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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88           </ul>
  89       </td>
  90       <td><div align="left">
  91           <em></em>
  92           <ul>
  93             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
  94             </li>
  95             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
  96             </li>
  97           </ul>
  98       </td>
  99     </tr>
 100     <tr>
 101       <td width="60" nowrap>
 102         <div align="center">
 103           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 104             <em>2/10/2017</em></strong>
 105         </div>
 106       </td>
 107       <td><div align="left">
 108           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 109           <ul>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 112             </li>
 113             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 114             </li>
 115           </ul>
 116         </div></td>
 117       <td><div align="left">
 118         </div></td>
 119     </tr>
 120     <tr>
 121       <td width="60" nowrap>
 122         <div align="center">
 123           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 124             <em>7/9/2017</em></strong>
 125         </div>
 126       </td>
 127       <td><div align="left">
 128           <em></em>
 129           <ul>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 132               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 133               white)
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 137               Preferences
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 141               in size and progress bar shown as higher resolution
 142               overview is recalculated
 143             </li>
 144
 145           </ul>
 146         </div></td>
 147       <td><div align="left">
 148           <em></em>
 149           <ul>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 152               column region row by row
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 156               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 160               format setting is unticked
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 164               if group has show boxes format setting unticked
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 168               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 169               include sequences and columns not currently displayed
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 173               assemblies are imported via CIF file
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 177               displayed when threshold or conservation colouring is also
 178               enabled.
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 182               server version
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 186               dragging a selected region off the visible region of the
 187               alignment
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 191               colourscheme to all groups in a view
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 195               initially after font size change using the Font chooser or
 196               middle-mouse zoom
 197             </li>
 198           </ul>
 199         </div></td>
 200     </tr>
 201     <tr>
 202       <td width="60" nowrap>
 203         <div align="center">
 204           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 205         </div>
 206       </td>
 207       <td><div align="left">
 208           <em>Calculations</em>
 209           <ul>
 210
 211             <li>
 212               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 213               ungapped positions in each column of the alignment.
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 217               a calculation dialog box
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 221               and memory efficiency (~30x faster)
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 225               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 226               and other calculations
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 230               files within the Jalview codebase
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 234               Similarity may have different topology due to increased
 235               precision
 236             </li>
 237           </ul>
 238           <em>Rendering</em>
 239           <ul>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 242               model for alignments and groups
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 246               scripts
 247             </li>
 248           </ul>
 249           <em>Overview</em>
 250           <ul>
 251             <li>
 252               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 253               with alignment and overview windows
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 257               overview
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 261               omitted in Overview
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 265               adjustment of visible position
 266             </li>
 267           </ul>
 268
 269           <em>Data import/export</em>
 270           <ul>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 273               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 277               annotation input/output via stockholm flatfile
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 281               extension when importing structure files without embedded
 282               names or PDB accessions
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 286               format sequence substitution matrices
 287             </li>
 288           </ul>
 289           <em>User Interface</em>
 290           <ul>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 293               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 294               the application.
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 298               via Overview or sequence motif search operations
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 302               opened by double clicking gaps within sequence feature
 303               extent
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 307               aligned positions were available to create a 3D structure
 308               superposition.
 309             </li>
 310           </ul>
 311           <em>3D Structure</em>
 312           <ul>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 315               coloured in linked structure views
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 319               file-based command exchange
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 323               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 324               structures are already available for sequences
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 328               the Jalview project rather than downloaded again when the
 329               project is reopened.
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 333               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 334               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 335                 Feature</strong>)
 336             </li>
 337           </ul>
 338           <em>Web Services</em>
 339           <ul>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 345               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 346               Analysis services
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 350               cross-references provided by identifiers.org and the
 351               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 352             </li>
 353           </ul>
 354
 355           <em>Scripting</em>
 356           <ul>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 359               identifying file formats (instead of String constants)
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 363               efficiency when counting all displayed features (not
 364               backwards compatible with 2.10.1)
 365             </li>
 366           </ul>
 367           <em>Example files</em>
 368           <ul>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 371               included in the example feature file
 372             </li>
 373           </ul>
 374           <em>Documentation</em>
 375           <ul>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 378               with the built-in Java help viewer
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 382               sequence description' option
 383             </li>
 384           </ul>
 385           <em>Test Suite</em>
 386           <ul>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 389               Uniprot REST Free Text Search Client
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 396               during tests
 397             </li>
 398           </ul>
 399         </div></td>
 400       <td><div align="left">
 401           <em>Calculations</em>
 402           <ul>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 405               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 406               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 407             </li>
 408             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 409               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 410               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 411               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 412               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 413               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 414               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 415               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 416               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 417               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 418               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 419               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 420               // for 2.10.1 mode <br />
 421               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 422               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 423                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 424                 calculations (not recommended)</em></li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 427               scaling of branch lengths for trees computed using
 428               Sequence Feature Similarity.
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 432               generating output report when working with highly
 433               redundant alignments
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 437               right of selected region when gaps present on right-hand
 438               boundary
 439             </li>
 440           </ul>
 441           <em>User Interface</em>
 442           <ul>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 445               doesn't reselect a specific sequence's associated
 446               annotation after it was used for colouring a view
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 450               opened on a region of alignment without groups
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 454               of an alignment with overlapping groups
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 458               name and description match
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 462               hidden regions results in incorrect hidden regions
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 466               changing colour does not apply Conservation slider value
 467               to all groups
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 471               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 475               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 479               gaps before start of features
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 483               restored to UI when feature colour is edited
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 487               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 491               as graduate feature colour settings are modified via the
 492               dialog box
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 496               when a group defined on the alignment is resized
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 500               wrapped view result in positional status updates
 501             </li>
 502
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 505               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 509               alignment included gapped columns
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 513               widgets don't permanently disappear
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 517               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 518               T-Coffee column reliability scores)
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 522               sequence feature on gaps only
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 526               button from a Find inherit previously defined feature type
 527               rather than the Find query string
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 531               exporting tree calculated in Jalview
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 535               and then revealing them reorders sequences on the
 536               alignment
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 540               doesn't update to reflect available set of groups after
 541               interactively adding or modifying features
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 545               Linux
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 549               only excluded gaps in current sequence and ignored
 550               selection.
 551             </li>
 552           </ul>
 553           <em>Rendering</em>
 554           <ul>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 557               erratically when hidden rows or columns are present
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 561               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 562               sequence colouring
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 566               colour and group colour menu for protein alignments
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 570               reflect currently selected view or group's shading
 571               thresholds
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 575               when rendered on overview and structures when opacity at
 576               100%
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 580               overview when features overlaid on alignment
 581             </li>
 582           </ul>
 583           <em>Data import/export</em>
 584           <ul>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 587               load
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 591               added after a sequence was imported are not written to
 592               Stockholm File
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 596               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 600               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 604               with lightGray or darkGray via features file (but can
 605               specify lightgray)
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 609               when alignment view imported from project
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 613               structure and sequences extracted from structure files
 614               imported via URL and viewed in Jmol
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 618               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 619               the project is loaded and the structure viewed
 620             </li>
 621           </ul>
 622           <em>Web Services</em>
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 626               release of Ensembl v.88
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 630               appear enabled in Preferences->Connections
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 634               removed from console output
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 638               Ensembl by Peptide ID
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 642               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 643               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 644               due to 'null' string rather than empty string used for
 645               residues with no corresponding PDB mapping).
