jalview/gui/JDatabaseTree.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Component;
  29 import java.awt.Dimension;
  30 import java.awt.FlowLayout;
  31 import java.awt.GridLayout;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.KeyEvent;
  35 import java.awt.event.KeyListener;
  36 import java.awt.event.MouseAdapter;
  37 import java.awt.event.MouseEvent;
  38 import java.util.ArrayList;
  39 import java.util.HashSet;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Vector;
  43
  44 import javax.swing.JButton;
  45 import javax.swing.JFrame;
  46 import javax.swing.JLabel;
  47 import javax.swing.JPanel;
  48 import javax.swing.JScrollPane;
  49 import javax.swing.JTree;
  50 import javax.swing.ToolTipManager;
  51 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
  52 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
  53 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  54 import javax.swing.tree.DefaultTreeCellRenderer;
  55 import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;
  56 import javax.swing.tree.TreeCellRenderer;
  57 import javax.swing.tree.TreeNode;
  58 import javax.swing.tree.TreePath;
  59 import javax.swing.tree.TreeSelectionModel;
  60
  61 public class JDatabaseTree extends JalviewDialog implements KeyListener
  62 {
  63   boolean allowMultiSelections = false;
  64
  65   public int action;
  66
  67   JButton getDatabaseSelectorButton()
  68   {
  69     final JButton viewdbs = new JButton(
  70             MessageManager.getString("action.select_ddbb"));
  71     viewdbs.addActionListener(new ActionListener()
  72     {
  73
  74       @Override
  75       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
  76       {
  77         showDialog();
  78       }
  79     });
  80     return viewdbs;
  81   }
  82
  83   JScrollPane svp;
  84
  85   JTree dbviews;
  86
  87   private jalview.ws.SequenceFetcher sfetcher;
  88
  89   private JLabel dbstatus, dbstatex;
  90
  91   private JPanel mainPanel = new JPanel(new BorderLayout());
  92
  93   public JDatabaseTree(jalview.ws.SequenceFetcher sfetch)
  94   {
  95     mainPanel.add(this);
  96     initDialogFrame(mainPanel, true, false,
  97             MessageManager
  98                     .getString("label.select_database_retrieval_source"),
  99             650, 490);
 100     /*
 101      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 102      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 103      * identical DB sources, and should be collapsed.
 104      */
 105     DefaultMutableTreeNode tn = null, root = new DefaultMutableTreeNode();
 106     Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode> source = new Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode>();
 107     sfetcher = sfetch;
 108     String dbs[] = sfetch.getSupportedDb();
 109     Hashtable<String, String> ht = new Hashtable<String, String>();
 110     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 111     {
 112       tn = source.get(dbs[i]);
 113       List<DbSourceProxy> srcs = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]);
 114       if (tn == null)
 115       {
 116         source.put(dbs[i], tn = new DefaultMutableTreeNode(dbs[i], true));
 117       }
 118       for (DbSourceProxy dbp : srcs)
 119       {
 120         if (ht.get(dbp.getDbName()) == null)
 121         {
 122           tn.add(new DefaultMutableTreeNode(dbp, false));
 123           ht.put(dbp.getDbName(), dbp.getDbName());
 124         }
 125         else
 126         {
 127           System.err.println("dupe ig for : " + dbs[i] + " \t"
 128                   + dbp.getDbName() + " (" + dbp.getDbSource() + ")");
 129           source.remove(tn);
 130         }
 131       }
 132     }
 133     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 134     {
 135       tn = source.get(dbs[i]);
 136       if (tn == null)
 137       {
 138         continue;
 139       }
 140       if (tn.getChildCount() == 1)
 141       {
 142         DefaultMutableTreeNode ttn = (DefaultMutableTreeNode) tn
 143                 .getChildAt(0);
 144         // remove nodes with only one child
 145         tn.setUserObject(ttn.getUserObject());
 146         tn.removeAllChildren();
 147         source.put(dbs[i], tn);
 148         tn.setAllowsChildren(false);
 149       }
 150       root.add(tn);
 151     }
 152     // and sort the tree
 153     sortTreeNodes(root);
 154     dbviews = new JTree(new DefaultTreeModel(root, false));
 155     dbviews.setCellRenderer(new DbTreeRenderer(this));
 156
 157     dbviews.getSelectionModel().setSelectionMode(
 158             TreeSelectionModel.SINGLE_TREE_SELECTION);
 159     svp = new JScrollPane(dbviews);
 160     svp.setMinimumSize(new Dimension(100, 200));
 161     svp.setPreferredSize(new Dimension(200, 400));
 162     svp.setMaximumSize(new Dimension(300, 600));
 163
 164     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 165     panel.setSize(new Dimension(350, 220));
 166     panel.add(svp);
 167     dbviews.addTreeSelectionListener(new TreeSelectionListener()
 168     {
 169
 170       @Override
 171       public void valueChanged(TreeSelectionEvent arg0)
 172       {
 173         _setSelectionState();
 174       }
 175     });
 176     dbviews.addMouseListener(new MouseAdapter()
 177     {
 178
 179       @Override
 180       public void mousePressed(MouseEvent e)
 181       {
 182         if (e.getClickCount() == 2)
 183         {
 184           okPressed();
 185           closeDialog();
 186         }
 187       }
 188     });
 189     JPanel jc = new JPanel(new BorderLayout()), j = new JPanel(
 190             new FlowLayout());
 191     jc.add(svp, BorderLayout.CENTER);
 192
 193     java.awt.Font f;
 194     // TODO: make the panel stay a fixed size for longest dbname+example set.
