jalview/gui/SplitFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.SplitContainerI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.jbgui.GAlignFrame;
  26 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28 import jalview.util.Platform;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30
  31 import java.awt.Component;
  32 import java.awt.Toolkit;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.KeyAdapter;
  36 import java.awt.event.KeyEvent;
  37 import java.awt.event.KeyListener;
  38 import java.beans.PropertyVetoException;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Map.Entry;
  42
  43 import javax.swing.AbstractAction;
  44 import javax.swing.InputMap;
  45 import javax.swing.JComponent;
  46 import javax.swing.JMenuItem;
  47 import javax.swing.KeyStroke;
  48 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  49 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  50
  51 /**
  52  * An internal frame on the desktop that hosts a horizontally split view of
  53  * linked DNA and Protein alignments. Additional views can be created in linked
  54  * pairs, expanded to separate split frames, or regathered into a single frame.
  55  * <p>
  56  * (Some) operations on each alignment are automatically mirrored on the other.
  57  * These include mouseover (highlighting), sequence and column selection,
  58  * sequence ordering and sorting, and grouping, colouring and sorting by tree.
  59  *
  60  * @author gmcarstairs
  61  *
  62  */
  63 public class SplitFrame extends GSplitFrame implements SplitContainerI
  64 {
  65   private static final int WINDOWS_INSETS_WIDTH = 28; // tbc
  66
  67   private static final int MAC_INSETS_WIDTH = 28;
  68
  69   private static final int WINDOWS_INSETS_HEIGHT = 50; // tbc
  70
  71   private static final int MAC_INSETS_HEIGHT = 50;
  72
  73   private static final int DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT = 65;
  74
  75   private static final long serialVersionUID = 1L;
  76
  77   public SplitFrame(GAlignFrame top, GAlignFrame bottom)
  78   {
  79     super(top, bottom);
  80     init();
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Initialise this frame.
  85    */
  86   protected void init()
  87   {
  88     getTopFrame().setSplitFrame(this);
  89     getBottomFrame().setSplitFrame(this);
  90     getTopFrame().setVisible(true);
  91     getBottomFrame().setVisible(true);
  92
  93     ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setCodingComplement(
  94             ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
  95
  96     /*
  97      * estimate width and height of SplitFrame; this.getInsets() doesn't seem to
  98      * give the full additional size (a few pixels short)
  99      */
 100     int widthFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_WIDTH
 101             : WINDOWS_INSETS_WIDTH;
 102     int heightFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 103             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 104     int width = ((AlignFrame) getTopFrame()).getWidth() + widthFudge;
 105     int height = ((AlignFrame) getTopFrame()).getHeight()
 106             + ((AlignFrame) getBottomFrame()).getHeight() + DIVIDER_SIZE
 107             + heightFudge;
 108     height = fitHeightToDesktop(height);
 109     setSize(width, height);
 110
 111     adjustLayout();
 112
 113     addCloseFrameListener();
 114
 115     addKeyListener();
 116
 117     addKeyBindings();
 118
 119     addCommandListeners();
 120   }
 121
 122   /**
 123    * Reduce the height if too large to fit in the Desktop. Also adjust the
 124    * divider location in proportion.
 125    *
 126    * @param height
 127    *          in pixels
 128    * @return original or reduced height
 129    */
 130   public int fitHeightToDesktop(int height)
 131   {
 132     // allow about 65 pixels for Desktop decorators on Windows
 133
 134     int newHeight = Math.min(height, Desktop.instance.getHeight()
 135             - DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT);
 136     if (newHeight != height)
 137     {
 138       int oldDividerLocation = getDividerLocation();
 139       setDividerLocation(oldDividerLocation * newHeight / height);
 140     }
 141     return newHeight;
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Set the top and bottom frames to listen to each others Commands (e.g. Edit,
 146    * Order).
 147    */
 148   protected void addCommandListeners()
 149   {
 150     // TODO if CommandListener is only ever 1:1 for complementary views,
 151     // may change broadcast pattern to direct messaging (more efficient)
 152     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 153             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 154     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport());
 155     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
 156   }
 157
 158   /**
 159    * Do any tweaking and twerking of the layout wanted.