 646             </li>
 647           </ul>
 648           <em>Application UI</em>
 649           <ul>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 652               menu
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 656               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 657               new documentation and tooltips added)
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 661               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 665               new features are added to alignment
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 669               changes to feature colours via the Amend features dialog
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 673               edit graduated feature colour via amend features dialog
 674               box
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 678               selection menu changes colours of alignment views
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 682               from alignment calculation workers after alignment has
 683               been closed
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 687               groups now 'Create Group'
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 691               Create/Undefine group doesn't always work
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 695               shown again after pressing 'Cancel'
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 699               adjusts start position in wrap mode
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 703               ambiguous amino acids
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 707               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 708               proteins
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 712               Defined' don't appear in Colours menu
 713             </li>
 714           </ul>
 715           <em>Applet</em>
 716           <ul>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 719               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 723               overview or linked structure view
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 727               work (since 2.8)
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 731               user-defined colourscheme doesn't restore original
 732               colourscheme
 733             </li>
 734           </ul>
 735           <em>Test Suite</em>
 736           <ul>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 739               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 743               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 744               problems with deep array comparison equality asserts in
 745               successive versions of TestNG
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 749               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 750             </li>
 751           </ul>
 752           <em>New Known Issues</em>
 753           <ul>
 754             <li>
 755               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 756               phase after a sequence motif find operation
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 760               containing just upper and lower case letters are
 761               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 765               reliably from eggnog Ortholog database
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 769               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 770               to mark columns containing highlighted regions.
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 774               doesn't always add secondary structure annotation.
 775             </li>
 776           </ul>
 777         </div>
 778     <tr>
 779       <td width="60" nowrap>
 780         <div align="center">
 781           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 782         </div>
 783       </td>
 784       <td><div align="left">
 785           <em>General</em>
 786           <ul>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 789               for all consensus calculations
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 793               3rd Oct 2016)
 794             </li>
 795             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 796               for 2016-2017</li>
 797           </ul>
 798           <em>Application</em>
 799           <ul>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 802               set of database cross-references, sorted alphabetically
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 806               from database cross references. Users with custom links
 807               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 808                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 812               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 813               Chimera session
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 817               the Chimera it is connected to is shut down
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 821               columns menu item to mark columns containing highlighted
 822               regions (e.g. from structure selections or results of a
 823               Find operation)
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 827               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 828               MSAviewer
 829             </li>
 830           </ul>
 831         </div></td>
 832       <td>
 833         <div align="left">
 834           <em>General</em>
 835           <ul>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 838               are not coloured or thresholded according to percent
 839               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 843               hydrophobic
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 847               threshold, amino acid properties)
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 851               reported as mapped to residues in a structure file in the
 852               View Mapping report
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 856               could be added multiple times to a sequence
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 860               bond features shown as two highlighted residues rather
 861               than a range in linked structure views, and treated
 862               correctly when selecting and computing trees from features
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 866               cross-references are matched to database name regardless
 867               of case
 868             </li>
 869
 870           </ul>
 871           <em>Application</em>
 872           <ul>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 875               names without regular expressions also offer links from
 876               Sequence ID
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 880               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 881               update Jalview configuration
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 885               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 889               files with similarly named sequences if dropped onto the
 890               alignment
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 894               entries where more chains exist in the PDB accession than
 895               are reported in the SIFTS file
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 899               the structure view when displayed with Chimera
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 903               panel's View->Show Chains submenu
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 907               work for wrapped alignment views
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 911               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 915               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 916               first annotation row
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 920               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 924               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 925             </li>
 926             <!-- JAL-2319 -->
 927             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 928             coordindate data
 929             </li>
 930           </ul>
 931           <!--           <em>New Known Issues</em>
 932           <ul>
 933             <li></li>
 934           </ul> -->
 935         </div>
 936       </td>
 937     </tr>
 938     <td width="60" nowrap>
 939       <div align="center">
 940         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 941           <em>25/10/2016</em></strong>
 942       </div>
 943     </td>
 944     <td><em>Application</em>
 945       <ul>
 946         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 947           view if structures already loaded</li>
 948         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 949           structure views</li>
 950       </ul></td>
 951     <td>
 952       <div align="left">
 953         <em>General</em>
 954         <ul>
 955           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 956             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 957           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 958             example sequences/projects/trees</li>
 959         </ul>
 960         <em>Application</em>
 961         <ul>
 962           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 963             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 964           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 965             without timeout for structures with multiple models or
 966             multiple sequences in alignment</li>
 967           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 968             PDB ID HEADER line</li>
 969           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 970             is performed</li>
 971           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 972             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 973           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 974           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 975             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 976             option</li>
 977           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 978             is created on the alignment</li>
 979           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 980             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 981             pop-up menu</li>
 982         </ul>
 983         <em>Build and deployment</em>
 984         <ul>
 985           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 986             tags</li>
 987         </ul>
 988         <em>New Known Issues</em>
 989         <ul>
 990           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 991             on Windows</li>
 992         </ul>
 993       </div>
 994     </td>
 995     </tr>
 996     <tr>
 997       <td width="60" nowrap>
 998         <div align="center">
 999           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1000         </div>
1001       </td>
1002       <td><em>General</em>
1003         <ul>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1009             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1010             better PDB parsing.
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1014             reference sequence
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1018             mousing over sequence associated annotation
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1022             for manual entry
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1026             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1027             for each column
1028           </li>
1029           <li>
1030             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1031             showing or hiding columns containing a feature
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1035             group and sequence associated annotation labels
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1039             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1040             dialogs
1041           </li>
1042
1043         </ul> <em>Application</em>
1044         <ul>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1047             gene/transcript view
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1051             dialog
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1055             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1059             Pfam sources to xfam.org
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1066             over sequences in Jalview
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1070             regions in ENA and EMBL
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1074             for record retrieval via ENA rest API
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1078             complement operator
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1082             groovy script execution
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1086             alignment window's Calculate menu
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1090             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1094             calculation workers from groovy scripts
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1098             Jalview projects
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1102             associations are now saved/restored from project
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1106             before sequence fetcher is opened
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1110             database chooser opens a sequence fetcher
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1114             the UniProt REST API
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1118             the news reader opening
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1122             querying stored in preferences
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1126             search results
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1133             menu for nucleotide sequences
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1137             and feature counts preserves alignment ordering (and
1138             debugged for complex feature sets).
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1142             viewing structures with Jalview 2.10
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1146             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1147             Ensembl Genomes REST API
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1151             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1152             (Ensembl)
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1156             sequences
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1160             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1161             data from external database records.
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1165             efficient recovery of sequence coding and alignment
1166             annotation relationships.
1167           </li>
1168         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1169         <ul>
1170           <li>
1171             -- JAL---
1172           </li>
1173         </ul> --></td>
1174       <td>
1175         <div align="left">
1176           <em>General</em>
1177           <ul>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1180               menu on OSX
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1184               includes graduated colourschemes
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1188               working with big alignments and lots of hidden columns
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1192               at right of alignment window
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1196               contents
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1200               for DNA alignments
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1204               based tree calculation
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1208               unconserved enabled for group on alignment
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1212               set as reference
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1216               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1217               annotation
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1221               hidden columns present
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1225               user created annotation added to alignment
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1229               '()' base pair annotation
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1233               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1234               Consensus
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1238               feature not working
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1242               beginning of sequence
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1246               entry 3a6s
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1250               from a tree when t-coffee scores are shown
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1254               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1258               some structures
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1262               to Clustal, PIR and PileUp output
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1266               not visible causes alignment window to repaint
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1270               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1271               scores associated with features and annotation rows
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1275               calculation should be case independent
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1279               columns
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1283               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1284               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1288               problems when reference sequence defined and 'show
1289               non-conserved' enabled
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1293               load even when Consensus calculation is disabled
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1297               alignment does nothing
1298             </li>
1299           </ul>
1300           <em>Application</em>
1301           <ul>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1304               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1305               yet fixed for El Capitan)
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1309               output when running on non-gb/us i18n platforms
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1313               hidden sequences as flat-file alignment
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1317               launching Chimera
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1321               (also hotfix for 2.9.0b2)
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1325               reference sequence defined
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1329               alignments and views when revealing hidden columns
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1333               view in a cDNA/Protein splitframe
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1337               sequence from project when only one sequence is
1338               represented
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1342               in Structure Chooser
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1346               structure consensus didn't refresh annotation panel
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1350               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1354               dialogs format columns correctly, don't display array
1355               data, sort columns according to type
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1359               file chooser is cancelled during an image export
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1363               sequence name containing special characters
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1367               case insensitive
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1371               formatting don't wrap
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1375               truncated so L looks like I in consensus annotation
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1379               currently displayed features for the current selection or
1380               view
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1384               after fetching cross-references, and restoring from
1385               project
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1389               followed in the structure viewer
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1393               splitframe not restored from project
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1397               trailing end of protein alignment in transcript/product
1398               splitview when pad-gaps not enabled by default
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1402               is case dependent
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1406               article has been read (reopened issue due to
1407               internationalisation problems)
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1411               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1412               cross-references
1413             </li>
1414
1415             <li>
1416               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1417               alignment as HTML
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1421               multiple structures are shown for one or more sequences.
