2298         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2299         <ul>
2300         </ul> <em>General</em>
2301         <ul>
2302         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2303         <ul>
2304           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2305             memory allocation</li>
2306           <li>launchApp service doesn't automatically open
2307             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2308           <li>
2309             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2310             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2311             1.7_055 is available
2312           </li>
2313         </ul> <em>Application Known issues</em>
2314         <ul>
2315           <li>
2316             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2317             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2318             alignment to right
2319           </li>
2320           <li>
2321             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2322             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2323             with large number of ID
2324           </li>
2325           <li>
2326             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2327             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2328             start/end
2329           </li>
2330           <li>
2331             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2332             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2333             structure tracks are rearranged
2334           </li>
2335           <li>
2336             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2337             invalid rna structure positional highlighting does not
2338             highlight position of invalid base pairs
2339           </li>
2340           <li>
2341             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2342             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2343             project from alignment window file menu
2344           </li>
2345           <li>
2346             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2347             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2348             structures
2349           </li>
2350           <li>
2351             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2352             colour by RNA Helices not enabled when user created
2353             annotation added to alignment
2354           </li>
2355           <li>
2356             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2357             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2358           </li>
2359         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2360         <ul>
2361           <li>
2362             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2363             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2364           </li>
2365           <li>
2366             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2367             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2368           </li>
2369
2370           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2371             when selected</li>
2372         </ul>
2373       </td>
2374     </tr>
2375     <tr>
2376       <td><div align="center">
2377           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2378         </div></td>
2379       <td>
2380         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2381         <em>General</em>
2382         <ul>
2383           <li>Internationalisation of user interface (usually
2384             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2385           <li>Define/Undefine group on current selection with
2386             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2387           <li>Improved group creation/removal options in
2388             alignment/sequence Popup menu</li>
2389           <li>Sensible precision for symbol distribution
2390             percentages shown in logo tooltip.</li>
2391           <li>Annotation panel height set according to amount of
2392             annotation when alignment first opened</li>
2393         </ul> <em>Application</em>
2394         <ul>
2395           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2396             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2397           <li>Select columns containing particular features from
2398             Feature Settings dialog</li>
2399           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2400             sequences</li>
2401           <li>Update Jalview project format:
2402             <ul>
2403               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2404               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2405                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2406               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2407                 colouring</li>
2408             </ul>
2409           </li>
2410           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2411             (PAM250)</li>
2412           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2413             flanking regions for an alignment</li>
2414         </ul>
2415       </td>
2416       <td>
2417         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2418         <ul>
2419           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2420             running after job is cancelled</li>
2421           <li>cannot export features from alignments imported from
2422             Jalview/VAMSAS projects</li>
2423           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2424             float values</li>
2425           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2426             have 'display all symbols' flag set</li>
2427           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2428             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2429           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2430             Jalview</li>
2431           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2432             Lion/Webstart</li>
2433           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2434           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2435           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2436             alignment onto desktop</li>
2437           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2438             'extract scores' function</li>
2439           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2440             alignment window</li>
2441           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2442             performing IUPred disorder prediction</li>
2443           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2444             changing 'normalise logo' display setting</li>
2445           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2446             nothing matches query</li>
2447           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2448             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2449           </li>
2450           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2451             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2452           </li>
2453           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2454             Jalview's menu</li>
2455           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2456             'invalid literal/length code'</li>
2457           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2458             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2459           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2460             colourscheme</li>
2461
2462         </ul> <em>Applet</em>
2463         <ul>
2464           <li>Remove group option is shown even when selection is
2465             not a group</li>
2466           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2467             don't affect groups</li>
2468           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2469             colourscheme name</li>
2470           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2471             Annotation panel is not displayed</li>
2472           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2473             embedded windows</li>
2474         </ul> <em>Other</em>
2475         <ul>
2476           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2477             single sequence were not calculated</li>
2478           <li>annotation files that contain only groups imported as
2479             annotation and junk sequences</li>
2480           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2481             recognised as PFAM or BLC</li>
2482           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2483             doesn't affect background (2.8.0b1)
2484           <li></li>
2485           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2486           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2487             trailing gaps</li>
2488           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2489             registered correctly on import</li>
2490           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2491             certain alignments</li>
2492           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2493             existing annotation based 'use original colours'
2494             colourscheme loses original colours setting</li>
2495         </ul>
2496       </td>
2497     </tr>
2498     <tr>
2499       <td><div align="center">
2500           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2501             <em>30/1/2014</em></strong>
2502         </div></td>
2503       <td>
2504         <ul>
2505           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2506             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2507             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2508             open source project).
