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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.1">2.9.1</a><br /> <em>21/6/2016</em></strong>
  51         </div>
  52       </td>
  53       <td><em>General</em>
  54         <ul>
  55             <li><!-- JAL---></li>
  56         </ul> <em>Application</em>
  57         <ul>
  58             <li><!-- JAL---></li>
  59             <li><!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding regions in ENA and EMBL</li>
  60             <li><!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2 for ENA record retrieval</li>
  61             <li><!--  JAL 1812 -->New 'execute Groovy script' option in an alignment window's Calculate menu</li>
  62             <li><!--  JAL 1812 -->Allow groovy scripts that call Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode</li>
  63
  64         </ul> <em>Applet</em>
  65         <ul>
  66             <li><!-- JAL---></li>
  67         </ul></td>
  68       <td>
  69         <div align="left">
  70           <em>General</em>
  71           <ul>
  72             <li><!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up menu on OSX</li>
  73             <li><!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again) includes graduated colourschemes</li>
  74             <li><!-- JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when working with big alignments and lots of hidden columns</li>
  75             <li><!-- JAL-2053-->hidden column markers not always rendered at right of alignment window</li>
  76             <li><!-- JAL-2067, JAL-  -->Tidied up links in help file table of contents</li>
  77             <li><!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown for DNA alignments</li>
  78             <li><!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature based tree calculation</li>
  79
  80           </ul>
  81           <em>Application</em>
  82           <ul>
  83             <li><!-- JAL-1944 not yet fixed Error thrown when exporting a view with hidden sequences as flat-file alignment--></li>
  84             <li><!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML output when running on non-gb/us i18n platforms</li>
  85             <li><!-- JAL-1552-->URLs and links can imported by drag'n'drop on OSX webstart</li>
  86             <li><!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when launching Chimera</li>
  87             <li><!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart (also hotfix for 2.9.0b2)</li>
  88             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
  89           </ul>
  90           <em>Applet</em>
  91           <ul>
  92             <li><!--  --></li>
  93           </ul>
  94         </div>
  95       </td>
  96     </tr>
  97     <tr>
  98       <td width="60" nowrap>
  99         <div align="center">
 100           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 101             <em>16/10/2015</em></strong>
 102         </div>
 103       </td>
 104       <td><em>General</em>
 105         <ul>
 106           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 107             jars</li>
 108         </ul></td>
 109       <td>
 110         <div align="left">
 111           <em>Application</em>
 112           <ul>
 113             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 114               shown when tree is partitioned</li>
 115             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 116               multiple cDNA/Protein split views</li>
 117           </ul>
 118         </div>
 119       </td>
 120     </tr>
 121     <tr>
 122       <td width="60" nowrap>
 123         <div align="center">
 124           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 125             <em>8/10/2015</em></strong>
 126         </div>
 127       </td>
 128       <td><em>General</em>
 129         <ul>
 130           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 131             2.9</li>
 132         </ul> <em>Application</em>
 133       <ul>
 134           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 135           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 136           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 137         </ul> <em>Applet</em>
 138         <ul>
 139           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 140         </ul></td>
 141       <td>
 142         <div align="left">
 143           <em>General</em>
 144           <ul>
 145             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 146               incorrect when sequence start > 1</li>
 147             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 148               documentation</li>
 149             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 150             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 151               loading a features file containing HTML tags in feature
 152               description</li>
 153
 154           </ul>
 155           <em>Application</em>
 156           <ul>
 157             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 158               reimport</li>
 159             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 160               with 'trim retrieved sequences'</li>
 161             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 162               deleting selected columns</li>
 163             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 164               JNLP templates for webstart launch</li>
 165             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 166               unreleased structures for download or viewing</li>
 167             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 168               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 169             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 170               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 171             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 172               recovered from jalview project</li>
 173             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 174               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 175               alignment view</li>
 176             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 177               color schemes from BioJSON</li>
 178           </ul>
 179           <em>Applet</em>
 180           <ul>
 181             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 182               frame</li>
 183             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 184           </ul>
 185         </div>
 186       </td>
 187     </tr>
 188     <tr>
 189       <td><div align="center">
 190           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 191         </div></td>
 192       <td><em>General</em>
 193         <ul>
 194           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 195             alignments:
 196             <ul>
 197               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 198                 and DNA alignment views</li>
 199               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 200                 cDNA alignment views</li>
 201               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 202                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 203               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 204                 protein sequences</li>
 205             </ul>
 206           </li>
 207           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 208           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 209             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 210           <li>New alignment annotation file statements for
 211             reference sequences and marking hidden columns</li>
 212           <li>Reference sequence based alignment shading to
 213             highlight variation</li>
 214           <li>Select or hide columns according to alignment
 215             annotation</li>
 216           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 217           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 218             acid conservation row</li>
 219           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 220         </ul> <em>Application</em>
 221         <ul>
 222           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 223             <ul>
 224               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 225                 view with cDNA/Protein</li>
 226               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 227                 sequences are placed in the same alignment</li>
 228               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 229                 projects</li>
 230             </ul>
 231           </li>
 232
 233           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 234           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 235             Jalview windows</li>
 236
 237           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 238           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 239           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 240             be shown in VARNA</li>
 241
 242           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 243             as the active selected region</li>
 244
 245           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 246             similarity</li>
 247           <li>New Export options
 248             <ul>
 249               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 250                 region export in flat file generation</li>
 251
 252               <li>Export alignment views for display with the <a
 253                 href="http://biojs.io/d/msa">BioJS MSAViewer</a></li>
 254
 255               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 256               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 257                 alignment figures to HTML</li>
 258           </li>
 259           <li>3D structure retrieval and display
 260             <ul>
 261               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 262                 Search API</li>
 263               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 264                 PDB structures for a sequence set</li>
 265             </ul>
 266           </li>
 267
 268           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 269             predictions</li>
 270           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 271             for one or a group of sequences</li>
 272           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 273             from the JPred4 web server</li>
 274           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 275             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 276             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 277           </li>
 278           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 279             VARNA 2D Structure'</li>
 280           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 281             Structure ..."</li>
 282
 283         </ul> <em>Applet</em>
 284         <ul>
 285           <li>New layout for applet example pages</li>
 286           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 287             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 288           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 289             Protein alignments</li>
 290         </ul> <em>Development and deployment</em>
 291         <ul>
 292           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 293           <li>Include installation type and git revision in build
 294             properties and console log output</li>
 295           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 296             storing BioJsMSA Templates</li>
 297           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 298         </ul></td>
 299       <td>
 300         <!-- <em>General</em>
 301         <ul>
 302         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 303         <ul>
 304           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 305           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 306           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 307             predictions are not highlighted in amber</li>
