help/html/webServices/clustalw.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>ClustalW Alignment</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>ClustalW Alignments</strong></p>\r
   5 <p>ClustalW is a program for multiple sequence alignment. It works\r
   6 with both DNA and protein sequences, and can also perform profile\r
   7 profile alignments to align two or more multiple sequence\r
   8 alignments.</p>\r
   9 <p>\r
  10 Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) <br>\r
  11 CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple\r
  12 sequence alignment through sequence weighting, position specific gap\r
  13 penalties and weight matrix choice.<br>\r
  14 <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>22</strong> 4673-4680\r
  15 </p>\r
  16 <p>There are two versions of this alignment function, which will operate\r
  17 on the selected region, if any, or the whole sequence set:</p>\r
  18 <ul>\r
  19 <li><strong>Calculations&#8594;Web Service&#8594;Clustal\r
  20 Alignment..</strong><br>\r
  21 Aligns using the clustalW program, ignoring any gaps in the submitted\r
  22 sequence set.\r
  23 </li>\r
  24 <li><strong>Calculations&#8594;Web Service&#8594;Clustal\r
  25 Realign..</strong><br>\r
  26 Submits the sequences with existing gaps to clustalW, which will\r
  27 preserve existing gaps and re-align those regions which are not optimal.\r
  28 </li>\r
  29 </ul>\r
  30 </body>\r
  31 </html>\r