help/html/webServices/shmr.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Multi-Group Sequence Harmony and Multi-Relief</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <strong>Functional residue analysis with Sequence Harmony and
  27     Multi-Relief</strong>
  28   <p>
  29     The Multi-Harmony (a.k.a. Sequence Harmony and Multi-Relief, or
  30     SHMR) service (<a href="#shmrref">Brandt, Feenstra and Heringa,
  31       2010</a>) available from the <em>Analysis</em> sub-menu of the
  32     alignment window's web services menu provides a method for the
  33     identification of significant patterns of <em>sub-family
  34       variation</em> amongst the columns of an alignment.
  35   </p>
  36   <p>
  37     <strong>Instructions for use</strong><br> The service requires
  38     a protein sequence multiple alignment that has been sub-divided into
  39     groups containing at least two non-identical protein sequences. An
  40     easy way to create groups is to use the built-in <a
  41       href="../calculations/tree.html">neighbour-joining or
  42       UPGMA tree</a> routines to calculate a tree for the alignment, and
  43     then click on the tree to subdivide the alignment.
  44   </p>
  45   <p>
  46     The SHMR service operates on the currently selected visible
  47     region(s) of the alignment. Once submitted, a job progress window
  48     will display status information about your job, including a URL
  49     which allows you to visit the status page on the <a
  50       href="http://zeus.few.vu.nl/programs/shmrwww/">IBIVU SHMR
  51       server</a>.
  52   </p>
  53   <p>When the job is complete, Jalview will automatically open a new
  54     window containing the alignment and groups that were submitted for
  55     analysis, with additional histograms added portraying the SHMR
  56     scores for each column of the sub-grouped alignment.</p>
  57   <p>
  58     If you use this service in your work, please cite :<br />
  59     <a name="shmrref" /> Brandt, B.W.*, Feenstra, K.A*. and Heringa, J.
  60     (2010) Multi-Harmony: detecting functional specificity from sequence
  61     alignment. <a
  62       href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkq415">Nucleic
  63       Acids Res. 38: W35-W40.</a> (<em>* joint first authors</em>)
  64   <p>
  65     <strong><em>Note:</em></strong> The Multi-Harmony service is
  66     implemented with a prototype of Jalview's RESTful web service client
  67     introduced in Jalview 2.7. A few bugs remain in this prototype,
  68     which we intend to fixed in version 2.7.1.
  69   </ul>
  70   </p>
  71 </body>
  72 </html>