2509           </li>
2510           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2511           <li>Output in Stockholm format</li>
2512           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2513           <li>Export/import group and sequence associated line
2514             graph thresholds</li>
2515           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2516             ambiguity codes</li>
2517           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2518             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2519             works</li>
2520           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2521         </ul> <em>Other improvements</em>
2522         <ul>
2523           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2524           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2525             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2526           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2527             files</li>
2528           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2529           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2530             link but no description</li>
2531           <li>Select primary source when selecting authority in
2532             database fetcher GUI</li>
2533           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2534             Jalview</li>
2535           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2536         </ul>
2537       </td>
2538       <td>
2539         <ul>
2540           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2541             displayed</li>
2542           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2543             secondary structure annotation line</li>
2544           <li>Sequence database accessions not imported when
2545             fetching alignments from Rfam</li>
2546           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2547             identical IDs</li>
2548           <li>View all structures does not always superpose
2549             structures</li>
2550           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2551             reflect user or preset settings</li>
2552           <li>Null pointer exceptions for some services without
2553             presets or adjustable parameters</li>
2554           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2555             discover PDB xRefs</li>
2556           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2557             features with DAS</li>
2558           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2559             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2560           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2561             residue follows a gap</li>
2562           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2563             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2564           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2565             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2566           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2567             annotation already exists on alignment</li>
2568           <li>oninit javascript function should be called after
2569             initialisation completes</li>
2570           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2571             alignment window display</li>
2572           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2573           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2574             to annotation file</li>
2575           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2576             groups created</li>
2577           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2578             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2579           <li>Pressing return several times causes Number Format
2580             exceptions in keyboard mode</li>
2581           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2582             correct partitions for input data</li>
2583           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2584           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2585           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2586           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2587             mode</li>
2588           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2589             changes one row&#39;s threshold</li>
2590           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2591             doesn&#39;t open</li>
2592           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2593             quality histograms</li>
2594         </ul>
2595       </td>
2596     </tr>
2597     <tr>
2598       <td><div align="center">
2599           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2600         </div></td>
2601       <td><em>Application</em>
2602         <ul>
2603           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2604             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2605           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2606             preferences</li>
2607           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2608             in Jalview alignment window</li>
2609           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2610             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2611           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2612             RNA and ambiguity codes</li>
2613
2614           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2615           <li>Support fetching and database reference look up
2616             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2617             refs')</li>
2618           <li>Jalview project improvements
2619             <ul>
2620               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2621                 flag for annotation</li>
2622               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2623                 alignment</li>
2624               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2625                 Jalview project</li>
2626
2627             </ul>
2628           </li>
2629           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2630           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2631             running</li>
2632           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2633           <li>visual indication that web service results are still
2634             being retrieved from server</li>
2635           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2636             starts up for first time</li>
2637           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2638             services</li>
2639           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2640             client library</li>
2641           <li>Examples directory and Groovy library included in
2642             InstallAnywhere distribution</li>
2643         </ul> <em>Applet</em>
2644         <ul>
2645           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2646             visualization applet example</li>
2647         </ul> <em>General</em>
2648         <ul>
2649           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2650           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2651             defaults</li>
2652           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2653             calculation</li>
2654           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2655             matrices
2656           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2657             in HTML</li>
2658           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2659             structure contacts</li>
2660           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2661           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2662           <li>Parse sequence associated secondary structure
2663             information in Stockholm files</li>
2664           <li>HTML Export database accessions and annotation
2665             information presented in tooltip for sequences</li>
2666           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2667             style RNA alignment files</li>
2668           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2669             alignment</li>
2670           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2671             shade each sequence according to its associated alignment
2672             annotation</li>
2673           <li>New Jalview Logo</li>
2674         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2675         <ul>
2676           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2677           <li>New Website!</li>
2678         </ul></td>
2679       <td><em>Application</em>
2680         <ul>
2681           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2682             wsdbfetch REST service</li>
2683           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2684           <li>Filetype associations not installed for webstart
2685             launch</li>
2686           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2687             job execution in full once it is complete</li>
2688           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2689             uploaded via ali_file parameter</li>
