JAL-3989 Code tidying, added JVL_HEADER for older versions of Jalview, allow time...
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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>What's new ?</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Welcome to Jalview Version $$Version-Rel$$ !!</strong><br/>
28   </p>
29   <p>
30 __WHATSNEW__
31   </p>
32   <p>
33     This release series provides support for two popular 3D
34     structure visualisation tools, new features for discovery of 3D
35     structures, improved platform integration and a new command line
36     tool allowing Jalview to be more easily called from scripts.</p>
37
38   <p>
39     <strong>View predicted protein structures via 3D-Beacons</strong> <br>
40     Jalview 2.11.2's <a href="features/structurechooser.html">Structure
41       Chooser includes a client for the 3D-Beacons Network</a>. Launched in
42     2021, the 3D-Beacons network (<a
43       href="https://www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons/">www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/3dbeacons/</a>)
44     provides a central point for the retrieval of predicted and observed
45     3D structures for sequences in Uniprot, including homology models
46     from Swiss-model and deep learning based predictions from the EBI's
47     Alphafold database (Orengo et al. 2020, <a
48       href="https://doi.org/10.12688/f1000research.20559.1">doi:10.12688/f1000research.20559.1</a>).<br>
49   </p>
50
51   <p>
52     <strong>Support for viewing structures with ChimeraX and
53       Pymol</strong><br> Jalview's 3D structure viewer system has been
54     re-architected to allow easier integration of external structure
55     viewers, and takes advantage of the strucViz2 Chimera communications
56     library developed by Scooter Morris (<a
57       href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm329">doi:10.1093/bioinformatics/btm329</a>).<br /> <br />
58     The <a href="features/preferences.html#structure">Structures
59       Preferences tab</a> provides new options allowing ChimeraX and
60     Pymol to be used for visualising external 3D structures. Views
61     from all structure viewers are saved in Jalview Projects, allowing
62     them to be shared with others using Jalview 2.11.2 or later,
63     providing they have the same viewer installed and configured to be
64     used with Jalview.<br/><br/>Jalview
65     2.11.2 has been tested with <strong>Pymol 2.5.0 (community)</strong> and <strong>2.5.2
66     (incentive)</strong>. For <strong>ChimeraX, we recommend using v1.3 or later</strong>.
67   </p>
68   <p>Other highlights include:</p>
69   <ul>
70     <li>Import of annotated DNA and RNA loci via GenBank and EMBL
71       style flatfile</li>
72     <li><strong>Easier configuration of <a
73         href="features/preferences.html#startup">Jalview's memory
74           allocation</a></strong></li>
75     <li>Scripts for <a href="features/commandline.html">running
76         Jalview via the command line</a> on macOS, Linux/Unix and Windows.
77     </li>
78   </ul>
79
80
81   <p>
82       For the full details, see <a
83         href="releases.html#Jalview.2.11.2.1">the Jalview 2.11.2.1
84         release notes</a>.
85     </p>
86   <p>
87     <strong>Known Issues</strong> <br />The following known issues will
88     be addressed in a minor patch release.
89   
90   <ul>
91     <li>Display of RESNUM sequence features are not suppressed when
92       structures associated with a sequence are viewed with an external
93       viewer (Regression from 2.11.1 series)</li>
94   </ul>
95     <p></p>
96 </body>
97 </html>