help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Jalview 2.10.2b2 bugfix release</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     This is patch release for 2.10.2. See the
  31     <a href="releases.html#Jalview.2.10.2b2">release notes</a> for full
  32     details about the bugs addressed. This second patch release fixes
  33     problems with the Uniprot sequence fetcher and introduces secure SSL
  34     connections for access to EMBL-EBI resources. The previous patch
  35     release introduced additional improvements to the overview panel,
  36     and patches for several minor issues including the ability to
  37     correctly recover cross-references for Uniprot protein sequences
  38     from Ensembl.
  39   </p>
  40   <p>
  41     <strong>What's new in Jalview 2.10.2 ?</strong>
  42   </p>
  43   <p>
  44     Version 2.10.2 was released in August 2017, and introduced new user
  45     interface features, improved and more extensible tree and PCA
  46     analysis, more robust 3D structure viewing with UCSF Chimera and an
  47     updated service client for JABAWS. The full list of bug fixes and
  48     new features can be found in the <a
  49       href="releases.html#Jalview.2.10.2"> 2.10.2 Release Notes</a>, but
  50     the highlights are below.
  51   </p>
  52   <ul>
  53     <li><strong>New dialog and faster and more
  54         configurable Tree and PCA calculations</strong><br> Menu entries for
  55       calculating PCA and different types of tree have been replaced by
  56       a single <a href="calculations/calculations.html"><em>Calculations</em>
  57         dialog box</a>. The underlying implementation for the PCA and tree
  58       calculations have been made faster and more memory efficient.</li>
  59     <li><strong>Extensible score models</strong><br />A new
  60       framework has also been created for the score models used to
  61       calculate distances between sequences and shade alignments. This
  62       framework allows import of substitution matrices in NCBI and
  63       AAIndex format.<br /> <strong>PCA Bug Fixes</strong>. Jalview's
  64       implementation of PCA differed in its treatment of gaps and
  65       non-standard residues. The BLOSUM62 matrix also included a typo
  66       that affected results. See the <a
  67       href="releases.html#2102scoremodelbugs">2.10.2 release note
  68         about score model bugs</a> for details and how to reinstate legacy
  69       behaviour.</li>
  70     <li><strong>Update to JABAWS 2.2</strong><br />Jalview's
  71       alignment, protein conservation analysis, and protein disorder and
  72       RNA secondary structure prediction services are now provided by <a
  73       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS 2.2</a>.
  74       Several of the programs provided as JABAWS 2.2 services have been
  75       updated, so their options and parameters have changed.</li>
  76     <li><strong>URL linkouts to other bioinformatics
  77         databases</strong><br />New preferences for <a
  78       href="webServices/urllinks.html">opening web pages for
  79         database cross-references</a> via the UK Elixir's EMBL-EBI's MIRIAM
  80       database and identifiers.org services.</li>
  81     <li><strong>Showing and hiding regions</strong> <br /> <a
  82       href="menus/popupMenu.html#hideinserts">Hide insertions</a> in the
  83       PopUp menu has changed its behaviour. Prior to 2.10.2, columns
  84       were only shown or hidden according to gaps in the sequence under
  85       the popup menu. Now, only columns that are gapped in all selected
  86       sequences as well as the sequence under the popup menu are hidden,
  87       and column visibility outside the selected region is left as is.
  88       This makes it easy to filter insertions from the alignment view
  89       (just select the region containing insertions to remove) without
  90       affecting the rest of the hidden columns.</li>
  91     <li><strong>Gap count - a.k.a. the Occupancy
  92         Annotation Row</strong><br /> Another way to filter columns according to
  93       the presence of gaps is to enable the <strong>Occupancy
  94         Annotation</strong> row via Jalview's Preferences. This annotation row
  95       shows a histogram of the number of aligned residues at each
  96       column. The <a href="features/columnFilterByAnnotation.html">Select
  97         By Annotation</a> dialog now also includes a percentage threshold
  98       mode, to make it easy to filter alignments to show only those
  99       columns with a particular fraction of aligned sequences.</li>
 100     <li><strong>Recent search history for Find, PDBe and
 101         Uniprot</strong><br />Easily repeat a previous search for <a
 102       href="features/search.html#queryhistory">Find</a> and the free
 103       text search system (for querying Uniprot and the PDBe).</li>
 104     <li><strong>Improved Overview Window</strong><br />The <a
 105       href="features/overview.html">alignment overview</a> is now easier
 106       to use when working with alignments of more than 5000 rows and
 107       columns, and features a new pop-up menu that allows hidden regions
 108       to be excluded from the overview. It also works with CDS/Protein
 109       alignments and MSA views in wrapped mode.</li>
 110     <li><strong>3D Structure</strong><br />Jalview's communication
 111       with UCSF Chimera has been made more robust, particularly when
 112       working with many structures and long sequences. Regions in
 113       structures that correspond to hidden regions in an alignment view
 114       are now left un-coloured, making it easier to highlight specific
 115       features in 3D. See below for <a href="#experimental">experimental
 116         features for exchanging annotation between Chimera and Jalview.</a></li>
 117   </ul>
 118   <p>
 119     <strong>Scripting</strong><br />New <a
 120       href="http://www.jalview.org/examples/groovy">groovy examples</a>
 121     demonstrate Jalview 2.10.2 APIs for creation of data-driven
 122     colourschemes, and custom alignment file handlers. The <a
 123       href="groovy/featuresCounter.html">FeatureAnnotationWorker</a>
 124     introduced in Jalview 2.10 has also been refactored to allow
 125     efficient counting across multiple feature types. Please be aware
 126     that feature counter scripts created for earlier versions will not
 127     execute in Jalview 2.10.2.
 128   </p>
 129   <p>
 130     <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
 131   </p>
 132   <p>
 133     This release of Jalview introduces an <em>Experimental Features</em>
 134     option in the Jalview Desktop's <em>Tools</em> menu that allows you
 135     to try out features that are still in development. To access the
 136     experimental features below - first enable the <strong>Tools&#8594;Enable
 137       Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
 138   </p>
 139   <ul>
 140     <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
 141       <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
 142         the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
 143       be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
 144   </ul>
 145
 146 </body>
 147 </html>