help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>What's new ?</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>What's new ?</strong></p>
   7 <p><strong>Highlights in Jalview Version 2.4</strong></p>
   8 <ul>
   9         DNA and protein product highlighting<br>
  10         URL links generated with regular expressions<br>
  11         URL links for sequence database cross references<br>
  12   New sequence fetcher dialog and DAS Sequence Fetching<br>
  13   JPred Service upgraded to Jpred3<br>
  14   Memory monitor<br>
  15   PFAM full alignment retrieval<br>
  16   Generalised sequence database reference validation<br>
  17   DNA Protein Product sequence db traversal (Experimental)<br>
  18   VAMSAS Interoperation Client (Experimental)<br>
  19         export annotation rows as CSV for spreadsheet import<br>
  20         New application command line args and optional Groovy suport<br>
  21         New Applet API methods and parameters<br>
  22 </ul>
  23 <p><strong>Issues Resolved (a select list)</strong></p>
  24 <ul>
  25         Aligned cDNA translation to aligned peptide works correctly<br>
  26         selected region output includes visible annotations (for
  27                         certain formats)<br>
  28         edit label/displaychar contains existing label/char for
  29                         editing<br>
  30         Newick tree support improved for clustalW trees and preserving NHX style comments<br>
  31         Pathological filechooser bug avoided by not allowing
  32                         filenames containing a ':'<br>
  33         Fixed exception when parsing GFF files containing global
  34                         sequence features<br>
  35         Reference counting for alignment datasets<br>
  36         better reporting of non-fatal warnings and error messages to user when file
  37                         parsing fails.<br>
  38         Save works when Jalview project is default format<br>
  39         Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo<br>
  40   Undo recovers dataset sequence metadata when sequence
  41                         regions are cut<br>
  42         PDB files without pdb ID HEADER lines (like those
  43                         generated by MODELLER) are read in properly<br>
  44         Stockholm annotation parsing fixed and improved (PFAM records)<br>
  45         Re-instated Full AMSA support and .amsa file association (MyHits)<br>
  46         annotation consisting of sequence associated scores can be
  47         read and written correctly to annotation file<br>
  48         Fixed display of hidden sequence markers and non-italic font
  49                         for representatives in Applet<br>
  50         Applet Menus are always embedded in applet window on Macs.</br>
  51         Newly shown features appear at top of stack (in Applet)</br>
  52         Secondary structure lines are drawn starting from first
  53                         column of alignment<br>
  54         Uniprot XML import updated for new schema release in July 2008<br>
  55         Sequence feature to sequence ID match for Features file is case-insensitive<br>
  56         Sequence features read from Features file appended to all sequences with matching IDs<br>
  57         PDB structure coloured correctly for associated views containing a sub-sequence<br>
  58         Display name and local features preserved in results retrieved from web service<br>
  59         Visual delay indication for sequence retrieval and sequence fetcher initialisation<br>
  60         Updated Application to use DAS 1.53e version of dasobert DAS client
  61 </ul>
  62
  63 <p>&nbsp;</p>
  64 <p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
  65 details of all new features and resolved issues.</p>
  66 </body>
  67 </html>