help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  94       </td>
  95       <td><div align="left">
  96           <em></em>
  97           <ul>
  98             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
  99             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 100             </li>
 101             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 104             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 105             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 106             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 107             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 108           </ul>
 109       </td>
 110     </tr>
 111     <tr>
 112       <td width="60" nowrap>
 113         <div align="center">
 114           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 115             <em>2/10/2017</em></strong>
 116         </div>
 117       </td>
 118       <td><div align="left">
 119           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 120           <ul>
 121             <li>
 122               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 123             </li>
 124             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 125             </li>
 126           </ul>
 127         </div></td>
 128       <td><div align="left">
 129         </div></td>
 130     </tr>
 131     <tr>
 132       <td width="60" nowrap>
 133         <div align="center">
 134           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 135             <em>7/9/2017</em></strong>
 136         </div>
 137       </td>
 138       <td><div align="left">
 139           <em></em>
 140           <ul>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 143               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 144               white)
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 148               Preferences
 149             </li>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 152               in size and progress bar shown as higher resolution
 153               overview is recalculated
 154             </li>
 155
 156           </ul>
 157         </div></td>
 158       <td><div align="left">
 159           <em></em>
 160           <ul>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 163               column region row by row
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 167               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 171               format setting is unticked
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 175               if group has show boxes format setting unticked
 176             </li>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 179               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 180               include sequences and columns not currently displayed
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 184               assemblies are imported via CIF file
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 188               displayed when threshold or conservation colouring is also
 189               enabled.
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 193               server version
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 197               dragging a selected region off the visible region of the
 198               alignment
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 202               colourscheme to all groups in a view
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 206               initially after font size change using the Font chooser or
 207               middle-mouse zoom
 208             </li>
 209           </ul>
 210         </div></td>
 211     </tr>
 212     <tr>
 213       <td width="60" nowrap>
 214         <div align="center">
 215           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 216         </div>
 217       </td>
 218       <td><div align="left">
 219           <em>Calculations</em>
 220           <ul>
 221
 222             <li>
 223               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 224               ungapped positions in each column of the alignment.
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 228               a calculation dialog box
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 232               and memory efficiency (~30x faster)
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 236               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 237               and other calculations
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 241               files within the Jalview codebase
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 245               Similarity may have different topology due to increased
 246               precision
 247             </li>
 248           </ul>
 249           <em>Rendering</em>
 250           <ul>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 253               model for alignments and groups
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 257               scripts
 258             </li>
 259           </ul>
 260           <em>Overview</em>
 261           <ul>
 262             <li>
 263               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 264               with alignment and overview windows
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 268               overview
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 272               omitted in Overview
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 276               adjustment of visible position
 277             </li>
 278           </ul>
 279
 280           <em>Data import/export</em>
 281           <ul>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 284               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 288               annotation input/output via stockholm flatfile
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 292               extension when importing structure files without embedded
 293               names or PDB accessions
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 297               format sequence substitution matrices
 298             </li>
 299           </ul>
 300           <em>User Interface</em>
 301           <ul>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 304               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 305               the application.
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 309               via Overview or sequence motif search operations
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 313               opened by double clicking gaps within sequence feature
 314               extent
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 318               aligned positions were available to create a 3D structure
 319               superposition.
 320             </li>
 321           </ul>
 322           <em>3D Structure</em>
 323           <ul>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 326               coloured in linked structure views
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 330               file-based command exchange
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 334               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 335               structures are already available for sequences
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 339               the Jalview project rather than downloaded again when the
 340               project is reopened.
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 344               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 345               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 346                 Feature</strong>)
 347             </li>
 348           </ul>
 349           <em>Web Services</em>
 350           <ul>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 356               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 357               Analysis services
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 361               cross-references provided by identifiers.org and the
 362               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 363             </li>
 364           </ul>
 365
 366           <em>Scripting</em>
 367           <ul>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 370               identifying file formats (instead of String constants)
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 374               efficiency when counting all displayed features (not
 375               backwards compatible with 2.10.1)
 376             </li>
 377           </ul>
 378           <em>Example files</em>
 379           <ul>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 382               included in the example feature file
 383             </li>
 384           </ul>
 385           <em>Documentation</em>
 386           <ul>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 389               with the built-in Java help viewer
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 393               sequence description' option
 394             </li>
 395           </ul>
 396           <em>Test Suite</em>
 397           <ul>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 400               Uniprot REST Free Text Search Client
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 407               during tests
 408             </li>
 409           </ul>
 410         </div></td>
 411       <td><div align="left">
 412           <em>Calculations</em>
 413           <ul>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 416               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 417               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 418             </li>
 419             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 420               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 421               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 422               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 423               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 424               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 425               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 426               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 427               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 428               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 429               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 430               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 431               // for 2.10.1 mode <br />
 432               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 433               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 434                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 435                 calculations (not recommended)</em></li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 438               scaling of branch lengths for trees computed using
 439               Sequence Feature Similarity.
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 443               generating output report when working with highly
 444               redundant alignments
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 448               right of selected region when gaps present on right-hand
 449               boundary
 450             </li>
 451           </ul>
 452           <em>User Interface</em>
 453           <ul>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 456               doesn't reselect a specific sequence's associated
 457               annotation after it was used for colouring a view
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 461               opened on a region of alignment without groups
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 465               of an alignment with overlapping groups
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 469               name and description match
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 473               hidden regions results in incorrect hidden regions
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 477               changing colour does not apply Conservation slider value
 478               to all groups
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 482               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 486               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 490               gaps before start of features
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 494               restored to UI when feature colour is edited
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 498               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 502               as graduate feature colour settings are modified via the
 503               dialog box
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 507               when a group defined on the alignment is resized
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 511               wrapped view result in positional status updates
 512             </li>
 513
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 516               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 520               alignment included gapped columns
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 524               widgets don't permanently disappear
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 528               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 529               T-Coffee column reliability scores)
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 533               sequence feature on gaps only
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 537               button from a Find inherit previously defined feature type
 538               rather than the Find query string
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 542               exporting tree calculated in Jalview
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 546               and then revealing them reorders sequences on the
 547               alignment
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 551               doesn't update to reflect available set of groups after
 552               interactively adding or modifying features
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 556               Linux
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 560               only excluded gaps in current sequence and ignored
 561               selection.
 562             </li>
 563           </ul>
 564           <em>Rendering</em>
 565           <ul>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 568               erratically when hidden rows or columns are present
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 572               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 573               sequence colouring
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 577               colour and group colour menu for protein alignments
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 581               reflect currently selected view or group's shading
 582               thresholds
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 586               when rendered on overview and structures when opacity at
 587               100%
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 591               overview when features overlaid on alignment
 592             </li>
 593           </ul>
 594           <em>Data import/export</em>
 595           <ul>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 598               load
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 602               added after a sequence was imported are not written to
 603               Stockholm File
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 607               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 611               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 615               with lightGray or darkGray via features file (but can
 616               specify lightgray)
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 620               when alignment view imported from project
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 624               structure and sequences extracted from structure files
 625               imported via URL and viewed in Jmol
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 629               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 630               the project is loaded and the structure viewed
 631             </li>
 632           </ul>
 633           <em>Web Services</em>
 634           <ul>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 637               release of Ensembl v.88
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 641               appear enabled in Preferences->Connections
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 645               removed from console output
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 649               Ensembl by Peptide ID
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 653               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 654               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 655               due to 'null' string rather than empty string used for
 656               residues with no corresponding PDB mapping).
