help/markdown/releases/release-2_11_4_0.md

   1 ---
   2 version: 2.11.4.0
   3 date: 2024-06-30
   4 channel: "develop"
   5 ---
   6
   7 ## New Features
   8
   9 - <!-- JAL-4392 --> Consensus secondary structure visualization for alignments
  10 - <!-- JAL-4386 --> Calculate tree or PCA using secondary structure annotation
  11 - <!-- JAL-4159 --> Calculate PASiMap projection for sequences - ported by Thomas Morell ( U. Konstanz)
  12 - <!-- JAL-789,JAL-4257 --> allow adjustment of gap opening, extension, and score model for built in pairwise alignment
  13
  14
  15 ### development and deployment
  16
  17
  18 ## Issues Resolved
  19
  20
  21 ### New Known Issues
  22
  23