2690           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2691           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2692           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2693             submitted for prediction</li>
2694           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2695             desktop window</li>
2696           <li>Putting fractional value into integer text box in
2697             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2698           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2699             windows 7</li>
2700           <li>View all structures fails with exception shown in
2701             structure view</li>
2702           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2703             escaped in a platform independent way</li>
2704           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2705             using proxy</li>
2706           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2707             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2708           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2709             failure when java web start temporary file caching is
2710             disabled</li>
2711           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2712             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2713           <li>Errors during processing of command line arguments
2714             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2715           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2716             DAS sources in sequence fetcher</li>
2717           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2718             dialog is shown</li>
2719           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2720           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2721           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2722           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2723             on OSX Mountain Lion</li>
2724           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2725             sequences with alignment annotation are pasted into the
2726             alignment</li>
2727           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2728             when loaded from Jalview project</li>
2729           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2730           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2731             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2732           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2733             associated with all views</li>
2734           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2735             annotation rows to new window</li>
2736         </ul> <em>Applet</em>
2737         <ul>
2738           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2739             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2740           <li>loading features via javascript API automatically
2741             enables feature display</li>
2742           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2743             work</li>
2744         </ul> <em>General</em>
2745         <ul>
2746           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2747           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2748             and then deselected</li>
2749           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2750           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2751             coloured with clustalx</li>
2752           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2753             exceptions and redraw errors</li>
2754           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2755             reconfigured view</li>
2756           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2757             colour</li>
2758           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2759             for lots of labels</li>
2760         </ul>
2761     </tr>
2762     <tr>
2763       <td>
2764         <div align="center">
2765           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2766         </div>
2767       </td>
2768       <td><em>Application</em>
2769         <ul>
2770           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2771           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2772           <li>View/alignment association menu to enable user to
2773             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2774             its colours/correspondences from</li>
2775           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2776           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2777             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2778           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2779           <li>Annotation row column label formatting attributes
2780             stored in project file</li>
2781           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2782             rows preserved in Jalview project file</li>
2783           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2784             saved using Desktop window menu</li>
2785           <li>Visual indication that command line arguments are
2786             still being processed</li>
2787           <li>Groovy script execution from URL</li>
2788           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2789             preferences</li>
2790           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2791             alignment with sequences that have high similarity and
2792             matching IDs</li>
2793           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2794           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2795             structures in same window</li>
2796           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2797           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2798             analysis function in its own submenu</li>
2799         </ul> <em>Applet</em>
2800         <ul>
2801           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2802             groups</li>
2803           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2804           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2805           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2806           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2807           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2808             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2809           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2810           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2811             parameters are treated as such</li>
2812           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2813             <ul>
2814               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2815               <li>Javascript callbacks for
2816                 <ul>
2817                   <li>Applet initialisation</li>
2818                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2819                 </ul>
2820               </li>
2821               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2822                 functions</li>
2823               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2824               <li>javascript structure viewer harness to pass
2825                 messages between Jmol and Jalview when running as
2826                 distinct applets</li>
2827               <li>sortBy method</li>
2828               <li>Set of applet and application examples shipped
2829                 with documentation</li>
2830               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2831                 javascript message exchange</li>
2832             </ul>
2833         </ul> <em>General</em>
2834         <ul>
2835           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2836             multiple alignments</li>
2837           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2838           <li>User configurable link to enable redirects to a
2839             www.Jalview.org mirror</li>
2840           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2841           <li>Configurable newline string when writing alignment
2842             and other flat files</li>
2843           <li>Allow alignment annotation description lines to
2844             contain html tags</li>
2845         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2846         <ul>
2847           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2848             examples</li>
2849           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2850             using a web service before displaying the result in the
2851             Jalview desktop</li>
2852           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2853           <li>Ant target to publish example html files with applet
2854             archive</li>
2855           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2856           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2857         </ul></td>
2858       <td><em>Application</em>
2859         <ul>
2860           <li>User defined colourscheme throws exception when
2861             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2862           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2863             dialog for valid filename/format</li>
2864           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2865           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2866             P37173</li>