 308           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 309             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 310           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 311             associated structure views</li>
 312           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 313             width checkbox not enabled</li>
 314           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 315             creating user defined colours</li>
 316           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 317             mappings for just that viewer's sequences</li>
 318           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 319             multiple models in Chimera</li>
 320           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 321             over Jmol structure</li>
 322           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 323             output to text box</li>
 324           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 325             have incorrect sequence start/end</li>
 326           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 327             Jalview fails</li>
 328           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 329             work for nucleotide</li>
 330           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 331             to a grey/invisible alignment window</li>
 332           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 333             imports to different position</li>
 334           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 335             on some platforms</li>
 336           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 337             populated</li>
 338           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 339             console if Chimera has been opened</li>
 340           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 341           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 342             retrieved</li>
 343           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 344           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 345             either sequence shows on first structure</li>
 346           <li>'Show annotations' options should not make
 347             non-positional annotations visible</li>
 348           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 349             in right place after 'view flanking regions'</li>
 350           <li>File Save As type unset when current file format is
 351             unknown</li>
 352           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 353             projects</li>
 354           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 355             responsive</li>
 356           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 357             several views on same alignment</li>
 358           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 359           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 360             spaces</li>
 361         </ul> <em>Applet</em>
 362         <ul>
 363           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 364           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 365             descriptions containing angle brackets</li>
 366         </ul> <em>General</em>
 367         <ul>
 368           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 369             via jalview annotation file</li>
 370           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 371             with RNA secondary structure</li>
 372           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 373             translation doesn't work.</li>
 374           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 375           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 376             positions</li>
 377           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 378             choosing 1pt font</li>
 379           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 380             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 381             'h'</li>
 382           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 383             new feature</li>
 384           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 385             order dependent</li>
 386           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 387             sequences</li>
 388           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 389         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 390         <ul>
 391           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 392             www.jalview.org</li>
 393         </ul> <em>Application Known issues</em>
 394         <ul>
 395           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 396           <li>Misleading message appears after trying to delete
 397             solid column.</li>
 398           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 399             version launches</li>
 400           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 401             fails with a sequence mismatch</li>
 402           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 403             scrolling alignment to right</li>
 404           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 405             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 406           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 407             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 408           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 409             ultra-high resolution</li>
 410           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 411             quality and conservation</li>
 412           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 413             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 414         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 415         <ul>
 416           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 417           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 418             window is being resized</li>
 419
 420         </ul>
 421       </td>
 422     </tr>
 423     <tr>
 424       <td><div align="center">
 425           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 426         </div></td>
 427       <td><em>General</em>
 428         <ul>
 429           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 430             Certum.PL.</li>
 431           <li>Features and annotation preserved when performing
 432             pairwise alignment</li>
 433           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 434             imported/exported/displayed</li>
 435           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 436             protein secondary structure</li>
 437           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 438               post-hoc with 2.9 release</em>)
 439           </li>
 440
 441         </ul> <em>Application</em>
 442         <ul>
 443           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 444             with 3D structures</li>
 445           <li>Support for parsing RNAML</li>
 446           <li>Annotations menu for layout
 447             <ul>
 448               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 449               <li>place sequence annotation above/below alignment
 450                 annotation</li>
 451             </ul>
 452           <li>Output in Stockholm format</li>
 453           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 454             translation</li>
 455           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 456           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 457             shared between alignments</li>
 458           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 459             Jalview</li>
 460           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 461             all or current selection</li>
 462           <li>disorder and secondary structure predictions
 463             available as dataset annotation</li>
 464           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 465
 466
 467           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 468             alignments from Rfam</li>
 469           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 470
 471           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 472             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 473           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 474           <li>include installation type in build properties and
 475             console log output</li>
 476           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 477             annotation</li>
 478         </ul></td>
 479       <td>
 480         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 481         <ul>
 482           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 483             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 484           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 485             alignment</li>
 486           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 487           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 488           <li>Double click on sequence associated annotation
 489             selects only first column</li>
 490           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 491             leaves shown in tree</li>
 492           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 493             properly</li>
 494           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 495           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 496             screen and buttons not visible</li>
 497           <li>author list isn't updated if already written to
 498             Jalview properties</li>
 499           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 500             from database</li>
 501           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 502           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 503             browser search window</li>
 504           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 505             in feature settings dialog</li>
 506           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 507             desktop</li>
 508           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 509             pass validation</li>
 510           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 511             fit on screen</li>
 512           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 513             tooltip</li>
 514           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 515             defined user preset</li>
 516           <li>MSA web services warns user if they were launched
 517             with invalid input</li>
 518           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 519             Java 8</li>
 520           <li>
 521             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 522             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 523             created
 524           </li>
 525
 526         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 527                                 <ul>
 528                                 </ul> <em>General</em>
 529                                 <ul>
 530                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 531         <ul>
 532           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 533             memory allocation</li>
 534           <li>launchApp service doesn't automatically open
 535             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 536           <li>
 537             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 538             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 539             1.7_055 is available
 540           </li>
 541         </ul> <em>Application Known issues</em>
 542         <ul>
 543           <li>
 544             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 545             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 546             alignment to right
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 550             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 551             with large number of ID
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 555             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 556             start/end