 160    */
 161   public void adjustLayout()
 162   {
 163     /*
 164      * Ensure sequence ids are the same width so sequences line up
 165      */
 166     int w1 = ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().getIdWidth();
 167     int w2 = ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().getIdWidth();
 168     int w3 = Math.max(w1, w2);
 169     if (w1 != w3)
 170     {
 171       ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 172     }
 173     if (w2 != w3)
 174     {
 175       ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 176     }
 177
 178     /*
 179      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 180      */
 181     final AlignViewport topViewport = ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport;
 182     final AlignViewport bottomViewport = ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport;
 183     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 184     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 185     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 186             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 187     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 188             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 189     if (protein != null && cdna != null)
 190     {
 191       int scale = protein.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 192       protein.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 193     }
 194   }
 195
 196   /**
 197    * Adjust the divider for a sensible split of the real estate (for example,
 198    * when many transcripts are shown with a single protein). This should only be
 199    * called after the split pane has been laid out (made visible) so it has a
 200    * height.
 201    */
 202   protected void adjustDivider()
 203   {
 204     final AlignViewport topViewport = ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport;
 205     final AlignViewport bottomViewport = ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport;
 206     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 207     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 208     boolean topAnnotations = topViewport.isShowAnnotation();
 209     boolean bottomAnnotations = bottomViewport.isShowAnnotation();
 210     // TODO need number of visible sequences here, not #sequences - how?
 211     int topCount = topAlignment.getHeight();
 212     int bottomCount = bottomAlignment.getHeight();
 213     int topCharHeight = topViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 214     int bottomCharHeight = bottomViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 215
 216     /*
 217      * estimate ratio of (topFrameContent / bottomFrameContent)
 218      */
 219     int insets = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 220             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 221     // allow 3 'rows' for scale, scrollbar, status bar
 222     int topHeight = insets + (3 + topCount) * topCharHeight
 223             + (topAnnotations ? topViewport.calcPanelHeight() : 0);
 224     int bottomHeight = insets + (3 + bottomCount) * bottomCharHeight
 225             + (bottomAnnotations ? bottomViewport.calcPanelHeight() : 0);
 226     double ratio = ((double) topHeight) / (topHeight + bottomHeight);
 227
 228     /*
 229      * limit to 0.2 <= ratio <= 0.8 to avoid concealing all sequences
 230      */
 231     ratio = Math.min(ratio, 0.8d);
 232     ratio = Math.max(ratio, 0.2d);
 233     setRelativeDividerLocation(ratio);
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Add a listener to tidy up when the frame is closed.
 238    */
 239   protected void addCloseFrameListener()
 240   {
 241     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 242     {
 243       @Override
 244       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 245       {
 246         close();
 247       };
 248     });
 249   }
 250
 251   /**
 252    * Add a key listener that delegates to whichever split component the mouse is
 253    * in (or does nothing if neither).
 254    */
 255   protected void addKeyListener()
 256   {
 257     addKeyListener(new KeyAdapter()
 258     {
 259
 260       @Override
 261       public void keyPressed(KeyEvent e)
 262       {
 263         AlignFrame af = (AlignFrame) getFrameAtMouse();
 264
 265         /*
 266          * Intercept and override any keys here if wanted.
 267          */
 268         if (!overrideKey(e, af))
 269         {
 270           if (af != null)
 271           {
 272             for (KeyListener kl : af.getKeyListeners())
 273             {
 274               kl.keyPressed(e);
 275             }
 276           }
 277         }
 278       }
 279
 280       @Override
 281       public void keyReleased(KeyEvent e)
 282       {
 283         Component c = getFrameAtMouse();
 284         if (c != null)
 285         {
 286           for (KeyListener kl : c.getKeyListeners())
 287           {
 288             kl.keyReleased(e);
 289           }
 290         }
 291       }
 292
 293     });
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Returns true if the key event is overriden and actioned (or ignored) here,
 298    * else returns false, indicating it should be delegated to the AlignFrame's
 299    * usual handler.
 300    * <p>
 301    * We can't handle Cmd-Key combinations here, instead this is done by
 302    * overriding key bindings.
