help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10.1 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.10.1 was released on 29th November 2016. Full details are
  31     in the <a href="releases.html#Jalview.2.10.1">Jalview 2.10.1
  32       Release Notes</a>, but the highlights are below. This is also the
  33     first release to include contributions from Kira Mour&atilde;o, who
  34     joined Jalview's core development team in October 2016.
  35   </p>
  36   <ul>
  37     <li><strong>More memory efficient</strong><br />We've slimmed
  38       down the consensus analysis data structures used by Jalview so
  39       even wider alignments can be worked with.</li>
  40     <li><strong>Select highlighted region</strong><br />Press 'B'
  41       or use the new menu option in the alignment window's Select menu
  42       to mark columns containing highlighted regions generated from
  43       structure selections, mouse-overs, or resulting from a Find
  44       operation.</li>
  45     <li><strong>New custom link mechanism for opening URLs
  46         for database cross references.</strong><br /> If you have customised URL
  47       links in your Jalview preferences, then you may already have seen
  48       the <a href="#warning"> warning dialog (see below).</a></li>
  49     <li><strong>New command line export option for BioJS
  50         MSAviewer</strong><br />A number of small bugs with the HTML export
  51       functions from the Jalview desktop were also fixed.</li>
  52     <li><strong>Small but significant changes to the
  53         physicochemical properties and consensus calculations</strong><br />Threonine
  54       is no longer considered a non-hydrophobic residue in the protein
  55       conservation calculation, and minor bugs addressed in PID and
  56       consensus colouring.</li>
  57     <li><strong>Correct display of disulphide bond
  58         features</strong><br /> In linked structure views, Jalview would
  59       highlight all residues between in addition to the two linked
  60       cysteines. The 'select columns by feature' function in the feature
  61       settings would also select all intermediate columns.
  62   </ul>
  63
  64   <p>
  65     <strong><a name="warning">Warning dialog about updating
  66         your configured URL links</a></strong><br /> In the desktop prior to Jalview
  67     2.10.1, the only way to configure custom links for a particular
  68     database cross-reference for a sequence was to give it a name that <em>exactly</em>
  69     matched the database source, and a regular expression for filtering
  70     out any spurious matches generated when the custom linked was tested
  71     against the Sequence's ID string. Since the introduction of the
  72     $DB_ACCESSION$ token, however, $SEQUENCE_ID$ will not be used for
  73     database cross-reference accession strings, and if you have custom
  74     links configured, Jalview will raise a warning message so let you
  75     know that you may need to update your links to use $DB_ACCESSION$.
  76   </p>
  77 </body>
  78 </html>