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1425               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1426               is enabled.
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1430               specific PDB id for sequence
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1434               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1435               columns' is disabled.
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1439               selects lowest rather than highest resolution structures
1440               for each sequence
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1444               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1448               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1452               after clicking on it to create new annotation for a
1453               column.
1454             </li>
1455             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1456             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1457           </ul>
1458           <em>Applet</em>
1459           <ul>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1462               hidden columns present before start of sequence
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1466               (JSON jars)
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1470               sequences are hidden in applet
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1474               deployment on examples pages.
1475             </li>
1476           </ul>
1477         </div>
1478       </td>
1479     </tr>
1480     <tr>
1481       <td width="60" nowrap>
1482         <div align="center">
1483           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1484             <em>16/10/2015</em></strong>
1485         </div>
1486       </td>
1487       <td><em>General</em>
1488         <ul>
1489           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1490             jars</li>
1491         </ul></td>
1492       <td>
1493         <div align="left">
1494           <em>Application</em>
1495           <ul>
1496             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1497               shown when tree is partitioned</li>
1498             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1499               multiple cDNA/Protein split views</li>
1500           </ul>
1501         </div>
1502       </td>
1503     </tr>
1504     <tr>
1505       <td width="60" nowrap>
1506         <div align="center">
1507           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1508             <em>8/10/2015</em></strong>
1509         </div>
1510       </td>
1511       <td><em>General</em>
1512         <ul>
1513           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1514             2.9</li>
1515         </ul> <em>Application</em>
1516         <ul>
1517           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1518           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1519           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1520         </ul> <em>Applet</em>
1521         <ul>
1522           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1523         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1524         <ul>
1525           <li>
1526             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1527             suite
1528           </li>
1529         </ul></td>
1530       <td>
1531         <div align="left">
1532           <em>General</em>
1533           <ul>
1534             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1535               incorrect when sequence start > 1</li>
1536             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1537               documentation</li>
1538             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1539             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1540               loading a features file containing HTML tags in feature
1541               description</li>
1542
1543           </ul>
1544           <em>Application</em>
1545           <ul>
1546             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1547               reimport</li>
1548             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1549               with 'trim retrieved sequences'</li>
1550             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1551               deleting selected columns</li>
1552             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1553               JNLP templates for webstart launch</li>
1554             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1555               unreleased structures for download or viewing</li>
1556             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1557               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1558             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1559               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1560             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1561               recovered from jalview project</li>
1562             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1563               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1564               alignment view</li>
1565             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1566               color schemes from BioJSON</li>
1567           </ul>
1568           <em>Applet</em>
1569           <ul>
1570             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1571               frame</li>
1572             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1573           </ul>
1574         </div>
1575       </td>
1576     </tr>
1577     <tr>
1578       <td><div align="center">
1579           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1580         </div></td>
1581       <td><em>General</em>
1582         <ul>
1583           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1584             alignments:
1585             <ul>
1586               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1587                 and DNA alignment views</li>
1588               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1589                 cDNA alignment views</li>
1590               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1591                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1592               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1593                 protein sequences</li>
1594             </ul>
1595           </li>
1596           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1597           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1598             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1599           <li>New alignment annotation file statements for
1600             reference sequences and marking hidden columns</li>
1601           <li>Reference sequence based alignment shading to
1602             highlight variation</li>
1603           <li>Select or hide columns according to alignment
1604             annotation</li>
1605           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1606           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1607             acid conservation row</li>
1608           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1609         </ul> <em>Application</em>
1610         <ul>
1611           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1612             <ul>
1613               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1614                 view with cDNA/Protein</li>
1615               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1616                 sequences are placed in the same alignment</li>
1617               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1618                 projects</li>
1619             </ul>
1620           </li>
1621
1622           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1623           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1624             Jalview windows</li>
1625
1626           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1627           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1628           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1629             be shown in VARNA</li>
1630
1631           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1632             as the active selected region</li>
1633
1634           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1635             similarity</li>
1636           <li>New Export options
1637             <ul>
1638               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1639                 region export in flat file generation</li>
1640
1641               <li>Export alignment views for display with the <a
1642                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1643
1644               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1645               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1646                 alignment figures to HTML</li>
1647           </li>
1648           <li>3D structure retrieval and display
1649             <ul>
1650               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1651                 Search API</li>
1652               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1653                 PDB structures for a sequence set</li>
1654             </ul>
1655           </li>
1656
1657           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1658             predictions</li>
1659           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1660             for one or a group of sequences</li>
1661           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1662             from the JPred4 web server</li>
1663           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1664             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1665             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1666           </li>
1667           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1668             VARNA 2D Structure'</li>
1669           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1670             Structure ..."</li>
1671
1672         </ul> <em>Applet</em>
1673         <ul>
1674           <li>New layout for applet example pages</li>
1675           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1676             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1677           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1678             Protein alignments</li>
1679         </ul> <em>Development and deployment</em>
1680         <ul>
1681           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1682           <li>Include installation type and git revision in build
1683             properties and console log output</li>
1684           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1685             storing BioJsMSA Templates</li>
1686           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1687         </ul></td>
1688       <td>
1689         <!-- <em>General</em>
1690         <ul>
1691         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1692         <ul>
1693           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1694           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1695           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1696             predictions are not highlighted in amber</li>
1697           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1698             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1699           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1700             associated structure views</li>
1701           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1702             width checkbox not enabled</li>
1703           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1704             creating user defined colours</li>
1705           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1706             mappings for just that viewer's sequences</li>
1707           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1708             multiple models in Chimera</li>
1709           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1710             over Jmol structure</li>
1711           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1712             output to text box</li>
1713           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1714             have incorrect sequence start/end</li>
1715           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1716             Jalview fails</li>
1717           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1718             work for nucleotide</li>
1719           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1720             to a grey/invisible alignment window</li>
1721           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1722             imports to different position</li>
1723           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1724             on some platforms</li>
1725           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1726             populated</li>
1727           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1728             console if Chimera has been opened</li>
1729           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1730           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1731             retrieved</li>
1732           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1733           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1734             either sequence shows on first structure</li>
1735           <li>'Show annotations' options should not make
1736             non-positional annotations visible</li>
1737           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1738             in right place after 'view flanking regions'</li>
1739           <li>File Save As type unset when current file format is
1740             unknown</li>
1741           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1742             projects</li>
1743           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1744             responsive</li>
1745           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1746             several views on same alignment</li>
1747           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1748           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1749             spaces</li>
1750         </ul> <em>Applet</em>
1751         <ul>
1752           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1753           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1754             descriptions containing angle brackets</li>
1755         </ul> <em>General</em>
1756         <ul>
1757           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1758             via jalview annotation file</li>
1759           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1760             with RNA secondary structure</li>
1761           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1762             translation doesn't work.</li>
1763           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1764           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1765             positions</li>
1766           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1767             choosing 1pt font</li>
1768           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1769             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1770             'h'</li>
1771           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1772             new feature</li>
1773           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1774             order dependent</li>
1775           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1776             sequences</li>
1777           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1778         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1779         <ul>
1780           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1781             www.jalview.org</li>
1782         </ul> <em>Application Known issues</em>
1783         <ul>
1784           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1785           <li>Misleading message appears after trying to delete
