help/markdown/releases/release-2_11_4_0.md

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   2 version: 2.11.4.0
   3 date: 2024-09-18
   4 channel: "release"
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   7 ## New Features
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   9 - <!-- JAL-4159,JAL-4390, JAL-4446 --> Calculate PASiMap projection for sequences - ported by Thomas Morell ( U. Konstanz)
  10 - <!-- JAL-4392 --> Consensus secondary structure visualization for alignments
  11 - <!-- JAL-4411 --> Show data source for 'reference annotation' from 3D structure (e.g. Secondary Structure)
  12 - <!-- JAL-4386 --> Calculate tree or PCA using secondary structure annotation
  13 <!-- not complete in this version - JAL-789,JAL-4257 -- allow adjustment of gap opening, extension, and score model for built in pairwise alignment -->
  14 - <!-- JAL-4447 --> Pairwise alignment can be performed with different substitution matrices
  15 - <!-- JAL-4447 --> PCA, Pairwise alignment, trees and PaSiMap window titles include the matrix and additional parameters used
  16 - <!-- JAL-4461 --> "Select format by extension" option in Jalview's "Save As" dialog's file type dropdown menu
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  18 ### Experimental Features (enable via Desktop's tools menu)
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  20 - <!-- JAL-1124 --> PCA and PaSiMap panels allow Right-click and drag to select several sequences at once
  21 - <!-- JAL-4420 --> Jalview sensibly handles opening or a drag'n'drop of several .features, .annotations and .newick files onto an alignment
  22 <!-- not yet! - -- JAL-4366     Linked visualisation of Foldseek 3Di MSAs with corresponding 3D structures -->
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  24 ### development and deployment
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  26 - <!-- JAL-3830,JAL-4444 --> Add a command-line wrapper script to macOS bundle, linux and Windows installations (bash, powershell and .bat wrappers)
  27 - <!-- JAL-3384 -->     Redirect stdout and stderr to file when launched from getdown
  28 - <!-- JAL-4428,JAL-4421,JAL-3393 --> OSX DMGs have custom icons and mount point includes architecture and version details
  29 - <!-- JAL-3845 -->     Add error message when launched directly from Jalview Installer DMG volume
  30 - <!-- JAL-3631,JAL-4104 -->    Allow jalview auto-updates to download to and work from separate user-space directory
  31 - <!-- JAL-3978, JAL-3196 -->   Gradle build with install4j launchers
  32 - <!-- JAL-4409, JAL-4160 -->   Implement in Jalview (and getdown for JVL) the use of specific scheme names for different channels (e.g. jalviewd://)
  33 - <!-- JAL-4428 -->     integrate OSX codesigning scripts in jalview's repository
  34 - <!-- JAL-3063 -->     new documentation describing how jalview project XML schema is maintained (in doc/jalview-projects.md)
  35 - <!-- JAL-3018,JAL-4449, JAL-4328 --> updated Jalview's Ensembl's client for v15.8 of the REST API - change in BRAF query returned by ensembl Genes for chicken for GRCg7b (now ENSGALG00010013466, was ENSGALG00000012865)
  36 - <!-- JAL-4454 --> "Getdown DEVELOP Channel" linkCheck fails if there's a link to whatsNew#experimental or releaseHistory from other help pages
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  38 ## Issues Resolved
  39 - <!-- JAL-1054 --> jalview does not fetch from a URL containing a redirect
  40 - <!-- JAL-4414 --> HTTP errors are often interpreted to the user as a file format error - and FileNotFound errors are not propagated from Web or Local file import
  41 - <!-- JAL-3409 --> launcher.log from jalview runtime missing newlines and also lacks stdout/stderr reported in Jalview Console
  42 - <!-- JAL-4072 --> Possible "Zip Slip Vulnerability" in getdown
  43 - <!-- JAL-4417 --> jalview.bin.CommandsTest.headlessOrGuiImageOutputTest produces different images for --gui and --headless when using certain .jalview_properties
  44 - <!-- JAL-4421 --> Release installer DMG does not display the background image
  45 - <!-- JAL-4358 --> Getdown splash screen should disappear as soon as the Jalview Desktop is created/visible
  46 - <!-- JAL-4442 --> Race condition in Jalview quit handler that can cause a hang on very slow interactive systems
  47 - <!-- JAL-4460 --> Adjusting the saved as file format via the Alignment window Save As... dialog box doesn't actually change the format used to save the alignment
  48 - <!-- JAL-4427,JAL-4451 --> Annotation labels from protein disorder services include html tags from description
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  50 ### development and deployment
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  52 - <!-- JAL-4111 --> Removed gradle build's dependency on gradle-imagemagick plugin to allow building on windows (still need imagemagick installed on path for splashscreen commit watermark)
  53 - <!-- JAL-4397 --> Fixed inconsistencies in test suite on different platforms
  54 - <!-- JAL-4398 --> The rendering of the text "Window" for the Window menu item is different to the other menus when testing in Linux
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  57 ### New Known Issues
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  59 - <!-- JAL-4443 --> PaSiMap not available in JalviewJS
  60 - <!-- JAL-4100 -->     Jalview ignores ncrna genes when importing from genbank format files
  61 - <!-- JAL-4450 --> Sequence letter aspect ratio not set correctly when aspect ratio is very narrow after middle-mouse drag
  62 - <!-- JAL-4464 --> cannot store/restore group associated secondary structure consensus annotations
  63 - <!-- JAL-4349 --> spurious output image .extensions cause jalview CLI execution to fail with Null Pointer Exception (since 2.11.3.0)