help/html/whatsNew.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>What's new ?</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
   5 <p>If you are reading this then you will already have seen some of the recent changes\r
   6   made to Jalview.<br>\r
   7   Jalview takes advantage of some of the more recent user interface developments\r
   8   in the Java programming language. For instance Jalview is now a multi windowed\r
   9   application, this keeps all your Jalview windows neatly together in one main\r
  10   application window. </p>\r
  11 <p>If you were familiar with the original Jalview, here is a list of important\r
  12   features you should know about the current development:</p>\r
  13 <ul>\r
  14   <li>Editing sequences is no longer the default when mouse clicking the alignment.\r
  15     Instead, mouse clicking on the alignment creates a &quot;selection region&quot;\r
  16     which may be full sequences or groups of residues.</li>\r
  17   <li>To insert or edit the gaps in one sequence in alignment, the &quot;Shift&quot;\r
  18     key must be held down when dragging the mouse.</li>\r
  19   <li>To insert or edit gaps for a group of sequences, the &quot;Alt&quot; key\r
  20     (or in X windows the &quot;Control&quot; key) must be held down.</li>\r
  21   <li>Selecting colour schemes in the colour menu either sets just the &quot;background&quot;\r
  22     colourscheme for the alignment, or - when the tickbox &quot;Apply colour to\r
  23     all groups&quot; is ticked, applies the scheme to the background and all groups\r
  24     defined on the alignment.</li>\r
  25   <li>Use the right mouse button (apple and click on the Mac) whilst the pointer\r
  26     is within the selection area to access the &quot;define&quot; region menu\r
  27     to define a new region, give it a name, and change its colourscheme and display\r
  28     properties.</li>\r
  29   <li>Conservation is automatically updated whenever the alignment is edited</li>\r
  30   <li>There is no &quot;quick draw&quot; option</li>\r
  31   <li>Edits can be undone, and redone!</li>\r
  32 </ul>\r
  33 <table border="1">\r
  34   <tr> \r
  35     <td><div align="center"><em><strong>Release</strong></em></div></td>\r
  36     <td><div align="center"><em><strong>New Features</strong></em></div></td>\r
  37     <td><div align="center"><em><strong>Issues Resolved</strong></em></div></td>\r
  38   </tr>\r
  39   <tr> \r
  40     <td><div align="center"><strong>2.07</strong><br>\r
  41         7 /12/05</div></td>\r
  42     <td><ul>\r
  43         <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>\r
  44         <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>\r
  45         <li>Choose to output sequence start-end after sequence name for file output</li>\r
  46         <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>\r
  47       </ul></td>\r
  48     <td><ul>\r
  49         <li>HTML output writes groups and features</li>\r
  50         <li>Group editing is Control and mouse click</li>\r
  51         <li>Applet can read feature files, PDB files and can be used for HTML \r
  52           form input</li>\r
  53       </ul></td>\r
  54   </tr>\r
  55   <tr> \r
  56     <td><div align="center"><strong>2.06</strong><br>\r
  57         28/9/05</div></td>\r
  58     <td><ul>\r
  59         <li>View annotations in wrapped mode</li>\r
  60         <li>More options for PCA viewer</li>\r
  61       </ul></td>\r
  62     <td><ul>\r
  63         <li>GUI bugs resolved</li>\r
  64         <li>Runs with -nodisplay from command line</li>\r
  65       </ul></td>\r
  66   </tr>\r
  67   <tr> \r
  68     <td><div align="center"><strong>2.05b</strong><br>\r
  69         15/9/05</div></td>\r
  70     <td><ul>\r
  71         <li>Choose EPS export as lineart or text</li>\r
  72         <li>Jar files are executable</li>\r
  73         <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>\r
  74       </ul></td>\r
  75     <td><ul>\r
  76         <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>\r
  77         <li>Overview window calculated more efficiently</li>\r
  78         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
  79       </ul></td>\r
  80   </tr>\r
  81   <tr> \r
  82     <td><div align="center"><strong>2.05</strong><br>\r
  83         30/8/05</div></td>\r
  84     <td><ul>\r
  85         <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>\r
  86       </ul></td>\r
  87     <td><ul>\r
  88         <li>Several GUI bugs resolved</li>\r
  89       </ul></td>\r
  90   </tr>\r
  91   <tr> \r
  92     <td><div align="center"><strong>2.04</strong><br>\r
  93         24/8/05</div></td>\r
  94     <td><ul>\r
  95         <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font size</li>\r
  96       </ul></td>\r
  97     <td><ul>\r
  98         <li>Improved JPred client reliability</li>\r
  99         <li>Improved loading of Jalview files</li>\r
 100       </ul></td>\r
 101   </tr>\r
 102   <tr> \r
 103     <td> <div align="center"><strong>2.03</strong><br>\r
 104         18/8/05</div></td>\r
 105     <td><ul>\r
 106         <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>\r
 107         <li>Multiple URL links from sequence ids</li>\r
 108         <li>User Defined Colours can have a scheme name and added to Colour Menu</li>\r
 109         <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>\r
 110         <li>Unix users can set default web browser</li>\r
 111         <li>Runs without GUI for batch processing</li>\r
 112         <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>\r
 113       </ul></td>\r
 114     <td><ul>\r
 115         <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>\r
 116       </ul></td>\r
 117   </tr>\r
 118   <tr> \r
 119     <td> <div align="center"><strong>2.02</strong><br>\r
 120         18/7/05</div></td>\r
 121     <td>&nbsp;</td>\r
 122     <td><ul>\r
 123         <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains alignment order.</li>\r
 124       </ul></td>\r
 125   </tr>\r
 126   <tr> \r
 127     <td><div align="center"><strong>2.01</strong><br>\r
 128         12/7/05</div></td>\r
 129     <td><ul>\r
 130         <li>Use delete key for deleting selection.</li>\r
 131         <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>\r
 132         <li>Help file updated to describe how to add alignment annotations.</li>\r
 133         <li>Version and build date written to build properties file.</li>\r
 134         <li>InstallAnywhere installation will check for updates at launch of Jalview.</li>\r
 135       </ul></td>\r
 136     <td><ul>\r
 137         <li>Delete gaps bug fixed.</li>\r
 138         <li>FileChooser sorts columns.</li>\r
 139         <li>Can remove groups one by one.</li>\r
 140         <li>Filechooser icons installed.</li>\r
 141         <li>Finder ignores return character when searching. Return key will initiate \r
 142           a search.<br>\r
 143         </li>\r
 144       </ul></td>\r
 145   </tr>\r
 146   <tr> \r
 147     <td> <div align="center"><strong>2.0</strong><br>\r
 148         20/6/05</div></td>\r
 149     <td ><ul>\r
 150         <li> New codebase</li>\r
 151       </ul></td>\r
 152     <td >&nbsp;</td>\r
 153   </tr>\r
 154 </table>\r
 155 <p>&nbsp;</p>\r
 156 </body>\r
 157 </html>\r