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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79                   <li><!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed and memory efficiency (~30x faster)</li>
  80                   <li><!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature Similarity may have different topology due to increased precision</li>
  81             <li>
  82               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
  83               model for alignments and groups
  84             </li>
  85             <li>
  86               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
  87               scripts
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views
  91               via Overview or sequence motif search operations
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
  95               with alignment and overview windows
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
  99               omitted in Overview
 100             </li>
 101             <li>
 102               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 103               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 104             </li>
 105             <li>
 106               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 107               extension when importing structure files without embedded
 108               names or PDB accessions
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 112               opened by double clicking gaps within sequence feature
 113               extent
 114             </li>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 117               included in the example feature file
 118             </li>
 119           </ul>
 120           <em>Application</em>
 121           <ul>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 124               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 125               the application.
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 129               there are not enough columns to superimpose structures in
 130               Chimera
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 134               file-based command exchange
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 138               cross-references provided by identifiers.org and the
 139               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 146               format sequence substitution matrices
 147             </li>
 148           </ul>
 149           <em>Experimental features</em>
 150           <ul>
 151             <li>
 152               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 153               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 154               features, and vice-versa.
 155             </li>
 156           </ul>
 157           <em>Applet</em>
 158           <ul>
 159             <li>
 160               <!--  -->
 161             </li>
 162           </ul>
 163           <em>Test Suite</em>
 164           <ul>
 165             <li>
 166               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 170               during tests
 171             </li>
 172           </ul>
 173         </div></td>
 174       <td><div align="left">
 175           <em>General</em>
 176           <ul>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 179               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 180               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 184               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 185               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 186               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 187               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 188               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 189               Jalview's PCAs were different to those produced by
 190               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 191               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 192               behaviour<br />
 193               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 194               2.10.1 mode<br />
 195               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 196               restore 2.10.2 mode
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 200               doesn't reselect a specific sequence's associated
 201               annotation after it was used for colouring a view
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 205               coloured in linked structure views
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 209               opened on a region of alignment without groups
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 213               of an alignment with overlapping groups
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 217               name and description match
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 221               hidden regions results in incorrect hidden regions
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 225               generating output report when working with highly
 226               redundant alignments
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 230               lightGray or darkGray via features file
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 234               erratically when hidden rows or columns are present
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 238               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 239               sequence colouring
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 243               colour and group colour menu for protein alignments
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 247               changing colour does not apply Conservation slider value
 248               to all groups
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 252               reflect currently selected view or group's shading
 253               thresholds
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 257               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 261               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 265               gaps before start of features
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 269               load
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 273               restored to UI when feature colour is edited
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 277               when rendered on overview and structures when opacity at
 278               100%
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 282               as graduate feature colour settings are modified via the
 283               dialog box
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 287               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 291               when a group defined on the alignment is resized
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 295               wrapped view result in positional status updates
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 299               amino acid and nucleotide symbols
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 303               alignment included gapped columns
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 307               overview when features overlaid on alignment
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL- -->
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL- -->
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL- -->
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL- -->
 320             </li>
 321           </ul>
 322           <strong>Documentation</strong>
 323           <ul>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 326               with the built-in Java help viewer
 327             </li>
 328           </ul>
 329           <em>Application</em>
 330           <ul>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 333               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 334               new documentation and tooltips added)
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 338               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 342               new features are added to alignment
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 346               selection menu changes colours of alignment views
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 350               appear enabled in Preferences->Connections
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 354               from alignment calculation workers after alignment has
 355               been closed
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 359               groups now 'Create Group'
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 363               Create/Undefine group doesn't always work
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 367               shown again after pressing 'Cancel'
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 371               removed from console output
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 375               when alignment view imported from project
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure
 379               and sequences extracted from structure files imported via
 380               URL
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 384               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 385               the project is loaded and the structure viewed
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 389               adjusts start position in wrap mode
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 393               ambiguous amino acids
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 397               gaps in selection, current sequence and only within
 398               selected columns
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 402               Ensembl by Peptide ID
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 406               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 407               proteins
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus not shown
 411             </li>
 412
 413
 414           </ul>
 415           <em>Applet</em>
 416           <ul>
 417             <li>
 418               <!-- JAL- -->
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 422               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 426               overview or linked structure view
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 430               work (since 2.8)
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 434               user-defined colourscheme doesn't restore original
 435               colourscheme
 436             </li>
 437           </ul>
 438           <em>New Known Issues</em>
 439           <ul>
 440             <li>
 441               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 442               phase after a sequence motif find operation
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 446               containing just upper and lower case letters are
 447               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 451               ortholog database
 452             </li>
 453           </ul>
 454           <em>Test Suite</em>
 455           <ul>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 458               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL- -->
 462             </li>
 463           </ul>
 464         </div>
 465     <tr>
 466       <td width="60" nowrap>
 467         <div align="center">
 468           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 469         </div>
 470       </td>
 471       <td><div align="left">
 472           <em>General</em>
 473           <ul>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 476               for all consensus calculations
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 480               3rd Oct 2016)
 481             </li>
 482             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 483               for 2016-2017</li>
 484           </ul>
 485           <em>Application</em>
 486           <ul>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 489               set of database cross-references, sorted alphabetically
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 493               from database cross references. Users with custom links
 494               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 495                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 499               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 500               Chimera session
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 504               the Chimera it is connected to is shut down
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 508               columns menu item to mark columns containing highlighted
 509               regions (e.g. from structure selections or results of a
 510               Find operation)
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 514               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 515               MSAviewer
 516             </li>
 517           </ul>
 518         </div></td>
 519       <td>
 520         <div align="left">
 521           <em>General</em>
 522           <ul>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 525               are not coloured or thresholded according to percent
 526               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 530               hydrophobic
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 534               threshold, amino acid properties)
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 538               reported as mapped to residues in a structure file in the
 539               View Mapping report
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 543               could be added multiple times to a sequence
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 547               bond features shown as two highlighted residues rather
 548               than a range in linked structure views, and treated
 549               correctly when selecting and computing trees from features
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 553               cross-references are matched to database name regardless
 554               of case
 555             </li>
 556
 557           </ul>
 558           <em>Application</em>
 559           <ul>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 562               names without regular expressions also offer links from
 563               Sequence ID
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 567               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 568               update Jalview configuration
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 572               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 576               files with similarly named sequences if dropped onto the
 577               alignment
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 581               entries where more chains exist in the PDB accession than
 582               are reported in the SIFTS file
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 586               the structure view when displayed with Chimera
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 590               panel's View->Show Chains submenu
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 594               work for wrapped alignment views
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 598               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 602               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 603               first annotation row
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 607               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 611               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 612             </li>
 613             <!-- JAL-2319 -->
 614             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 615             coordindate data
 616             </li>
 617           </ul>
 618           <!--           <em>New Known Issues</em>
 619           <ul>
 620             <li></li>
 621           </ul> -->
 622         </div>
 623       </td>
 624     </tr>
 625     <td width="60" nowrap>
 626       <div align="center">
 627         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 628           <em>25/10/2016</em></strong>
 629       </div>
 630     </td>
 631     <td><em>Application</em>
 632       <ul>
 633         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 634           view if structures already loaded</li>
 635         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 636           structure views</li>
 637       </ul></td>
 638     <td>
 639       <div align="left">
 640         <em>General</em>
 641         <ul>
 642           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 643             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 644           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 645             example sequences/projects/trees</li>
 646         </ul>
 647         <em>Application</em>
 648         <ul>
 649           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 650             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 651           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 652             without timeout for structures with multiple models or
 653             multiple sequences in alignment</li>
 654           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 655             PDB ID HEADER line</li>
 656           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 657             is performed</li>
 658           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 659             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 660           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 661           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 662             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 663             option</li>
 664           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 665             is created on the alignment</li>
 666           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 667             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 668             pop-up menu</li>
 669         </ul>
 670         <em>Build and deployment</em>
 671         <ul>
 672           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 673             tags</li>
 674         </ul>
 675         <em>New Known Issues</em>
 676         <ul>
 677           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 678             on Windows</li>
 679         </ul>
 680       </div>
 681     </td>
 682     </tr>
 683     <tr>
 684       <td width="60" nowrap>
 685         <div align="center">
 686           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 687         </div>
 688       </td>
 689       <td><em>General</em>
 690         <ul>
 691           <li>
 692             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 696             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 697             better PDB parsing.