 657             </li>
 658           </ul>
 659           <em>Application UI</em>
 660           <ul>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 663               menu
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 667               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 668               new documentation and tooltips added)
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 672               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 676               new features are added to alignment
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 680               changes to feature colours via the Amend features dialog
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 684               edit graduated feature colour via amend features dialog
 685               box
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 689               selection menu changes colours of alignment views
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 693               from alignment calculation workers after alignment has
 694               been closed
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 698               groups now 'Create Group'
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 702               Create/Undefine group doesn't always work
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 706               shown again after pressing 'Cancel'
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 710               adjusts start position in wrap mode
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 714               ambiguous amino acids
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 718               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 719               proteins
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 723               Defined' don't appear in Colours menu
 724             </li>
 725           </ul>
 726           <em>Applet</em>
 727           <ul>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 730               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 734               overview or linked structure view
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 738               work (since 2.8)
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 742               user-defined colourscheme doesn't restore original
 743               colourscheme
 744             </li>
 745           </ul>
 746           <em>Test Suite</em>
 747           <ul>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 750               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 754               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 755               problems with deep array comparison equality asserts in
 756               successive versions of TestNG
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 760               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 761             </li>
 762           </ul>
 763           <em>New Known Issues</em>
 764           <ul>
 765             <li>
 766               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 767               phase after a sequence motif find operation
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 771               containing just upper and lower case letters are
 772               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 776               reliably from eggnog Ortholog database
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 780               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 781               to mark columns containing highlighted regions.
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 785               doesn't always add secondary structure annotation.
 786             </li>
 787           </ul>
 788         </div>
 789     <tr>
 790       <td width="60" nowrap>
 791         <div align="center">
 792           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 793         </div>
 794       </td>
 795       <td><div align="left">
 796           <em>General</em>
 797           <ul>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 800               for all consensus calculations
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 804               3rd Oct 2016)
 805             </li>
 806             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 807               for 2016-2017</li>
 808           </ul>
 809           <em>Application</em>
 810           <ul>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 813               set of database cross-references, sorted alphabetically
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 817               from database cross references. Users with custom links
 818               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 819                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 823               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 824               Chimera session
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 828               the Chimera it is connected to is shut down
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 832               columns menu item to mark columns containing highlighted
 833               regions (e.g. from structure selections or results of a
 834               Find operation)
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 838               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 839               MSAviewer
 840             </li>
 841           </ul>
 842         </div></td>
 843       <td>
 844         <div align="left">
 845           <em>General</em>
 846           <ul>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 849               are not coloured or thresholded according to percent
 850               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 854               hydrophobic
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 858               threshold, amino acid properties)
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 862               reported as mapped to residues in a structure file in the
 863               View Mapping report
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 867               could be added multiple times to a sequence
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 871               bond features shown as two highlighted residues rather
 872               than a range in linked structure views, and treated
 873               correctly when selecting and computing trees from features
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 877               cross-references are matched to database name regardless
 878               of case
 879             </li>
 880
 881           </ul>
 882           <em>Application</em>
 883           <ul>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 886               names without regular expressions also offer links from
 887               Sequence ID
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 891               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 892               update Jalview configuration
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 896               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 900               files with similarly named sequences if dropped onto the
 901               alignment
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 905               entries where more chains exist in the PDB accession than
 906               are reported in the SIFTS file
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 910               the structure view when displayed with Chimera
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 914               panel's View->Show Chains submenu
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 918               work for wrapped alignment views
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 922               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 926               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 927               first annotation row
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 931               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 935               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 936             </li>
 937             <!-- JAL-2319 -->
 938             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 939             coordindate data
 940             </li>
 941           </ul>
 942           <!--           <em>New Known Issues</em>
 943           <ul>
 944             <li></li>
 945           </ul> -->
 946         </div>
 947       </td>
 948     </tr>
 949     <td width="60" nowrap>
 950       <div align="center">
 951         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 952           <em>25/10/2016</em></strong>
 953       </div>
 954     </td>
 955     <td><em>Application</em>
 956       <ul>
 957         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 958           view if structures already loaded</li>
 959         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 960           structure views</li>
 961       </ul></td>
 962     <td>
 963       <div align="left">
 964         <em>General</em>
 965         <ul>
 966           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 967             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 968           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 969             example sequences/projects/trees</li>
 970         </ul>
 971         <em>Application</em>
 972         <ul>
 973           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 974             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 975           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 976             without timeout for structures with multiple models or
 977             multiple sequences in alignment</li>
 978           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 979             PDB ID HEADER line</li>
 980           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 981             is performed</li>
 982           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 983             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 984           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 985           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 986             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 987             option</li>
 988           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 989             is created on the alignment</li>
 990           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 991             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 992             pop-up menu</li>
 993         </ul>
 994         <em>Build and deployment</em>
 995         <ul>
 996           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 997             tags</li>
 998         </ul>
 999         <em>New Known Issues</em>
1000         <ul>
1001           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1002             on Windows</li>
1003         </ul>
1004       </div>
1005     </td>
1006     </tr>
1007     <tr>
1008       <td width="60" nowrap>
1009         <div align="center">
1010           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1011         </div>
1012       </td>
1013       <td><em>General</em>
1014         <ul>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1020             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1021             better PDB parsing.
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1025             reference sequence
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1029             mousing over sequence associated annotation
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1033             for manual entry
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1037             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1038             for each column
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1042             showing or hiding columns containing a feature
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1046             group and sequence associated annotation labels
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1050             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1051             dialogs
1052           </li>
1053
1054         </ul> <em>Application</em>
1055         <ul>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1058             gene/transcript view
1059           </li>
1060           <li>
1061             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1062             dialog
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1066             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1070             Pfam sources to xfam.org
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1074           </li>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1077             over sequences in Jalview
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1081             regions in ENA and EMBL
1082           </li>
1083           <li>
1084             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1085             for record retrieval via ENA rest API
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1089             complement operator
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1093             groovy script execution
1094           </li>
1095           <li>
1096             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1097             alignment window's Calculate menu
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1101             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1105             calculation workers from groovy scripts
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1109             Jalview projects
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1113             associations are now saved/restored from project
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1117             before sequence fetcher is opened
1118           </li>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1121             database chooser opens a sequence fetcher
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1125             the UniProt REST API
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1129             the news reader opening
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1133             querying stored in preferences
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1137             search results
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1144             menu for nucleotide sequences
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1148             and feature counts preserves alignment ordering (and
1149             debugged for complex feature sets).
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1153             viewing structures with Jalview 2.10
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1157             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1158             Ensembl Genomes REST API
1159           </li>
1160           <li>
1161             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1162             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1163             (Ensembl)
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1167             sequences
1168           </li>
1169           <li>
1170             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1171             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1172             data from external database records.
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1176             efficient recovery of sequence coding and alignment
1177             annotation relationships.
1178           </li>
1179         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1180         <ul>
1181           <li>
1182             -- JAL---
1183           </li>
1184         </ul> --></td>
1185       <td>
1186         <div align="left">
1187           <em>General</em>
1188           <ul>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1191               menu on OSX
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1195               includes graduated colourschemes
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1199               working with big alignments and lots of hidden columns
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1203               at right of alignment window
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1207               contents
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1211               for DNA alignments
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1215               based tree calculation
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1219               unconserved enabled for group on alignment
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1223               set as reference
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1227               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1228               annotation
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1232               hidden columns present
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1236               user created annotation added to alignment
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1240               '()' base pair annotation
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1244               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1245               Consensus
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1249               feature not working
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1253               beginning of sequence
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1257               entry 3a6s
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1261               from a tree when t-coffee scores are shown
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1265               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1269               some structures
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1273               to Clustal, PIR and PileUp output
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1277               not visible causes alignment window to repaint
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1281               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1282               scores associated with features and annotation rows
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1286               calculation should be case independent
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1290               columns
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1294               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1295               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1299               problems when reference sequence defined and 'show
1300               non-conserved' enabled
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1304               load even when Consensus calculation is disabled
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1308               alignment does nothing
1309             </li>
1310           </ul>
1311           <em>Application</em>
1312           <ul>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1315               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1316               yet fixed for El Capitan)
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1320               output when running on non-gb/us i18n platforms
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1324               hidden sequences as flat-file alignment
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1328               launching Chimera
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1332               (also hotfix for 2.9.0b2)
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1336               reference sequence defined
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1340               alignments and views when revealing hidden columns
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1344               view in a cDNA/Protein splitframe
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1348               sequence from project when only one sequence is
1349               represented
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1353               in Structure Chooser
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1357               structure consensus didn't refresh annotation panel
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1361               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1365               dialogs format columns correctly, don't display array
1366               data, sort columns according to type
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1370               file chooser is cancelled during an image export
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1374               sequence name containing special characters
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1378               case insensitive
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1382               formatting don't wrap
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1386               truncated so L looks like I in consensus annotation
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1390               currently displayed features for the current selection or
1391               view
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1395               after fetching cross-references, and restoring from
1396               project
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1400               followed in the structure viewer
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1404               splitframe not restored from project
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1408               trailing end of protein alignment in transcript/product
1409               splitview when pad-gaps not enabled by default
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1413               is case dependent
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1417               article has been read (reopened issue due to
1418               internationalisation problems)
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1422               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1423               cross-references
1424             </li>
1425
1426             <li>
1427               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1428               alignment as HTML
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1432               multiple structures are shown for one or more sequences.