 303    *
 304    * @see addKeyOverrides
 305    * @param e
 306    * @param af
 307    * @return
 308    */
 309   protected boolean overrideKey(KeyEvent e, AlignFrame af)
 310   {
 311     boolean actioned = false;
 312     int keyCode = e.getKeyCode();
 313     switch (keyCode)
 314     {
 315     case KeyEvent.VK_DOWN:
 316       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 317       {
 318         /*
 319          * Key down (or Alt-key-down in cursor mode) - move selected sequences
 320          */
 321         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(false);
 322         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(false);
 323         actioned = true;
 324         e.consume();
 325       }
 326       break;
 327     case KeyEvent.VK_UP:
 328       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 329       {
 330         /*
 331          * Key up (or Alt-key-up in cursor mode) - move selected sequences
 332          */
 333         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(true);
 334         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(true);
 335         actioned = true;
 336         e.consume();
 337       }
 338       break;
 339     default:
 340     }
 341     return actioned;
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Set key bindings (recommended for Swing over key accelerators).
 346    */
 347   private void addKeyBindings()
 348   {
 349     overrideDelegatedKeyBindings();
 350
 351     overrideImplementedKeyBindings();
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Override key bindings with alternative action methods implemented in this
 356    * class.
 357    */
 358   protected void overrideImplementedKeyBindings()
 359   {
 360     overrideFind();
 361     overrideNewView();
 362     overrideCloseView();
 363     overrideExpandViews();
 364     overrideGatherViews();
 365   }
 366
 367   /**
 368    * Replace Cmd-W close view action with our version.
 369    */
 370   protected void overrideCloseView()
 371   {
 372     AbstractAction action;
 373     /*
 374      * Ctrl-W / Cmd-W - close view or window
 375      */
 376     KeyStroke key_cmdW = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W, Toolkit
 377             .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 378     action = new AbstractAction()
 379     {
 380       @Override
 381       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 382       {
 383         closeView_actionPerformed();
 384       }
 385     };
 386     overrideKeyBinding(key_cmdW, action);
 387   }
 388
 389   /**
 390    * Replace Cmd-T new view action with our version.
 391    */
 392   protected void overrideNewView()
 393   {
 394     /*
 395      * Ctrl-T / Cmd-T open new view
 396      */
 397     KeyStroke key_cmdT = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_T, Toolkit
 398             .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 399     AbstractAction action = new AbstractAction()
 400     {
 401       @Override
 402       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 403       {
 404         newView_actionPerformed();
 405       }
 406     };
 407     overrideKeyBinding(key_cmdT, action);
 408   }
 409
 410   /**
 411    * For now, delegates key events to the corresponding key accelerator for the
 412    * AlignFrame that the mouse is in. Hopefully can be simplified in future if
 413    * AlignFrame is changed to use key bindings rather than accelerators.
 414    */
 415   protected void overrideDelegatedKeyBindings()
 416   {
 417     if (getTopFrame() instanceof AlignFrame)
 418     {
 419       /*
 420        * Get all accelerator keys in the top frame (the bottom should be
 421        * identical) and override each one.
 422        */
 423       for (Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc : ((AlignFrame) getTopFrame())
 424               .getAccelerators().entrySet())
 425       {
 426         overrideKeyBinding(acc);
 427       }
 428     }
 429   }
 430
 431   /**
 432    * Overrides an AlignFrame key accelerator with our version which delegates to
 433    * the action listener in whichever frame has the mouse (and does nothing if
 434    * neither has).
 435    *
 436    * @param acc
 437    */
 438   private void overrideKeyBinding(Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc)
 439   {
 440     final KeyStroke ks = acc.getKey();
 441     InputMap inputMap = this.getInputMap(JComponent.WHEN_FOCUSED);
 442     inputMap.put(ks, ks);
 443     this.getActionMap().put(ks, new AbstractAction()
 444     {
 445       @Override
 446       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 447       {
 448         Component c = getFrameAtMouse();
 449         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 450         {
 451           for (ActionListener a : ((AlignFrame) c).getAccelerators()
 452                   .get(ks).getActionListeners())
 453           {
 454             a.actionPerformed(null);
 455           }
 456         }
 457       }
 458     });
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Replace an accelerator key's action with the specified action.
