help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <head><title>Release History</title></head>
   3 <body>
   4 <p><strong>Release History</strong> </p>
   5 <table border="1">
   6   <tr>
   7     <td width="60" nowrap><div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div></td>
   8     <td ><div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div></td>
   9     <td ><div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div></td>
  10   </tr>
  11   <tr>
  12     <td><div align="center"><strong>2.3</strong><br>
  13         2/5/07</div></td>
  14     <td><ul>
  15         <li>Jmol 11 integration</li>
  16         <li>PDB views in Jalview XML</li>
  17         <li>Slide sequences</li>
  18         <li>Edit sequence in place</li>
  19         <li>EMBL CDS features</li>
  20         <li>DAS Feature mapping</li>
  21         <li>Feature ordering</li>
  22         <li>Alignment Properties</li>
  23         <li>Annotation Scores</li>
  24         <li>Sort by scores</li>
  25         <li>Feature/annotation editing in applet</li>
  26 </ul></td><td>
  27         <ul>
  28         <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
  29         <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
  30         <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
  31         <li>Feature group display state in XML</li>
  32         <li>Feature ordering in XML</li>
  33     <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
  34     <li>Stockholm alignment properties</li>
  35     <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
  36         <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
  37   </ul>
  38   </td>
  39
  40   </tr>
  41   <tr>
  42     <td><div align="center"><strong>2.2.1</strong><br>
  43         12/2/07</div></td>
  44     <td><ul>
  45         <li>Non standard characters can be read and displayed
  46         <li>Annotations/Features can be imported/exported to the applet via textbox
  47         <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group name &amp; description
  48         <li>Preference setting to display sequence name in italics
  49         <li>Annotation file format extended to allow Sequence_groups
  50         to be defined
  51         <li>Default opening of alignment overview panel can be specified in
  52         preferences
  53         <li>PDB residue numbering annotation added to associated sequences
  54         </ul></td>
  55     <td> <ul>
  56         <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6 installed
  57         <li>Annotation file export / import bugs fixed
  58         <li>PNG / EPS image output bugs fixed</ul></td>
  59   </tr>
  60   <tr>
  61     <td><div align="center"><strong>2.2</strong><br>
  62         27/11/06</div></td>
  63     <td><ul>
  64         <li>Multiple views on alignment
  65         <li>Sequence feature editing
  66         <li>&quot;Reload&quot; alignment
  67         <li>&quot;Save&quot; to current filename
  68         <li>Background dependent text colour
  69         <li>Right align sequence ids
  70         <li>User-defined lower case residue colours
  71         <li>Format Menu
  72         <li>Select Menu
  73         <li>Menu item accelerator keys
  74         <li>Control-V pastes to current alignment
  75         <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
  76         <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
  77         <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
  78         <li>'New Window' button on the 'Output to Text box' </ul></td>
  79     <td> <ul>
  80         <li>New memory efficient Undo/Redo System
  81         <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus calculations
  82         <li>Region Conservation/Consensus recalculated after edits
  83         <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end of alignment)
  84         <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
  85         <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions display correctly
  86         <li>Re-instated Zoom function for PCA
  87         <li>Sequence descriptions conserved in web service analysis results
  88         <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by &#8739;
  89         <li>WsDbFetch query/result association resolved
  90         <li>Tree leaf to sequence mapping improved
  91         <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box. </ul></td>
  92   </tr>
  93   <tr>
  94     <td> <div align="center"><strong>2.1.1</strong><br>
  95         12/9/06</div></td>
  96     <td><ul>
  97         <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
  98       </ul></td>
  99     <td><ul>
 100         <li>Image output - rightmost residues are rendered if sequence id panel
 101           has been resized</li>
 102         <li>Image output - all offscreen group boundaries are rendered </li>
 103         <li>Annotation files with sequence references - all elements in file are
 104           relative to sequence position</li>
 105         <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
 106       </ul></td>
 107   </tr>
 108   <tr>
 109     <td><div align="center"><strong>2.1</strong><br>
 110         22/8/06</div></td>
 111     <td><ul>
 112         <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
 113         <li>DAS Feature fetching</li>
 114         <li>Hide sequences and columns</li>
 115         <li>Export Annotations and Features</li>
 116         <li>GFF file reading / writing</li>
 117         <li>Associate structures with sequences from local PDB files</li>
 118         <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
 119         <li>Recently opened files / URL lists</li>
 120         <li>Applet can launch the full application</li>
 121         <li>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</li>
 122         <li>Applet has user defined colours parameter</li>
 123         <li>Applet can load sequences from parameter &quot;sequence<em>x</em>&quot;</li>
 124       </ul></td>
 125     <td><ul>
 126         <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
 127         <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
 128         <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
 129       </ul></td>
 130   </tr>
 131   <tr>
 132     <td><div align="center"><strong>2.08.1</strong><br>
 133         2/5/06</div></td>
 134     <td><ul>
 135         <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
 136         <li>Choose to match case when searching</li>
 137         <li>Middle mouse button and mouse movement can compress / expand the visible
 138           width and height of the alignment</li>
 139       </ul></td>
 140     <td><ul>
 141         <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
 142       </ul></td>
 143   </tr>
 144   <tr>
 145     <td><div align="center"><strong>2.08b</strong><br>
 146         18/4/06</div></td>
 147     <td>&nbsp;</td>
 148     <td><ul>
 149         <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
 150         <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct value</li>
 151       </ul></td>
 152   </tr>
 153   <tr>
 154     <td><div align="center"><strong>2.08</strong><br>
 155         10/4/06</div></td>
 156     <td><ul>
 157         <li>Editing can be locked to the selection area</li>
 158         <li>Keyboard editing</li>
 159         <li>Create sequence features from searches</li>
 160         <li>Precalculated annotations can be loaded onto alignments</li>
 161         <li>Features file allows grouping of features</li>
 162         <li>Annotation Colouring scheme added</li>
 163         <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
 164         <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
 165       </ul></td>
 166     <td><ul>
 167         <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
 168         <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence descriptions saved.