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 560             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 561             structure tracks are rearranged
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 565             invalid rna structure positional highlighting does not
 566             highlight position of invalid base pairs
 567           </li>
 568           <li>
 569             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 570             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 571             project from alignment window file menu
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 575             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 576             structures
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 580             colour by RNA Helices not enabled when user created
 581             annotation added to alignment
 582           </li>
 583           <li>
 584             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 585             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 586           </li>
 587         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 588         <ul>
 589           <li>
 590             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 591             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 595             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 596           </li>
 597
 598           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 599             when selected</li>
 600         </ul>
 601       </td>
 602     </tr>
 603     <tr>
 604       <td><div align="center">
 605           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 606         </div></td>
 607       <td>
 608         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 609         <em>General</em>
 610         <ul>
 611           <li>Internationalisation of user interface (usually
 612             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 613           <li>Define/Undefine group on current selection with
 614             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 615           <li>Improved group creation/removal options in
 616             alignment/sequence Popup menu</li>
 617           <li>Sensible precision for symbol distribution
 618             percentages shown in logo tooltip.</li>
 619           <li>Annotation panel height set according to amount of
 620             annotation when alignment first opened</li>
 621         </ul> <em>Application</em>
 622         <ul>
 623           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 624             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 625           <li>Select columns containing particular features from
 626             Feature Settings dialog</li>
 627           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 628             sequences</li>
 629           <li>Update Jalview project format:
 630             <ul>
 631               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 632               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 633                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 634               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 635                 colouring</li>
 636             </ul>
 637           </li>
 638           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 639             (PAM250)</li>
 640           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 641             flanking regions for an alignment</li>
 642         </ul>
 643       </td>
 644       <td>
 645         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 646         <ul>
 647           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 648             running after job is cancelled</li>
 649           <li>cannot export features from alignments imported from
 650             Jalview/VAMSAS projects</li>
 651           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 652             float values</li>
 653           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 654             have 'display all symbols' flag set</li>
 655           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 656             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 657           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 658             Jalview</li>
 659           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 660             Lion/Webstart</li>
 661           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 662           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 663           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 664             alignment onto desktop</li>
 665           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 666             'extract scores' function</li>
 667           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 668             alignment window</li>
 669           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 670             performing IUPred disorder prediction</li>
 671           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 672             changing 'normalise logo' display setting</li>
 673           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 674             nothing matches query</li>
 675           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 676             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 677           </li>
 678           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 679             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 680           </li>
 681           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 682             Jalview's menu</li>
 683           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 684             'invalid literal/length code'</li>
 685           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 686             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 687           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 688             colourscheme</li>
 689
 690         </ul> <em>Applet</em>
 691         <ul>
 692           <li>Remove group option is shown even when selection is
 693             not a group</li>
 694           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 695             don't affect groups</li>
 696           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 697             colourscheme name</li>
 698           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 699             Annotation panel is not displayed</li>
 700           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 701             embedded windows</li>
 702         </ul> <em>Other</em>
 703         <ul>
 704           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 705             single sequence were not calculated</li>
 706           <li>annotation files that contain only groups imported as
 707             annotation and junk sequences</li>
 708           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 709             recognised as PFAM or BLC</li>
 710           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 711             doesn't affect background (2.8.0b1)
 712           <li></li>
 713           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 714           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 715             trailing gaps</li>
 716           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 717             registered correctly on import</li>
 718           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 719             certain alignments</li>
 720           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 721             existing annotation based 'use original colours'
 722             colourscheme loses original colours setting</li>
 723         </ul>
 724       </td>
 725     </tr>
 726     <tr>
 727       <td><div align="center">
 728           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 729             <em>30/1/2014</em></strong>
 730         </div></td>
 731       <td>
 732         <ul>
 733           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 734             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 735             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 736             open source project).
 737           </li>
 738           <li>Jalview SRS links replaced by Uniprot and EBI-search
 739           </li>
 740           <li>Output in Stockholm format</li>
 741           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 742           <li>Export/import group and sequence associated line
 743             graph thresholds</li>
 744           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 745             ambiguity codes</li>
 746           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 747             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 748             works</li>
 749           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 750         </ul> <em>Other improvements</em>
 751         <ul>
 752           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 753           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 754             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 755           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 756             files</li>
 757           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 758           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 759             link but no description</li>
 760           <li>Select primary source when selecting authority in
 761             database fetcher GUI</li>
 762           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 763             Jalview</li>
 764           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 765         </ul>
 766       </td>
 767       <td>
 768         <ul>
 769           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 770             displayed</li>
 771           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 772             secondary structure annotation line</li>
 773           <li>Sequence database accessions not imported when
 774             fetching alignments from Rfam</li>
 775           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 776             identical IDs</li>
 777           <li>View all structures does not always superpose
 778             structures</li>
 779           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 780             reflect user or preset settings</li>
 781           <li>Null pointer exceptions for some services without
 782             presets or adjustable parameters</li>
 783           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 784             discover PDB xRefs</li>
 785           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 786             features with DAS</li>
 787           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 788             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 789           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 790             residue follows a gap</li>
 791           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 792             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 793           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 794             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 795           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 796             annotation already exists on alignment</li>
 797           <li>oninit javascript function should be called after
 798             initialisation completes</li>
 799           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 800             alignment window display</li>
 801           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 802           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 803             to annotation file</li>
 804           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 805             groups created</li>
 806           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 807             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 808           <li>Pressing return several times causes Number Format
 809             exceptions in keyboard mode</li>
 810           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 811             correct partitions for input data</li>