 463    *
 464    * @param ks
 465    */
 466   protected void overrideKeyBinding(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 467   {
 468     this.getActionMap().put(ks, action);
 469     overrideMenuItem(ks, action);
 470   }
 471
 472   /**
 473    * Create and link new views (with matching names) in both panes.
 474    * <p>
 475    * Note this is _not_ multiple tabs, each hosting a split pane view, rather it
 476    * is a single split pane with each split holding multiple tabs which are
 477    * linked in pairs.
 478    * <p>
 479    * TODO implement instead with a tabbed holder in the SplitView, each tab
 480    * holding a single JSplitPane. Would avoid a duplicated tab, at the cost of
 481    * some additional coding.
 482    */
 483   protected void newView_actionPerformed()
 484   {
 485     AlignFrame topFrame = (AlignFrame) getTopFrame();
 486     AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) getBottomFrame();
 487     final boolean scaleProteinAsCdna = topFrame.viewport
 488             .isScaleProteinAsCdna();
 489
 490     AlignmentPanel newTopPanel = topFrame.newView(null, true);
 491     AlignmentPanel newBottomPanel = bottomFrame.newView(null, true);
 492
 493     /*
 494      * This currently (for the first new view only) leaves the top pane on tab 0
 495      * but the bottom on tab 1. This results from 'setInitialTabVisible' echoing
 496      * from the bottom back to the first frame. Next line is a fudge to work
 497      * around this. TODO find a better way.
 498      */
 499     if (topFrame.getTabIndex() != bottomFrame.getTabIndex())
 500     {
 501       topFrame.setDisplayedView(newTopPanel);
 502     }
 503
 504     newBottomPanel.av.viewName = newTopPanel.av.viewName;
 505     newTopPanel.av.setCodingComplement(newBottomPanel.av);
 506
 507     /*
 508      * These lines can be removed once scaleProteinAsCdna is added to element
 509      * Viewport in jalview.xsd, as Jalview2XML.copyAlignPanel will then take
 510      * care of it
 511      */
 512     newTopPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 513     newBottomPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 514
 515     /*
 516      * Line up id labels etc
 517      */
 518     adjustLayout();
 519
 520     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 521             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 522     ssm.addCommandListener(newTopPanel.av);
 523     ssm.addCommandListener(newBottomPanel.av);
 524   }
 525
 526   /**
 527    * Close the currently selected view in both panes. If there is only one view,
 528    * close this split frame.
 529    */
 530   protected void closeView_actionPerformed()
 531   {
 532     int viewCount = ((AlignFrame) getTopFrame()).getAlignPanels().size();
 533     if (viewCount < 2)
 534     {
 535       close();
 536       return;
 537     }
 538
 539     AlignmentPanel topPanel = ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel;
 540     AlignmentPanel bottomPanel = ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel;
 541
 542     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeView(topPanel);
 543     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeView(bottomPanel);
 544
 545   }
 546
 547   /**
 548    * Close child frames and this split frame.
 549    */
 550   public void close()
 551   {
 552     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 553     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 554     try
 555     {
 556       this.setClosed(true);
 557     } catch (PropertyVetoException e)
 558     {
 559       // ignore
 560     }
 561   }
 562
 563   /**
 564    * Replace AlignFrame 'expand views' action with SplitFrame version.
 565    */
 566   protected void overrideExpandViews()
 567   {
 568     KeyStroke key_X = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_X, 0, false);
 569     AbstractAction action = new AbstractAction()
 570     {
 571       @Override
 572       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 573       {
 574         expandViews_actionPerformed();
 575       }
 576     };
 577     overrideMenuItem(key_X, action);
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Replace AlignFrame 'gather views' action with SplitFrame version.
 582    */
 583   protected void overrideGatherViews()
 584   {
 585     KeyStroke key_G = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_G, 0, false);
 586     AbstractAction action = new AbstractAction()
 587     {
 588       @Override
 589       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 590       {
 591         gatherViews_actionPerformed();
 592       }
 593     };
 594     overrideMenuItem(key_G, action);
 595   }
 596
 597   /**
 598    * Override the menu action associated with the keystroke in the child frames,
 599    * replacing it with the given action.