 169         </li>
 170       </ul></td>
 171   </tr>
 172   <tr>
 173     <td><div align="center"><strong>2.07</strong><br>
 174         12/12/05</div></td>
 175     <td><ul>
 176         <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
 177         <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
 178         <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for file output</li>
 179         <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
 180         <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for HTML
 181           form input</li>
 182       </ul></td>
 183     <td><ul>
 184         <li>HTML output writes groups and features</li>
 185         <li>Group editing is Control and mouse click</li>
 186         <li>File IO bugs</li>
 187       </ul></td>
 188   </tr>
 189   <tr>
 190     <td><div align="center"><strong>2.06</strong><br>
 191         28/9/05</div></td>
 192     <td><ul>
 193         <li>View annotations in wrapped mode</li>
 194         <li>More options for PCA viewer</li>
 195       </ul></td>
 196     <td><ul>
 197         <li>GUI bugs resolved</li>
 198         <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
 199       </ul></td>
 200   </tr>
 201   <tr>
 202     <td height="63"> <div align="center"><strong>2.05b</strong><br>
 203         15/9/05</div></td>
 204     <td><ul>
 205         <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
 206         <li>Jar files are executable</li>
 207         <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
 208       </ul></td>
 209     <td><ul>
 210         <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
 211         <li>Overview window calculated more efficiently</li>
 212         <li>Several GUI bugs resolved</li>
 213       </ul></td>
 214   </tr>
 215   <tr>
 216     <td><div align="center"><strong>2.05</strong><br>
 217         30/8/05</div></td>
 218     <td><ul>
 219         <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
 220       </ul></td>
 221     <td><ul>
 222         <li>Several GUI bugs resolved</li>
 223       </ul></td>
 224   </tr>
 225   <tr>
 226     <td><div align="center"><strong>2.04</strong><br>
 227         24/8/05</div></td>
 228     <td><ul>
 229         <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>
 230       </ul></td>
 231     <td><ul>
 232         <li>Improved JPred client reliability</li>
 233         <li>Improved loading of Jalview files</li>
 234       </ul></td>
 235   </tr>
 236   <tr>
 237     <td> <div align="center"><strong>2.03</strong><br>
 238         18/8/05</div></td>
 239     <td><ul>
 240         <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
 241         <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
 242         <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to Colour Menu</li>
 243         <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
 244         <li>Unix users can set default web browser</li>
 245         <li>Runs without GUI for batch processing</li>
 246         <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
 247       </ul></td>
 248     <td><ul>
 249         <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
 250       </ul></td>
 251   </tr>
 252   <tr>
 253     <td> <div align="center"><strong>2.02</strong><br>
 254         18/7/05</div></td>
 255     <td>&nbsp;</td>
 256     <td><ul>
 257         <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment order.</li>
 258       </ul></td>
 259   </tr>
 260   <tr>
 261     <td><div align="center"><strong>2.01</strong><br>
 262         12/7/05</div></td>
 263     <td><ul>
 264         <li>Use delete key for deleting selection.</li>
 265         <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
 266         <li>Help file updated to describe how to add alignment annotations.</li>
 267         <li>Version and build date written to build properties file.</li>
 268         <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch of Jalview.</li>
 269       </ul></td>
 270     <td><ul>
 271         <li>Delete gaps bug fixed.</li>
 272         <li>FileChooser sorts columns.</li>
 273         <li>Can remove groups one by one.</li>
 274         <li>Filechooser icons installed.</li>
 275         <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate
 276           a search.<br>
 277         </li>
 278       </ul></td>
 279   </tr>
 280   <tr>
 281     <td> <div align="center"><strong>2.0</strong><br>
 282         20/6/05</div></td>
 283     <td ><ul>
 284         <li> New codebase</li>
 285       </ul></td>
 286     <td >&nbsp;</td>
 287   </tr>
 288 </table>
 289 <p>&nbsp;</p>
 290 </body>
 291 </html>