 812           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 813           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 814           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 815           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 816             mode</li>
 817           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 818             changes one row&#39;s threshold</li>
 819           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 820             doesn&#39;t open</li>
 821           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 822             quality histograms</li>
 823         </ul>
 824       </td>
 825     </tr>
 826     <tr>
 827       <td><div align="center">
 828           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 829         </div></td>
 830       <td><em>Application</em>
 831         <ul>
 832           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 833             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 834           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 835             preferences</li>
 836           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 837             in Jalview alignment window</li>
 838           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 839             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 840           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 841             RNA and ambiguity codes</li>
 842
 843           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 844           <li>Support fetching and database reference look up
 845             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 846             refs')</li>
 847           <li>Jalview project improvements
 848             <ul>
 849               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 850                 flag for annotation</li>
 851               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 852                 alignment</li>
 853               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 854                 Jalview project</li>
 855
 856             </ul>
 857           </li>
 858           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 859           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 860             running</li>
 861           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 862           <li>visual indication that web service results are still
 863             being retrieved from server</li>
 864           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 865             starts up for first time</li>
 866           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 867             services</li>
 868           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 869             client library</li>
 870           <li>Examples directory and Groovy library included in
 871             InstallAnywhere distribution</li>
 872         </ul> <em>Applet</em>
 873         <ul>
 874           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 875             visualization applet example</li>
 876         </ul> <em>General</em>
 877         <ul>
 878           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 879           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 880             defaults</li>
 881           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 882             calculation</li>
 883           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 884             matrices
 885           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 886             in HTML</li>
 887           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 888             structure contacts</li>
 889           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 890           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 891           <li>Parse sequence associated secondary structure
 892             information in Stockholm files</li>
 893           <li>HTML Export database accessions and annotation
 894             information presented in tooltip for sequences</li>
 895           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 896             style RNA alignment files</li>
 897           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 898             alignment</li>
 899           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 900             shade each sequence according to its associated alignment
 901             annotation</li>
 902           <li>New Jalview Logo</li>
 903         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 904         <ul>
 905           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 906           <li>New Website!</li>
 907         </ul></td>
 908       <td><em>Application</em>
 909         <ul>
 910           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 911             wsdbfetch REST service</li>
 912           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 913           <li>Filetype associations not installed for webstart
 914             launch</li>
 915           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 916             job execution in full once it is complete</li>
 917           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 918             uploaded via ali_file parameter</li>
 919           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 920           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 921           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 922             submitted for prediction</li>
 923           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 924             desktop window</li>
 925           <li>Putting fractional value into integer text box in
 926             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 927           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 928             windows 7</li>
 929           <li>View all structures fails with exception shown in
 930             structure view</li>
 931           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 932             escaped in a platform independent way</li>
 933           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 934             using proxy</li>
 935           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 936             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 937           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 938             failure when java web start temporary file caching is
 939             disabled</li>
 940           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 941             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 942           <li>Errors during processing of command line arguments
 943             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 944           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 945             DAS sources in sequence fetcher</li>
 946           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 947             dialog is shown</li>
 948           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 949           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 950           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 951           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 952             on OSX Mountain Lion</li>
 953           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 954             sequences with alignment annotation are pasted into the
 955             alignment</li>
 956           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 957             when loaded from Jalview project</li>
 958           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 959           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 960             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 961           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
 962             associated with all views</li>
 963           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
 964             annotation rows to new window</li>
 965         </ul> <em>Applet</em>
 966         <ul>
 967           <li>Sequence features are momentarily displayed before
 968             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
 969           <li>loading features via javascript API automatically
 970             enables feature display</li>
 971           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
 972             work</li>
 973         </ul> <em>General</em>
 974         <ul>
 975           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
 976           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
 977             and then deselected</li>
 978           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
 979           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
 980             coloured with clustalx</li>
 981           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
 982             exceptions and redraw errors</li>
 983           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
 984             reconfigured view</li>
 985           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
 986             colour</li>
 987           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
 988             for lots of labels</li>
 989         </ul>
 990     </tr>
 991     <tr>
 992       <td>
 993         <div align="center">
 994           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
 995         </div>
 996       </td>
 997       <td><em>Application</em>
 998         <ul>
 999           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1000           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1001           <li>View/alignment association menu to enable user to
1002             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1003             its colours/correspondences from</li>
1004           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1005           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1006             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1007           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1008           <li>Annotation row column label formatting attributes
1009             stored in project file</li>
1010           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1011             rows preserved in Jalview project file</li>
1012           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1013             saved using Desktop window menu</li>
1014           <li>Visual indication that command line arguments are
1015             still being processed</li>
1016           <li>Groovy script execution from URL</li>
1017           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1018             preferences</li>
1019           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1020             alignment with sequences that have high similarity and
1021             matching IDs</li>
1022           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1023           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1024             structures in same window</li>
1025           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1026           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1027             analysis function in its own submenu</li>
1028         </ul> <em>Applet</em>
1029         <ul>
1030           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1031             groups</li>
1032           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1033           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1034           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1035           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1036           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1037             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1038           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1039           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1040             parameters are treated as such</li>
1041           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1042             <ul>
1043               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1044               <li>Javascript callbacks for
1045                 <ul>
1046                   <li>Applet initialisation</li>
1047                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1048                 </ul>