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 701             reference sequence
 702           </li>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 705             mousing over sequence associated annotation
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 709             for manual entry
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 713             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 714             for each column
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 718             showing or hiding columns containing a feature
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 722             group and sequence associated annotation labels
 723           </li>
 724           <li>
 725             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 726             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 727             dialogs
 728           </li>
 729
 730         </ul> <em>Application</em>
 731         <ul>
 732           <li>
 733             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 734             gene/transcript view
 735           </li>
 736           <li>
 737             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 738             dialog
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 742             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 743           </li>
 744           <li>
 745             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 746             Pfam sources to xfam.org
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 753             over sequences in Jalview
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 757             regions in ENA and EMBL
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 761             for record retrieval via ENA rest API
 762           </li>
 763           <li>
 764             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 765             complement operator
 766           </li>
 767           <li>
 768             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 769             groovy script execution
 770           </li>
 771           <li>
 772             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 773             alignment window's Calculate menu
 774           </li>
 775           <li>
 776             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 777             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 778           </li>
 779           <li>
 780             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 781             calculation workers from groovy scripts
 782           </li>
 783           <li>
 784             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 785             Jalview projects
 786           </li>
 787           <li>
 788             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 789             associations are now saved/restored from project
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 793             before sequence fetcher is opened
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 797             database chooser opens a sequence fetcher
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 801             the UniProt REST API
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 805             the news reader opening
 806           </li>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 809             querying stored in preferences
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 813             search results
 814           </li>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 820             menu for nucleotide sequences
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 824             and feature counts preserves alignment ordering (and
 825             debugged for complex feature sets).
 826           </li>
 827           <li>
 828             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 829             viewing structures with Jalview 2.10
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 833             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 834             Ensembl Genomes REST API
 835           </li>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 838             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 839             (Ensembl)
 840           </li>
 841           <li>
 842             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 843             sequences
 844           </li>
 845           <li>
 846             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 847             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 848             data from external database records.
 849           </li>
 850           <li>
 851             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 852             efficient recovery of sequence coding and alignment
 853             annotation relationships.
 854           </li>
 855         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 856         <ul>
 857           <li>
 858             -- JAL---
 859           </li>
 860         </ul> --></td>
 861       <td>
 862         <div align="left">
 863           <em>General</em>
 864           <ul>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 867               menu on OSX
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 871               includes graduated colourschemes
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 875               working with big alignments and lots of hidden columns
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 879               at right of alignment window
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 883               contents
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 887               for DNA alignments
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 891               based tree calculation
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 895               unconserved enabled for group on alignment
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 899               set as reference
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 903               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 904               annotation
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 908               hidden columns present
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 912               user created annotation added to alignment
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 916               '()' base pair annotation
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 920               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 921               Consensus
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 925               feature not working
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 929               beginning of sequence
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 933               entry 3a6s
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 937               from a tree when t-coffee scores are shown
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 941               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 945               some structures
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 949               to Clustal, PIR and PileUp output
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 953               not visible causes alignment window to repaint
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 957               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 958               scores associated with features and annotation rows
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 962               calculation should be case independent
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 966               columns
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 970               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 971               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 975               problems when reference sequence defined and 'show
 976               non-conserved' enabled
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 980               load even when Consensus calculation is disabled
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 984               alignment does nothing
 985             </li>
 986           </ul>
 987           <em>Application</em>
 988           <ul>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 991               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 992               yet fixed for El Capitan)
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 996               output when running on non-gb/us i18n platforms
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1000               hidden sequences as flat-file alignment
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1004               launching Chimera
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1008               (also hotfix for 2.9.0b2)
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1012               reference sequence defined
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1016               alignments and views when revealing hidden columns
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1020               view in a cDNA/Protein splitframe
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1024               sequence from project when only one sequence is
1025               represented
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1029               in Structure Chooser
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1033               structure consensus didn't refresh annotation panel
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1037               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1041               dialogs format columns correctly, don't display array
1042               data, sort columns according to type
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1046               file chooser is cancelled during an image export
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1050               sequence name containing special characters
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1054               case insensitive
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1058               formatting don't wrap
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1062               truncated so L looks like I in consensus annotation
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1066               currently displayed features for the current selection or
1067               view
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1071               after fetching cross-references, and restoring from
1072               project
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1076               followed in the structure viewer
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1080               splitframe not restored from project
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1084               trailing end of protein alignment in transcript/product
1085               splitview when pad-gaps not enabled by default
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1089               is case dependent
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1093               article has been read (reopened issue due to
1094               internationalisation problems)
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1098               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1099               cross-references
1100             </li>
1101
1102             <li>
1103               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1104               alignment as HTML
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1108               multiple structures are shown for one or more sequences.
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1112               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1113               is enabled.
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1117               specific PDB id for sequence
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1121               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1122               columns' is disabled.
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1126               selects lowest rather than highest resolution structures
1127               for each sequence
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1131               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1135               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1139               after clicking on it to create new annotation for a
1140               column.
1141             </li>
1142             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1143             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1144           </ul>
1145           <em>Applet</em>
1146           <ul>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1149               hidden columns present before start of sequence
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1153               (JSON jars)
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1157               sequences are hidden in applet
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1161               deployment on examples pages.