1786             solid column.</li>
1787           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1788             version launches</li>
1789           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1790             fails with a sequence mismatch</li>
1791           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1792             scrolling alignment to right</li>
1793           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1794             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1795           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1796             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1797           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1798             ultra-high resolution</li>
1799           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1800             quality and conservation</li>
1801           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1802             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1803         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1804         <ul>
1805           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1806           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1807             window is being resized</li>
1808
1809         </ul>
1810       </td>
1811     </tr>
1812     <tr>
1813       <td><div align="center">
1814           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1815         </div></td>
1816       <td><em>General</em>
1817         <ul>
1818           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1819             Certum.PL.</li>
1820           <li>Features and annotation preserved when performing
1821             pairwise alignment</li>
1822           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1823             imported/exported/displayed</li>
1824           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1825             protein secondary structure</li>
1826           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1827               post-hoc with 2.9 release</em>)
1828           </li>
1829
1830         </ul> <em>Application</em>
1831         <ul>
1832           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1833             with 3D structures</li>
1834           <li>Support for parsing RNAML</li>
1835           <li>Annotations menu for layout
1836             <ul>
1837               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1838               <li>place sequence annotation above/below alignment
1839                 annotation</li>
1840             </ul>
1841           <li>Output in Stockholm format</li>
1842           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1843             translation</li>
1844           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1845           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1846             shared between alignments</li>
1847           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1848             Jalview</li>
1849           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1850             all or current selection</li>
1851           <li>disorder and secondary structure predictions
1852             available as dataset annotation</li>
1853           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1854
1855
1856           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1857             alignments from Rfam</li>
1858           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1859
1860           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1861             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1862           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1863           <li>include installation type in build properties and
1864             console log output</li>
1865           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1866             annotation</li>
1867         </ul></td>
1868       <td>
1869         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1870         <ul>
1871           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1872             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1873           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1874             alignment</li>
1875           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1876           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1877           <li>Double click on sequence associated annotation
1878             selects only first column</li>
1879           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1880             leaves shown in tree</li>
1881           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1882             properly</li>
1883           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1884           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1885             screen and buttons not visible</li>
1886           <li>author list isn't updated if already written to
1887             Jalview properties</li>
1888           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1889             from database</li>
1890           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1891           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1892             browser search window</li>
1893           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1894             in feature settings dialog</li>
1895           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1896             desktop</li>
1897           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1898             pass validation</li>
1899           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1900             fit on screen</li>
1901           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1902             tooltip</li>
1903           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1904             defined user preset</li>
1905           <li>MSA web services warns user if they were launched
1906             with invalid input</li>
1907           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1908             Java 8</li>
1909           <li>
1910             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1911             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1912             created
1913           </li>
1914
1915         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1916         <ul>
1917         </ul> <em>General</em>
1918         <ul>
1919         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1920         <ul>
1921           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1922             memory allocation</li>
1923           <li>launchApp service doesn't automatically open
1924             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1925           <li>
1926             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1927             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1928             1.7_055 is available
1929           </li>
1930         </ul> <em>Application Known issues</em>
1931         <ul>
1932           <li>
1933             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1934             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1935             alignment to right
1936           </li>
1937           <li>
1938             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1939             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1940             with large number of ID
1941           </li>
1942           <li>
1943             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1944             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1945             start/end
1946           </li>
1947           <li>
1948             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1949             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1950             structure tracks are rearranged
1951           </li>
1952           <li>
1953             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1954             invalid rna structure positional highlighting does not
1955             highlight position of invalid base pairs
1956           </li>
1957           <li>
1958             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1959             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1960             project from alignment window file menu
1961           </li>
1962           <li>
1963             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1964             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1965             structures
1966           </li>
1967           <li>
1968             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1969             colour by RNA Helices not enabled when user created
1970             annotation added to alignment
1971           </li>
1972           <li>
1973             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1974             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1975           </li>
1976         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1977         <ul>
1978           <li>
1979             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1980             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1984             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1985           </li>
1986
1987           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1988             when selected</li>
1989         </ul>
1990       </td>
1991     </tr>
1992     <tr>
1993       <td><div align="center">
1994           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1995         </div></td>
1996       <td>
1997         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1998         <em>General</em>
1999         <ul>
2000           <li>Internationalisation of user interface (usually
2001             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2002           <li>Define/Undefine group on current selection with
2003             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2004           <li>Improved group creation/removal options in
2005             alignment/sequence Popup menu</li>
2006           <li>Sensible precision for symbol distribution
2007             percentages shown in logo tooltip.</li>
2008           <li>Annotation panel height set according to amount of
2009             annotation when alignment first opened</li>
2010         </ul> <em>Application</em>
2011         <ul>
2012           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2013             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2014           <li>Select columns containing particular features from
2015             Feature Settings dialog</li>
2016           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2017             sequences</li>
2018           <li>Update Jalview project format:
2019             <ul>
2020               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2021               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2022                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2023               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2024                 colouring</li>
2025             </ul>
2026           </li>
2027           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2028             (PAM250)</li>
2029           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2030             flanking regions for an alignment</li>
2031         </ul>
2032       </td>
2033       <td>
2034         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2035         <ul>
2036           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2037             running after job is cancelled</li>
2038           <li>cannot export features from alignments imported from
2039             Jalview/VAMSAS projects</li>
2040           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2041             float values</li>
2042           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2043             have 'display all symbols' flag set</li>
2044           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2045             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2046           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2047             Jalview</li>
2048           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2049             Lion/Webstart</li>
2050           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2051           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2052           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2053             alignment onto desktop</li>
2054           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2055             'extract scores' function</li>
2056           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2057             alignment window</li>
2058           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2059             performing IUPred disorder prediction</li>
2060           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2061             changing 'normalise logo' display setting</li>
2062           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2063             nothing matches query</li>
2064           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2065             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2066           </li>
2067           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2068             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2069           </li>
2070           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2071             Jalview's menu</li>
2072           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2073             'invalid literal/length code'</li>
2074           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2075             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2076           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2077             colourscheme</li>
2078
2079         </ul> <em>Applet</em>
2080         <ul>
2081           <li>Remove group option is shown even when selection is
2082             not a group</li>
2083           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2084             don't affect groups</li>
2085           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2086             colourscheme name</li>
2087           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2088             Annotation panel is not displayed</li>
2089           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2090             embedded windows</li>
2091         </ul> <em>Other</em>
2092         <ul>
2093           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2094             single sequence were not calculated</li>
2095           <li>annotation files that contain only groups imported as
2096             annotation and junk sequences</li>
2097           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2098             recognised as PFAM or BLC</li>
2099           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2100             doesn't affect background (2.8.0b1)
2101           <li></li>
2102           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2103           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2104             trailing gaps</li>
2105           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2106             registered correctly on import</li>
2107           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2108             certain alignments</li>
2109           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2110             existing annotation based 'use original colours'
2111             colourscheme loses original colours setting</li>
2112         </ul>
2113       </td>
2114     </tr>
2115     <tr>
2116       <td><div align="center">
2117           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2118             <em>30/1/2014</em></strong>
2119         </div></td>
2120       <td>
2121         <ul>
2122           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2123             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2124             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2125             open source project).