1049               </li>
1050               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1051                 functions</li>
1052               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1053               <li>javascript structure viewer harness to pass
1054                 messages between Jmol and Jalview when running as
1055                 distinct applets</li>
1056               <li>sortBy method</li>
1057               <li>Set of applet and application examples shipped
1058                 with documentation</li>
1059               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1060                 javascript message exchange</li>
1061             </ul>
1062         </ul> <em>General</em>
1063         <ul>
1064           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1065             multiple alignments</li>
1066           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1067           <li>User configurable link to enable redirects to a
1068             www.Jalview.org mirror</li>
1069           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1070           <li>Configurable newline string when writing alignment
1071             and other flat files</li>
1072           <li>Allow alignment annotation description lines to
1073             contain html tags</li>
1074         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1075         <ul>
1076           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1077             examples</li>
1078           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1079             using a web service before displaying the result in the
1080             Jalview desktop</li>
1081           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1082           <li>Ant target to publish example html files with applet
1083             archive</li>
1084           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1085           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1086         </ul></td>
1087       <td><em>Application</em>
1088         <ul>
1089           <li>User defined colourscheme throws exception when
1090             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1091           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1092             dialog for valid filename/format</li>
1093           <li>Cannot view associated structure for Uniprot sequence</li>
1094           <li>PDB file association breaks for Uniprot sequence
1095             P37173</li>
1096           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1097             which sequence is to be associated with the file</li>
1098           <li>Find All raises null pointer exception when query
1099             only matches sequence IDs</li>
1100           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1101           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1102             2.4 cannot be loaded</li>
1103           <li>Filetype associations not installed for webstart
1104             launch</li>
1105           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1106             with sequences in different alignments do not get coloured
1107             by their associated sequence</li>
1108           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1109             not preserved when project is loaded</li>
1110           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1111             stored in Jalview project</li>
1112           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1113             Jalview project</li>
1114           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1115           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1116             by conservation</li>
1117           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1118             created on new view</li>
1119           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1120             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1121           <li>Alignment quality not updated after alignment
1122             annotation row is hidden then shown</li>
1123           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1124             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1125           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1126             properly</li>
1127           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1128             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1129           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1130           <li>Structures imported from file and saved in project
1131             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1132           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1133             job execution in full once it is complete</li>
1134         </ul> <em>Applet</em>
1135         <ul>
1136           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1137             annotation rows are displayed</li>
1138           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1139             codebase</li>
1140           <li>View follows highlighting does not work for positions
1141             in sequences</li>
1142           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1143           <li>Export features raises exception when no features
1144             exist</li>
1145           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1146             for javascript api is modified when separator string
1147             provided as parameter</li>
1148           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1149             alignment with no existing selection</li>
1150           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1151             to applet&#39;s codebase</li>
1152           <li>Status bar not updated after finished searching and
1153             search wraps around to first result</li>
1154           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1155             several Jalview applets causes race conditions and memory
1156             leaks</li>
1157           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1158             not sent from Jmol in applet</li>
1159           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1160             applet API fatally hang browser</li>
1161         </ul> <em>General</em>
1162         <ul>
1163           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1164             position with wrapped view and hidden regions</li>
1165           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1166             with/without hidden columns</li>
1167           <li>Sequence length given in alignment properties window
1168             is off by 1</li>
1169           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1170             import PDB like structure files</li>
1171           <li>Positional search results are only highlighted
1172             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1173           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1174           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1175             given sequence position</li>
1176           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1177             output</li>
1178           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1179             from nucleotide chains correctly</li>
1180           <li>Structure colours not updated when tree partition
1181             changed in alignment</li>
1182           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1183             parsed in interleaved stockholm</li>
1184           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1185             state</li>
1186           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1187             properly</li>
1188           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1189             properly associated with their pdb files</li>
1190         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1191         <ul>
1192           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1193             ApplyCopyright tool</li>
1194         </ul></td>
1195     </tr>
1196     <tr>
1197       <td>
1198         <div align="center">
1199           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1200         </div>
1201       </td>
1202       <td><em>Application</em>
1203         <ul>
1204           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1205             contact web services</li>
1206           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1207             service job window</li>
1208           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1209         </ul></td>
1210       <td>
1211         <ul>
1212           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1213             pir file emitted by Jalview</li>
1214           <li>Existing feature settings transferred to new
1215             alignment view created from cut'n'paste</li>
1216           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1217             parsing PDB files</li>
1218           <li>Consensus and conservation annotation rows
1219             occasionally become blank for all new windows</li>
1220           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1221             in wrapped view mode</li>
1222         </ul> <em>Application</em>
1223         <ul>
1224           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1225             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1226           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1227             parameter names</li>
1228           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1229             is down</li>
1230         </ul>
1231       </td>
1232     </tr>
1233     <tr>
1234       <td>
1235         <div align="center">
1236           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1237         </div>
1238       </td>
1239       <td><em>Application</em>
1240         <ul>
1241           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1242             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1243             (JABAWS)
1244           </li>
1245           <li>Web Services preference tab</li>
1246           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1247             preferences</li>
1248           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1249           <li>Superpose structures using associated sequence
1250             alignment</li>
1251           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1252             viewer</li>
1253         </ul> <em>Applet</em>
1254         <ul>
1255           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1256             link out mechanism</li>
1257         </ul> <em>Other</em>
1258         <ul>
1259           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1260             series 12</li>
1261           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1262             require Java 1.5</li>
1263           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1264             sequence annotation files</li>
1265           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1266             type colour specification</li>
1267           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1268             script to check if it being run in an interactive session or
1269             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1270         </ul></td>
1271       <td>
1272         <ul>
1273           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1274             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1275         </ul> <em>Application</em>
1276         <ul>
1277           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1278             selected Regions menu item</li>
1279           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1280             part of a valid accession ID</li>
1281           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1282             runs out of memory</li>
1283           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1284             analysis results</li>
1285           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1286             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1287           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1288         </ul> <em>Applet</em>
1289         <ul>
1290           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1291             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1292             defined.</li>