2867           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2868             which sequence is to be associated with the file</li>
2869           <li>Find All raises null pointer exception when query
2870             only matches sequence IDs</li>
2871           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2872           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2873             2.4 cannot be loaded</li>
2874           <li>Filetype associations not installed for webstart
2875             launch</li>
2876           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2877             with sequences in different alignments do not get coloured
2878             by their associated sequence</li>
2879           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2880             not preserved when project is loaded</li>
2881           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2882             stored in Jalview project</li>
2883           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2884             Jalview project</li>
2885           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2886           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2887             by conservation</li>
2888           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2889             created on new view</li>
2890           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2891             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2892           <li>Alignment quality not updated after alignment
2893             annotation row is hidden then shown</li>
2894           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2895             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2896           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2897             properly</li>
2898           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2899             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2900           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2901           <li>Structures imported from file and saved in project
2902             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2903           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2904             job execution in full once it is complete</li>
2905         </ul> <em>Applet</em>
2906         <ul>
2907           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2908             annotation rows are displayed</li>
2909           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2910             codebase</li>
2911           <li>View follows highlighting does not work for positions
2912             in sequences</li>
2913           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2914           <li>Export features raises exception when no features
2915             exist</li>
2916           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2917             for javascript api is modified when separator string
2918             provided as parameter</li>
2919           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2920             alignment with no existing selection</li>
2921           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2922             to applet&#39;s codebase</li>
2923           <li>Status bar not updated after finished searching and
2924             search wraps around to first result</li>
2925           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2926             several Jalview applets causes race conditions and memory
2927             leaks</li>
2928           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2929             not sent from Jmol in applet</li>
2930           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2931             applet API fatally hang browser</li>
2932         </ul> <em>General</em>
2933         <ul>
2934           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2935             position with wrapped view and hidden regions</li>
2936           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2937             with/without hidden columns</li>
2938           <li>Sequence length given in alignment properties window
2939             is off by 1</li>
2940           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2941             import PDB like structure files</li>
2942           <li>Positional search results are only highlighted
2943             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2944           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2945           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2946             given sequence position</li>
2947           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2948             output</li>
2949           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2950             from nucleotide chains correctly</li>
2951           <li>Structure colours not updated when tree partition
2952             changed in alignment</li>
2953           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2954             parsed in interleaved stockholm</li>
2955           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2956             state</li>
2957           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2958             properly</li>
2959           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2960             properly associated with their pdb files</li>
2961         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2962         <ul>
2963           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2964             ApplyCopyright tool</li>
2965         </ul></td>
2966     </tr>
2967     <tr>
2968       <td>
2969         <div align="center">
2970           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2971         </div>
2972       </td>
2973       <td><em>Application</em>
2974         <ul>
2975           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2976             contact web services</li>
2977           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2978             service job window</li>
2979           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2980         </ul></td>
2981       <td>
2982         <ul>
2983           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2984             pir file emitted by Jalview</li>
2985           <li>Existing feature settings transferred to new
2986             alignment view created from cut'n'paste</li>
2987           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2988             parsing PDB files</li>
2989           <li>Consensus and conservation annotation rows
2990             occasionally become blank for all new windows</li>
2991           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2992             in wrapped view mode</li>
2993         </ul> <em>Application</em>
2994         <ul>
2995           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2996             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2997           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2998             parameter names</li>
2999           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3000             is down</li>
3001         </ul>
3002       </td>
3003     </tr>
3004     <tr>
3005       <td>
3006         <div align="center">
3007           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3008         </div>
3009       </td>
3010       <td><em>Application</em>
3011         <ul>
3012           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3013             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3014             (JABAWS)
3015           </li>
3016           <li>Web Services preference tab</li>
3017           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3018             preferences</li>
3019           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3020           <li>Superpose structures using associated sequence
3021             alignment</li>
3022           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3023             viewer</li>
3024         </ul> <em>Applet</em>
3025         <ul>
3026           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3027             link out mechanism</li>
3028         </ul> <em>Other</em>
3029         <ul>
3030           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3031             series 12</li>
3032           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3033             require Java 1.5</li>
3034           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3035             sequence annotation files</li>
3036           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3037             type colour specification</li>
3038           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3039             script to check if it being run in an interactive session or
3040             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3041         </ul></td>
3042       <td>
3043         <ul>
3044           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3045             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3046         </ul> <em>Application</em>
3047         <ul>
3048           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3049             selected Regions menu item</li>
3050           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3051             part of a valid accession ID</li>
3052           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3053             runs out of memory</li>
