help/html/whatsNew.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Whats new</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Whats new</strong> </p>\r
   5 <p>If you can read this then you'll already have seen some of the recent changes\r
   6   made to Jalview.<br>\r
   7   Jalview takes advantage of some of the more recent user interface developments\r
   8   in the Java programming language. For instance Jalview is now a multi windowed\r
   9   application, this keeps all your Jalview windows neatly together in one main\r
  10   application window. </p>\r
  11 <p>If you were familiar with the original Jalview, here is a list of important\r
  12   features you should know about the current development:</p>\r
  13 <ul>\r
  14   <li>Editing sequences is no longer the default when mouse clicking the alignment.\r
  15     Instead, mouse clicking on the alignment will create a &quot;selection region&quot;\r
  16     which may be full sequences or groups of residues.</li>\r
  17   <li>To edit a sequence, the &quot;Shift&quot; key must be held down</li>\r
  18   <li>To edit groups, either the &quot;Alt&quot; key or the &quot;Control&quot;\r
  19     key must be held down.</li>\r
  20   <li>Colours maybe applied to the background, ie the whole alignment, or to selected\r
  21     regions. If the tickbox &quot;Apply colour to all groups&quot; is ticked (this\r
  22     is the defualt), then the colour will be applied to all groups.</li>\r
  23   <li>Use the right mouse button (apple and click on the mac) to define a selected\r
  24     region on the alignment as a new group. </li>\r
  25   <li>Conservation is automatically updated whenever the alignment is edited</li>\r
  26   <li>There is no &quot;quick draw&quot; option</li>\r
  27   <li>Edits can be undone! (and redone)</li>\r
  28 </ul>\r
  29 </body>\r
  30 </html>\r