2126           </li>
2127           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2128           <li>Output in Stockholm format</li>
2129           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2130           <li>Export/import group and sequence associated line
2131             graph thresholds</li>
2132           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2133             ambiguity codes</li>
2134           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2135             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2136             works</li>
2137           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2138         </ul> <em>Other improvements</em>
2139         <ul>
2140           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2141           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2142             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2143           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2144             files</li>
2145           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2146           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2147             link but no description</li>
2148           <li>Select primary source when selecting authority in
2149             database fetcher GUI</li>
2150           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2151             Jalview</li>
2152           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2153         </ul>
2154       </td>
2155       <td>
2156         <ul>
2157           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2158             displayed</li>
2159           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2160             secondary structure annotation line</li>
2161           <li>Sequence database accessions not imported when
2162             fetching alignments from Rfam</li>
2163           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2164             identical IDs</li>
2165           <li>View all structures does not always superpose
2166             structures</li>
2167           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2168             reflect user or preset settings</li>
2169           <li>Null pointer exceptions for some services without
2170             presets or adjustable parameters</li>
2171           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2172             discover PDB xRefs</li>
2173           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2174             features with DAS</li>
2175           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2176             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2177           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2178             residue follows a gap</li>
2179           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2180             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2181           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2182             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2183           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2184             annotation already exists on alignment</li>
2185           <li>oninit javascript function should be called after
2186             initialisation completes</li>
2187           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2188             alignment window display</li>
2189           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2190           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2191             to annotation file</li>
2192           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2193             groups created</li>
2194           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2195             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2196           <li>Pressing return several times causes Number Format
2197             exceptions in keyboard mode</li>
2198           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2199             correct partitions for input data</li>
2200           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2201           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2202           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2203           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2204             mode</li>
2205           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2206             changes one row&#39;s threshold</li>
2207           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2208             doesn&#39;t open</li>
2209           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2210             quality histograms</li>
2211         </ul>
2212       </td>
2213     </tr>
2214     <tr>
2215       <td><div align="center">
2216           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2217         </div></td>
2218       <td><em>Application</em>
2219         <ul>
2220           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2221             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2222           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2223             preferences</li>
2224           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2225             in Jalview alignment window</li>
2226           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2227             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2228           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2229             RNA and ambiguity codes</li>
2230
2231           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2232           <li>Support fetching and database reference look up
2233             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2234             refs')</li>
2235           <li>Jalview project improvements
2236             <ul>
2237               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2238                 flag for annotation</li>
2239               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2240                 alignment</li>
2241               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2242                 Jalview project</li>
2243
2244             </ul>
2245           </li>
2246           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2247           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2248             running</li>
2249           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2250           <li>visual indication that web service results are still
2251             being retrieved from server</li>
2252           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2253             starts up for first time</li>
2254           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2255             services</li>
2256           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2257             client library</li>
2258           <li>Examples directory and Groovy library included in
2259             InstallAnywhere distribution</li>
2260         </ul> <em>Applet</em>
2261         <ul>
2262           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2263             visualization applet example</li>
2264         </ul> <em>General</em>
2265         <ul>
2266           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2267           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2268             defaults</li>
2269           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2270             calculation</li>
2271           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2272             matrices
2273           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2274             in HTML</li>
2275           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2276             structure contacts</li>
2277           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2278           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2279           <li>Parse sequence associated secondary structure
2280             information in Stockholm files</li>
2281           <li>HTML Export database accessions and annotation
2282             information presented in tooltip for sequences</li>
2283           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2284             style RNA alignment files</li>
2285           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2286             alignment</li>
2287           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2288             shade each sequence according to its associated alignment
2289             annotation</li>
2290           <li>New Jalview Logo</li>
2291         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2292         <ul>
2293           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2294           <li>New Website!</li>
2295         </ul></td>
2296       <td><em>Application</em>
2297         <ul>
2298           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2299             wsdbfetch REST service</li>
2300           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2301           <li>Filetype associations not installed for webstart
2302             launch</li>
2303           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2304             job execution in full once it is complete</li>
2305           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2306             uploaded via ali_file parameter</li>
2307           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2308           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2309           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2310             submitted for prediction</li>
2311           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2312             desktop window</li>
2313           <li>Putting fractional value into integer text box in
2314             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2315           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2316             windows 7</li>
2317           <li>View all structures fails with exception shown in
2318             structure view</li>
2319           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2320             escaped in a platform independent way</li>
2321           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2322             using proxy</li>
2323           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2324             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2325           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2326             failure when java web start temporary file caching is
2327             disabled</li>
2328           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2329             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2330           <li>Errors during processing of command line arguments
2331             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2332           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2333             DAS sources in sequence fetcher</li>
2334           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2335             dialog is shown</li>
2336           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2337           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2338           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2339           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2340             on OSX Mountain Lion</li>
2341           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2342             sequences with alignment annotation are pasted into the
2343             alignment</li>
2344           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2345             when loaded from Jalview project</li>
2346           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2347           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2348             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2349           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2350             associated with all views</li>
2351           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2352             annotation rows to new window</li>
2353         </ul> <em>Applet</em>
2354         <ul>
2355           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2356             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2357           <li>loading features via javascript API automatically
2358             enables feature display</li>
2359           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2360             work</li>
2361         </ul> <em>General</em>
2362         <ul>
2363           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2364           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2365             and then deselected</li>
2366           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2367           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2368             coloured with clustalx</li>
2369           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2370             exceptions and redraw errors</li>
2371           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2372             reconfigured view</li>
2373           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2374             colour</li>
2375           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2376             for lots of labels</li>
2377         </ul>
2378     </tr>
2379     <tr>
2380       <td>
2381         <div align="center">
2382           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2383         </div>
2384       </td>
2385       <td><em>Application</em>
2386         <ul>
2387           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2388           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2389           <li>View/alignment association menu to enable user to
2390             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2391             its colours/correspondences from</li>
2392           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2393           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2394             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2395           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2396           <li>Annotation row column label formatting attributes
2397             stored in project file</li>
2398           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2399             rows preserved in Jalview project file</li>
2400           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2401             saved using Desktop window menu</li>
2402           <li>Visual indication that command line arguments are
2403             still being processed</li>
2404           <li>Groovy script execution from URL</li>
2405           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2406             preferences</li>
2407           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2408             alignment with sequences that have high similarity and
2409             matching IDs</li>
2410           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2411           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2412             structures in same window</li>
2413           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2414           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2415             analysis function in its own submenu</li>
2416         </ul> <em>Applet</em>
2417         <ul>
2418           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2419             groups</li>
2420           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2421           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2422           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2423           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2424           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2425             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2426           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2427           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2428             parameters are treated as such</li>
2429           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2430             <ul>
2431               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2432               <li>Javascript callbacks for
2433                 <ul>
2434                   <li>Applet initialisation</li>
2435                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2436                 </ul>
2437               </li>
