help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>What's new ?</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>What's new ?</strong></p>
  24 <p>The Jalview 2.6.1 release fixes a number of minor bugs affecting
  25 Jalview operation, including issues affecting the import and export of
  26 PIR files and working with multiple multiple structure superpositions.
  27 For full details see the <a href="releases.html#Jalview2.6.1">Jalview
  28 2.6.1 release history</a>.</p>
  29 <p><strong>Highlights in Jalview Version 2.6</strong></p>
  30 <ul>
  31         <li><a href="webServices/JABAWS.html">JABA Web Services</a> for
  32         multiple alignment using:
  33         <ul>
  34                 <li>ClustalW</li>
  35                 <li>MAFFT</li>
  36                 <li>Muscle</li>
  37                 <li>ProbCons</li>
  38                 <li>T-COFFEE</li>
  39         </ul>
  40         </li>
  41         <li>User modifiable alignment service parameters</li>
  42         <li>Visualization of superposed structures associated with protein
  43         or nucleotide sequence alignments.</li>
  44         <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA viewer</li>
  45         <li>New Purine/Pyrimidine colour scheme</li>
  46         <li>Colouring of RNA secondary structure by helices.  See <a href="na/index.html">Nucleic Acid Support</a></li>
  47
  48 </ul>
  49
  50 <p><strong>Issues Resolved (a select list - see release
  51 history for details)</strong></p>
  52 <ul>
  53
  54 </ul>
  55 <p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
  56 details of all new features and resolved issues.</p>
  57 </body>
  58 </html>