1293         </ul>
1294       </td>
1295     </tr>
1296     <tr>
1297       <td>
1298         <div align="center">
1299           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1300         </div>
1301       </td>
1302       <td></td>
1303       <td>
1304         <ul>
1305           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1306             sequence IDs</li>
1307           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1308             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1309           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1310             import correctly</li>
1311           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1312             number of columns are hidden</li>
1313           <li>annotation label popup menu not providing correct
1314             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1315             present</li>
1316           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1317             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1318           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1319             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1320
1321         </ul> <em>Applet</em>
1322         <ul>
1323           <li>annotation panel disappears when annotation is
1324             hidden/removed</li>
1325         </ul> <em>Application</em>
1326         <ul>
1327           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1328             alignment opened where annotation panel is visible but no
1329             annotations are present on alignment</li>
1330           <li>pasted region containing hidden columns is
1331             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1332           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1333             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1334           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1335             selected Rregions menu item.</li>
1336           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1337             'Un' or 'Non'conserved</li>
1338           <li>Sequence feature settings are being shared by
1339             multiple distinct alignments</li>
1340           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1341             changed</li>
1342           <li>double click on group annotation to select sequences
1343             does not propagate to associated trees</li>
1344           <li>Mac OSX specific issues:
1345             <ul>
1346               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1347                 window background</li>
1348               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1349                 name set correctly</li>
1350               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1351                 save feature colourscheme button</li>
1352             </ul>
1353           </li>
1354         </ul>
1355       </td>
1356     </tr>
1357     <tr>
1358
1359       <td>
1360         <div align="center">
1361           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1362         </div>
1363       </td>
1364       <td><em>New Capabilities</em>
1365         <ul>
1366           <li>URL links generated from description line for
1367             regular-expression based URL links (applet and application)
1368
1369
1370           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1371             menu</li>
1372           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1373             structures</li>
1374           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1375             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1376           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1377             average score or total feature count for each sequence.</li>
1378           <li>Shading features by score or associated description</li>
1379           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1380             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1381           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1382             hide everything but the currently selected region.</li>
1383           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1384         </ul> <em>Application</em>
1385         <ul>
1386           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1387             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1388           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1389             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1390           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1391             database references and protein_name is parsed as
1392             description line (BioSapiens terms).</li>
1393           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1394             references in sequence ID tooltip from View menu in
1395             application.</li>
1396           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1397                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1398           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1399             conservation plots</li>
1400           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1401             and visualized as sequence logos</li>
1402           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1403             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1404           </li>
1405           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1406             when a new tree is opened.</li>
1407           <li>Jalview Java Console</li>
1408           <li>Better placement of desktop window when moving
1409             between different screens.</li>
1410           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1411             consensus annotation</li>
1412           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2 Workflows</li>
1413           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1414             <ul>
1415               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1416                 used to preserve views, structures, and tree display
1417                 settings)</li>
1418               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1419                 command line</li>
1420               <li>Sharing of selected regions between views and
1421                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1422               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1423             </ul></li>
1424         </ul> <em>Applet</em>
1425         <ul>
1426           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1427           <li>New Parameters
1428             <ul>
1429               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1430                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1431                 opened.</li>
1432               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1433                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1434               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1435                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1436               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1437                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1438                 view</li>
1439               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1440                 increase the height or width of a cell in the alignment
1441                 grid relative to the current font size.</li>
1442             </ul>
1443           </li>
1444           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1445             tooltip</li>
1446         </ul> <em>Other</em>
1447         <ul>
1448           <li>Features format: graduated colour definitions and
1449             specification of feature scores</li>
1450           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1451             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1452             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1453           <li>XML formats extended to support graduated feature
1454             colourschemes, group associated annotation, and profile
1455             visualization settings.</li></td>
1456       <td>
1457         <ul>
1458           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1459             rather than description</li>
1460           <li>Non-positional features are now included in sequence
1461             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1462             visibility in tooltip).</li>
1463           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1464           <li>Added URL embedding instructions to features file
1465             documentation.</li>
1466           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1467             'X' in peptide product</li>
1468           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1469             sequence ID and sequence string and query strings do not
1470             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1471           <li>AMSA files only contain first column of
1472             multi-character column annotation labels</li>
1473           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1474             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1475             exported and re-imported)</li>
1476           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1477             name</li>
1478           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1479             as subsequence matches, and correctly reports total number
1480             of both.</li>
1481           <li>Application:
1482             <ul>
1483               <li>Better handling of exceptions during sequence
1484                 retrieval</li>
1485               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1486                 link text excludes the start_end suffix</li>
1487               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1488                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1489               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1490               <li>Sequence description lines properly shared via
1491                 VAMSAS</li>
1492               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1493                 data sources</li>
1494               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1495                 completes before alignment figures are generated.</li>
1496               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1497                 first time.</li>
1498               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1499                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1500               <li>User defined group colours properly recovered
1501                 from Jalview projects.</li>
1502             </ul>
1503           </li>
1504         </ul>
1505       </td>
1506
1507     </tr>
1508     <tr>
1509       <td>
1510         <div align="center">
1511           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1512         </div>
1513       </td>
1514       <td>
1515         <ul>
1516           <li>Experimental support for google analytics usage
1517             tracking.</li>
1518           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1519         </ul>
1520       </td>
1521       <td>
1522         <ul>
1523           <li>Race condition in applet preventing startup in
1524             jre1.6.0u12+.</li>
1525           <li>Exception when feature created from selection beyond
1526             length of sequence.</li>
1527           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1528           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1529             all sequences with a given id</li>
1530           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1531             ID string searches</li>
1532           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1533             alignment to fail with exception</li>
1534         </ul> <em>Application Issues</em>
1535         <ul>
1536           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1537           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1538             data sources</li>
1539         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1540         <ul>