2438               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2439                 functions</li>
2440               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2441               <li>javascript structure viewer harness to pass
2442                 messages between Jmol and Jalview when running as
2443                 distinct applets</li>
2444               <li>sortBy method</li>
2445               <li>Set of applet and application examples shipped
2446                 with documentation</li>
2447               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2448                 javascript message exchange</li>
2449             </ul>
2450         </ul> <em>General</em>
2451         <ul>
2452           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2453             multiple alignments</li>
2454           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2455           <li>User configurable link to enable redirects to a
2456             www.Jalview.org mirror</li>
2457           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2458           <li>Configurable newline string when writing alignment
2459             and other flat files</li>
2460           <li>Allow alignment annotation description lines to
2461             contain html tags</li>
2462         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2463         <ul>
2464           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2465             examples</li>
2466           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2467             using a web service before displaying the result in the
2468             Jalview desktop</li>
2469           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2470           <li>Ant target to publish example html files with applet
2471             archive</li>
2472           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2473           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2474         </ul></td>
2475       <td><em>Application</em>
2476         <ul>
2477           <li>User defined colourscheme throws exception when
2478             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2479           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2480             dialog for valid filename/format</li>
2481           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2482           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2483             P37173</li>
2484           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2485             which sequence is to be associated with the file</li>
2486           <li>Find All raises null pointer exception when query
2487             only matches sequence IDs</li>
2488           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2489           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2490             2.4 cannot be loaded</li>
2491           <li>Filetype associations not installed for webstart
2492             launch</li>
2493           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2494             with sequences in different alignments do not get coloured
2495             by their associated sequence</li>
2496           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2497             not preserved when project is loaded</li>
2498           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2499             stored in Jalview project</li>
2500           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2501             Jalview project</li>
2502           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2503           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2504             by conservation</li>
2505           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2506             created on new view</li>
2507           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2508             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2509           <li>Alignment quality not updated after alignment
2510             annotation row is hidden then shown</li>
2511           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2512             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2513           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2514             properly</li>
2515           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2516             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2517           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2518           <li>Structures imported from file and saved in project
2519             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2520           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2521             job execution in full once it is complete</li>
2522         </ul> <em>Applet</em>
2523         <ul>
2524           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2525             annotation rows are displayed</li>
2526           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2527             codebase</li>
2528           <li>View follows highlighting does not work for positions
2529             in sequences</li>
2530           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2531           <li>Export features raises exception when no features
2532             exist</li>
2533           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2534             for javascript api is modified when separator string
2535             provided as parameter</li>
2536           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2537             alignment with no existing selection</li>
2538           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2539             to applet&#39;s codebase</li>
2540           <li>Status bar not updated after finished searching and
2541             search wraps around to first result</li>
2542           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2543             several Jalview applets causes race conditions and memory
2544             leaks</li>
2545           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2546             not sent from Jmol in applet</li>
2547           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2548             applet API fatally hang browser</li>
2549         </ul> <em>General</em>
2550         <ul>
2551           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2552             position with wrapped view and hidden regions</li>
2553           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2554             with/without hidden columns</li>
2555           <li>Sequence length given in alignment properties window
2556             is off by 1</li>
2557           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2558             import PDB like structure files</li>
2559           <li>Positional search results are only highlighted
2560             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2561           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2562           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2563             given sequence position</li>
2564           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2565             output</li>
2566           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2567             from nucleotide chains correctly</li>
2568           <li>Structure colours not updated when tree partition
2569             changed in alignment</li>
2570           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2571             parsed in interleaved stockholm</li>
2572           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2573             state</li>
2574           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2575             properly</li>
2576           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2577             properly associated with their pdb files</li>
2578         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2579         <ul>
2580           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2581             ApplyCopyright tool</li>
2582         </ul></td>
2583     </tr>
2584     <tr>
2585       <td>
2586         <div align="center">
2587           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2588         </div>
2589       </td>
2590       <td><em>Application</em>
2591         <ul>
2592           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2593             contact web services</li>
2594           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2595             service job window</li>
2596           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2597         </ul></td>
2598       <td>
2599         <ul>
2600           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2601             pir file emitted by Jalview</li>
2602           <li>Existing feature settings transferred to new
2603             alignment view created from cut'n'paste</li>
2604           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2605             parsing PDB files</li>
2606           <li>Consensus and conservation annotation rows
2607             occasionally become blank for all new windows</li>
2608           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2609             in wrapped view mode</li>
2610         </ul> <em>Application</em>
2611         <ul>
2612           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2613             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2614           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2615             parameter names</li>
2616           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2617             is down</li>
2618         </ul>
2619       </td>
2620     </tr>
2621     <tr>
2622       <td>
2623         <div align="center">
2624           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2625         </div>
2626       </td>
2627       <td><em>Application</em>
2628         <ul>
2629           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2630             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2631             (JABAWS)
2632           </li>
2633           <li>Web Services preference tab</li>
2634           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2635             preferences</li>
2636           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2637           <li>Superpose structures using associated sequence
2638             alignment</li>
2639           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2640             viewer</li>
2641         </ul> <em>Applet</em>
2642         <ul>
2643           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2644             link out mechanism</li>
2645         </ul> <em>Other</em>
2646         <ul>
2647           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2648             series 12</li>
2649           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2650             require Java 1.5</li>
2651           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2652             sequence annotation files</li>
2653           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2654             type colour specification</li>
2655           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2656             script to check if it being run in an interactive session or
2657             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2658         </ul></td>
2659       <td>
2660         <ul>
2661           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2662             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2663         </ul> <em>Application</em>
2664         <ul>
2665           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2666             selected Regions menu item</li>
2667           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2668             part of a valid accession ID</li>
2669           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2670             runs out of memory</li>
2671           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2672             analysis results</li>
2673           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2674             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2675           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2676         </ul> <em>Applet</em>
2677         <ul>
2678           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2679             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2680             defined.</li>
2681         </ul>
2682       </td>
2683     </tr>
2684     <tr>
2685       <td>
2686         <div align="center">
2687           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2688         </div>
2689       </td>
2690       <td></td>
2691       <td>
2692         <ul>
2693           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2694             sequence IDs</li>
2695           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2696             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2697           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2698             import correctly</li>
2699           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2700             number of columns are hidden</li>
2701           <li>annotation label popup menu not providing correct
2702             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2703             present</li>
2704           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2705             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2706           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2707             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2708
2709         </ul> <em>Applet</em>
2710         <ul>
2711           <li>annotation panel disappears when annotation is
2712             hidden/removed</li>
2713         </ul> <em>Application</em>
2714         <ul>
2715           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2716             alignment opened where annotation panel is visible but no
2717             annotations are present on alignment</li>
2718           <li>pasted region containing hidden columns is
2719             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2720           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2721             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2722           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2723             selected Rregions menu item.</li>
2724           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2725             'Un' or 'Non'conserved</li>
2726           <li>Sequence feature settings are being shared by
2727             multiple distinct alignments</li>
2728           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2729             changed</li>
2730           <li>double click on group annotation to select sequences
2731             does not propagate to associated trees</li>
2732           <li>Mac OSX specific issues:
2733             <ul>
2734               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2735                 window background</li>
2736               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2737                 name set correctly</li>
2738               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2739                 save feature colourscheme button</li>
2740             </ul>
2741           </li>
2742         </ul>
2743       </td>
2744     </tr>
2745     <tr>
2746
2747       <td>
2748         <div align="center">
2749           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2750         </div>
2751       </td>
2752       <td><em>New Capabilities</em>
2753         <ul>
2754           <li>URL links generated from description line for
2755             regular-expression based URL links (applet and application)
2756
2757           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2758             menu</li>
2759           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2760             structures</li>
2761           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2762             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2763           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2764             average score or total feature count for each sequence.</li>
2765           <li>Shading features by score or associated description</li>
2766           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2767             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2768           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2769             hide everything but the currently selected region.</li>