 195     JPanel dbstat = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 196     dbstatus = new JLabel(" "); // set the height correctly for layout
 197     dbstatus.setFont(f = JvSwingUtils.getLabelFont(false, true));
 198     dbstatus.setSize(new Dimension(290, 50));
 199     dbstatex = new JLabel(" ");
 200     dbstatex.setFont(f);
 201     dbstatex.setSize(new Dimension(290, 50));
 202     dbstat.add(dbstatus);
 203     dbstat.add(dbstatex);
 204     jc.add(dbstat, BorderLayout.SOUTH);
 205     jc.validate();
 206     add(jc, BorderLayout.CENTER);
 207     ok.setEnabled(false);
 208     j.add(ok);
 209     j.add(cancel);
 210     add(j, BorderLayout.SOUTH);
 211     dbviews.addKeyListener(this);
 212     validate();
 213   }
 214
 215   private void sortTreeNodes(DefaultMutableTreeNode root)
 216   {
 217     if (root.getChildCount() == 0)
 218     {
 219       return;
 220     }
 221     int count = root.getChildCount();
 222     String[] names = new String[count];
 223     DefaultMutableTreeNode[] nodes = new DefaultMutableTreeNode[count];
 224     for (int i = 0; i < count; i++)
 225     {
 226       TreeNode node = root.getChildAt(i);
 227       if (node instanceof DefaultMutableTreeNode)
 228       {
 229         DefaultMutableTreeNode child = (DefaultMutableTreeNode) node;
 230         nodes[i] = child;
 231         if (child.getUserObject() instanceof DbSourceProxy)
 232         {
 233           names[i] = ((DbSourceProxy) child.getUserObject()).getDbName()
 234                   .toLowerCase();
 235         }
 236         else
 237         {
 238           names[i] = ((String) child.getUserObject()).toLowerCase();
 239           sortTreeNodes(child);
 240         }
 241       }
 242       else
 243       {
 244         throw new Error(
 245                 MessageManager
 246                         .getString("error.implementation_error_cant_reorder_tree"));
 247       }
 248     }
 249     jalview.util.QuickSort.sort(names, nodes);
 250     root.removeAllChildren();
 251     for (int i = count - 1; i >= 0; i--)
 252     {
 253       root.add(nodes[i]);
 254     }
 255   }
 256
 257   private class DbTreeRenderer extends DefaultTreeCellRenderer implements
 258           TreeCellRenderer
 259   {
 260     JDatabaseTree us;
 261
 262     public DbTreeRenderer(JDatabaseTree me)
 263     {
 264       us = me;
 265       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(dbviews);
 266     }
 267
 268     private Component returnLabel(String txt)
 269     {
 270       JLabel jl = new JLabel(txt);
 271       jl.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 272       return jl;
 273     }
 274
 275     @Override
 276     public Component getTreeCellRendererComponent(JTree tree, Object value,
 277             boolean selected, boolean expanded, boolean leaf, int row,
 278             boolean hasFocus)
 279     {
 280       String val = "";
 281       if (value != null && value instanceof DefaultMutableTreeNode)
 282       {
 283         DefaultMutableTreeNode vl = (DefaultMutableTreeNode) value;
 284         value = vl.getUserObject();
 285         if (value instanceof DbSourceProxy)
 286         {
 287           val = ((DbSourceProxy) value).getDbName();
 288           if (((DbSourceProxy) value).getDescription() != null)
 289           { // getName()
 290             this.setToolTipText(((DbSourceProxy) value).getDescription());
 291           }
 292         }
 293         else
 294         {
 295           if (value instanceof String)
 296           {
 297             val = (String) value;
 298           }
 299         }
 300       }
 301       if (value == null)
 302       {
 303         val = "";
 304       }
 305       return super.getTreeCellRendererComponent(tree, val, selected,
 306               expanded, leaf, row, hasFocus);
 307
 308     }
 309   }
 310
 311   List<DbSourceProxy> oldselection, selection = null;
 312
 313   TreePath[] tsel = null, oldtsel = null;