1162             </li>
1163           </ul>
1164         </div>
1165       </td>
1166     </tr>
1167     <tr>
1168       <td width="60" nowrap>
1169         <div align="center">
1170           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1171             <em>16/10/2015</em></strong>
1172         </div>
1173       </td>
1174       <td><em>General</em>
1175         <ul>
1176           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1177             jars</li>
1178         </ul></td>
1179       <td>
1180         <div align="left">
1181           <em>Application</em>
1182           <ul>
1183             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1184               shown when tree is partitioned</li>
1185             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1186               multiple cDNA/Protein split views</li>
1187           </ul>
1188         </div>
1189       </td>
1190     </tr>
1191     <tr>
1192       <td width="60" nowrap>
1193         <div align="center">
1194           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1195             <em>8/10/2015</em></strong>
1196         </div>
1197       </td>
1198       <td><em>General</em>
1199         <ul>
1200           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1201             2.9</li>
1202         </ul> <em>Application</em>
1203         <ul>
1204           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1205           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1206           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1207         </ul> <em>Applet</em>
1208         <ul>
1209           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1210         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1211         <ul>
1212           <li>
1213             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1214             suite
1215           </li>
1216         </ul></td>
1217       <td>
1218         <div align="left">
1219           <em>General</em>
1220           <ul>
1221             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1222               incorrect when sequence start > 1</li>
1223             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1224               documentation</li>
1225             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1226             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1227               loading a features file containing HTML tags in feature
1228               description</li>
1229
1230           </ul>
1231           <em>Application</em>
1232           <ul>
1233             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1234               reimport</li>
1235             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1236               with 'trim retrieved sequences'</li>
1237             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1238               deleting selected columns</li>
1239             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1240               JNLP templates for webstart launch</li>
1241             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1242               unreleased structures for download or viewing</li>
1243             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1244               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1245             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1246               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1247             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1248               recovered from jalview project</li>
1249             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1250               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1251               alignment view</li>
1252             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1253               color schemes from BioJSON</li>
1254           </ul>
1255           <em>Applet</em>
1256           <ul>
1257             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1258               frame</li>
1259             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1260           </ul>
1261         </div>
1262       </td>
1263     </tr>
1264     <tr>
1265       <td><div align="center">
1266           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1267         </div></td>
1268       <td><em>General</em>
1269         <ul>
1270           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1271             alignments:
1272             <ul>
1273               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1274                 and DNA alignment views</li>
1275               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1276                 cDNA alignment views</li>
1277               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1278                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1279               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1280                 protein sequences</li>
1281             </ul>
1282           </li>
1283           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1284           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1285             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1286           <li>New alignment annotation file statements for
1287             reference sequences and marking hidden columns</li>
1288           <li>Reference sequence based alignment shading to
1289             highlight variation</li>
1290           <li>Select or hide columns according to alignment
1291             annotation</li>
1292           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1293           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1294             acid conservation row</li>
1295           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1296         </ul> <em>Application</em>
1297         <ul>
1298           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1299             <ul>
1300               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1301                 view with cDNA/Protein</li>
1302               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1303                 sequences are placed in the same alignment</li>
1304               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1305                 projects</li>
1306             </ul>
1307           </li>
1308
1309           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1310           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1311             Jalview windows</li>
1312
1313           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1314           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1315           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1316             be shown in VARNA</li>
1317
1318           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1319             as the active selected region</li>
1320
1321           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1322             similarity</li>
1323           <li>New Export options
1324             <ul>
1325               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1326                 region export in flat file generation</li>
1327
1328               <li>Export alignment views for display with the <a
1329                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1330
1331               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1332               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1333                 alignment figures to HTML</li>
1334           </li>
1335           <li>3D structure retrieval and display
1336             <ul>
1337               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1338                 Search API</li>
1339               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1340                 PDB structures for a sequence set</li>
1341             </ul>
1342           </li>
1343
1344           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1345             predictions</li>
1346           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1347             for one or a group of sequences</li>
1348           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1349             from the JPred4 web server</li>
1350           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1351             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1352             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1353           </li>
1354           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1355             VARNA 2D Structure'</li>
1356           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1357             Structure ..."</li>
1358
1359         </ul> <em>Applet</em>
1360         <ul>
1361           <li>New layout for applet example pages</li>
1362           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1363             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1364           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1365             Protein alignments</li>
1366         </ul> <em>Development and deployment</em>
1367         <ul>
1368           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1369           <li>Include installation type and git revision in build
1370             properties and console log output</li>
1371           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1372             storing BioJsMSA Templates</li>
1373           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1374         </ul></td>
1375       <td>
1376         <!-- <em>General</em>
1377         <ul>
1378         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1379         <ul>
1380           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1381           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1382           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1383             predictions are not highlighted in amber</li>
1384           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1385             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1386           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1387             associated structure views</li>
1388           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1389             width checkbox not enabled</li>
1390           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1391             creating user defined colours</li>
1392           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1393             mappings for just that viewer's sequences</li>
1394           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1395             multiple models in Chimera</li>
1396           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1397             over Jmol structure</li>
1398           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1399             output to text box</li>
1400           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1401             have incorrect sequence start/end</li>
1402           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1403             Jalview fails</li>
1404           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1405             work for nucleotide</li>
1406           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1407             to a grey/invisible alignment window</li>
1408           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1409             imports to different position</li>
1410           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1411             on some platforms</li>
1412           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1413             populated</li>
1414           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1415             console if Chimera has been opened</li>
1416           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1417           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1418             retrieved</li>
1419           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1420           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1421             either sequence shows on first structure</li>
1422           <li>'Show annotations' options should not make
1423             non-positional annotations visible</li>
1424           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1425             in right place after 'view flanking regions'</li>
1426           <li>File Save As type unset when current file format is
1427             unknown</li>
1428           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1429             projects</li>
1430           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1431             responsive</li>
1432           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1433             several views on same alignment</li>
1434           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1435           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1436             spaces</li>
1437         </ul> <em>Applet</em>
1438         <ul>
1439           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1440           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1441             descriptions containing angle brackets</li>
1442         </ul> <em>General</em>
1443         <ul>
1444           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1445             via jalview annotation file</li>
1446           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1447             with RNA secondary structure</li>
1448           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1449             translation doesn't work.</li>
1450           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1451           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1452             positions</li>
1453           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1454             choosing 1pt font</li>
1455           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1456             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1457             'h'</li>
1458           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1459             new feature</li>
1460           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1461             order dependent</li>
1462           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1463             sequences</li>
1464           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1465         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1466         <ul>
1467           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1468             www.jalview.org</li>
1469         </ul> <em>Application Known issues</em>
1470         <ul>
1471           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1472           <li>Misleading message appears after trying to delete
1473             solid column.</li>
1474           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1475             version launches</li>
1476           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1477             fails with a sequence mismatch</li>
1478           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1479             scrolling alignment to right</li>
1480           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1481             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1482           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1483             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1484           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1485             ultra-high resolution</li>