2770           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2771         </ul> <em>Application</em>
2772         <ul>
2773           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2774             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2775           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2776             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2777           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2778             database references and protein_name is parsed as
2779             description line (BioSapiens terms).</li>
2780           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2781             references in sequence ID tooltip from View menu in
2782             application.</li>
2783           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2784       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2785           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2786             conservation plots</li>
2787           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2788             and visualized as sequence logos</li>
2789           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2790             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2791           </li>
2792           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2793             when a new tree is opened.</li>
2794           <li>Jalview Java Console</li>
2795           <li>Better placement of desktop window when moving
2796             between different screens.</li>
2797           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2798             consensus annotation</li>
2799           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2800             Workflows</li>
2801           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2802             <ul>
2803               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2804                 used to preserve views, structures, and tree display
2805                 settings)</li>
2806               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2807                 command line</li>
2808               <li>Sharing of selected regions between views and
2809                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2810               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2811             </ul></li>
2812         </ul> <em>Applet</em>
2813         <ul>
2814           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2815           <li>New Parameters
2816             <ul>
2817               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2818                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2819                 opened.</li>
2820               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2821                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2822               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2823                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2824               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2825                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2826                 view</li>
2827               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2828                 increase the height or width of a cell in the alignment
2829                 grid relative to the current font size.</li>
2830             </ul>
2831           </li>
2832           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2833             tooltip</li>
2834         </ul> <em>Other</em>
2835         <ul>
2836           <li>Features format: graduated colour definitions and
2837             specification of feature scores</li>
2838           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2839             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2840             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2841           <li>XML formats extended to support graduated feature
2842             colourschemes, group associated annotation, and profile
2843             visualization settings.</li></td>
2844       <td>
2845         <ul>
2846           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2847             rather than description</li>
2848           <li>Non-positional features are now included in sequence
2849             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2850             visibility in tooltip).</li>
2851           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2852           <li>Added URL embedding instructions to features file
2853             documentation.</li>
2854           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2855             'X' in peptide product</li>
2856           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2857             sequence ID and sequence string and query strings do not
2858             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2859           <li>AMSA files only contain first column of
2860             multi-character column annotation labels</li>
2861           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2862             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2863             exported and re-imported)</li>
2864           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2865             name</li>
2866           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2867             as subsequence matches, and correctly reports total number
2868             of both.</li>
2869           <li>Application:
2870             <ul>
2871               <li>Better handling of exceptions during sequence
2872                 retrieval</li>
2873               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2874                 link text excludes the start_end suffix</li>
2875               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2876                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2877               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2878               <li>Sequence description lines properly shared via
2879                 VAMSAS</li>
2880               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2881                 data sources</li>
2882               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2883                 completes before alignment figures are generated.</li>
2884               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2885                 first time.</li>
2886               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2887                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2888               <li>User defined group colours properly recovered
2889                 from Jalview projects.</li>
2890             </ul>
2891           </li>
2892         </ul>
2893       </td>
2894
2895     </tr>
2896     <tr>
2897       <td>
2898         <div align="center">
2899           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2900         </div>
2901       </td>
2902       <td>
2903         <ul>
2904           <li>Experimental support for google analytics usage
2905             tracking.</li>
2906           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2907         </ul>
2908       </td>
2909       <td>
2910         <ul>
2911           <li>Race condition in applet preventing startup in
2912             jre1.6.0u12+.</li>
2913           <li>Exception when feature created from selection beyond
2914             length of sequence.</li>
2915           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2916           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2917             all sequences with a given id</li>
2918           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2919             ID string searches</li>
2920           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2921             alignment to fail with exception</li>
2922         </ul> <em>Application Issues</em>
2923         <ul>
2924           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2925           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2926             data sources</li>
2927         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2928         <ul>
2929           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2930             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2931           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2932             version (java class versioning error fixed)</li>
2933         </ul>
2934       </td>
2935     </tr>
2936     <tr>
2937       <td>
2938
2939         <div align="center">
2940           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2941         </div>
2942       </td>
2943       <td><em>User Interface</em>
2944         <ul>
2945           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2946             translation and protein products</li>
2947           <li>Linked highlighting of structure associated with
2948             residue mapping to codon position</li>
2949           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2950             and 'clear' button</li>
2951           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2952             Tools menu</li>
2953           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2954             numeric data in description line</li>
2955           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2956           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2957             of sequence</li>
2958         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2959         <ul>
2960           <li>JPred3 web service</li>
2961           <li>Prototype sequence search client (no public services
2962             available yet)</li>
2963           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2964             PFAM</li>
2965           <li>URL Links created for matching database cross
2966             references as well as sequence ID</li>
2967           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2968         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2969         <ul>
2970           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2971             databases</li>
2972           <li>Generalised database reference retrieval and
2973             validation to all fetchable databases</li>
2974           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2975             sequence command</li>
2976         </ul> <em>Import and Export</em>
2977         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2978         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2979           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2980         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2981           File</li>
2982         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2983           triplet as name of colourscheme</li>
2984         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2985         <ul>
2986           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2987           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2988             alignments (experimental)</li>
2989           <li>Create new or select existing session to join</li>
2990           <li>load and save of vamsas documents</li>
2991         </ul> <em>Application command line</em>
2992         <ul>
2993           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2994             from applet)</li>
2995           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2996             of DAS servers to query for alignment features</li>
2997           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2998             that are also automatically queried for features</li>
2999           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3000             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3001         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3002         <ul>
3003           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3004             application (when using &quot;View in full
3005             application&quot;)</li>
3006         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3007         <ul>
3008           <li>feature group display control parameter</li>
3009           <li>debug parameter</li>
3010           <li>showbutton parameter</li>
3011         </ul> <em>Applet API methods</em>
3012         <ul>
3013           <li>newView public method</li>
3014           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3015           <li>Feature display control methods</li>
3016           <li>get list of currently selected sequences</li>
3017         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3018         <ul>
3019           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3020           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3021             Jalview release.</li>
3022           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3023             property controls execution of obfuscator</li>
3024           <li>Build target for generating source distribution</li>
3025           <li>Debug flag for javacc</li>
3026           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3027             jalview.bin.Cache</li>
3028           <li>Continuous Build Integration for stable and
3029             development version of Application, Applet and source
3030             distribution</li>
3031         </ul></td>
3032       <td>
3033         <ul>
3034           <li>selected region output includes visible annotations
3035             (for certain formats)</li>
3036           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3037             for editing</li>
3038           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3039           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3040           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3041           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3042             comments</li>
3043           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3044             filenames containing a ':'</li>
3045           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3046             global sequence features</li>
3047           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3048             references from alignment sequences goes to zero</li>
3049           <li>Close of tree branch colour box without colour
3050             selection causes cascading exceptions</li>
3051           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3052           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3053             file parsing fails.</li>
3054           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3055           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3056             not a valid output format</li>
3057           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3058             vamsas</li>
3059           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3060           <li>error messages passed up and output when data read
3061             fails</li>
3062           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3063             sequence is edited</li>
3064           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3065             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3066           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3067             filetype</li>
3068           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3069             import fixed for PFAM records</li>
3070           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3071             window list</li>
3072           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3073             can be read and written correctly to annotation file</li>
3074           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3075             correctly</li>
3076           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3077             non-italic font for representatives in Applet</li>
3078           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3079             Macs.</li>
3080           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3081             Applet)</li>
3082           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3083             due to null pointer exceptions</li>
3084           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3085             first column of alignment</li>
3086           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3087             July 2008</li>
3088           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3089             file is case-insensitive</li>
