help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10.5 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>Jalview 2.10.5 is a minor release that includes critical
  30     patches for users working with Ensembl, and RNA secondary structure
  31     annotation.</p>
  32   <ul>
  33     <li>EPS, PNG and SVG export now includes hidden sequence
  34       markers, and representative sequences are marked in bold.</li>
  35     <li>Ensembl Client updated for Ensembl Rest API v7.<br />The
  36       latest Ensembl API is not backwards compatible with earlier
  37       versions of Jalview, so if you require Ensembl functionality you
  38       will need to install this release.
  39     </li>
  40     <li>Improved support for VIENNA extended dot-bracket notation
  41       for RNA secondary structure</li>
  42     <li>Positional and selected region highlighting in VARNA
  43       'trimmed sequence' view now more reliable</li>
  44   </ul>
  45   <p>
  46     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
  47       href="releases.html#Jalview.2.10.5">2.10.5 Release Notes</a>. The majority of improvement in 2.10.5 are due to Jalview users
  48     contacting us via the jalview-discuss email list. Thanks to everyone
  49     who took the time to do this !</p>
  50     <p><strong>Jalview and Java 10</strong></p>
  51   <p>This release addresses a critical bug for OSX users who are
  52     running Jalview with Java 10 which can prevent files being saved
  53     correctly through the 'Save As' dialog box. The 'Save As' dialog for
  54     Jalview's Groovy Console remains affected - we hope to address this
  55     in the next major release.</p>
  56 </body>
  57 </html>