Removed
[jalview.git] / help / html / webServices / clustalw.html
1 <html>\r
2 <head><title>ClustalW Alignment</title></head>\r
3 <body>\r
4 <p><strong>ClustalW Alignments</strong></p>\r
5 <p>ClustalW is a program for multiple sequence alignment. It works\r
6 with both DNA and protein sequences, and can also perform profile\r
7 profile alignments to align two or more multiple sequence\r
8 alignments.</p>\r
9 <p>\r
10 Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) <br>\r
11 CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple\r
12 sequence alignment through sequence weighting, position specific gap\r
13 penalties and weight matrix choice.<br>\r
14 <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>22</strong> 4673-4680\r
15 </p>\r
16 <p>There are two versions of this alignment function, which will operate\r
17 on the selected region, if any, or the whole sequence set:</p>\r
18 <ul>\r
19   <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>\r
20     Aligns using the clustalW program, ignoring any gaps in the submitted sequence \r
21     set. </li>\r
22   <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Mulitple Sequence Alignment \r
23     Realign </strong><br>\r
24     Submits the sequences with existing gaps to clustalW, which will preserve \r
25     existing gaps and re-align those regions which are not optimal. </li>\r
26 </ul>\r
27 </body>\r
28 </html>\r