help/html/webServices/jnet.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>JNet Secondary Structure Prediction</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <strong>JNet Secondary Structure Prediction</strong>
   7 <p>Secondary structure prediction methods attempts to infer the
   8 likely secondary structure for a protein based on its amino acid
   9 composition and similarity to sequences with known secondary structure.
  10 The JNet method uses several different neural networks and decides on
  11 the most likely prediction via a jury network. <br>
  12 <ul>
  13         <li>Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced
  14         multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary
  15         structure prediction <em>Proteins</em> <strong>40</strong> 502-511</li>
  16 </ul>
  17 </p>
  18 The function available from the
  19 <strong>Web Service&#8594;Secondary Structure
  20 Prediction&#8594;JNet Secondary Structure Prediction</strong>
  21 menu does two different kinds of prediction, dependent upon the
  22 currently selected region:
  23 </p>
  24 <ul>
  25         <li>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to
  26         be aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence
  27         in the alignment, using the current alignment. Otherwise the first
  28         sequence will be submitted for prediction.</li>
  29         <li>If just one sequence (or a region on one sequence) has been
  30         selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction server
  31         for homolog detection and prediction.</li>
  32         <li>If a set of sequences are selected, and they appear to be
  33         aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
  34         sequence selected in the set (that is, the one nearest the top of the
  35         alignment window).</li>
  36 </ul>
  37 <p><strong>Note</strong>: JNet secondary structure prediction is a
  38 'non-column-separable' service - predictions are based on the sequence
  39 profile of contiguous stretches of amino-acid sequence. A prediction
  40 will only be made on the visible parts of a sequence (see <a
  41         href="../features/hiddenRegions.html">hiding columns</a>) as if it were
  42 a contiguous polypeptide chain. Prediction accuracy at the hidden column
  43 boundaries may therefore be less than indicated by JNet's own
  44 reliability score (see below).</p>
  45 <p>The result of a JNet prediction for a sequence is a new annotated
  46 alignment window:</p>
  47 <img src="jnetprediction.gif">
  48 <p>The sequence for which the prediction was made is the first one
  49 in the alignment. If a sequence based prediction was made then the
  50 remaining sequences in the alignment are the aligned parts of homologs
  51 which were used to construct a sequence profile for the prediction. If
  52 the prediction was made using a multiple alignment, then the original
  53 multiple alignment will be returned, annotated with the prediction.</p>
  54 The annotation bars below the alignment are as follows:
  55 </p>
  56 <ul>
  57         <li>Lupas_21, Lupas_14, Lupas_28<br>
  58         <em>Coiled-coil predictions for the sequence. These are binary
  59         predictions for each location.</em></li>
  60         <li>JNETSOL25,JNETSOL5,JNETSOL0<br>
  61         <em>Solvent accessibility predictions - binary predictions of 25%,
  62         5% or 0% solvent accessibility.</em></li>
  63         <li>JNetPRED<br>
  64         <em>The consensus prediction - helices are marked as red tubes,
  65         and sheets as dark green arrows.</em></li>
  66         <li>JNetCONF<br>
  67         <em>The confidence estimate for the prediction. High values mean
  68         high confidence. prediction - helices are marked as red tubes, and
  69         sheets as dark green arrows.</em></li>
  70         <li>JNetALIGN<br>
  71         <em>Alignment based prediction - helices are marked as red tubes,
  72         and sheets as dark green arrows.</em></li>
  73         <li>JNetHMM<br>
  74         <em>HMM profile based prediction - helices are marked as red
  75         tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
  76         <li>jpred<br>
  77         <em>Jpred prediction - helices are marked as red tubes, and sheets
  78         as dark green arrows.</em></li>
  79         <li>JNETPSSM<br>
  80         <em>PSSM based prediction - helices are marked as red tubes, and
  81         sheets as dark green arrows.</em></li>
  82         <li>JNETFREQ<br>
  83         <em>Amino Acid frequency based prediction - helices are marked as
  84         red tubes, and sheets as dark green arrows.</em></li>
  85         <li>JNETJURY<br>
  86         <em>A '*' in this annotation indicates that the JNETJURY was
  87         invoked to rationalise significantly different primary predictions.</em></li>
  88 </ul>
  89 </p>
  90 </body>
  91 </html>