help/html/webServices/jnet.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>JNet Secondary Structure Prediction</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <strong>JNet Secondary Structure Prediction</strong>
   7 <p>
   8 Secondary structure prediction methods attempts to infer the likely secondary
   9 structure for a protein based on its amino acid composition and
  10 similarity to sequences with known secondary structure. The JNet
  11 method uses several different prediction methods and decides on the
  12 most likely prediction via a jury network. <br>
  13 <ul>
  14 <li>Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced multiple
  15 sequence alignment profiles to improve protein secondary
  16 structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511</li></ul>
  17 </p>
  18 The function available from the <strong>Calculations&#8594;Web
  19 Service&#8594;JNet...</strong> menu does two different kinds of
  20 prediction, dependent upon the currently selected region:</p>
  21 <ul>
  22 <li>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to
  23 be aligned, then a JNet prediction will be run for the first
  24 sequence in the alignment, using the current
  25 alignment. Otherwise the first sequence will be submitted for prediction.
  26 </li>
  27 <li>If
  28 just one sequence (or a region on one sequence) has been selected,
  29 it will be submitted to the automatic JNet prediction server
  30 for homolog detection and prediction.
  31 </li>
  32 <li>If a set of sequences are selected, and they appear to be aligned,
  33 then the alignment will be used for a Jnet prediction on the
  34 <strong>first</strong> sequence selected in the set (that is, the one
  35 that was first clicked on).
  36 </li>
  37 </ul>
  38 <p>The result of a JNet prediction for a sequence is a new annotated
  39  alignment window:</p>
  40 <img src="jnetprediction.gif">
  41 <p>
  42 The sequence for which the prediction was made is the first one in the
  43 alignment. If a sequence based prediction was made then the remaining
  44 sequences in the alignment are the aligned parts of homologs which
  45 were used to construct a sequence profile for the prediction. If the
  46 prediction was made using a multiple alignment, then the original
  47 multiple alignment will be returned, annotated with the prediction.
  48 </p>
  49 The annotation bars below the alignment are as follows:</p>
  50 <ul>
  51 <li>Lupas_21, Lupas_14, Lupas_28<br>
  52 <em>Coiled-coil predictions for the sequence. These are binary
  53 predictions for each location.</em></li>
  54 <li>JNETSOL25,JNETSOL5,JNETSOL0<br>
  55 <em>Solvent accessibility predictions - binary predictions of 25%, 5%
  56 or 0% solvent accessibility.</em></li>
  57 <li>JNetPRED<br>
  58 <em>The consensus prediction - helices are marked as red tubes, and
  59 sheets as dark green arrows.</em></li>
  60 <li>JNetCONF<br>
  61 <em>The confidence estimate for the prediction. High values mean high
  62 confidence. prediction - helices are marked as red tubes, and
  63 sheets as dark green arrows.</em></li>
  64 <li>JNetALIGN<br>
  65 <em>Alignment based prediction - helices are marked as red tubes, and
  66 sheets as dark green arrows.</em></li>
  67 <li>JNetHMM<br>
  68 <em>HMM profile based prediction - helices are marked as red tubes, and
  69 sheets as dark green arrows.</em></li>
  70 <li>jpred<br>
  71 <em>Jpred prediction - helices are marked as red tubes, and
  72 sheets as dark green arrows.</em></li>
  73 <li>JNETPSSM<br>
  74 <em>PSSM based prediction - helices are marked as red tubes, and
  75 sheets as dark green arrows.</em></li>
  76 <li>JNETFREQ<br>
  77 <em>Amino Acid frequency based prediction - helices are marked as red tubes, and
  78 sheets as dark green arrows.</em></li>
  79 <li>JNETJURY<br>
  80 <em>A '*' in this annotation indicates that the JNETJURY was invoked
  81 to rationalise significantly different primary predictions.</em></li>
  82 </ul>
  83 </p>
  84 </body>
  85 </html>