1541           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1542             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1543           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1544             version (java class versioning error fixed)</li>
1545         </ul>
1546       </td>
1547     </tr>
1548     <tr>
1549       <td>
1550
1551         <div align="center">
1552           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1553         </div>
1554       </td>
1555       <td><em>User Interface</em>
1556         <ul>
1557           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1558             translation and protein products</li>
1559           <li>Linked highlighting of structure associated with
1560             residue mapping to codon position</li>
1561           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1562             and 'clear' button</li>
1563           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1564             Tools menu</li>
1565           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1566             numeric data in description line</li>
1567           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1568           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1569             of sequence</li>
1570         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1571         <ul>
1572           <li>JPred3 web service</li>
1573           <li>Prototype sequence search client (no public services
1574             available yet)</li>
1575           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1576             PFAM</li>
1577           <li>URL Links created for matching database cross
1578             references as well as sequence ID</li>
1579           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1580         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1581         <ul>
1582           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1583             databases</li>
1584           <li>Generalised database reference retrieval and
1585             validation to all fetchable databases</li>
1586           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1587             sequence command</li>
1588         </ul> <em>Import and Export</em>
1589         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1590         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1591           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1592         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1593           File</li>
1594         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1595           triplet as name of colourscheme</li>
1596         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1597         <ul>
1598           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1599           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1600             alignments (experimental)</li>
1601           <li>Create new or select existing session to join</li>
1602           <li>load and save of vamsas documents</li>
1603         </ul> <em>Application command line</em>
1604         <ul>
1605           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1606             from applet)</li>
1607           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1608             of DAS servers to query for alignment features</li>
1609           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1610             that are also automatically queried for features</li>
1611           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1612             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1613         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1614         <ul>
1615           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1616             application (when using &quot;View in full
1617             application&quot;)</li>
1618         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1619         <ul>
1620           <li>feature group display control parameter</li>
1621           <li>debug parameter</li>
1622           <li>showbutton parameter</li>
1623         </ul> <em>Applet API methods</em>
1624         <ul>
1625           <li>newView public method</li>
1626           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1627           <li>Feature display control methods</li>
1628           <li>get list of currently selected sequences</li>
1629         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1630         <ul>
1631           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1632           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1633             Jalview release.</li>
1634           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1635             property controls execution of obfuscator</li>
1636           <li>Build target for generating source distribution</li>
1637           <li>Debug flag for javacc</li>
1638           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1639             jalview.bin.Cache</li>
1640           <li>Continuous Build Integration for stable and
1641             development version of Application, Applet and source
1642             distribution</li>
1643         </ul></td>
1644       <td>
1645         <ul>
1646           <li>selected region output includes visible annotations
1647             (for certain formats)</li>
1648           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1649             for editing</li>
1650           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1651           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1652           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1653           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1654             comments</li>
1655           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1656             filenames containing a ':'</li>
1657           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1658             global sequence features</li>
1659           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1660             references from alignment sequences goes to zero</li>
1661           <li>Close of tree branch colour box without colour
1662             selection causes cascading exceptions</li>
1663           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1664           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1665             file parsing fails.</li>
1666           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1667           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1668             not a valid output format</li>
1669           <li>Uniprot canonical names introduced for both das and
1670             vamsas</li>
1671           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1672           <li>error messages passed up and output when data read
1673             fails</li>
1674           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1675             sequence is edited</li>
1676           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1677             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1678           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1679             filetype</li>
1680           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1681             import fixed for PFAM records</li>
1682           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1683             window list</li>
1684           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1685             can be read and written correctly to annotation file</li>
1686           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1687             correctly</li>
1688           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1689             non-italic font for representatives in Applet</li>
1690           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1691             Macs.</li>
1692           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1693             Applet)</li>
1694           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1695             due to null pointer exceptions</li>
1696           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1697             first column of alignment</li>
1698           <li>Uniprot XML import updated for new schema release in
1699             July 2008</li>
1700           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1701             file is case-insensitive</li>
1702           <li>Sequence features read from Features file appended to
1703             all sequences with matching IDs</li>
1704           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1705             containing a sub-sequence</li>
1706           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1707           <li>feature and annotation file applet parameters
1708             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1709           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1710           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1711             splash-screen version check to complete</li>
1712           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1713             when passing them to the launchApp service</li>
1714           <li>display name and local features preserved in results
1715             retrieved from web service</li>
1716           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1717             sequence fetcher initialisation</li>
1718           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1719             dasobert DAS client</li>
1720           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1721             association</li>
1722           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1723             sequences
1724           </li>
1725         </ul>
1726       </td>
1727     </tr>
1728     <tr>
1729       <td>
1730         <div align="center">
1731           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1732         </div>
1733       </td>
1734       <td>
1735         <ul>
1736           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1737           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1738           <li>Slide sequences</li>
1739           <li>Edit sequence in place</li>
1740           <li>EMBL CDS features</li>
1741           <li>DAS Feature mapping</li>
1742           <li>Feature ordering</li>
1743           <li>Alignment Properties</li>
1744           <li>Annotation Scores</li>
1745           <li>Sort by scores</li>
1746           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1747         </ul>
1748       </td>
1749       <td>
1750         <ul>
1751           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1752           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1753           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1754           <li>Feature group display state in XML</li>
1755           <li>Feature ordering in XML</li>
1756           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1757           <li>Stockholm alignment properties</li>
1758           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1759           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1760           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1761           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1762         </ul>
1763       </td>
1764
1765     </tr>
1766     <tr>
1767       <td>
1768         <div align="center">
1769           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1770         </div>
1771       </td>
1772       <td>
1773         <ul>
1774           <li>Non standard characters can be read and displayed
1775           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1776             applet via textbox
1777           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1778             name &amp; description
1779           <li>Preference setting to display sequence name in
1780             italics
1781           <li>Annotation file format extended to allow
1782             Sequence_groups to be defined
1783           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1784             specified in preferences
1785           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1786             sequences
1787         </ul>
1788       </td>
1789       <td>
1790         <ul>
1791           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1792             installed
1793           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1794           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1795         </ul>
