help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>What's new ?</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>What's new ?</strong></p>
   7
   8 <p><strong>Jalview Version 2.2</strong></p>
   9 <p>Multiple views with different styles, colours, hidden regions for
  10 one alignment</p>
  11 <p>Easily add, amend and delete sequence features</p>
  12 <p>&quot;Reload&quot; alignment from File or URL to revert to
  13 original</p>
  14 <p>&quot;Save&quot; to current filename or &quot;Save As&quot; to
  15 new filename</p>
  16 <p>New <strong>&quot;New Window&quot;</strong> button on the
  17 &quot;Output To Textbox&quot; opens output window for quick 'sequence
  18 editing'.</p>
  19 <p>Set different text colour for dark or light background</p>
  20 <p>Right align sequence ids</p>
  21 <p>Set colour of lower case residues in a user defined colour scheme
  22 </p>
  23 <p>Menu Rearrangements: New <strong>Format</strong> for alignment
  24 layout and <strong>Select</strong> for region selection.</p>
  25 </p>
  26 <p>Menu item accelerator keys added</p>
  27 <p>Control-V pastes sequences to active window, Control-Shift-V
  28 pastes to a new window.</p>
  29 <p>Raise/Minimise alignment and all associated windows from desktop
  30 window's <strong>window</strong> menu</p>
  31 <p>Select and colour whole branches of a tree</p>
  32 <p>'New Window' button on the 'Output to Text box' alignment output
  33 option to open a new alignment window after editing.</p>
  34 <p><strong>Issues Resolved</strong></p>
  35 </p>
  36 <p>Optimisations for large alignments: faster multithreaded
  37 calculations and Undo/Redo system.</p>
  38 <p>Remove empty columns - if empty columns exist at the end of the
  39 alignment bug fixed.</p>
  40 <p>DAS feature fetching slowed down, doesn't overload DAS servers</p>
  41 <p>DAS feature fetching can be cancelled</p>
  42 <p>Correct display of &gt; and &lt; symbols for feature descriptions
  43 without explicit &lt;html&gt; tags.</p>
  44 <p>Zoom working in PCA viewer</p>
  45 <p>Sequence Descriptions retained after running a web service</p>
  46 <p>&nbsp;</p>
  47 <p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
  48 details of all new features and resolved issues.</p>
  49 </body>
  50 </html>