help/html/webServices/shmr.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b1)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Multi-Group Sequence Harmony and Multi-Relief</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <strong>Functional residue analysis with Sequence Harmony and
  27     Multi-Relief</strong>
  28   <p>
  29     The Multi-Harmony (a.k.a. Sequence Harmony and Multi-Relief, or
  30     SHMR) service (<a href="#shmrref">Brandt, Feenstra and Heringa,
  31       2010</a>) available from the <em>Analysis</em> sub-menu of the
  32     alignment window's web services menu provides a method for the
  33     identification of significant patterns of <em>sub-family
  34       variation</em> amongst the columns of an alignment.
  35   </p>
  36   <p>
  37     <strong>Instructions for use</strong><br> The service requires
  38     a protein sequence multiple alignment that has been sub-divided into
  39     groups containing at least two non-identical protein sequences. An
  40     easy way to create groups is to use the built-in <a
  41       href="../calculations/tree.html"
  42     >neighbour-joining or UPGMA tree</a> routines to calculate a tree for
  43     the alignment, and then click on the tree to subdivide the
  44     alignment.
  45   </p>
  46   <p>
  47     The SHMR service operates on the currently selected visible
  48     region(s) of the alignment. Once submitted, a job progress window
  49     will display status information about your job, including a URL
  50     which allows you to visit the status page on the <a
  51       href="http://zeus.few.vu.nl/programs/shmrwww/"
  52     >IBIVU SHMR server</a>.
  53   </p>
  54   <p>When the job is complete, Jalview will automatically open a new
  55     window containing the alignment and groups that were submitted for
  56     analysis, with additional histograms added portraying the SHMR
  57     scores for each column of the sub-grouped alignment.</p>
  58   <p>
  59     If you use this service in your work, please cite :<br />
  60     <a name="shmrref" /> Brandt, B.W.*, Feenstra, K.A*. and Heringa, J.
  61     (2010) Multi-Harmony: detecting functional specificity from sequence
  62     alignment. <a
  63       href="http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkq415"
  64     >Nucleic Acids Res. 38: W35-W40.</a> (<em>* joint first authors</em>)
  65
  66   <p>
  67     <strong><em>Note:</em></strong> The Multi-Harmony service is
  68     implemented with a prototype of Jalview's RESTful web service client
  69     introduced in Jalview 2.7. A few bugs remain in this prototype,
  70     which we intend to fixed in version 2.7.1.
  71   </ul>
  72   </p>
  73 </body>
  74 </html>