help/markdown/releases/release-2_11_3_3.md

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   2 version: 2.11.3.3
   3 date: 2024-05-16
   4 channel: "release"
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   7 ## New Features
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   9 - <!-- JAL-518 --> Left/Right justify the alignment or current selection (with Undo)
  10 - <!-- JAL-4192 --> Minimum versions of Jalview's build toolchain are explicitly specified in doc/building.md
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  12 ### development and deployment
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  14 - <!-- JAL-4413 --> timeout for test tasks to prevent hanging builds
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  16 ## Issues Resolved
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  18 - <!-- JAL-4407 --> Secondary structure not available after dragging a 3D structure onto a sequence to associate it when 'Process secondary structure' flag is true in preferences
  19 - <!-- JAL-840 --> Clustal colourscheme documentation not consistent with implementation
  20 - <!-- JAL-4367 --> Handles to adjust ID panel width or annotation panel height can be dragged out of the Alignment window
  21 - <!-- JAL-2934 --> Trackpad scrolling not proportional to gesture velocity
  22 - <!-- JAL-4353 --> Cannot output individual images of more than one structure view attached to one open alignment
  23 - <!-- JAL-4373 --> --jvmempc and --jvmemmax don't work for jalview installed via conda or jar
  24 - <!-- JAL-4368 --> User's default colour scheme is erroneously applied to alignments in Jalview projects opened via command line when no --colour argument supplied
  25 - <!-- JAL-4290 --> Headless alignment export with structure annotations doesn't include secondary structure and temperature factor
  26 - <!-- JAL-4369 --> Uniprot record retrieval not working in JalviewJS (affects all versions)
  27 - <!-- JAL-4243 --> bio.tools record version number updated
  28 - <!-- JAL-4217 --> Miscellaneous patches to fix hangs in 2.11.3 test suite
  29 - <!-- JAL-3978 --> Jalview archive build getdown doesn't include wrapper scripts
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  31 ### New Known Issues
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  33 - <!-- JAL-3124 --> Protein structure derived annotation tracks not available as reference annotation unless 'add to alignment' preference is enabled
  34 - <!-- JAL-4415 --> Enabling just "Add Secondary Structure" Structure preference when importing structure via CLI results in temperature factor being shown in alignment
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