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1436               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1437               is enabled.
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1441               specific PDB id for sequence
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1445               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1446               columns' is disabled.
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1450               selects lowest rather than highest resolution structures
1451               for each sequence
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1455               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1459               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1463               after clicking on it to create new annotation for a
1464               column.
1465             </li>
1466             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1467             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1468           </ul>
1469           <em>Applet</em>
1470           <ul>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1473               hidden columns present before start of sequence
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1477               (JSON jars)
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1481               sequences are hidden in applet
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1485               deployment on examples pages.
1486             </li>
1487           </ul>
1488         </div>
1489       </td>
1490     </tr>
1491     <tr>
1492       <td width="60" nowrap>
1493         <div align="center">
1494           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1495             <em>16/10/2015</em></strong>
1496         </div>
1497       </td>
1498       <td><em>General</em>
1499         <ul>
1500           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1501             jars</li>
1502         </ul></td>
1503       <td>
1504         <div align="left">
1505           <em>Application</em>
1506           <ul>
1507             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1508               shown when tree is partitioned</li>
1509             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1510               multiple cDNA/Protein split views</li>
1511           </ul>
1512         </div>
1513       </td>
1514     </tr>
1515     <tr>
1516       <td width="60" nowrap>
1517         <div align="center">
1518           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1519             <em>8/10/2015</em></strong>
1520         </div>
1521       </td>
1522       <td><em>General</em>
1523         <ul>
1524           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1525             2.9</li>
1526         </ul> <em>Application</em>
1527         <ul>
1528           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1529           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1530           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1531         </ul> <em>Applet</em>
1532         <ul>
1533           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1534         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1535         <ul>
1536           <li>
1537             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1538             suite
1539           </li>
1540         </ul></td>
1541       <td>
1542         <div align="left">
1543           <em>General</em>
1544           <ul>
1545             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1546               incorrect when sequence start > 1</li>
1547             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1548               documentation</li>
1549             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1550             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1551               loading a features file containing HTML tags in feature
1552               description</li>
1553
1554           </ul>
1555           <em>Application</em>
1556           <ul>
1557             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1558               reimport</li>
1559             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1560               with 'trim retrieved sequences'</li>
1561             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1562               deleting selected columns</li>
1563             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1564               JNLP templates for webstart launch</li>
1565             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1566               unreleased structures for download or viewing</li>
1567             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1568               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1569             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1570               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1571             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1572               recovered from jalview project</li>
1573             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1574               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1575               alignment view</li>
1576             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1577               color schemes from BioJSON</li>
1578           </ul>
1579           <em>Applet</em>
1580           <ul>
1581             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1582               frame</li>
1583             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1584           </ul>
1585         </div>
1586       </td>
1587     </tr>
1588     <tr>
1589       <td><div align="center">
1590           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1591         </div></td>
1592       <td><em>General</em>
1593         <ul>
1594           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1595             alignments:
1596             <ul>
1597               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1598                 and DNA alignment views</li>
1599               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1600                 cDNA alignment views</li>
1601               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1602                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1603               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1604                 protein sequences</li>
1605             </ul>
1606           </li>
1607           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1608           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1609             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1610           <li>New alignment annotation file statements for
1611             reference sequences and marking hidden columns</li>
1612           <li>Reference sequence based alignment shading to
1613             highlight variation</li>
1614           <li>Select or hide columns according to alignment
1615             annotation</li>
1616           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1617           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1618             acid conservation row</li>
1619           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1620         </ul> <em>Application</em>
1621         <ul>
1622           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1623             <ul>
1624               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1625                 view with cDNA/Protein</li>
1626               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1627                 sequences are placed in the same alignment</li>
1628               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1629                 projects</li>
1630             </ul>
1631           </li>
1632
1633           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1634           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1635             Jalview windows</li>
1636
1637           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1638           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1639           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1640             be shown in VARNA</li>
1641
1642           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1643             as the active selected region</li>
1644
1645           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1646             similarity</li>
1647           <li>New Export options
1648             <ul>
1649               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1650                 region export in flat file generation</li>
1651
1652               <li>Export alignment views for display with the <a
1653                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1654
1655               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1656               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1657                 alignment figures to HTML</li>
1658           </li>
1659           <li>3D structure retrieval and display
1660             <ul>
1661               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1662                 Search API</li>
1663               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1664                 PDB structures for a sequence set</li>
1665             </ul>
1666           </li>
1667
1668           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1669             predictions</li>
1670           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1671             for one or a group of sequences</li>
1672           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1673             from the JPred4 web server</li>
1674           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1675             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1676             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1677           </li>
1678           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1679             VARNA 2D Structure'</li>
1680           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1681             Structure ..."</li>
1682
1683         </ul> <em>Applet</em>
1684         <ul>
1685           <li>New layout for applet example pages</li>
1686           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1687             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1688           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1689             Protein alignments</li>
1690         </ul> <em>Development and deployment</em>
1691         <ul>
1692           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1693           <li>Include installation type and git revision in build
1694             properties and console log output</li>
1695           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1696             storing BioJsMSA Templates</li>
1697           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1698         </ul></td>
1699       <td>
1700         <!-- <em>General</em>
1701         <ul>
1702         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1703         <ul>
1704           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1705           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1706           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1707             predictions are not highlighted in amber</li>
1708           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1709             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1710           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1711             associated structure views</li>
1712           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1713             width checkbox not enabled</li>
1714           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1715             creating user defined colours</li>
1716           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1717             mappings for just that viewer's sequences</li>
1718           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1719             multiple models in Chimera</li>
1720           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1721             over Jmol structure</li>
1722           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1723             output to text box</li>
1724           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1725             have incorrect sequence start/end</li>
1726           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1727             Jalview fails</li>
1728           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1729             work for nucleotide</li>
1730           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1731             to a grey/invisible alignment window</li>
1732           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1733             imports to different position</li>
1734           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1735             on some platforms</li>
1736           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1737             populated</li>
1738           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1739             console if Chimera has been opened</li>
1740           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1741           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1742             retrieved</li>
1743           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1744           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1745             either sequence shows on first structure</li>
1746           <li>'Show annotations' options should not make
1747             non-positional annotations visible</li>
1748           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1749             in right place after 'view flanking regions'</li>
1750           <li>File Save As type unset when current file format is
1751             unknown</li>
1752           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1753             projects</li>
1754           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1755             responsive</li>
1756           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1757             several views on same alignment</li>
1758           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1759           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1760             spaces</li>
1761         </ul> <em>Applet</em>
1762         <ul>
1763           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1764           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1765             descriptions containing angle brackets</li>
1766         </ul> <em>General</em>
1767         <ul>
1768           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1769             via jalview annotation file</li>
1770           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1771             with RNA secondary structure</li>
1772           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1773             translation doesn't work.</li>
1774           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1775           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1776             positions</li>
1777           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1778             choosing 1pt font</li>
1779           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1780             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1781             'h'</li>
1782           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1783             new feature</li>
1784           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1785             order dependent</li>
1786           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1787             sequences</li>
1788           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1789         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1790         <ul>
1791           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1792             www.jalview.org</li>
1793         </ul> <em>Application Known issues</em>
1794         <ul>
1795           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1796           <li>Misleading message appears after trying to delete
