JAL-3091 release notes
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>What's new ?</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>What's new in Jalview 2.10.5 ?</strong>
28   </p>
29   <p>Jalview 2.10.5 is a minor release that includes critical
30     patches for users working with Ensembl, and RNA secondary structure
31     annotation.</p>
32   <ul>
33     <li>EPS, PNG and SVG export now includes hidden sequence
34       markers, and representative sequences are marked in bold.</li>
35     <li>Ensembl Client updated for Ensembl Rest API v7.<br />The
36       latest Ensembl API is not backwards compatible with earlier
37       versions of Jalview, so if you require Ensembl functionality you
38       will need to install this release.
39     </li>
40     <li>Improved support for VIENNA extended dot-bracket notation
41       for RNA secondary structure</li>
42     <li>Positional and selected region highlighting in VARNA
43       'trimmed sequence' view now more reliable</li>
44   </ul>
45   <p>
46     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
47       href="releases.html#Jalview.2.10.5">2.10.5 Release Notes</a>. The majority of improvement in 2.10.5 are due to Jalview users
48     contacting us via the jalview-discuss email list. Thanks to everyone
49     who took the time to do this !</p>
50     <p><strong>Jalview and Java 10</strong></p>
51   <p>This release addresses a critical bug for OSX users who are
52     running Jalview with Java 10 which can prevent files being saved
53     correctly through the 'Save As' dialog box. The 'Save As' dialog for
54     Jalview's Groovy Console remains affected - we hope to address this
55     in the next major release.</p>
56 </body>
57 </html>