help/html/webServices/msaclient.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Multiple Sequence Alignment Web Service</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <strong>Multiple Sequence Alignment Web Services</strong>
  24 <p>Multiple sequence alignment services can be accessed from either
  25 the <strong>Alignment</strong> or the <strong>JABAWS Alignment</strong>
  26 submenu of the Alignment Window's <strong>Web Service</strong> menu.
  27 When an entry from one of these menus is selected, either the currently
  28 selected residues, or the whole sequence set (if there is no selection
  29 or only one sequence is selected) will be submitted for multiple
  30 sequence alignment.</p>
  31 <p>There are two kinds of multiple sequence alignment operations
  32 available:
  33 <ul>
  34         <li><em>alignment</em> - where a new alignment is constructed from
  35         the input</li>
  36         <li><em>realignment</em> - where any aligned sequences will be
  37         used by the service to construct a profile based alignment of the
  38         remaining unaligned sequences.</li>
  39 </ul>
  40 The <a href="JABAWS.html">JABAWS Alignment services</a> also offer a
  41 range of predefined alignment settings and the opportunity for you to
  42 define your own set of parameters for running the alingment program.</p>
  43 <p><strong>Multiple Alignments of Sequences with hidden
  44 columns</strong><br>
  45 Multiple alignment services are 'column separable' analysis operations.
  46 If the input contains <a href="../features/hiddenRegions.html">hidden
  47 columns</a> then each visible segment of the input sequence set will be
  48 submitted for alignment separately, and the results concatenated (with
  49 the hidden regions preserved) once all alignment functions have
  50 completed. Each sub-job's state is reported in its own tab:
  51 <p>
  52 <center><strong>Multiple Multiple Sequence Alignment
  53 sub jobs running at once</strong>
  54 <center>
  55 </p>
  56 <center><img src="multimafftjbs.gif" align="centre"></center>
  57 </p>
  58 </body>
  59 </html>