 314
 315   @Override
 316   protected void raiseClosed()
 317   {
 318     for (ActionListener al : lstners)
 319     {
 320       al.actionPerformed(null);
 321     }
 322   }
 323
 324   @Override
 325   protected void okPressed()
 326   {
 327     _setSelectionState();
 328   }
 329
 330   @Override
 331   protected void cancelPressed()
 332   {
 333     selection = oldselection;
 334     tsel = oldtsel;
 335     _revertSelectionState();
 336     closeDialog();
 337   }
 338
 339   void showDialog()
 340   {
 341     oldselection = selection;
 342     oldtsel = tsel;
 343     validate();
 344     waitForInput();
 345   }
 346
 347   public boolean hasSelection()
 348   {
 349     return selection == null ? false : selection.size() == 0 ? false : true;
 350   }
 351
 352   public List<DbSourceProxy> getSelectedSources()
 353   {
 354     return selection;
 355   }
 356
 357   /**
 358    * disable or enable selection handler
 359    */
 360   boolean handleSelections = true;
 361
 362   private void _setSelectionState()
 363   {
 364     if (!handleSelections)
 365     {
 366       return;
 367     }
 368     ok.setEnabled(false);
 369     if (dbviews.getSelectionCount() == 0)
 370     {
 371       selection = null;
 372     }
 373
 374     tsel = dbviews.getSelectionPaths();
 375     boolean forcedFirstChild = false;
 376     List<DbSourceProxy> srcs = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 377     if (tsel != null)
 378     {
 379       for (TreePath tp : tsel)
 380       {
 381         DefaultMutableTreeNode admt, dmt = (DefaultMutableTreeNode) tp
 382                 .getLastPathComponent();
 383         if (dmt.getUserObject() != null)
 384         {
 385           /*
 386            * enable OK button once a selection has been made
 387            */
 388           ok.setEnabled(true);
 389           if (dmt.getUserObject() instanceof DbSourceProxy)
 390           {
 391             srcs.add((DbSourceProxy) dmt.getUserObject());
 392           }
 393           else
 394           {
 395             if (allowMultiSelections)
 396             {
 397               srcs.addAll(sfetcher.getSourceProxy((String) dmt
 398                       .getUserObject()));
 399             }
 400             else
 401             {
 402               srcs.add(sfetcher
 403                       .getSourceProxy((String) dmt.getUserObject()).get(0));
 404               forcedFirstChild = true;
 405             }
 406           }
 407         }
 408       }
 409     }
 410     updateDbStatus(srcs, forcedFirstChild);
 411     selection = srcs;
 412   }
 413
 414   private void _revertSelectionState()
 415   {
 416     handleSelections = false;
 417     if (selection == null || selection.size() == 0)
 418     {
 419       dbviews.clearSelection();
 420     }
 421     else
 422     {
 423       dbviews.setSelectionPaths(tsel);
 424     }
 425     handleSelections = true;
 426   }
 427
 428   private void updateDbStatus(List<DbSourceProxy> srcs,
 429           boolean forcedFirstChild)
 430   {
 431     int x = 0;
 432     String nm = "", qr = "";
 433     for (DbSourceProxy dbs : srcs)
 434     {
 435       String tq = dbs.getTestQuery();
 436       nm = dbs.getDbName();
 437       if (tq != null && tq.trim().length() > 0 && dbs.isValidReference(tq))
 438       {
 439         qr = tq;
 440         x++;
 441       }
 442     }
 443
 444     dbstatex.setText(" ");
 445     if (allowMultiSelections)
 446     {
 447       dbstatus.setText(MessageManager.formatMessage(
 448               "label.selected_database_to_fetch_from", new String[] {
 449                   Integer.valueOf(srcs.size()).toString(),
 450                   (srcs.size() == 1 ? "" : "s"),
 451                   (srcs.size() > 0 ? " with " + x + " test quer"
 452                           + (x == 1 ? "y" : "ies") : ".") }));
 453     }
 454     else
 455     {
 456       if (nm.length() > 0)
 457       {
