help/html/webServices/jnet.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>JNet Secondary Structure Prediction</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <strong>JNet Secondary Structure Prediction</strong>
   7 <p>Secondary structure prediction methods attempts to infer the
   8 likely secondary structure for a protein based on its amino acid
   9 composition and similarity to sequences with known secondary structure.
  10 The JNet method uses several different neural networks and decides on
  11 the most likely prediction via a jury network. <br>
  12 <ul>
  13         <li>
  14         Cole C., Barber J.D. and Barton G.J. (2008) The Jpred 3 secondary structure prediction server
  15         <em>Nucleic Acids Research</em> <strong>36</strong> W197-W201</li>
  16         <li>
  17         Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
  18         multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary
  19         structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511</li>
  20 </ul>
  21 </p>
  22 The function available from the
  23 <strong>Web Service&#8594;Secondary Structure
  24 Prediction&#8594;JNet Secondary Structure Prediction</strong>
  25 menu does two different kinds of prediction, dependent upon the
  26 currently selected region:
  27 </p>
  28 <ul>
  29         <li>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to
  30         be aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence
  31         in the alignment, using the current alignment. Otherwise the first
  32         sequence will be submitted for prediction.</li>
  33         <li>If just one sequence (or a region on one sequence) has been
  34         selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction server
  35         for homolog detection and prediction.</li>
  36         <li>If a set of sequences are selected, and they appear to be
  37         aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
  38         sequence selected in the set (that is, the one nearest the top of the
  39         alignment window).</li>
  40 </ul>
  41 <p><strong>Note</strong>: JNet secondary structure prediction is a
  42 'non-column-separable' service - predictions are based on the sequence
  43 profile of contiguous stretches of amino-acid sequence. A prediction
  44 will only be made on the visible parts of a sequence (see <a
  45         href="../features/hiddenRegions.html">hiding columns</a>) as if it were
  46 a contiguous polypeptide chain. Prediction accuracy at the hidden column
  47 boundaries may therefore be less than indicated by JNet's own
  48 reliability score (see below).</p>
  49 <p>The result of a JNet prediction for a sequence is a new annotated
  50 alignment window:</p>
  51 <img src="jnetprediction.gif">
  52 <p>The sequence for which the prediction was made is the first one
  53 in the alignment. If a sequence based prediction was made then the
  54 remaining sequences in the alignment are the aligned parts of homologs
  55 which were used to construct a sequence profile for the prediction. If
  56 the prediction was made using a multiple alignment, then the original
  57 multiple alignment will be returned, annotated with the prediction.</p>
  58 The annotation bars below the alignment are as follows:
  59 </p>
  60 <ul>
  61         <li>Lupas_21, Lupas_14, Lupas_28<br>
  62         <em>Coiled-coil predictions for the sequence. These are binary
  63         predictions for each location.</em></li>
  64         <li>JNETSOL25,JNETSOL5,JNETSOL0<br>
  65         <em>Solvent accessibility predictions - binary predictions of 25%,
  66         5% or 0% solvent accessibility.</em></li>
  67         <li>JNetPRED<br>
  68         <em>The consensus prediction - helices are marked as red tubes,
  69         and sheets as dark green arrows.</em></li>
  70         <li>JNetCONF<br>
  71         <em>The confidence estimate for the prediction. High values mean
  72         high confidence. prediction - helices are marked as red tubes, and
  73         sheets as dark green arrows.</em></li>
  74         <li>JNetALIGN<br>
  75         <em>Alignment based prediction - helices are marked as red tubes,
  76         and sheets as dark green arrows.</em></li>
  77         <li>JNetHMM<br>
  78         <em>HMM profile based prediction - helices are marked as red
  79         tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
  80         <li>jpred<br>
  81         <em>Jpred prediction - helices are marked as red tubes, and sheets
  82         as dark green arrows.</em></li>
  83         <li>JNETPSSM<br>
  84         <em>PSSM based prediction - helices are marked as red tubes, and
  85         sheets as dark green arrows.</em></li>
  86         <li>JNETFREQ<br>
  87         <em>Amino Acid frequency based prediction - helices are marked as
  88         red tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
  89         <li>JNETJURY<br>
  90         <em>A '*' in this annotation indicates that the JNETJURY was
  91         invoked to rationalise significantly different primary predictions.</em></li>
  92 </ul>
  93 </p>
  94 </body>
  95 </html>