3054           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3055             analysis results</li>
3056           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3057             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3058           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3059         </ul> <em>Applet</em>
3060         <ul>
3061           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3062             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3063             defined.</li>
3064         </ul>
3065       </td>
3066     </tr>
3067     <tr>
3068       <td>
3069         <div align="center">
3070           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3071         </div>
3072       </td>
3073       <td></td>
3074       <td>
3075         <ul>
3076           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3077             sequence IDs</li>
3078           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3079             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3080           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3081             import correctly</li>
3082           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3083             number of columns are hidden</li>
3084           <li>annotation label popup menu not providing correct
3085             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3086             present</li>
3087           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3088             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3089           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3090             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3091
3092         </ul> <em>Applet</em>
3093         <ul>
3094           <li>annotation panel disappears when annotation is
3095             hidden/removed</li>
3096         </ul> <em>Application</em>
3097         <ul>
3098           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3099             alignment opened where annotation panel is visible but no
3100             annotations are present on alignment</li>
3101           <li>pasted region containing hidden columns is
3102             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3103           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3104             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3105           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3106             selected Rregions menu item.</li>
3107           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3108             'Un' or 'Non'conserved</li>
3109           <li>Sequence feature settings are being shared by
3110             multiple distinct alignments</li>
3111           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3112             changed</li>
3113           <li>double click on group annotation to select sequences
3114             does not propagate to associated trees</li>
3115           <li>Mac OSX specific issues:
3116             <ul>
3117               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3118                 window background</li>
3119               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3120                 name set correctly</li>
3121               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3122                 save feature colourscheme button</li>
3123             </ul>
3124           </li>
3125         </ul>
3126       </td>
3127     </tr>
3128     <tr>
3129
3130       <td>
3131         <div align="center">
3132           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3133         </div>
3134       </td>
3135       <td><em>New Capabilities</em>
3136         <ul>
3137           <li>URL links generated from description line for
3138             regular-expression based URL links (applet and application)
3139
3140           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3141             menu</li>
3142           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3143             structures</li>
3144           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3145             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3146           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3147             average score or total feature count for each sequence.</li>
3148           <li>Shading features by score or associated description</li>
3149           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3150             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3151           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3152             hide everything but the currently selected region.</li>
3153           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3154         </ul> <em>Application</em>
3155         <ul>
3156           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3157             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3158           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3159             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3160           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3161             database references and protein_name is parsed as
3162             description line (BioSapiens terms).</li>
3163           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3164             references in sequence ID tooltip from View menu in
3165             application.</li>
3166           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3167       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3168           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3169             conservation plots</li>
3170           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3171             and visualized as sequence logos</li>
3172           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3173             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3174           </li>
3175           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3176             when a new tree is opened.</li>
3177           <li>Jalview Java Console</li>
3178           <li>Better placement of desktop window when moving
3179             between different screens.</li>
3180           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3181             consensus annotation</li>
3182           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3183             Workflows</li>
3184           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3185             <ul>
3186               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3187                 used to preserve views, structures, and tree display
3188                 settings)</li>
3189               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3190                 command line</li>
3191               <li>Sharing of selected regions between views and
3192                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3193               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3194             </ul></li>
3195         </ul> <em>Applet</em>
3196         <ul>
3197           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3198           <li>New Parameters
3199             <ul>
3200               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3201                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3202                 opened.</li>
3203               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3204                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3205               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3206                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3207               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3208                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3209                 view</li>
3210               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3211                 increase the height or width of a cell in the alignment
3212                 grid relative to the current font size.</li>
3213             </ul>
3214           </li>
3215           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3216             tooltip</li>
3217         </ul> <em>Other</em>
3218         <ul>
3219           <li>Features format: graduated colour definitions and
3220             specification of feature scores</li>
3221           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3222             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3223             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3224           <li>XML formats extended to support graduated feature
3225             colourschemes, group associated annotation, and profile
3226             visualization settings.</li></td>
3227       <td>
3228         <ul>
3229           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3230             rather than description</li>
3231           <li>Non-positional features are now included in sequence
3232             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3233             visibility in tooltip).</li>
3234           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3235           <li>Added URL embedding instructions to features file
3236             documentation.</li>
3237           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3238             'X' in peptide product</li>