1486           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1487             quality and conservation</li>
1488           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1489             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1490         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1491         <ul>
1492           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1493           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1494             window is being resized</li>
1495
1496         </ul>
1497       </td>
1498     </tr>
1499     <tr>
1500       <td><div align="center">
1501           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1502         </div></td>
1503       <td><em>General</em>
1504         <ul>
1505           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1506             Certum.PL.</li>
1507           <li>Features and annotation preserved when performing
1508             pairwise alignment</li>
1509           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1510             imported/exported/displayed</li>
1511           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1512             protein secondary structure</li>
1513           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1514               post-hoc with 2.9 release</em>)
1515           </li>
1516
1517         </ul> <em>Application</em>
1518         <ul>
1519           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1520             with 3D structures</li>
1521           <li>Support for parsing RNAML</li>
1522           <li>Annotations menu for layout
1523             <ul>
1524               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1525               <li>place sequence annotation above/below alignment
1526                 annotation</li>
1527             </ul>
1528           <li>Output in Stockholm format</li>
1529           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1530             translation</li>
1531           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1532           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1533             shared between alignments</li>
1534           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1535             Jalview</li>
1536           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1537             all or current selection</li>
1538           <li>disorder and secondary structure predictions
1539             available as dataset annotation</li>
1540           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1541
1542
1543           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1544             alignments from Rfam</li>
1545           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1546
1547           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1548             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1549           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1550           <li>include installation type in build properties and
1551             console log output</li>
1552           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1553             annotation</li>
1554         </ul></td>
1555       <td>
1556         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1557         <ul>
1558           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1559             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1560           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1561             alignment</li>
1562           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1563           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1564           <li>Double click on sequence associated annotation
1565             selects only first column</li>
1566           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1567             leaves shown in tree</li>
1568           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1569             properly</li>
1570           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1571           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1572             screen and buttons not visible</li>
1573           <li>author list isn't updated if already written to
1574             Jalview properties</li>
1575           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1576             from database</li>
1577           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1578           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1579             browser search window</li>
1580           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1581             in feature settings dialog</li>
1582           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1583             desktop</li>
1584           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1585             pass validation</li>
1586           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1587             fit on screen</li>
1588           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1589             tooltip</li>
1590           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1591             defined user preset</li>
1592           <li>MSA web services warns user if they were launched
1593             with invalid input</li>
1594           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1595             Java 8</li>
1596           <li>
1597             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1598             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1599             created
1600           </li>
1601
1602         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1603         <ul>
1604         </ul> <em>General</em>
1605         <ul>
1606         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1607         <ul>
1608           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1609             memory allocation</li>
1610           <li>launchApp service doesn't automatically open
1611             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1612           <li>
1613             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1614             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1615             1.7_055 is available
1616           </li>
1617         </ul> <em>Application Known issues</em>
1618         <ul>
1619           <li>
1620             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1621             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1622             alignment to right
1623           </li>
1624           <li>
1625             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1626             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1627             with large number of ID
1628           </li>
1629           <li>
1630             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1631             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1632             start/end
1633           </li>
1634           <li>
1635             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1636             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1637             structure tracks are rearranged
1638           </li>
1639           <li>
1640             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1641             invalid rna structure positional highlighting does not
1642             highlight position of invalid base pairs
1643           </li>
1644           <li>
1645             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1646             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1647             project from alignment window file menu
1648           </li>
1649           <li>
1650             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1651             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1652             structures
1653           </li>
1654           <li>
1655             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1656             colour by RNA Helices not enabled when user created
1657             annotation added to alignment
1658           </li>
1659           <li>
1660             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1661             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1662           </li>
1663         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1664         <ul>
1665           <li>
1666             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1667             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1668           </li>
1669           <li>
1670             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1671             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1672           </li>
1673
1674           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1675             when selected</li>
1676         </ul>
1677       </td>
1678     </tr>
1679     <tr>
1680       <td><div align="center">
1681           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1682         </div></td>
1683       <td>
1684         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1685         <em>General</em>
1686         <ul>
1687           <li>Internationalisation of user interface (usually
1688             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1689           <li>Define/Undefine group on current selection with
1690             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1691           <li>Improved group creation/removal options in
1692             alignment/sequence Popup menu</li>
1693           <li>Sensible precision for symbol distribution
1694             percentages shown in logo tooltip.</li>
1695           <li>Annotation panel height set according to amount of
1696             annotation when alignment first opened</li>
1697         </ul> <em>Application</em>
1698         <ul>
1699           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1700             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1701           <li>Select columns containing particular features from
1702             Feature Settings dialog</li>
1703           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1704             sequences</li>
1705           <li>Update Jalview project format:
1706             <ul>
1707               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1708               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1709                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1710               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1711                 colouring</li>
1712             </ul>
1713           </li>
1714           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1715             (PAM250)</li>
1716           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1717             flanking regions for an alignment</li>
1718         </ul>
1719       </td>
1720       <td>
1721         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1722         <ul>
1723           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1724             running after job is cancelled</li>
1725           <li>cannot export features from alignments imported from
1726             Jalview/VAMSAS projects</li>
1727           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1728             float values</li>
1729           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1730             have 'display all symbols' flag set</li>
1731           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1732             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1733           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1734             Jalview</li>
1735           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1736             Lion/Webstart</li>
1737           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1738           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1739           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1740             alignment onto desktop</li>
1741           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1742             'extract scores' function</li>
1743           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1744             alignment window</li>
1745           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1746             performing IUPred disorder prediction</li>
1747           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1748             changing 'normalise logo' display setting</li>
1749           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1750             nothing matches query</li>
1751           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1752             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1753           </li>
1754           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1755             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1756           </li>
1757           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1758             Jalview's menu</li>
1759           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1760             'invalid literal/length code'</li>
1761           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1762             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1763           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1764             colourscheme</li>
1765
1766         </ul> <em>Applet</em>
1767         <ul>
1768           <li>Remove group option is shown even when selection is
1769             not a group</li>
1770           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1771             don't affect groups</li>
1772           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1773             colourscheme name</li>
1774           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1775             Annotation panel is not displayed</li>
1776           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1777             embedded windows</li>
1778         </ul> <em>Other</em>
1779         <ul>
1780           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1781             single sequence were not calculated</li>
1782           <li>annotation files that contain only groups imported as
1783             annotation and junk sequences</li>
1784           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1785             recognised as PFAM or BLC</li>
1786           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1787             doesn't affect background (2.8.0b1)
1788           <li></li>
1789           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1790           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1791             trailing gaps</li>
1792           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1793             registered correctly on import</li>
1794           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1795             certain alignments</li>
1796           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1797             existing annotation based 'use original colours'
1798             colourscheme loses original colours setting</li>
1799         </ul>
1800       </td>
1801     </tr>
1802     <tr>
1803       <td><div align="center">
1804           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1805             <em>30/1/2014</em></strong>
1806         </div></td>
1807       <td>
1808         <ul>
1809           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1810             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1811             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1812             open source project).
