help/html/webServices/clustalw.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>ClustalW Alignment</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>ClustalW Alignments</strong></p>\r
   5 <p>ClustalW is a program for multiple sequence alignment. It works\r
   6 with both DNA and protein sequences, and can also perform profile\r
   7 profile alignments to align two or more multiple sequence\r
   8 alignments.</p>\r
   9 <p>\r
  10 Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) <br>\r
  11 CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple\r
  12 sequence alignment through sequence weighting, position specific gap\r
  13 penalties and weight matrix choice.<br>\r
  14 <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>22</strong> 4673-4680\r
  15 </p>\r
  16 <p>There are two versions of this alignment function, which will operate\r
  17 on the selected region, if any, or the whole sequence set:</p>\r
  18 <ul>\r
  19   <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>\r
  20     Aligns using the clustalW program, ignoring any gaps in the submitted sequence \r
  21     set. </li>\r
  22   <li><strong>Web Service&#8594;Alignment&#8594;ClustalW Mulitple Sequence Alignment \r
  23     Realign </strong><br>\r
  24     Submits the sequences with existing gaps to clustalW, which will preserve \r
  25     existing gaps and re-align those regions which are not optimal. </li>\r
  26 </ul>\r
  27 </body>\r
  28 </html>\r