1797             solid column.</li>
1798           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1799             version launches</li>
1800           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1801             fails with a sequence mismatch</li>
1802           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1803             scrolling alignment to right</li>
1804           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1805             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1806           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1807             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1808           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1809             ultra-high resolution</li>
1810           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1811             quality and conservation</li>
1812           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1813             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1814         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1815         <ul>
1816           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1817           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1818             window is being resized</li>
1819
1820         </ul>
1821       </td>
1822     </tr>
1823     <tr>
1824       <td><div align="center">
1825           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1826         </div></td>
1827       <td><em>General</em>
1828         <ul>
1829           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1830             Certum.PL.</li>
1831           <li>Features and annotation preserved when performing
1832             pairwise alignment</li>
1833           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1834             imported/exported/displayed</li>
1835           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1836             protein secondary structure</li>
1837           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1838               post-hoc with 2.9 release</em>)
1839           </li>
1840
1841         </ul> <em>Application</em>
1842         <ul>
1843           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1844             with 3D structures</li>
1845           <li>Support for parsing RNAML</li>
1846           <li>Annotations menu for layout
1847             <ul>
1848               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1849               <li>place sequence annotation above/below alignment
1850                 annotation</li>
1851             </ul>
1852           <li>Output in Stockholm format</li>
1853           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1854             translation</li>
1855           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1856           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1857             shared between alignments</li>
1858           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1859             Jalview</li>
1860           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1861             all or current selection</li>
1862           <li>disorder and secondary structure predictions
1863             available as dataset annotation</li>
1864           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1865
1866
1867           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1868             alignments from Rfam</li>
1869           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1870
1871           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1872             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1873           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1874           <li>include installation type in build properties and
1875             console log output</li>
1876           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1877             annotation</li>
1878         </ul></td>
1879       <td>
1880         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1881         <ul>
1882           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1883             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1884           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1885             alignment</li>
1886           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1887           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1888           <li>Double click on sequence associated annotation
1889             selects only first column</li>
1890           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1891             leaves shown in tree</li>
1892           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1893             properly</li>
1894           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1895           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1896             screen and buttons not visible</li>
1897           <li>author list isn't updated if already written to
1898             Jalview properties</li>
1899           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1900             from database</li>
1901           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1902           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1903             browser search window</li>
1904           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1905             in feature settings dialog</li>
1906           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1907             desktop</li>
1908           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1909             pass validation</li>
1910           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1911             fit on screen</li>
1912           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1913             tooltip</li>
1914           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1915             defined user preset</li>
1916           <li>MSA web services warns user if they were launched
1917             with invalid input</li>
1918           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1919             Java 8</li>
1920           <li>
1921             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1922             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1923             created
1924           </li>
1925
1926         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1927         <ul>
1928         </ul> <em>General</em>
1929         <ul>
1930         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1931         <ul>
1932           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1933             memory allocation</li>
1934           <li>launchApp service doesn't automatically open
1935             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1936           <li>
1937             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1938             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1939             1.7_055 is available
1940           </li>
1941         </ul> <em>Application Known issues</em>
1942         <ul>
1943           <li>
1944             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1945             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1946             alignment to right
1947           </li>
1948           <li>
1949             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1950             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1951             with large number of ID
1952           </li>
1953           <li>
1954             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1955             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1956             start/end
1957           </li>
1958           <li>
1959             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1960             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1961             structure tracks are rearranged
1962           </li>
1963           <li>
1964             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1965             invalid rna structure positional highlighting does not
1966             highlight position of invalid base pairs
1967           </li>
1968           <li>
1969             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1970             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1971             project from alignment window file menu
1972           </li>
1973           <li>
1974             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1975             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1976             structures
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1980             colour by RNA Helices not enabled when user created
1981             annotation added to alignment
1982           </li>
1983           <li>
1984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1985             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1986           </li>
1987         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1988         <ul>
1989           <li>
1990             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1991             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1992           </li>
1993           <li>
1994             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1995             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1996           </li>
1997
1998           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1999             when selected</li>
2000         </ul>
2001       </td>
2002     </tr>
2003     <tr>
2004       <td><div align="center">
2005           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2006         </div></td>
2007       <td>
2008         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2009         <em>General</em>
2010         <ul>
2011           <li>Internationalisation of user interface (usually
2012             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2013           <li>Define/Undefine group on current selection with
2014             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2015           <li>Improved group creation/removal options in
2016             alignment/sequence Popup menu</li>
2017           <li>Sensible precision for symbol distribution
2018             percentages shown in logo tooltip.</li>
2019           <li>Annotation panel height set according to amount of
2020             annotation when alignment first opened</li>
2021         </ul> <em>Application</em>
2022         <ul>
2023           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2024             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2025           <li>Select columns containing particular features from
2026             Feature Settings dialog</li>
2027           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2028             sequences</li>
2029           <li>Update Jalview project format:
2030             <ul>
2031               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2032               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2033                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2034               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2035                 colouring</li>
2036             </ul>
2037           </li>
2038           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2039             (PAM250)</li>
2040           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2041             flanking regions for an alignment</li>
2042         </ul>
2043       </td>
2044       <td>
2045         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2046         <ul>
2047           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2048             running after job is cancelled</li>
2049           <li>cannot export features from alignments imported from
2050             Jalview/VAMSAS projects</li>
2051           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2052             float values</li>
2053           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2054             have 'display all symbols' flag set</li>
2055           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2056             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2057           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2058             Jalview</li>
2059           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2060             Lion/Webstart</li>
2061           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2062           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2063           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2064             alignment onto desktop</li>
2065           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2066             'extract scores' function</li>
2067           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2068             alignment window</li>
2069           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2070             performing IUPred disorder prediction</li>
2071           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2072             changing 'normalise logo' display setting</li>
2073           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2074             nothing matches query</li>
2075           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2076             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2077           </li>
2078           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2079             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2080           </li>
2081           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2082             Jalview's menu</li>
2083           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2084             'invalid literal/length code'</li>
2085           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2086             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2087           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2088             colourscheme</li>
2089
2090         </ul> <em>Applet</em>
2091         <ul>
2092           <li>Remove group option is shown even when selection is
2093             not a group</li>
2094           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2095             don't affect groups</li>
2096           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2097             colourscheme name</li>
2098           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2099             Annotation panel is not displayed</li>
2100           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2101             embedded windows</li>
2102         </ul> <em>Other</em>
2103         <ul>
2104           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2105             single sequence were not calculated</li>
2106           <li>annotation files that contain only groups imported as
2107             annotation and junk sequences</li>
2108           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2109             recognised as PFAM or BLC</li>
2110           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2111             doesn't affect background (2.8.0b1)
2112           <li></li>
2113           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2114           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2115             trailing gaps</li>
2116           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2117             registered correctly on import</li>
2118           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2119             certain alignments</li>
2120           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2121             existing annotation based 'use original colours'
2122             colourscheme loses original colours setting</li>
2123         </ul>
2124       </td>
2125     </tr>
2126     <tr>
2127       <td><div align="center">
2128           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2129             <em>30/1/2014</em></strong>
2130         </div></td>
2131       <td>
2132         <ul>
2133           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2134             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2135             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2136             open source project).