1813           </li>
1814           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1815           <li>Output in Stockholm format</li>
1816           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1817           <li>Export/import group and sequence associated line
1818             graph thresholds</li>
1819           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1820             ambiguity codes</li>
1821           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1822             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1823             works</li>
1824           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1825         </ul> <em>Other improvements</em>
1826         <ul>
1827           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1828           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1829             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1830           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1831             files</li>
1832           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1833           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1834             link but no description</li>
1835           <li>Select primary source when selecting authority in
1836             database fetcher GUI</li>
1837           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1838             Jalview</li>
1839           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1840         </ul>
1841       </td>
1842       <td>
1843         <ul>
1844           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1845             displayed</li>
1846           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1847             secondary structure annotation line</li>
1848           <li>Sequence database accessions not imported when
1849             fetching alignments from Rfam</li>
1850           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1851             identical IDs</li>
1852           <li>View all structures does not always superpose
1853             structures</li>
1854           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1855             reflect user or preset settings</li>
1856           <li>Null pointer exceptions for some services without
1857             presets or adjustable parameters</li>
1858           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1859             discover PDB xRefs</li>
1860           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1861             features with DAS</li>
1862           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1863             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1864           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1865             residue follows a gap</li>
1866           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1867             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1868           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1869             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1870           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1871             annotation already exists on alignment</li>
1872           <li>oninit javascript function should be called after
1873             initialisation completes</li>
1874           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1875             alignment window display</li>
1876           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1877           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1878             to annotation file</li>
1879           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1880             groups created</li>
1881           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1882             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1883           <li>Pressing return several times causes Number Format
1884             exceptions in keyboard mode</li>
1885           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1886             correct partitions for input data</li>
1887           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1888           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1889           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1890           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1891             mode</li>
1892           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1893             changes one row&#39;s threshold</li>
1894           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1895             doesn&#39;t open</li>
1896           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1897             quality histograms</li>
1898         </ul>
1899       </td>
1900     </tr>
1901     <tr>
1902       <td><div align="center">
1903           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1904         </div></td>
1905       <td><em>Application</em>
1906         <ul>
1907           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1908             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1909           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1910             preferences</li>
1911           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1912             in Jalview alignment window</li>
1913           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1914             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1915           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1916             RNA and ambiguity codes</li>
1917
1918           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1919           <li>Support fetching and database reference look up
1920             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1921             refs')</li>
1922           <li>Jalview project improvements
1923             <ul>
1924               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1925                 flag for annotation</li>
1926               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1927                 alignment</li>
1928               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1929                 Jalview project</li>
1930
1931             </ul>
1932           </li>
1933           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1934           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1935             running</li>
1936           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1937           <li>visual indication that web service results are still
1938             being retrieved from server</li>
1939           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1940             starts up for first time</li>
1941           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1942             services</li>
1943           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1944             client library</li>
1945           <li>Examples directory and Groovy library included in
1946             InstallAnywhere distribution</li>
1947         </ul> <em>Applet</em>
1948         <ul>
1949           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1950             visualization applet example</li>
1951         </ul> <em>General</em>
1952         <ul>
1953           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1954           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1955             defaults</li>
1956           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1957             calculation</li>
1958           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1959             matrices
1960           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1961             in HTML</li>
1962           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1963             structure contacts</li>
1964           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1965           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1966           <li>Parse sequence associated secondary structure
1967             information in Stockholm files</li>
1968           <li>HTML Export database accessions and annotation
1969             information presented in tooltip for sequences</li>
1970           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1971             style RNA alignment files</li>
1972           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1973             alignment</li>
1974           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1975             shade each sequence according to its associated alignment
1976             annotation</li>
1977           <li>New Jalview Logo</li>
1978         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1979         <ul>
1980           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1981           <li>New Website!</li>
1982         </ul></td>
1983       <td><em>Application</em>
1984         <ul>
1985           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1986             wsdbfetch REST service</li>
1987           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1988           <li>Filetype associations not installed for webstart
1989             launch</li>
1990           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1991             job execution in full once it is complete</li>
1992           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1993             uploaded via ali_file parameter</li>
1994           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1995           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1996           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1997             submitted for prediction</li>
1998           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1999             desktop window</li>
2000           <li>Putting fractional value into integer text box in
2001             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2002           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2003             windows 7</li>
2004           <li>View all structures fails with exception shown in
2005             structure view</li>
2006           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2007             escaped in a platform independent way</li>
2008           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2009             using proxy</li>
2010           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2011             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2012           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2013             failure when java web start temporary file caching is
2014             disabled</li>
2015           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2016             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2017           <li>Errors during processing of command line arguments
2018             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2019           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2020             DAS sources in sequence fetcher</li>
2021           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2022             dialog is shown</li>
2023           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2024           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2025           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2026           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2027             on OSX Mountain Lion</li>
2028           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2029             sequences with alignment annotation are pasted into the
2030             alignment</li>
2031           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2032             when loaded from Jalview project</li>
2033           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2034           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2035             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2036           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2037             associated with all views</li>
2038           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2039             annotation rows to new window</li>
2040         </ul> <em>Applet</em>
2041         <ul>
2042           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2043             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2044           <li>loading features via javascript API automatically
2045             enables feature display</li>
2046           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2047             work</li>
2048         </ul> <em>General</em>
2049         <ul>
2050           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2051           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2052             and then deselected</li>
2053           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2054           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2055             coloured with clustalx</li>
2056           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2057             exceptions and redraw errors</li>
2058           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2059             reconfigured view</li>
2060           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2061             colour</li>
2062           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2063             for lots of labels</li>
2064         </ul>
2065     </tr>
2066     <tr>
2067       <td>
2068         <div align="center">
2069           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2070         </div>
2071       </td>
2072       <td><em>Application</em>
2073         <ul>
2074           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2075           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2076           <li>View/alignment association menu to enable user to
2077             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2078             its colours/correspondences from</li>
2079           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2080           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2081             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2082           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2083           <li>Annotation row column label formatting attributes
2084             stored in project file</li>
2085           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2086             rows preserved in Jalview project file</li>
2087           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2088             saved using Desktop window menu</li>
2089           <li>Visual indication that command line arguments are
2090             still being processed</li>
2091           <li>Groovy script execution from URL</li>
2092           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2093             preferences</li>
2094           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2095             alignment with sequences that have high similarity and
2096             matching IDs</li>
2097           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2098           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2099             structures in same window</li>
2100           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2101           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2102             analysis function in its own submenu</li>
2103         </ul> <em>Applet</em>
2104         <ul>
2105           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2106             groups</li>
2107           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2108           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2109           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2110           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2111           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2112             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2113           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2114           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2115             parameters are treated as such</li>
2116           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2117             <ul>
2118               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2119               <li>Javascript callbacks for
2120                 <ul>
2121                   <li>Applet initialisation</li>
2122                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2123                 </ul>
2124               </li>