3239           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3240             sequence ID and sequence string and query strings do not
3241             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3242           <li>AMSA files only contain first column of
3243             multi-character column annotation labels</li>
3244           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3245             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3246             exported and re-imported)</li>
3247           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3248             name</li>
3249           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3250             as subsequence matches, and correctly reports total number
3251             of both.</li>
3252           <li>Application:
3253             <ul>
3254               <li>Better handling of exceptions during sequence
3255                 retrieval</li>
3256               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3257                 link text excludes the start_end suffix</li>
3258               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3259                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3260               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3261               <li>Sequence description lines properly shared via
3262                 VAMSAS</li>
3263               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3264                 data sources</li>
3265               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3266                 completes before alignment figures are generated.</li>
3267               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3268                 first time.</li>
3269               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3270                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3271               <li>User defined group colours properly recovered
3272                 from Jalview projects.</li>
3273             </ul>
3274           </li>
3275         </ul>
3276       </td>
3277
3278     </tr>
3279     <tr>
3280       <td>
3281         <div align="center">
3282           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3283         </div>
3284       </td>
3285       <td>
3286         <ul>
3287           <li>Experimental support for google analytics usage
3288             tracking.</li>
3289           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3290         </ul>
3291       </td>
3292       <td>
3293         <ul>
3294           <li>Race condition in applet preventing startup in
3295             jre1.6.0u12+.</li>
3296           <li>Exception when feature created from selection beyond
3297             length of sequence.</li>
3298           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3299           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3300             all sequences with a given id</li>
3301           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3302             ID string searches</li>
3303           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3304             alignment to fail with exception</li>
3305         </ul> <em>Application Issues</em>
3306         <ul>
3307           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3308           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3309             data sources</li>
3310         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3311         <ul>
3312           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3313             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3314           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3315             version (java class versioning error fixed)</li>
3316         </ul>
3317       </td>
3318     </tr>
3319     <tr>
3320       <td>
3321
3322         <div align="center">
3323           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3324         </div>
3325       </td>
3326       <td><em>User Interface</em>
3327         <ul>
3328           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3329             translation and protein products</li>
3330           <li>Linked highlighting of structure associated with
3331             residue mapping to codon position</li>
3332           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3333             and 'clear' button</li>
3334           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3335             Tools menu</li>
3336           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3337             numeric data in description line</li>
3338           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3339           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3340             of sequence</li>
3341         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3342         <ul>
3343           <li>JPred3 web service</li>
3344           <li>Prototype sequence search client (no public services
3345             available yet)</li>
3346           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3347             PFAM</li>
3348           <li>URL Links created for matching database cross
3349             references as well as sequence ID</li>
3350           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3351         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3352         <ul>
3353           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3354             databases</li>
3355           <li>Generalised database reference retrieval and
3356             validation to all fetchable databases</li>
3357           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3358             sequence command</li>
3359         </ul> <em>Import and Export</em>
3360         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3361         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3362           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3363         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3364           File</li>
3365         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3366           triplet as name of colourscheme</li>
3367         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3368         <ul>
3369           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3370           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3371             alignments (experimental)</li>
3372           <li>Create new or select existing session to join</li>
3373           <li>load and save of vamsas documents</li>
3374         </ul> <em>Application command line</em>
3375         <ul>
3376           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3377             from applet)</li>
3378           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3379             of DAS servers to query for alignment features</li>
3380           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3381             that are also automatically queried for features</li>
3382           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3383             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3384         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3385         <ul>
3386           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3387             application (when using &quot;View in full
3388             application&quot;)</li>
3389         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3390         <ul>
3391           <li>feature group display control parameter</li>
3392           <li>debug parameter</li>
3393           <li>showbutton parameter</li>
3394         </ul> <em>Applet API methods</em>
3395         <ul>
3396           <li>newView public method</li>
3397           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3398           <li>Feature display control methods</li>
3399           <li>get list of currently selected sequences</li>
3400         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3401         <ul>
3402           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3403           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3404             Jalview release.</li>
3405           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3406             property controls execution of obfuscator</li>
3407           <li>Build target for generating source distribution</li>
3408           <li>Debug flag for javacc</li>
3409           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3410             jalview.bin.Cache</li>
3411           <li>Continuous Build Integration for stable and
3412             development version of Application, Applet and source
3413             distribution</li>
3414         </ul></td>
3415       <td>
3416         <ul>
3417           <li>selected region output includes visible annotations
3418             (for certain formats)</li>
3419           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3420             for editing</li>
3421           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3422           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3423           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3424           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3425             comments</li>
3426           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3427             filenames containing a ':'</li>
3428           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3429             global sequence features</li>