2137           </li>
2138           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2139           <li>Output in Stockholm format</li>
2140           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2141           <li>Export/import group and sequence associated line
2142             graph thresholds</li>
2143           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2144             ambiguity codes</li>
2145           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2146             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2147             works</li>
2148           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2149         </ul> <em>Other improvements</em>
2150         <ul>
2151           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2152           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2153             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2154           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2155             files</li>
2156           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2157           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2158             link but no description</li>
2159           <li>Select primary source when selecting authority in
2160             database fetcher GUI</li>
2161           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2162             Jalview</li>
2163           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2164         </ul>
2165       </td>
2166       <td>
2167         <ul>
2168           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2169             displayed</li>
2170           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2171             secondary structure annotation line</li>
2172           <li>Sequence database accessions not imported when
2173             fetching alignments from Rfam</li>
2174           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2175             identical IDs</li>
2176           <li>View all structures does not always superpose
2177             structures</li>
2178           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2179             reflect user or preset settings</li>
2180           <li>Null pointer exceptions for some services without
2181             presets or adjustable parameters</li>
2182           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2183             discover PDB xRefs</li>
2184           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2185             features with DAS</li>
2186           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2187             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2188           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2189             residue follows a gap</li>
2190           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2191             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2192           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2193             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2194           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2195             annotation already exists on alignment</li>
2196           <li>oninit javascript function should be called after
2197             initialisation completes</li>
2198           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2199             alignment window display</li>
2200           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2201           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2202             to annotation file</li>
2203           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2204             groups created</li>
2205           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2206             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2207           <li>Pressing return several times causes Number Format
2208             exceptions in keyboard mode</li>
2209           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2210             correct partitions for input data</li>
2211           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2212           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2213           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2214           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2215             mode</li>
2216           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2217             changes one row&#39;s threshold</li>
2218           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2219             doesn&#39;t open</li>
2220           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2221             quality histograms</li>
2222         </ul>
2223       </td>
2224     </tr>
2225     <tr>
2226       <td><div align="center">
2227           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2228         </div></td>
2229       <td><em>Application</em>
2230         <ul>
2231           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2232             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2233           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2234             preferences</li>
2235           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2236             in Jalview alignment window</li>
2237           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2238             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2239           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2240             RNA and ambiguity codes</li>
2241
2242           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2243           <li>Support fetching and database reference look up
2244             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2245             refs')</li>
2246           <li>Jalview project improvements
2247             <ul>
2248               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2249                 flag for annotation</li>
2250               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2251                 alignment</li>
2252               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2253                 Jalview project</li>
2254
2255             </ul>
2256           </li>
2257           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2258           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2259             running</li>
2260           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2261           <li>visual indication that web service results are still
2262             being retrieved from server</li>
2263           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2264             starts up for first time</li>
2265           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2266             services</li>
2267           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2268             client library</li>
2269           <li>Examples directory and Groovy library included in
2270             InstallAnywhere distribution</li>
2271         </ul> <em>Applet</em>
2272         <ul>
2273           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2274             visualization applet example</li>
2275         </ul> <em>General</em>
2276         <ul>
2277           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2278           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2279             defaults</li>
2280           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2281             calculation</li>
2282           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2283             matrices
2284           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2285             in HTML</li>
2286           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2287             structure contacts</li>
2288           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2289           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2290           <li>Parse sequence associated secondary structure
2291             information in Stockholm files</li>
2292           <li>HTML Export database accessions and annotation
2293             information presented in tooltip for sequences</li>
2294           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2295             style RNA alignment files</li>
2296           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2297             alignment</li>
2298           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2299             shade each sequence according to its associated alignment
2300             annotation</li>
2301           <li>New Jalview Logo</li>
2302         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2303         <ul>
2304           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2305           <li>New Website!</li>
2306         </ul></td>
2307       <td><em>Application</em>
2308         <ul>
2309           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2310             wsdbfetch REST service</li>
2311           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2312           <li>Filetype associations not installed for webstart
2313             launch</li>
2314           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2315             job execution in full once it is complete</li>
2316           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2317             uploaded via ali_file parameter</li>
2318           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2319           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2320           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2321             submitted for prediction</li>
2322           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2323             desktop window</li>
2324           <li>Putting fractional value into integer text box in
2325             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2326           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2327             windows 7</li>
2328           <li>View all structures fails with exception shown in
2329             structure view</li>
2330           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2331             escaped in a platform independent way</li>
2332           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2333             using proxy</li>
2334           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2335             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2336           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2337             failure when java web start temporary file caching is
2338             disabled</li>
2339           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2340             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2341           <li>Errors during processing of command line arguments
2342             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2343           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2344             DAS sources in sequence fetcher</li>
2345           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2346             dialog is shown</li>
2347           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2348           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2349           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2350           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2351             on OSX Mountain Lion</li>
2352           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2353             sequences with alignment annotation are pasted into the
2354             alignment</li>
2355           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2356             when loaded from Jalview project</li>
2357           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2358           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2359             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2360           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2361             associated with all views</li>
2362           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2363             annotation rows to new window</li>
2364         </ul> <em>Applet</em>
2365         <ul>
2366           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2367             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2368           <li>loading features via javascript API automatically
2369             enables feature display</li>
2370           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2371             work</li>
2372         </ul> <em>General</em>
2373         <ul>
2374           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2375           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2376             and then deselected</li>
2377           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2378           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2379             coloured with clustalx</li>
2380           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2381             exceptions and redraw errors</li>
2382           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2383             reconfigured view</li>
2384           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2385             colour</li>
2386           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2387             for lots of labels</li>
2388         </ul>
2389     </tr>
2390     <tr>
2391       <td>
2392         <div align="center">
2393           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2394         </div>
2395       </td>
2396       <td><em>Application</em>
2397         <ul>
2398           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2399           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2400           <li>View/alignment association menu to enable user to
2401             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2402             its colours/correspondences from</li>
2403           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2404           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2405             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2406           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2407           <li>Annotation row column label formatting attributes
2408             stored in project file</li>
2409           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2410             rows preserved in Jalview project file</li>
2411           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2412             saved using Desktop window menu</li>
2413           <li>Visual indication that command line arguments are
2414             still being processed</li>
2415           <li>Groovy script execution from URL</li>
2416           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2417             preferences</li>
2418           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2419             alignment with sequences that have high similarity and
2420             matching IDs</li>
2421           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2422           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2423             structures in same window</li>
2424           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2425           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2426             analysis function in its own submenu</li>
2427         </ul> <em>Applet</em>
2428         <ul>
2429           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2430             groups</li>
2431           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2432           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2433           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2434           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2435           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2436             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2437           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2438           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2439             parameters are treated as such</li>
2440           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2441             <ul>
2442               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2443               <li>Javascript callbacks for
2444                 <ul>
2445                   <li>Applet initialisation</li>
2446                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2447                 </ul>
2448               </li>