2125               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2126                 functions</li>
2127               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2128               <li>javascript structure viewer harness to pass
2129                 messages between Jmol and Jalview when running as
2130                 distinct applets</li>
2131               <li>sortBy method</li>
2132               <li>Set of applet and application examples shipped
2133                 with documentation</li>
2134               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2135                 javascript message exchange</li>
2136             </ul>
2137         </ul> <em>General</em>
2138         <ul>
2139           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2140             multiple alignments</li>
2141           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2142           <li>User configurable link to enable redirects to a
2143             www.Jalview.org mirror</li>
2144           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2145           <li>Configurable newline string when writing alignment
2146             and other flat files</li>
2147           <li>Allow alignment annotation description lines to
2148             contain html tags</li>
2149         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2150         <ul>
2151           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2152             examples</li>
2153           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2154             using a web service before displaying the result in the
2155             Jalview desktop</li>
2156           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2157           <li>Ant target to publish example html files with applet
2158             archive</li>
2159           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2160           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2161         </ul></td>
2162       <td><em>Application</em>
2163         <ul>
2164           <li>User defined colourscheme throws exception when
2165             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2166           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2167             dialog for valid filename/format</li>
2168           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2169           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2170             P37173</li>
2171           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2172             which sequence is to be associated with the file</li>
2173           <li>Find All raises null pointer exception when query
2174             only matches sequence IDs</li>
2175           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2176           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2177             2.4 cannot be loaded</li>
2178           <li>Filetype associations not installed for webstart
2179             launch</li>
2180           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2181             with sequences in different alignments do not get coloured
2182             by their associated sequence</li>
2183           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2184             not preserved when project is loaded</li>
2185           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2186             stored in Jalview project</li>
2187           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2188             Jalview project</li>
2189           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2190           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2191             by conservation</li>
2192           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2193             created on new view</li>
2194           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2195             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2196           <li>Alignment quality not updated after alignment
2197             annotation row is hidden then shown</li>
2198           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2199             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2200           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2201             properly</li>
2202           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2203             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2204           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2205           <li>Structures imported from file and saved in project
2206             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2207           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2208             job execution in full once it is complete</li>
2209         </ul> <em>Applet</em>
2210         <ul>
2211           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2212             annotation rows are displayed</li>
2213           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2214             codebase</li>
2215           <li>View follows highlighting does not work for positions
2216             in sequences</li>
2217           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2218           <li>Export features raises exception when no features
2219             exist</li>
2220           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2221             for javascript api is modified when separator string
2222             provided as parameter</li>
2223           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2224             alignment with no existing selection</li>
2225           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2226             to applet&#39;s codebase</li>
2227           <li>Status bar not updated after finished searching and
2228             search wraps around to first result</li>
2229           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2230             several Jalview applets causes race conditions and memory
2231             leaks</li>
2232           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2233             not sent from Jmol in applet</li>
2234           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2235             applet API fatally hang browser</li>
2236         </ul> <em>General</em>
2237         <ul>
2238           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2239             position with wrapped view and hidden regions</li>
2240           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2241             with/without hidden columns</li>
2242           <li>Sequence length given in alignment properties window
2243             is off by 1</li>
2244           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2245             import PDB like structure files</li>
2246           <li>Positional search results are only highlighted
2247             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2248           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2249           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2250             given sequence position</li>
2251           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2252             output</li>
2253           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2254             from nucleotide chains correctly</li>
2255           <li>Structure colours not updated when tree partition
2256             changed in alignment</li>
2257           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2258             parsed in interleaved stockholm</li>
2259           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2260             state</li>
2261           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2262             properly</li>
2263           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2264             properly associated with their pdb files</li>
2265         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2266         <ul>
2267           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2268             ApplyCopyright tool</li>
2269         </ul></td>
2270     </tr>
2271     <tr>
2272       <td>
2273         <div align="center">
2274           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2275         </div>
2276       </td>
2277       <td><em>Application</em>
2278         <ul>
2279           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2280             contact web services</li>
2281           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2282             service job window</li>
2283           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2284         </ul></td>
2285       <td>
2286         <ul>
2287           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2288             pir file emitted by Jalview</li>
2289           <li>Existing feature settings transferred to new
2290             alignment view created from cut'n'paste</li>
2291           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2292             parsing PDB files</li>
2293           <li>Consensus and conservation annotation rows
2294             occasionally become blank for all new windows</li>
2295           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2296             in wrapped view mode</li>
2297         </ul> <em>Application</em>
2298         <ul>
2299           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2300             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2301           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2302             parameter names</li>
2303           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2304             is down</li>
2305         </ul>
2306       </td>
2307     </tr>
2308     <tr>
2309       <td>
2310         <div align="center">
2311           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2312         </div>
2313       </td>
2314       <td><em>Application</em>
2315         <ul>
2316           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2317             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2318             (JABAWS)
2319           </li>
2320           <li>Web Services preference tab</li>
2321           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2322             preferences</li>
2323           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2324           <li>Superpose structures using associated sequence
2325             alignment</li>
2326           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2327             viewer</li>
2328         </ul> <em>Applet</em>
2329         <ul>
2330           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2331             link out mechanism</li>
2332         </ul> <em>Other</em>
2333         <ul>
2334           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2335             series 12</li>
2336           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2337             require Java 1.5</li>
2338           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2339             sequence annotation files</li>
2340           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2341             type colour specification</li>
2342           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2343             script to check if it being run in an interactive session or
2344             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2345         </ul></td>
2346       <td>
2347         <ul>
2348           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2349             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2350         </ul> <em>Application</em>
2351         <ul>
2352           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2353             selected Regions menu item</li>
2354           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2355             part of a valid accession ID</li>
2356           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2357             runs out of memory</li>
2358           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2359             analysis results</li>
2360           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2361             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2362           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2363         </ul> <em>Applet</em>
2364         <ul>
2365           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2366             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2367             defined.</li>
2368         </ul>
2369       </td>
2370     </tr>
2371     <tr>
2372       <td>
2373         <div align="center">
2374           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2375         </div>
2376       </td>
2377       <td></td>
2378       <td>
2379         <ul>
2380           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2381             sequence IDs</li>
2382           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2383             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2384           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2385             import correctly</li>
2386           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2387             number of columns are hidden</li>
2388           <li>annotation label popup menu not providing correct
2389             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2390             present</li>
2391           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2392             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2393           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2394             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2395
2396         </ul> <em>Applet</em>
2397         <ul>
2398           <li>annotation panel disappears when annotation is
2399             hidden/removed</li>
2400         </ul> <em>Application</em>
2401         <ul>
2402           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2403             alignment opened where annotation panel is visible but no
2404             annotations are present on alignment</li>
2405           <li>pasted region containing hidden columns is
2406             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2407           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2408             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2409           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2410             selected Rregions menu item.</li>
2411           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2412             'Un' or 'Non'conserved</li>
2413           <li>Sequence feature settings are being shared by
2414             multiple distinct alignments</li>
2415           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2416             changed</li>
2417           <li>double click on group annotation to select sequences
2418             does not propagate to associated trees</li>
2419           <li>Mac OSX specific issues:
2420             <ul>
2421               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2422                 window background</li>
2423               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2424                 name set correctly</li>
2425               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2426                 save feature colourscheme button</li>
2427             </ul>
2428           </li>
2429         </ul>
2430       </td>
2431     </tr>
2432     <tr>
2433
2434       <td>
2435         <div align="center">
2436           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2437         </div>
2438       </td>
2439       <td><em>New Capabilities</em>
2440         <ul>
2441           <li>URL links generated from description line for
2442             regular-expression based URL links (applet and application)
2443
2444           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2445             menu</li>
2446           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2447             structures</li>
2448           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2449             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2450           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2451             average score or total feature count for each sequence.</li>
2452           <li>Shading features by score or associated description</li>
2453           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2454             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2455           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2456             hide everything but the currently selected region.</li>