3430           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3431             references from alignment sequences goes to zero</li>
3432           <li>Close of tree branch colour box without colour
3433             selection causes cascading exceptions</li>
3434           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3435           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3436             file parsing fails.</li>
3437           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3438           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3439             not a valid output format</li>
3440           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3441             vamsas</li>
3442           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3443           <li>error messages passed up and output when data read
3444             fails</li>
3445           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3446             sequence is edited</li>
3447           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3448             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3449           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3450             filetype</li>
3451           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3452             import fixed for PFAM records</li>
3453           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3454             window list</li>
3455           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3456             can be read and written correctly to annotation file</li>
3457           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3458             correctly</li>
3459           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3460             non-italic font for representatives in Applet</li>
3461           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3462             Macs.</li>
3463           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3464             Applet)</li>
3465           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3466             due to null pointer exceptions</li>
3467           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3468             first column of alignment</li>
3469           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3470             July 2008</li>
3471           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3472             file is case-insensitive</li>
3473           <li>Sequence features read from Features file appended to
3474             all sequences with matching IDs</li>
3475           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3476             containing a sub-sequence</li>
3477           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3478           <li>feature and annotation file applet parameters
3479             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3480           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3481           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3482             splash-screen version check to complete</li>
3483           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3484             when passing them to the launchApp service</li>
3485           <li>display name and local features preserved in results
3486             retrieved from web service</li>
3487           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3488             sequence fetcher initialisation</li>
3489           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3490             dasobert DAS client</li>
3491           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3492             association</li>
3493           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3494             sequences
3495           </li>
3496         </ul>
3497       </td>
3498     </tr>
3499     <tr>
3500       <td>
3501         <div align="center">
3502           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3503         </div>
3504       </td>
3505       <td>
3506         <ul>
3507           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3508           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3509           <li>Slide sequences</li>
3510           <li>Edit sequence in place</li>
3511           <li>EMBL CDS features</li>
3512           <li>DAS Feature mapping</li>
3513           <li>Feature ordering</li>
3514           <li>Alignment Properties</li>
3515           <li>Annotation Scores</li>
3516           <li>Sort by scores</li>
3517           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3518         </ul>
3519       </td>
3520       <td>
3521         <ul>
3522           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3523           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3524           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3525           <li>Feature group display state in XML</li>
3526           <li>Feature ordering in XML</li>
3527           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3528           <li>Stockholm alignment properties</li>
3529           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3530           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3531           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3532           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3533         </ul>
3534       </td>
3535
3536     </tr>
3537     <tr>
3538       <td>
3539         <div align="center">
3540           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3541         </div>
3542       </td>
3543       <td>
3544         <ul>
3545           <li>Non standard characters can be read and displayed
3546           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3547             applet via textbox
3548           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3549             name &amp; description
3550           <li>Preference setting to display sequence name in
3551             italics
3552           <li>Annotation file format extended to allow
3553             Sequence_groups to be defined
3554           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3555             specified in preferences
3556           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3557             sequences
3558         </ul>
3559       </td>
3560       <td>
3561         <ul>
3562           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3563             installed
3564           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3565           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3566         </ul>
3567       </td>
3568     </tr>
3569     <tr>
3570       <td>
3571         <div align="center">
3572           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3573         </div>
3574       </td>
3575       <td>
3576         <ul>
3577           <li>Multiple views on alignment
3578           <li>Sequence feature editing
3579           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3580           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3581           <li>Background dependent text colour
3582           <li>Right align sequence ids
3583           <li>User-defined lower case residue colours
3584           <li>Format Menu
3585           <li>Select Menu
3586           <li>Menu item accelerator keys
3587           <li>Control-V pastes to current alignment
3588           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3589           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3590           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3591
3592           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3593         </ul>
3594       </td>
3595       <td>
3596         <ul>
3597           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3598           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3599             calculations
3600           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3601             edits
3602           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3603             of alignment)
3604           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3605
3606           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3607             display correctly
3608           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3609           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3610             analysis results
3611           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3612             &#8739;
3613           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3614           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3615           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3616
3617         </ul>
3618       </td>
3619     </tr>
3620     <tr>
3621       <td>
3622         <div align="center">
3623           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3624         </div>
3625       </td>
3626       <td>
3627         <ul>
3628           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3629         </ul>
3630       </td>
3631       <td>
3632         <ul>
3633           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3634             sequence id panel has been resized</li>
3635           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3636             rendered</li>
3637           <li>Annotation files with sequence references - all
3638             elements in file are relative to sequence position</li>
3639           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3640         </ul>
3641       </td>
3642     </tr>