2449               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2450                 functions</li>
2451               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2452               <li>javascript structure viewer harness to pass
2453                 messages between Jmol and Jalview when running as
2454                 distinct applets</li>
2455               <li>sortBy method</li>
2456               <li>Set of applet and application examples shipped
2457                 with documentation</li>
2458               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2459                 javascript message exchange</li>
2460             </ul>
2461         </ul> <em>General</em>
2462         <ul>
2463           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2464             multiple alignments</li>
2465           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2466           <li>User configurable link to enable redirects to a
2467             www.Jalview.org mirror</li>
2468           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2469           <li>Configurable newline string when writing alignment
2470             and other flat files</li>
2471           <li>Allow alignment annotation description lines to
2472             contain html tags</li>
2473         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2474         <ul>
2475           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2476             examples</li>
2477           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2478             using a web service before displaying the result in the
2479             Jalview desktop</li>
2480           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2481           <li>Ant target to publish example html files with applet
2482             archive</li>
2483           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2484           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2485         </ul></td>
2486       <td><em>Application</em>
2487         <ul>
2488           <li>User defined colourscheme throws exception when
2489             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2490           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2491             dialog for valid filename/format</li>
2492           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2493           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2494             P37173</li>
2495           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2496             which sequence is to be associated with the file</li>
2497           <li>Find All raises null pointer exception when query
2498             only matches sequence IDs</li>
2499           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2500           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2501             2.4 cannot be loaded</li>
2502           <li>Filetype associations not installed for webstart
2503             launch</li>
2504           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2505             with sequences in different alignments do not get coloured
2506             by their associated sequence</li>
2507           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2508             not preserved when project is loaded</li>
2509           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2510             stored in Jalview project</li>
2511           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2512             Jalview project</li>
2513           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2514           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2515             by conservation</li>
2516           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2517             created on new view</li>
2518           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2519             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2520           <li>Alignment quality not updated after alignment
2521             annotation row is hidden then shown</li>
2522           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2523             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2524           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2525             properly</li>
2526           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2527             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2528           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2529           <li>Structures imported from file and saved in project
2530             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2531           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2532             job execution in full once it is complete</li>
2533         </ul> <em>Applet</em>
2534         <ul>
2535           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2536             annotation rows are displayed</li>
2537           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2538             codebase</li>
2539           <li>View follows highlighting does not work for positions
2540             in sequences</li>
2541           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2542           <li>Export features raises exception when no features
2543             exist</li>
2544           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2545             for javascript api is modified when separator string
2546             provided as parameter</li>
2547           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2548             alignment with no existing selection</li>
2549           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2550             to applet&#39;s codebase</li>
2551           <li>Status bar not updated after finished searching and
2552             search wraps around to first result</li>
2553           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2554             several Jalview applets causes race conditions and memory
2555             leaks</li>
2556           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2557             not sent from Jmol in applet</li>
2558           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2559             applet API fatally hang browser</li>
2560         </ul> <em>General</em>
2561         <ul>
2562           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2563             position with wrapped view and hidden regions</li>
2564           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2565             with/without hidden columns</li>
2566           <li>Sequence length given in alignment properties window
2567             is off by 1</li>
2568           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2569             import PDB like structure files</li>
2570           <li>Positional search results are only highlighted
2571             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2572           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2573           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2574             given sequence position</li>
2575           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2576             output</li>
2577           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2578             from nucleotide chains correctly</li>
2579           <li>Structure colours not updated when tree partition
2580             changed in alignment</li>
2581           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2582             parsed in interleaved stockholm</li>
2583           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2584             state</li>
2585           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2586             properly</li>
2587           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2588             properly associated with their pdb files</li>
2589         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2590         <ul>
2591           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2592             ApplyCopyright tool</li>
2593         </ul></td>
2594     </tr>
2595     <tr>
2596       <td>
2597         <div align="center">
2598           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2599         </div>
2600       </td>
2601       <td><em>Application</em>
2602         <ul>
2603           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2604             contact web services</li>
2605           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2606             service job window</li>
2607           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2608         </ul></td>
2609       <td>
2610         <ul>
2611           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2612             pir file emitted by Jalview</li>
2613           <li>Existing feature settings transferred to new
2614             alignment view created from cut'n'paste</li>
2615           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2616             parsing PDB files</li>
2617           <li>Consensus and conservation annotation rows
2618             occasionally become blank for all new windows</li>
2619           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2620             in wrapped view mode</li>
2621         </ul> <em>Application</em>
2622         <ul>
2623           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2624             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2625           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2626             parameter names</li>
2627           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2628             is down</li>
2629         </ul>
2630       </td>
2631     </tr>
2632     <tr>
2633       <td>
2634         <div align="center">
2635           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2636         </div>
2637       </td>
2638       <td><em>Application</em>
2639         <ul>
2640           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2641             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2642             (JABAWS)
2643           </li>
2644           <li>Web Services preference tab</li>
2645           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2646             preferences</li>
2647           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2648           <li>Superpose structures using associated sequence
2649             alignment</li>
2650           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2651             viewer</li>
2652         </ul> <em>Applet</em>
2653         <ul>
2654           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2655             link out mechanism</li>
2656         </ul> <em>Other</em>
2657         <ul>
2658           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2659             series 12</li>
2660           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2661             require Java 1.5</li>
2662           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2663             sequence annotation files</li>
2664           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2665             type colour specification</li>
2666           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2667             script to check if it being run in an interactive session or
2668             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2669         </ul></td>
2670       <td>
2671         <ul>
2672           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2673             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2674         </ul> <em>Application</em>
2675         <ul>
2676           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2677             selected Regions menu item</li>
2678           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2679             part of a valid accession ID</li>
2680           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2681             runs out of memory</li>
2682           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2683             analysis results</li>
2684           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2685             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2686           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2687         </ul> <em>Applet</em>
2688         <ul>
2689           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2690             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2691             defined.</li>
2692         </ul>
2693       </td>
2694     </tr>
2695     <tr>
2696       <td>
2697         <div align="center">
2698           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2699         </div>
2700       </td>
2701       <td></td>
2702       <td>
2703         <ul>
2704           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2705             sequence IDs</li>
2706           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2707             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2708           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2709             import correctly</li>
2710           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2711             number of columns are hidden</li>
2712           <li>annotation label popup menu not providing correct
2713             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2714             present</li>
2715           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2716             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2717           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2718             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2719
2720         </ul> <em>Applet</em>
2721         <ul>
2722           <li>annotation panel disappears when annotation is
2723             hidden/removed</li>
2724         </ul> <em>Application</em>
2725         <ul>
2726           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2727             alignment opened where annotation panel is visible but no
2728             annotations are present on alignment</li>
2729           <li>pasted region containing hidden columns is
2730             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2731           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2732             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2733           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2734             selected Rregions menu item.</li>
2735           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2736             'Un' or 'Non'conserved</li>
2737           <li>Sequence feature settings are being shared by
2738             multiple distinct alignments</li>
2739           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2740             changed</li>
2741           <li>double click on group annotation to select sequences
2742             does not propagate to associated trees</li>
2743           <li>Mac OSX specific issues:
2744             <ul>
2745               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2746                 window background</li>
2747               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2748                 name set correctly</li>
2749               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2750                 save feature colourscheme button</li>
2751             </ul>
2752           </li>
2753         </ul>
2754       </td>
2755     </tr>
2756     <tr>
2757
2758       <td>
2759         <div align="center">
2760           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2761         </div>
2762       </td>
2763       <td><em>New Capabilities</em>
2764         <ul>
2765           <li>URL links generated from description line for
2766             regular-expression based URL links (applet and application)
2767
2768           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2769             menu</li>
2770           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2771             structures</li>
2772           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2773             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2774           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2775             average score or total feature count for each sequence.</li>
2776           <li>Shading features by score or associated description</li>
2777           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2778             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2779           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2780             hide everything but the currently selected region.</li>