2457           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2458         </ul> <em>Application</em>
2459         <ul>
2460           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2461             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2462           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2463             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2464           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2465             database references and protein_name is parsed as
2466             description line (BioSapiens terms).</li>
2467           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2468             references in sequence ID tooltip from View menu in
2469             application.</li>
2470           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2471       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2472           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2473             conservation plots</li>
2474           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2475             and visualized as sequence logos</li>
2476           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2477             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2478           </li>
2479           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2480             when a new tree is opened.</li>
2481           <li>Jalview Java Console</li>
2482           <li>Better placement of desktop window when moving
2483             between different screens.</li>
2484           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2485             consensus annotation</li>
2486           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2487             Workflows</li>
2488           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2489             <ul>
2490               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2491                 used to preserve views, structures, and tree display
2492                 settings)</li>
2493               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2494                 command line</li>
2495               <li>Sharing of selected regions between views and
2496                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2497               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2498             </ul></li>
2499         </ul> <em>Applet</em>
2500         <ul>
2501           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2502           <li>New Parameters
2503             <ul>
2504               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2505                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2506                 opened.</li>
2507               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2508                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2509               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2510                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2511               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2512                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2513                 view</li>
2514               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2515                 increase the height or width of a cell in the alignment
2516                 grid relative to the current font size.</li>
2517             </ul>
2518           </li>
2519           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2520             tooltip</li>
2521         </ul> <em>Other</em>
2522         <ul>
2523           <li>Features format: graduated colour definitions and
2524             specification of feature scores</li>
2525           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2526             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2527             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2528           <li>XML formats extended to support graduated feature
2529             colourschemes, group associated annotation, and profile
2530             visualization settings.</li></td>
2531       <td>
2532         <ul>
2533           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2534             rather than description</li>
2535           <li>Non-positional features are now included in sequence
2536             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2537             visibility in tooltip).</li>
2538           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2539           <li>Added URL embedding instructions to features file
2540             documentation.</li>
2541           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2542             'X' in peptide product</li>
2543           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2544             sequence ID and sequence string and query strings do not
2545             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2546           <li>AMSA files only contain first column of
2547             multi-character column annotation labels</li>
2548           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2549             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2550             exported and re-imported)</li>
2551           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2552             name</li>
2553           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2554             as subsequence matches, and correctly reports total number
2555             of both.</li>
2556           <li>Application:
2557             <ul>
2558               <li>Better handling of exceptions during sequence
2559                 retrieval</li>
2560               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2561                 link text excludes the start_end suffix</li>
2562               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2563                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2564               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2565               <li>Sequence description lines properly shared via
2566                 VAMSAS</li>
2567               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2568                 data sources</li>
2569               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2570                 completes before alignment figures are generated.</li>
2571               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2572                 first time.</li>
2573               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2574                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2575               <li>User defined group colours properly recovered
2576                 from Jalview projects.</li>
2577             </ul>
2578           </li>
2579         </ul>
2580       </td>
2581
2582     </tr>
2583     <tr>
2584       <td>
2585         <div align="center">
2586           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2587         </div>
2588       </td>
2589       <td>
2590         <ul>
2591           <li>Experimental support for google analytics usage
2592             tracking.</li>
2593           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2594         </ul>
2595       </td>
2596       <td>
2597         <ul>
2598           <li>Race condition in applet preventing startup in
2599             jre1.6.0u12+.</li>
2600           <li>Exception when feature created from selection beyond
2601             length of sequence.</li>
2602           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2603           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2604             all sequences with a given id</li>
2605           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2606             ID string searches</li>
2607           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2608             alignment to fail with exception</li>
2609         </ul> <em>Application Issues</em>
2610         <ul>
2611           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2612           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2613             data sources</li>
2614         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2615         <ul>
2616           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2617             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2618           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2619             version (java class versioning error fixed)</li>
2620         </ul>
2621       </td>
2622     </tr>
2623     <tr>
2624       <td>
2625
2626         <div align="center">
2627           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2628         </div>
2629       </td>
2630       <td><em>User Interface</em>
2631         <ul>
2632           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2633             translation and protein products</li>
2634           <li>Linked highlighting of structure associated with
2635             residue mapping to codon position</li>
2636           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2637             and 'clear' button</li>
2638           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2639             Tools menu</li>
2640           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2641             numeric data in description line</li>
2642           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2643           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2644             of sequence</li>
2645         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2646         <ul>
2647           <li>JPred3 web service</li>
2648           <li>Prototype sequence search client (no public services
2649             available yet)</li>
2650           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2651             PFAM</li>
2652           <li>URL Links created for matching database cross
2653             references as well as sequence ID</li>
2654           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2655         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2656         <ul>
2657           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2658             databases</li>
2659           <li>Generalised database reference retrieval and
2660             validation to all fetchable databases</li>
2661           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2662             sequence command</li>
2663         </ul> <em>Import and Export</em>
2664         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2665         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2666           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2667         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2668           File</li>
2669         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2670           triplet as name of colourscheme</li>
2671         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2672         <ul>
2673           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2674           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2675             alignments (experimental)</li>
2676           <li>Create new or select existing session to join</li>
2677           <li>load and save of vamsas documents</li>
2678         </ul> <em>Application command line</em>
2679         <ul>
2680           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2681             from applet)</li>
2682           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2683             of DAS servers to query for alignment features</li>
2684           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2685             that are also automatically queried for features</li>
2686           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2687             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2688         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2689         <ul>
2690           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2691             application (when using &quot;View in full
2692             application&quot;)</li>
2693         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2694         <ul>
2695           <li>feature group display control parameter</li>
2696           <li>debug parameter</li>
2697           <li>showbutton parameter</li>
2698         </ul> <em>Applet API methods</em>
2699         <ul>
2700           <li>newView public method</li>
2701           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2702           <li>Feature display control methods</li>
2703           <li>get list of currently selected sequences</li>
2704         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2705         <ul>
2706           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2707           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2708             Jalview release.</li>
2709           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2710             property controls execution of obfuscator</li>
2711           <li>Build target for generating source distribution</li>
2712           <li>Debug flag for javacc</li>
2713           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2714             jalview.bin.Cache</li>
2715           <li>Continuous Build Integration for stable and
2716             development version of Application, Applet and source
2717             distribution</li>
2718         </ul></td>
2719       <td>
2720         <ul>
2721           <li>selected region output includes visible annotations
2722             (for certain formats)</li>
2723           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2724             for editing</li>
2725           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2726           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2727           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2728           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2729             comments</li>
2730           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2731             filenames containing a ':'</li>
2732           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2733             global sequence features</li>
2734           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2735             references from alignment sequences goes to zero</li>
2736           <li>Close of tree branch colour box without colour
2737             selection causes cascading exceptions</li>
2738           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2739           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2740             file parsing fails.</li>
2741           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2742           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2743             not a valid output format</li>
2744           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2745             vamsas</li>
2746           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2747           <li>error messages passed up and output when data read
2748             fails</li>
2749           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2750             sequence is edited</li>
2751           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2752             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2753           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2754             filetype</li>
2755           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2756             import fixed for PFAM records</li>
2757           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2758             window list</li>
2759           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2760             can be read and written correctly to annotation file</li>
2761           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2762             correctly</li>
2763           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2764             non-italic font for representatives in Applet</li>
2765           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2766             Macs.</li>
2767           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2768             Applet)</li>
2769           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2770             due to null pointer exceptions</li>
2771           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2772             first column of alignment</li>
2773           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2774             July 2008</li>
