help/html/webServices/index.html

   1
   2 <html>
   3 <head>
   4 <title>Web Services</title>
   5 </head>
   6 <body>
   7 <p><strong>Web services</strong></p>
   8
   9 <p>Jalview includes clients for a variety of web services for both
  10 bioinformatic data retrieval and analysis.
  11 <ul>
  12         <li>The <a href="../features/seqfetcher.html">Sequence Fetcher</a>
  13         utilises web services for sequence, alignment and structure retrieval
  14         provided by the European Bioinformatics Institute (EBI) and Distributed
  15         Annotation System servers that are capable of serving sequences.</li>
  16         <li>The DAS Feature Fetcher enables the retrieval and
  17         visualization of features from DAS annotation sources</li>
  18         <li>Jalview SOAP Web Services for sequence and alignment analysis
  19         are provided by the University of Dundee, and are available from the
  20         Alignment window's <strong> Web Service</strong> menu.</li>
  21 </ul>
  22 </p>
  23 <p>Jalview's distributed computations are SOAP based services
  24 exposing protein sequence alignment and secondary structure prediction
  25 programs. These services actually run on the cluster based in the School
  26 of Life Sciences, University of Dundee, and are maintained by the Barton
  27 group.</p>
  28 <p><strong><a name="envision2">Envision2 Services</a></strong></p>
  29 <p>Jalview 2.5 includes a client to enable the user to
  30 submit one or more sequences or sequence IDs to analysis workflows provided
  31 by the <a href="http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2">EnVision2
  32 web application</a>. This allows Jalview users to easily access the EnCore network of
  33 databases and analysis services developed by members of <a href="http://www.enfin.org">ENFIN</a>.</p>
  34 <br/>
  35 <p><strong>Web Service Dialog Box</strong></p>
  36 <img src="clwqueued.gif">
  37 <p>This dialog box is displayed when a web service job is submitted.
  38 It gives the name of the service and any method citation information,
  39 and monitors the progress of the calculation. The cancel button will
  40 permanently cancel the job, but this is only possible for some services.
  41 </p>
  42 <p>Current services:
  43 <ul>
  44         <a href="msaclient.html"><strong>Multiple Sequence
  45         Alignment Services</strong></a>
  46         <ul>
  47                 <li><a href="clustalw.html">ClustalW Multiple Alignment and
  48                 re-alignment</a><br>
  49                 The clustal W service remains one of the more popular Jalview
  50                 features.</li>
  51                 <li><a href="muscle.html">Muscle Multiple Alignment</a><br>
  52                 High Quality and High Throughput multiple alignments of proteins. This
  53                 method can sometimes be more accurate than ClustalW when dealing with
  54                 diverse sets of sequences.</li>
  55                 <li><a href="mafft.html">MAFFT</a><br>
  56                 Multiple Alignment with Fast Fourier Transforms - a highly accurate
  57                 and high throughput dna and amino acid alignment method, performing at
  58                 least as well as ClustalW and Muscle.</li>
  59         </ul>
  60         </li>
  61         <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
  62         <ul>
  63                 <li><a href="jnet.html">JNet</a><br>
  64                 This is a front end to the existing <a
  65                         href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/">JNet www server</a>
  66                 allowing single sequence or profile based prediction.</li>
  67         </ul>
  68         </li>
  69 </ul>
  70 </p>
  71 <!--                   <p>Watch this space! These are some of the services
  72                   planned to be released soon:<ul>
  73                   <li>More alignment services: PROBCONS, T-COFFEE</li>
  74                   <li>Repeat analysis
  75                   </li>
  76                   <li>Remote Homology Detection<br>
  77                   </li>
  78                   </ul>
  79                   In the future, Jalview will also be able to new discover services
  80                   dynamically, and distribute expensive analysis functions like <a
  81                   href="../calculations/pca.html">PCA</a> to the Dundee machines.</p>-->
  82 </body>
  83 </html>