 458         dbstatus.setText(MessageManager.formatMessage(
 459                 "label.database_param", new String[] { nm }));
 460         if (qr.length() > 0)
 461         {
 462           dbstatex.setText(MessageManager.formatMessage(
 463                   "label.example_param", new String[] { qr }));
 464         }
 465       }
 466       else
 467       {
 468         dbstatus.setText(" ");
 469       }
 470     }
 471     dbstatus.invalidate();
 472     dbstatex.invalidate();
 473   }
 474
 475   public String getSelectedItem()
 476   {
 477     if (hasSelection())
 478     {
 479       return getSelectedSources().get(0).getDbName();
 480     }
 481     return null;
 482   }
 483
 484   public String getExampleQueries()
 485   {
 486     if (!hasSelection())
 487     {
 488       return null;
 489     }
 490     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 491     HashSet<String> hs = new HashSet<String>();
 492     for (DbSourceProxy dbs : getSelectedSources())
 493     {
 494       String tq = dbs.getTestQuery();
 495       ;
 496       if (hs.add(tq))
 497       {
 498         if (sb.length() > 0)
 499         {
 500           sb.append(";");
 501         }
 502         sb.append(tq);
 503       }
 504     }
 505     return sb.toString();
 506   }
 507
 508   List<ActionListener> lstners = new Vector<ActionListener>();
 509
 510   public void addActionListener(ActionListener actionListener)
 511   {
 512     lstners.add(actionListener);
 513   }
 514
 515   public void removeActionListener(ActionListener actionListener)
 516   {
 517     lstners.remove(actionListener);
 518   }
 519
 520   public static void main(String args[])
 521   {
 522     Cache.getDasSourceRegistry();
 523     JDatabaseTree jdt = new JDatabaseTree(new jalview.ws.SequenceFetcher());
 524     JFrame foo = new JFrame();
 525     foo.setLayout(new BorderLayout());
 526     foo.add(jdt.getDatabaseSelectorButton(), BorderLayout.CENTER);
 527     foo.pack();
 528     foo.setVisible(true);
 529     int nultimes = 5;
 530     final Thread us = Thread.currentThread();
 531     jdt.addActionListener(new ActionListener()
 532     {
 533
 534       @Override
 535       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 536       {
 537         us.interrupt();
 538       }
 539     });
 540     do
 541     {
 542       try
 543       {
 544         Thread.sleep(50);
 545       } catch (InterruptedException x)
 546       {
 547         nultimes--;
 548         if (!jdt.hasSelection())
 549         {
 550           System.out.println("No Selection");
 551         }
 552         else
 553         {
 554           System.out.println("Selection: " + jdt.getSelectedItem());
 555           int s = 1;
 556           for (DbSourceProxy pr : jdt.getSelectedSources())
 557           {
 558             System.out.println("Source " + s++ + ": " + pr.getDbName()
 559                     + " (" + pr.getDbSource() + ") Version "
 560                     + pr.getDbVersion() + ". Test:\t" + pr.getTestQuery());
 561           }
 562           System.out.println("Test queries: " + jdt.getExampleQueries());
 563         }
 564       }
 565     } while (nultimes > 0 && foo.isVisible());
 566     foo.setVisible(false);
 567   }
 568
 569   @Override
 570   public void keyPressed(KeyEvent arg0)
 571   {
 572     if (!arg0.isConsumed() && arg0.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 573     {
 574       action = arg0.getKeyCode();
 575       okPressed();
 576       closeDialog();
 577     }
 578     if (!arg0.isConsumed() && arg0.getKeyChar() == KeyEvent.VK_ESCAPE)
 579     {
 580       action = arg0.getKeyCode();
 581       cancelPressed();
 582     }
 583   }
 584
 585   @Override
 586   public void keyReleased(KeyEvent arg0)
 587   {
 588     // TODO Auto-generated method stub
 589
 590   }
 591
 592   @Override
 593   public void keyTyped(KeyEvent arg0)
 594   {
 595     // TODO Auto-generated method stub
 596
 597   }
 598 }