2775           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2776             file is case-insensitive</li>
2777           <li>Sequence features read from Features file appended to
2778             all sequences with matching IDs</li>
2779           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2780             containing a sub-sequence</li>
2781           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2782           <li>feature and annotation file applet parameters
2783             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2784           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2785           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2786             splash-screen version check to complete</li>
2787           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2788             when passing them to the launchApp service</li>
2789           <li>display name and local features preserved in results
2790             retrieved from web service</li>
2791           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2792             sequence fetcher initialisation</li>
2793           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2794             dasobert DAS client</li>
2795           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2796             association</li>
2797           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2798             sequences
2799           </li>
2800         </ul>
2801       </td>
2802     </tr>
2803     <tr>
2804       <td>
2805         <div align="center">
2806           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2807         </div>
2808       </td>
2809       <td>
2810         <ul>
2811           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2812           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2813           <li>Slide sequences</li>
2814           <li>Edit sequence in place</li>
2815           <li>EMBL CDS features</li>
2816           <li>DAS Feature mapping</li>
2817           <li>Feature ordering</li>
2818           <li>Alignment Properties</li>
2819           <li>Annotation Scores</li>
2820           <li>Sort by scores</li>
2821           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2822         </ul>
2823       </td>
2824       <td>
2825         <ul>
2826           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2827           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2828           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2829           <li>Feature group display state in XML</li>
2830           <li>Feature ordering in XML</li>
2831           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2832           <li>Stockholm alignment properties</li>
2833           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2834           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2835           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2836           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2837         </ul>
2838       </td>
2839
2840     </tr>
2841     <tr>
2842       <td>
2843         <div align="center">
2844           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2845         </div>
2846       </td>
2847       <td>
2848         <ul>
2849           <li>Non standard characters can be read and displayed
2850           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2851             applet via textbox
2852           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2853             name &amp; description
2854           <li>Preference setting to display sequence name in
2855             italics
2856           <li>Annotation file format extended to allow
2857             Sequence_groups to be defined
2858           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2859             specified in preferences
2860           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2861             sequences
2862         </ul>
2863       </td>
2864       <td>
2865         <ul>
2866           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2867             installed
2868           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2869           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2870         </ul>
2871       </td>
2872     </tr>
2873     <tr>
2874       <td>
2875         <div align="center">
2876           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2877         </div>
2878       </td>
2879       <td>
2880         <ul>
2881           <li>Multiple views on alignment
2882           <li>Sequence feature editing
2883           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2884           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2885           <li>Background dependent text colour
2886           <li>Right align sequence ids
2887           <li>User-defined lower case residue colours
2888           <li>Format Menu
2889           <li>Select Menu
2890           <li>Menu item accelerator keys
2891           <li>Control-V pastes to current alignment
2892           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2893           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2894           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2895
2896           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2897         </ul>
2898       </td>
2899       <td>
2900         <ul>
2901           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2902           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2903             calculations
2904           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2905             edits
2906           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2907             of alignment)
2908           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2909
2910           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2911             display correctly
2912           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2913           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2914             analysis results
2915           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2916             &#8739;
2917           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2918           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2919           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2920
2921         </ul>
2922       </td>
2923     </tr>
2924     <tr>
2925       <td>
2926         <div align="center">
2927           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2928         </div>
2929       </td>
2930       <td>
2931         <ul>
2932           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2933         </ul>
2934       </td>
2935       <td>
2936         <ul>
2937           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2938             sequence id panel has been resized</li>
2939           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2940             rendered</li>
2941           <li>Annotation files with sequence references - all
2942             elements in file are relative to sequence position</li>
2943           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2944         </ul>
2945       </td>
2946     </tr>
2947     <tr>
2948       <td>
2949         <div align="center">
2950           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2951         </div>
2952       </td>
2953       <td>
2954         <ul>
2955           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2956           <li>DAS Feature fetching</li>
2957           <li>Hide sequences and columns</li>
2958           <li>Export Annotations and Features</li>
2959           <li>GFF file reading / writing</li>
2960           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2961             files</li>
2962           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2963           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2964           <li>Applet can launch the full application</li>
2965           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2966             required)</li>
2967           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2968           <li>Applet can load sequences from parameter
2969             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2970           </li>
2971         </ul>
2972       </td>
2973       <td>
2974         <ul>
2975           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2976           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2977           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2978         </ul>
2979       </td>
2980     </tr>
2981     <tr>
2982       <td>
2983         <div align="center">
2984           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2985         </div>
2986       </td>
2987       <td>
2988         <ul>
2989           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2990           <li>Choose to match case when searching</li>
2991           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2992             expand the visible width and height of the alignment</li>
2993         </ul>
2994       </td>
2995       <td>
2996         <ul>
2997           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2998         </ul>
2999       </td>
3000     </tr>
3001     <tr>
3002       <td>
3003         <div align="center">
3004           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3005         </div>
3006       </td>
3007       <td>&nbsp;</td>
3008       <td>
3009         <ul>
3010           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3011           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3012             value</li>
3013         </ul>
3014       </td>
3015     </tr>
3016     <tr>
3017       <td>
3018         <div align="center">
3019           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3020         </div>
3021       </td>
3022       <td>
3023         <ul>
3024           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3025           <li>Keyboard editing</li>
3026           <li>Create sequence features from searches</li>
3027           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3028             alignments</li>
3029           <li>Features file allows grouping of features</li>
3030           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3031           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3032           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3033         </ul>
3034       </td>
3035       <td>
3036         <ul>
3037           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3038           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3039             descriptions saved.</li>
3040         </ul>
3041       </td>
3042     </tr>
3043     <tr>
3044       <td>
3045         <div align="center">
3046           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3047         </div>
3048       </td>
3049       <td>
3050         <ul>
3051           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3052           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3053           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3054             name for file output</li>
3055           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3056           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3057             used for HTML form input</li>
3058         </ul>
3059       </td>
3060       <td>
3061         <ul>
3062           <li>HTML output writes groups and features</li>
3063           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3064           <li>File IO bugs</li>
3065         </ul>
3066       </td>
3067     </tr>
3068     <tr>
3069       <td>
3070         <div align="center">
3071           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3072         </div>
3073       </td>
3074       <td>
3075         <ul>
3076           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3077           <li>More options for PCA viewer</li>
3078         </ul>
3079       </td>
3080       <td>
3081         <ul>
3082           <li>GUI bugs resolved</li>
3083           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3084         </ul>
3085       </td>
3086     </tr>
3087     <tr>
3088       <td height="63">
3089         <div align="center">
3090           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3091         </div>
3092       </td>
3093       <td>
3094         <ul>
3095           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3096           <li>Jar files are executable</li>
3097           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3098         </ul>
3099       </td>
3100       <td>
3101         <ul>
3102           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3103           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3104           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3105         </ul>
3106       </td>
3107     </tr>
3108     <tr>
3109       <td>
3110         <div align="center">
3111           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3112         </div>
3113       </td>
3114       <td>
3115         <ul>
3116           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3117         </ul>
3118       </td>
3119       <td>
3120         <ul>
3121           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3122         </ul>
3123       </td>
3124     </tr>
3125     <tr>
3126       <td>
3127         <div align="center">
3128           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3129         </div>
3130       </td>
3131       <td>
3132         <ul>
3133           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3134             size</li>
3135         </ul>
3136       </td>
3137       <td>
3138         <ul>
3139           <li>Improved JPred client reliability</li>
3140           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3141         </ul>
3142       </td>
3143     </tr>
3144     <tr>
3145       <td>
3146         <div align="center">
3147           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3148         </div>
3149       </td>
3150       <td>
3151         <ul>
3152           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3153           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3154           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3155             to Colour Menu</li>
3156           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3157           <li>Unix users can set default web browser</li>
3158           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3159           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3160         </ul>
3161       </td>
3162       <td>
3163         <ul>
3164           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3165         </ul>
3166       </td>
3167     </tr>
3168     <tr>
3169       <td>
3170         <div align="center">
3171           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3172         </div>
3173       </td>
3174       <td>&nbsp;</td>
3175       <td>
3176         <ul>
3177           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3178             alignment order.</li>
3179         </ul>
3180       </td>
3181     </tr>
3182     <tr>
3183       <td>
3184         <div align="center">
3185           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3186         </div>
3187       </td>
3188       <td>
3189         <ul>
3190           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3191           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3192           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3193             annotations.</li>
3194           <li>Version and build date written to build properties
3195             file.</li>
3196           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3197             at launch of Jalview.</li>
3198         </ul>
3199       </td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3203           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3204           <li>Can remove groups one by one.</li>
3205           <li>Filechooser icons installed.</li>
3206           <li>Finder ignores return character when searching.
3207             Return key will initiate a search.<br>
3208           </li>
3209         </ul>
3210       </td>
3211     </tr>
3212     <tr>
3213       <td>
3214         <div align="center">
3215           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3216         </div>
3217       </td>
3218       <td>
3219         <ul>
3220           <li>New codebase</li>
3221         </ul>
3222       </td>
3223       <td>&nbsp;</td>
3224     </tr>
3225   </table>
3226   <p>&nbsp;</p>
3227 </body>
3228 </html>