3643     <tr>
3644       <td>
3645         <div align="center">
3646           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3647         </div>
3648       </td>
3649       <td>
3650         <ul>
3651           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3652           <li>DAS Feature fetching</li>
3653           <li>Hide sequences and columns</li>
3654           <li>Export Annotations and Features</li>
3655           <li>GFF file reading / writing</li>
3656           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3657             files</li>
3658           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3659           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3660           <li>Applet can launch the full application</li>
3661           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3662             required)</li>
3663           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3664           <li>Applet can load sequences from parameter
3665             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3666           </li>
3667         </ul>
3668       </td>
3669       <td>
3670         <ul>
3671           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3672           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3673           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3674         </ul>
3675       </td>
3676     </tr>
3677     <tr>
3678       <td>
3679         <div align="center">
3680           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3681         </div>
3682       </td>
3683       <td>
3684         <ul>
3685           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3686           <li>Choose to match case when searching</li>
3687           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3688             expand the visible width and height of the alignment</li>
3689         </ul>
3690       </td>
3691       <td>
3692         <ul>
3693           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3694         </ul>
3695       </td>
3696     </tr>
3697     <tr>
3698       <td>
3699         <div align="center">
3700           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3701         </div>
3702       </td>
3703       <td>&nbsp;</td>
3704       <td>
3705         <ul>
3706           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3707           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3708             value</li>
3709         </ul>
3710       </td>
3711     </tr>
3712     <tr>
3713       <td>
3714         <div align="center">
3715           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3716         </div>
3717       </td>
3718       <td>
3719         <ul>
3720           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3721           <li>Keyboard editing</li>
3722           <li>Create sequence features from searches</li>
3723           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3724             alignments</li>
3725           <li>Features file allows grouping of features</li>
3726           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3727           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3728           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3729         </ul>
3730       </td>
3731       <td>
3732         <ul>
3733           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3734           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3735             descriptions saved.</li>
3736         </ul>
3737       </td>
3738     </tr>
3739     <tr>
3740       <td>
3741         <div align="center">
3742           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3743         </div>
3744       </td>
3745       <td>
3746         <ul>
3747           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3748           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3749           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3750             name for file output</li>
3751           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3752           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3753             used for HTML form input</li>
3754         </ul>
3755       </td>
3756       <td>
3757         <ul>
3758           <li>HTML output writes groups and features</li>
3759           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3760           <li>File IO bugs</li>
3761         </ul>
3762       </td>
3763     </tr>
3764     <tr>
3765       <td>
3766         <div align="center">
3767           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3768         </div>
3769       </td>
3770       <td>
3771         <ul>
3772           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3773           <li>More options for PCA viewer</li>
3774         </ul>
3775       </td>
3776       <td>
3777         <ul>
3778           <li>GUI bugs resolved</li>
3779           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3780         </ul>
3781       </td>
3782     </tr>
3783     <tr>
3784       <td height="63">
3785         <div align="center">
3786           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3787         </div>
3788       </td>
3789       <td>
3790         <ul>
3791           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3792           <li>Jar files are executable</li>
3793           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3794         </ul>
3795       </td>
3796       <td>
3797         <ul>
3798           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3799           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3800           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3801         </ul>
3802       </td>
3803     </tr>
3804     <tr>
3805       <td>
3806         <div align="center">
3807           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3808         </div>
3809       </td>
3810       <td>
3811         <ul>
3812           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3813         </ul>
3814       </td>
3815       <td>
3816         <ul>
3817           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3818         </ul>
3819       </td>
3820     </tr>
3821     <tr>
3822       <td>
3823         <div align="center">
3824           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3825         </div>
3826       </td>
3827       <td>
3828         <ul>
3829           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3830             size</li>
3831         </ul>
3832       </td>
3833       <td>
3834         <ul>
3835           <li>Improved JPred client reliability</li>
3836           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3837         </ul>
3838       </td>
3839     </tr>
3840     <tr>
3841       <td>
3842         <div align="center">
3843           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3844         </div>
3845       </td>
3846       <td>
3847         <ul>
3848           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3849           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3850           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3851             to Colour Menu</li>
3852           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3853           <li>Unix users can set default web browser</li>
3854           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3855           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3856         </ul>
3857       </td>
3858       <td>
3859         <ul>
3860           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3861         </ul>
3862       </td>
3863     </tr>
3864     <tr>
3865       <td>
3866         <div align="center">
3867           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3868         </div>
3869       </td>
3870       <td>&nbsp;</td>
3871       <td>
3872         <ul>
3873           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3874             alignment order.</li>
3875         </ul>
3876       </td>
3877     </tr>
3878     <tr>
3879       <td>
3880         <div align="center">
3881           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3882         </div>
3883       </td>
3884       <td>
3885         <ul>
3886           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3887           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3888           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3889             annotations.</li>
3890           <li>Version and build date written to build properties
3891             file.</li>
3892           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3893             at launch of Jalview.</li>
3894         </ul>
3895       </td>
3896       <td>
3897         <ul>
3898           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3899           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3900           <li>Can remove groups one by one.</li>
3901           <li>Filechooser icons installed.</li>
3902           <li>Finder ignores return character when searching.
3903             Return key will initiate a search.<br>
3904           </li>
3905         </ul>
3906       </td>
3907     </tr>
3908     <tr>
3909       <td>
3910         <div align="center">
3911           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3912         </div>
3913       </td>
3914       <td>
3915         <ul>
3916           <li>New codebase</li>
3917         </ul>
3918       </td>
3919       <td>&nbsp;</td>
3920     </tr>
3921   </table>
3922   <p>&nbsp;</p>
3923 </body>
3924 </html>