3090           <li>Sequence features read from Features file appended to
3091             all sequences with matching IDs</li>
3092           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3093             containing a sub-sequence</li>
3094           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3095           <li>feature and annotation file applet parameters
3096             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3097           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3098           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3099             splash-screen version check to complete</li>
3100           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3101             when passing them to the launchApp service</li>
3102           <li>display name and local features preserved in results
3103             retrieved from web service</li>
3104           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3105             sequence fetcher initialisation</li>
3106           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3107             dasobert DAS client</li>
3108           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3109             association</li>
3110           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3111             sequences
3112           </li>
3113         </ul>
3114       </td>
3115     </tr>
3116     <tr>
3117       <td>
3118         <div align="center">
3119           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3120         </div>
3121       </td>
3122       <td>
3123         <ul>
3124           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3125           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3126           <li>Slide sequences</li>
3127           <li>Edit sequence in place</li>
3128           <li>EMBL CDS features</li>
3129           <li>DAS Feature mapping</li>
3130           <li>Feature ordering</li>
3131           <li>Alignment Properties</li>
3132           <li>Annotation Scores</li>
3133           <li>Sort by scores</li>
3134           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3135         </ul>
3136       </td>
3137       <td>
3138         <ul>
3139           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3140           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3141           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3142           <li>Feature group display state in XML</li>
3143           <li>Feature ordering in XML</li>
3144           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3145           <li>Stockholm alignment properties</li>
3146           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3147           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3148           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3149           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3150         </ul>
3151       </td>
3152
3153     </tr>
3154     <tr>
3155       <td>
3156         <div align="center">
3157           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3158         </div>
3159       </td>
3160       <td>
3161         <ul>
3162           <li>Non standard characters can be read and displayed
3163           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3164             applet via textbox
3165           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3166             name &amp; description
3167           <li>Preference setting to display sequence name in
3168             italics
3169           <li>Annotation file format extended to allow
3170             Sequence_groups to be defined
3171           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3172             specified in preferences
3173           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3174             sequences
3175         </ul>
3176       </td>
3177       <td>
3178         <ul>
3179           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3180             installed
3181           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3182           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3183         </ul>
3184       </td>
3185     </tr>
3186     <tr>
3187       <td>
3188         <div align="center">
3189           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3190         </div>
3191       </td>
3192       <td>
3193         <ul>
3194           <li>Multiple views on alignment
3195           <li>Sequence feature editing
3196           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3197           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3198           <li>Background dependent text colour
3199           <li>Right align sequence ids
3200           <li>User-defined lower case residue colours
3201           <li>Format Menu
3202           <li>Select Menu
3203           <li>Menu item accelerator keys
3204           <li>Control-V pastes to current alignment
3205           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3206           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3207           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3208
3209           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3210         </ul>
3211       </td>
3212       <td>
3213         <ul>
3214           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3215           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3216             calculations
3217           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3218             edits
3219           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3220             of alignment)
3221           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3222
3223           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3224             display correctly
3225           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3226           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3227             analysis results
3228           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3229             &#8739;
3230           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3231           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3232           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3233
3234         </ul>
3235       </td>
3236     </tr>
3237     <tr>
3238       <td>
3239         <div align="center">
3240           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3241         </div>
3242       </td>
3243       <td>
3244         <ul>
3245           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3246         </ul>
3247       </td>
3248       <td>
3249         <ul>
3250           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3251             sequence id panel has been resized</li>
3252           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3253             rendered</li>
3254           <li>Annotation files with sequence references - all
3255             elements in file are relative to sequence position</li>
3256           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3257         </ul>
3258       </td>
3259     </tr>
3260     <tr>
3261       <td>
3262         <div align="center">
3263           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3264         </div>
3265       </td>
3266       <td>
3267         <ul>
3268           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3269           <li>DAS Feature fetching</li>
3270           <li>Hide sequences and columns</li>
3271           <li>Export Annotations and Features</li>
3272           <li>GFF file reading / writing</li>
3273           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3274             files</li>
3275           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3276           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3277           <li>Applet can launch the full application</li>
3278           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3279             required)</li>
3280           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3281           <li>Applet can load sequences from parameter
3282             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3283           </li>
3284         </ul>
3285       </td>
3286       <td>
3287         <ul>
3288           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3289           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3290           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3291         </ul>
3292       </td>
3293     </tr>
3294     <tr>
3295       <td>
3296         <div align="center">
3297           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3298         </div>
3299       </td>
3300       <td>
3301         <ul>
3302           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3303           <li>Choose to match case when searching</li>
3304           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3305             expand the visible width and height of the alignment</li>
3306         </ul>
3307       </td>
3308       <td>
3309         <ul>
3310           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313     </tr>
3314     <tr>
3315       <td>
3316         <div align="center">
3317           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3318         </div>
3319       </td>
3320       <td>&nbsp;</td>
3321       <td>
3322         <ul>
3323           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3324           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3325             value</li>
3326         </ul>
3327       </td>
3328     </tr>
3329     <tr>
3330       <td>
3331         <div align="center">
3332           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3333         </div>
3334       </td>
3335       <td>
3336         <ul>
3337           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3338           <li>Keyboard editing</li>
3339           <li>Create sequence features from searches</li>
3340           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3341             alignments</li>
3342           <li>Features file allows grouping of features</li>
3343           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3344           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3345           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3346         </ul>
3347       </td>
3348       <td>
3349         <ul>
3350           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3351           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3352             descriptions saved.</li>
3353         </ul>
3354       </td>
3355     </tr>
3356     <tr>
3357       <td>
3358         <div align="center">
3359           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3360         </div>
3361       </td>
3362       <td>
3363         <ul>
3364           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3365           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3366           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3367             name for file output</li>
3368           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3369           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3370             used for HTML form input</li>
3371         </ul>
3372       </td>
3373       <td>
3374         <ul>
3375           <li>HTML output writes groups and features</li>
3376           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3377           <li>File IO bugs</li>
3378         </ul>
3379       </td>
3380     </tr>
3381     <tr>
3382       <td>
3383         <div align="center">
3384           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3385         </div>
3386       </td>
3387       <td>
3388         <ul>
3389           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3390           <li>More options for PCA viewer</li>
3391         </ul>
3392       </td>
3393       <td>
3394         <ul>
3395           <li>GUI bugs resolved</li>
3396           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3397         </ul>
3398       </td>
3399     </tr>
3400     <tr>
3401       <td height="63">
3402         <div align="center">
3403           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3404         </div>
3405       </td>
3406       <td>
3407         <ul>
3408           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3409           <li>Jar files are executable</li>
3410           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3411         </ul>
3412       </td>
3413       <td>
3414         <ul>
3415           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3416           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3417           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3418         </ul>
3419       </td>
3420     </tr>
3421     <tr>
3422       <td>
3423         <div align="center">
3424           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3425         </div>
3426       </td>
3427       <td>
3428         <ul>
3429           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3430         </ul>
3431       </td>
3432       <td>
3433         <ul>
3434           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3435         </ul>
3436       </td>
3437     </tr>
3438     <tr>
3439       <td>
3440         <div align="center">
3441           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3442         </div>
3443       </td>
3444       <td>
3445         <ul>
3446           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3447             size</li>
3448         </ul>
3449       </td>
3450       <td>
3451         <ul>
3452           <li>Improved JPred client reliability</li>
3453           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3454         </ul>
3455       </td>
3456     </tr>
3457     <tr>
3458       <td>
3459         <div align="center">
3460           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3461         </div>
3462       </td>
3463       <td>
3464         <ul>
3465           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3466           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3467           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3468             to Colour Menu</li>
3469           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3470           <li>Unix users can set default web browser</li>
3471           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3472           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3473         </ul>
3474       </td>
3475       <td>
3476         <ul>
3477           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3478         </ul>
3479       </td>
3480     </tr>
3481     <tr>
3482       <td>
3483         <div align="center">
3484           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3485         </div>
3486       </td>
3487       <td>&nbsp;</td>
3488       <td>
3489         <ul>
3490           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3491             alignment order.</li>
3492         </ul>
3493       </td>
3494     </tr>
3495     <tr>
3496       <td>
3497         <div align="center">
3498           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3499         </div>
3500       </td>
3501       <td>
3502         <ul>
3503           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3504           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3505           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3506             annotations.</li>
3507           <li>Version and build date written to build properties
3508             file.</li>
3509           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3510             at launch of Jalview.</li>
3511         </ul>
3512       </td>
3513       <td>
3514         <ul>
3515           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3516           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3517           <li>Can remove groups one by one.</li>
3518           <li>Filechooser icons installed.</li>
3519           <li>Finder ignores return character when searching.
3520             Return key will initiate a search.<br>
3521           </li>
3522         </ul>
3523       </td>
3524     </tr>
3525     <tr>
3526       <td>
3527         <div align="center">
3528           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3529         </div>
3530       </td>
3531       <td>
3532         <ul>
3533           <li>New codebase</li>
3534         </ul>
3535       </td>
3536       <td>&nbsp;</td>
3537     </tr>
3538   </table>
3539   <p>&nbsp;</p>
3540 </body>
3541 </html>