2781           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2782         </ul> <em>Application</em>
2783         <ul>
2784           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2785             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2786           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2787             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2788           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2789             database references and protein_name is parsed as
2790             description line (BioSapiens terms).</li>
2791           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2792             references in sequence ID tooltip from View menu in
2793             application.</li>
2794           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2795       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2796           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2797             conservation plots</li>
2798           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2799             and visualized as sequence logos</li>
2800           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2801             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2802           </li>
2803           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2804             when a new tree is opened.</li>
2805           <li>Jalview Java Console</li>
2806           <li>Better placement of desktop window when moving
2807             between different screens.</li>
2808           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2809             consensus annotation</li>
2810           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2811             Workflows</li>
2812           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2813             <ul>
2814               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2815                 used to preserve views, structures, and tree display
2816                 settings)</li>
2817               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2818                 command line</li>
2819               <li>Sharing of selected regions between views and
2820                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2821               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2822             </ul></li>
2823         </ul> <em>Applet</em>
2824         <ul>
2825           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2826           <li>New Parameters
2827             <ul>
2828               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2829                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2830                 opened.</li>
2831               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2832                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2833               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2834                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2835               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2836                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2837                 view</li>
2838               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2839                 increase the height or width of a cell in the alignment
2840                 grid relative to the current font size.</li>
2841             </ul>
2842           </li>
2843           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2844             tooltip</li>
2845         </ul> <em>Other</em>
2846         <ul>
2847           <li>Features format: graduated colour definitions and
2848             specification of feature scores</li>
2849           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2850             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2851             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2852           <li>XML formats extended to support graduated feature
2853             colourschemes, group associated annotation, and profile
2854             visualization settings.</li></td>
2855       <td>
2856         <ul>
2857           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2858             rather than description</li>
2859           <li>Non-positional features are now included in sequence
2860             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2861             visibility in tooltip).</li>
2862           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2863           <li>Added URL embedding instructions to features file
2864             documentation.</li>
2865           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2866             'X' in peptide product</li>
2867           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2868             sequence ID and sequence string and query strings do not
2869             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2870           <li>AMSA files only contain first column of
2871             multi-character column annotation labels</li>
2872           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2873             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2874             exported and re-imported)</li>
2875           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2876             name</li>
2877           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2878             as subsequence matches, and correctly reports total number
2879             of both.</li>
2880           <li>Application:
2881             <ul>
2882               <li>Better handling of exceptions during sequence
2883                 retrieval</li>
2884               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2885                 link text excludes the start_end suffix</li>
2886               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2887                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2888               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2889               <li>Sequence description lines properly shared via
2890                 VAMSAS</li>
2891               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2892                 data sources</li>
2893               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2894                 completes before alignment figures are generated.</li>
2895               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2896                 first time.</li>
2897               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2898                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2899               <li>User defined group colours properly recovered
2900                 from Jalview projects.</li>
2901             </ul>
2902           </li>
2903         </ul>
2904       </td>
2905
2906     </tr>
2907     <tr>
2908       <td>
2909         <div align="center">
2910           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2911         </div>
2912       </td>
2913       <td>
2914         <ul>
2915           <li>Experimental support for google analytics usage
2916             tracking.</li>
2917           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2918         </ul>
2919       </td>
2920       <td>
2921         <ul>
2922           <li>Race condition in applet preventing startup in
2923             jre1.6.0u12+.</li>
2924           <li>Exception when feature created from selection beyond
2925             length of sequence.</li>
2926           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2927           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2928             all sequences with a given id</li>
2929           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2930             ID string searches</li>
2931           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2932             alignment to fail with exception</li>
2933         </ul> <em>Application Issues</em>
2934         <ul>
2935           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2936           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2937             data sources</li>
2938         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2939         <ul>
2940           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2941             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2942           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2943             version (java class versioning error fixed)</li>
2944         </ul>
2945       </td>
2946     </tr>
2947     <tr>
2948       <td>
2949
2950         <div align="center">
2951           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2952         </div>
2953       </td>
2954       <td><em>User Interface</em>
2955         <ul>
2956           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2957             translation and protein products</li>
2958           <li>Linked highlighting of structure associated with
2959             residue mapping to codon position</li>
2960           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2961             and 'clear' button</li>
2962           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2963             Tools menu</li>
2964           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2965             numeric data in description line</li>
2966           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2967           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2968             of sequence</li>
2969         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2970         <ul>
2971           <li>JPred3 web service</li>
2972           <li>Prototype sequence search client (no public services
2973             available yet)</li>
2974           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2975             PFAM</li>
2976           <li>URL Links created for matching database cross
2977             references as well as sequence ID</li>
2978           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2979         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2980         <ul>
2981           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2982             databases</li>
2983           <li>Generalised database reference retrieval and
2984             validation to all fetchable databases</li>
2985           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2986             sequence command</li>
2987         </ul> <em>Import and Export</em>
2988         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2989         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2990           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2991         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2992           File</li>
2993         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2994           triplet as name of colourscheme</li>
2995         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2996         <ul>
2997           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2998           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2999             alignments (experimental)</li>
3000           <li>Create new or select existing session to join</li>
3001           <li>load and save of vamsas documents</li>
3002         </ul> <em>Application command line</em>
3003         <ul>
3004           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3005             from applet)</li>
3006           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3007             of DAS servers to query for alignment features</li>
3008           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3009             that are also automatically queried for features</li>
3010           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3011             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3012         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3013         <ul>
3014           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3015             application (when using &quot;View in full
3016             application&quot;)</li>
3017         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3018         <ul>
3019           <li>feature group display control parameter</li>
3020           <li>debug parameter</li>
3021           <li>showbutton parameter</li>
3022         </ul> <em>Applet API methods</em>
3023         <ul>
3024           <li>newView public method</li>
3025           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3026           <li>Feature display control methods</li>
3027           <li>get list of currently selected sequences</li>
3028         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3029         <ul>
3030           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3031           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3032             Jalview release.</li>
3033           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3034             property controls execution of obfuscator</li>
3035           <li>Build target for generating source distribution</li>
3036           <li>Debug flag for javacc</li>
3037           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3038             jalview.bin.Cache</li>
3039           <li>Continuous Build Integration for stable and
3040             development version of Application, Applet and source
3041             distribution</li>
3042         </ul></td>
3043       <td>
3044         <ul>
3045           <li>selected region output includes visible annotations
3046             (for certain formats)</li>
3047           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3048             for editing</li>
3049           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3050           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3051           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3052           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3053             comments</li>
3054           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3055             filenames containing a ':'</li>
3056           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3057             global sequence features</li>
3058           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3059             references from alignment sequences goes to zero</li>
3060           <li>Close of tree branch colour box without colour
3061             selection causes cascading exceptions</li>
3062           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3063           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3064             file parsing fails.</li>
3065           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3066           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3067             not a valid output format</li>
3068           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3069             vamsas</li>
3070           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3071           <li>error messages passed up and output when data read
3072             fails</li>
3073           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3074             sequence is edited</li>
3075           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3076             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3077           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3078             filetype</li>
3079           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3080             import fixed for PFAM records</li>
3081           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3082             window list</li>
3083           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3084             can be read and written correctly to annotation file</li>
3085           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3086             correctly</li>
3087           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3088             non-italic font for representatives in Applet</li>
3089           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3090             Macs.</li>
3091           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3092             Applet)</li>
3093           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3094             due to null pointer exceptions</li>
3095           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3096             first column of alignment</li>
3097           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3098             July 2008</li>