 600    *
 601    * @param ks
 602    * @param action
 603    */
 604   private void overrideMenuItem(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 605   {
 606     overrideMenuItem(ks, action, getTopFrame());
 607     overrideMenuItem(ks, action, getBottomFrame());
 608   }
 609
 610   /**
 611    * Override the menu action associated with the keystroke in one child frame,
 612    * replacing it with the given action. Mwahahahaha.
 613    *
 614    * @param key
 615    * @param action
 616    * @param comp
 617    */
 618   private void overrideMenuItem(KeyStroke key, final AbstractAction action,
 619           JComponent comp)
 620   {
 621     if (comp instanceof AlignFrame)
 622     {
 623       JMenuItem mi = ((AlignFrame) comp).getAccelerators().get(key);
 624       if (mi != null)
 625       {
 626         for (ActionListener al : mi.getActionListeners())
 627         {
 628           mi.removeActionListener(al);
 629         }
 630         mi.addActionListener(new ActionListener()
 631         {
 632           @Override
 633           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 634           {
 635             action.actionPerformed(e);
 636           }
 637         });
 638       }
 639     }
 640   }
 641
 642   /**
 643    * Expand any multiple views (which are always in pairs) into separate split
 644    * frames.
 645    */
 646   protected void expandViews_actionPerformed()
 647   {
 648     Desktop.instance.explodeViews(this);
 649   }
 650
 651   /**
 652    * Gather any other SplitFrame views of this alignment back in as multiple
 653    * (pairs of) views in this SplitFrame.
 654    */
 655   protected void gatherViews_actionPerformed()
 656   {
 657     Desktop.instance.gatherViews(this);
 658   }
 659
 660   /**
 661    * Returns the alignment in the complementary frame to the one given.
 662    */
 663   @Override
 664   public AlignmentI getComplement(Object alignFrame)
 665   {
 666     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 667     {
 668       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport.getAlignment();
 669     }
 670     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 671     {
 672       return ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport.getAlignment();
 673     }
 674     return null;
 675   }
 676
 677   /**
 678    * Returns the title of the complementary frame to the one given.
 679    */
 680   @Override
 681   public String getComplementTitle(Object alignFrame)
 682   {
 683     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 684     {
 685       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).getTitle();
 686     }
 687     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 688     {
 689       return ((AlignFrame) getTopFrame()).getTitle();
 690     }
 691     return null;
 692   }
 693
 694   /**
 695    * Set the 'other half' to hidden / revealed.
 696    */
 697   @Override
 698   public void setComplementVisible(Object alignFrame, boolean show)
 699   {
 700     /*
 701      * Hiding the AlignPanel suppresses unnecessary repaints
 702      */
 703     if (alignFrame == getTopFrame())
 704     {
 705       ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 706     }
 707     else if (alignFrame == getBottomFrame())
 708     {
 709       ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 710     }
 711     super.setComplementVisible(alignFrame, show);
 712   }
 713
 714   /**
 715    * return the AlignFrames held by this container
 716    *
 717    * @return { Top alignFrame (Usually CDS), Bottom AlignFrame (Usually
 718    *         Protein)}
 719    */
 720   public List<AlignFrame> getAlignFrames()
 721   {
 722     return Arrays.asList(new AlignFrame[] { (AlignFrame) getTopFrame(),
 723         (AlignFrame) getBottomFrame() });
 724   }
 725
 726   /**
 727    * Replace Cmd-F Find action with our version. This is necessary because the
 728    * 'default' Finder searches in the first AlignFrame it finds. We need it to
 729    * search in the half of the SplitFrame that has the mouse.
 730    */
 731   protected void overrideFind()
 732   {
 733     /*
 734      * Ctrl-F / Cmd-F open Finder dialog, 'focused' on the right alignment
 735      */
 736     KeyStroke key_cmdF = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_F, Toolkit
 737             .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 738     AbstractAction action = new AbstractAction()
 739     {
 740       @Override
 741       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 742       {
 743         Component c = getFrameAtMouse();
 744         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 745         {
 746           AlignFrame af = (AlignFrame) c;
 747           new Finder(af.viewport, af.alignPanel);
 748         }
 749       }
 750     };
 751     overrideKeyBinding(key_cmdF, action);
 752   }
 753 }