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   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>AACon Web Service</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26         <strong>AACon Alignment Conservation Calculation Service</strong>
  27         <p>The JABAWS AACon service implements 17 different conservation
  28                 scores for protein sequence alignments.</p>
  29         <p>
  30                 The majority of these scores were described by Valdar in 2002 (Scoring
  31                 residue conservation. <em>Proteins: Structure, Function, and
  32                         Genetics</em> 43(2): 227-241. <a
  33                         href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12112692">PubMed</a> or
  34                 available on the <a
  35                         href="http://www.well.ox.ac.uk/~valdar/publications.html">Valdar
  36                         Group publications page</a>), but the SMERFs score was developed later
  37                 and described by Manning et al. in 2008 (<a
  38                         href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/51">BMC
  39                         Bioinformatics 2008, 9:51 doi:10.1186/1471-2105-9-51</a>).
  40         </p>
  41         <p>
  42                 <strong>Enabling and disabling AACon calculations</strong><br /> When
  43                 the <strong>AACon Calculation</strong> entry in the <strong>Web
  44                         Services&rarr;Conservation</strong> is ticked, AACon calculations will be
  45                 performed every time the alignment is modified. Selecting the menu
  46                 item will enable or disable automatic recalculation.
  47         </p>
  48         <p>
  49                 <strong>Configuring which AACon calculations are performed</strong><br />
  50                 The <strong>Web Services&rarr;Conservation&rarr;Change AACon
  51                         Settings ...</strong> menu entry will open a <a href="webServicesParams.html">web
  52                         services parameter dialog</a> for the currently configured AACon server.
  53                 Standard presets are provided for quick and more expensive
  54                 conservation calculations, and parameters are also provided to change
  55                 the way that SMERFS calculations are performed.<br /> <em>AACon
  56                         settings for an alignment are saved in <a
  57                         href="../features/jalarchive.html">Jalview projects</a> along with
  58                         the latest calculation results.
  59                 </em>
  60         </p>
  61         <p>
  62                 <strong>Changing the server used for AACon calculations</strong><br />
  63                 If you are working with alignments too large to analyse with the
  64                 public JABAWS server, then you will most likely have already
  65                 configured <a href="webServicesPrefs.html">additional JABAWS
  66                         servers</a>. By default, Jalview will chose the first AACon service
  67                 available from the list of JABAWS servers available. If available, you can switch to
  68                 use another AACon service by selecting it from the <strong>Web
  69                         Services&rarr;Conservation&rarr;Switch Server</strong> submenu.
  70         </p>
  71 </body>
  72 </html>