3099           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3100             file is case-insensitive</li>
3101           <li>Sequence features read from Features file appended to
3102             all sequences with matching IDs</li>
3103           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3104             containing a sub-sequence</li>
3105           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3106           <li>feature and annotation file applet parameters
3107             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3108           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3109           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3110             splash-screen version check to complete</li>
3111           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3112             when passing them to the launchApp service</li>
3113           <li>display name and local features preserved in results
3114             retrieved from web service</li>
3115           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3116             sequence fetcher initialisation</li>
3117           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3118             dasobert DAS client</li>
3119           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3120             association</li>
3121           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3122             sequences
3123           </li>
3124         </ul>
3125       </td>
3126     </tr>
3127     <tr>
3128       <td>
3129         <div align="center">
3130           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3131         </div>
3132       </td>
3133       <td>
3134         <ul>
3135           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3136           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3137           <li>Slide sequences</li>
3138           <li>Edit sequence in place</li>
3139           <li>EMBL CDS features</li>
3140           <li>DAS Feature mapping</li>
3141           <li>Feature ordering</li>
3142           <li>Alignment Properties</li>
3143           <li>Annotation Scores</li>
3144           <li>Sort by scores</li>
3145           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3146         </ul>
3147       </td>
3148       <td>
3149         <ul>
3150           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3151           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3152           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3153           <li>Feature group display state in XML</li>
3154           <li>Feature ordering in XML</li>
3155           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3156           <li>Stockholm alignment properties</li>
3157           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3158           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3159           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3160           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3161         </ul>
3162       </td>
3163
3164     </tr>
3165     <tr>
3166       <td>
3167         <div align="center">
3168           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3169         </div>
3170       </td>
3171       <td>
3172         <ul>
3173           <li>Non standard characters can be read and displayed
3174           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3175             applet via textbox
3176           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3177             name &amp; description
3178           <li>Preference setting to display sequence name in
3179             italics
3180           <li>Annotation file format extended to allow
3181             Sequence_groups to be defined
3182           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3183             specified in preferences
3184           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3185             sequences
3186         </ul>
3187       </td>
3188       <td>
3189         <ul>
3190           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3191             installed
3192           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3193           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3194         </ul>
3195       </td>
3196     </tr>
3197     <tr>
3198       <td>
3199         <div align="center">
3200           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3201         </div>
3202       </td>
3203       <td>
3204         <ul>
3205           <li>Multiple views on alignment
3206           <li>Sequence feature editing
3207           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3208           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3209           <li>Background dependent text colour
3210           <li>Right align sequence ids
3211           <li>User-defined lower case residue colours
3212           <li>Format Menu
3213           <li>Select Menu
3214           <li>Menu item accelerator keys
3215           <li>Control-V pastes to current alignment
3216           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3217           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3218           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3219
3220           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3221         </ul>
3222       </td>
3223       <td>
3224         <ul>
3225           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3226           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3227             calculations
3228           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3229             edits
3230           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3231             of alignment)
3232           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3233
3234           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3235             display correctly
3236           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3237           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3238             analysis results
3239           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3240             &#8739;
3241           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3242           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3243           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3244
3245         </ul>
3246       </td>
3247     </tr>
3248     <tr>
3249       <td>
3250         <div align="center">
3251           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3252         </div>
3253       </td>
3254       <td>
3255         <ul>
3256           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3257         </ul>
3258       </td>
3259       <td>
3260         <ul>
3261           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3262             sequence id panel has been resized</li>
3263           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3264             rendered</li>
3265           <li>Annotation files with sequence references - all
3266             elements in file are relative to sequence position</li>
3267           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3268         </ul>
3269       </td>
3270     </tr>
3271     <tr>
3272       <td>
3273         <div align="center">
3274           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3275         </div>
3276       </td>
3277       <td>
3278         <ul>
3279           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3280           <li>DAS Feature fetching</li>
3281           <li>Hide sequences and columns</li>
3282           <li>Export Annotations and Features</li>
3283           <li>GFF file reading / writing</li>
3284           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3285             files</li>
3286           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3287           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3288           <li>Applet can launch the full application</li>
3289           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3290             required)</li>
3291           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3292           <li>Applet can load sequences from parameter
3293             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3294           </li>
3295         </ul>
3296       </td>
3297       <td>
3298         <ul>
3299           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3300           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3301           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3302         </ul>
3303       </td>
3304     </tr>
3305     <tr>
3306       <td>
3307         <div align="center">
3308           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3309         </div>
3310       </td>
3311       <td>
3312         <ul>
3313           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3314           <li>Choose to match case when searching</li>
3315           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3316             expand the visible width and height of the alignment</li>
3317         </ul>
3318       </td>
3319       <td>
3320         <ul>
3321           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3322         </ul>
3323       </td>
3324     </tr>
3325     <tr>
3326       <td>
3327         <div align="center">
3328           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3329         </div>
3330       </td>
3331       <td>&nbsp;</td>
3332       <td>
3333         <ul>
3334           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3335           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3336             value</li>
3337         </ul>
3338       </td>
3339     </tr>
3340     <tr>
3341       <td>
3342         <div align="center">
3343           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3344         </div>
3345       </td>
3346       <td>
3347         <ul>
3348           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3349           <li>Keyboard editing</li>
3350           <li>Create sequence features from searches</li>
3351           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3352             alignments</li>
3353           <li>Features file allows grouping of features</li>
3354           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3355           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3356           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3357         </ul>
3358       </td>
3359       <td>
3360         <ul>
3361           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3362           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3363             descriptions saved.</li>
3364         </ul>
3365       </td>
3366     </tr>
3367     <tr>
3368       <td>
3369         <div align="center">
3370           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3371         </div>
3372       </td>
3373       <td>
3374         <ul>
3375           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3376           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3377           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3378             name for file output</li>
3379           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3380           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3381             used for HTML form input</li>
3382         </ul>
3383       </td>
3384       <td>
3385         <ul>
3386           <li>HTML output writes groups and features</li>
3387           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3388           <li>File IO bugs</li>
3389         </ul>
3390       </td>
3391     </tr>
3392     <tr>
3393       <td>
3394         <div align="center">
3395           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3396         </div>
3397       </td>
3398       <td>
3399         <ul>
3400           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3401           <li>More options for PCA viewer</li>
3402         </ul>
3403       </td>
3404       <td>
3405         <ul>
3406           <li>GUI bugs resolved</li>
3407           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3408         </ul>
3409       </td>
3410     </tr>
3411     <tr>
3412       <td height="63">
3413         <div align="center">
3414           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3415         </div>
3416       </td>
3417       <td>
3418         <ul>
3419           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3420           <li>Jar files are executable</li>
3421           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424       <td>
3425         <ul>
3426           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3427           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3428           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3429         </ul>
3430       </td>
3431     </tr>
3432     <tr>
3433       <td>
3434         <div align="center">
3435           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3436         </div>
3437       </td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3441         </ul>
3442       </td>
3443       <td>
3444         <ul>
3445           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3446         </ul>
3447       </td>
3448     </tr>
3449     <tr>
3450       <td>
3451         <div align="center">
3452           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3453         </div>
3454       </td>
3455       <td>
3456         <ul>
3457           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3458             size</li>
3459         </ul>
3460       </td>
3461       <td>
3462         <ul>
3463           <li>Improved JPred client reliability</li>
3464           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3465         </ul>
3466       </td>
3467     </tr>
3468     <tr>
3469       <td>
3470         <div align="center">
3471           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3472         </div>
3473       </td>
3474       <td>
3475         <ul>
3476           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3477           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3478           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3479             to Colour Menu</li>
3480           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3481           <li>Unix users can set default web browser</li>
3482           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3483           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3484         </ul>
3485       </td>
3486       <td>
3487         <ul>
3488           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3489         </ul>
3490       </td>
3491     </tr>
3492     <tr>
3493       <td>
3494         <div align="center">
3495           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3496         </div>
3497       </td>
3498       <td>&nbsp;</td>
3499       <td>
3500         <ul>
3501           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3502             alignment order.</li>
3503         </ul>
3504       </td>
3505     </tr>
3506     <tr>
3507       <td>
3508         <div align="center">
3509           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3510         </div>
3511       </td>
3512       <td>
3513         <ul>
3514           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3515           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3516           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3517             annotations.</li>
3518           <li>Version and build date written to build properties
3519             file.</li>
3520           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3521             at launch of Jalview.</li>
3522         </ul>
3523       </td>
3524       <td>
3525         <ul>
3526           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3527           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3528           <li>Can remove groups one by one.</li>
3529           <li>Filechooser icons installed.</li>
3530           <li>Finder ignores return character when searching.
3531             Return key will initiate a search.<br>
3532           </li>
3533         </ul>
3534       </td>
3535     </tr>
3536     <tr>
3537       <td>
3538         <div align="center">
3539           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3540         </div>
3541       </td>
3542       <td>
3543         <ul>
3544           <li>New codebase</li>
3545         </ul>
3546       </td>
3547       <td>&nbsp;</td>
3548     </tr>
3549   </table>
3550   <p>&nbsp;</p>
3551 </body>
3552 </html>