jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class JalviewLite extends Applet\r
  40 {\r
  41     static int lastFrameX = 200;\r
  42     static int lastFrameY = 200;\r
  43     boolean fileFound = true;\r
  44     String file = "No file";\r
  45     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  46 \r
  47     AlignFrame currentAlignFrame;\r
  48 \r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * init method for Jalview Applet\r
  52      */\r
  53     public void init()\r
  54     {\r
  55       lastFrameX = 200;\r
  56       lastFrameY = 200;\r
  57         int r = 255;\r
  58         int g = 255;\r
  59         int b = 255;\r
  60         String param = getParameter("RGB");\r
  61 \r
  62         if (param != null)\r
  63         {\r
  64             try\r
  65             {\r
  66                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  67                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  68                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  69             }\r
  70             catch (Exception ex)\r
  71             {\r
  72                 r = 255;\r
  73                 g = 255;\r
  74                 b = 255;\r
  75             }\r
  76         }\r
  77 \r
  78         param = getParameter("label");\r
  79         if(param != null)\r
  80           launcher.setLabel(param);\r
  81 \r
  82         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  83 \r
  84 \r
  85         param = getParameter("features");\r
  86         if(param!=null)\r
  87         {\r
  88           if(param.indexOf("://")==-1)\r
  89                param = getCodeBase() + param;\r
  90         }\r
  91         final String featuresFile = param;\r
  92 \r
  93         file = getParameter("file");\r
  94         final JalviewLite applet = this;\r
  95         if (file != null)\r
  96         {\r
  97             add(launcher);\r
  98             if(file.indexOf("://")==-1)\r
  99                file = getCodeBase() + file;\r
 100 \r
 101             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 102                 {\r
 103                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 104                     {\r
 105                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
 106                                 "URL");\r
 107                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 108                             "URL",\r
 109                             format,\r
 110                             featuresFile,\r
 111                             applet);\r
 112                         loader.start();\r
 113                       }\r
 114                 });\r
 115         }\r
 116         else\r
 117         {\r
 118             file = "NO FILE";\r
 119             fileFound = false;\r
 120         }\r
 121     }\r
 122 \r
 123 \r
 124     public static void main(String [] args)\r
 125     {\r
 126       if(args.length!=1)\r
 127       {\r
 128         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 129         System.exit(1);\r
 130       }\r
 131 \r
 132       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(args[0],"File");\r
 133       SequenceI[] sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], "File", format);\r
 134 \r
 135       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 136       {\r
 137         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0]);\r
 138         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 139       }\r
 140     }\r
 141 \r
 142 \r
 143     /**\r
 144      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 145      *\r
 146      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 147      * @param title title of new frame\r
 148      * @param width width if new frame\r
 149      * @param height height of new frame\r
 150      */\r
 151     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 152         int height)\r
 153     {\r
 154         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 155         lastFrameX += 40;\r
 156         lastFrameY += 40;\r
 157         frame.setSize(width, height);\r
 158         frame.setTitle(title);\r
 159         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 160             {\r
 161                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 162                 {\r
 163                     frame.dispose();\r
 164                 }\r
 165             });\r
 166         frame.setVisible(true);\r
 167     }\r
 168 \r
 169     public String getAlignment(String format)\r
 170     {\r
 171       return getAlignment(format, "true");\r
 172     }\r
 173 \r
 174     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
 175     {\r
 176       try\r
 177       {\r
 178         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
 179 \r
 180         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
 181             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(), seqlimits);\r
 182         return reply;\r
 183       }\r
 184       catch (Exception ex)\r
 185       {ex.printStackTrace();\r
 186         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 187 \r
 188       }\r
 189     }\r
 190 \r
 191     /**\r
 192      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 193      * <br>\r
 194      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 195      *\r
 196      * @param g graphics context\r
 197      */\r
 198     public void paint(Graphics g)\r
 199     {\r
 200         if (!fileFound)\r
 201         {\r
 202             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 203             g.setColor(Color.cyan);\r
 204             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 205             g.setColor(Color.red);\r
 206             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 207             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 208         }\r
 209     }\r
 210 \r
 211     class LoadingThread extends Thread\r
 212     {\r
 213         String file;\r
 214         String protocol;\r
 215         String format;\r
 216         String featuresFile;\r
 217         JalviewLite applet;\r
 218 \r
 219         public LoadingThread(String file,\r
 220                              String protocol,\r
 221                              String format,\r
 222                              String features,\r
 223                              JalviewLite applet)\r
 224         {\r
 225             this.file = file;\r
 226             this.protocol = protocol;\r
 227             this.format = format;\r
 228             featuresFile = features;\r
 229             this.applet = applet;\r
 230         }\r
 231 \r
 232         public void run()\r
 233         {\r
 234             SequenceI[] sequences = null;\r
 235             sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 236 \r
 237             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 238             {\r
 239                 currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 240                         applet, file);\r
 241                 currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 242 \r
 243                 if(featuresFile!=null)\r
 244                   currentAlignFrame.parseFeaturesFile(featuresFile);\r
 245 \r
 246                 String pdbfile = applet.getParameter("PDBFILE");\r
 247                 if(pdbfile!=null)\r
 248                 {\r
 249                   if(pdbfile.indexOf("://")==-1)\r
 250                        pdbfile = getCodeBase() + pdbfile;\r
 251 \r
 252                   String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");\r
 253 \r
 254                   if(sequence!=null)\r
 255                   {\r
 256                     new MCview.AppletPDBViewer(pdbfile, "URL",\r
 257                                                (Sequence)currentAlignFrame.getAlignViewport().getAlignment().findName(sequence),\r
 258                                                currentAlignFrame.getSeqcanvas());\r
 259 \r
 260 \r
 261                   }\r
 262 \r
 263                 }\r
 264             }\r
 265             else\r
 266             {\r
 267                 fileFound = false;\r
 268                 remove(launcher);\r
 269                 repaint();\r
 270             }\r
 271         }\r
 272     }\r
 273 }\r