io/FastaFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 /**
  28  * DOCUMENT ME!
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class FastaFile extends AlignFile
  34 {
  35   /**
  36    * Length of a sequence line
  37    */
  38   int len = 72;
  39
  40   StringBuffer out;
  41
  42   /**
  43    * Creates a new FastaFile object.
  44    */
  45   public FastaFile()
  46   {
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Creates a new FastaFile object.
  51    *
  52    * @param inFile
  53    *          DOCUMENT ME!
  54    * @param type
  55    *          DOCUMENT ME!
  56    *
  57    * @throws IOException
  58    *           DOCUMENT ME!
  59    */
  60   public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException
  61   {
  62     super(inFile, type);
  63   }
  64
  65   public FastaFile(FileParse source) throws IOException
  66   {
  67     super(source);
  68   }
  69
  70   /**
  71    * DOCUMENT ME!
  72    *
  73    * @throws IOException
  74    *           DOCUMENT ME!
  75    */
  76   public void parse() throws IOException
  77   {
  78     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  79     boolean firstLine = true;
  80
  81     String line, uline;
  82     Sequence seq = null;
  83
  84     boolean annotation = false;
  85
  86     while ((uline = nextLine()) != null)
  87     {
  88       line = uline.trim();
  89       if (line.length() > 0)
  90       {
  91         if (line.charAt(0) == '>')
  92         {
  93           if (line.startsWith(">#_"))
  94           {
  95             if (annotation)
  96             {
  97               annotations.addElement(makeAnnotation(seq, sb));
  98             }
  99           }
 100           else
 101           {
 102             annotation = false;
 103           }
 104
 105           if (!firstLine)
 106           {
 107             seq.setSequence(sb.toString());
 108
 109             if (!annotation)
 110             {
 111               seqs.addElement(seq);
 112             }
 113           }
 114
 115           seq = parseId(line.substring(1));
 116           firstLine = false;
 117
 118           sb = new StringBuffer();
 119
 120           if (line.startsWith(">#_"))
 121           {
 122             annotation = true;
 123           }
 124         }
 125         else
 126         {
 127           sb.append(annotation ? uline : line);
 128         }
 129       }
 130     }
 131
 132     if (annotation)
 133     {
 134       annotations.addElement(makeAnnotation(seq, sb));
 135     }
 136
 137     else if (!firstLine)
 138     {
 139       seq.setSequence(sb.toString());
 140       seqs.addElement(seq);
 141     }
 142   }
 143
 144   private AlignmentAnnotation makeAnnotation(SequenceI seq, StringBuffer sb)
 145   {
 146     Annotation[] anots = new Annotation[sb.length()];
 147     char cb;
 148     for (int i = 0; i < anots.length; i++)
 149     {
 150       char cn = sb.charAt(i);
 151       if (cn != ' ')
 152       {
 153         anots[i] = new Annotation("" + cn, null, ' ', Float.NaN);
 154       }
 155     }
 156     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(seq.getName()
 157             .substring(2), seq.getDescription(), anots);
 158     return aa;
 159   }
 160
 161   /**
 162    * called by AppletFormatAdapter to generate an annotated alignment, rather
 163    * than bare sequences.
 164    *
 165    * @param al
 166    */
 167   public void addAnnotations(Alignment al)
 168   {
 169     addProperties(al);
 170     for (int i = 0; i < annotations.size(); i++)
 171     {
 172       AlignmentAnnotation aa = (AlignmentAnnotation) annotations
 173               .elementAt(i);
 174       aa.setPadGaps(true, al.getGapCharacter());
 175       al.addAnnotation(aa);
 176     }
 177   }
 178
 179   /**
 180    * DOCUMENT ME!
 181    *
 182    * @param s
 183    *          DOCUMENT ME!
 184    * @param len
 185    *          DOCUMENT ME!
 186    * @param gaps
 187    *          DOCUMENT ME!
 188    * @param displayId
 189    *          DOCUMENT ME!
 190    *
 191    * @return DOCUMENT ME!
 192    */
 193   public String print(SequenceI[] s)
 194   {
 195     out = new StringBuffer();
 196     int i = 0;
 197
 198     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 199     {
 200       out.append(">" + printId(s[i]));
 201       if (s[i].getDescription() != null)
 202       {
 203         out.append(" " + s[i].getDescription());
 204       }
 205
 206       out.append(newline);
 207
 208       int nochunks = (s[i].getLength() / len) + 1;
 209
 210       for (int j = 0; j < nochunks; j++)
 211       {
 212         int start = j * len;
 213         int end = start + len;
 214
 215         if (end < s[i].getLength())
 216         {
 217           out.append(s[i].getSequenceAsString(start, end) + newline);
 218         }
 219         else if (start < s[i].getLength())
 220         {
 221           out.append(s[i].getSequenceAsString(start, s[i].getLength())
 222                   + newline);
 223         }
 224       }
 225
 226       i++;
 227     }
 228
 229     return out.toString();
 230   }
 231
 232   /**
 233    * DOCUMENT ME!
 234    *
 235    * @return DOCUMENT ME!
 236    */
 237   public String print()
 238   {
 239     return print(getSeqsAsArray());
 240   }
 241 }