1796       </td>
1797     </tr>
1798     <tr>
1799       <td>
1800         <div align="center">
1801           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1802         </div>
1803       </td>
1804       <td>
1805         <ul>
1806           <li>Multiple views on alignment
1807           <li>Sequence feature editing
1808           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1809           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1810           <li>Background dependent text colour
1811           <li>Right align sequence ids
1812           <li>User-defined lower case residue colours
1813           <li>Format Menu
1814           <li>Select Menu
1815           <li>Menu item accelerator keys
1816           <li>Control-V pastes to current alignment
1817           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1818           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1819           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1820
1821
1822           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1823         </ul>
1824       </td>
1825       <td>
1826         <ul>
1827           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1828           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1829             calculations
1830           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1831             edits
1832           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1833             of alignment)
1834           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1835
1836
1837           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1838             display correctly
1839           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1840           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1841             analysis results
1842           <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by
1843             &#8739;
1844           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1845           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1846           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1847
1848
1849         </ul>
1850       </td>
1851     </tr>
1852     <tr>
1853       <td>
1854         <div align="center">
1855           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1856         </div>
1857       </td>
1858       <td>
1859         <ul>
1860           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1861         </ul>
1862       </td>
1863       <td>
1864         <ul>
1865           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1866             sequence id panel has been resized</li>
1867           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1868             rendered</li>
1869           <li>Annotation files with sequence references - all
1870             elements in file are relative to sequence position</li>
1871           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1872         </ul>
1873       </td>
1874     </tr>
1875     <tr>
1876       <td>
1877         <div align="center">
1878           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1879         </div>
1880       </td>
1881       <td>
1882         <ul>
1883           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1884           <li>DAS Feature fetching</li>
1885           <li>Hide sequences and columns</li>
1886           <li>Export Annotations and Features</li>
1887           <li>GFF file reading / writing</li>
1888           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1889             files</li>
1890           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1891           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1892           <li>Applet can launch the full application</li>
1893           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1894             required)</li>
1895           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1896           <li>Applet can load sequences from parameter
1897             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1898           </li>
1899         </ul>
1900       </td>
1901       <td>
1902         <ul>
1903           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1904           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1905           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1906         </ul>
1907       </td>
1908     </tr>
1909     <tr>
1910       <td>
1911         <div align="center">
1912           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1913         </div>
1914       </td>
1915       <td>
1916         <ul>
1917           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1918           <li>Choose to match case when searching</li>
1919           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1920             expand the visible width and height of the alignment</li>
1921         </ul>
1922       </td>
1923       <td>
1924         <ul>
1925           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1926         </ul>
1927       </td>
1928     </tr>
1929     <tr>
1930       <td>
1931         <div align="center">
1932           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1933         </div>
1934       </td>
1935       <td>&nbsp;</td>
1936       <td>
1937         <ul>
1938           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1939           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1940             value</li>
1941         </ul>
1942       </td>
1943     </tr>
1944     <tr>
1945       <td>
1946         <div align="center">
1947           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1948         </div>
1949       </td>
1950       <td>
1951         <ul>
1952           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1953           <li>Keyboard editing</li>
1954           <li>Create sequence features from searches</li>
1955           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1956             alignments</li>
1957           <li>Features file allows grouping of features</li>
1958           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1959           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1960           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1961         </ul>
1962       </td>
1963       <td>
1964         <ul>
1965           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
1966           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
1967             descriptions saved.</li>
1968         </ul>
1969       </td>
1970     </tr>
1971     <tr>
1972       <td>
1973         <div align="center">
1974           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
1975         </div>
1976       </td>
1977       <td>
1978         <ul>
1979           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
1980           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
1981           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
1982             name for file output</li>
1983           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
1984           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
1985             used for HTML form input</li>
1986         </ul>
1987       </td>
1988       <td>
1989         <ul>
1990           <li>HTML output writes groups and features</li>
1991           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
1992           <li>File IO bugs</li>
1993         </ul>
1994       </td>
1995     </tr>
1996     <tr>
1997       <td>
1998         <div align="center">
1999           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2000         </div>
2001       </td>
2002       <td>
2003         <ul>
2004           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2005           <li>More options for PCA viewer</li>
2006         </ul>
2007       </td>
2008       <td>
2009         <ul>
2010           <li>GUI bugs resolved</li>
2011           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2012         </ul>
2013       </td>
2014     </tr>
2015     <tr>
2016       <td height="63">
2017         <div align="center">
2018           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2019         </div>
2020       </td>
2021       <td>
2022         <ul>
2023           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2024           <li>Jar files are executable</li>
2025           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2026         </ul>
2027       </td>
2028       <td>
2029         <ul>
2030           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2031           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2032           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2033         </ul>
2034       </td>
2035     </tr>
2036     <tr>
2037       <td>
2038         <div align="center">
2039           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2040         </div>
2041       </td>
2042       <td>
2043         <ul>
2044           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2045         </ul>
2046       </td>
2047       <td>
2048         <ul>
2049           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2050         </ul>
2051       </td>
2052     </tr>
2053     <tr>
2054       <td>
2055         <div align="center">
2056           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2057         </div>
2058       </td>
2059       <td>
2060         <ul>
2061           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2062             size</li>
2063         </ul>
2064       </td>
2065       <td>
2066         <ul>
2067           <li>Improved JPred client reliability</li>
2068           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2069         </ul>
2070       </td>
2071     </tr>
2072     <tr>
2073       <td>
2074         <div align="center">
2075           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2076         </div>
2077       </td>
2078       <td>
2079         <ul>
2080           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2081           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2082           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2083             to Colour Menu</li>
2084           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2085           <li>Unix users can set default web browser</li>
2086           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2087           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2088         </ul>
2089       </td>
2090       <td>
2091         <ul>
2092           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2093         </ul>
2094       </td>
2095     </tr>
2096     <tr>
2097       <td>
2098         <div align="center">
2099           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2100         </div>
2101       </td>
2102       <td>&nbsp;</td>
2103       <td>
2104         <ul>
2105           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2106             alignment order.</li>
2107         </ul>
2108       </td>
2109     </tr>
2110     <tr>
2111       <td>
2112         <div align="center">
2113           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2114         </div>
2115       </td>
2116       <td>
2117         <ul>
2118           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2119           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2120           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2121             annotations.</li>
2122           <li>Version and build date written to build properties
2123             file.</li>
2124           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2125             at launch of Jalview.</li>
2126         </ul>
2127       </td>
2128       <td>
2129         <ul>
2130           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2131           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2132           <li>Can remove groups one by one.</li>
2133           <li>Filechooser icons installed.</li>
2134           <li>Finder ignores return character when searching.
2135             Return key will initiate a search.<br>
2136           </li>
2137         </ul>
2138       </td>
2139     </tr>
2140     <tr>
2141       <td>
2142         <div align="center">
2143           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2144         </div>
2145       </td>
2146       <td>
2147         <ul>
2148           <li>New codebase</li>
2149         </ul>
2150       </td>
2151       <td>&nbsp;</td>
2152     </tr>
2153   </table>
2154   <p>&nbsp;</p>
2155 </body>
2156 </html>